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Id: biblio-894856
Autor: Arraes, Maria Luisa Bezerra de Macedo; Holanda, Maísa Viana de; Lima, Luana Nepomuceno Gondim Costa; Sabadia, José Antônio Beltrão; Duarte, Cynthia Romariz; Almeida, Rosa Livia Freitas; Kendall, Carl; Kerr, Ligia Regina Sansigolo; Frota, Cristiane Cunha.
Título: Natural environmental water sources in endemic regions of northeastern Brazil are potential reservoirs of viable Mycobacterium leprae
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;112(12):805-811, Dec. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: CNPq; . Water and Public Health.
Resumo: BACKGROUND The detection of live Mycobacterium leprae in soil and animals other than humans suggests that the environment plays a role in the transmission of leprosy. OBJECTIVE The objective of this study was to investigate the presence of viable M. leprae in natural water sources used by the local population in five municipalities in the state of Ceará, northeastern Brazil. METHODS Samples were collected from 30 different sources. Viable bacilli were identified by reverse transcriptase polymerase chain reaction (PCR) of the M. leprae gyrA gene and sequencing of the PCR products. Physicochemical properties of each water source were also assessed. FINDINGS M. leprae gyrA mRNA was found in 23 (76.7%) of the water sources. No association was found between depth of the water and sample positivity, nor was there any association between the type of water used by the population and sample positivity. An association between viable M. leprae and temperature and pH was found. Georeferencing showed a relation between the residences of leprosy cases and water source containing the bacterium. MAIN CONCLUSIONS The finding of viable M. leprae in natural water sources associated with human contact suggests that the environment plays an important role in maintaining endemic leprosy in the study region.
Descritores: DNA Bacteriano/genética
RNA Bacteriano/genética
RNA Ribossômico 16S/genética
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Mycobacterium leprae/isolamento & purificação
Mycobacterium leprae/genética
-Microbiologia da Água
Brasil
Reservatórios de Doenças
Genótipo
Limites: Seres Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-794226
Autor: Midena, Raquel Zanin.
Título: Suscetibilidade antimicrobiana e protocolo de purificação de RNA para análise de expressão gênica de isolados clínicos de Fusobacterium nucleatum / Antimicrobial susceptibility and RNA purification protocol for gene expression analysis of clinical isolates of Fusobacterium nucleatum.
Fonte: Bauru; s.n; 2015. 95 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Odontologia de Bauru para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Fusobacterium nucleatum é uma espécie bacteriana Gram-negativa, anaeróbia estrita e uma das espécies frequentemente encontradas nas infecções primárias do sistema de canais radiculares. Esta espécie tem grande importância na formação de biofilmes por ser uma ponte de união entre espécies que não são capazes de interagir. Os micro-organismos constituintes de biofilmes trocam material genético, aumentando a tolerancia dos mesmos e é quase impossível um isolado clínico ter os genes totalmente iguais à cepa padrão de coleções de cultura como da ATCC (American Type Culture Colection). O presente estudo investigou a espécie bacteriana anaeróbia Fusobacterium nucleatum isolada de canais radiculares, comparando-a com sua cepa de referência. Foi feito a comparação da suscetibilidade microbiana in vitro por meio de cultura microbiológica pelo método do E-test, com as cepas em crescimento planctônico e em biofilme. Também foi definido um protocolo de Purificação de RNA para esta espécie em ambas as condições de crescimento. As cepas clínicas de F. nucelatum foram isoladas por meio da cultura microbiológica de 23 pacientes que apresentavam dentes com infecção primária e periodontite apical visível em radiografia. Foi feito isolamento e identificação da espécie por série bioquímica com testes comerciais (Sistema Api, Bio-Meriéux, França) e PCR convencional, sendo no total 4 isolados clínicos investigados. Foi verificada a suscetibilidade antimicrobiana dos seguintes antibióticos: Amoxicilina, Amoxicilina + ácido clavulânico, Ampicilina, Azitromicina, Clindamicina, Eritromicina e Metronidazol. O protocolo para purificação de RNA foi feito com microesferas de zircônia, dispositivo bead beater, kit comercial RNeasy (Qiagen) e transcrição para DNA complementar (cDNA). A qualidade da purificação foi testada quanto a sua capacidade de amplificação pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) utilizando primer para o gene 16s RNA específico para F. nucelatum...

