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Id: biblio-1055408
Autor: Habachi-Houimli, Yosra; Cherif, Mejda; Gharsallah, Charfeddine; Sébéi, Abdennour; Makni, Mohamed; Bouktila, Dhia.
Título: Expression Analysis of Pyrenophora teres f. maculata-Responsive Loci in Hordeum vulgare
Fonte: Braz. arch. biol. technol;62:e19180331, 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Pyrenophora teres f. maculata is the causal agent of barley spot form net blotch (SFNB), a major stubble-borne disease in many barley-growing areas worldwide. In plants, the Nucleotide-Binding Site-Leucine-Rich Repeat (NBS-LRR) gene family functions in immunity against a variety of pathogens and pests. From a pre-established set of NBS-type resistance gene candidates, we have selected three candidate genes, HvNBS10, HvNBS72 and HvNBS85, to analyze their possible involvement in P. teres f. maculata resistance. The studied genes were mapped on chromosomes 5H and 7H. Expression profiles using qRT-PCR, 48 hours after infection by P. teres. f. maculata, revealed that the transcription of all genes acted in the same direction (down-regulation) in both resistant and susceptible cultivars, although they showed a variation in transcript dosage. This result suggests that coordinated transcriptional responses of multiple barley NBS genes would be required to an efficient response against P. teres f. maculata. Moreover, the phylogenetic analysis revealed that the studied barley candidate R genes were characterized by a high homology with the barley Nbs2-Rdg2a gene conferring resistance to the fungus Pyrenophora graminea, suggesting a common origin of P. graminea and P. teres resistance genes in barley, following pathogens evolution. The genes characterized in the present study hold potential in elucidating the molecular pathways and developing novel markers associated with SFNB resistance in barley.
Descritores: Hordeum
Leucina
Nucleotídeos
-Filogenia
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-843145
Autor: Colabella, Fernando; Libkind, Diego.
Título: Un método basado en la PCR para la identificación rápida de levaduras acumuladoras de astaxantina (Phaffia spp. ) / PCR-based method for the rapid identification of astaxanthin-accumulating yeasts (Phaffia spp.)
Fonte: Rev. argent. microbiol;48(1):15-20, mar. 2016. ilus, graf, tab.
Idioma: en.
Resumo: It has been recently found that the natural distribution, habitat, and genetic diversity of astaxanthin-producing yeasts (i.e. Phaffia rhodozyma, synonym Xanthophyllomyces dendrorhous) is much greater than previously thought. P. rhodozyma is biotechnologically exploited due to its ability to produce the carotenoid pigment astaxanthin and thus, it is used as a natural source of this pigment for aquaculture. P. rhodozyma was also capable of synthesizing the potent UVB sunscreen mycosporine-glutaminol-glucoside (MGG). Therefore, further environmental studies are needed to elucidate its ecological aspects and detect new potential strains for the production of astaxanthin and MGG. However, obtaining new isolates of P. rhodozyma and related species is not always easy due to its low abundance and the presence of other sympatric and pigmented yeasts. In this work we report a successful development of a species-specific primer which has the ability to quickly and accurately detecting isolates representing all known lineages of the genus Phaffia (including novel species of the genus) and excluding closely related taxa. For this purpose, a primer of 20 nucleotides (called PhR) was designed to be used in combination with universal primers ITS3 and NL4 in a multiplex amplification. The proposed method has the sensitivity and specificity required for the precise detection of new isolates, and therefore represents an important tool for the environmental search for novel astaxanthin-producing yeasts.

