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Id: biblio-1001087
Autor: Tao, Qiu; Tianyu, Wang; Jiangqiao, Zhou; Zhongbao, Chen; Xiaoxiong, Ma; Long, Zhang; Jilin, Zou.
Título: Expression analysis of long non-coding RNAs in a renal ischemia-reperfusion injury model
Fonte: Acta cir. bras;34(4):e201900403, 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China.
Resumo: Abstract Purpose: To investigate the long non-coding RNAs (lncRNAs) profile on renal ischemia reperfusion in a mouse model. Methods: Microarray analysis was used to study the expression of misregulated lncRNA in a mouse model of renal ischemia reperfusion(I/R) with long ischemia time. Quantitative real-time PCR (qPCR) was used to verify the expression of selected lncRNAs and mRNAs.The potential functions of the lncRNA was analyzed by bioinformatics tools and databases. Results: Kidney function was impaired in I/R group compared to the normal group. Analysis showed that a total of 2267 lncRNAs and 2341 messenger RNAs (mRNAs) were significantly expressed in I/R group (≥2.0-fold, p < 0.05).The qPCR result showed that lncRNAs and mRNAs expression were consistent with the microarray analysis. The co-expression network profile analysis based on five validated lncRNAs and 203 interacted mRNAs showed it existed a total of 208 nodes and 333 connections. The GO and KEEG pathway analysis results showed that multiple lncRNAs are involved the mechanism of I/R. Conclusion: Multiple lncRNAs are involved in the mechanism of I/R.These analysis results will help us to further understand the mechanism of I/R and promote the new methods targeted at lncRNA to improve I/R injury.
Descritores: RNA Mensageiro/análise
Traumatismo por Reperfusão/genética
RNA Longo não Codificante/análise
Rim/irrigação sanguínea
-Valores de Referência
Regulação para Baixo
Expressão Gênica
Regulação para Cima
Perfilação da Expressão Gênica
Análise Serial de Tecidos/métodos
Redes Reguladoras de Genes
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Camundongos Endogâmicos C57BL
Limites: Animais
Ratos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1049921
Autor: Videira, Alexandre.
Título: Effect of lincRNA PVT1 associated with Enhancer of Zeste homolog 2 (EZH2) and with androgen receptor (AR) on the large-scale gene expression in LNCaP prostate cancer cells.
Fonte: São Paulo; s.n; 2019. 122 p. tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O lincRNA PVT1 (Plasmacytoma Variant Translocation 1) é um RNA longo não codificador de proteínas (ncRNA) descrito como um oncogene sendo superexpresso em vários tipos de cânceres. LincRNA PVT1 está localizado na região genômica 8q24, também conhecida como 'gene desert'. O nível de expressão do lincRNA PVT1 está associado ao aumento do risco de câncer de próstata (PCa) e está correlacionado com os níveis de expressão do receptor de andrógeno (AR). No entanto, o mecanismo do envolvimento do lincRNA PVT1 com o AR no desenvolvimento de câncer de próstata ainda não está bem esclarecido. Aqui, nós testamos a hipótese que a formação do complexo AR-EZH2-PVT1 participa na regulação da expressão gênica em câncer de próstata, nas células LNCaP. A imunoprecipitação de ribonucleoproteínas seguida de PCR quantitativo (RIP-qPCR) revelou que o lincRNA PVT1 está associado fisicamente ao AR (12% do input) e à metiltransferase EZH2, proteína componente do complexo repressor Polycomb 2 (36% do input) sob condições suplementadas com andrógeno (+R1881). O lincRNA PVT1 também está associado fisicamente ao AR (10% de input) e à EZH2 (42% de input) em condições de privação de andrógeno (-R1881). Assim, a associação física entre lincRNA PVT1, AR e EZH2 é independente do hormônio andrógeno. Usando uma abordagem de estudo em larga-escala de perda e ganho de função, nossos resultados mostraram que o silenciamento do lincRNA PVT1 em células LNCaP na presença de andrógeno restaura a expressão parcialmente, totalmente ou causa superexpressão de 160 genes que tiveram a expressão inibida por andrógeno. Entre esses genes, destacamos genes envolvidos na regulação da diferenciação celular, em componentes da junção célula-célula, na