Base de dados : LILACS
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Id: biblio-950865
Autor: Berthet, Nicolas; Descorps-Declère, Stéphane; Nkili-Meyong, Andriniaina Andy; Nakouné, Emmanuel; Gessain, Antoine; Manuguerra, Jean-Claude; Kazanji, Mirdad.
Título: Improved assembly procedure of viral RNA genomes amplified with Phi29 polymerase from new generation sequencing data
Fonte: Biol. Res;49:1-8, 2016. ilus, graf, tab.
Idioma: en.
Projeto: Institut Pasteur. Programme Transversal de Recherche.
Resumo: BACKGROUND: New sequencing technologies have opened the way to the discovery and the characterization of pathogenic viruses in clinical samples. However, the use of these new methods can require an amplification of viral RNA prior to the sequencing. Among all the available methods, the procedure based on the use of Phi29 polymerase produces a huge amount of amplified DNA. However, its major disadvantage is to generate a large number of chimeric sequences which can affect the assembly step. The pre-process method proposed in this study strongly limits the negative impact of chimeric reads in order to obtain the full-length of viral genomes. FINDINGS: Three different assembly softwares (ABySS, Ray and SPAdes) were tested for their ability to correctly assemble the full-length of viral genomes. Although in all cases, our pre-processed method improved genome assembly, only its combination with the use of SPAdes allowed us to obtain the full-length of the viral genomes tested in one contig. CONCLUSIONS: The proposed pipeline is able to overcome drawbacks due to the generation of chimeric reads during the amplification of viral RNA which considerably improves the assembling of full-length viral genomes.
Descritores: RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
RNA Viral
Genoma Viral
Análise de Sequência de RNA/métodos
Montagem de Vírus
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico/métodos
-Valores de Referência
Software
República Centro-Africana
Reprodutibilidade dos Testes
Alphavirus/genética
Mengovirus/genética
Biologia Computacional
Mapeamento de Sequências Contíguas
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Id: lil-780813
Autor: Café Oliveira, Luita Nice; Muniz-Sobrinho, Jairo da Silva; Viana-Magno, Luiz Alexandre; Oliveira Melo, Sônia Cristina; Macho, Antonio; Rios-Santos, Fabrício.
Título: Detection of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Brazil using a multimarker genetic assay for katG and rpoB genes
Fonte: Braz. j. infect. dis;20(2):166-172, Mar.-Apr. 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Multidrug-resistant tuberculosis (MDRTB) is a serious world health problem that limits public actions to control tuberculosis, because the most used anti-tuberculosis first-line drugs fail to stop mycobacterium spread. Consequently, a quick detection through molecular diagnosis is essential to reduce morbidity and medical costs. Despite the availability of several molecular-based commercial-kits to diagnose multidrug-resistant tuberculosis, their diagnostic value might diverge worldwide since Mycobacterium tuberculosis genetic variability differs according to geographic location. Here, we studied the predictive value of four common mycobacterial mutations in strains isolated from endemic areas of Brazil. Mutations were found at the frequency of 41.9% for katG, 25.6% for inhA, and 69.8% for rpoB genes in multidrug-resistant strains. Multimarker analysis revealed that combination of only two mutations (“katG/S315T + rpoB/S531L”) was a better surrogate of multidrug-resistant tuberculosis than single-marker analysis (86% sensitivity vs. 62.8%). Prediction of multidrug-resistant tuberculosis was not improved by adding a third or fourth mutation in the model. Therefore, rather than using diagnostic kits detecting several mutations, we propose a simple dual-marker panel to detect multidrug-resistant tuberculosis, with 86% sensitivity and 100% specificity. In conclusion, this approach (previous genetic study + analysis of only prevalent markers) would considerably decrease the processing costs while retaining diagnostic accuracy.
Descritores: Proteínas de Bactérias/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
Catalase/genética
Farmacorresistência Bacteriana Múltipla/genética
Isoniazida/farmacologia
Antituberculosos/farmacologia
-Rifampina/farmacologia
DNA Bacteriano
Testes de Sensibilidade Microbiana
Marcadores Genéticos
Reação em Cadeia da Polimerase
Valor Preditivo dos Testes
Sensibilidade e Especificidade
Tuberculose Resistente a Múltiplos Medicamentos/microbiologia
Genótipo
Mutação/genética
Mycobacterium tuberculosis/efeitos dos fármacos
Mycobacterium tuberculosis/genética
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Estudo de Validação
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Id: lil-731304
Autor: Santos, Osmara Alves dos; Borges, Ana Luiza Vilela; Chofakian, Christiane Borges do Nascimento; Pirotta, Kátia Cibelle Machado.
