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Id: lil-474724
Autor: Barragán, Carlos E; Saenz, Homero; Poutou, Raul; Cordoba, Henry.
Título: Influencia del a-Factor sobre la expresión de IDShr en Pichia pastoris: Revisión sistemática de literatura y análisis computacional / Influence of a-Factor over the expression of hrIDS in Pichia pastoris: Literature review and computational analysis
Fonte: NOVA publ. cient;3(4):80-91, 2005. ilus, tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: En la búsqueda de alternativas para mejorar la expresión de la enzima Iduronato Sulfatasa (IDSh) en la levaduraPichia pastoris, se realizó una Revisión Sistemática de la Literatura con el fin de recopilar información quepermitiera relacionar los niveles de expresión de proteínas humanas recombinantes con la señal de secreción y las características propias de la molécula a expresar. Se hallaron 349 publicaciones de las cuales sólo 7 (2)porciento reportaron la expresión de proteínas que cumplían con los criterios de inclusión manejados en el estudio. Con la información obtenida en los 7 artículos se realizó una prueba de hipótesis tomando como muestras los datos recopilados y un análisis cualitativo de la información, con los cuales se evidenció que al reemplazar la señal de secreción nativa por el a-Factor como péptido líder se incrementa el nivel de expresión de proteínas humanas recombinantes en P. pastoris (p=0.053). Se encontró que la eliminación de la secuencia que codifica para el péptido nativo heterólogo en el ADNc de la proteína, es imprescindible para que el a-Factor pueda favorecer la secreción de proteínas heterólogas y por consiguiente incrementar el nivel de expresión. En el caso de la IDShr se halló que en la construcción GS115/pPIC9-IDS, aparecen dos secuencias de péptido señal al mismo tiempo, la nativa de la IDSh y la putativa proveniente de Saccharomyces cerevisiae; sin embargo, se han obtenidos expresiones hasta de ~30mmol/h mg de proteína, lo que deja la incógnita de un posible conflicto en el reconocimiento erróneo de una u otra señal de secreción, teniendo en cuenta el grado de hidrofobicidad de ambas.
Descritores: Enzimas/análise
Enzimas/biossíntese
Enzimas/classificação
Iduronato Sulfatase/análise
Iduronato Sulfatase/classificação
Iduronato Sulfatase/deficiência
Pichia/classificação
Peptídeo C/análise
Peptídeo C/classificação
Thlaspi bursa pastoris/análise
Limites: Animais
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CO176.1 - Biblioteca Jorge Bejarano


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Id: biblio-1291880
Autor: Lima, Guilherme Meira.
Título: L-asparaginase de Erwinia chrysanthemi: expressão proteica livre de células e bioconjugação a bacteriófagos / L-asparaginase from Erwinia chrysanthemi: cell-free protein expression and bioconjugation to bacteriophages.
Fonte: São Paulo; s.n; 2020. 157 p. tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: A L-Asparaginase (L-ASNase) de Erwinia chrysathemi (ErA) é uma enzima amplamente utilizada para o tratamento da leucemia linfoblástica aguda (LLA). Embora o seu uso como segunda linha de tratamento para a LLA tenha proporcionado consideráveis benefícios clínicos, reações de hipersensibilidade e rápida depuração plasmática ainda são problemas recorrentes. Ademais, extensivos e custosos processos de produção da ErA são necessários para a obtenção da enzima pura. Com base nesses problemas, o presente trabalho propõe (1) o estudo de viabilidade de expressão da ErA em um sistema de síntese proteica livre de células (SPLC) e (2) a conjugação da proteína em bacteriófagos como ferramenta alternativa para o isolamento e monitoramento da depuração plasmática da ErA. Foram utilizados extratos celulares de Escherichia coli suplementados com solução energética contendo creatina fosfato (CP) como fonte de energia para síntese in vitro de ErA. Para conjugação da ErA a bacteriófagos, o sistema SpyTag/SpyCatcher foi implementado: SpyCatcher foi fusionado à porção N-terminal da ErA e bacteriófagos filamentosos da linhagem M13 e fd foram modificados de modo a expressar SpyTag nas proteínas de capsídeo pIII e pVIII, respectivamente. Em relação ao primeiro objetivo, o sistema de SPLC foi capaz de expressar a ErA com atividade. A proteína foi expressa na fração solúvel e apresentou atividade enzimática significativamente superior em relação à reação controle (7,07 ± 0,68 U/mL vs. 1,83 ± 0,14 U/mL). Tempo necessário para obtenção do extrato celular foi reduzido de 45 para 26 hrs, e sete componentes da solução energética foram removidos da composição original sem implicações negativas na eficiência de expressão da ErA, simplificando desta forma o processo de SPLC. Em relação ao segundo objetivo, ErA fusionada à SpyCatcher (SpyCatcher_ErA) foi conjugada com êxito em bacteriófagos capazes de expressar SpyTag fusionadas na porção N-terminal das proteínas pIII (SpyTag_pIII) e pVIII (SpyTag_pVIII). A porcentagem de formação dos conjugados entre SpyCatcher_ErA e SpyTag_pIII ((ErA)5-pIII) foi de 6% enquanto formação dos conjugados entre SpyCatcher_ErA e SpyTag_pVIII ((ErA)50-pVIII) foi de 46%, valores estes confirmados por atividade enzimática. Solução contendo conjugados foram injetados em camundongos e sequenciados/titulados com êxito. Não houve diferença de depuração plasmática entre (ErA)5-pIII e bacteriófago controle, mas houve maior taxa de eliminação de (ErA)50-pVIII em relação ao mesmo bacteriófago não conjugado à SpyCatcher_ErA. Os resultados aqui apresentados confirmam ser possível expressar ErA com atividade biológica em sistemas de SPLC. Além disso, o sistema de conjugação da ErA a bacteriófagos aqui desenvolvido foi capaz de monitorar a concentração de ErA presente na circulação em função do tempo, tornando-se uma potencial plataforma de desenvolvimento de novas proteoformas da ErA com características clínicas melhoradas

