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Id: biblio-1021955
Autor: Torres, A J; Brígido, L F; Abrahão, M H; Angelo, A L; Ferreira, J G de; Coelho, L P; Ferreira, J L; Jorge, C R; Netto, E M; Brites, C.
Título: High degree of concordance between flow cytometry and geno2pheno methods for HIV-1 tropism determination in proviral DNA
Fonte: Braz J Infect Dis;19(2):163-169, 2015. graf.
Idioma: en.
Resumo: Use of CCR5 antagonists requires previous viral tropism determination. The available methods have high cost, are time-consuming, or require highly trained personnel, and sophisticated equipment. We compared a flow cytometry-based tropism assay with geno2pheno method to determine HIV-1 tropism in AIDS patients, in Bahia, Brazil. We tested peripheral blood mononuclear cells of 102 AIDS patients under antiretroviral therapy by using a cytometry-based tropism assay and geno2pheno assay. Cellular membrane receptors were identified by using CXCR4, CCR5 and CD4 monoclonal antibodies, while detection of cytoplasmic mRNAs for gag and pol HIV regions was achieved by using a labeled probe. Genotypic identification of X4 and R5 tropic viruses was attempted by geno2pheno algorithm. There was a high degree of concordance between cytometry-based tropism assay and geno2pheno algorithm in determination of HIV-1 tropism. Cytometry-based tropism assay demonstrated higher sensitivity and specificity in comparison to geno2pheno, which was used as a gold-standard. One sample could not be amplified by geno2pheno method, but was classified as duotropic by cytometry-based tropism assay. We did not find any association between CD4+ count or plasma HIV-1 RNA viral load and tropism results. The overall performances of cytometry-based tropism assay and geno2pheno assay were almost identical in determination of HIV-1 tropism.
Descritores: Fenótipo
Algoritmos
Humanos
DNA Viral
Leucócitos Mononucleares/virologia
Linfócitos
Infecções por HIV
Infecções por HIV/tratamento farmacológico
Valor Preditivo dos Testes
Sensibilidade e Especificidade
Tropismo Viral
Citometria de Fluxo/métodos
Genótipo
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação


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Id: biblio-1096875
Autor: Organización Panamericana de la Salud.
Título: Interpretación de resultados de laboratorio para diagnóstico de COVID-19, 6 de mayo del 2020 / Interpretation of laboratory results for COVID-19 diagnosis, 6 May 2020 / Interpretação dos resultados laboratoriais para o diagnóstico de COVID-19, 6 de maio de 2020.
Fonte: Washington; Organización Panamericana de la Salud; mayo 6, 2020. 6 p.
Idioma: en; es; pt.
Resumo: La confirmación etiológica de la infección por el virus que causa la COVID-19 (SARS-CoV-2) solo puede hacerse mediante ensayos de laboratorio. La interpretación adecuada de los resultados obtenidos en cualquier tipo de ensayo debe ser realizada cuidadosamente y teniendo en cuenta la dinámica de la infección (momento en que se toma una muestra y la calidad de dicha muestra) y el objetivo por el cual se toma una muestra (diagnóstico, seroprevalencia, etc.).

Etiological confirmation of COVID-19 virus (SARS-CoV-2) infection can only be made by laboratory tests. In general, the currently available assays for COVID-19 can be classified into two groups: • The first group (virological tests) includes tests that can detect the presence of the components of the virus (genetic material or antigens).

