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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-841817
Autor: Requena-Castro, Rocío; Reyes-López, Miguel Ángel; Rodríguez-Reyna, Rosa Eminé; Palma-Nicolás, Prisco; Bocanegra-García, Virgilio.
Título: Molecular detection of mixed infections with multiple dengue virus serotypes in suspected dengue samples in Tamaulipas, Mexico
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;112(7):520-522, July 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: CONACYT.
Resumo: This study aimed to detect dengue virus (DENV) serotypes in serum samples obtained in Matamoros Tamaulipas, Mexico, and to determine the concordance of conventional nested reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and a serological test [enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA NS1)]. Here, we detected mixed infections consisting of four serotypes of DENV. The most prevalent serotype was DENV-1, followed by DENV-4. This is the first report of DENV-4 in our region. Mixed infections were also detected in 21.5% of samples, and the predominant coinfection consisted of DENV-1 and DENV-2. Therefore, continuous epidemiological surveillance of DENV in this area is required to predict future forms of dengue heterologous infections and the effect of this on health care.
Descritores: Ensaio de Imunoadsorção Enzimática
Reação em Cadeia da Polimerase
DNA Polimerase Dirigida por RNA
Dengue/diagnóstico
Dengue/virologia
Vírus da Dengue/genética
Sorogrupo
Anticorpos Antivirais/sangue
-México
Limites: Seres Humanos
Masculino
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-974005
Autor: Peláez Carvajal, Dioselina; Forero, Nidia Janeth; Escalante Mora, Martha; Laiton Donato, Katherine; Usme Ciro, José Aldemar.
Título: Variabilidad genética en regiones codificantes del antígeno de superficie y el dominio de la transcriptasa inversa de la polimerasa del virus de la hepatitis B, Colombia, 2002-2014 / Genetic variability in coding regions of the surface antigen and reverse transcriptase domain of hepatitis B virus polymerase, Colombia, 2002-2014
Fonte: Biomédica (Bogotá);38(supl.2):37-50, ago. 2018. tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. Se estima que 240 millones de personas en el mundo tienen infección crónica con el virus de la hepatitis B (HBV). En Colombia, la endemia es variable y circulan diferentes genotipos virales. Las mutaciones a lo largo del genoma se han asociado con resistencia antiviral, el escape ante la reacción de anticuerpos neutralizadores tras la vacunación o a la infección natural, la infección oculta y la progresión a carcinoma hepatocelular. Objetivo. Identificar los genotipos y las mutaciones presentes en la región codificante del antígeno de superficie (S) y del dominio de la transcriptasa inversa (reverse transcriptase, RT) de la polimerasa del HBV en muestras de suero remitidas al Instituto Nacional de Salud de Colombia para el diagnóstico de hepatitis B, entre el 2002 y el 2014. Materiales y métodos. En 495 muestras de suero positivas para el antígeno de superficie de la hepatitis B (HBsAg) se buscó el ADN viral, se amplificó y secuenció un fragmento de 1.591 nucleótidos y, posteriormente, se hizo el análisis filogenético correspondiente. Resultados. En 66 de las muestras se logró detectar el genoma viral y 28 de ellas se secuenciaron exitosamente. El análisis filogenético permitió identificar los genotipos y subgenotipos F3 y A2. Una muestra presentó simultáneamente las sustituciones de resistencia L180M y M204V, otra presentó la sustitución I169L y en una se identificó la mutación P120Q, previamente asociada con variantes de escape. Dos muestras presentaron una deleción de 105 nucleótidos en la región preS1-preS2. Conclusiones. Se corroboró la circulación en Colombia de los genotipos y subgenotipos F3 y A2, así como la presencia de mutaciones de resistencia y escape. El presente estudio constituye un aporte a la epidemiologia molecular del HBV en Colombia.