inibição da migração e invasão celular e no desencadeamento da via apoptótica. Imunoprecipitação da cromatina seguida de PCR quantitativo (ChIP-qPCR), em cultura de células LNCaP suplementada com andrógeno sob silenciamento do lincRNA PVT1, mostrou aumento significativo na ocupação pela marca de histona ativadora H3K27Ac do promotor do gene NOV, um dos genes que tiveram sua expressão aumentada com o silenciamento de PVT1. O ChIP-qPCR também mostrou, após o silenciamento do lincRNA PVT1, um aumento significativo da marca H3K27me3 na região enhancer do gene NOV, uma característica de enhancers poised (prontos para ativação). Em conclusão, nós fornecemos a primeira evidência experimental para um mecanismo de ação do oncogene lincRNA PVT1 em células de câncer de próstata e demonstramos que sua ação inibidora da expressão afeta genes alvo que facilitam a proliferação e migração de células do câncer de próstata, sugerindo que o lincRNA PVT1 é um novo agente no complexo mecanismo de repressão transcricional envolvendo um RNA silenciador, o receptor de andrógeno (AR) e o potenciador de Zeste homólogo 2 (EZH2) no remodelamento da cromatina em células LNCaP

Long non-coding RNA (lncRNA) plasmacytoma variant translocation 1 (PVT1) is an oncogene known to be overexpressed in various types of cancer. PVT1 lincRNA is located in the wellknown cancer-related genomic region 8q24, also known as 'gene desert. PVT1 lincRNA level of expression is associated with increased prostate cancer (PCa) risk and is correlated with androgen receptor (AR) expression levels. However, the mechanism of PVT1 and AR involvement in the development of prostate cancer is still unclear. Here, we tested the hypothesis that formation of the complex AR-EZH2-PVT1 participates in the regulation of gene expression in prostate cancer, in LNCaP cells. Ribonucleoprotein immunoprecipitation followed by quantitative PCR (RIP-qPCR) revealed that PVT1 lincRNA binds both the AR (12 % of PVT1 input) and the methyltransferase EZH2 from the Polycomb repressive complex 2 (36 % of input) under androgen-supplemented conditions (+R1881). PVT1 also binds both AR (10 % of input) and EZH2 (42 % of input) under androgen-deprived conditions (-R1881). Thus, PVT1 binding to AR and EZH2 is independent of the androgen hormone. Using a large-scale loss and gain of function approach, our results show that PVT1 knockdown (KD) in LNCaP in the presence of androgen restores the expression partially, fully or causes overexpression of 160 genes that are inhibited by androgen. Among these genes, we highlight genes involved in regulation of cell differentiation, in components of cell-cell junction, in inhibition of cell migration and invasion and in triggering of the apoptotic pathway. Chromatin immunoprecipitation followed by quantitative PCR (ChIP-qPCR) with LNCaP cells in androgen-supplemented cultures under PVT1 lincRNA knockdown showed a significant increase in occupancy by the histone activation mark H3K27Ac of the promoter region of the NOV gene, one of the genes that had an increased expression upon PVT1 silencing. ChIPqPCR also showed a significant increase upon PVT1 lincRNA silencing of the H3K27me3 histone mark in the enhancer region of the NOV gene, a distinct feature of poised enhancers. In conclusion, we provide first experimental evidence for a mechanism of action of PVT1 lincRNA oncogene in prostate cancer cells, and show that its inhibitory action affects targetgenes that facilitate proliferation and migration of prostate cancer cells, thus suggesting PVT1 lincRNA as a novel lncRNA player in the complex mechanism of transcriptional repression involving a silencer RNA, the androgen receptor (AR) and the Enhancer of zeste homolog 2 (EZH2) in chromatin remodeling in LNCaP cells
Descritores: Plasmocitoma
RNA Longo não Codificante/efeitos adversos
Proteína Potenciadora do Homólogo 2 de Zeste/análise
Androgênios/análise
-Neoplasias da Próstata/diagnóstico
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T574.88, V652e. 30100026382-Q


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Id: biblio-1026054
Autor: Pessôa, Diogo de Oliveira.
