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Id: biblio-841788
Autor: Castrillón-Betancur, Juan Camilo; Urcuqui-Inchima, Silvio.
Título: Overexpression of miR-484 and miR-744 in Vero cells alters Dengue virus replication
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;112(4):281-291, Apr. 2017. graf.
Idioma: en.
Projeto: COLCIENCIAS.
Resumo: BACKGROUND Dengue is considered one of the world’s most important mosquito-borne diseases. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding single-stranded RNAs that play an important role in the regulation of gene expression in eukaryotes. Although miRNAs possess antiviral activity against many mammalian-infecting viruses, their involvement in Dengue virus (DENV) replication remains poorly understood. OBJECTIVE To determine the role of miR-484 and miR-744 in DENV infection and to examine whether DENV infection alters the expression of both miRNAs. METHODS We used bioinformatics tools to explore the relationship between DENV and cellular miRNAs. We then overexpressed miR-484 or miR-744 in Vero cells to examine their role in DENV replication using flow cytometry, reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), and western blotting. FINDINGS We found several cellular miRNAs that target a conserved region within the 3′ untranslated region (3′ UTR) of the genome of the four DENV serotypes and found that overexpression of miR-484 or miR-744 inhibits infection by DENV-1 to DENV-4. Furthermore, we observed that DENV RNA might be involved in the downregulation of endogenous miR-484 and miR-744. CONCLUSION Our study identifies miR-484 and miR-744 as two possible restriction host factors against DENV infection. However, further studies are needed to directly verify whether miR-484 and miR-744 both have an anti-DENV effect in vivo.
Descritores: Replicação Viral/fisiologia
Replicação Viral/genética
Chlorocebus aethiops
Regulação da Expressão Gênica/genética
Western Blotting
Reação em Cadeia da Polimerase
Biologia Computacional
Regiões não Traduzidas
Regiões não Traduzidas/fisiologia
Vírus da Dengue/fisiologia
Vírus da Dengue/genética
MicroRNAs/metabolismo
-Citometria de Fluxo
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Barth, Afonso Luís
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Id: biblio-997748
Autor: Rozales, Franciéli Pedrotti; de-Paris, Fernanda; Machado, Alice Beatriz Mombach Pinheiro; Costi, Cintia; Barth, Afonso Luís.
Título: Optimization of one-step real-time PCR for the X-tail target of HCV as a diagnostic test
Fonte: Clin. biomed. res;34(2):64-68, 2014. graf, tab.
Idioma: en.
Resumo: Infection with hepatitis C virus (HCV) is a global public health issue. The bloodborne nature of HCV transmission poses a substantial risk to healthcare workers, due to occupational exposure to needlestick injuries and blood and other body fluids containing the virus. Undiagnosed HCV infection, including in healthcare workers, represents a growing problem worldwide as the infected population ages, and HCV-related mortality and morbidity is expected to rise substantially over the coming decades. Consequently, diagnostic tests for HCV play an important role in this scenario. The aim of this study was to standardize a one-step RT-PCR assay for detection of HCV. The test demonstrated reproducibility, sensibility (100%), and the limit of detection was set at 100IU/mL. Our study indicates that this assay can be used as a diagnostic tool to follow up healthcare workers after occupational exposure
Descritores: RNA Viral/sangue
Hepatite C/diagnóstico
Hepacivirus/isolamento & purificação
Regiões não Traduzidas/genética
-RNA Viral/genética
Hepatite C/virologia
Hepacivirus/genética
Carga Viral/métodos
Limites: Humanos
Responsável: BR18.1 - Biblioteca FAMED/HCPA


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Id: lil-641984
Autor: Chiauzzi, V. A; Ferder, I; Alba, L; Belli, S; Escobar, M. E; Charreau, E. H; Dain, L.
Título: Estudios de la región 5'UTR del gen FMR-1 en pacientes con falla ovárica prematura / Studies of the 5' - UTRTR region in the FMR-1 gene in patients withe Premature Ovarian Failure
Fonte: Rev. argent. endocrinol. metab;47(4):3-10, oct.-dic. 2010. ilus, tab.
Idioma: es.
