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Id: biblio-951805
Autor: Umadevi, Palaniyandi; Anandaraj, Muthuswamy; Srivastav, Vivek; Benjamin, Sailas.
Título: Trichoderma harzianum MTCC 5179 impacts the population and functional dynamics of microbial community in the rhizosphere of black pepper (Piper nigrum L )
Fonte: Braz. j. microbiol;49(3):463-470, July-Sept. 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Employing Illumina Hiseq whole genome metagenome sequencing approach, we studied the impact of Trichoderma harzianum on altering the microbial community and its functional dynamics in the rhizhosphere soil of black pepper (Piper nigrum L.). The metagenomic datasets from the rhizosphere with (treatment) and without (control) T. harzianum inoculation were annotated using dual approach, i.e., stand alone and MG-RAST. The probiotic application of T. harzianum in the rhizhosphere soil of black pepper impacted the population dynamics of rhizosphere bacteria, archae, eukaryote as reflected through the selective recruitment of bacteria [Acidobacteriaceae bacterium (p = 1.24e-12), Candidatus koribacter versatilis (p = 2.66e-10)] and fungi [(Fusarium oxysporum (p = 0.013), Talaromyces stipitatus (p = 0.219) and Pestalotiopsis fici (p = 0.443)] in terms of abundance in population and bacterial chemotaxis (p = 0.012), iron metabolism (p = 2.97e-5) with the reduction in abundance for pathogenicity islands (p = 7.30e-3), phages and prophages (p = 7.30e-3) with regard to functional abundance. Interestingly, it was found that the enriched functional metagenomic signatures on phytoremediation such as benzoate transport and degradation (p = 2.34e-4), and degradation of heterocyclic aromatic compounds (p = 3.59e-13) in the treatment influenced the rhizosphere micro ecosystem favoring growth and health of pepper plant. The population dynamics and functional richness of rhizosphere ecosystem in black pepper influenced by the treatment with T. harzianum provides the ecological importance of T. harzianum in the cultivation of black pepper.
Descritores: Microbiologia do Solo
Bactérias/crescimento & desenvolvimento
Trichoderma/crescimento & desenvolvimento
Vírus/crescimento & desenvolvimento
Piper nigrum/microbiologia
Biodiversidade
Fungos/crescimento & desenvolvimento
-Bactérias/isolamento & purificação
Bactérias/classificação
Bactérias/genética
Trichoderma/isolamento & purificação
Trichoderma/genética
Vírus/isolamento & purificação
Vírus/classificação
Vírus/genética
Ecossistema
Piper nigrum/crescimento & desenvolvimento
Rizosfera
Fungos/isolamento & purificação
Fungos/classificação
Fungos/genética
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Miagostovich, Marize Pereira
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Id: biblio-974321
Autor: Melgaço, Fabiana Gil; Corrêa, Adriana Abreu; Ganime, Ana Carolina; Brandão, Marcelo Luiz Lima; Medeiros, Valéria de Mello; Rosas, Carla de Oliveira; Lopes, Silvia Maria dos Reis; Miagostovich, Marize Pereira.
Título: Evaluation of skimmed milk flocculation method for virus recovery from tomatoes
Fonte: Braz. j. microbiol;49(supl.1):34-39, 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: Ministério da Ciência, Tecnologia e Informação/Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico/Agência Nacional de Vigilância Sanitária.
