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Pesquisa : D13.444.600.223 [Categoria DeCS]
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Id: biblio-1279481
Autor: Oliveira, Maria Lígia Marques de; Paim, Fabilene Gomes; Freitas, Érica Alves Serrano de; Oliveira, Claudio; Foresti, Fausto.
Título: Cytomolecular investigations using repetitive DNA probes contribute to the identification and characterization of Characidium sp. aff. C. vidali (Teleostei: Characiformes)
Fonte: Neotrop. ichthyol;19(2):e200045, 2021. graf.
Idioma: en.
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; . Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; . Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; . Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
Resumo: Characidium sp. aff. C. vidali is a species found in coastal streams in southeastern Brazil, which has karyotypic explanatory elements as the occurrence of microstructural variations, keeping the chromosomal macrostructure of the genus. The objective of this study was to apply cytomolecular tools in the chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali to identify characteristics in their karyotype contributing to cytogenetic definition of this species, adding information about the evolution of the chromosomal structure of the group. The species showed 2n = 50 chromosomes and from 1 to 4 additional B microchromosomes. FISH technique showed histone H3 and H4 genes in the short arm of pair 10, and microsatellites (CA)15, (CG)15, (GA)15 and (TTA)10 clustered in the subtelomeric portions of all A chromosomes, with total accumulation by supernumerary. The telomeric probe marked terminal regions of all chromosomes, in addition to the interstitial portion of four pairs, called ITS sites, with these markings being duplicated in two pairs, hence the double-ITS classification. C-banding revealed that supernumerary chromosomes are completely heterochromatic, that ITS sites are C-banding positive, but double-ITS sites are C-banding negative. So, throughout the evolution to Characidium, genomic events are occurring and restructuring chromosomes in populations.(AU)

Characidium sp. aff. C. vidali é uma espécie encontrada em riachos costeiros do sudeste do Brasil, que apresenta elementos cariotípicos elucidativos quanto à ocorrência de variações microestruturais, conservando a macroestrutura cromossômica do gênero. O objetivo deste estudo foi aplicar ferramentas citomoleculares para identificar características no cariótipo de Characidium sp. aff. C. vidali, que contribuam para a definição citogenética desta espécie, agregando informações quanto à evolução da estruturação cromossômica do grupo. A espécie apresentou 2n = 50 cromossomos, além de 1 a 4 microcromossomos B por célula. A FISH mostrou os genes de histona H3 e H4 sintênicos no braço curto do par 10, e os microssatélites (CA)15, (CG)15, (GA)15 e (TTA)10 clusterizados nas porções subteloméricas de todos os cromossomos do complemento A, com grande acúmulo nos supranumerários. A sonda telomérica identificou marcações terminais em todos os cromossomos, além de quatro pares marcados intersticialmente, chamados de sítios ITS, e dois pares com duas marcações intersticiais, chamados de double-ITS. O bandamento C revelou que os cromossomos supranumerários são completamente heterocromáticos, que os sítios ITS são banda C positivos, mas os sítios double-ITS são banda C negativos. Então, ao longo da evolução de Characidium, eventos genômicos estão ocorrendo e reestruturando cromossomos nas populações.(AU)
Descritores: Biomarcadores/análise
Citogenética
Caraciformes/genética
-Sondas de DNA
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: biblio-838786
Autor: Nascimento, Heloisa; Watanabe, Aripuanã; Vieira, Ana Carolina Cabreira; Pelegrini, Andrea; Yu, Maria Cecília; Bispo, Paulo José Martins; Granato, Celso Francisco Hernandes; Höfling-Lima, Ana Luisa.