A interpretação adequada dos resultados obtidos em qualquer tipo de ensaio deve ser realizada com cuidado e levar em consideração a dinâmica da infecção (quando a amostra é coletada) e o objetivo para o qual a amostra é coletada (diagnóstico, soroprevalência, etc.).
Descritores: Pneumonia Viral/prevenção & controle
DNA Viral/isolamento & purificação
Infecções por Coronavirus/diagnóstico
Infecções por Coronavirus/prevenção & controle
Serviços Laboratoriais de Saúde Pública
Pandemias/prevenção & controle
Betacoronavirus/classificação
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-716721
Autor: Santos, Ana Paula de Torres.
Título: Padronização da PCR em Tempo Real para o Diagnóstico da Hepatite B / Standardization of real-time PCR for the hepatitis B diagnosis.
Fonte: São Paulo; s.n; 2014. 99 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Secretaria da Saúde. Coordenadoria de Controle de Doenças. Programa de Pós-Graduação em Ciências para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: A hepatite B é uma doença de interesse em saúde pública, acometendo cerca de 2 bilhões de pessoas no mundo, das quais aproximadamente 350 milhões tornam-se portadoras crônicas. Os ensaios quantitativos de detecção do DNA viral são empregados para avaliar a infectividade do vírus e para o monitoramento do tratamento, sendo importante para avaliar a progressão da doença. O objetivo deste estudo foi padronizar a técnica de amplificação quantitativa em tempo real (PCR em tempo real) do DNA do vírus da Hepatite B e comparar a técnica com métodos comerciais (COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan® e COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan®). A amostragem foi constituída por 397 amostras de soro ou plasma recebidas e estocadas no laboratório de hepatites virais do Centro de Virologia do Instituto Adolfo Lutz, no período de 2009 a 2011. Do total de amostras, 345 foram utilizadas para a comparação com os testes comerciais disponíveis e 52 amostras foram utilizadas para o teste de especificidade, sendo 27 amostras HIV positivas e 25 amostras HCV positivas, todas com AgHBS e Anti-HBc total não reagentes. Estas amostras foram inicialmente analisadas por testes comerciais e posteriormente pela técnica padronizada. Para o controle da quantificação, uma curva padrão foi construída em todas as reações, utilizando-se padrões internacionais produzidos pela Organização Mundial de Saúde, em diluições seriadas. Para a extração do DNA das amostras e padrão, foi utilizado kit comercial (QIAGEN®), seguindo os procedimentos descritos pelo fabricante. Os testes foram realizados empregando o método do TaqMan – PCR, em um equipamento ABI 7300 (Applied Biosystems, Foster City, CA). Os “primers” e sondas utilizadas para a padronização foram selecionados a partir da literatura e os que apresentaram melhores resultados nos testes iniciais foram escolhidos para o estudo. A técnica de sequenciamento foi realizada nas amostras com carga viral quantificável...

Hepatitis B is a disease of public health concern. Worldwide, it affects approximately 2 billion people, of whom approximately 350 million become chronic carriers. Quantitative assays for the detection of viral DNA are used to evaluate the infectivity of the virus and to monitor treatment, which is crucial to evaluate the progression of the disease. The aim of this study was to standardize real-time (real-time PCR) quantitative amplification of the DNA of hepatitis B and to compare this technique with commercial methods (COBAS AmpliPrep / COBAS ® TaqMan and COBAS AmpliPrep / COBAS TaqMan ®). The sample consisted of 397 serum or plasma samples received and stored at the laboratory of viral hepatitis from the Center of Virology, Instituto Adolfo Lutz, from 2009 to 2011. Of the total samples, 345 were used for comparison with the available commercial tests and 52 samples were used for the specificity test. Of these, 27 were HIV positive and 25, HCV positive, and all were HBsAg and anti- HBc nonreactive. These samples were initially analyzed by commercial tests and later by the standardized technique. To control the quantification, a standard curve was constructed in all reactions using international standards established by the World Health Organization, in serial dilutions. For the extraction of DNA samples and standard, a commercial kit used was (QIAGEN ®) according to the manufacturer's instructions. The tests were performed using the TaqMan method - ABI 7300 PCR system (Applied Biosystems, Foster City, CA). Primers and probes used for standardization were selected from the literature and those presenting better results in initial tests were chosen for the study. Sequencing technique was performed on samples with measurable viral load. The standardized real-time PCR technique yielded satisfactory results...
Descritores: Carga Viral/métodos
DNA Viral
Genótipo
Hepatite B/diagnóstico
Orthohepadnavirus
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação
BR91.2; W4, S237p


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Id: lil-334818
Autor: Germanidis, Georgios; Pawlotsky, Jean-Michel.
Título: Hepatite B: detecção do DNA viral; métodos de quantificação / Hepatitis B: quantitative determination of HBV-DNA; methods
Fonte: In: Focaccia, Roberto. Tratado de hepatites virais. São Paulo, Atheneu, 2002. p.175-187, ilus, graf.
Idioma: pt.
Descritores: DNA Viral
Hepatite B
Responsável: BR31.1 - SIDC - Serviço de Informação e Documentação Científica
BR31.1; WC536, F681t, 2002