Fusobacterium nucleatum is a Gram-negative bacterial species, strict anaerobic and one of the species often found in primary infection of the root canal system. This species has great importance in biofilm formation to be a union bridge between species which are not able to act alone. The constituent microorganisms of the biofilm exchange each tother genetic material, increasing the strength of them. It is almost impossible for a clinical isolate have genes totally equal to a standard strain, such as strains of culture collections like ATCC (American Type Culture Collection). The present study investigated anaerobic bacterial species Fusobacterium nucleatum isolated from root canals, comparing them to the ATCC strain. The microbial in vitro susceptibility of biofilm and planktonic growth of the strains was compared by means of microbiological culture and the E-test method, with the antibiotics Amoxicillin, Amoxicillin + clavulanic acid, Ampicillin, Azithromycin, Clindamycin, Eritromycin and Metronidazole.. Also, a RNA Purification protocol for the strains under the same growth conditions was defined. Clinical isolates were obtained by microbiological samples of patients with teeth with pulp necrosis and apical periodontitis visible on radiographs. The species isolation and identification were performed using commercial biochemical tests (Sistema Api, Bio-Meriéux, France) and conventional PCR, obtaining four clinical isolates. The protocol for RNA purification was done with zirconia beads, bead beater device and commercial kit RNeasy (Qiagen) and transcribed into complementary DNA (cDNA). The quality of purification was tested for its ability of amplification by real time polymerase chain reaction (qPCR) using primer for the gene 16s RNA specific for F. nucleatum. All tested trains were 100% susceptible to amoxicillin + clavulanic acid, ampicillin, azithromycin, clindamycin and metronidazole. Both types of bacterial growth showed resistance to...
Descritores: Fusobacterium nucleatum/genética
Fusobacterium nucleatum/isolamento & purificação
Expressão Gênica
RNA Bacteriano/isolamento & purificação
-Antibacterianos/farmacologia
Biofilmes/crescimento & desenvolvimento
Cavidade Pulpar/microbiologia
Fusobacterium nucleatum
Testes de Sensibilidade Microbiana
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Fatores de Tempo
Limites: Seres Humanos
Responsável: BR28.1 - Serviço de Biblioteca e Documentação Professor Doutor Antônio Gabriel Atta


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Id: lil-762924
Autor: Beltrame, C. O.; Côrtes, M. F.; Bandeira, P. T.; Figueiredo, A. M. S..
Título: Optimization of the RNeasy Mini Kit to obtain high-quality total RNA from sessile cells of Staphylococcus aureus
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;48(12):1071-1076, Dec. 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Biofilm formed by Staphylococcus aureus is considered an important virulence trait in the pathogenesis of infections associated with implantable medical devices. Gene expression analyses are important strategies for determining the mechanisms involved in production and regulation of biofilm. Obtaining intact RNA preparations is the first and most critical step for these studies. In this article, we describe an optimized protocol for obtaining total RNA from sessile cells of S. aureus using the RNeasy Mini Kit. This method essentially consists of a few steps, as follows: 1) addition of acetone-ethanol to sessile cells, 2) lysis with lysostaphin at 37°C/10 min, 3) vigorous mixing, 4) three cycles of freezing and thawing, and 5) purification of the lysate in the RNeasy column. This simple pre-kit procedure yields high-quality total RNA from planktonic and sessile cells of S. aureus.