Título: Detection of herpes simplex-1 and -2 and varicella zoster virus by quantitative real-time polymerase chain reaction in corneas from patients with bacterial keratitis / Detecção de vírus herpes simplex tipo 1 e 2 e varicella zoster por reação em cadeia de polimerase em tempo real em córneas de pacientes com ceratites bacterianas
Fonte: Arq. bras. oftalmol;80(2):84-87, Mar.-Apr. 2017. tab.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT Objective: Bacterial keratitis occurs worldwide, and despite recent developments, it remains a potentially blinding condition. This study assesses the presence of herpes simplex virus (HSV-1 and -2) and varicella zoster virus (VZV) by quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) in corneal scrapings from patients with bacterial keratitis. Methods: A total of 65 patients with clinical diagnoses of infectious corneal ulcers prospectively underwent clinical eye examinations. Corneal scrapings were investigated by Gram staining, Giemsa staining, culture, and qPCR (the study group). Risk factors and epidemiological data were recorded. The control group comprising 25 eyes with typical herpes dendritic keratitis was also analyzed by qPCR. Results: From the study group (n=65), nine patients (13.8%) had negative smears, cultures, and qPCR findings. Fifty-six (86.2%) patients had positive cultures: 51 for bacteria, 4 for fungi, and 1 for amoebae. Of the patients who had positive bacterial cultures, qPCR identified 10 patients who were also positive for virus: one for VZV and nine for HSV-1. Of the 25 patients in the control group, 21 tested positive for HSV-1 by qPCR analysis. Conclusions: Herpes may be present in patients with bacterial corneal ulcers, and qPCR may be useful in its detection.

RESUMO Objetivo: Ceratites bacterianas ocorrem mundialmente e apesar dos novos desenvolvimentos permanece como uma condição que pode levar à cegueira. Avaliar a presença de herpes simples (-1 e -2) e vírus varicella zoster (VZV) por reação em cadeia quantitativa de polimerase em tempo real (qPCR) em raspados corneanos de pacientes com ceratite bacteriana. Métodos: Sessenta e cinco pacientes com ceratite infecciosa foram submetidos a raspados corneanos estudados para gram, Giemsa, cultura e qPCR (grupo de estudo). Foram avaliados fatores de risco e epidemiológicos. O grupo controle foi composto por 25 casos de úlcera dendrítica típica por herpes analisados por qPCR. Resultados: Do grupo de estudo (n=65), nove pacientes (13,8%) apresentaram cultura, qPCR e raspado negativos. Cinquenta e seis (86,2%) pacientes apresentaram cultura positiva, 51 para bacteria, 4 para fungo e 1 para ameba. A qPCR identificou 10 pacientes do grupo de cultura positiva para bactéria que também foram positivos para vírus, um VZV e 9 para HSV-1. Dos 25 pacientes que compunham o grupo controle, 21 apresentaram qPCR positivo para HSV-1. Conclusão: Herpes pode estar presente em pacientes com úlceras de córnea bacterianas e a qPCR pode ser útil na sua detecção.
Descritores: Ceratite Dendrítica/microbiologia
Herpesvirus Humano 2/isolamento & purificação
Herpesvirus Humano 1/isolamento & purificação
Herpesvirus Humano 3/isolamento & purificação
Córnea/virologia
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/métodos
Ceratite/microbiologia
-Sondas de DNA
Infecções Oculares Bacterianas/microbiologia
Ceratite Dendrítica/diagnóstico
Ceratite Dendrítica/virologia
Estudos Prospectivos
Ceratite/diagnóstico
Ceratite/virologia
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Criança
Adolescente
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Idoso
Idoso de 80 Anos ou mais
Adulto Jovem
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1090785
Autor: Orozco, Esteban Isai Flores; Toia, Cassia Cestari; Cavalli, Daiana; Khoury, Rayana Duarte; Cardoso, Flávia Goulart da Rosa; Bresciani, Eduardo; Valera, Marcia Carneiro.
Título: Effect of passive ultrasonic activation on microorganisms in primary root canal infection: a randomized clinical trial
Fonte: J. appl. oral sci;28:e20190100, 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP.