Resumo: La falla ovárica prematura (FOP) es un síndrome de patogénesis multicausal que afecta aproximadamente al 1% de las mujeres en edad reproductiva. Numerosos estudios asocian el estado de premutación (amplificación del número de tripletes CGG entre 50/55 y 200 repeticiones) en el gen FMR-1 y FOP. Alrededor de un 4% de las pacientes FOP presentan alelos con premutación. La amplificación del número de tripletes por encima de 200 repeticiones causa el Síndrome de Fragilidad del X (SFX). El objetivo del presente trabajo fue estudiar la región 5´ no codificante del gen en un grupo de pacientes FOP de Argentina. La región de interés se amplificó por PCR a partir de muestras de ADN de 100 pacientes FOP y 145 mujeres controles. Los alelos de las pacientes y controles fueron agrupados en 7 categorías de acuerdo al número de tripletes obtenidos. Se observó que el número de repeticiones más frecuente se encuentra en el rango de 26 a 30 tripletes, tanto en pacientes como en controles. En el grupo de pacientes FOP, 5/197 (2.6%) alelos no relacionados estudiados presentaron un número de tripletes CGG mayor a 50, mientras que sólo 1 de 290 (0.34%) para el grupo control. Todas las pacientes FOP con valores de tripletes CGG mayor a 50 presentaron amenorrea secundaria. Estos resultados están en concordancia con lo comunicado para otras poblaciones acerca de la existencia de una asociación entre la premutación del gen FMR-1 y el desarrollo de FOP. Asimismo, los resultados obtenidos refuerzan la importancia de la genotipificación del gen FMR-1 en las pacientes FOP, a los efectos de estimar el riesgo de su descendencia para el SFX.

Premature ovarian failure (POF) is a syndrome of multicausal pathogenesis that affects 1% of women before the age of 40. Several studies associate the premutation state (CGG repeats increased in number between 50/55 and 200) in the FMR-1 gene and POF. About 4% of POF women have alleles in the FMR-1 gene in the permutation range. An increase above 200 in the number of triplets in this gene causes the Fragile X Syndrome (FXS). The purpose of the present study was to analyze the 5´untranslated region of the FMR-1 gene in a group of patients from Argentina. The region of interest was amplified by PCR from DNA samples of 100 POF patients and 145 control women. Alleles from controls and patients were grouped in 7 categories according to the number of triplets obtained. We observed that the most frequent number of repeats ranged from 26 to 30 triplets, in both patient and control groups. In the POF group, 5 out of 197 (2.6%) not related alleles presented a number of CGG triplets higher than 50, while only 1 out of 290 (0.34%) was present in controls. All POF patients with a number of CGG repeats higher than 50 presented secondary amenorrhea. These results are in accordance with previous reports from other populations showing an association between the premutation state in the FMR-1 gene and POF development. In addition, these results reinforce the importance of genotyping POF patients to estimate the risk of their offspring for Fragile X Syndrome.
Descritores: Análise Mutacional de DNA/estatística & dados numéricos
Insuficiência Ovariana Primária/genética
-Testes Genéticos/estatística & dados numéricos
Regiões não Traduzidas/genética
Limites: Humanos
Feminino
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Tipo de Publ: Ensaio Clínico Controlado Aleatório
Responsável: AR635.1 - FCVyS - Servicio de Información y Documentación


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Id: biblio-979548
Autor: Ruíz, Elizabeth; Augusto-Ramírez, César; Casas, Julián Camilo; Ospina, María Isabel; Requena, José María; Puerta, Concepción J; Salcedo-Reyes, Juan Carlos.
Título: Characterization of the mRNA untranslated regions [UTR] of the Trypanosoma cruzi LYT1 isoforms derived by alternative trans-splicing / Caracterización de las regiones no traducidas ARN [UTR] de las isoformas de Trypanosoma cruzi LYT1 derivadas de un trans-empalme alternativo / Caracterização das regiões não-traduzidas do RNA [UTR] das isoformas de Trypanosoma cruzi LYT1 derivadas de uma junção trans-alternativa
Fonte: Univ. sci;23(2):267-290, May-Aug. 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract In trypanosomatids, gene expression is mainly regulated at posttranscriptional level, through mechanisms based on the interaction between RNA Binding Proteins [RBPs] and motifs present in the untranslated regions [UTRs] of the mRNAs, which altogether form ribonucleoproteic complexes [RNP] that define the fate of the mRNA. The pre-mRNA derived from the LYT1 gene of Trypanosoma cruzi, is processed by alternative trans-splicing, resulting in different mRNAs which code for the isoforms mLYTl and kLYTl, proteins having differential expression, cellular location and function. The aim of this study was to characterize the 5' and 3' UTRs of the LYT1 mRNAs as the initial step towards the objective of identification of the RBPs responsible for their differential expression. The presence of the two types of 5' UTRs were confirmed in two T. cruzi isolates belonging to the DTU I, thus, corroborating the occurrence of alternative trans-splicing also in the LYT1 gene of this T. cruzi DTU. In addition, for the first time, was unscovered the existence of two types of LYT1 mRNAs transcripts, differing in length by 116 nts, that are generated by alternative polyadenylation. Furthermore, an in-silico analysis of the experimentally obtained UTRs, and ten additional LYT1 sequences retrieved from TritrypDB and GenBank databases, together with a thoroughly search of structural motifs, showed a remarkable conservation of relevant structural motifs previously associated with RNA metabolism in the different UTRs; these elements might be involved in the differential stage-specific expression of each LYT1 isoform.