Introduction: Despite the availability of an effective vaccine and treatment to reduce the viral load and progressive hepatocellular injury, approximately 240 million people worldwide are chronically infected with the hepatitis B virus (HBV). In Colombia, the circulation of different viral genotypes has been confirmed. Mutations in the genome have been associated to antiviral therapy resistance, viral escape to neutralizing antibodies, occult infection and progression to hepatocellular carcinoma. Objective: To identify the genotypes and the presence of mutations in the coding region of the surface (S) antigen and the reverse transcriptase (RT) domain of the polymerase of HBV obtained from serum samples for hepatitis B diagnosis received by the Instituto Nacional de Salud during the period 2002-2014. Materials and methods: A total of 495 serum samples with previous HBsAg reactive result were used for molecular detection. A fragment of 1,591 nucleotides was sequenced, and the corresponding phylogenetic analysis was performed. Results: We detected the viral genome of HBV in 66 samples and 28 were successfully sequenced. The phylogenetic analysis allowed the identification of subgenotypes F3 and A2. The L180M and M204V resistance mutations were simultaneously identified in one sample, while the I169L resistance mutation was identified in another one. A single escape mutation, P120Q, was identified in one more. Two samples showed a deletion of 105 nucleotides in the preS1-preS2 region. Conclusions: The circulation of genotypes/subgenotypes F3 and A2 of HBV in Colombia was corroborated, as well as the presence of some resistance and escape mutations. The present study constitutes a contribution to the molecular epidemiology of HBV in Colombia.
Descritores: Vírus da Hepatite B
Genótipo
-DNA Polimerase Dirigida por RNA
Mutação
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Linhares, Alexandre da Costa
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Id: biblio-945962
Autor: Oliveira, Alessilva do Socorro Lima de; Linhares, Alexandre da Costa.
Título: Molecular epidemiology of rotavirus G2 infection over a 16-year period (1992-2008) in the Amazon Region of Brazil / Epidemiologia molecular de rotavirus genotipo G2 na Amazonia Brasileira ao longo de 16 anos (1992-2008)
Fonte: Rev. Pan-Amazônica Saúde (Online);2(1):91-91, 2011.
Idioma: en.
Descritores: Diarreia Infantil
Infecções por Rotavirus
-Genótipo
Epidemiologia Molecular
DNA Polimerase Dirigida por RNA
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa/métodos
Limites: Masculino
Feminino
Seres Humanos
Criança
Responsável: BR275.1 - Biblioteca


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Id: biblio-933569
Autor: Lage, Ramon Silva(aut).
Título: A avaliação de citocinas pela RT-PCR em esplenócitos de cães naturalmente infectados com Leishmania chagasi.
Fonte: Belo Horizonte; s.n; 2005. 98 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Bioquímica e Imunologia para obtenção do grau de Mestre.
Descritores: Citocinas
Cães
Leishmania
Reação em Cadeia da Polimerase
DNA Polimerase Dirigida por RNA
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 616.936 4 TE, L174a, 2005. 014050 011338