L-Asparaginase (L-ASNase) from Erwinia chrysanthemi (ErA) is a widely used enzyme for treatment of acute lymphoblastic leukemia (ALL). Although its use as a second-line treatment has provided significant clinical benefits, hypersensitivity reactions and a fast clearance rate are recurring L-ASNase-related problems. In addition, extensive and costly production processes are required for the manufacturing of pure ErA. Based on these drawbacks, this current work proposes (1) the study of the use of a cell-free protein synthesis (CFPS) system as a viable platform for the synthesis of ErA and (2) the conjugation of the protein on bacteriophages as an alternative tool for the isolation and monitoring of ErA clearance. Escherichia coli-derived cell extracts supplemented with a creatine phosphate-based energy solution were used to synthesize ErA in vitro. To conjugate ErA on bacteriophages, the SpyTag/SpyCatcher system was implemented: SpyCatcher was fused to the N-terminus of the ErA while filamentous phage strains M13 and fd were engineered in order to display SpyTag on their pIII and pVIII capsid proteins, respectively. Regarding the first goal, the CFPS system was able to express an active ErA. The protein was expressed in the soluble fraction and there presented a significant higher enzymatic activity compared to the control reaction (7.07 ± 0.68 U/mL vs. 1.83 ± 0.14 U/mL). Time required to obtain the cell extract was reduced from 45 to 26 hours, and seven energy solution reagents were removed from the original solution without compromising the efficiency of ErA expression, thus simplifying the CFPS process. With respect to the second goal, ErA fused to SpyCatcher (SpyCatcher_ErA) was sucessfully conjugated on bacteriophages capable of displaying SpyTag fused to the Nterminus of the pIII (SpyTag_pIII) or pVIII (SpyTag_pVIII) proteins. Percentage of conjugate formation between SpyCatcher_ErA and SpyTag_pIII (ErA)5-pIII was 6% whereas conjugate formation between SpyCatcher_ErA and SpyTag_pVIII (ErA)50-pVIII was 46%, values that were confirmed by enzymatic activity. Sample containing conjugates were injected into mice and sucessfully sequenced/titrated. No clearance differences were observed between (ErA)5- pIII and a control bacteriophage, but a higher clearance rate was observed for (ErA)50-pVIII compared to SpyTag_VIII non conjugated to SpyCatcher_ErA. The results here presented confirm the expression of a biologically active ErA from a CFPS system. Besides, the development of a conjugation system capable of linking ErA to bacteriophages could be used as a means to monitor the ErA concentration in the blood as a function of time and also as a potential platform to be used in the development of novel ErA proteoforms with improved clinical properties
Descritores: Asparaginase/análise
Produtos Biológicos/efeitos adversos
Técnicas In Vitro/métodos
Eficiência
Enzimas
Erwinia/classificação
Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células Precursoras/classificação
-Células
Dickeya chrysanthemi/classificação
CRUSTACEAABDOMINAL NEOPLASMS
Proteínas do Capsídeo
Crescimento e Desenvolvimento
Escherichia coli/classificação
/métodos
EUROPEAN UNIONABDOMINAL INJURIES/métodos
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T615.1, L732l. 30100022691-F