Recientemente, se ha encontrado que la distribución natural, el hábitat y la diversidad genética de levaduras productoras de astaxantina (p. ej., Phaffia rhodozyma, sinónimo Xanthophyllomyces dendrorhous) son mucho mayores de lo que se pensaba. P. rhodozyma se explota biotecnológicamente debido a su capacidad para producir el pigmento carotenoide astaxantina y, por lo tanto, se utiliza como una fuente natural de este pigmento para la acuicultura. También se encontró que esta levadura es capaz de sintetizar el potente protector solar UVB micosporina-glutaminol-glucósido (MGG). Por lo tanto, más estudios ambientales para dilucidar sus aspectos ecológicos y detectar nuevas cepas potenciales productoras de astaxantina y MGG son necesarios. Sin embargo, la obtención de nuevos aislamientos de P. rhodozyma y especies relacionadas no siempre es fácil debido a su baja abundancia y a la presencia de otras levaduras simpátricas y pigmentadas. En este trabajo se describe el desarrollo exitoso de un cebador especie-específico que tiene la capacidad de detectar rápidamente y con precisión cepas representativas de todos los linajes del género Phaffia previamente reportados (incluyendo nuevas especies del género) y excluir especies estrechamente relacionadas. Para ello, se diseñó un cebador de 20 nucleótidos (denominado PhR) para ser utilizado en combinación con los cebadores universales ITS3 y NL4 en una amplificación multiplex. El método propuesto tiene la sensibilidad y la especificidad requerida para la detección precisa de nuevos aislamientos y, por lo tanto, representa una importante herramienta para la búsqueda ambiental de nuevas levaduras productoras de astaxantina.
Descritores: Leveduras/isolamento & purificação
Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
-Sensibilidade e Especificidade
Xantofilas/isolamento & purificação
Métodos
Nucleotídeos/análise
Tipo de Publ: Relatório Técnico
Responsável: AR635.1 - FCVyS - Servicio de Información y Documentación


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Id: biblio-1255142
Autor: Miranda, Eduardo Cezar Lima Silva de; Cavalcante, Evellyne Pereira; Brito, Janaina Andrade Lima Salmos de; Bessa-Nogueira, Ricardo Viana.
Título: Uso do LLLT e nucleotídeos no manejo de parestesia do nervo mentual / Management of mentual nerve paresthesia with LLLT and nucleotides
Fonte: Rev. cir. traumatol. buco-maxilo-fac;17(4):18-25, out.-dez. 2017. ilus.
Idioma: pt.
Resumo: Os fascículos nervosos periféricos estão sujeitos a diferentes tipos de injúrias. Várias terapias são propostas pela literatura, entre elas, a laserterapia e a terapia farmacológica. Estudos têm mostrado a influência da laserterapia no metabolismo celular, de maneira a exercer uma ação positiva em níveis moleculares diminuindo o dano nervoso, aliviando a dor e acelerando os processos de reparação tecidual neural. Paralelamente os ribonucleotídeos pirimidínicos são bastante utilizados no tratamento de distúrbios ortopédicos degenerativos com compressão neuronal. O objetivo deste trabalho é relatar um caso clínico de uma paciente que possuía um pré-molar inferior incluso associado a um dente supra-numerário, cujo risco de lesão nervosa por meio da cirurgia era muito alto. Nas avaliações de imagem pode se notar uma relação de intimo contato do supranumerário com a cortical basal mandibular e com o canal mandibular. Foi elaborado um planejamento ortodôntico-cirúrgico, de forma a utilizar-se a laserterapia e ribonucleotídeos pirimidínicos para tratar a parestesia, classificada como neuropraxia, devido à longa exposição e ao tracionamento do dente. Este caso clínico ilustra opções de tratamento que os cirurgiões dentistas podem utilizar ao se depararem em situações clínicas inusitadas... (AU)

The peripheral nerve fascicles are subjected to different types of injuries. Several therapies are proposed in the literature, among them, laser therapy and pharmacological therapy. Studies have shown the influence of laser therapy on cellular metabolism, in order to exert a positive action at molecular levels, reducing nerve damage, relieving pain and accelerating neural tissue repair processes. In parallel, the use of pyrimidine ribonucleotides are widely used in the treatment of degenerative orthopedic disorders with neuronal compression. The objective of this study is to report a clinical case of a patient with an inferior pre-molar associated with a supra-dental tooth whose risk of Nerve injury through surgery was very high. In the image evaluations one can notice a relation of intimate contact of the supernumerary with the basal bone of the mandible and with the mandibular canal. Orthodontic-surgical planning was done in order to use laser therapy and pyrimidine ribonucleotides to treat paresthesia, classified as neuropraxia, due to long exposure and tooth traction. This clinical case illustrates treatment options that dentists can use when encountering unusual clinical conditions... (AU)
Descritores: Parestesia
Terapia com Luz de Baixa Intensidade
Terapia a Laser
Nucleotídeos
Limites: Humanos
Feminino
Adulto
Tipo de Publ: Relatos de Casos
Responsável: BR310.1 - Biblioteca Professor Guilherme Simões Gomes


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Id: biblio-838974
Autor: Valenzuela, Carlos Y.