Título: Determinants of emergency contraception non-use among women in unplanned or ambivalent pregnancies / Determinantes del no uso de la anticoncepción de emergencia entre mujeres con embarazo no planeado u ambivalente / Determinantes do não uso da anticoncepção de emergência entre mulheres com gravidez não planejada ou ambivalente
Fonte: Rev. Esc. Enferm. USP;48(spe):16-22, 08/2014. tab.
Idioma: en.
Projeto: CNPq.
Resumo: Objective To analyze the determinants of emergency contraception non-use among women in unplanned and ambivalent pregnancies. Method Cross-sectional study with a probabilistic sample of 366 pregnant women from 12 primary health care units in the city of São Paulo, Brazil. A multinomial logistic regression was performed, comparing three groups: women who used emergency contraception to prevent ongoing pregnancies (reference); women who made no use of emergency contraception, but used other contraceptive methods; and women who made no use of any contraceptive methods at all. Results Cohabitation with a partner was the common determinant of emergency contraception non-use. No pregnancy risk awareness, ambivalent pregnancies and no previous use of emergency contraception also contributed to emergency contraception non-use. Conclusion Apart from what is pointed out in the literature, knowledge of emergency contraception and the fertile period were not associated to its use. .

Objetivo Analizar los determinantes del no uso de la anticoncepción de emergencia entre las mujeres con embarazo no planeado o ambivalente. Método Estudio transversal en una muestra probabilística de 366 mujeres embarazadas de 12 Unidades Básicas de Salud de São Paulo. Mediante regresión logística multinomial, se comparó tres grupos de mujeres: aquellas que usaron la anticoncepción de emergencia para prevenir el embarazo en curso (referencia), aquellas que usaron algún método anticonceptivo, pero no la anticoncepción de emergência; y aquellas que no usaron ningún método. Resultados Los hallazgos mostraron que vivir com la pareja fue el determinante común del no uso de la anticoncepción de emergencia. No tener conciencia del riesgo de embarazo, estar en un embarazo ambivalente y nunca tener utilizado la anticoncepción de emergencia también fueron associados con su no uso para prevenir el embarazo en curso. Conclusión Contrariamente a lo que reporta la literatura, el conocimiento de la anticoncepción de emergencia y el período fértil no mostró asociación con el no uso. .

Objetivo Analisar os determinantes do não uso da anticoncepção de emergência entre mulheres com gravidez não planejada ou ambivalente. Método Estudo transversal com amostra probabilística de 366 gestantes de 12 Unidades Básicas de Saúde da cidade de São Paulo. Por meio de regressão logística multinomial, compararam-se três grupos de mulheres: as que usaram anticoncepção de emergência para prevenir a gravidez em curso (referência); as que usaram algum método contraceptivo, mas não anticoncepção de emergência; e as que não usaram nenhum método. Resultados Os achados mostraram que morar com o parceiro foi o determinante comum do não uso da anticoncepção de emergência. Não ter consciência do risco de engravidar, estar em uma gravidez ambivalente e nunca ter usado anticoncepção de emergência também foram associados ao seu não uso para prevenir a gravidez em curso. Conclusão Diferentemente do que relata a literatura, o conhecimento sobre anticoncepção de emergência e sobre o período fértil não mostrou qualquer associação ao não uso. .
Descritores: Proteínas de Ligação a DNA
Escherichia coli/genética
Mapeamento de Interação de Proteínas/métodos
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
-Bacteriófago lambda/genética
DNA Bacteriano/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/biossíntese
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/fisiologia
Proteínas de Escherichia coli/biossíntese
Proteínas de Escherichia coli/genética
Proteínas de Escherichia coli/fisiologia
Escherichia coli/enzimologia
Genes Reporter/genética
Fosforilação
Plasmídeos/biossíntese
Plasmídeos/genética
Regiões Promotoras Genéticas/genética
RNA Bacteriano/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/biossíntese
Proteínas Recombinantes de Fusão/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/fisiologia
Proteínas Repressoras/biossíntese
Proteínas Repressoras/genética
Proteínas Repressoras/fisiologia
Transcrição Genética/genética
Transcrição Genética/fisiologia
Proteínas Virais/biossíntese
Proteínas Virais/genética
Proteínas Virais/fisiologia
Proteínas Virais Reguladoras e Acessórias
beta-Galactosidase/biossíntese
beta-Lactamases/biossíntese
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Id: lil-731255
Autor: Spada, Julio Cesar Pereira; Silva, Diogo Tiago da; Martins, Kennya Rozy Real; Rodas, Lílian Aparecida Colebrusco; Alves, Maria Luana; Faria, Glaucia Amorim; Buzutti, Marcelo Costa; Silva, Hélio Ricardo; Starke-Buzetti, Wilma Aparecida.