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Id: biblio-1292637
Autor: Paixão, Vinicius Ferreira da.
Título: Anotação e caracterização de novos transcritos expressos no adenocarcinoma de pâncreas: RNAS não-codificadores longos associados a fenótipos tumorais e clínicos e formas alternativas de splicing associados a fenótipos tumorais e clínicos / Determination of relevant transcripts in ductal adenocarcinoma of pancreas: the transcriptional landscape of the long non-coding RNAs and protein-encoding RNAs revealed by the total RNAseq analysis of pancreatic adenocarcinoma.
Fonte: São Paulo; s.n; 2020. 172 p. tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer de pâncreas (PC) é uma das doenças mais devastadoras com o pior resultado de sobrevivência quando comparada com outros tipos de câncer. É apontado como o décimo câncer mais comum e a quarta causamortis por câncer, projetando-se para ser a segunda até 2030 nos Estados Unidos e na Alemanha. O PC constitui um conjunto heterogêneo de tumores, o adenocarcinoma ductal (PDAC) constitui o tipo mais frequente da neoplasia (80%). A prevenção, detecção precoce e tratamento enfrentam sérios problemas e é urgente a identificação de novos marcadores para diagnóstico, prognóstico e estratégias terapêuticas da doença. O objetivo desse trabalho foi realizar uma análise com alta-resolução do transcriptoma do PDAC) para identificar novos RNAs não codificadores, variantes de splicing e alterações transcricionais associados à malignidade. A metodologia empregada constituiu-se de gerar bibliotecas de RNA total a partir de 14 amostras cirúrgicas pareadas de tecido tumoral (PDAC) e tecido não-tumoral adjacente para sequenciamento NGS. A partir dos dados de RNAseq foi realizada a montagem do transcriptoma utilizando-se a referência do catálogo GENCODE para classificar os transcritos. Seguiram-se análises subsequentes de avaliação de características dos transcritos: estruturais, marcas regulatórias, potencial codificador, detecção em banco de dados independente (miTrascriptome, miT). Em segundo lugar foram realizadas análises de expressão diferencial, análise de sobrevida (utilizando banco de dados públicos) para seleção de transcritos potencialmente relevantes no PDAC. Foram geradas redes de co-expressão gênicas com enriquecimento de funções biológicas. Uma série de validações foram realizadas por RT-PCR de transcritos novos intergênicos e novas formas de splicing reconstruídas e selecionadas. RT-qPCR foi utilizada para validação da expressão aberrante de lncRNAs em PDAC, silenciamentos por siRNA e subsequentes ensaios de proliferação, migração e invasão. Foi avaliada in vivo o envolvimento com crescimento tumoral por ensaio xenográfico, e avaliação da implicação em funções biológicas mais específicas, como envolvimento em reparo de DNA por ensaio cometa alcalino e avaliação de enriquecimento em tumoresferas. A montagem reconstruiu 90.522 transcritos, dos quais 41.341 são anotados no GENCODE e 6.710 transcritos são novos não anotados no GENCODE (classificado como splicingvariant, intergenic RNA, antisense RNA). Desses foram validados 6 novos lincRNAs com expressão aumentada em PDAC, dois deles (TCONS00085964 e TCONS00036574) tem a expressão correlacionada com alterações na sobrevida. Foram validadas também novas formas de splicing de MMP14, CAPN8, LIF e OCT3 com expressão aumentada em PDAC. 7 lncRNAs, anotados no GENCODE, com expressão aumentada em PDAC, desses foram implicados com fenótipo tumoral de migração, invasão e proliferação: LINC01559; LINC01133, CCAT1 e UCA1. Desses LINC01559 e CCAT1 demonstraram regular a expressão de enzimas de O-glicosilação (GALNT3 e B3GNT3) envolvidas na manutenção de células tronco-tumorais em PDAC. O lncRNA UCA1 está envolvido com reparo de DNA e envolvido com a progressão tumoral invivo. Conclui-se que a abordagem por amostras pareadas a partir de RNAseq de bibliotecas de RNA total gerou um catálogo de transcritos mais completo no PDCA e revelou IncRNAs funcionalmente implicadas na doença como LINC01559 e UCA1, ampliando o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam fenótipos malignos no câncer de pâncreas e revelando novos biomarcadores para prognóstico