Resumen En los trypanosomátidos, la expresión génica se regula principalmente en el nivel post-transcripcional mediante mecanismos basados en la interacción entre las proteínas de unión del ARN [RBP] y las figuras presentes en las regiones no traducidas [UTR] de las ARN, que en conjunto forman complejos ribonucleoproteicos [RNP] que definen el destino de la ARN. El pre-ARN derivado del gen LYT1 del Trypanosoma cruzi es procesado por trans-empalme alternativo, dando como resultado diferentes ARN que codifican las isoformas mLYTl y kLYTl, proteínas con expresión diferencial, localización celular y función. El objetivo de este estudio fue caracterizar los 5' y 3' UTR de las ARN LYT1 como el paso inicial hacia la identificación de los RPB responsables de la expresión diferencial. Se confirmó la presencia de los dos tipos de 5' UTR en dos aislantes del T. cruzi pertenecientes al DTU I; de esta forma también se comprobó la ocurrencia del trans-empalme alternativo en el gen LYT1 de este T. cruzi DTU. Además, por primera vez, se pudo demostrar la existencia de dos tipos de transcripciones de ARN LYT1, que difieren en longitud por 116 nts, y son generadas por poliadenilación alternativa. Adicionalmente, se realizó un análisis in-silico de la UTR obtenida experimentalmente, y otras diez secuencias LYT1 recuperadas de las bases de datos TritrypDB y GenBank, junto con una búsqueda exhaustiva de figuras estructuradas, mostrando una notable conservación de los figuras estructurales asociadas con el metabolismo del ARN en los diferentes UTR; estos elementos podrían estar implicados en la expresión diferenciada de la etapa específica de cada isoforma LYT1.

Resumo Nos tripanossomatídeos, a expressão génica é regulada principalmente a nível pós-transcricional mediante mecanismos baseados na interação entre as proteínas de união do RNA [RBPs] e as fugiras presentes nas regiões não-traduzidas [UTRs] do RNA. O pré-RNA derivado do gene LYT1 do Trypanosoma cruzí é processado por uma junção trans-alternativa, resultando em diferentes RNA que codificam as isoformas mLYTl e kLYTl, proteínas com expressão, localização celular e função diferenciadas. O objetivo de este estudo foi caracterizar as 5' e 3' UTRs dos RNAs LYT1 como sendo o passo inicial na identificação das RBPs responsáveis pela expressão diferenciada. A presença dos dois tipos de 5' UTRs foi confirmada em dois isolados de T. cruzí pertencentes ao DTU I; corroborando assim com a ocorrência da junção trans-alternativa no gene LYT1 de este T. crují DTU. Adicionalmente, se demonstrou pela primeira vez a existência de dois tipos de transcrições de RNA LYT1, que se diferenciam em comprimento por 116 nts, e são geradas por poliadenização alternativa. Além disso, realizou-se uma análise in-sílico da UTR obtida experimentalmente e outras dez sequencias LYT1 recuperadas das bases de dados TritrypDB e GenBank, junto com uma busca exaustiva de figuras estruturadas, mostrando uma notável conservação das figuras estruturais associadas com o metabolismo do RNA nas diferentes UTRs. Estes elementos poderiam estar envolvidos na expressão estágio-específica diferenciada de cada isoforma LYT1.
Descritores: Trypanosoma cruzi
-Regulação da Expressão Gênica
Proteínas de Ligação a RNA
Regiões não Traduzidas
Limites: Humanos
Responsável: CO185.1 - Biblioteca Alfonso Borrero Cabal, S. J.


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Texto completo SciELO Chile
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Id: lil-549959
Autor: Catroxo, M. H. B; Nishiya, A; Sabino, E; Teixeira, P. S; Petrella, S; Milanelo, L; Vieira, J. C. F; Diaz, R. S.