Resumo: Abstract This study aimed to evaluate the elution-concentration methodology based on skimmed milk flocculation from three varieties of tomatoes (Solanum lycopersicum L. [globe], Solanum lycopersicum var. cerasiforme [cherry] and hybrid cocktail [grape tomato]) for further monitoring of field samples. Spiking experiments were performed to determine the success rate and efficiency recovery of human norovirus (NoV) genogroup II, norovirus murine-1 (MNV-1) used as sample process control virus and human adenovirus (HAdV). Mean values of 18.8%, 2.8% and 44.0% were observed for NoV GII, MNV-1 and HAdV, respectively with differences according to the types of tomatoes, with lower efficiency for cherry tomatoes. Analysis of 90 samples, obtained at commercial establishments in the metropolitan region of Rio de Janeiro State, revealed 4.5% positivity for HAdV. Bacterial analysis was also performed with no detection of Salmonella spp., L. monocytogenes and fecal coliforms. Data demonstrated that the skimmed milk flocculation method is suitable for recovering HAdV from tomatoes and highlights the need for considering investigation in order to improve food safety.
Descritores: Vírus/isolamento & purificação
Lycopersicon esculentum/química
Leite/química
Microbiologia de Alimentos/métodos
Frutas/virologia
-Vírus/classificação
Vírus/genética
Lycopersicon esculentum/classificação
Lycopersicon esculentum/virologia
Floculação
Microbiologia de Alimentos/instrumentação
Frutas/classificação
Frutas/química
Limites: Animais
Bovinos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Weiblen, Rudi
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Id: biblio-828182
Autor: Monteiro, Francielle Liz; Cargnelutti, Juliana Felipetto; Martins, Mathias; Anziliero, Deniz; Erhardt, Magnólia Martins; Weiblen, Rudi; Flores, Eduardo Furtado.
Título: Detection of respiratory viruses in shelter dogs maintained under varying environmental conditions
Fonte: Braz. j. microbiol;47(4):876-881, Oct.-Dec. 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Three dog shelters in Rio Grande do Sul were investigated for associations between the occurrence of respiratory viruses and shelter environmental conditions. Nasal secretions randomly collected during the cold season were tested via PCR, and this data collection was followed by nucleotide sequencing of the amplicons. In shelter #1 (poor sanitary and nutritional conditions, high animal density and constant contact between dogs), 78% (58/74) of the nasal samples were positive, 35% (26/74) of which were in single infections and 44% (32/74) of which were in coinfections. Shelters #2 and #3 had satisfactory sanitary and nutritional conditions, outdoors exercise areas (#2) and animal clustering by groups (#3). In shelter #2, 9% (3/35) of the samples were positive for Canine parainfluenza virus (CPIV), and 6% (2/35) were positive for Canid herpesvirus 1 (CaHV-1). In shelter #3, 9% (7/77) of the samples were positive for Canine adenovirus type 2 (CAdV-2), and 1% (1/77) were positive for Canine distemper virus (CDV). The amplicon sequences (CPIV and CDV nucleoprotein gene; CAdV-2 E3 gene; CaHV-1 glycoprotein B gene) showed 94-100% nucleotide identity with GenBank sequences. Our results demonstrate that CPIV, CAdV-2 and CDV are common in dog shelters and that their frequencies appear to be related with environmental and nutritional conditions. These results indicate the need for control/prevention measures, including vaccination and environmental management, to minimize these infections and improve dog health.
Descritores: Infecções Respiratórias/veterinária
Doenças do Cão/virologia
Meio Ambiente
-Vírus/classificação
Vírus/genética
Brasil/epidemiologia
Doenças do Cão/epidemiologia
Cães
Coinfecção
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-915988
Autor: Corsini Acuña, Gino(act).
Título: Bacterias: ¿Por qué me enferman? / Bacteria: Why do they make me sick?.
Fonte: Asunción; Universidad Politécnica y Artística del Paraguay;Universidad Autónoma de Chile; 2018. 53 p. ilus.
Idioma: es.