Título: Identificação e anotação funcional de RNAs longos não codificadores associados à subtipos moleculares em tumores pancreáticos / Identification of long non coding RNAs associated to molecular subtypes in pancreatic tumors.
Fonte: São Paulo; s.n; 2018. 64 p. tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: O Adenocarcinoma Pancreático Ductal (Pancreatic Ductal Adenocarcinoma - PDAC) é a sé- tima causa de mortes por câncer no mundo, com uma taxa de sobrevida de apenas 6%. Embora alguns genes estejam recorrentemente mutados em grande parte dos tumores e sejam críticos para a oncogênese, a heterogeneidade das alterações moleculares tanto no tumor quanto em componentes do microambiente tumoral se reflete em diferentes características fenotípicas com comportamentos clínicos distintos e que têm sido associados a diferentes subtipos moleculares através da análise computacional de dados de alterações somáticas e transcricionais no PDAC. RNAs não codificadores longos (lncRNAs) têm sido reconhecidos como importantes reguladores da expressão gênica em doenças proliferativas mas sua associação com subtipos em PDAC e sua contribuição para o estabelecimento de diferentes fenótipos moleculares e clínicos da doença não foi explorada até o momento. Neste trabalho, foi implementada uma abordagem computacional com o objetivo de identificar e anotar funcionalmente lncRNAs associados a subtipos moleculares de PDAC. Inicialmente, a classificação não supervisionada por Fatoração Matricial Não Negativa (Non-Negative Matrix Factorization - NMF) de dados de expressão gê- nica global de amostras clínicas disponíveis publicamente (The Cancer Genome Atlas - TCGA) resultou na identificação de quatro subgrupos distintos de PDAC, que recapitulam os fenótipos Exócrino/Endócrino, Imunogênico, Escamoso e Progenitor descritos na literatura. Uma análise de expressão diferencial permitiu a identificação de assinaturas de expressão gênica características que incluem lncRNAs associados a cada subgrupo. Através da construção de redes de coexpressão de mRNAs e lncRNAs e a identificação de módulos da rede significativamente enriquecidos em genes que participam em vias moleculares conhecidas foi possível inferir possíveis funções biológicas à lncRNAs associados aos diferentes subtipos moleculares, tais como funções exócrinas/neuroendócrinas, imunogênicas, reparo de DNA/progressão do ciclo celular e progenitoras/morfogênicas. Entre ele, o subgrupo 3, enriquecido para fenótipo Escamoso e associado a hiper-expressão do supressor tumoral TP63, possui dois lncRNAS hiper-expressos neste subgrupo em relação aos outros subgrupos, sendo que o lncRNA antissenso FAM83A-AS1 tem a predição de interagir com as proteínas FGFR2, AXIN1, PTEN, BRAF, SMAD4, TGFBR2, TP53 e CDKN2A, que exercem funções importantes na transdução de sinal e supressão tumoral no câncer incluindo o de pâncreas. Entre os lncRNAs hipo-regulados no subgrupo 3 em relação ao outros subgrupos, alguns, como FLJ42875, LOC338651, C20orf56 e LOC38838 tem predição de interação com alta afinidade à proteína BRCA2, que está envolvida no reparo de DNA e participa de processos de resistência à quimioterápicos. As informações trazidas por este estudo permitem gerar hipóteses sobre a contribuição de lncRNAs para a definição de subtipos moleculares de PDAC e priorizar candidatos e experimentos para estudos funcionais de modo a contribuir para um melhor entendimento sobre os mecanismos de ação de lncRNAs na tumorigênese e agressividade do câncer de pâncreas