Descritores: Técnicas Bacteriológicas/normas
Biofilmes/crescimento & desenvolvimento
RNA Bacteriano/isolamento & purificação
Staphylococcus aureus/genética
-Técnicas Bacteriológicas/métodos
Eletroforese em Gel de Ágar
Proteínas Hemolisinas/metabolismo
Staphylococcus aureus Resistente à Meticilina/genética
Staphylococcus aureus Resistente à Meticilina/isolamento & purificação
Controle de Qualidade
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Transcrição Reversa
Staphylococcus aureus/fisiologia
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-734583
Autor: Landone Vescovo, Ignacio A; Golemba, Marcelo D; Di Lello, Federico A; Culasso, Andrés C.A; Levinb, Gustavo; Ruberto, Lucas; Mac Cormack, Walter P; López, José L.
Título: Rich bacterial assemblages from Maritime Antarctica (Potter Cove, South Shetlands) reveal several kinds of endemic and undescribed phylotypes / Una rica colección de bacterias marinas antárticas (Caleta Potter, islas Shetlands del Sur) revela diversos filotipos endémicos y previamente no descritos
Fonte: Rev. argent. microbiol;46(3):218-230, oct. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: .

Bacterial richness in maritime Antarctica has been poorly described to date. Phylogenetic affiliation of seawater free-living microbial assemblages was studied from three locations near the Argentinean Jubany Station during two Antarctic summers. Sixty 16S RNA cloned sequences were phylogenetically affiliated to Alphaproteobacteria (30/60 clones), Gammaproteobacteria(19/60 clones), Betaproteobacteria and Cytophaga-Flavobacteriia- Bacteroides (CFB), which were (2/60) and (3/60) respectively. Furthermore, six out of 60 clones could not be classified. Both, Alphaproteobacteria and Gammaproteobacteria, showed several endemic and previously undescribed sequences. Moreover, the absence of Cyanobacteria sequences in our samples is remarkable. In conclusion, we are reporting a rich sequence assemblage composed of widely divergent isolates among themselves and distant from the most closely related sequences currently deposited in data banks.
Descritores: Bactérias/isolamento & purificação
Água do Mar/microbiologia
-Regiões Antárticas
Sequência de Bases
Bactérias/classificação
Bactérias/genética
DNA Bacteriano/genética
DNA Ribossômico/genética
Evolução Molecular
Microbiota
Dados de Sequência Molecular
Filogenia
Ribotipagem
RNA Bacteriano/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/genética
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: AR1.2 - Instituto de Investigaciónes Epidemiológicas


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Id: lil-731304
Autor: Santos, Osmara Alves dos; Borges, Ana Luiza Vilela; Chofakian, Christiane Borges do Nascimento; Pirotta, Kátia Cibelle Machado.
Título: Determinants of emergency contraception non-use among women in unplanned or ambivalent pregnancies / Determinantes del no uso de la anticoncepción de emergencia entre mujeres con embarazo no planeado u ambivalente / Determinantes do não uso da anticoncepção de emergência entre mulheres com gravidez não planejada ou ambivalente
Fonte: Rev. Esc. Enferm. USP;48(spe):16-22, 08/2014. tab.
Idioma: en.
Projeto: CNPq.
Resumo: Objective To analyze the determinants of emergency contraception non-use among women in unplanned and ambivalent pregnancies. Method Cross-sectional study with a probabilistic sample of 366 pregnant women from 12 primary health care units in the city of São Paulo, Brazil. A multinomial logistic regression was performed, comparing three groups: women who used emergency contraception to prevent ongoing pregnancies (reference); women who made no use of emergency contraception, but used other contraceptive methods; and women who made no use of any contraceptive methods at all. Results Cohabitation with a partner was the common determinant of emergency contraception non-use. No pregnancy risk awareness, ambivalent pregnancies and no previous use of emergency contraception also contributed to emergency contraception non-use. Conclusion Apart from what is pointed out in the literature, knowledge of emergency contraception and the fertile period were not associated to its use. .