Resumo: Bacterias, ¿Por qué me enferman? Es un libro que pretende acercarnos al diminuto e invisible mundo de los microorganismos con los que convivimos día a día y con quienes interactuamos constantemente, muchas veces sin darnos cuenta. Este texto entrega material exploratorio y de divulgación científica para lectores curiosos de todas las edades, con énfasis en estudiantes y profesores, que pueden encontrar en Bacterias. ¿Por qué me enferman? una herramienta educativa útil, didáctica y visualmente atractiva
Descritores: Bactérias/classificação
Prevenção de Doenças
Microbiota
Micobioma
-Prevenção Primária
Terapêutica/enfermagem
Vírus/classificação
Imunidade Adaptativa
Imunidade Inata
Limites: Seres Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: PY111.1 - Biblioteca


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Machado, Luís dos Ramos
Livramento, José Antonio
Id: lil-154977
Autor: Serpa, Maria José Andrada.
Título: Diagnóstico etiológico em virologia: como fazê-lo? / Etiologic diagnosis in virology: how to do it?
Fonte: In: Machado, Luis dos Ramos; Nóbrega, José Paulo Smith; Livramento, José Antonio; Spina França Netto, Antonio. Neuroinfecçäo 94. Säo Paulo, Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de Säo Paulo. Clínica Neurológica, 1994. p.178-178.
Idioma: pt.
Conferência: Apresentado em: Simpósio Neuroinfecçäo-94, Säo Paulo, 18-19 mar. 1994.
Descritores: Viroses/diagnóstico
Doenças do Sistema Nervoso/diagnóstico
-Vírus/isolamento & purificação
Viroses/etiologia
Doenças do Sistema Nervoso/virologia
Limites: Seres Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME
BR1.1; 2617.32; BR599.1; 10001009554, AG


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ARAUJO, JANSEN DE
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Id: biblio-889165
Autor: Vaz, Frederico Fontanelli; Serafini, Patrícia Pereira; Locatelli-Dittrich, Rosangela; Meurer, Rafael; Durigon, Edison Luiz; Araújo, Jansen de; Thomazelli, Luciano Matsumiya; Ometto, Tatiana; Sipinski, Elenise Angelotti Bastos; Sezerban, Rafael Meirelles; Abbud, Maria Cecília; Raso, Tânia Freitas.
Título: Survey of pathogens in threatened wild red-tailed Amazon parrot (Amazona brasiliensis) nestlings in Rasa Island, Brazil
Fonte: Braz. j. microbiol;48(4):747-753, Oct.-Dec. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP.
Resumo: ABSTRACT The red-tailed Amazon parrot (Amazona brasiliensis) is a threatened species of psittacine bird that inhabit coastal regions of Brazil. In view of the threat of this species, the aim of this study was to perform a health evaluation in wild nestlings in Rasa Island, determining the prevalence of enterobacteria and infectious agents according to type of nest. Blood samples were collected from 64 birds and evaluated for antibodies of Chlamydia psittaci by commercial dot-blot ELISA. Cloacal and oropharyngeal swabs samples were collected from 23 birds from artificial wooden nests, 15 birds from PVC nests and 2 birds from natural nests for microbiological analysis. Swab samples were collected from 58 parrots for C. psittaci detection by PCR and from 50 nestlings for Avian Influenza, Newcastle Disease and West Nile viruses' detection analysis by real-time RT-PCR. Ten bacterial genera and 17 species were identified, and the most prevalent were Escherichia coli and Klebsiella oxytoca. There was no influence of the type of nest in the nestlings' microbiota. All samples tested by ELISA and PCR were negative. There is currently insufficient information available about the health of A. brasiliensis and data of this study provide a reference point for future evaluations and aid in conservation plans.
Descritores: Bactérias/isolamento & purificação
Infecções Bacterianas/veterinária
Vírus/isolamento & purificação
Doenças das Aves/microbiologia
Doenças das Aves/virologia
Viroses/veterinária
Amazona/microbiologia
Amazona/virologia
-Bactérias/classificação
Bactérias/genética
Infecções Bacterianas/microbiologia
Vírus/classificação
Vírus/genética
Brasil
Viroses/virologia
Espécies em Perigo de Extinção
Ilhas
Animais Selvagens/microbiologia
Animais Selvagens/virologia
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Richtzenhain, Leonardo José
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Id: biblio-887831
Autor: Castro, Alessandra Marnie Martins Gomes de; Bersano, Josete Garcia; Souza, Sheila Oliveira Silva; Ogata, Renato Akio; Nara, Julia Mitico; Richtzenhain, Leonardo José.