Pancreatic Ductal Adenocarcinoma (PDAC) is the seventh cause of worldwide cancer related deaths, with an overall survival rate of only 6%. Some genes might be recurrently mutated in a large number of tumors, and be critical for oncogenesis, molecular alteration heterogeneity both in the tumor as all as in the tumor microenvironment is reflected in diverse phenotypic features with distinct clinical outcomes, and this distinction in multiple molecular subtypes has been drawn through transcriptional and somatic alteration computational analysis within PDAC. Long Non Coding RNAs (lncRNAs) have been recognized as important gene expression regulators in proliferative diseases, but its association to molecular subtypes in PDAC and its contribution in the establishment of diverse molecular and clinical phenotypes hasnt been explored at length until the present. This work focused on the implementation of a computational approach with the objective of lncRNA identification and functional annotation associated to distinct molecular subtypes in PDAC. Initially, Non-negative Matrix Factorization (NMF), an unsupervised classification method, applied to global gene expression data from publicly available clinical samples (The Cancer Genome Atlas - TCGA) resulted in the identification of four distinct PDAC molecular subgroups reminiscent of Exocrine/Endocrine, Immunogenic, Squamous and Progenitor phenotypes. Differential expression analysis allowed a characteristic gene expression signature identification, including distinct molecular subtype associated lncRNAs. mRNA and lncRNA containing gene co-expression modules significantly enriched annotated pathways containing the molecular subtype associated lncRNAs allowed to designate possible molecular functions of the distinct molecular subtype associated lncRNAs, such as exocrine/neuroendocrine, immunogenic, DNA repair/cell cycle progression and progenitor/morphogenic functions. Subgroup 3, enriched with a Squamous phenotype and associated to TP63 over-expression contains two lncRNAs over-expressed compared to other subgroups; furthermore, the antisense lncRNA FAM83A-AS1 yielded a predicted lncRNA-protein interaction to FGFR2, AXIN1, PTEN, BRAF, SMAD4, TGFBR2, TP53 and CDKN2A, proteins that play important signal transduction and tumor suppressor roles in several cancer types, including pancreas. Among under-expressed lncRNAs in subgroup 3 compared to the other subgroups, some, such as FLJ42875, LOC338651, C20orf56 and LOC38838 yilded a high protein interaction prediction score with BRCA2, a protein involved in DNA repair and processes resuling in chemotherapy resistance. The information brought by this study allowed to generate hypothesis on lncRNA contribution to define PDAC molecular subtypes, helping prioritize candidates and experiments for functional studies, thus contributing to a better understanding on lncRNA mechanisms related to tumor progression and aggressiveness in pancreatic cancer
Descritores: Simulação por Computador
Carcinoma Ductal Pancreático/metabolismo
RNA Longo não Codificante/análise
-Neoplasias Pancreáticas
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T574.88, P475i. 30100026371-Q


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Id: biblio-889109
Autor: Zhang, Weiwei; Li, Ying; Wang, Peng.
Título: Long non-coding RNA-ROR aggravates myocardial ischemia/reperfusion injury
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;51(6):e6555, 2018. graf.
Idioma: en.
