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Id: lil-409968
Autor: Mayer, Mario Gustavo; Floeter-Winter, Lucile Maria.
Título: Pre-mRNA trans-splicing: from kinetoplastids to mammals, an easy language for life diversity
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;100(5):501-513, Aug. 2005. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Since the discovery that genes are split into intron and exons, the studies of the mechanisms involved in splicing pointed to presence of consensus signals in an attempt to generalize the process for all living cells. However, as discussed in the present review, splicing is a theme full of variations. The trans-splicing of pre-mRNAs, the joining of exons from distinct transcripts, is one of these variations with broad distribution in the phylogenetic tree. The biological meaning of this phenomenon is discussed encompassing reactions resembling a possible noise to mechanisms of gene expression regulation. All of them however, can contribute to the generation of life diversity.
Descritores: Variação Genética
Kinetoplastida/genética
Mamíferos/genética
Nematoides/genética
Precursores de RNA/genética
Trans-Splicing/genética
-Regulação da Expressão Gênica
Filogenia
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-685497
Autor: Memorias do Instituto Oswaldo Cruz; Mourao, Marina de Moraes; Bitar, Maina; Lobo, Francisco Pereira; Peconick, Ana Paula; Grynberg, Priscila; Prosdocimi, Francisco; Waisberg, Michael; Cerqueira, Gustavo Coutinho; Macedo, Andrea Mara; Machado, Carlos Renato; Yoshino, Timothy; Franco, Gloria Regina.
Título: A directed approach for the identification of transcripts harbouring the spliced leader sequence and the effect of trans-splicing knockdown in Schistosoma mansoni
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;108(6):707-717, set. 2013. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: CNPq; . FAPEMIG.
Resumo: Schistosomiasis is a major neglected tropical disease caused by trematodes from the genus Schistosoma. Because schistosomes exhibit a complex life cycle and numerous mechanisms for regulating gene expression, it is believed that spliced leader (SL) trans-splicing could play an important role in the biology of these parasites. The purpose of this study was to investigate the function of trans-splicing in Schistosoma mansoni through analysis of genes that may be regulated by this mechanism and via silencing SL-containing transcripts through RNA interference. Here, we report our analysis of SL transcript-enriched cDNA libraries from different S. mansoni life stages. Our results show that the trans-splicing mechanism is apparently not associated with specific genes, subcellular localisations or life stages. In cross-species comparisons, even though the sets of genes that are subject to SL trans-splicing regulation appear to differ between organisms, several commonly shared orthologues were observed. Knockdown of trans-spliced transcripts in sporocysts resulted in a systemic reduction of the expression levels of all tested trans-spliced transcripts; however, the only phenotypic effect observed was diminished larval size. Further studies involving the findings from this work will provide new insights into the role of trans-splicing in the biology of S. mansoni and other organisms. All Expressed Sequence Tags generated in this study were submitted to dbEST as five different libraries. The accessions for each library and for the individual sequences are as follows: (i) adult worms of mixed sexes (LIBEST_027999: JZ139310 - JZ139779), (ii) female adult worms (LIBEST_028000: JZ139780 - JZ140379), (iii) male adult worms (LIBEST_028001: JZ140380 - JZ141002), (iv) eggs (LIBEST_028002: JZ141003 - JZ141497) and (v) schistosomula (LIBEST_028003: JZ141498 - JZ141974).
Descritores: Técnicas de Silenciamento de Genes
Precursores de RNA/isolamento & purificação
RNA Líder para Processamento/genética
Schistosoma mansoni/genética
Trans-Splicing/fisiologia
-Etiquetas de Sequências Expressas
Biblioteca Gênica
Regulação da Expressão Gênica/genética
Larva
Estágios do Ciclo de Vida/genética
Fenótipo
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Precursores de RNA/genética
RNA de Cadeia Dupla
RNA Interferente Pequeno/metabolismo
Schistosoma mansoni/crescimento & desenvolvimento
Trans-Splicing/genética
Limites: Animais
Feminino
Masculino
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-660659
Autor: Mayer, Mario Gustavo; Floeter-Winter, Lucile Maria.