Objetivo Analizar los determinantes del no uso de la anticoncepción de emergencia entre las mujeres con embarazo no planeado o ambivalente. Método Estudio transversal en una muestra probabilística de 366 mujeres embarazadas de 12 Unidades Básicas de Salud de São Paulo. Mediante regresión logística multinomial, se comparó tres grupos de mujeres: aquellas que usaron la anticoncepción de emergencia para prevenir el embarazo en curso (referencia), aquellas que usaron algún método anticonceptivo, pero no la anticoncepción de emergência; y aquellas que no usaron ningún método. Resultados Los hallazgos mostraron que vivir com la pareja fue el determinante común del no uso de la anticoncepción de emergencia. No tener conciencia del riesgo de embarazo, estar en un embarazo ambivalente y nunca tener utilizado la anticoncepción de emergencia también fueron associados con su no uso para prevenir el embarazo en curso. Conclusión Contrariamente a lo que reporta la literatura, el conocimiento de la anticoncepción de emergencia y el período fértil no mostró asociación con el no uso. .

Objetivo Analisar os determinantes do não uso da anticoncepção de emergência entre mulheres com gravidez não planejada ou ambivalente. Método Estudo transversal com amostra probabilística de 366 gestantes de 12 Unidades Básicas de Saúde da cidade de São Paulo. Por meio de regressão logística multinomial, compararam-se três grupos de mulheres: as que usaram anticoncepção de emergência para prevenir a gravidez em curso (referência); as que usaram algum método contraceptivo, mas não anticoncepção de emergência; e as que não usaram nenhum método. Resultados Os achados mostraram que morar com o parceiro foi o determinante comum do não uso da anticoncepção de emergência. Não ter consciência do risco de engravidar, estar em uma gravidez ambivalente e nunca ter usado anticoncepção de emergência também foram associados ao seu não uso para prevenir a gravidez em curso. Conclusão Diferentemente do que relata a literatura, o conhecimento sobre anticoncepção de emergência e sobre o período fértil não mostrou qualquer associação ao não uso. .
Descritores: Proteínas de Ligação a DNA
Escherichia coli/genética
Mapeamento de Interação de Proteínas/métodos
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
-Bacteriófago lambda/genética
DNA Bacteriano/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/biossíntese
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
RNA Polimerases Dirigidas por DNA/fisiologia
Proteínas de Escherichia coli/biossíntese
Proteínas de Escherichia coli/genética
Proteínas de Escherichia coli/fisiologia
Escherichia coli/enzimologia
Genes Reporter/genética
Fosforilação
Plasmídeos/biossíntese
Plasmídeos/genética
Regiões Promotoras Genéticas/genética
RNA Bacteriano/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/biossíntese
Proteínas Recombinantes de Fusão/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/fisiologia
Proteínas Repressoras/biossíntese
Proteínas Repressoras/genética
Proteínas Repressoras/fisiologia
Transcrição Genética/genética
Transcrição Genética/fisiologia
Proteínas Virais Reguladoras e Acessórias
Proteínas Virais/biossíntese
Proteínas Virais/genética
Proteínas Virais/fisiologia
beta-Galactosidase/biossíntese
beta-Lactamases/biossíntese
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-726791
Autor: Agudelo-Flórez, Piedad; Durango, Harold; Aranzazu, Diego; Rodas, Juan David; Travi, Bruno.