Título: Occurrence of Lutzomyia longipalpis (Phlebotominae) and canine visceral leishmaniasis in a rural area of Ilha Solteira, SP, Brazil / Ocorrência de Lutzomyia longipalpis (Phlebotominae) e leishmaniose visceral canina em uma área rural de Ilha Solteira, SP, Brasil
Fonte: Rev. bras. parasitol. vet;23(4):456-462, Oct-Dec/2014. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: the Research Support Foundation of São Paulo State (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP); . the Research Support Foundation of São Paulo State (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP).
Resumo: This study aimed to investigate the occurrence of Lutzomyia longipalpis and also the canine visceral leishmaniasis (CVL) in a rural area of Ilha Solteira, state of São Paulo. Blood samples were collected from 32 dogs from different rural properties (small farms) and were analyzed by ELISA and the indirect immunofluorescence antibody test (IFAT) in order to diagnose CVL. From these serological tests, 31.25% of the dogs were positive for CVL and these were distributed in 66.7% (8/12) of the rural properties, which were positive for L. longipalpis. CDC (Center for Disease Control and Prevention) light traps were installed in 12 properties (one per property) and insects were caught on three consecutive days per month for one year. L. longipalpis was present on 100% of the rural properties visited, at least once during the twelve-month interval, totaling 64 males and 25 females. The insects were more numerous after the peak of the rain, but the association between prevalence of peridomestic vectors and the climatic data (precipitation, relative air humidity and temperature) and the occurrences of CVL among dogs on each rural property were not statistical significant (p <0.05). However, the occurrence of CVL cases in dogs and the presence of L. longipalpis indicate that more attention is necessairy for the control of this disease in the rural area studied.

O objetivo desse trabalho foi o estudo da prevalência de Lutzomyia longipalpis e da leishmaniose visceral canina (LVC) em uma área rural do município de Ilha Solteira do estado de São Paulo. Amostras de sangue foram coletadas de 32 cães provenientes de pequenas propriedades rurais e analisadas por meio dos métodos sorológicos ELISA (imunoensaio enzimático indireto) e RIFI (reação de imunofluorescência indireta) para o diagnóstico da LVC. Pelos exames sorológicos, dos 32 cães avaliados, 31,25% foram diagnosticados positivos para LVC, os quais estavam diostribuídos em 66,67% (8/12) das propriedades positivas para Lutzomyia longipalpis. Armadilhas luminosas do tipo CDC (Center for Disease Control and Prevention) foram instaladas em 12 propriedades, sendo uma por propriedade, e as coletas dos insetos foram realizadas três dias consecutivos a cada mês, durante um ano. O inseto L. longipalpis foi encontrado em 100% das propriedades visitadas, pelo menos uma vez no ano, totalizando 65 machos e 25 fêmeas. A maior quantidade de insetos foi observada principalmente após a ocorrência dos maiores picos de precipitação pluvial, mas a associação entre a prevalência dos vetores peridomiciliares e os dados climáticos (precipitação, umidade relativa do ar e temperatura) assim como a ocorrência da CVL em cães em cada propriedade não foi estatisticamente significante (p<0.05). No entanto, alerta-se que pela presença dos casos de LVC nos cães amostrados e também de L. longipalpis, maior atenção deve ser dada durante as investigações epidemiológicas para o controle dessa doença nessa área rural estudada.
Descritores: Proteínas de Ligação a DNA/fisiologia
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/química
Escherichia coli/enzimologia
Fator sigma/química
Fatores de Transcrição/fisiologia
Proteínas Virais/fisiologia
-DNA
Proteínas de Ligação a DNA/química
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/fisiologia
Fator sigma/fisiologia
Fatores de Transcrição/química
Transcrição Genética
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
Proteínas Virais/química
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.