Título: Circovírus suíno 2b: isolamento e taxa de mutação em linhagem de célula de macrófagos (J744) / Porcine circovirus 2b: isolations and mutation rate in J744 lineage macrophage cell
Fonte: Arq. Inst. Biol;84:e1012014, 2017. graf, ilus.
Idioma: pt.
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); . Bolsa Jovem Pesquisador.
Resumo: Porcine circovirus 2 (PCV2) está associado a vários sinais clínicos que são designados coletivamente como Circovirose e tem grande impacto na suinocultura. O isolamento viral é classicamente realizado em células da linhagem PK-15, contudo outras células têm sido testadas. Apesar dos avanços nos estudos com PCV2, o isolamento ainda é um desafio. Diante da dificuldade de manutenção dessas linhagens celulares comumente utilizadas associadas à necessidade do uso de substâncias tóxicas para o isolamento de PCV2, os objetivos do presente trabalho foram descrever o primeiro isolamento de Porcine circovirus 2b em linhagens de células de macrófago (J744) e verificar a taxa de mutação nesse sistema. Uma amostra de pulmão foi submetida ao sequenciamento e agrupada ao genótipo PCV2b. Essa amostra foi utilizada para inocular uma garrafa de J744 (com 30% de confluência em meio RPMI com 10% de soro fetal bovino) e submetida a cinco passagens, as quais foram acompanhadas por reação em cadeia da polimerase quantitativa (PCRq). As cargas virais inicial e final foram de 2,90 × 103 e de 4,45 × 108 cópias de DNA/µL para PCV2b, respectivamente. O sequenciamento confirmou o isolamento e descartou o coisolamento de mais de um genótipo. Após cinco passagens, o isolado apresentou identidade de 99,7%, com descrição de cinco mutações pontuais, uma sinônima e quatro não sinônimas, observadas nas regiões do gene cap e rep. Os resultados obtidos demonstram que as células J744 apresentam a susceptibilidade, e a instabilidade do vírus em J744 será importante para a compreensão do vírus.(AU)

Porcine circovirus 2 (PCV2) is associated with various clinical signs that are collectively designated as Circovirosis and has a great impact on the pig industry. The virus isolation is classically performed on PK-15 cell line, but other cells have been tested. Despite advances in studies with PCV2, isolation is still a challenge. The difficulty of maintaining these cell lines commonly used associated with the use of toxic substances to the isolation of PCV2 had stimulated the present study, that had the objectives to describe the first isolation of PCV2b in macrophage cell lines, J744 and verify the mutation rate at this system. A sample of lung was pooled and submitted to sequencing in which was classified in genotype PCV2b. This sample was used to inoculate a bottle of J744 with 30% of confluence in RPMI with 10% fetal bovine serum and submitted to five passages, which were accompanied by chain reaction quantitative polymerase (PCRq). The initial and final viral loads were 2.90 × 103 and 4.45 × 108 DNA copies/µL for PCV2b, respectively. Sequencing confirmed the isolation and had eliminated possible co-isolation of more than one genotype. After five passages, the isolate showed 99.7% identity with description of five point of non-synonymous or/and synonymous mutations observed in the cap and rep gene. The results demonstrate that J744 cells exhibit susceptibility, and the instability of the virus in J744 will be important for understanding the virus.(AU)
Descritores: Suínos
Circovirus
Infecções por Circoviridae
-Vírus
Limites: Animais
Responsável: BR1942.1 - NID - Biblioteca - Núcleo de Informação e Documentação


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Id: biblio-964089
Autor: Perú. Ministerio de Salud; .Dirección General de Intervenciones Estratégicas en Salud Pública.