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-776471
Autor: Ding, Feng; Miao, Xi-Li; Li, Yan-Xia; Dai, Jin-Fen; Yu, Hong-Gang.
Título: Mutations in the S gene and in the overlapping reverse transcriptase region in chronic hepatitis B Chinese patients with coexistence of HBsAg and anti-HBs
Fonte: Braz. j. infect. dis;20(1):1-7, Jan.-Feb. 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China.
Resumo: Abstract Background The mechanism underlying the coexistence of hepatitis B surface antigen and antibodies to HBsAg in chronic hepatitis B patients remains unknown. Aims This research aimed to determine the clinical and virological features of the rare pattern. Methods A total of 32 chronic hepatitis B patients infected by HBV genotype C were included: 15 carrying both HBsAg and anti-HBs (group I) and 17 solely positive for HBsAg (group II). S gene and reverse transcriptase region sequences were amplified, sequenced and compared with the reference sequences. Results The amino acid variability within major hydrophilic region, especially the “a” determinant region, and within reverse transcriptase for regions overlapping the major hydrophilic region in group I is significantly higher than those in group II. Mutation sI126S/T within the “a” determinant was the most frequent change, and only patients from group I had the sQ129R, sG130N, sF134I, sG145R amino acid changes, which are known to alter immunogenicity. Conclusions In chronic patients, the concurrent HBsAg/anti-HBs serological profile is associated with an increased aa variability in several key areas of HBV genome. Additional research on these genetic mutants are needed to clarify their biological significance for viral persistence.
Descritores: Anticorpos Anti-Hepatite B/sangue
Antígenos de Superfície da Hepatite B/sangue
Vírus da Hepatite B/genética
Hepatite B Crônica/genética
Hepatite B Crônica/imunologia
DNA Polimerase Dirigida por RNA/genética
Proteínas do Envelope Viral/genética
-China
DNA Viral
Genótipo
Vírus da Hepatite B/imunologia
Mutação
Reação em Cadeia da Polimerase
Análise de Sequência de DNA
Limites: Adulto
Feminino
Seres Humanos
Masculino
Adulto Jovem
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-772792
Autor: Tavares, Isabel Cristina Ferreira.
Título: Perfil Genotípico de Resistência do HIV em pacientes com falha virológica ao esquema antirretroviral de primeira linha na coorte de pacientes com HIV/AIDS do Instituto de Pesquisa Clinica Evandro Chagas-Fiocruz / Genotypic resistance profile of HIV in patients with virological failure to first-line antiretroviral regimen in a cohort of patients with HIV / AIDS Clinical Research Institute Evandro Chagas-Fiocruz.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2013. xiv,63 p. ilus, graf, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: Introdução: Ao longo dos trinta anos de identificação do HIV como agente etiológico, muitas mudanças ocorreram, principalmente em relação ao tratamento dos pacientes. [...] Objetivos: Descrever o perfil genotípico por ocasião da primeira falha virológica em uso de um esquema inicial de cART; Avaliar o impacto do perfil mutacional no momento da primeira falha no uso potencial da etravirina em esquemas antirretrovirais subsequentes; Descrever o perfil da população baseando-se no escore de mutações da etravirina e analisar os fatores relacionados à redução na sensibilidade a esta droga; Avaliar a prevalência de genotipagens com de vírus selvagem e analisar os fatores associados à sua ocorrência; Descrever os fatores relacionados à mutação K65R na primeira falha à cART. Métodos: Estudo com coleta de dados a partir de prontuários médicos e exames de genotipagem de pacientes com HIV acompanhados no IPEC que tiveram a falha virológica ao esquema antirretroviral inicial no período de 2000 a 2012. [...] Resultados: Foram incluídos 166 pacientes nesse estudo. O subtipo viral predominante foi o B (65,3 por cento). Nos 113 pacientes que usaram esquemas baseados em ITRNN (66,5 por cento), a mutação mais frequente para esta classe foi a 103N. Entre os 17 pacientes que fizeram uso de IP sem booster, as mutações mais frequentes na protease foram a 30N, 32I e 46ILV e entre os 36 pacientes que fizeram uso de IP com booster as mutações mais frequentes na protease foram a 82ATF, 90M e 46ILV...

Introduction: Over thirty years of HIV epidemic, many changes have occurred, especially in term's of patients treatment. [...] Objectives: To describe the genotypic profile at the first virologic failure while using the firstline cART; evaluate the impact of the mutational profile at the time of first failure in the potential subsequent use of etravirine for salvage regimens; describe the profile of the population relying etravirine´s mutations and analyze the factors related to reduced sensitivityto this drug; evaluate the prevalence as well as the associated risk factors of genotyping withthe presence of wild-type virus; describe the factors related to the presence of K65R mutationat the first failure to cART.Methods: The study included data collection from medical records and genotyping of HIV patients followed at IPEC who had presented virologic failure for initial antiretroviral regimenin the period of 2000 to 2012. [...] Results: 166 patients were included in this study.The predominant virus subtype was B (65.3 percent). Among the 113 patients using NNRTI -based regimens, the most frequent mutation to NNRTI was 103N. Among the 17 patients who used an unboosted PI, the most prevalent mutations in protease were 30N, 32I and 46ILV. Among the 36 patients who used boosted PI the most frequent mutations in protease were 82ATF, 90M and 46ILV. The most frequent NRTI mutation into the three groups was 184VI...
Descritores: Antirretrovirais/farmacologia
Técnicas de Genotipagem
HIV
DNA Polimerase Dirigida por RNA
-Terapia Antirretroviral de Alta Atividade
Estudos de Coortes
Zidovudina
Limites: Seres Humanos
Tipo de Publ: Estudos de Avaliação
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: lil-676924
Autor: Cabeça, Tatiane K; Passos, Ana Maria; Granato, Celso; Bellei, Nancy.
Título: Human coronavirus ocurrence in different populations of Sao Paulo: a comprehensive nine-year study using a pancoronavirus RT-PCR assay
Fonte: Braz. j. microbiol;44(1):335-339, 2013. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Sao Paulo.
Resumo: Human coronaviruses (HCoVs) are considered one of the most common respiratory viruses associated with respiratory tract illnesses. An emergent human coronavirus was identified as the causal agent of an epidemic of severe acute respiratory syndrome (SARS) during 2002-2003. The severity of the disease combined with its rapid spread requires the continuous surveillance of coronaviruses in worldwide populations. Epidemiological and clinical data of HCoVs infectious in the Brazilian population are scarce and restricted to one or two groups of patients. Our study aimed to investigate retrospectively the presence of HCoVs in different populations of São Paulo presenting acute respiratory tract infections (ARIs) during the years of 2001-2010. A pancoronavirus RT-PCR was performed in this study. Coronaviruses were detected in 126 (11.5%) of 1,087 specimens. Peaks detection frequency was observed during 2002-2004 and 2008-2009, with the highest detection in 2008. The prevalence of HCoVs was higher among children with heart diseases (24.6%), patients under stem cell transplantation program (24.3%) and renal transplanted patients (20.2%). Coryza, cough and fever were the most common symptoms at presentation of positive cases and wheezing, a lower respiratory tract infection symptom was reported by 12% of the total, and 27% of high at-risk patients. HCoVs may have an important role among patients with underlying conditions and transplanted ones
Descritores: Infecções por Coronavirus
/isolamento & purificação
CORONAVIRUS HUMANO ADAPTATION, OCULARE/isolamento & purificação
Técnicas de Diagnóstico do Sistema Respiratório
Doenças Respiratórias
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
DNA Polimerase Dirigida por RNA
-Epidemiologia
Métodos
Pacientes
Limites: Seres Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR32.1 - Serviço de Biblioteca e Informação Biomédica