Resumo: Abstract Objective: This clinical study sought to evaluate the effectiveness of passive ultrasonic activation (PUA) in eliminating microorganisms in primary endodontic infection (PEI) after instrumentation of root canals using microbiological culture and checkerboard DNA-DNA hybridization. Methodology: Twenty root canals with PEI and apical periodontitis were selected. The root canals were instrumented and then randomly divided into 2 groups, according to the irrigation method: PUA and conventional needle irrigation (CNI). Microbiological samples were collected before instrumentation (S1), after instrumentation (S2) and after irrigation with 17% EDTA (S3). The samples were subjected to anaerobic culture technique and checkerboard DNA-DNA hybridization analysis. Results: A statistically significant difference was found between CNI (23.56%) and PUA (98.37%) regarding the median percentage values for culturable bacteria reduction (p<0.05). In the initial samples, the most frequently detected species was S. constellatus (50%), and after root canal treatment was E. faecalis (50%). Conclusion: Both treatments significantly decreased the number of bacterial species compared with the initial sample. However, no statistical difference in the total microbial load between PUA and CNI groups was detected. The number of cultivable anaerobic bacteria reduced significantly using PUA, and the bacterial composition and number of bacterial species after using either CNI or PUA was similar.
Descritores: Periodontite Periapical/terapia
Tratamento do Canal Radicular/instrumentação
Terapia por Ultrassom/instrumentação
Cavidade Pulpar/microbiologia
-Irrigantes do Canal Radicular/uso terapêutico
Tratamento do Canal Radicular/métodos
Hipoclorito de Sódio/uso terapêutico
Bactérias/isolamento & purificação
Terapia por Ultrassom/métodos
Contagem de Colônia Microbiana
Sondas de DNA
Modelos Lineares
Análise de Variância
Resultado do Tratamento
Tomografia Computadorizada de Feixe Cônico
Carga Bacteriana
Irrigação Terapêutica/instrumentação
Irrigação Terapêutica/métodos
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adolescente
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Tipo de Publ: Ensaio Clínico Controlado Aleatório
Responsável: BR28.1 - Serviço de Biblioteca e Documentação Professor Doutor Antônio Gabriel Atta


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Id: biblio-1056594
Autor: Orozco, Esteban Isai Flores; Toia, Cassia Cestari; Cavalli, Daiana; Khoury, Rayana Duarte; Cardoso, Flávia Goulart da Rosa; Bresciani, Eduardo; Valera, Marcia Carneiro.
Título: Effect of passive ultrasonic activation on microorganisms in primary root canal infection: a randomized clinical trial
Fonte: J. appl. oral sci;28:e20190100, 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP.
Resumo: Abstract Objective: This clinical study sought to evaluate the effectiveness of passive ultrasonic activation (PUA) in eliminating microorganisms in primary endodontic infection (PEI) after instrumentation of root canals using microbiological culture and checkerboard DNA-DNA hybridization. Methodology: Twenty root canals with PEI and apical periodontitis were selected. The root canals were instrumented and then randomly divided into 2 groups, according to the irrigation method: PUA and conventional needle irrigation (CNI). Microbiological samples were collected before instrumentation (S1), after instrumentation (S2) and after irrigation with 17% EDTA (S3). The samples were subjected to anaerobic culture technique and checkerboard DNA-DNA hybridization analysis. Results: A statistically significant difference was found between CNI (23.56%) and PUA (98.37%) regarding the median percentage values for culturable bacteria reduction (p<0.05). In the initial samples, the most frequently detected species was S. constellatus (50%), and after root canal treatment was E. faecalis (50%). Conclusion: Both treatments significantly decreased the number of bacterial species compared with the initial sample. However, no statistical difference in the total microbial load between PUA and CNI groups was detected. The number of cultivable anaerobic bacteria reduced significantly using PUA, and the bacterial composition and number of bacterial species after using either CNI or PUA was similar.