Título: Torque teno virus (TTV) is prevalent in Brazilian non-human primates and chickens (Gallus gallus domesticus) / Torque teno virus (TTV) es prevalente en primates no humanos brasileños y pollos (Gallus gallus domesticus)
Fonte: Int. j. morphol;26(2):363-372, jun. 2008. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Torque Teno virus (TTV) is an infectious agent of worldwide distribution isolated by the first time as the agent of an acute post-transfusion hepatitis in a patient in Japan. It has been classified into a new floating genus called Anellovirus. Recent studies showed that TTV can also be identified in serum specimens obtained from domesticated farm animals and from non-human primates. To better understand the relationship between TTV and their hosts, a study to detect virus in the serum and whole blood of Brazilian non-human primates and in the plasm of chickens was performed by applying the PCR-UTR-A technique, followed by a genomic sequence and phylogenetic analysis. By nested-PCR-UTR, the DNA of TTV was detected in sera from 4 (5.3 percent) of 75 Cebus apella, 2 (40 percent) of 5 Alouatafusca, 1 (20 percent) of 5 Alouata caraya, 1 (5.2 percent) of 19 Callithrixpenicilata, 1 (4 percent) of 25 Callithrixjacchus, 1 (20 percent) of 5 Saimiri sciureus and 1 (25 percent) of 4 Leontopithecus chrysomelas. Phylogenetic analysis revealed that sequences detected in 8 samples clustered with TTV sequences So-TTV2 (Sagüínus oedipus) and At-TTV3 (Aotes Trivirgatus). Three sequences showed similarity with a human Torque Teno Minivirus (TLMV). TTV ORF2 DNA was detected in one sera sample and one whole blood sample of non-human primates and in one plasm sample of chicken. Phylogenetic analysis revealed that the sequences amplified by the ORF2 region show no difference between human, non-human primates and chicken. This is the first report of TTV in Brazilian new world non-human primates and chicken.

Torque Teno virus (TTV) es una agente infeccioso de distribución mundial, aislado por primera vez como el agente de una hepatitis aguda posterior a la transfusión de un paciente en Japón. Se ha clasificado en un nuevo género flotante llamado Anellovirus. Recientes estudios han demostrado que TTV también puede ser identificado en el suero de especímenes obtenidos desde granjas de animales domésticos y desde primates no humanos. Para entender mejor la relación entre la TTV y sus huéspedes, fue realizado un estudio para detectar el virus en el suero y la sangre de primates no humanos brasileños y en el plasma de pollos mediante la aplicación de la técnica PCR-UTR-A, seguida de una secuencia genómica y análisis filogenético. Por medio de PCR-UTR-anidado, el ADN de TTV fue detectado en sueros de 4 de 75 (5,3 por ciento)Cebus apella, 2 de 5 (40 por ciento) Alouata fusca, 1 de 5 (20 por ciento) de Alouata caraya, 1 de 19 (5,2 por ciento) de Callithrixpenicilata, 1 de 25 (4 por ciento) Callithrixjacchus, 1 de 5 (20 por ciento) de Saimiri sciureus y 1 de 4 (25 por ciento) de Leontopithecus chrysomelas. El análisis filogenético reveló secuencias detectadas en 8 muestras agrupadas con TTV secuencias So-TTV2 (Sagüínus oedipus) y At-TTV3 (Aotes Trivirgatus). Tres secuencias mostraron similitud con el Torque Teno Minivirus humano (TLMV). Fue detectado TTV ORF2 ADN en una muestra de suero y una muestra de sangre de primates no-humanos y en una muestra de plasma de pollo. El análisis filogenético reveló que las secuencias amplificadas por la región ORF2 no muestran ninguna diferencia entre humanos, primates no humanos y pollos. Este es el primer informe de nuevos TTV en primates-no humanos brasileños y en pollos.
Descritores: Doenças das Aves Domésticas/virologia
Doenças dos Primatas/virologia
Infecções por Vírus de DNA/genética
Infecções por Vírus de DNA/veterinária
Torque teno virus/isolamento & purificação
-DNA Viral/genética
Sequência de Aminoácidos
Brasil
Doenças das Aves Domésticas/genética
Doenças dos Primatas/genética
Genoma Viral
Infecções por Vírus de DNA/virologia
Filogenia
Reação em Cadeia da Polimerase
Galinhas/virologia
Primatas/virologia
Análise de Sequência de DNA
Torque teno virus/genética
Regiões não Traduzidas
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-450290
Autor: Vázquez-Flores, Felicitas; Alonso, Rogelio; Villegas-Sepúlveda, Nicolás; Arriaga, Camila; Pereira-Suárez, Ana Laura; Mancilla, Raúl; Estrada-Chávez, Ciro.
Título: A microsatellite study of bovine solute carrier family 11 a1 (Slc11a1) gene diversity in Mexico in relation to bovine tuberculosis
Fonte: Genet. mol. biol;29(3):503-507, 2006. tab.