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Id: lil-313527
Autor: Martins, Cecília Maria Roteli.
Título: Análise dos critérios histológicos utilizados para diagnóstico de lesão induzida por HPV e sua relação com a reatividade do DNA-HPV por captura de híbridos e por hibridização in situ / Analysis of histological criteria used in the diagnosis of the HPV induced lesion and its relationship with the DNA-HPV reactivity by hybrid capture and by in situ hybridization.
Fonte: Campinas; s.n; jul. 1999. 87 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Com o objetivo de analisar os critérios histológicos associados à lesão induzida por HPV e sua relação com a reatividade do DNA-HPV por captura de híbridos (CH) e hibridização in situ (HIS), foi realizado este estudo em 138 mulheres encaminhadas para colposcopia nos Serviços de Patologia Cervical do Hospital Maternidade Leonor Mendes de Barros, em São Paulo, e do Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher da Universidade Estadual de Campinas. Analisou-se a taxa de concordância do diagnóstico histológico através da comparação do resultado da lâmina histológica avaliada por dois observadores visando a atingir o diagnóstico de consenso. Conclui-se que houve concordância elevada interobservadores na histologia, reforçando sua validade como padrão-ouro das lesões do colo uterino. A binucleação, a paraceratose e a disqueratose apresentaram uma prevalência menor que a multinucleação e as células com atipia nuclear mínima, com vacúolos foram muito freqüentes tanto nos casos positivos como nos negativos para DNA viral. A ausência de associação do encontro das células com esboço coilocitose, com o diagnóstico histológico, bem como com a detecção de DNA-HPV, seja por CH, seja por HIS, torna fundamental sua exclusão dentre os critérios diagnósticos em biópsias de colo uterino.
Descritores: Sondas de DNA de HPV
Colposcopia
-Mulheres
DNA Viral
Técnicas Histológicas
Limites: Humanos
Feminino
Responsável: BR734.1 - Biblioteca Central Cesar Lattes - BCCL
BR734.1; M366a


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-426908
Autor: Carnieli Junior, Pedro; Ventura, Armando Moraes; Durigon, Edison Luiz.
Título: Digoxigenin-labeled probe for rabies virus nucleoprotein gene detection
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;39(2):159-162, mar.-abr. 2006. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: A digoxigenin-labeled probe was produced from the Pasteur virus strain for the detection of the rabies virus N gene. The probe hybridization was performed from amplified N gene obtained by reverse transcription polymerase chain reaction and the results by RT-PCR and hybridization showed 100 percent agreement. The hybridization, when carried out in products amplified by RT-PCR, increases the sensitivity of this technique even more and confers specificity to the diagnosis. The technique described in this work will be useful in rabies diagnosis laboratories, once the cost is compatible with traditional rabies diagnostic techniques.
Descritores: DNA Viral/genética
Digoxigenina
Nucleoproteínas/genética
Vírus da Raiva/genética
Raiva/diagnóstico
-Medições Luminescentes
Southern Blotting
Quirópteros
Sondas de DNA
Cavalos
Hibridização In Situ
Raiva/virologia
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Sensibilidade e Especificidade
Ovinos
Limites: Humanos
Animais
Bovinos
Cães
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-643951
Autor: Nali, Luiz Henrique da Silva; Centrone, Cristiane de Campos; Urbano, Paulo Roberto Palma; Penalva-de-Oliveira, Augusto César; Vidal, Jose Ernesto; Miranda, Erique Peixoto; Pannuti, Claudio Sérgio; Fink, Maria Cristina Domingues da Silva.
Título: High prevalence of the simultaneous excretion of polyomaviruses JC and BK in the urine of HIV-infected patients without neurological symptoms in São Paulo, Brazil / Alta prevalência de excreção simultânea de poliomavírus JC e BK na urina de pacientes HIV+ sem sintomas neurológicos em São Paulo, Brasil
Fonte: Rev. Inst. Med. Trop. Säo Paulo;54(4):201-205, July-Aug. 2012. graf, tab.
Idioma: en.
Resumo: OBJECTIVE: To evaluate the prevalence of the urinary excretion of BKV and JCV in HIV-infected patients without neurological symptoms. METHODS: Urine samples from HIV-infected patients without neurological symptoms were tested for JC virus and BK virus by PCR. Samples were screened for the presence of polyomavirus with sets of primers complementary to the early region of JCV and BKV genome (AgT). The presence of JC virus or BK virus were confirmed by two other PCR assays using sets of primers complementary to the VP1 gene of each virus. Analysis of the data was performed by the Kruskal-Wallis test for numerical data and Pearson or Yates for categorical variables. RESULTS: A total of 75 patients were included in the study. The overall prevalence of polyomavirus DNA urinary shedding was 67/75 (89.3%). Only BKV DNA was detected in 14/75 (18.7%) urine samples, and only JCV DNA was detected in 11/75 (14.7%) samples. Both BKV and JCV DNA were present in 42/75 (56.0%) samples. CONCLUSION: In this study we found high rates of excretion of JCV, BKV, and simultaneous excretion in HIV+ patients. Also these results differ from the others available on the literature.