Título: Genotipificación y evaluación de la dinámica de infección de un aislamiento colombiano de Leptospira santarosai en el modelo experimental en hámster / Genotyping and evaluation of infection dynamics in a Colombian isolate of Leptospira santarosai in hamster as an experimental model
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(3):460-472, July-Sept. 2014. ilus, graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. Es necesario desarrollar modelos de estudio de la leptospirosis. Objetivo. Genotipificar un aislamiento de Leptospira proveniente de una persona con síndrome de Weil y evaluar, con el modelo experimental en Mesocricetus auratus , su dinámica de infección. Materiales y métodos. Se hizo la genotipificación por análisis de las secuencias génicas rrs 16S y lipL32 . Se determinó la dosis letal media en hámster inoculada por vía intraperitoneal. Se identificaron los patrones de química clínica, la duración de la leptospiremia, la leptospiruria y la histopatología, comparados con el mismo modelo inoculado con la cepa de Leptospira interrogans (Fiocruz L1-130). Resultados. Mediante análisis molecular se determinó que el aislamiento correspondía a la especie patógena Leptospira santarosai . La bacteria se recuperó a partir de tejido de riñón y de pulmón, y se detectó por medio de PCR lipL32 en el tercer día después de la infección. La proteína C reactiva aumentó en el quinto día después de la infección (3,25 mg/dl; valor normal: 0,3 mg/dl) con una disminución en el día 18 (2,60 mg/dl; valor normal: 0,8 mg/dl). Los biomarcadores de urea mostraron alteraciones indicativas de falla renal aguda (día 5 después de la infección: 49,01 mg/dl y día 18: 53,71 mg/dl). La histopatología mostró neumonía intersticial con diferentes grados de hemorragia, así como nefritis intersticial. Conclusión. Se identificó la presencia de la especie L. santarosai con capacidad patógena comparable con la cepa Fiocruz L1-130 de L. interrogans , de reconocida virulencia y tropismo pulmonar, en cuanto a los aspectos histopatológicos de tropismo a pulmón y riñón. Nunca antes se había evaluado en un modelo experimental un aislamiento de origen local bajo estos criterios biológicos.

Introduction: Is necessary to develop models for the study of leptospirosis. Objective: To genotype a Colombian strain of Leptospira isolated from a human with Weil´s syndrome and to evaluate its infection dynamics in the hamster experimental model. Materials and methods: Genotyping was performed by amplification and sequence analysis of the rrs 16S and lipL32 genes. The median lethal dose was determined in intraperitoneally inoculated hamsters. The patterns of clinical chemistry, the duration of leptospiremia, leptospiruria and pathological findings were studied and compared in the same animal model infected with L. interrogans (Fiocruz L1-130). Results: Molecular typing revealed that the isolate corresponded to the pathogenic species L. santarosai, which was recovered from hamsters´ kidneys and lungs and detected by lipL32 PCR from day 3 post-infection in these organs. There was a marked increase of C-reactive protein in animals at day 5 post-infection (3.25 mg/dl; normal value: 0.3 mg/dl) with decreases by day 18 (2.60 mg/dl: normal value: 0.8 mg/dl). Biomarkers of urea showed changes consistent with possible renal acute failure (day 5 post-infection: 49.01 mg/dl and day 18 post-infection: 53.71 mg/dl). Histopathological changes included interstitial pneumonia with varying degrees of hemorrhage and interstitial nephritis. Conclusion: The pathogenic species L. santarosai was identified in Colombia. Its pathogenicity as determined by tropism to lung and kidney was comparable to that of L. interrogans Fiocruz L1-130, well known for its virulence and pulmonar tropism. The biological aspects studied here had never before been evaluated in an autochthonous isolate.
Descritores: Leptospira/patogenicidade
Leptospirose/microbiologia
Mesocricetus/microbiologia
-Bacteriemia/microbiologia
Proteínas da Membrana Bacteriana Externa/genética
Colômbia
DNA Bacteriano/genética
DNA Ribossômico/genética
Genótipo
Interações Hospedeiro-Patógeno
Rim/microbiologia
Rim/patologia
Leptospira interrogans/genética
Leptospira interrogans/patogenicidade
Leptospira/classificação
Leptospira/genética
Leptospira/isolamento & purificação
LETHAL DOSE ACADEMIES AND INSTITUTES
Lipoproteínas/genética
Doenças Pulmonares Intersticiais/microbiologia
Pulmão/microbiologia
Pulmão/patologia
Modelos Animais
Nefrite Intersticial/microbiologia
Especificidade de Órgãos
RNA Bacteriano/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/genética
Especificidade da Espécie
Virulência
Limites: Animais
Cricetinae
Feminino
Seres Humanos
Masculino
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Id: lil-712432
Autor: Acosta, Claudia Patricia; Hurtado, Fabián Andrés; Trespalacios, Alba Alicia.