Resumo: Long non-coding RNAs (lncRNAs) play an important role in the pathogenesis of cardiovascular diseases, especially in myocardial infarction and ischemia/reperfusion (I/R). However, the underlying molecular mechanism remains unclear. In this study, we determined the role and the possible underlying molecular mechanism of lncRNA-ROR in myocardial I/R injury. H9c2 cells and human cardiomyocytes (HCM) were subjected to either hypoxia/reoxygenation (H/R), I/R or normal conditions (normoxia). The expression levels of lncRNA-ROR were detected in serum of myocardial I/R injury patients, H9c2 cells, and HCM by qRT-PCR. Then, levels of lactate dehydrogenase (LDH), malondialdehyde (MDA), superoxide dismutase (SOD), and glutathione peroxidase (GSH-PX) were measured by kits. Cell viability, apoptosis, apoptosis-associated factors, and p38/MAPK pathway were examined by MTT, flow cytometry, and western blot assays. Furthermore, reactive oxygen species (ROS) production was determined by H2DCF-DA and MitoSOX Red probes with flow cytometry. NADPH oxidase activity and NOX2 protein levels were measured by lucigenin chemiluminescence and western blot. Results showed that lncRNA-ROR expression was increased in I/R patients and in H/R treatment of H9c2 cells and HCM. Moreover, lncRNA-ROR significantly promoted H/R-induced myocardial injury via stimulating release of LDH, MDA, SOD, and GSH-PX. Furthermore, lncRNA-ROR decreased cell viability, increased apoptosis, and regulated expression of apoptosis-associated factors. Additionally, lncRNA-ROR increased phosphorylation of p38 and ERK1/2 expression and inhibition of p38/MAPK, and rescued lncRNA-ROR-induced cell injury in H9c2 cells and HCM. ROS production, NADPH oxidase activity, and NOX2 protein levels were promoted by lncRNA-ROR. These data suggested that lncRNA-ROR acted as a therapeutic agent for the treatment of myocardial I/R injury.
Descritores: Isquemia Miocárdica/metabolismo
Traumatismo por Reperfusão Miocárdica/metabolismo
RNA Longo não Codificante/metabolismo
-Apoptose
Western Blotting
Sobrevivência Celular
Glutationa Peroxidase/metabolismo
Hidroliases/metabolismo
Malondialdeído/metabolismo
Isquemia Miocárdica/genética
Traumatismo por Reperfusão Miocárdica/genética
Miócitos Cardíacos
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
RNA Longo não Codificante/genética
Transdução de Sinais
Superóxido Dismutase/metabolismo
Transfecção
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-889094
Autor: Yang, Tianzheng; Zhai, Hongyan; Yan, Ruihong; Zhou, Zhenhu; Gao, Lei; Wang, Luqing.
Título: lncRNA CCAT1 promotes cell proliferation, migration, and invasion by down-regulation of miR-143 in FTC-133 thyroid carcinoma cell line
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;51(6):e7046, 2018. graf.
Idioma: en.
Resumo: Thyroid cancer is a common malignant tumor. Long non-coding RNA colon cancer-associated transcript 1 (lncRNA CCAT1) is highly expressed in many cancers; however, the molecular mechanism of CCAT1 in thyroid cancer remains unclear. Hence, this study aimed to investigate the effect of CCAT1 on human thyroid cancer cell line FTC-133. FTC-133 cells were transfected with CCAT1 expressing vector, CCAT1 shRNA, miR-143 mimic, and miR-143 inhibitor, respectively. After different treatments, cell viability, proliferation, migration, invasion, and apoptosis were measured. Moreover, the regulatory relationship of CCAT1 and miR-143, as well as miR-143 and VEGF were tested using dual-luciferase reporter assay. The relative expressions of CCAT1, miR-143, and VEGF were tested by qRT-PCR. The expressions of apoptosis-related factors and corresponding proteins in PI3K/AKT and MAPK pathways were analyzed using western blot analysis. The results suggested that CCAT1 was up-regulated in the FTC-133 cells. CCAT1 suppression decreased FTC-133 cell viability, proliferation, migration, invasion, and miR-143 expression, while it increased apoptosis and VEGF expression. CCAT1 might act as a competing endogenous RNA (ceRNA) for miR-143. Moreover, CCAT1 activated PI3K/AKT and MAPK signaling pathways through inhibition of miR-143. This study demonstrated that CCAT1 exhibited pro-proliferative and pro-metastasis functions on FTC-133 cells and activated PI3K/AKT and MAPK signaling pathways via down-regulation of miR-143. These findings will provide a possible target for clinical treatment of thyroid cancer.