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Id: lil-604062
Autor: Ganazza, Monica Aparecida.
Título: Estudo de doença residual minima em leucemia linfoide aguda da criança e do adolescente / Minimal residual disease study in acute lymphoblastic leukemia of child and adolesce.
Fonte: Campinas; s.n; 2009. 130 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A leucemia linfóide aguda (LLA) é o câncer mais comum da infância. Os atuais protocolos de tratamento da LLA levam à cura em 70 por cento dos casos e parte do sucesso se deve à aplicação de diferentes tratamentos para os pacientes estratificados em diferentes grupos de risco, segundo fatores prognóstico pré-tratamento (contagem leucocitária e idade ao diagnóstico). Contudo, pacientes considerados em remissão podem apresentar conteúdo substancial de células neoplásicas, chamada doença residual mínima (DRM), cuja proliferação está associada com a recaída da doença e que podem estar em níveis indetectáveis pelas técnicas convencionais de análise morfológica. Vários trabalhos têm mostrado que é possível prever a evolução clínica dos pacientes com base na DRM, porém, no protocolo do Grupo Brasileiro de Tratamento da Leucemia Infantil (GBTLI), a DRM não é utilizada como critério de realocação dos pacientes nos grupos de risco. Desta forma, o presente estudo objetivou (1) obter dados prospectivos de DRM com o uso de reação em cadeia da polimerase (PCR) para detecção de rearranjos de genes de imunoglobulina (Ig) e receptores de células T (TCR); (2) comparar resultados de DRM com fatores prognósticos ao diagnóstico e de resposta utilizados nos protocolos do GBTLI e (3) avaliar o valor preditivo da DRM em pacientes tratados pelo protocolo GBTLI-99. No total, foram estudadas 91 amostras de LLA pediátrica classificadas...

Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most common pediatric cancer. The recent ALL treatment protocols can achieve the complete remission in 70 per cent of cases and this success is due to different treatments for patients stratified into different risk groups , according to pre-treatment prognostic factors (white count cells and diagnosis age). Therefore, patients considered in remission may have substantial contents of neoplasic cells, the minimal residual disease (MRD). The proliferation of such neoplasic cells is associated with disease relapse and they can be undeteced by conventional methods. It has been demonstrated that the clinical evolution of patients based on MRD can be forecasted. Therefore, in the Brazilian Group for Childhood Leukemia Treatment (GBTLI), MRD is not used as a reallocation criterion of patients in risk groups. The present study aimed to (1) obtain MRD data through the use of polymerase chain reaction (PCR) for the detection of immunoglobulin (Ig) and T cell receptor genes rearrangements (TCR); (2) compare the results of MRD with prognostic factors at diagnosis and response factors used in the GBTLI protocols and (3) estimate the predictive value of MRD in patients treated...
Descritores: Células da Medula Óssea
Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células Precursoras/terapia
Neoplasia Residual
-Leucemia Aguda Bifenotípica
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
DNA Polimerase Dirigida por RNA
Resultado do Tratamento
Limites: Seres Humanos
Masculino
Feminino
Criança
Adolescente
Responsável: BR734.1 - Biblioteca Central Cesar Lattes - BCCL
BR734.1; T/UNICAMP, G15e


