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Id: biblio-889318
Autor: Jiang, Xue; Feng, Lichun; Dai, Baoqiang; Li, Liping; Lu, Weiwei.
Título: Identification of key genes involved in nasopharyngeal carcinoma / Identificação dos principais genes envolvidos no carcinoma nasofaríngeo
Fonte: Braz. j. otorhinolaryngol. (Impr.);83(6):670-676, Nov.-Dec. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Introduction: Nasopharyngeal carcinoma is the most common cancer originating from the nasopharynx. Objective: To study the mechanisms of nasopharyngeal carcinoma, we analyzed GSE12452 microarray data. Methods: GSE12452 was downloaded from the Gene Expression Omnibus database and included 31 nasopharyngeal carcinoma samples and 10 normal nasopharyngeal tissue samples. The differentially expressed genes were screened by ANOVA in the PGS package. Using the BiNGO plugin in Cytoscape and pathway enrichment analysis in the PGS package, functional and pathway enrichment analyses were performed separately to predict potential functions of the differentially expressed genes. Furthermore, Transcription factor-differentially expressed gene pairs were searched, and then the transcription factor-differentially expressed gene regulatory network was visualized using Cytoscape software. Results: A total of 487 genes were screened as differentially expressed genes between the nasopharyngeal carcinoma samples and the normal nasopharyngeal tissue samples. Enrichment analysis indicated that PTGS2 was involved in the regulation of biological process and small cell lung cancer. ZIC2 and OVOL1 may function in nasopharyngeal carcinoma through targeting significantly up-regulated genes (such as PTGS2, FN1, CXCL9 and CXCL10) in the Transcription factor-differentially expressed gene regulatory network (e.g., ZIC2→PTGS2 and OVOL1→CXCL10). Conclusion: PTGS2, FN1, CXCL9, CXCL10, ZIC2 and OVOL1 might play roles in nasopharyngeal carcinoma.

Resumo Introdução: O carcinoma nasofaríngeo é o câncer mais comum originário da nasofaringe. Objetivo: Estudar os mecanismos do câncer de nasofaringe; dados do microarray GSE12452 foram analisados. Método: GSE12452 foi obtido da base de dados Gene Expression Omnibus e inclui 31 amostras de carcinoma nasofaríngeo e 10 amostras de tecido nasofaríngeo normal. Os genes diferencialmente expressos foram analisados por ANOVA no kit PGS. Usando o plugin BiNGO no Cytoscape e análise de enriquecimento da via no kit PGS, análises de enriquecimento funcional e da via foram realizadas separadamente para prever as potenciais funções dos genes diferencialmente expressos. Além disso, os pares Fator de Transcrição - genes diferencialmente expressos foram pesquisados e em seguida a sua rede reguladora foi visualizada usando o programa Cytoscape. Resultados: Um total de 487 genes foram analisados como genes diferencialmente expressos entre as amostras de carcinoma nasofaríngeo e amostras de tecido nasofaríngeo normal. A análise de enriquecimento indicou que PTGS2 estava envolvido na regulação do processo biológico e câncer pulmonar de pequenas células. ZIC2 e OVOL1 podem funcionar no carcinoma nasofaríngeo almejando-se de maneira significativa os genes suprarregulados (como o PTGS2, FN1, CXCL9 e CXCL10) na rede reguladora de fator de transcrição - genes diferencialmente expressos (p.ex., ZIC2→PTGS2 e OVOL1→CXCL10). Conclusão: PTGS2, FN1, CXCL9, CXCL10, ZIC2 e OVOL1 podem desempenhar alguns papéis no carcinoma de nasofaringe.
Descritores: Carcinoma/genética
Expressão Gênica
Neoplasias Nasofaríngeas/genética
-Fatores de Transcrição/genética
Proteínas Nucleares/genética
Carcinoma/patologia
Análise por Conglomerados
Regulação para Baixo
Regulação para Cima
Neoplasias Nasofaríngeas/patologia
Análise de Variância
Perfilação da Expressão Gênica
Bases de Dados Genéticas
Análise em Microsséries
Redes Reguladoras de Genes
Quimiocina CXCL9/genética
Quimiocina CXCL10/genética
Carcinoma Nasofaríngeo
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-481120
Autor: Queiroz, Adriana Corrêa de; Taba Júnior, Mario; O'Connell, Patrícia Aquino; Nóbrega, Priscila Brasil da; Costa, Priscila Paganini; Kawata, Viviane Keiko dos Santos; Trevisan, Glauce Lunardelli; Novaes Júnior, Arthur Belém; Souza, Sergio Luís Scombatti de; Palioto, Daniela Bazan; Grisi, Márcio Fernando de Moraes.
Título: Inflammation markers in healthy and periodontitis patients: a preliminary data screening
Fonte: Braz. dent. j;19(1):3-8, 2008. tab.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP; . CNPq.
Resumo: Advances in diagnostic research are moving towards methods whereby the periodontal risk can be identified and quantified by objective measures using biomarkers. Patients with periodontitis may have elevated circulating levels of specific inflammatory markers that can be correlated to the severity of the disease. The purpose of this study was to evaluate whether differences in the serum levels of inflammatory biomarkers are differentially expressed in healthy and periodontitis patients. Twenty-five patients (8 healthy patients and 17 chronic periodontitis patients) were enrolled in the study. A 15 mL blood sample was used for identification of the inflammatory markers, with a human inflammatory flow cytometry multiplex assay. Among 24 assessed cytokines, only 3 (RANTES, MIG and Eotaxin) were statistically different between groups (p<0.05). In conclusion, some of the selected markers of inflammation are differentially expressed in healthy and periodontitis patients. Cytokine profile analysis may be further explored to distinguish the periodontitis patients from the ones free of disease and also to be used as a measure of risk. The present data, however, are limited and larger sample size studies are required to validate the findings of the specific biomarkers.