Título: Identification of SL addition trans-splicing acceptor sites in the internal transcribed spacer I region of pre-rRNA in Leishmania (Leishmania) amazonensis
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;107(8):1070-1072, Dec. 2012. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Trypanosomatidae is a family of early branching eukaryotes harbouring a distinctive repertoire of gene expression strategies. Functional mature messenger RNA is generated via the trans-splicing and polyadenylation processing of constitutively transcribed polycistronic units. Recently, trans-splicing of pre-small subunit ribosomal RNA in the 5' external transcribed spacer region and of precursor tRNAsec have been described. Here, we used a previously validated semi-nested reverse transcription-polymerase chain reaction strategy to investigate internal transcribed spacer (ITS) I acceptor sites in total RNA from Leishmania (Leishmania) amazonensis. Two distinct spliced leader-containing RNAs were detected indicating that trans-splicing reactions occur at two AG acceptor sites mapped in this ITS region. These data provide further evidence of the wide spectrum of RNA molecules that act as trans-splicing acceptors in trypanosomatids.
Descritores: DNA Espaçador Ribossômico/genética
Leishmania mexicana/genética
Precursores de RNA/genética
Sítios de Splice de RNA/genética
RNA de Protozoário/genética
-Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Trans-Splicing/genética
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-626447
Autor: Mayer, Mario Gustavo; Santos, Marcos Gonzaga dos; Silva, Maria Fernanda Laranjeira da; Floeter-Winter, Lucile Maria.
Título: Footprints of a trypanosomatid RNA world: pre-small subunit rRNA processing by spliced leader addition trans-splicing
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;107(4):522-531, June 2012. ilus.
Idioma: en.
Resumo: The addition of a capped mini-exon [spliced leader (SL)] through trans-splicing is essential for the maturation of RNA polymerase (pol) II-transcribed polycistronic pre-mRNAs in all members of the Trypanosomatidae family. This process is an inter-molecular splicing reaction that follows the same basic rules of cis-splicing reactions. In this study, we demonstrated that mini-exons were added to precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) are transcribed by RNA pol I, including the 5' external transcribed spacer (ETS) region. Additionally, we detected the SL-5'ETS molecule using three distinct methods and located the acceptor site between two known 5'ETS rRNA processing sites (A' and A1) in four different trypanosomatids. Moreover, we detected a polyadenylated 5'ETS upstream of the trans-splicing acceptor site, which also occurs in pre-mRNA trans-splicing. After treatment with an indirect trans-splicing inhibitor (sinefungin), we observed SL-5'ETS decay. However, treatment with 5-fluorouracil (a precursor of RNA synthesis that inhibits the degradation of pre-rRNA) led to the accumulation of SL-5'ETS, suggesting that the molecule may play a role in rRNA degradation. The detection of trans-splicing in these molecules may indicate broad RNA-joining properties, regardless of the polymerase used for transcription.
Descritores: Leishmania mexicana/genética
Precursores de RNA/genética
RNA Líder para Processamento/genética
Trans-Splicing/genética
-Éxons/genética
Conformação de Ácido Nucleico
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Valentini, Sandro R
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Id: lil-583935
Autor: Silva, Marco Túlio A da; Ambrósio, Daniela L; Trevelin, Caroline C; Watanabe, Tatiana F; Laure, Helen J; Greene, Lewis J; Rosa, José C; Valentini, Sandro R; Cicarelli, Regina MB.
Título: New insights into trypanosomatid U5 small nuclear ribonucleoproteins
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;106(2):130-138, Mar. 2011. ilus.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP; . CAPES.