Tese de DoutoradoDOIhttps://doi.org/10.11606/T.46.2019.tde-09032020-085211DocumentoTese de DoutoradoAutorPaixão, Vinicius Ferreira da (Catálogo USP)Nome completoVinicius Ferreira da PaixãoE-mailE-mailUnidade da USPInstituto de QuímicaÁrea do ConhecimentoBioquímicaData de Defesa2019-12-04ImprentaSão Paulo, 2019OrientadorReis, Eduardo Moraes (Catálogo USP) Banca examinadoraReis, Eduardo Moraes (Presidente) Hajj, Glaucia Noeli Maroso Malnic, Bettina Panepucci, Rodrigo Alexandre Título em portuguêsAnotação e caracterização de novos transcritos expressos no adenocarcinoma de pâncreas: RNAS não-codificadores longos associados a fenótipos tumorais e clínicos e formas alternativas de splicingPalavras-chave em portuguêsAlternative splicing lncRNA PDAC Transcriptoma UCA1 Xenotumor Resumo em portuguêsO câncer de pâncreas (PC) é uma das doenças mais devastadoras com o pior resultado de sobrevivência quando comparada com outros tipos de câncer. É apontado como o décimo câncer mais comum e a quarta causamortis por câncer, projetando-se para ser a segunda até 2030 nos Estados Unidos e na Alemanha. O PC constitui um conjunto heterogêneo de tumores, o adenocarcinoma ductal (PDAC) constitui o tipo mais frequente da neoplasia (80%). A prevenção, detecção precoce e tratamento enfrentam sérios problemas e é urgente a identificação de novos marcadores para diagnóstico, prognóstico e estratégias terapêuticas da doença. O objetivo desse trabalho foi realizar uma análise com alta-resolução do transcriptoma do PDAC) para identificar novos RNAs não codificadores, variantes de splicing e alterações transcricionais associados à malignidade. A metodologia empregada constituiu-se de gerar bibliotecas de RNA total a partir de 14 amostras cirúrgicas pareadas de tecido tumoral (PDAC) e tecido não-tumoral adjacente para sequenciamento NGS. A partir dos dados de RNAseq foi realizada a montagem do transcriptoma utilizando-se a referência do catálogo GENCODE para classificar os transcritos. Seguiram-se análises subsequentes de avaliação de características dos transcritos: estruturais, marcas regulatórias, potencial codificador, detecção em banco de dados independente (miTrascriptome, miT). Em segundo lugar foram realizadas análises de expressão diferencial, análise de sobrevida (utilizando banco de dados públicos) para seleção de transcritos potencialmente relevantes no PDAC. Foram geradas redes de co-expressão gênicas com enriquecimento de funções biológicas. Uma série de validações foram realizadas por RT-PCR de transcritos novos intergênicos e novas formas de splicing reconstruídas e selecionadas. RT-qPCR foi utilizada para validação da expressão aberrante de lncRNAs em PDAC, silenciamentos por siRNA e subsequentes ensaios de proliferação, migração e invasão. Foi avaliada in vivo o envolvimento com crescimento tumoral por ensaio xenográfico, e avaliação da implicação em funções biológicas mais específicas, como envolvimento em reparo de DNA por ensaio cometa alcalino e avaliação de enriquecimento em tumoresferas. A montagem reconstruiu 90.522 transcritos, dos quais 41.341 são anotados no GENCODE e 6.710 transcritos são novos não anotados no GENCODE (classificado como splicingvariant, intergenic RNA, antisense RNA). Desses foram validados 6 novos lincRNAs com expressão aumentada em PDAC, dois deles (TCONS00085964 e TCONS00036574) tem a expressão correlacionada com alterações na sobrevida. Foram validadas também novas formas de splicing de MMP14, CAPN8, LIF e OCT3 com expressão aumentada em PDAC. 7 lncRNAs, anotados no GENCODE, com expressão aumentada em PDAC, desses foram implicados com fenótipo tumoral de migração, invasão e proliferação: LINC01559; LINC01133, CCAT1 e UCA1. Desses LINC01559 e CCAT1 demonstraram regular a expressão de enzimas de O-glicosilação (GALNT3 e B3GNT3) envolvidas na manutenção de células tronco-tumorais em PDAC. O lncRNA UCA1 está envolvido com reparo de DNA e envolvido com a progressão tumoral invivo. Conclui-se que a abordagem por amostras pareadas a partir de RNAseq de bibliotecas de RNA total gerou um catálogo de transcritos mais completo no PDCA e revelou IncRNAs funcionalmente implicadas na doença como LINC01559 e UCA1, ampliando o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam fenótipos malignos no câncer de pâncreas e revelando novos biomarcadores para prognóstico.Título em inglêsDetermination of relevant transcripts in ductal adenocarcinoma of pancreas: the transcriptional landscape of the long non-coding RNAs and protein-encoding RNAs revealed by the total RNAseq analysis of pancreatic adenocarcinomaPalavras-chave em inglêsAlternative splicing lncRNA PDAC Transcriptome UCA1 Xenotumor Resumo em inglêsPancreatic cancer (PC) is the deadliest malignancy, one of the most devastating diseases with the worst survival outcome compared to any cancer. It is touted as the tenth most common cancer and the fourth leading cause of cancer in the United States and Germany. It is projected to be the second leading cause of cancer death in a decade. PC is a heterogeneous set of tumors with high aggressiveness and mortality. Of these tumors, ductal adenocarcinoma (PDAC) is the most frequent type of cancer (80%). Prevention, early detection and treatment face serious problems, and the identification of new markers for diagnosis, prognosis and therapeutic strategies of the disease is urgent. The aim of this study was to perform a high-resolution analysis of pancreatic adenocarcinoma (PDAC) transcriptome to identify new noncoding RNAs, splicing variants, and transcriptional changes associated with malignancy in pancreatic ductal adenocarcinoma. The methodology employed consisted of generating total RNA libraries from 14 paired surgical samples of tumor tissue (PDAC) and adjacent non-tumor tissue for NGS sequencing. From the RNAseq data, the transcriptome assembly was performed using the GENCODE catalog reference to classify the transcripts. Subsequent analyzes of evaluation of transcript characteristics were followed: structural, regulatory markers, potential encoder, independent database detection (miTrascriptome, miT). Secondly, differential expression analysis, survival analysis (using public database) were performed to select potentially relevant transcripts in the PDAC. Genic co-expression networks with biological function enrichment were generated. A series of validations were performed by RT-PCR of new intergenic transcripts and new forms of reconstructed and selected splicing. RT-qPCR was used for validation of aberrant expression of lncRNAs in PDAC, siRNA silencing and subsequent proliferation, migration and invasion assays. Involvement with tumor growth was evaluated by in vivo xenograph assay. Biological function tests to determine an involvement in DNA repair was evaluated by alkaline comet assay and was performed an evaluation of tumorsphere expression enrichment. The assembly reconstructed a total of 90,522 transcripts, of which 41,341 are noted in GENCODE. 6,710 transcripts are new (splicing variant, intergenic RNA, antisense RNA) not noted in the GENCODE reference. Of these 6 new PDAC-enhanced lincRNAs were validated, two of them (TCONS00085964 and TCONS00036574) correlated with changes in survival. New forms of splicing of MMP14, CAPN8, LIF and OCT3 with increased expression in PDAC were also validated. 7 lncRNAs noted with increased expression in PDAC were implicated with tumor migration, invasion and proliferation phenotype: LINC01559; LINC01133, LINC01614; CCAT1; LINC02577; LINC00920 and UCA1. Of these LINC01559 has been shown to regulate the expression of O-glycosylation enzymes (GALNT3 and B3GNT3) involved in maintaining CSCs in PDAC. It has been identified that UCA1 is involved with DNA repair and involved with tumor progression in vivo. It is concluded that the approach of sampling RNAseq from total RNA libraries generated a more accurate transcript catalog of PDAC and revealed IncRNAs functionally implicated in the disease, such as LINC01559 and UCA1, expanding the knowledge about the molecular mechanisms that underlie malignant phenotypes in pancreatic cancer and revealing novel prognostic biomarke
Descritores: Pâncreas
RNA
RNA Antissenso
Transcriptoma
RNA Longo não Codificante
-Encaminhamento e Consulta
Células-Tronco
Ensaio Cometa
Diagnóstico
Enzimas
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T574.88, P149a. 30100026405-Q