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Id: lil-755821
Autor: Gu, Quan; Li, Xunde; Qu, Pinghua; Hou, Shuiping; Li, Juntao; Atwill, Edward R.; Chen, Shouyi.
Título: Characterization of Francisella species isolated from the cooling water of an air conditioning system
Fonte: Braz. j. microbiol;46(3):921-927, July-Sept. 2015. tab, ilus.
Idioma: en.
Projeto: Guangzhou Science and Technology Program; . Key Medicine Discipline Construction of Guangzhou Municipality.
Resumo:

Strains of Francisella spp. were isolated from cooling water from an air conditioning system in Guangzhou, China. These strains are Gram negative, coccobacilli, non-motile, oxidase negative, catalase negative, esterase and lipid esterase positive. In addition, these bacteria grow on cysteine-supplemented media at 20 °C to 40 °C with an optimal growth temperature of 30 °C. Analysis of 16S rRNA gene sequences revealed that these strains belong to the genus Francisella. Biochemical tests and phylogenetic and BLAST analyses of 16S rRNA, rpoB and sdhA genes indicated that one strain was very similar to Francisella philomiragia and that the other strains were identical or highly similar to the Francisella guangzhouensis sp. nov. strain 08HL01032 we previously described. Biochemical and molecular characteristics of these strains demonstrated that multiple Francisella species exist in air conditioning systems.

.
Descritores: Ar Condicionado
Proteínas de Bactérias/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
Francisella
Flavoproteínas/genética
Microbiologia da Água
-Sequência de Bases
China
DNA Bacteriano/genética
DNA Ribossômico/genética
Francisella/classificação
Francisella/genética
Francisella/isolamento & purificação
Dados de Sequência Molecular
Tipagem Molecular
Filogenia
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/genética
Análise de Sequência de DNA
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
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Id: lil-749718
Autor: Jung, Lenice Roteia Cardoso; Bomfim, Maria Rosa Quaresma; Kroon, Erna Geessien; Nunes, Álvaro Cantini.
Título: Identification of Leptospira serovars by RFLP of the RNA polymerase beta subunit gene (rpoB)
Fonte: Braz. j. microbiol;46(2):465-476, Apr-Jun/2015. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Leptospires are usually classified by methods based on DNA-DNA hybridization and the conventional cross-agglutination absorption test, which uses polyclonal antibodies against lipopolysaccharides. In this study, the amplification of the rpoB gene, which encodes the beta-subunit of RNA polymerase, was used as an alternative tool to identify Leptospira. DNA extracts from sixty-eight serovars were obtained, and the hypervariable region located between 1990 and 2500-bp in the rpoB gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR). The 600-bp amplicons of the rpoB gene were digested with the restriction endonucleases TaqI, Tru1I, Sau3AI and MslI, and the restriction fragments were separated by 6% polyacrylamide gel electrophoresis. Thirty-five fragment patters were obtained from the combined data of restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis and used to infer the phylogenetic relationships among the Leptospira species and serovars. The species assignments obtained were in full agreement with the established taxonomic classifications. Twenty-two serovars were effectively identified based on differences in their molecular profiles. However, the other 46 serovars remained clustered in groups that included more than one serovar of different species. This study demonstrates the value of RFLP analysis of PCR-amplified rpoB as an initial method for identifying Leptospira species and serovars.
Descritores: RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
Leptospira/classificação
Leptospira/genética
Técnicas de Diagnóstico Molecular/métodos
Reação em Cadeia da Polimerase
Polimorfismo de Fragmento de Restrição
-Análise por Conglomerados
Enzimas de Restrição do DNA/metabolismo
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida
Genótipo
Leptospira/isolamento & purificação
Dados de Sequência Molecular
Filogenia
Análise de Sequência de DNA
Sorogrupo
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-741309
Autor: Lilenbaum, Walter; Kremer, Frederico; Ristow, Paula; Dellagostin, Odir; Bourhy, Pascale; Hartskeerl, Rudy; Vasconcellos, Silvio.