Título: Determinación de mutaciones de un solo nucleótido en el gen 23S rRNA de Helicobacter pylori relacionadas con resistencia a claritromicina en una población del departamento del Cauca, Colombia / Determination of single nucleotide mutations in the 23S rRNA gene of Helicobacter pylori related to clarithromycin resistance in a population from Cauca, Colombia
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(supl.1):156-162, abr. 2014. graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. La terapia antibiótica combinada para la erradicación de Helicobacter pylori debería basarse en los patrones locales de resistencia. Objetivo. Determinar la resistencia de H. pylori a claritromicina en una población del departamento del Cauca mediante la identificación de mutaciones en el gen 23S r RNA en ADN obtenido de biopsias gástricas. Materiales y métodos. Se incluyeron en el estudio 162 pacientes con dispepsia funcional. El gen 23S rRNA se amplificó por PCR y el patrón de mutaciones se identificó por secuenciación directa. Resultados. La frecuencia de resistencia a claritromicina fue de 4 %. La mutación A2143G del gen se encontró en cuatro pacientes (2,46 %) y la mutación A2142G, en tres pacientes (1,85 %). Conclusiones. El estudio encontró que el genotipo más frecuente en los especímenes positivos para H. pylori fue 2143G, seguido por A2142G. La prevalencia observada de resistencia de H. pylori fue baja; por lo tanto, se considera que el tratamiento con claritromicina es una opción válida para la erradicación de H. pylori en la población objeto de estudio.

Introduction: Antibiotic combination therapy for the eradication of Helicobacter pylori should be based on local resistance patterns. Objective: To d etermine the resistance of H. pylori to clarithromycin in a population from Cauca province, through the identification of mutations in the 23S rRNA gene in DNA from gastric biopsies. Materials and methods: A total of 162 patients with functional dyspepsia were included in the study. The 23S rRNA gene and the DNA from 162 gastric specimens were amplified by PCR, and the mutation pattern was identified by direct sequencing. Results: The frequency of clarithromycin resistance was 4%. A2143G mutation was found in four patients (2.46%) and A2142G mutation was found in three patients (1.85%). Conclusions: Our study shows that the most frequent genotype in H. pylori -positive specimens was A2143G, followed by A2142G. The observed resistance prevalence of H. pylori was low; thus, we consider that clarithromycin treatment is a valid option for H. pylori eradication in the study population.
Descritores: Claritromicina/farmacologia
DNA Bacteriano/genética
DNA Ribossômico/genética
Farmacorresistência Bacteriana/genética
Gastrite/microbiologia
Infecções por Helicobacter/microbiologia
Helicobacter pylori/genética
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
RNA Bacteriano/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABORTIFACIENT AGENTS, NONSTEROIDALS/genética
-Técnicas de Tipagem Bacteriana
Biópsia
Proteínas de Bactérias/genética
Colômbia/epidemiologia
Genes Bacterianos
Gastrite/epidemiologia
Gastrite/patologia
Infecções por Helicobacter/epidemiologia
Infecções por Helicobacter/patologia
Helicobacter pylori/classificação
Helicobacter pylori/efeitos dos fármacos
Helicobacter pylori/isolamento & purificação
Mutação de Sentido Incorreto
Estudos Prospectivos
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Adolescente
Adulto
Idoso
Feminino
Seres Humanos
Masculino
Meia-Idade
Adulto Jovem
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Id: lil-712420
Autor: Benítez-Páez, Alfonso; Cárdenas-Brito, Sonia; Corredor, Mauricio; Villarroya, Magda; Armengod, María Eugenia.