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Id: biblio-1361862
Autor: Souza, Ana Paula Silva de.
Título: Caracterização bioquímica e funcional da proteína XadA3 de Xylella fastidiosa / Biochemistry and functional characterization of Xylella fastidiosa XadA3 adhesin.
Fonte: São Paulo; s.n; 2018. 135 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Gram-negativas e é utilizado por diversos patógenos para colonizar seus hospedeiros, sendo o primeiro passo do processo de desenvolvimento do biolfilme. Uma variedade de apêndices celulares e proteínas está envolvida na adesão bacteriana, tais como pili, fimbrias, adesinas fimbriais e afimbriais. O fitopatógeno Xylella fastidiosa, agente causal de importantes doenças como a doença de Pierce de videiras, a clorose variegada dos citros e a síndrome do rápido declínio de oliveiras, possui em sua superfície várias dessas estruturas que são potencialmente responsáveis pela colonização eficiente de insetos-vetores e plantas hospedeiras. Entre as adesinas afimbriais codificadas no genoma dessa bactéria, três XadA (XadA1, Hsf/XadA2 e XadA3) são classificadas como autotransportadores triméricos. Dados da literatura sugerem que XadA1 e XadA2 são importantes para a formação do biofilme, porém a função de XadA3 ainda não havia sido investigada. Nesse trabalho, tivemos como objetivo caracterizar bioquímica e funcionalmente a proteína XadA3 e obter informações adicionais sobre o papel desempenhado por XadA1 e XadA2 na adesão e virulência de X. fastidiosa. Utilizando imunodetecção com um anticorpo policlonal anti-XadA3 por nós obtido, demonstramos que essa proteína localiza-se na superfície bacteriana e medeia a adesão intercelular. A caracterização dos fenótipos de mutantes de deleção de cada um dos genes das adesinas XadA revelou que o mutante ΔxadA3 tem reduzida capacidade de agregação celular e formação de biofilme quando comparado tanto aos mutantes ΔxadA1 e ΔxadA2 como à cepa selvagem Temecula. A deleção dos genes xadA afeta marginalmente o perfil de expressão gênica global avaliado através de RNAseq das cepas mutantes comparativamente à cepa selvagem, porém destaca-se, nas cepas mutantes, o aumento nos níveis dos transcritos de lipases/esterases. Já foi descrito que essas enzimas parecem atuar na degradação do tecido vegetal associada aos sintomas da doença de Pierce de videiras. A deleção de xadA3 resulta em um fenótipo de hipervirulência em videiras, mas também de deficiência de transmissão pelo inseto-vetor. O conjunto dos resultados obtidos nesse trabalho evidenciam o importante papel desempenhado pelas adesinas XadAs, particularmente XadA3, na adesão intercelular, no desenvolvimento do biofilme e na virulência de X. fastidiosa

