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Id: biblio-889243
Autor: Biswas, Subhajit; Jackson, Philippa; Shannon, Rebecca; Dulwich, Katherine; Sukla, Soumi; Dixon, Ronald A.
Título: Molecular screening of blue mussels indicated high mid-summer prevalence of human genogroup II Noroviruses, including the pandemic "GII. 4 2012" variants in UK coastal waters during 2013
Fonte: Braz. j. microbiol;49(2):279-284, Apr.-June 2018. graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract This molecular study is the first report, to the best of our knowledge, on identification of norovirus, NoV GII.4 Sydney 2012 variants, from blue mussels collected from UK coastal waters. Blue mussels (three pooled samples from twelve mussels) collected during the 2013 summer months from UK coastal sites were screened by RT-PCR assays. PCR products of RdRP gene for noroviruses were purified, sequenced and subjected to phylogenetic analysis. All the samples tested positive for NoVs. Sequencing revealed that the NoV partial RdRP gene sequences from two pooled samples clustered with the pandemic "GII.4 Sydney variants" whilst the other pooled sample clustered with the NoV GII.2 variants. This molecular study indicated mussel contamination with pathogenic NoVs even during mid-summer in UK coastal waters which posed potential risk of NoV outbreaks irrespective of season. As the detection of Sydney 2012 NoV from our preliminary study of natural coastal mussels interestingly corroborated with NoV outbreaks in nearby areas during the same period, it emphasizes the importance of environmental surveillance work for forecast of high risk zones of NoV outbreaks.
Descritores: Genótipo
Mytilus edulis/virologia
Norovirus/classificação
Norovirus/isolamento & purificação
-Organismos Aquáticos/virologia
Análise por Conglomerados
Programas de Rastreamento
Norovirus/genética
Filogenia
Prevalência
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
RNA Replicase/genética
Estações do Ano
Análise de Sequência de DNA
Homologia de Sequência
Reino Unido
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-736944
Autor: Sacramento, Carolina de Queiroz.
Título: Efeitos do análogo triazólico da Ribavirina, PAR038, sobre a replicação in vitro do vírus influenza / Effects of a ribavirin triazolic analogue, PAR038, in the in vitro replication of influenza virus.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2013. xiii,53 p. ilus, graf, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: Os vírus influenza representam uma das principais causas das infecções respiratórias agudas, e são de grande impacto para saúde pública devido a ocorrência de epidemias sazonais e pandemias. A variabilidade genética deste vírus e seu amplo espectro de hospedeiros dificulta o controle das infecções através da vacinação, o que torna os antivirais importantes na prevenção e tratamento. Até o presente momento, existem duas classes de antivirais disponíveis para o tratamento da infecção pelo vírus influenza, os bloqueadores de canal M2 (amandadina e rimantadina), que não são mais utilizados clinicamente pois as cepas circulantes são resistentes e os inibidores de neuraminidase (NAIs – oseltamivir e zanamivir), classe em uso clínico embora já tenham sido descritas cepas resistentes ao oseltamivir. Existe também a ribavirina, um antiviral de amplo espectro que inibe DNA/RNA polimerases virais mas é altamente citotóxico. Devido ao número limitado de drogas anti-influenza, vem sendo realizados estudos sobre a eficácia da ribavirina e sua combinação com NAIs para tratamento das infecções causadas pelo influenza. A RNA polimerase do vírus influenza vem sendo cada vez mais explorada como alvo para novas drogas, e, desta forma, o objetivo deste trabalho foi investigar o efeito antiviral do PAR038, um análogo triazólico da ribavirina como potencial inibidor da polimerase. O composto PAR038 se mostrou menos citotóxico para células MDCK e 400 vezes mais potente que a ribavirina, com CC50 > 1000 miM e IC50 = 0,07 miM. Nosso composto foi capaz de inibir a RNA polimerase do vírus influenza com EC50 igual a 1,6 +/- 0.15 miM, além de inibir a replicação viral em células A549 (IC50 = 21,2 miM) e apresentar propriedades imunomodulatórias, já que diminuiu os níveis de IL-8 e MCP-1 no sobrenadante das células A549 infectadas com o vírus influenza...