OBJETIVO: Avaliar a prevalência de excreção urinaria de vírus JC (VJC) e vírus BK (VBK) em pacientes HIV+ sem sintomas neurológicos. MÉTODOS: Amostras de urina de pacientes HIV+ sem sintomas neurológicos foram testados para a presença de VJC e VBK através da técnica de PCR. As amostras foram triadas para a presença de poliomavírus com par de primers complementares a região precoce do genoma do VBK e do VJC (AgT). A presença foi confirmada através de dois outros ensaios de PCR dirigidos a região do gene VP1 de ambos os vírus. A análise estatística foi realizada com auxílio do teste de Kruskal-Wallis para dados numéricos e Pearson ou Yater para variáveis categóricas. RESULTADOS: Ao todo foram inclusos no estudo 75 pacientes. A prevalência geral de excreção de poliomavírus na urina foi de 67/75 (89,3%). O DNA do vírus VBK foi detectado em 14/75 (18,7%) das amostras de urina, e o DNA do VJC foi detectado em 11/75 (14,7%) das amostras testadas. Ambos os vírus estavam presentes simultaneamente em 42/75 (56%) das amostras de urina. CONCLUSÃO: Encontramos, no presente estudo, uma alta taxa de excreção de VJC, VBK e excreção simultânea em pacientes HIV+. Ainda, esses resultados diferem de outros disponíveis na literatura.
Descritores: Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/diagnóstico
Vírus BK/isolamento & purificação
Vírus JC/isolamento & purificação
Infecções por Polyomavirus/diagnóstico
Urina/virologia
-Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/urina
Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/virologia
Vírus BK/genética
CDABBREVIATIONS AS TOPIC LYMPHOCYTE COUNT
DNA Viral/análise
Vírus JC/genética
Reação em Cadeia da Polimerase
Infecções por Polyomavirus/urina
Prevalência
Limites: Adulto
Idoso
Feminino
Humanos
Masculino
Pessoa de Meia-Idade
Adulto Jovem
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
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Texto completo SciELO Brasil
Uip, David E
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Id: lil-332322
Autor: Levi, José E; Fink, Maria C. S; Canto, Cynthia L. M; Carretiero, Nadily; Matsubara, Regina; Linhares, Iara; Dores, Gérson B. das; Castelo, Adauto; Segurado, Aluisio; Uip, David E; Eluf Neto, José.
Título: Human papillomavirus prevalence, viral load and cervical intraepithelial neoplasia in HIV-infected women
Fonte: Braz. j. infect. dis;6(3):129-135, Jun. 2002.
Idioma: en.
Resumo: HIV-infected women from S o Paulo city were enrolled in a cross-sectional study on Human Papillomavirus (HPV) and cervical intraepithelial neoplasia (CIN) prevalence and their association with laboratory markers of AIDS, namely HIV viral load and CD(4)(+) cell counts. A cervical specimen was collected and submitted to Hybrid Capture, a test for HPV viral load determination. HPV-DNA was detected in 173 of 265 women (64.5). Twenty (7.5) women were infected by one or more low-risk viruses, 89 (33) by one or more high-risk viruses, and 64 (24) harbored at least one HPV type from each risk group. Abnormal smears were observed in 19 of the patients, though there were no invasive carcinomas. Severely immunosuppressed patients (CD(4)/microL <100) were at the greatest risk of having a cytological abnormality and a high high-risk HPV viral load.
Descritores: Neoplasias do Colo do Útero
Carga Viral
Infecções por HIV/complicações
Infecções por HIV/virologia
Infecções por Papillomavirus/complicações
Infecções por Papillomavirus/virologia
Infecções Tumorais por Vírus/complicações
-Papillomaviridae
Brasil
DNA Viral
Neoplasias do Colo do Útero
Prevalência
Fatores de Risco
HIV
CONTAGEM DE LINFOCITO CDABBREVIATIONS AS TOPIC
Esfregaço Vaginal
Fatores Etários
Infecções por Papillomavirus/epidemiologia
Infecções Tumorais por Vírus/epidemiologia
Infecções Tumorais por Vírus/virologia
Neoplasias de Células Escamosas/complicações
Neoplasias de Células Escamosas/epidemiologia
Neoplasias de Células Escamosas/virologia
Limites: Humanos
Feminino
Adolescente
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-622736
Autor: Piza, Felipe; Fink, Maria Cristina; Nogueira, Gilberto S.; Pannuti, Claudio S.; Oliveira, Augusto C. Penalva de; Vidal, José Ernesto.
Título: JC virus-associated central nervous system diseases in HIV-infected patients in Brazil: clinical presentations, associated factors with mortality and outcome
Fonte: Braz. j. infect. dis;16(2):153-156, May-Apr. 2012.
Idioma: en.