Título: Selective intra-dinucleotide interactions and periodicities of bases separated by K sites: a new vision and tool for phylogeny analyses
Fonte: Biol. Res;50:3, 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Direct tests of the random or non-random distribution of nucleotides on genomes have been devised to test the hypothesis of neutral, nearly-neutral or selective evolution. These tests are based on the direct base distribution and are independent of the functional (coding or non-coding) or structural (repeated or unique sequences) properties of the DNA. The first approach described the longitudinal distribution of bases in tandem repeats under the Bose-Einstein statistics. A huge deviation from randomness was found. A second approach was the study of the base distribution within dinucleotides whose bases were separated by 0, 1, 2... K nucleotides. Again an enormous difference from the random distribution was found with significances out of tables and programs. These test values were periodical and included the 16 dinucleotides. For example a high ¨positive¨ (more observed than expected dinucleotides) value, found in dinucleotides whose bases were separated by (3K + 2) sites, was preceded by two smaller ¨negative¨ (less observed than expected dinucleotides) values, whose bases were separated by (3K) or (3K + 1) sites. We examined mtDNAs, prokaryote genomes and some eukaryote chromosomes and found that the significant non-random interactions and periodicities were present up to 1000 or more sites of base separation and in human chromosome 21 until separations of more than 10 millions sites. Each nucleotide has its own significant value of its distance to neutrality; this yields 16 hierarchical significances. A three dimensional table with the number of sites of separation between the bases and the 16 significances (the third dimension is the dinucleotide, individual or taxon involved) gives directly an evolutionary state of the analyzed genome that can be used to obtain phylogenies. An example is provided.
Descritores: Filogenia
Sequência de Bases/genética
Genoma
Análise de Sequência de DNA/métodos
Nucleotídeos/genética
-Periodicidade
Células Procarióticas/química
Valores de Referência
Algoritmos
DNA Mitocondrial/genética
Distribuição de Qui-Quadrado
Colágeno/genética
HIV-1/genética
Evolução Molecular
Sequências de Repetição em Tandem
Estruturas Cromossômicas
Deriva Genética
Drosophila melanogaster/genética
Epistasia Genética/genética
Nucleotídeos/química
Limites: Humanos
Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-950714
Autor: Valenzuela, Carlos Y.
Título: The structure of selective dinucleotide interactions and periodicities in D melanogaster mtDNA
Fonte: Biol. Res;47:1-12, 2014. tab.
Idioma: en.
