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Id: biblio-1088980
Autor: Biterge-Sut, Burcu.
Título: A comprehensive analysis of the angiogenesis-related genes in glioblastoma multiforme vs. brain lower grade glioma / Uma análise abrangente dos genes relacionados à angiogênese no glioblastoma multiforme vs. glioma cerebral de baixo grau
Fonte: Arq. neuropsiquiatr;78(1):34-38, Jan. 2020. graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Brain tumors are one of the most common causes of cancer-related deaths around the world. Angiogenesis is critical in high-grade malignant gliomas, such as glioblastoma multiforme. Objective: The aim of this study is to comparatively analyze the angiogenesis-related genes, namely VEGFA, VEGFB, KDR, CXCL8, CXCR1 and CXCR2 in LGG vs. GBM to identify molecular distinctions using datasets available on The Cancer Genome Atlas (TCGA). Methods: DNA sequencing and mRNA expression data for 514 brain lower grade glioma (LGG) and 592 glioblastoma multiforme (GBM) patients were acquired from The Cancer Genome Atlas (TCGA), and the genetic alterations and expression levels of the selected genes were analyzed. Results: We identified six distinct KDR mutations in the LGG patients and 18 distinct KDR mutations in the GBM patients, including missense and nonsense mutations, frame shift deletion and altered splice region. Furthermore, VEGFA and CXCL8 were significantly overexpressed within GBM patients. Conclusions: VEGFA and CXCL8 are important factors for angiogenesis, which are suggested to have significant roles during tumorigenesis. Our results provide further evidence that VEGFA and CXCL8 could induce angiogenesis and promote LGG to progress into GBM. These findings could be useful in developing novel targeted therapeutics approaches in the future.

Resumo Os tumores cerebrais são uma das causas mais comuns de mortes relacionadas ao câncer em todo o mundo. A angiogênese tem caráter crítico em gliomas malignos de alto grau, como o glioblastoma multiforme. Objetivo: O objetivo deste estudo foi analisar comparativamente os genes relacionados à angiogênese, VEGFA, VEGFB, KDR, CXCL8, CXCR1 e CXCR2 em GBG vs. GBM para identificar distinções moleculares usando conjuntos de dados disponíveis no The Cancer Genome Atlas (TCGA). Métodos: Os dados de sequenciamento de DNA e expressão de mRNA para 514 pacientes com glioma cerebral de baixo grau (GBG) e 592 pacientes com glioblastoma multiforme (GBM) foram adquiridos do TCGA e as alterações genéticas e os níveis de expressão dos genes selecionados foram analisados. Resultados: Identificamos seis mutações KDR distintas nos pacientes GBG e 18 mutações KDR distintas nos pacientes GBM, incluindo mutações missense e nonsense, exclusão de mudança de quadro e região de emenda alterada. Além disso, VEGFA e CXCL8 foram significativamente super-expressos nos pacientes com GBM. Conclusões: VEGFA e CXCL8 são fatores importantes para a angiogênese, os quais parecem ter um papel significativo durante a tumorigênese. Nossos resultados fornecem evidências adicionais de que o VEGFA e o CXCL8 podem induzir a angiogênese e promover o GBG a progredir no GBM. Esses achados podem ser úteis no desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas direcionadas no futuro.
Descritores: Neoplasias Encefálicas/genética
Glioblastoma/genética
Carcinogênese/genética
Glioma/genética
Neovascularização Patológica/genética
-Valores de Referência
Expressão Gênica
Interleucina-8/análise
Mutação Puntual/genética
Glioblastoma/patologia
Receptores de Interleucina-8A/análise
Receptores de Interleucina-8B/análise
Receptor 2 de Fatores de Crescimento do Endotélio Vascular/análise
Fator A de Crescimento do Endotélio Vascular/análise
Fator B de Crescimento do Endotélio Vascular/análise
Glioma/patologia
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1089293
Autor: Guzzi, A F; Oliveira, F S L; Amaro, M M S; Tavares-Filho, P F; Gabriel, J E.
Título: In silico prediction of the functional and structural consequences of the non-synonymous single nucleotide polymorphism A122V in bovine CXC chemokine receptor type 1 / Predição in silico das consequências funcionais e estruturais do polimorfismo de nucleotídeo único não-sinônimo A122V no receptor de quimiocina CXC do tipo I bovino
Fonte: Braz. j. biol;80(1):39-46, Feb. 2020. graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract The current study aimed to assess whether the A122V causal polymorphism promotes alterations in the functional and structural proprieties of the CXC chemokine receptor type 1 protein (CXCR1) of cattle Bos taurus by in silico analyses. Two amino acid sequences of bovine CXCR1 was selected from database UniProtKB/Swiss-Prot: a) non-polymorphic sequence (A7KWG0) with alanine (A) at position 122, and b) polymorphic sequence harboring the A122V polymorphism, substituting alanine by valine (V) at same position. CXCR1 sequences were submitted as input to different Bioinformatics' tools to examine the effects of this polymorphism on functional and structural stabilities, to predict eventual alterations in the 3-D structural modeling, and to estimate the quality and accuracy of the predictive models. The A122V polymorphism exerted tolerable and non-deleterious effects on the polymorphic CXCR1, and the predictive structural model for polymorphic CXCR1 revealed an alpha helix spatial structure typical of a receptor transmembrane polypeptide. Although higher variations in the distances between pairs of amino acid residues at target-positions are detected in the polymorphic CXCR1 protein, more than 97% of the amino acid residues in both models were located in favored and allowed conformational regions in Ramachandran plots. Evidences has supported that the A122V polymorphism in the CXCR1 protein is associated with increased clinical mastitis incidence in dairy cows. Thus, the findings described herein prove that the replacement of the alanine by valine amino acids provokes local conformational changes in the A122V-harboring CXCR1 protein, which could directly affect its post-translational folding mechanisms and biological functionality.