Adhesion is a widely conserved mechanism of virulence among Gram-negative bacteria that is used by several pathogens to colonize their hosts, being the first step in biolfilm development. A variety of appendages and proteins are involved in bacterial adhesion, such as pili, fimbriae, fimbrial and afimbrials adhesins. The phytopathogen Xylella fastidiosa, causal agent of important diseases such as Pierce's disease of grapevines, citrus variegated chlorosis and olive quick decline syndrome, harbours on its surface several of these structures that are potentially responsible for efficient colonization of insect vectors and plant hosts. Among the afimbrial adhesins encoded in the genome of this bacterium, three XadAs (XadA1, Hsf/XadA2 and XadA3) are classified as trimeric autotransporters. Data from the literature suggest that XadA1 and XadA2 are important for biofilm formation, but XadA3 function has not been yet investigated. In this work, we aimed to biochemically and functionally characterize the XadA3 protein and gather additional information about the role played by XadA1 and XadA2 in X. fastidiosa adhesion and virulence. Using immunodetection with a polyclonal anti-XadA3 antibody, we have demonstrated that this protein localizes to the bacterial surface and mediates intercellular adhesion. Phenotypic characterization of the deletion mutants of XadA adhesins encoded genes revealed that the ΔxadA3 mutant has reduced cell aggregation capacity and biofilm formation when compared to both ΔxadA1 and ΔxadA2 mutants as well as to Temecula wild type strain. Deletion of the xadA genes marginally affects the global gene expression profile assessed by RNA-seq of the mutant strains compared to the wild-type strain, eventhough an increase in lipase/esterase transcripts levels was observed in the mutant strains. It has been reported that these enzymes appear to participate in the degradation of plant tissue that is associated with symptoms of Pierce's disease of grapevines. The deletion of xadA3 results in a phenotype of hypervirulence in grapevines but also of deficiency in insect-vector transmission. The results obtained in this work evidenced the important role played by XadAs adhesins, particularly XadA3, in X. fastidiosa intercellular adhesion, biofilm development and virulence
Descritores: Plantas/metabolismo
Bactérias/classificação
Biofilmes/classificação
Xylella/metabolismo
Sistemas de Secreção Tipo V
Bactérias Gram-Negativas
-Papel (figurativo)
Bioquímica
Doença/classificação
Adesinas Bacterianas
Enzimas
RNA-Seq/instrumentação
Insetos Vetores/química
Anticorpos/farmacologia
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T574.88, S729c. 30100026172-Q


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Id: biblio-1378456
Autor: Andrade Neto, João Batista de; Marinho, Emanuelle Machado; Silva, Cecília Rocha da; Sá, Lívia Gurgel do Amaral Valente; Cabral, Vitória Pessoa de Farias; Cândido, Thiago Mesquita; Silva, Wildson Max Barbosa da; Barbosa, Letícia Bernardo; Cavalcanti, Bruno Coelho; Lima-Neto, Pedro; Marinho, Emmanuel Silva; Gomes, Akenaton Onassis Cardoso Viana; Nobre Júnior, Hélio Vitoriano.
Título: Study of the interactions of di- and tri-terpenes from Stillingia loranthacea with the enzyme NSP16-NSP10 of SARS-CoV-2 / Estudo das interações de di- e tri-terpenos de Stillingia loranthacea com a enzima NSP16-NSP10 de SARS-CoV-2
Fonte: J. Health Biol. Sci. (Online);10(1):1-10, 01/jan./2022. tab, ilus.
Idioma: en.
Resumo: Objective: This study aimed to evaluate the interactions of di- and tri-terpenes from Stillingia loranthacea with the enzyme NSP16-NSP10 of SARS-CoV-2, important for viral replication. Methods: The molecular docking technique was used to evaluate this interaction. Results: The analysis showed that the evaluated compounds obtained RMSD values of 0.888 to 1.944 Å and free energy of -6.1 to -9.4 kcal/mol, with the observation of hydrogen bonds, salt bridges, and pi-sulfur, pi-alkyl, and hydrophobic interactions. Conclusion: Thus, the results obtained show the potential of the compounds analyzed against the selected target. Since computer simulations are only an initial step in projects for the development of antiviral drugs, this study provides important data for future research.

Objetivo: avaliar as interações de di- e tri-terpenos de Stillingia loranthacea com a enzima NSP16-NSP10 de SARS-CoV-2, importante para a replicação viral. Métodos: A técnica de docking molecular foi utilizada para avaliar essa interação. Resultados: A análise mostrou que os compostos avaliados obtiveram valores de RMSD de 0,888 a 1,944 Å e energia livre de -6,1 a -9,4 kcal/mol, observando-se ligações de hidrogênio, pontes salinas e pi-enxofre, pi-alquil, e interações hidrofóbicas. Conclusão: Assim, os resultados obtidos mostram o potencial dos compostos analisados frente ao alvo selecionado. Como as simulações computacionais são apenas um passo inicial nos projetos de desenvolvimento de medicamentos antivirais, este estudo fornece dados importantes para pesquisas futuras.
Descritores: SARS-CoV-2
-Antivirais
Terpenos
Replicação Viral
Enzimas
Simulação de Acoplamento Molecular
Responsável: BR1780.2


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Texto completo SciELO Chile
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Id: lil-684013
Autor: Wilson, Lorena; Illanes, Andrés; Romero, Oscar.
Título: Effect of inactivation and reactivation conditions on activity recovery of enzyme catalysts
Fonte: Electron. j. biotechnol;16(3):15-15, May 2013. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: Fondecyt.
Resumo: Enzymes are labile catalysts with reduced half-life time that can be however improved by immobilization and, furthermore, already inactivated catalyst can be recovered totally or partially, therefore allowing the large scale application of enzymes as process catalysts. In recent years a few studies about reactivation of enzyme catalysts have been published as a strategy to prolong the catalyst lifetime. Reported results are very good, making this strategy an interesting tool to be applied to industrial process. These studies have been focused in the evaluation of different variables that may have a positive impact both in the rate and level of activity recovery, being then critical variables for conducting the reactivation process at productive scale. The present work summarizes the studies done about reactivation strategies considering different variables: type of immobilization, enzyme-support interaction, level of catalyst inactivation prior to reactivation, temperature and presence of modulators.
Descritores: Reagentes para Ligações Cruzadas
Inibidores Enzimáticos
Reativadores Enzimáticos
Enzimas/química
Enzimas Imobilizadas
Catalisador
-Temperatura
Redobramento de Proteína
Desdobramento de Proteína
Concentração de Íons de Hidrogênio
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