Título: Molecular characterization of the first leptospires isolated from goats in Brazil
Fonte: Braz. j. microbiol;45(4):1527-1530, Oct.-Dec. 2014. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Two Leptospira sp. isolates were obtained by the first time from goats in Brazil and characterized by sequencing rrs, rpoB and secY genes, PFGE and typing with monoclonal antibodies. Both isolates are identical and belong to Leptospira santarosai. Analysis of the rrs and the rpoB genes sequences revealed 100% identity between the goat isolates and the Bananal reference strain. When secY sequences of the two isolates were compared to each other, it was observed that they had identical sequences. However, when compared to that of the Bananal reference strain, there were 15 mismatches along the 549 bp secY sequence. In conclusion, molecular methods are increasingly useful for the characterization of leptospires and allowed to identify those isolates of caprine origin as closely related but not identical to serovar Bananal, and constitute a new type named Carioca.
Descritores: Infecções Assintomáticas
Leptospira/isolamento & purificação
Leptospirose/veterinária
-Sequência de Bases
Brasil
Proteínas de Bactérias/genética
DNA Bacteriano/química
DNA Bacteriano/genética
DNA Ribossômico/química
DNA Ribossômico/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
Cabras
Leptospira/classificação
Leptospira/genética
Leptospirose/microbiologia
Dados de Sequência Molecular
Análise de Sequência de DNA
Homologia de Sequência
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
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Id: lil-732956
Autor: Bridi, Adriana Carla; Louro, Thiago Quinellato; Silva, Roberto Carlos Lyra da.
Título: Clinical Alarms in intensive care: implications of alarm fatigue for the safety of patients / Alarmes clínicos em terapia intensiva: implicações da fadiga de alarmes para a segurança do paciente / Alarmas clínicas en terapia intensiva: implicaciones de la fatiga de alarmas para la seguridad del paciente
Fonte: Rev. latinoam. enferm;22(6):1034-1040, 16/12/2014. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: OBJECTIVES: to identify the number of electro-medical pieces of equipment in a coronary care unit, characterize their types, and analyze implications for the safety of patients from the perspective of alarm fatigue. METHOD: this quantitative, observational, descriptive, non-participatory study was conducted in a coronary care unit of a cardiology hospital with 170 beds. RESULTS: a total of 426 alarms were recorded in 40 hours of observation: 227 were triggered by multi-parametric monitors and 199 were triggered by other equipment (infusion pumps, dialysis pumps, mechanical ventilators, and intra-aortic balloons); that is an average of 10.6 alarms per hour. CONCLUSION: the results reinforce the importance of properly configuring physiological variables, the volume and parameters of alarms of multi-parametric monitors within the routine of intensive care units. The alarms of equipment intended to protect patients have increased noise within the unit, the level of distraction and interruptions in the workflow, leading to a false sense of security. .

OBJETIVOS: identificar o número de alarmes dos equipamentos eletromédicos numa unidade coronariana, caracterizar o tipo e analisar as implicações para a segurança do paciente na perspectiva da fadiga de alarmes. MÉTODO: trata-se de estudo quantitativo observacional descritivo, não participante, desenvolvido numa unidade coronariana de um hospital de cardiologia, com capacidade para 170 leitos. RESULTADOS: registrou-se o total de 426 sinais de alarmes, sendo 227 disparados por monitores multiparamétricos e 199 alarmes disparados por outros equipamentos (bombas infusoras, hemodiálise, ventiladores mecânicos e balão intra-aórtico), nas 40h, numa média total de 10,6 alarmes/hora. CONCLUSÃO: os resultados encontrados reforçam a importância da configuração de variáveis fisiológicas, do volume e dos parâmetros de alarmes dos monitores multiparamétricos à rotina das unidades de terapia intensiva. Os alarmes dos equipamentos destinados a proteger os pacientes têm conduzido ao aumento do ruído na unidade, à fadiga de alarmes, a distrações e interrupções no fluxo de trabalho e à falsa sensação de segurança. .