Resumo: BACKGROUND: We found a strong selective 3-sites periodicity of deviations from randomness of the dinucleotide (DN) distribution, where both bases of DN were separated by 1, 2, K sites in prokaryotes and mtDNA. Three main aspects are studied. I) the specific 3 K-sites periodic structure of the 16 DN. II) to discard the possibility that the periodicity was produced by the highly nonrandom interactive association of contiguous bases, by studying the interaction of non-contiguous bases, the first one chosen each I sites and the second chosen J sites downstream. III) the difference between this selective periodicity of association (distance to randomness) of the four bases with the described fixed periodicities of base sequences. RESULTS: I) The 16 pairs presented a consistent periodicity in the strength of association of both bases of the pairs; the most deviated pairs are those where G and C are involved and the least deviated ones are those where A and T are involved. II) we found significant non-random interactions when the first nucleotide is chosen every I sites and the second J sites downstream until I=J=76. III) we showed conclusive differences between these internucleotide association periodicities and sequence periodicities. CONCLUSIONS: This relational selective periodicity is different from sequence periodicities and indicates that any base strongly interacts with the bases of the residual genome; this interaction and periodicity is highly structured and systematic for every pair of bases. This interaction should be destroyed in few generations by recurrent mutation; it is only compatible with the Synthetic Theory of Evolution and agrees with the Wright's adaptive landscape conception and evolution by shifting balanced adaptive peaks.
Descritores: DNA Mitocondrial/química
Drosophila melanogaster/genética
Epistasia Genética
Evolução Biológica
Nucleotídeos/química
-Fenótipo
Sequência de Bases/genética
Processos Estocásticos
Genoma
Nucleotídeos/genética
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1165035
Autor: Ross, Susan R; Dzuris, John L; Golovkina, Tatyana V; Clemmons, Wayne C; van den Hoogen, Bernadette.
Título: Mouse mammary tumor virus (MMTV), a retrovirus that exploits the immune system. Genetics of susceptibility to MMTV infection
Fonte: Medicina (B.Aires);57(Suppl.2):34-42, Aug. 1997.
Idioma: es.
Resumo: All animals, including humans, show differential susceptibility to infection with viruses. Study of the genetics of susceptibility or resistance to specific pathogens is most easily studied in inbred mice. We have been using mouse mammary tumor virus (MMTV), a retrovirus that causes mammary tumors in mice, to study virus/host interactions. These studies have focused on understanding the mechanisms that determine genetic susceptibility to MMTV-induced mammary tumors, the regulation of virus gene expression in vivo and how the virus is transmitted between different cell types. We have found that some endogenous MMTVs are only expressed in lymphoid tissue and that a single base pair change in the long terminal repeat of MMTV determines whether the virus is expressed in mammary gland. This expression in lymphoid cells is necessary for the infectious cycle of MMTV, and both T and B cells express and shed MMTV. Infected lymphocytes are required not only for the initial introduction of MMTV to the mammary gland, but also for virus spread at later times. Without this virus spread, mammary tumorigenesis is dramatically reduced. Mammary tumor incidence is also affected by the genetic background of the mouse and at least one gene that affects infection of both lymphocytes and mammary cells has not yet been identified. The results obtained from these studies will greatly increase our understanding of the genetic mechanisms that viruses use to infect their hosts and how genetic resistance to such viruses in the hosts occurs.
Descritores: Gammaretrovirus/genética
Infecções Tumorais por Vírus/genética
Infecções por Retroviridae/genética
Nucleotídeos/genética
Predisposição Genética para Doença
Vírus do Tumor Mamário do Camundongo/genética
-CAMUNDONGOS ENDOGAMICOS CABDOMENABDOMINAL INJURIESBL
Gammaretrovirus/imunologia
Infecções Tumorais por Vírus/imunologia
Infecções por Retroviridae/imunologia
Integração Viral/genética
Integração Viral/imunologia
Linfócitos B/imunologia
Linfócitos T/imunologia
Sequência de Carboidratos/genética
Vírus do Tumor Mamário do Camundongo/imunologia
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1138015
Autor: Teles Filho, Ricardo Vieira; Abe, Guilherme de Matos; Daher, Murilo Tavares.