Descritores: MicroRNAs/metabolismo
RNA Longo não Codificante/metabolismo
Neoplasias da Glândula Tireoide/patologia
-Apoptose
Linhagem Celular Tumoral
Movimento Celular
Proliferação de Células
Sobrevivência Celular
Regulação para Baixo
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica
MicroRNAs/genética
Invasividade Neoplásica/patologia
RNA Longo não Codificante/genética
Transfecção
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-889093
Autor: Chen, Changxuan; Wang, Kaizhen; Wang, Qian; Wang, Xin.
Título: LncRNA HULC mediates radioresistance via autophagy in prostate cancer cells
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;51(6):e7080, 2018. graf.
Idioma: en.
Resumo: Prostate cancer (PCa) is the second leading cause of cancer death in men. Irradiation is one of the available options for treatment of PCa, however, approximately 10-45% of PCa are resistant to irradiation. We aimed to explore the role of long non-coding RNA highly upregulated in liver cancer (HULC) in the sensitivity of PCa cells to irradiation. Survival rate, cell apoptosis, cycle, expressions of related proteins, and caspase-3 activity were assessed to explore the effects of HULC on sensitivity of PCa cells to irradiation. Expression of HULC in DU-145, PC3, LNCaP, and RWPE-1 cells was determined and the influence of HULC on DU-145 cells was explored. Then, PC3 cells aberrantly expressing HULC were implanted into NOD-SCID mice for tumor xenograft study. Changes of autophagy after aberrant expression of HULC in vivo and in vitro were tested. Furthermore, the interacted protein of HULC and involved signaling pathway were investigated. In PC3 and LNCaP cells under irradiation, survival rate and cell cycle were decreased and apoptosis was increased by HULC knockdown. HULC knockdown arrested PC3 cells at G0/G1 phase. DU-145 was sensitive to irradiation, and resistance to irradiation of DU-145 cells was enhanced by HULC overexpression. Moreover, HULC knockdown enhanced the sensitivity of PC3 xenografts to irradiation. HULC knockdown promoted autophagy through interaction with Beclin-1 and inhibition of mTOR, resulting in increased apoptosis. HULC knockdown improved sensitivity of PCa cells to irradiation both in vivo and in vitro. HULC suppressed Beclin-1 phosphorylation, thereby reduced autophagy, involving the mTOR pathway.
Descritores: Autofagia/efeitos da radiação
Neoplasias da Próstata/patologia
Tolerância a Radiação/fisiologia
RNA Longo não Codificante/efeitos da radiação
-Apoptose/efeitos da radiação
Western Blotting
Linhagem Celular Tumoral/efeitos da radiação
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Interferência de RNA/efeitos da radiação
Transfecção
Limites: Humanos
Masculino
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-889056
Autor: Song, Zhonghua; Zhao, Wenhua; Cao, Danfeng; Zhang, Jinqing; Chen, Shouhua.
Título: Elementary screening of lymph node metastatic-related genes in gastric cancer based on the co-expression network of messenger RNA, microRNA and long non-coding RNA
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;51(4):e6685, 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Gastric cancer (GC) is the fifth most common cancer and the third leading cause of cancer-related deaths worldwide. The high mortality might be attributed to delay in detection and is closely related to lymph node metastasis. Therefore, it is of great importance to explore the mechanism of lymph node metastasis and find strategies to block GC metastasis. Messenger RNA (mRNA), microRNA (miRNA) and long non-coding RNA (lncRNA) expression data and clinical data were downloaded from The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. A total of 908 differentially expressed factors with variance >0.5 including 542 genes, 42 miRNA, and 324 lncRNA were screened using significant analysis microarray algorithm, and interaction networks were constructed using these differentially expressed factors. Furthermore, we conducted functional modules analysis in the network, and found that yellow and turquoise modules could separate samples efficiently. The groups classified in the yellow and turquoise modules had a significant difference in survival time, which was verified in another independent GC mRNA dataset (GSE62254). The results suggested that differentially expressed factors in the yellow and turquoise modules may participate in lymph node metastasis of GC and could be applied as potential biomarkers or therapeutic targets for GC.