Influenza virus represents one of the main causes of acute respiratory infections, beinga major cause of mortality, morbidity and burden to public health system. The geneticvariability of influenza viruses and broad spectrum of these viruses` hosts impose difficultiesin control strategies through vaccination. Therefore, antiviral drugs have become critical in theprevention and treatment of the infections caused by influenza viruses. There are two classesof anti-influenza drugs, M2 channel blockers (amantadine and rimantadine), which are nolonger used since circulating strains are resistant to these antivirals, and neuraminidaseinhibitors (NAIs – oseltamivir and zanamivir), in clinical use. Despite that, oseltamivirresistantstrains have been described. An additional antiviral, ribavirin, is endowed with abroad spectrum activity against DNA/RNA polymerases, although high cytotoxic has beendescribed. Due to the limited number of anti-influenza drugs, studies have been carried out onthe effectiveness of ribavirin and its combination with NAIs for treating influenza infections.Thus, influenza RNA polymerase still is a valid target for development of novel antiviral.Based on that, we aimed here to investigate the antiviral effect of PAR038, a triazolicanalogue of ribavirin. PAR038 is 400-fold potent than ribavirin, with CC50 > 1000 µM andIC50 = 0,07 µM towards MDCKs cytotoxicity and influenza in vitro replication. Ourcompound inhibits influenza RNA polymerase with an EC50 of 1,6 ± 0,15 µM and alsoinhibits viral replication in an A549 cells (IC50 = 21,2 µM)...
Descritores: Antivirais
Influenzavirus A
Ribavirina
RNA Replicase
Limites: Humanos
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: lil-494532
Autor: Barreto, Tâmara R; Silva, Augusto C. M. da; Soares, Ana Cristina F; Souza, Jorge T. de.
Título: Population densities and genetic diversity of actinomycetes associated to the rhizosphere of Theobroma cacao / Densidades populacionais e diversidade genética de actinomicetos associados a rizosfera de Theobroma cacao
Fonte: Braz. j. microbiol;39(3):464-470, July-Sept. 2008. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: In spite of the acknowledged importance of growth-promoting bacteria, only a reduced number of studies were conducted with these microorganisms on Theobroma cacao. The objectives of this work were to study the population densities and genetic diversity of actinomycetes associated with the rhizosphere of cacao as a first step in their application in plant growth promotion and biological control. The populations densities of actinomycetes in soil and cacao roots were similar, with mean values of 1,0 x 10(6) CFU/g and 9,6 x 10(5) CFU/g, respectively. All isolates selected and used in this study were identified through sequencing analyses of a fragment of the rpoB gene that encodes the [beta]-subunit of the RNA polymerase as species of the genus Streptomyces. In vitro cellulolytic, xilanolytic and chitinolytic activity, indolacetic acid production and phosphate solubilization activities were observed in most of the isolates tested. The data obtained in this study demonstrate that actinomycetes account for a higher percentage of the total population of culturable bacteria in soil than on cacao roots. Additionally, actinomycetes from the cacao rhizosphere are genetically diverse and have potential applications as agents of growth promotion.

Apesar da reconhecida importância das bactérias promotoras de crescimento, apenas um reduzido número de estudos foi conduzido com este grupo de microrganismos na cultura do cacaueiro. Os objetivos deste trabalho foram o estudo da densidade populacional e da diversidade genética de actinomicetos associados à rizosfera do cacaueiro como o primeiro passo para sua utilização na promoção de crescimento de mudas desta cultura e no controle biológico de doenças. As densidades populacionais de actinomicetos em amostras de solo e de raízes de cacaueiro foram semelhantes, com valores médios de 1,0 x 10(6) UFC/g e de 9,6 x 10(5) UFC/g, respectivamente. Todos os isolados selecionados para este estudo foram identificados através de análises de seqüências de um fragmento do gene rpoB, que codifica a beta-subunidade da RNA polimerase, como pertencentes ao gênero Streptomyces. Dentre os isolados testados, constatou-se in vitro, a produção de celulase, xilanase, quitinase, ácido indolacético e a capacidade de solubilização de fosfato. Os dados obtidos demonstram que os actinomicetos representam uma maior proporção da população total de bactérias cultiváveis em solo do que em raízes. Adicionalmente, os actinomicetos da rizosfera do cacaueiro são geneticamente diversos e apresentam potencial para atuarem como agentes de promoção de crescimento.
Descritores: Actinobacteria/isolamento & purificação
Cacau/crescimento & desenvolvimento
Variação Genética
Técnicas In Vitro
RNA Replicase
Raízes de Plantas
Rhizophoraceae/crescimento & desenvolvimento
Análise de Sequência
-Amostras de Alimentos
Métodos
Técnicas
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR32.1 - Serviço de Biblioteca e Informação Biomédica


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Texto completo SciELO Chile
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Id: lil-456600
Autor: Vasquez-del Carpio, Rodrigo; Morales, Jaime L; Barro, Mario; Ricardo, Alba; Spencer, Eugenio.
Título: Bioinformatic prediction of polymerase elements in the rotavirus VP1 protein
Fonte: Biol. Res;39(4):649-659, 2006. ilus.