Descritores: Periodontite Periapical/terapia
Tratamento do Canal Radicular/instrumentação
Terapia por Ultrassom/instrumentação
Cavidade Pulpar/microbiologia
-Irrigantes do Canal Radicular/uso terapêutico
Tratamento do Canal Radicular/métodos
Hipoclorito de Sódio/uso terapêutico
Bactérias/isolamento & purificação
Terapia por Ultrassom/métodos
Contagem de Colônia Microbiana
Sondas de DNA
Modelos Lineares
Análise de Variância
Resultado do Tratamento
Tomografia Computadorizada de Feixe Cônico
Carga Bacteriana
Irrigação Terapêutica/instrumentação
Irrigação Terapêutica/métodos
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adolescente
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Tipo de Publ: Ensaio Clínico Controlado Aleatório
Responsável: BR28.1 - Serviço de Biblioteca e Documentação Professor Doutor Antônio Gabriel Atta


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Id: biblio-1056586
Autor: Ribeiro, Marcus Heleno Borges; Ribeiro, Paulo Cesar; Retamal-Valdes, Belén; Feres, Magda; Canabarro, Antonio.
Título: Microbial profile of symptomatic pericoronitis lesions: a cross-sectional study
Fonte: J. appl. oral sci;28:e20190266, 2020. graf.
Idioma: en.
Projeto: FAPERJ.
Resumo: Abstract Objective: The microbial composition of pericoronitis (Pc) is still controversial; it is not yet clear if the microbial profile of these lesions is similar to the profile observed in periodontitis (Pd). Therefore, the aim of the present study was to describe the microbial profile of Pc lesions and compare it directly with that of subjects with Pd. Methodology: Subjects with Pc and Pd were selected, and subgingival biofilm samples were collected from (i) third molars with symptomatic Pc (Pc-T), (ii) contralateral third molars without Pc (Pc-C) and (iii) teeth with a probing depth >3 mm from subjects with Pd. Counts and proportions of 40 bacterial species were evaluated using a checkerboard DNA-DNA hybridization technique. Results: Twenty-six patients with Pc and 18 with Pd were included in the study. In general, higher levels of microorganisms were observed in Pd. Only Actinomyces oris and Eubacterium nodatum were present in higher mean counts in the Pc-T group in comparison with the Pc-C and Pd-C groups (p<0.05). The microbiota associated with Pc-T was similar to that found in Pc-C. Sites with Pc lesions had lower proportions of red complex in comparison with the Pd sites. Conclusion: The microbiota of Pc is very diverse, but these lesions harbour lower levels of periodontal pathogens than Pd.
Descritores: Pericoronite/microbiologia
Periodontite/microbiologia
Bactérias/isolamento & purificação
-Valores de Referência
Análise por Ativação
Sondas de DNA
Estudos Transversais
Biofilmes
Carga Bacteriana
Gengiva/microbiologia
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Idoso
Tipo de Publ: Estudo Multicêntrico
Responsável: BR28.1 - Serviço de Biblioteca e Documentação Professor Doutor Antônio Gabriel Atta


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Id: biblio-886917
Autor: PASSAMANI, PAULO Z; CARVALHO, CARLOS R; SOARES, FERNANDA A F.
Título: Protocol for chromosome-specific probe construction using PRINS, micromanipulation and DOP-PCR techniques
Fonte: An. acad. bras. ciênc;90(1):41-47, Mar. 2018. graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT Chromosome-specific probes have been widely used in molecular cytogenetics, being obtained with different methods. In this study, a reproducible protocol for construction of chromosome-specific probes is proposed which associates in situ amplification (PRINS), micromanipulation and degenerate oligonucleotide-primed PCR (DOP-PCR). Human lymphocyte cultures were used to obtain metaphases from male and female individuals. The chromosomes were amplified via PRINS, and subcentromeric fragments of the X chromosome were microdissected using microneedles coupled to a phase contrast microscope. The fragments were amplified by DOP-PCR and labeled with tetramethyl-rhodamine-5-dUTP. The probes were used in fluorescent in situ hybridization (FISH) procedure to highlight these specific regions in the metaphases. The results show one fluorescent red spot in male and two in female X chromosomes and interphase nuclei.