Resumo: INTRODUCTION: Several presentations of neurologic complications caused by JC virus (JCV) in human immunodeficiency virus (HIV)-infected patients have been described and need to be distinguished from the "classic" form of progressive multifocal leukoencephalopathy (PMl). The objectives of this study were: 1) to describe the spectrum and frequency of presentations of JCV-associated central nervous system (CNS) diseases; 2) identify factors associated with in-hospital mortality of patients with JCV-associated CNS disease; and 3) to estimate the overall mortality of this population. MATERIAL AND METHODS: This was a retrospective study of HIV-infected patients admitted consecutively for JCVassociated CNS diseases in a referral teaching center in São Paulo, Brazil, from 2002 to 2007. All patients with laboratory confirmed JCV-associated CNS diseases were included using the following criteria: compatible clinical and radiological features associated with the presence of JCV DNA in the cerebrospinal fluid. JCV-associated CNS diseases were classified as follows: 1) classic PMl; 2) inflammatory PMl; and 3) JC virus granule cell neuronopathy (GCN). RESULTS: We included 47 cases. JCV-associated CNS diseases were classified as follows: 1) classic PMl: 42 (89%); 2) inflammatory PMl: three (6%); and 3) JC virus GCN: four (9%). Nosocomial pneumonia (p = 0.003), previous diagnosis of HIV infection (p = 0.03), and imaging showing cerebellar and/or brainstem involvement (p = 0.02) were associated with in-hospital mortality. overall mortality during hospitalization was 34%. CONCLUSIONS: Novel presentations of JCV-associated CNS diseases were observed in our setting; nosocomial pneumonia, previous diagnosis of HIV infection, and cerebellar and/or brainstem involvement were associated with in-hospital mortality; and overall mortality was high.
Descritores: Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/mortalidade
Leucoencefalopatia Multifocal Progressiva/mortalidade
-Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/virologia
Brasil/epidemiologia
CDABBREVIATIONS AS TOPIC LYMPHOCYTE COUNT
DNA Viral/líquido cefalorraquidiano
Prognóstico
Estudos Retrospectivos
Carga Viral
Limites: Adulto
Feminino
Humanos
Masculino
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Rosa, Elizabeth S. Travassos da
Carrieri, Maria Luiza
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Id: lil-440694
Autor: Macedo, Carla Isabel; Carnieli Júnior, Pedro; Brandão, Paulo Eduardo; Rosa, Elizabeth S. Travassos da; Oliveira, Rafael de Novaes; Castilho, Juliana Galera; Medeiros, Rita; Machado, Rosangela Rocha; Oliveira, Rosely Cerqueira de; Carrieri, Maria Luiza; Kotait, Ivanete.
Título: Diagnosis of human rabies cases by polymerase chain reaction of neck-skin samples
Fonte: Braz. j. infect. dis;10(5):341-345, Oct. 2006. tab.
Idioma: en.
Resumo: Rapid diagnosis of rabies in suspected human cases influences post-exposure prophylaxis for potential contacts of the patient and ensures appropriate patient management. Apart from the central nervous system (CNS), rabies virus (RABV) is usually present in small sensory nerves adjacent to hair follicles of infected humans. We used an RT-PCR, with primers targeted to the 3' terminal portion of the nucleoprotein gene (N), to test neck-skin samples of nine patients who had rabies in order to validate a diagnostic method that could serve as an additional tool for rabies diagnosis, particularly in antemortem samples. Six of eight postmortem samples were found to be positive for rabies by RT-PCR, and one of two samples collected antemortem was positive with this same technique. Results were confirmed by DNA sequencing; this validates RT-PCR and neck-skin as a suitable technique and type of sample, respectively, for use in the diagnosis of human rabies. RT-PCR applied to neck-skin biopsies could allow early diagnosis and lead to more effective rabies treatment.
Descritores: Pescoço/virologia
Vírus da Raiva/genética
Raiva/diagnóstico
Pele/virologia
-Primers do DNA
DNA Viral/análise
Imunofluorescência
Filogenia
RNA Viral/análise
Vírus da Raiva/imunologia
Raiva/virologia
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Sensibilidade e Especificidade
Análise de Sequência de DNA
Limites: Animais
Cães
Humanos
Camundongos
Tipo de Publ: Estudo de Validação
Responsável: BR1.1 - BIREME



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