Título: Plan nacional frente al riesgo de transmisión del virus de sarampión en el Perú / National plan against the risk of measles virus transmission in Peru.
Fonte: Lima; Perú. Ministerio de Salud; 20180000. 26 p. tab.
Idioma: es.
Resumo: El plan nacional contiene la finalidad, objetivos, base legal, ámbito de aplicación, responsabilidades y anexos frente al riesgo de transmisión del virus de sarampión en el Perú.
Descritores: Sarampo
-Vírus
Planos de Contingência
Responsável: PE18.1 - Biblioteca Central


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Shirata, Neuza K
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Id: biblio-841215
Autor: Nonogaki, Suely; Shirata, Neuza K; Kimura, Lidia M; Guerra, Juliana M; Medeiros, Raphael S. S; Paes, Roberto Antonio P; Kanamura, Cristina T; Oliveira, Camila C; Menezes, Yara de.
Título: Comparative study of five commercial probes for the detection of Epstein-Barr virus (EBV) by in situ hybridization in cases of nodular sclerosis Hodgki's lymphoma / Estudo comparativo de cinco sondas comerciais para detecção do vírus Epstein-Barr (EBV) por hibridização in situ em casos de linfoma de Hodgkin esclerose nodular
Fonte: J. bras. patol. med. lab;52(6):416-425, Nov.-Dec. 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT Introduction: Epstein-Barr virus (EBV) may serve as a target in therapeutic treatments, thus reliable diagnostic results are necessary. Objective: The aim of this study was to evaluate the accuracy of EBV detection by in situ hybridization (ISH) using five commercial probes in formalin-fixed and paraffin-embedded samples of nodular sclerosis Hodgkin's lymphoma (HL), and to compare the results with immunohistochemistry (IHC) and polymerase chain reaction (PCR). Material and method: Thirty samples were selected, 28 were lymph nodes, one bone marrow and one mediastinum. The following parameters were analyzed: signal intensity; proportionality of positive cells; quality of the reaction according to comfort for evaluation, sign quality and homogeneity of labeled cells; background reaction; morphology; presence of artifacts; and positivity in other non-neoplastic cells. All samples were analyzed for EBV detection using the five probes, IHC for latent membrane protein type 1 (LMP1) and PCR for Epstein Barr virus nuclear antigen 1 (EBNA1). Statistical analyses were performed with the R1 software; Fleiss' test and Cohen Kappa index of 5% were considered significant. Results: The detection by IHC-LMP1 was 26.7% (8/30) and 66.7% (20/30) by PCR-EBNA1. All probes detected EBV. Positivity was observed in 42/90 (46.7%), 38/90 (42.2%), 45/90 (50%), 27/90 (30%) and 61/90 (67.8%) for probes A, B, C, D and E, respectively. Discussion: All five probes demonstrated positivity. Conclusion: Probe E showed better rate (67.8%), sensitivity, specificity and accuracy (100%), a very good correlation among the different observers and with PCR, besides great cost-benefits relation.