Avanços no diagnóstico da doença periodontal levam a métodos nos quais o risco e atividade da doença periodontal podem ser identificados e quantificados por biomarcadores. Pacientes com periodontite podem apresentar elevados níveis circulatórios de marcadores inflamatórios específicos que podem ser correlacionados com a severidade da doença. Portanto, o objetivo desse estudo foi avaliar as diferenças nos níveis séricos de biomarcadores inflamatórios em pacientes saudáveis e com doença periodontal. Foram incluídos no estudo 25 pacientes (8 saudáveis e 17 com periodontite crônica). Uma amostra de 15 mL de sangue foi obtida para identificar os marcadores inflamatórios simultaneamente utilizando Array de proteínas através de citometria de fluxo. De 24 citocinas inflamatórias analisadas, apenas 3 (RANTES, MIG e Eotaxina) apresentaram diferenças estatisticamente significantes (p<0,05) entre os dois grupos. Conclui-se que alguns marcadores inflamatórios selecionados apresentam diferença de concentração em pacientes com periodontite e saudáveis. A análise do perfil de citocinas pode ser utilizada tanto para distinguir pacientes periodontais de pacientes saudáveis, como para medir o risco à doença. Contudo, mais estudos com número maior de amostras são necessários para validar os achados sobre os biomarcadores específicos.
Descritores: Periodontite Crônica/sangue
Mediadores da Inflamação/sangue
-Biomarcadores/sangue
/sangue
CHEMOKINE CCLABATTOIRS/sangue
/sangue
CHEMOKINE CCLABBREVIATIONS AS TOPIC/sangue
/sangue
CHEMOKINE CCLABDOMEN/sangue
/sangue
CHEMOKINE CCLTEMEFOS/sangue
Quimiocina CXCL9/sangue
Quimiocinas CC/sangue
Citocinas/sangue
Proteína Ligante Fas/sangue
/sangue
FIBROBLAST GROWTH FACTOR TEMEFOS/sangue
Hemorragia Gengival/sangue
Fator Estimulador de Colônias de Granulócitos/sangue
Fator Estimulador de Colônias de Granulócitos e Macrófagos/sangue
Interferon gama/sangue
Interleucina-9/sangue
Interleucinas/sangue
Linfotoxina-alfa/sangue
Perda da Inserção Periodontal/sangue
Bolsa Periodontal/sangue
Fator de Crescimento Transformador beta/sangue
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME



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