  7 / 524 LILACS  
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Id: lil-700402
Autor: Martínez, Ronny; Schwaneberg, Ulrich.
Título: A roadmap to directed enzyme evolution and screening systems for biotechnological applications
Fonte: Biol. Res;46(4):395-405, 2013. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Enzymes have been long used in man-made biochemical processes, from brewing and fermentation to current industrial production of fine chemicals. The ever-growing demand for enzymes in increasingly specific applications requires tailoring naturally occurring enzymes to the non-natural conditions found in industrial processes. Relationships between enzyme sequence, structure and activity are far from understood, thus hindering the capacity to design tailored biocatalysts. In the field of protein engineering, directed enzyme evolution is a powerful algorithm to generate and identify novel and improved enzymes through iterative rounds of mutagenesis and screening applying a specific evolutive pressure. In practice, critical checkpoints in directed evolution are: selection of the starting point, generation of the mutant library, development of the screening assay and analysis of the output of the screening campaign. Each step in directed evolution can be performed using conceptually and technically different approaches, all having inherent advantages and challenges. In this article, we present and discuss in a general overview, challenges of designing and performing a directed enzyme evolution campaign, current advances in methods, as well as highlighting some examples of its applications in industrially relevant enzymes.
Descritores: Biotecnologia/métodos
Evolução Molecular Direcionada/métodos
Enzimas/metabolismo
Engenharia de Proteínas/métodos
-Biocatálise
Enzimas/química
Enzimas/genética
Mutagênese
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


  8 / 524 LILACS  
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Id: lil-795230
Autor: Andreola, Patrícia; Demathé, Adriana; Galafassi, Daniel; Elsemann, Estelamari Barbieri; Elsemann, Rogério Brasiliense; Gazzoni, Alexandra Flávia.
Título: Estudo comparativo entre a produção de fosfolipases extracelulares e proteinases do gênero Candida isoladas a partir de infecções de cavidade oral / Comparative study between extracellular phospholipase and proteinase production in clinically important of the genus Candida isolated in oral candidiasis patients
Fonte: Rev. odontol. UNESP (Online);45(4):219-226, July-Aug. 2016. tab, ilus.
Idioma: pt.
Projeto: CNPq.
Resumo: Introdução: A habilidade da Candida spp. em produzir enzimas proteolíticas, tais como fosfolipase e proteinases, tem um papel importante na patogenicidade destas leveduras. Objetivo: Determinar as espécies causadoras das infecções orais por Candida spp., além de investigar a atividade in vitro das fosfolipases e proteinases em isolados clínicos do gênero Candida, provenientes de pacientes com candidíase oral. Material e método: Isolados de Candida spp., pertencentes à Coleção de Cultivos Fúngicos do Laboratório de Microbiologia e Patologia Oral do Departamento de Odontologia da Faculdade da Serra Gaúcha, foram analisados. Produção de fosfolipases foi analisada utilizando-se Ágar gema de ovo. Liberação de proteinases foi medida utilizando-se extrato de levedura adicionado à albumina bovina. Resultado: Um total de 35 isolados clínicos do gênero Candida foi testado. C. albicans foi a espécie predominante (77%). Os demais isolados identificados foram: C. parapsilosis (20%) e C. tropicalis (2%). Ao comparar a atividade de fosfolipase do grupo C. albicans com o grupo Candida não-albicans, foi encontrada diferença significativa (P=0,04). Não foi encontrada diferença significativa entre a C. albicans e a C. não-albicans, para a produção de proteinase. A liberação de proteinase foi significativamente maior quando comparada à produção de fosfolipase para o gênero Candida (P=0,04). Diferença estatisticamente significativa foi encontrada quando a atividade de fosfolipase e proteinase da C. albicans foi comparada à atividade das espécies de C. não-albicans (P=0,02). Conclusão: Diferentes quantificações de fosfolipase extracelular e atividade de proteinase têm sido atribuídas aos isolados clínicos de C. albicans quando comparados a outras espécies de Candida.