Título: Genetic Influence in Disc Degeneration - Systematic Review of Literature / A influência genética na degeneração discal - Revisão sistemática da literatura
Fonte: Rev. bras. ortop;55(2):131-138, Mar.-Apr. 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Disc degeneration is a condition that compromises the intervertebral disc functions, which can lead to several important pathological processes, such as disc herniation and canal stenosis. Although its etiology is still unknown, more and more studies have demonstrated the preponderant role of genetic factors to the detriment of environmental factors. Aiming to review the current knowledge about the genes associated with intervertebral disc degeneration, we have performed a narrative review based on the medical literature in the English language from the last 10 years regarding this subject. We have concluded that several genes have been associated with disc degeneration in humans, including the genes for collagen I α-1 (COL1A1), collagen IX (COL9A2 and COL9A3), collagen XI (COL11A2), interleukin 6 (IL-6), aggrecan (AGC1), vitamin D receptor (VDR), and matrix metalloproteinase 3 (MMP-3), in addition to microRNAs. Therefore, the present review emphasizes the latest advancements in the association of genes with specific phenotypes of degenerated discs, single-nucleotide polymorphisms, heritage and genetic-environmental interactions in relation to disc degeneration to help future reviews regarding the genetic mechanisms underlying these processes.

Resumo A degeneração discal é uma condição que compromete as funções do disco intervertebral, podendo levar a vários processos patológicos importantes, como hérnias discais e estenoses de canal. Apesar de sua etiologia ainda ser desconhecida, cada vez mais estudos têm demonstrado o papel preponderante de fatores genéticos em detrimento de fatores ambientais. Com o objetivo de revisar o conhecimento atual sobre os genes associados à degeneração do disco intervertebral, foi realizada uma revisão narrativa da literatura inglesa nos últimos 10 anos sobre o tema. Concluímos que há uma série de genes que foram associados à degeneração discal em seres humanos, incluindo genes codificando colágeno I α-1 (COL1A1), colágeno IX (COL9A2 e COL9A3), colágeno XI (COL11A2), interleucina 6 (IL-6), agrecano (AGC1), receptor de vitamina D (VDR), metaloproteinase de matriz 3 (MMP-3), além de microRNAs. Dessa forma, a presente revisão enfatiza os últimos avanços na associação de genes com fenótipos de discos degenerados específicos, polimorfismos de nucleotídeos únicos, hereditariedade e interações genético-ambientais em relação à degeneração discal, com o intuito de permitir ao clínico entender esse mecanismo de degeneração e estar preparado para as novas terapêuticas que estão por vir baseadas na genética.
Descritores: Fenótipo
Polimorfismo Genético
Hereditariedade
Degeneração do Disco Intervertebral
Previsões
Genes
Disco Intervertebral
Nucleotídeos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-871361
Autor: Nelson, David.
Título: Pincipios de bioquímica: lehninger / Lehninger principles of biochemistry.
Fonte: Barcelona; Omega; 2009. 1158 p.
Idioma: es.
Descritores: Bioquímica/educação
Bioquímica/métodos
Metabolismo/fisiologia
Metabolismo/genética
-Metabolismo Energético
Genética/educação
Nucleotídeos
Responsável: VE547.1 - Biblioteca Dr Pastor Oropeza


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Id: biblio-846935
Autor: Gutiyama, Luciana Mayumi.
Título: RIC-8B, um fator trocador de nucleotídeo guanina (GEF), é essencial para a embriogênese / RIC-8B, a guanine nucleotide exchange factor (GEF), is essential for embryogenesisPalavras-chave em inglês Cilia.