Descritores: Regulação Neoplásica da Expressão Gênica/genética
Redes Reguladoras de Genes/genética
MicroRNAs/genética
RNA Longo não Codificante/genética
RNA Mensageiro/genética
Neoplasias Gástricas/genética
-China/epidemiologia
Perfilação da Expressão Gênica
Linfonodos/metabolismo
Linfonodos/patologia
Metástase Linfática/genética
Prognóstico
RNA Mensageiro/metabolismo
Neoplasias Gástricas/mortalidade
Neoplasias Gástricas/secundário
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-888994
Autor: Zhu, TG; Xiao, X; Wei, Q; Yue, M; Zhang, LX.
Título: Revealing potential long non-coding RNA biomarkers in lung adenocarcinoma using long non-coding RNA-mediated competitive endogenous RNA network
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;50(9):e6297, 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: In our study, we aimed to reveal potential long non-coding RNAs (lncRNA) biomarkers in lung adenocarcinoma (LAD) using lncRNA-mediated competing endogenous RNAs (ceRNAs) network (LMCN). Competing lncRNA-mRNA interactions were identified using the hypergeometric test. Co-expression analysis for the competing lncRNA-mRNA interactions was implemented, and relying on the weight value >0.8, a highly competitive LMCN was further constructed. Degree distribution, betweenness and closeness for LMCN were carried out to analyze the network structure. Functional analyses of mRNAs in LMCN were carried out to further explore the biological functions of lncRNAs. Biclique algorithm was utilized to extract competing modules from the LMCN. Finally, we verified our findings in an independent sample set using qRT-PCR. Based on degrees >60, we identified 4 hubs, including DLEU2, SNHG12, HCP5, and LINC00472. Furthermore, 2 competing modules were identified, and LINC00472 in module 1 functioned as a hub in both LMCN and module. Functional implications of lncRNAs demonstrated that lncRNAs were related to histone modification, negative regulation of cell cycle, neuroactive ligand-receptor interaction, and regulation of actin cytoskeleton. qRT-PCR results demonstrated that lncRNAs LINC00472, and HCP5 were down-regulated in LAD tissues, while the expression level of SNHG12 was up-regulated in LAD tissues. Our study sheds novel light on the roles of lncRNA-related ceRNA network in LAD and facilitates the detection of potential lncRNA biomarkers for LAD diagnosis and treatment. Remarkably, in our study, LINC00472, HCP5, and SNHG12 might be potential biomarkers for LAD management.
Descritores: Adenocarcinoma/genética
Biomarcadores Tumorais/genética
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica/genética
Redes Reguladoras de Genes/genética
Neoplasias Pulmonares/genética
RNA Longo não Codificante/genética
-Prognóstico
Limites: Humanos
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Id: biblio-847525
Autor: Yunusov, Dinar.
Título: Characterization of HIPSTR highlights the heterogeneous expression pattern of lncRNAs in human embryos and stable cell lines / Caracterização do HIPSTR destaca o padrão de expressão heterogênea de IncRNAs em embriões humanos e linhagens estáveis de células.