Descritores: Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
Primers do DNA/genética
Marcação in Situ com Primers/métodos
Análise Citogenética/métodos
-Sondas de DNA/genética
Reprodutibilidade dos Testes
Hibridização in Situ Fluorescente/métodos
Cromossomos Humanos X/genética
Microdissecção/métodos
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-267200
Autor: Tirado, Carlos Alberto; Stone, John F.
Título: Uso de la técnica: pintado de todo el cromosoma (Whole chromosome painting), para identificar cromosomas marcadores en líneas celulares pancreáticas / I use of the technique: colored of the whole chromosome (Whole chromosome paintin), to identify chromosomes markers in pancreatic cellular lines
Fonte: Acta cancerol;26(2):10-3, oct. 1996. ilus.
Idioma: es.
Resumo: La hibridación in situ con fluorescencia, es un método altamente sensible para la detección de secuencias de ADN específicas en metafases preparadas en una lámina portaobjetos. Las aplicaciones de esta técnica de Fish se ven especialmente en la identificación de cromosomas marcadores en metafases de tumores sólidos y malignidades hematológicas. Los cromosomas marcadores son generalmente de origen no conocido y por lo tanto de significado clínico desconocido. La técnica denominada "Whole chromosoma paintin" o pintado de todo el cromosoma es una variante de la técnica de Fish que permite la identificación de cromosomas humanas o fragmentos de estos cromosomas no identificados con bandeo convencional. Este nuevo sistema íncluye una sonda que contiene secuencia única homólogas al ADN del cromosoma que deseamos identificar. Dicha sonda es marcada directamente con espectro o fluorócromo naranja o verde. Esta técnica ha tenido un gran impacto y como otra de las múltiples técnicas de Fish se ha convertido en una herramienta importante, en citogenética de tumores sólidos, en donde el progreso siempre ha sido bloqueado por dificultades técnicas como el obtener metafases de muy buena calidad, por la falta de crecimiento de algunos tumores y la contaminación de células normales con el parénquina tumoral. Sin embargo, esta técnica "Whole chromosoma painting" requiere metafases de alta calidad. Usamos en el presente estudio, sondas ONCOR para identificar cromosomas completos. Las sondas son desnaturalizadas e híbridadas a una metafase del tumor que se encuentra en una lámina portaobjetos. Después que se completa la hibridación , el exceso de sonda es removido mediante lavados. La sonda WCP es detectada por visualización con filtros especiales para espectros verde o naranja en un microscopio de fluorescencia. En el presente estudio, usamos esta técnica para identificar a algunos cromosomas en cierta líneas celulares pancreáticas: Pan-1, UACC462, HPAC, Hs700t, Mia Parca2. Nuestros resultados, corroboran estudios previso realizados en nuestro laboratorio, usando bandeo G y FISH convencional con sondas centroméricas.
Descritores: Sondas de DNA
Cromossomos
Citogenética
Hibridização de Ácido Nucleico
Marcadores Genéticos
Limites: Humanos
Responsável: PE1.1 - Oficina Universitária de Biblioteca


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Id: lil-426908
Autor: Carnieli Junior, Pedro; Ventura, Armando Moraes; Durigon, Edison Luiz.
Título: Digoxigenin-labeled probe for rabies virus nucleoprotein gene detection
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;39(2):159-162, mar.-abr. 2006. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: A digoxigenin-labeled probe was produced from the Pasteur virus strain for the detection of the rabies virus N gene. The probe hybridization was performed from amplified N gene obtained by reverse transcription polymerase chain reaction and the results by RT-PCR and hybridization showed 100 percent agreement. The hybridization, when carried out in products amplified by RT-PCR, increases the sensitivity of this technique even more and confers specificity to the diagnosis. The technique described in this work will be useful in rabies diagnosis laboratories, once the cost is compatible with traditional rabies diagnostic techniques.