Fonte: São Paulo; s.n; 2013. 113 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: RIC-8B é uma proteína que apresenta, in vitro, atividade de fator de troca de nucleotídeos guanina (GEF). No entanto, seu papel in vivo não é conhecido. Dados anteriores do nosso laboratório demonstraram que essa proteína interage especificamente com Gαolf, que é uma proteína G exclusiva do sistema olfatório, presente nos cílios dos neurônios olfatórios, onde ocorre a transdução de sinal ativada pelos odorantes. No camundongo adulto verificou-se, por meio de ensaios de hibridização in situ, que RIC-8B está presente somente em regiões de expressão de Gαolf: no epitélio olfatório maduro e no núcleo estriado do sistema nervoso central. Para avaliar a função fisiológica de RIC-8B in vivo, resolvemos gerar uma linhagem de camundongo knockout para Ric-8B. Verificamos que a linhagem é inviável devido à letalidade dos embriões já em fases precoces do desenvolvimento (por volta de E8,5 e E9,0). A coloração de embriões com X-gal mostra que RIC-8B é especificamente expressa em regiões que darão origem ao sistema nervoso, como na região ventral do tubo neural, e em regiões cefálicas. Interessantemente, mostramos que RIC-8B é expressa na placa do assoalho do tubo neural, de uma maneira muito semelhante ao padrão de expressão de Sonic Hedgehog (SHH), que apresenta um papel fundamental para a organização do sistema nervoso, entre outras funções. Nossos resultados indicam, portanto, que RIC-8B desempenha um papel crucial durante a embriogênese, e que este papel pode estar relacionado com o papel exercido por SHH. Além disso, como a via de sinalização de SHH ocorre em cílios primários nas células alvo, nossos dados levantam a interessante possibilidade de que RIC-8B apresenta funções relacionadas a cílios, tanto no camundongo adulto (neste caso nos cílios dos neurônios olfatórios) como no embrião (neste caso nos cílios primários)

RIC-8B is a protein that, in vitro, acts as a guanine nucleotide exchange factor (GEF). However, its role in vivo remains unknown. Previous data from our laboratory demonstrated that this protein is able to interact specifically with Gαolf, a G protein found only in the olfactory system. This G protein is located in the cilia from olfactory neurons, where odorant signaling occurs. In situ hybridization experiments showed that RIC-8B, in adult mice, is expressed only in regions where Gαolf is expressed, such as the olfactory epithelium and the nucleus striatum in the central nervous system. In order to determine the function of RIC-8B in vivo, we decided to generate a knockout mouse strain for Ric-8B. We found that this strain is not viable due to the lethality of embryos in the early stages of development (around days E8.5 and E9.0). X-gal staining of embryos shows that RIC-8B is specifically expressed in regions that originate the nervous system, such as the ventral neural tube and also cephalic regions. Interestingly, we show that RIC-8B is restrictedly expressed in the floor plate of the neural tube, in a pattern that is very similar to the one shown by Sonic Hedgehog (SHH). The SHH protein plays a fundamental role in the organization of the nervous system, among other functions. Therefore, our results indicate that RIC-8B plays an essential role during the embryogenesis, and that this role can be related to the role played by SHH. Furthermore, because the SHH signaling pathway occurs in primary cilia in the target cells, our data raise the interesting possibility that the role played by RIC-8B is related to ciliary functions, both in adult mice (in this case, in olfactory cilia), and in the embryo (in this case, in primary cilia)
Descritores: Desenvolvimento Embrionário/genética
Técnicas de Inativação de Genes
Olfato/fisiologia
-Proteínas de Ligação ao GTP
Nucleotídeos
Neurônios Receptores Olfatórios
Fenótipo
Proteínas/análise
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa/métodos
Pesquisa com Células-Tronco
Limites: Animais
Masculino
Feminino
Camundongos
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, G984r. 30100020448


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Id: biblio-846872
Autor: Amaral, Murilo Sena.
Título: Identificação de RNAs longos não-codificadores de proteínas regulados por micro-RNAs / Identification of long non-protein coding RNAs regulated by micro-RNAs.