RESUMO Introdução: O vírus Epstein-Barr (EBV) pode servir como alvo nos tratamentos terapêuticos, sendo necessário resultado diagnóstico confiável. Objetivo: Avaliar a acurácia da detecção do EBV pela hibridização in situ (ISH), utilizando cinco sondas comerciais em amostras fixadas em formalina e incluídas em parafina de linfoma de Hodgkin (LH) esclerose nodular, comparando os resultados com a imuno-histoquímica (IHQ) e a reação em cadeia pela polimerase (PCR). Material e método: Trinta amostras foram selecionadas, sendo 28 linfonodos, uma medula óssea e um mediastino. Os seguintes parâmetros foram analisados: intensidade do sinal; proporcionalidade das células positivas; qualidade da reação de acordo com o conforto na avaliação, qualidade do sinal e homogeneidade das células marcadas; reação de fundo; morfologia; presença de artefatos; e positividade em outras células não neoplásicas. Todas as amostras foram analisadas para a detecção do EBV usando as cinco sondas, IHQ para proteína da membrana latente tipo 1 (LMP1) e PCR para antígeno nuclear do EBV (EBNA1). As análises estatísticas foram realizadas com o software R1; os índices de 5% para Kappa de Fleiss e Cohen foram considerados significantes. Resultados: A detecção pela IHQ-LMP1 foi de 26,7% (8/30) e 66,7% (20/30) pela PCR-EBNA1. Todas as sondas detectaram EBV. A positividade foi observada em 42/90 (46,7%), 38/90 (42,2%), 45/90 (50%), 27/90 (30%) e 61/90 (67,8%) para as sondas A, B, C, D e E, respectivamente. Discussão: Todas as sondas demonstraram positividade. Conclusão: A sonda E mostrou melhor taxa (67,8%), sensibilidade, especificidade e precisão (100%), boa correlação entre os diferentes observadores e com a PCR, além de ótimo custo/benefício.
Descritores: Vírus
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação


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Texto completo SciELO Cuba
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Id: biblio-978537
Autor: Añé Kourí, Ana Laura.
Título: El viroma humano. Implicaciones en la salud y enfermedad / The human virome. Its implications in health and disease
Fonte: Rev. habanera cienc. méd;17(3):376-385, mayo.-jun. 2018.
Idioma: es.
Resumo: Introducción: El viroma humano se refiere al conjunto de todos los virus encontrados en el organismo humano. La diversidad viral del organismo humano bajo condiciones no patológicas ha sido subestimada. Se estima que hay 100 veces más virus en el cuerpo humano que células eucariotas. Objetivo: Realizar una revisión sistemática sobre las implicaciones del viroma humano para la salud y la enfermedad. Material y Métodos: Se realizó una revisión de artículos científicos publicados entre 2012 y 2017 en diversas bases de datos en línea. Se utilizaron en total 26 fuentes bibliográficas, incluidos artículos originales y revisiones. Desarrollo: Se presenta el conocimiento existente hasta el momento sobre las comunidades virales encontradas en diferentes sitios anatómicos como el sistema digestivo, respiratorio, genitourinario y sangre, los bacteriófagos y los Anellovirus son los virus más frecuentemente detectados. Si bien se hace evidente que el viroma tiene un papel tanto en el mantenimiento de la salud como en la enfermedad, estos mecanismos aún no se han esclarecido. Conclusiones: El organismo humano tiene una alta diversidad viral incluso bajo condiciones no patológicas. Aunque mucho se desconoce aún sobre las implicaciones del viroma, los avances en este campo abren nuevas perspectivas en la biomedicina(AU)

Introduction: The human virome refers to the collection of all viruses found in the human body. The viral diversity of the human body under non-pathological conditions has been underestimated. It is estimated that there are 100 times more viruses in the human body than eukaryotic cells. Objective: To carry out a systematic review of the human virome and its implications in health and disease. Materials and Methods: A review of scientific papers published between 2012 and 2017 in different online databases was made. A total of 26 bibliographic sources were used, including both original articles and reviews. Development: We present the existing knowledge to date about the viral communities found in different anatomical sites such as the digestive, respiratory, and genitourinary systems and the bloodstream; being the bacteriophages and Anellovirus the most frequently detected viruses. Although it is clear that the human virome plays a role both in maintaining health and in disease, these mechanisms have not yet been clarified. Conclusions: The human body has a high viral diversity even under non-pathological conditions. Although much is still unknown about the implications of these viruses on health and disease, advances in this field open new perspectives in the world of biomedicine(AU)
Descritores: Vírus
Microbiota
-Genética Humana/métodos
Limites: Seres Humanos
Responsável: CU1.1 - Biblioteca Médica Nacional



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