Título: Impairing methylations at ribosome RNA, a point mutation-dependent strategy for aminoglycoside resistance: The rsmG case / Mutaciones en genes modificadores de ARN ribosómico y la resistencia a aminoglucósidos: el caso del gen rsmG
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(supl.1):41-49, abr. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Introduction: Aminoglycosides like streptomycin are well-known for binding at specific regions of ribosome RNA and then acting as translation inhibitors. Nowadays, several pathogens have been detected to acquire an undefined strategy involving mutation at non structural ribosome genes like those acting as RNA methylases. rsmG is one of those genes which encodes an AdoMet-dependent methyltransferase responsible for the synthesis of m 7 G527 in the 530 loop of bacterial 16S rRNA. This loop is universally conserved, plays a key role in ribosomal accuracy, and is a target for streptomycin binding. Loss of the m 7 G527 modification confers low-level streptomycin resistance and may affect ribosomal functioning. Objectives: After taking into account genetic information indicating that some clinical isolates of human pathogens show streptomycin resistance associated with mutations at rsmG , we decided to explore new hot spots for mutation capable of impairing the RsmG in vivo function and of promoting low-level streptomycin resistance. Materials and methods: To gain insights into the molecular and genetic mechanism of acquiring this aminoglycoside resistance phenotype and the emergence of high-level streptomycin resistance in rsmG mutants, we mutated Escherichia coli rsmG and also performed a genotyping study on rpsL from several isolates showing the ability to grow at higher streptomycin concentrations than parental strains. Results: We found that the mutations at rpsL were preferentially present in these mutants, and we observed a clear synergy between rsmG and rpsL genes to induce streptomycin resistance. Conclusion: We contribute to understand a common mechanism that is probably transferable to other ribosome RNA methylase genes responsible for modifications at central sites for ribosome function.

Introducción. Los aminoglucósidos son moléculas antibióticas capaces de inhibir la síntesis de proteínas bacterianas tras su unión al ribosoma procariota. La resistencia a aminoglucósidos está clásicamente asociada a mutaciones en genes estructurales del ribosoma bacteriano; sin embargo, varios estudios recientes han demostrado, de forma recurrente, la presencia de un nuevo mecanismo dependiente de mutación que no involucra genes estructurales. El gen rsmG es uno de ellos y se caracteriza por codificar una metiltransferasa que sintetiza el nucleósido m 7 G527 localizado en el loop 530 del ribosoma bacteriano, este último caracterizado como sitio preferencial al cual se une la estreptomicina. Objetivo. Partiendo de las recientes asociaciones clínicas entre las mutaciones en el gen rsmG y la resistencia a estreptomicina, este estudio se propuso la caracterización de nuevos puntos calientes de mutación en este gen que puedan causar resistencia a estreptomicina usando Escherichia coli como modelo de estudio. Materiales y métodos. Se indagó sobre el mecanismo genético y molecular por el cual se adquiere la resistencia a estreptomicina y su transición a la resistencia a altas dosis mediante mutagénesis dirigida del gen rsmG y genotipificación del gen rpsL . Resultados. Se encontró que la mutación N39A en rsmG inactiva la proteína y se reportó un nuevo conjunto de mutaciones en rpsL que confieren resistencia a altas dosis de estreptomicina. Conclusiones. Aunque los mecanismos genéticos subyacentes permanecen sin esclarecer, se concluyó que dichos patrones secuenciales de mutación podrían tener lugar en otros genes modificadores del ARN bacteriano debido a la conservación evolutiva y al papel crítico que juegan tales modificaciones en la síntesis de proteínas.
Descritores: Aminoglicosídeos/farmacologia
Antibacterianos/farmacologia
Farmacorresistência Bacteriana/genética
Proteínas de Escherichia coli/genética
Mutação de Sentido Incorreto
Metiltransferases/genética
Mutação Puntual
Processamento Pós-Transcricional do RNA/genética
RNA Bacteriano/metabolismo
/metabolismo
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/metabolismo
Estreptomicina/farmacologia
-Sequência de Aminoácidos
Sítios de Ligação/genética
Domínio Catalítico/genética
Proteínas de Escherichia coli/química
Proteínas de Escherichia coli/metabolismo
Escherichia coli/efeitos dos fármacos
Escherichia coli/enzimologia
Metilação
Modelos Moleculares
Dados de Sequência Molecular
Metiltransferases/química
Metiltransferases/metabolismo
Filogenia
Conformação Proteica
RNA Bacteriano/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/metabolismo
Proteínas Ribossômicas/genética
Proteínas Ribossômicas/metabolismo
S-Adenosilmetionina/metabolismo
Alinhamento de Sequência
Análise de Sequência de DNA
Deleção de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Id: lil-699830
Autor: Qiu, Shanlian; Wang, MK; Wang, Fei; Chen, Jichen; Li, Xiaoyan; Li, Qinghua; Lin, Cheng; Lin, Xinjian.