Fonte: São Paulo; s.n; 2013. 147 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe e têm sido alvo de grande interesse, pois são preditos como possíveis reguladores de mais de 60% dos RNAs mensageiros (mRNAs) humanos. Outra classe dos ncRNAs é composta por ncRNAs longos (lncRNAs, com mais de 200 nucleotídeos), que são transcritos a partir de regiões intergênicas e intrônicas do genoma humano e possuem várias funções, muitas delas relacionadas ao controle da expressão de mRNAs. Recentemente, os lncRNAs têm sido caracterizados quanto à sua estrutura e função. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais os lncRNAs são regulados. Este trabalho teve como objetivo avaliar se lncRNAs são regulados por miRNAs em células humanas. Para tanto, identificamos lncRNAs ligados ao complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) em células da linhagem HeLa, utilizando um método aqui desenvolvido de geração de bibliotecas de cDNA direcionadas para sequenciamento em larga escala na plataforma 454/Roche. Em paralelo, sequenciamos os miRNAs ligados ao RISC nestas mesmas células. Os resultados obtidos mostram que centenas de lncRNAs de diversas classes se ligam ao RISC em células HeLa, juntamente com milhares de mRNAs e várias centenas de miRNAs. Entre os miRNAs, encontramos 37 que são preditos como alvejando os lncRNAs detectados. Estes miRNAs constituem possíveis reguladores dos lncRNAs e, portanto, nosso trabalho estabelece um mapa experimental de interações diretas entre lncRNAs e miRNAs. Dentre os lncRNAs identificados ligados ao RISC neste trabalho, destaca-se o TUG1, lincRNA sabidamente envolvido na regulação de genes relacionados à apoptose e ao ciclo celular. Mostramos por ensaio de super-expressão de miRNAs e qPCR que TUG1 é regulado pelo miRNA-148b, um dos miRNAs por nós detectados que possui um sítio alvo altamente conservado em mamíferos localizado na extremidade 3' de TUG1. Em conjunto, este trabalho contribui para o entendimento da regulação dos níveis de expressão de lncRNAs em células humanas e abre perspectivas para a modulação de miRNAs como estratégia de regulação dos níveis e das funções de lncRNAs

Recent studies have revealed that the largest fraction of the transcripts generated in human cells is composed of non-protein coding RNAs (ncRNAs). A portion of these RNAs encompasses the class of short RNAs, which are less than 200 nucleotides in length. Micro-RNAs (miRNAs) are part of this class and are of great interest, as they are predicted to target over 60% of the human messenger RNAs (mRNAs). Another class of ncRNAs is composed of long ncRNAs (lncRNAs, longer than 200 nucleotides), which are transcribed from intergenic and intronic regions of the human genome and have several functions, many of them related to the control of the mRNA expression. Recently, the structure and function of lncRNAs have been characterized. However, little is known about the mechanisms involved in lncRNA regulation. This work aimed to evaluate whether lncRNAs are regulated by miRNAs in human cells. For this purpose, we identified lncRNAs bound to the RNA-induced silencing complex (RISC) in HeLa cells using a method developed here for the generation of strand-specific cDNA libraries for large scale RNA-sequencing in the 454/Roche plataform. In parallel, we sequenced the miRNAs bound to RISC in these cells. Our results show that hundreds of lncRNAs from diverse classes are bound to RISC in HeLa cells, along with thousands of mRNAs and several hundred miRNAs. Among the miRNAs we identified 37 that are predicted to target the detected lncRNAs. These miRNAs are possible regulators of the lncRNAs, and therefore our work establishes an experimental map of direct interactions between lncRNAs and miRNAs. The lncRNA TUG1, a lincRNA involved in the regulation of genes related to apoptosis and cell cycle, was identified among the lncRNAs bound to RISC. We showed by miRNA over-expression and qPCR that TUG-1 is regulated by the miRNA-148b, which is one of the miRNAs detected in our sequencings and has a binding site highly conserved in mammals located at the TUG1 3` end. Taken together, our results contribute to the understanding of the regulation of the lncRNA expression levels in human cells and open perspectives for the modulation of miRNAs as a strategy to regulate the levels and functions of lncRNAs
Descritores: Proteínas de Ligação ao GTP
MicroRNAs/genética
RNA Longo não Codificante/análise
RNA Satélite
Análise de Sequência de RNA/métodos
-Western Blotting/métodos
Expressão Gênica/genética
Nucleotídeos/genética
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, A485i. 30100025395-Q



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