Resumo: Several protozoan parasites exist in the Trypanosomatidae family, including various agents of human diseases. Multiple lines of evidence suggest that important differences are present between the translational and mRNA processing (trans splicing) systems of trypanosomatids and other eukaryotes. In this context, certain small complexes of RNA and protein, which are named small nuclear ribonucleoproteins (U snRNPs), have an essential role in pre-mRNA processing, mainly during splicing. Even though they are well defined in mammals, snRNPs are still not well characterized in trypanosomatids. This study shows that a U5-15K protein is highly conserved among various trypanosomatid species. Tandem affinity pull-down assays revealed that this protein interacts with a novel U5-102K protein, which suggests the presence of a sub-complex that is potentially involved in the assembly of U4/U6-U5 tri-snRNPs. Functional analyses showed that U5-15K is essential for cell viability and is somehow involved with the trans and cis splicing machinery. Similar tandem affinity experiments with a trypanonosomatid U5-Cwc21 protein led to the purification of four U5 snRNP specific proteins and a Sm core, suggesting U5-Cwc-21 participation in the 35S U5 snRNP particle. Of these proteins, U5-200K was molecularly characterized. U5-200K has conserved domains, such as the DEAD/DEAH box helicase and Sec63 domains and displays a strong interaction with U5 snRNA.
Descritores: DNA de Protozoário
Precursores de RNA
Splicing de RNA
RIBONUCLEOPROTEIN, UABDOMEN SMALL NUCLEAR/EEET
Trypanosoma
-Sequência de Aminoácidos
Dados de Sequência Molecular
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-487490
Autor: Hurtado Gómez, Luis.
Título: Precursores de la fundación del instituto boliviano de biología de altura / Precursors of the foundation of the Bolivian biology institute of height
Fonte: Arch. boliv. hist. med;3(2):159-163, jul.-dic. 1997.
Idioma: es.
Resumo: El Instituto Boliviano de Biología de la Altura (IBBA), inició sus labores oficialmente en 1963 por un acuerdo tripartito de la representación diplomática de Francia, el Ministerio de Previsión Social y Salud Pública y la Universidad Mayor de San Andrés.
Descritores: Biologia
Precursores de RNA
-Bolívia
Limites: Masculino
Feminino
Humanos
Responsável: BO2.1 - Centro de Información y Documentación


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Id: lil-450118
Autor: Louro, Rodrigo.
Título: Identificacao e caracterizacao de transcritos humanos: novas famílias de pequenas GTPases e novos Longos RNAs intrônicos não-codificantes / Identification and caracterization of human transcripts: novel small GTPase gene families and novel Long Intronic non-coding RNAs.
Fonte: São Paulo; s.n; 27 nov. 2006. 202 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Terminado o sequenciamento do genoma humano, as atenções se voltaram para a determinação do conjunto completo de transcritos humanos. Diversos trabalhos sugerem que enquanto apenas uma pequena fração de mRNAs codificantes para proteína não é conhecida, existe um grande número de RNAs não-codificantes (ncRNAs) ainda não caracterizados. Nesse contexto, o presente trabalho visou explorar as informações de expressão gênica contidas em ESTs para identificar e caracterizar novos transcritos humanos. A busca genômica por membros de famílias gênicas relacionadas com câncer levou a identificação de novas pequenas GTPases, destacando uma subfamília que deve apresentar função supressora tumoral em próstata. Uma classe de ncRNAs longos, sem splicing, expressos antisenso a partir de regiões intrônicas foi descrita utilizando plataformas de microarrays, construídas pelo grupo, enriquecidas com seqüências sem anotação. O perfil de expressão de 23 ncRNAs intrônicos estava significativamente correlacionado com o grau de diferenciação de tumores de próstata (Gleason Score), e pode ser utilizado como candidato a marcador molecular de prognóstico. Um total de 39 ncRNAs intrônicos responderam à estimulação por andrógeno, apontando para um mecanismo regulatório da expressão intrônica por sinais fisiológicos hormonais. A biogênese da expressão intrônica parece ser complexa, pois uma fração não é transcrita pela RNA Polimerase II. A transcrição intrônica estava correlacionada com uso de exons em células tratadas com andrógeno. Assinaturas de expressão intrônica conservadas em tecidos humanos e de camundongos, e interações de transcritos intrônicos com proteínas regulatórias foram observadas. Este trabalho contribui com novas e originais evidências que dão apoio ao papel postulado para esses ncRNAs no controle fino do programa transcricional humano
Descritores: Androgênios
Expressão Gênica
Genômica
GTP Fosfo-Hidrolases
Íntrons
Neoplasias da Próstata
Precursores de RNA
-Origem da Vida
RNA
Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
Limites: Animais
Camundongos
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; 574.88, L892i



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