Resumo O presente estudo objetivou avaliar se o polimorfismo causal A122V promove alterações nas propriedades funcionais e estruturais da proteína receptora de quimiocina CXC do tipo 1 (CXCR1) de bovino Bos taurus por análises in silico. Duas sequências de aminoácidos da CXCR1 bovina foram selecionadas a partir do banco de dados UniProtKB/Swiss-Prot: a) sequência não-polimórfica (A7KWG0) contendo alanina (A) na posição 122, e b) sequência polimórfica carreando o polimorfismo A122V, causando a substituição de alanina por valina (V) na mesma posição. As sequências CXCR1 foram analisadas por diferentes ferramentas de Bioinformática para examinar o efeito desse polimorfismo sobre sua estabilidade, função e estrutura, predizer eventuais alterações na sua modelagem estrutural 3-D, bem como estimar a qualidade dos modelos preditos. O polimorfismo A122V exerceu efeitos toleráveis e não-deletérios sobre a CXCR1 polimórfica, apresentando um modelo estrutural de alfa-hélice típico de uma proteína receptora transmembranar para ambas as proteínas. Embora maiores variações nas distâncias entre os pares de aminoácidos nas posições-alvo tenham sido detectadas na proteína polimórfica, mais do que 97% dos aminoácidos em ambos os modelos foram situados em regiões ditas favoráveis e permitidas nos diagramas de Ramachandran. Evidências sustentam que o polimorfismo de nucleotídeo único A122V na proteína receptora CXCR1 está associado à aumentada incidência de mastite clínica em vacas leiteiras. Assim, as descobertas descritas aqui comprovam que a substituição do aminoácido alanina por valina provoca mudanças conformacionais locais na proteína CXCR1 polimórfica, que podem estar diretamente afetando seus mecanismos de enovelamento pós-traducionais e sua função biológica.
Descritores: Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Receptores de Interleucina-8A
-Bovinos
Sequência de Aminoácidos
Limites: Animais
Feminino
Responsável: BR1.1 - BIREME



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