Título: Effects of open drainage ditch design on bacterial and fungal communities of cold waterlogged paddy soils
Fonte: Braz. j. microbiol;44(3):983-991, July-Sept. 2013. ilus, graf, tab.
Idioma: en.
Projeto: China. Agro-scientific Research; . China. Fujian Academy of Agricultural Sciences; . China. Fujian Province.
Resumo: A field experiment established in 1980 was conducted to evaluate the effects of open drainage ditch applied for water removal on bacterial and fungal communities of cold waterlogged paddy soils in 2011. In this experiment, traditional plate counting and temperature gradient gel electrophoresis were employed to characterize the abundance and diversity of soil bacterial and fungal communities. Four different distances from the open drainage ditch, 5, 15, 25 and 75 m with different degrees of drainage were designed for this study. Maximum populations of culturable aerobic bacteria and fungi were at 15-m distance while minimum populations were at 75-m distance. Significant differences (p < 0.05) in fungal populations were observed at all distances from open drainage ditch. The highest diversity of the bacterial community was found at a distance of 25 m, while that of the fungal community was observed at a distance of 5 m. Sequencing of excised TGGE bands indicated that the dominant bacteria at 75-m distance belonged to anaerobic or microaerobic bacteria. Relationships between microbial characteristics and soil physicochemical properties indicated that soil pH and available nitrogen contents were key factors controlling the abundance of culturable aerobic bacteria and fungi, while soil water capacity also affected the diversity of fungal community. These findings can provide the references for better design and advanced management of the drainage ditches in cold waterlogged paddy soils.
Descritores: Biota
Bactérias/classificação
Bactérias/isolamento & purificação
Fenômenos Químicos
Fungos/classificação
Fungos/isolamento & purificação
Microbiologia do Solo
-Análise por Conglomerados
Temperatura Baixa
Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante
DNA Bacteriano/química
DNA Bacteriano/genética
DNA Fúngico/química
DNA Fúngico/genética
DNA Ribossômico/química
DNA Ribossômico/genética
Drenagem
Genes de RNAr
Concentração de Íons de Hidrogênio
Dados de Sequência Molecular
Nitrogênio/análise
Filogenia
RNA Bacteriano/genética
RNA Fúngico/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, 1ABDOMINAL NEOPLASMSS/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/genética
Análise de Sequência de DNA
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Solo/química
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-676923
Autor: Hardoim, C. C. P; Cox, C. J; Peixoto, R. S; Rosado, A. S; Costa, R; Elsas, J. D. van.
Título: Diversity of the candidate phylum Poribacteria in the marine sponge Aplysina fulva
Fonte: Braz. j. microbiol;44(1):329-334, 2013. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Poribacterial clone libraries constructed for Aplysina fulva sponge specimens were analysed with respect to diversity and phylogeny. Results imply the coexistence of several, prevalently "intraspecific" poribacterial genotypes in a single sponge host, and suggest quantitative analysis as a desirable approach in studies of the diversity and distribution of poribacterial cohorts in marine sponges
Descritores: Microbiologia Ambiental
Variação Genética
Técnicas In Vitro
Filogenia
Poríferos
RNA Bacteriano/isolamento & purificação
-Genótipo
Métodos
Análise Quantitativa
Responsável: BR32.1 - Serviço de Biblioteca e Informação Biomédica



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