Idioma: en.
Projeto: FONDECYT.
Resumo: Rotaviruses are the major cause of acute gastroenteritis in infants world-wide. The genome consists of eleven double stranded RNA segments. The major segment encodes the structural protein VP1, the viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), which is a minor component of the viral inner core. This study is a detailed bioinformatic assessment of the VP1 sequence. Using various methods we have identified canonical motifs within the VP1 sequence which correspond to motifs previously identified within RdRps of other positive strand, double-strand RNA viruses. The study also predicts an overall structural conservation in the middle region that may correspond to the palm subdomain and part of the fingers and thumb subdomains, which comprise the polymerase core of the protein. Based on this analysis, we suggest that the rotavirus replicase has the minimal elements to function as an RNA-dependent RNA polymerase. VP1, besides having common RdRp features, also contains large unique regions that might be responsible for characteristic features observed in the Reoviridae family.
Descritores: Genoma Viral/genética
RNA Replicase/genética
Rotavirus/genética
Proteínas do Core Viral/genética
-Linhagem Celular
Biologia Computacional/métodos
Macaca mulatta
Valor Preditivo dos Testes
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-365981
Autor: Ehrenfeld, Nicole; Romano, Eduardo; Serrano, Carolina; Arce-Johnson, Patricio.
Título: Replicase mediated resistance against Potato Leafroll Virus in potato Desiree plants
Fonte: Biol. Res;37(1):71-82, 2004. ilus, tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Potato leafroll virus (PLRV) is a major menace for the potato production all over the world. PLRV is transmitted by aphids, and until now, the only strategy available to control this pest has been to use large amounts of insecticides. Transgenic approaches involving the expression of viral replicases are being developed to provide protection for plants against viral diseases. The purpose of this study was to compare the protection afforded by the differential expression of PLRV replicate transgene in potato plants cv. Desirée, Plants were genetically modified to express the complete sense PLRV replicase gene. Two constructions were used, one containing the constitutive 35SCaMV promoter and the other the phloem-specific RolA promoter from Agrobacterium rhizogenes. Transgenic plants were infected with PLRV in vitro, using infested aphids. In plants in which 35SCaMV controlled the expression of the PLRV replicase gene, signs of infection were initially detected, although most plants later developed a recovery phenotype showing undetectable virus levels 40 days after infection.
Descritores: Luteovirus
Doenças das Plantas
Plantas Geneticamente Modificadas
Solanum tuberosum
-Hibridização In Situ
Doenças das Plantas
Reação em Cadeia da Polimerase
RNA Replicase
Solanum tuberosum
Transformação Genética
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Almeida, D. F. de
Tanuri, A
Id: lil-113555
Autor: Pacheco, A. B. F; Brindeiro, R. M; Soares, M. A; Almeida, D. F. de; Tanuri, A.
Título: The N-terminal amino acid sequence is essential for foot-and-mouth disease virus replicase activity
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;25(7):659-66, 1992. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Foot-and-mouth disease virus replicase was expressed by fusing its cDNA to the OmpA signal peptide coding sequence present in the pIN-III ompA series vectors. Two constructions were developed to express either a full-lenghtt or truncated enzyme lacking the 20 aminoacids at the N-terminal en. Bacterial extr5acts expressing the recombinant proteins were submitted to SDS-PAGE and the presence of the replicase was revealed by immunoblotting. The truncated form exhibited a higher mobility and the relative positions of the proteins show that the signal peptide was removed. The biological activity of these two molecules was tested using a poly(A)-dep[endent oligo(U)-primed poly(U)-polymer4ase assay. The full-lenght replicase is active. The aminoterminal truncated wnzyme had 0.02% activity o9f the intact5 one. This result indicates the importaqnce of the twenty N-terminal amino acids for the activity of FMDV RNA dependent RNMA polymerase
Descritores: Sequência de Aminoácidos
Febre Aftosa
Peptídeos/análise
RNA Replicase
Replicação Viral
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-71465
Autor: Couto, Walter Machado.
Título: AIDS e a transcriptase reversa / AIDS and reverse transcriptase
Fonte: Bol. Inst. Ciênc. Biol. Geociênc;(40):3-10, 1987.
Idioma: pt.
Descritores: DNA Polimerase Dirigida por DNA/biossíntese
HIV/genética
RNA Replicase/biossíntese
DNA Polimerase Dirigida por RNA/biossíntese
Síndrome de Imunodeficiência Adquirida/transmissão
Limites: Humanos
Responsável: BR21.1 - Biblioteca J Baeta Vianna- Campus Saúde UFMG



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