Descritores: DNA Viral/genética
Digoxigenina
Nucleoproteínas/genética
Vírus da Raiva/genética
Raiva/diagnóstico
-Medições Luminescentes
Southern Blotting
Quirópteros
Sondas de DNA
Cavalos
Hibridização In Situ
Raiva/virologia
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Sensibilidade e Especificidade
Ovinos
Limites: Humanos
Animais
Bovinos
Cães
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Simpson, Andrew J. G
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Id: lil-623576
Autor: Simpson, Andrew J. G; Ali, Pirlanta Omer; Meadows, Helen M; Jeffs, Simon A; Hagan, Paul; Smithers, S. Ron.
Título: Schistosoma mansoni surface proteins
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;84(supl.1):179-187, 1989. tab.
Idioma: en.
Conferência: Apresentado em: Simpósio Internacional de Esquistossomose, 2, Apresentado em: Reunião Nacional de Esquistossomose2, Belo Horizonte, 22-27 out. 1989.
Descritores: Schistosoma mansoni/crescimento & desenvolvimento
Schistosoma mansoni/imunologia
Antígenos de Helmintos/isolamento & purificação
Antígenos de Helmintos/imunologia
-Sondas de DNA
Larva
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-779905
Autor: GONÇALVES, Cristiane; SOARES, Geisla Mary S; FAVERI, Marcelo; PÉREZ-CHAPARRO, Paula Juliana; LOBÃO, Eduardo; FIGUEIREDO, Luciene Cristina; BACCELLI, Gustavo Titonele; FERES, Magda.
Título: Association of three putative periodontal pathogens with chronic periodontitis in Brazilian subjects
Fonte: J. appl. oral sci;24(2):181-185, Mar.-Apr. 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: São Paulo Research Foundation.
Resumo: ABSTRACT Objective The aim of this study was to evaluate the association of Porphyromonas endodontalis, Filifactor alocis and Dialister pneumosintes with the occurrence of periodontitis. Material and Methods Thirty subjects with chronic periodontitis (ChP) and 10 with periodontal health (PH) were included in the study. Nine subgingival biofilm samples were collected as follows: i) PH group - from the mesial/buccal aspect of each tooth in two randomly chosen contralateral quadrants; ii) ChP group - from three sites in each of the following probing depth (PD) categories: shallow (≤3 mm), moderate (4-6 mm) and deep (≥7 mm). Checkerboard DNA-DNA hybridization was used to analyze the samples. Results We found the three species evaluated in a higher percentage of sites and at higher levels in the group with ChP than in the PH group (p<0.05, Mann-Whitney test). We also observed these differences when the samples from sites with PD≤4 mm or ≥5 mm of subjects with ChP were compared with those from subjects with PH (p<0.05, Mann-Whitney test). In addition, the prevalence and levels of D. pneumosintes, and especially of F. alocis were very low in healthy subjects (0.12x105 and 0.01x105, respectively). Conclusion F. alocis and D. pneumosintes might be associated with the etiology of ChP, and their role in the onset and progression of this infection should be further investigated. The role of P. endodontalis was less evident, since this species was found in relatively high levels and prevalence in the PH group.
Descritores: Peptostreptococcus/patogenicidade
Porphyromonas endodontalis/patogenicidade
Veillonellaceae/patogenicidade
Periodontite Crônica/microbiologia
-Peptostreptococcus/isolamento & purificação
Brasil
DNA Bacteriano
Contagem de Colônia Microbiana
Sondas de DNA
Estudos de Casos e Controles
Estatísticas não Paramétricas
Biofilmes
Porphyromonas endodontalis/isolamento & purificação
Placa Dentária/microbiologia
Veillonellaceae/isolamento & purificação
Gengiva/microbiologia
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Responsável: BR1.1 - BIREME



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