Introduction: The ability of the genus Candida to produce secretory enzimes such as proteinase and phospholipases to play an important role in the patogenicity of these yeasts. Objective: To determine the Candida species isolates from oral cavity infections and to investigate in vitro phospholipase and protease activities in clinically important of the genus Candida isolated in oral candidiasis patients. Material and method: Candida species isolated of the Fungal Culture Collection of Oral Microbiology and Pathology Testing Service Laboratory of the Dentistry Departament of Faculdade da Serra Gaúcha were evaluated. The phospholipases detection was assayed using the egg yolk agar plate method. Determination of protease production was performed in agar plates containing bovine serum albumine and yeasts extract. Result: A total of 35 isolates of the genus Candida were tested. C. albicans was the species predominant (77% of isolates), followed by C. parapsilosis (20%) and C. tropicalis (2%). When compared the phospholipase activity of the C. albicans group with the non-albicans Candida species types group was observed significant difference among of this groups (P=0.04). No statiscally significant difference between the C.albicans and non-albicans Candida species types when was compared to proteinase production. Proteinase production was higher and statiscally significant when compared to phospholipase activity in the genus Candida isolates (P=0.04). Statiscally significant differences were found between phosphoplipases and proteases activity for C. albicans when compared to non-albicans Candida species types (P=0.02). Conclusion: Differences in the secretion rates of phospholipase extracellular and proteases activity have been attributed to clinical strains of C. albicans when compared to others Candida species types.
Descritores: Peptídeo Hidrolases
Fosfolipases
Técnicas In Vitro
Candida
Candida albicans
Candidíase Bucal
Soroalbumina Bovina
Fatores de Virulência
Enzimas
-Leveduras
Infecções
Boca
Responsável: BR39.2 - Biblioteca Professora Maria Dilma de Oliveira Gonçalves


  9 / 524 LILACS  
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Id: lil-772285
Autor: Cavalcanti Luna, Marcos A; Rodrigues Vieira, Edson; Okada, Kaoru; Campos-Takaki, Galba Maria; do Nascimento, Aline Elesbão.
Título: Copper-induced adaptation, oxidative stress and its tolerance in Aspergillus niger UCP1261
Fonte: Electron. j. biotechnol;18(6):418-427, Nov. 2015. ilus, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Council for Scientific and Technological Development-CNPq; . the Foundation for Science and Technology of the State of Pernambuco-FACEPE.
Resumo: Background The effects of exposure to copper, during growth, on the production of biomass, total protein, catalase, glutathione-S transferase, glutathione peroxidase, peroxidase, polyphosphate, acid and alkaline phosphatases, ultrastructure and the ability to remove this metal from Aspergillus niger, obtained from caatinga soil, were evaluated. Results All parameters tested were influenced by the concentration of metal in the culture medium. The presence of metal induced high levels of antioxidant enzymes, including lipid peroxidation, thereby revealing the appearance of an oxidative stress response. The variation in polyphosphate levels indicates the participation of the polymer in response to stress induced by copper. The activities of the phosphatases were positively influenced by growing them in the presence of copper. Ultrastructure changes in the cell surface, electron density, thickness, and septation were visualized by exposing cells to increasingly larger concentrations of metal. The isolate was able to remove the agent from the growth medium, while maintaining its physiological functions. The metal removed from the cultures exposed to 0.5 mM, 1 mM and 2 mM copper exhibited percentages of removal equivalent to 75.78%, 66.04% and 33.51%. Conclusions The results indicate that the isolate was able to grow in high concentrations of copper, activates mechanisms for adaptation and tolerance in the presence of metal, and is highly efficient at removing the agent. Such data are fundamental if a better understanding is to be reached of the cellular and molecular abilities of native isolates, which can be used to develop bioprocesses in environmental and industrial areas.
Descritores: Aspergillus niger/enzimologia
Aspergillus niger/fisiologia
Adaptação Biológica
Estresse Oxidativo
Cobre/química
-Polifosfatos
Microscopia Eletrônica de Varredura
Peroxidação de Lipídeos
Enzimas
Antioxidantes
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


  10 / 524 LILACS  
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Id: biblio-1364424
Autor: Kondeva-Burdina, Magdalena; Simeonova, Rumyana; Shkondrov, Aleksandar; Krasteva, Ilina; Popov, Georgi; Manov, Vassil.
Título: Hepatoprotective and antioxidant effects of alcesefoliside from Astragalus monspessulanus
Fonte: Braz. J. Pharm. Sci. (Online);58:e18902, 2022. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract The hepatoprotective potential of alcesefoliside (AF) from Astragalus monspessulanus was investigated. Iron sulphate/ascorbic acid (Fe2+/AA) lipid peroxidation was induced in rat liver microsomes and pre-incubated with AF and silybin (100, 10 and 1 µmol). Pronounced effects were observed in 100 µmol. In vivo experiments were carried out on rats, challenged orally with carbon tetrachloride (CCl4) alone and after pre-treatment and followed by curative treatment with AF (10 mg/kg). The activity of the serum and antioxidant enzymes, together with reduced glutathione (GSH) levels and malonedialdehyde (MDA) quantity were measured. Microsomal incubation with Fe2+/AA increased MDA production. The pre-incubation with AF reduced the formation of MDA, comparable to silybin. These findings were supported by the in vivo study where CCl4-induced liver damage was discerned by significant increase in serum enzymes and in MDA production as well as by GSH depletion and reduced antioxidant enzymes activity. The AF pre-treatment and consecutive curative treatment normalizes the activity of the serum and antioxidant enzymes alike, as well as the levels of GSH and MDA. Histological examination of AF-treated livers showed a decrease in the abnormal accumulation of lipids in hepatocytes as well as reduced alterative changes in their structure in a model of CCl4-induced toxicity.
Descritores: Astrágalo (Planta)/efeitos adversos
Antioxidantes/análise
-Microssomos Hepáticos
Hepatócitos
Enzimas
Fígado
Limites: Animais
Masculino
Ratos
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas



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