OBJETIVOS: identificar el número de alarmas de los equipamientos electromédicos en una unidad coronariana, caracterizar el tipo y analizar las implicaciones para la seguridad del paciente en la perspectiva de fatiga de alarmas. MÉTODO: se trata de un estudio cuantitativo, observacional, descriptivo, no participante, desarrollado en una unidad coronariana de un hospital de cardiología, con capacidad de 170 camas. RESULTADOS: se registró un total de 426 señales de alarmas, siendo 227 disparadas por monitores multiparamétricos y 199 disparadas por otros equipamientos (bombas de infusión, hemodiálisis, ventiladores mecánicos y balón intraaórtico), durante 40h, con un promedio total de 10,6 alarmas/hora. CONCLUSIÓN: los resultados encontrados refuerzan la importancia de la configuración de las variables fisiológicas, del volumen y de los parámetros de alarma de los monitores multiparamétricos, a la rutina de las unidades de terapia intensiva. Las alarmas de los equipamientos destinados a proteger a los pacientes, han llevado al aumento del ruido en la unidad, a la fatiga de alarmas, a las distracciones e interrupciones en el flujo de trabajo y a una falsa sensación de seguridad. .
Descritores: RNA Polimerases Dirigidas por DNA/metabolismo
Proteínas Oncogênicas Virais/genética
RNA Polimerase III/metabolismo
Sarcosina/análogos & derivados
Fatores de Transcrição TFIII
Transcrição Genética
Fatores de Transcrição/metabolismo
-Proteínas Precoces de Adenovirus
Detergentes
Proteínas de Ligação a DNA/genética
Células HeLa
Cinética
Sarcosina/farmacologia
Fator de Transcrição TFIIIB
Fatores de Transcrição/genética
Transcrição Genética/efeitos dos fármacos
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-640544
Autor: Moo, Leydi de Rocio Canche; González, Angela Kú; Rodríguez-Zapata, Luis Carlos; Suarez, Victor; Castaño, Enrique.
Título: Expression of rna polymerase IV and V in oryza sativa
Fonte: Electron. j. biotechnol;15(2):9-9, Mar. 2012. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: CONACYT.
Resumo: RNA polymerase IV and V are principal players in the RdDM pathway, where their current study has shown interaction of several factors that control DNA silencing of intergenic regions and siRNA production. DNA silencing is an important process during cell differentiation, nuclear structure and viral control. However, RNA pol IV and V are yet to be study in model monocot systems like Oryza sativa that can provide further information on genetic silence mechanism in plats. We show the expression pattern of these polymerases in tissues extracts of Oryza sativa. Detectable amounts of these polymerases are found in specific adult plant tissues and particularly expressed during somatic embryogenesis but not during early stages of normal embryo development. The use of synthetic auxin leads to an induction of both RNA pol IV and V in scutellum tissue where nuclear localization may be required for genome reorganization and gene silencing.
Descritores: RNA Polimerases Dirigidas por DNA/metabolismo
Oryza/enzimologia
Oryza/genética
-RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
Western Blotting
Desenvolvimento Embrionário
Imunofluorescência
Inativação Gênica
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Sementes
Limites: Lactente
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-592180
Autor: Ramos, Patrícia Locosque; Moreira-Filho, Carlos Alberto; Van Trappen, Stefanie; Swings, Jean; Vos, Paul De; Barbosa, Heloiza Ramos; Thompson, Cristiane Carneiro; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro; Thompson, Fabiano Lopes.
Título: An MLSA-based online scheme for the rapid identification of Stenotrophomonas isolates
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;106(4):394-399, June 2011. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: CNPq; . FAPESP; . CNPq; . IFS; . FAPESP.
Resumo: An online scheme to assign Stenotrophomonas isolates to genomic groups was developed using the multilocus sequence analysis (MLSA), which is based on the DNA sequencing of selected fragments of the housekeeping genes ATP synthase alpha subunit (atpA), the recombination repair protein (recA), the RNA polymerase alpha subunit (rpoA) and the excision repair beta subunit (uvrB). This MLSA-based scheme was validated using eight of the 10 Stenotrophomonas species that have been previously described. The environmental and nosocomial Stenotrophomonas strains were characterised using MLSA, 16S rRNA sequencing and DNA-DNA hybridisation (DDH) analyses. Strains of the same species were found to have greater than 95 percent concatenated sequence similarity and specific strains formed cohesive readily recognisable phylogenetic groups. Therefore, MLSA appeared to be an effective alternative methodology to amplified fragment length polymorphism fingerprint and DDH techniques. Strains of Stenotrophomonas can be readily assigned through the open database resource that was developed in the current study (www.steno.lncc.br/).
Descritores: DNA Bacteriano
Tipagem de Sequências Multilocus/métodos
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/EEET
Stenotrophomonas
-Técnicas de Tipagem Bacteriana
RNA Polimerases Dirigidas por DNA
Filogenia
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME



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