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Id: lil-559197
Autor: Gallazzi, Viviana Nilla Olavarria.
Título: Frequência das mutações que conferem resistência aos anti-retrovirais em um grupo de indivíduos infectados pelo HIV-1, em Salvador, Bahia / Frequency of mutations that confer resistance to antiretroviral drugs in a group of individuals infected by HIV-1 in Salvador, Bahia.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2003. 95 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: A grande variabilidade genética do HIV é um importante obstáculo para a manutenção de terapêuticas de longa eficácia. Assim, o conhecimento sistemático das mutações que conferem resistência aos anti-retrovirais é de grande importância clínica e terapêutica. A partir de uma coleção de plasma de pacientes do Estado da Bahia, realizamos um estudo com o intuito de investigar a freqüência de mutações que conferem resistência aos anti-retrovirais, empregando o ensaio LIPA HIV-1 RT para analisar as mutações no gene da transcriptase reversa e a técnica de RFLP, utilizando a enzima de restrição Hinc lI, para identificar as mutações nas posições 82 e 90 no gene da protease. As amostras selecionadas foram provenientes de pacientes virgens de tratamento (VT; n=22) e de pacientes que estavam sob terapia antiretroviral, na forma de terapia dupla com INTR (TD; n=48) e terapia tripla com INTR e inibidores da protease (TT; n=41). Neste último grupo, realizamos também o teste fenotípico HIV-1 PR/RT Antivirogram TM VIRCO em 17 pacientes. No grupo de pacientes VT, apenas 1/20 (5%) apresentou a mutação M184V no gene da TR, enquanto que 3/22 (13,6%) apresentaram a mutação L90M no gene da protease. Já no grupo TD, encontramos mutações que conferem resistência ao AZT como T215Y/F, K70R e L41M em, respectivamente, 60%, 48% e 48% das amostras analisadas. Mutações que conferem resistência ao 3TC (M184V-44%) e ao ddI (L746%). Nos indivíduos sob TT, as freqüências de mutações no gene da protease foram de 34%-V82A, 15%-L90M e 39%- V82AJL90M. A análise fenotípica mostrou que as drogas menos ativas dos INTR foram AZT e 3TC e dos IP foram saquinavir, ritonavir, indinavir e nelfinavir. Estes resultados estão de acordo com a elevada freqüência de mutações encontradas no gene da protease V82A-60%, L90M-24% e V82AJL90M-65%. Nossos resultados mostram que as mutações genotípicas encontradas têm uma forte correlação com o tipo de drogas anti-retrovirais em uso pelos pacientes incluídos no estudo.
Descritores: Antirretrovirais
DNA Polimerase Dirigida por RNA/imunologia
HIV-1
Síndrome de Imunodeficiência Adquirida/epidemiologia
Limites: Seres Humanos
Responsável: BR344.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas Eurydice Pires de SantAnna
BR344.1 Biblioteca de Ciências Biomédicas Eurydice Sant'Anna


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Id: lil-539586
Autor: Lage, Ramon Silva.
Título: A avaliação de citocinas pela RT-PCR em esplenócitos de cães naturalmente infectados com Leishmania chagasi / Evaluation of cytokines by RT-PCR in splenocytes of dogs naturally infected with Leishmania chagasi.
Fonte: Belo Horizonte; s.n; 2005. 98 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Bioquímica e Imunologia para obtenção do grau de Mestre.
Descritores: Citocinas
Cães
Leishmania
Reação em Cadeia da Polimerase
DNA Polimerase Dirigida por RNA
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 616.936 4 TE, L174a, 2005. 014050 011338



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