Idioma: en.
Projeto: CONACyT; . Scholarship; . PROMEP.
Resumo: Bovine tuberculosis, caused by Mycobacterium bovis, is a disease of socio-economic and public health importance and of significance to international trade regulation. Allelic variants of several genes have been implicated in the genetic susceptibility to tuberculosis in some human populations, but little is known in cattle. We surveyed 34 European, 18 Asian, 20 Creole and 23 hybrid bovines for polymorphisms of the bovine solute carrier family 11 a1(Slc11a1) gene, formerly known as natural resistance associated macrophage protein (Nramp1), gene by typing the cattle using two microsatellite loci closely linked to this gene. The microsatellites used were 311-22, located at the 3' untranslated region (3' UTR) of the Slc11a1 gene, and ARO28 situated about 0.6 cM upstream of the same gene Based on allele size in base pairs (bp) we determined five 311-223 locus variants (221, 223, 225, 227 and 229 bp) and 12 ARO28 loci. There was marked diversity and a very high level of heterozygosity in most of the cattle surveyed except the Europeans bovines and especially Holsteins in relation to the 3' UTR microsatellite locus.
Descritores: Bovinos/genética
Mycobacterium bovis
Regiões não Traduzidas
-Variação Genética
Repetições de Microssatélites
Linhagem
Limites: Animais
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-440641
Autor: Campbell, David A; Sturm, Nancy R.
Título: The untranslated regions of genes from Trypanosoma cruzi: perspectives for functional characterization of strains and isolates
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;102(1):125-126, Feb. 2007.
Idioma: en.
Descritores: Genes de Protozoários/genética
Trypanosoma cruzi/genética
Regiões não Traduzidas/genética
-Calmodulina/química
Calmodulina/genética
RNA Ribossômico/genética
Regiões não Traduzidas/química
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-439462
Autor: Brandao, Adeilton.
Título: The untranslated regions of genes from Trypanosoma cruzi: perspectives for functional characterization of strains and isolates
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;101(7):775-777, Nov. 2006.
Idioma: en.
Resumo: The sequencing of Trypanosoma cruzi genome has been completed and a great deal of information is now available. However, the organization of protozoa genomes is somewhat elusive and much effort must be applied to reveal all the information coded in the nucleotide sequences. Among the DNA segments that needs further investigation are the untranslated regions of genes. Many of the T. cruzi genes that were revealed by the genome sequencing lack information about the untranslated regions. In this paper, some features of these untranslated segments as well as their applications in T. cruzi populations are discussed.
Descritores: Calmodulina/genética
Genes de Protozoários/genética
Mutação
Trypanosoma cruzi/genética
Regiões não Traduzidas/genética
-Calmodulina/química
Regiões não Traduzidas/química
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Takei, Kioko
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Id: lil-321227
Autor: Bassit, Leda; Takei, Kioko; Hoshino-Shimizu, Sumie; Nishiya, Anna S; Sabino, Ester C; Bassitt, Rogério P; Focaccia, Roberto; D'amico, Élbio; Chamone, Dalton F; Ribeiro-dos-Santos, Gabriela.
Título: New prevalence estimate of TT virus (TTV) infection in low- and high-risk population from Säo Paulo, Brazil
Fonte: Rev. Inst. Med. Trop. Säo Paulo;44(4):233-234, July-Aug. 2002. tab.
Idioma: en.
Resumo: The prevalence of TT virus (TTV) infection was investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) in low- (blood donors and healthy children/adolescents) and high-risk (hemophiliacs) groups from Säo Paulo, Brazil. Primers based on the untranslated region (UTR) of the viral genome proved to be much more ubiquitous, leading to much higher frequencies for both groups ( > or = 81 percent) than the earlier N22-PCR directed to the open reading frame 1 (blood donors, 5.5 percent, and hemophiliacs, 42.3 percent). The UTR-PCR also revealed an interesting profile for healthy children/adolescents: very high prevalence at the early years and significant decrease in male teenagers. The N22-PCR, in turn, demonstrated higher frequency in hemophiliacs treated with fresh blood products (58 percent), than in those treated with virus-inactivated clotting factors (9.4 percent) and blood donors (5.5 percent)
Descritores: Infecções por Vírus de DNA
Torque teno virus
-Doadores de Sangue
Brasil
Infecções por Vírus de DNA
Hemofilia A
Reação em Cadeia da Polimerase
Prevalência
Estudos Soroepidemiológicos
Regiões não Traduzidas
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Pré-Escolar
Criança
Adolescente
Responsável: BR1.1 - BIREME



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