Fonte: São Paulo; s.n; 2016. 89 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: There is a growing appreciation that eukaryotic genomes are transcribed into numerous, previously undetected - and thus uncharacterized regulatory long non-coding RNAs (lncRNAs). Recent studies are primarily focused on lncRNAs transcribed from intergenic regions and enhancers, leaving antisense lncRNAs the least studied group of lncRNAs. At the same time, antisense transcription occurs in up to 74 % of human gene loci, frequently - from the opposite strand of genes encoding proteins involved in regulation of transcription. Here, we identified HIPSTAR (Heterogeneously expressed from the Intronic Plus Strand of the TFAP2A-locus RNA), a novel conserved lncRNA that is transcribed antisense to the TFAP2A gene. Unlike previously reported antisense lncRNAs, HIPSTR expression does not correlate with the expression of its antisense counterpart. Although HIPSTAR and TFAP2A are co-expressed in in vitro derived neural crest and trophoblast cells, only HIPSTAR and not TFAP2A is specifically expressed in a subset of cells within 8-cell- and morula-stage human embryos. We show that, similar to HIPSTAR, in the individual cells of developing human embryos or of stable cell lines the expression of lncRNAs is more highly heterogeneous than the expression of mRNAs. Finally, we demonstrate that HIPSTAR depletion in HEK293 and H1BP, a human embryonic stem cell line, predominantly affects the expression levels of genes involved in early organismal development and cell differentiation. Together, we show that expression of HIPSTAR and hundreds other lncRNAs is highly heterogeneous in human embryos and cell lines. We use HIPSTAR to exemplify the functional relevance of lncRNAs with heterogeneous and developmental stage-specific expression patterns

Tem sido cada vez mais reconhecido que a transcrição dos genomas eucarióticos produz múltiplos transcritos novos, anteriormente não detectados e ainda não caracterizados, sendo que a maioria é constituida de RNAs não-codificantes longos (lncRNAs) regulatórios. Estudos recentes estão focados principalmente nos lncRNAs transcritos de regiões intergênicas e enhancers; assim, o grupo dos lncRNAs antisenso permanece o menos estudado de todos. Ao mesmo tempo, a transcrição antisenso ocorre em até 74% dos loci de genes humanos, frequentemente - a partir da fita oposta de genes que codificam proteínas envolvidas na regulação da transcrição. No presente trabalho, nós identificamos HIPSTR (Heterogeneously expressed from the Intronic Plus Strand of the TFAP2A-locus RNA), um lncRNA novo conservado que é transcrito a partir da fita antisenso do gene TFAP2A. Ao contrário do anteriormente relatado para os lncRNAs antisenso, a expressão de HIPSTR não está correlacionada com a expressão do gene da fita oposta. HIPSTR e TFAP2A são co-expressos em células da crista neural e em trofoblastos derivadas in vitro, mas somente HIPSTR e não TFAP2A está especificamente expresso num subconjunto de células de embriões humanos nos estágios de 8-células e mórula. Mostramos que, semelhante a HIPSTR, a expressão de lncRNAs é mais altamente heterogênea que a expressão de mRNAs em células individuais de embriões humanos em desenvolvimento ou em linhagens estáveis de células. Finalmente, nós demonstramos que a depleção de HIPSTAR em células HEK293 e H1BP, uma linhagem de células tronco embrionárias humanas, afeta predominantemente os níveis de genes envolvidos no início do desenvolvimento do organismo e na diferenciação de células. No conjunto, nós mostramos que a expressão de HIPSTR e de centenas de outros lncRNAs é altamente heterogênea em embriões humanos e linhagens celulares. Usamos HIPSTR para exemplificar a relevância funcional de lncRNAs com padrões de expressão heterogêneos e estágio-de-desenvolvimento específicos
Descritores: Pesquisas com Embriões
RNA Longo não Codificante/análise
-Desenvolvimento Embrionário/genética
Fator de Transcrição AP-2/agonistas
Tipo de Publ: Técnicas In Vitro
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, Y95c. 30100025787-Q


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Id: biblio-847453
Autor: Pereira, Carlos de Ocesano.
Título: INXS, um longo RNA não codificador de proteínas mediador da apoptose / INXS, a long noncoding RNA that mediates apoptosis.
Fonte: São Paulo; s.n; 2015. 115 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O splicing alternativo do pré-mRNA de BCL-X produz duas isoformas de mRNAs com funções antagônicas, a pró-apoptótica BCL-XS e a anti-apoptótica BCL-XL, cujo balanço regula a homeostasia celular. Entretanto, o mecanismo que regula esse processamento ainda é desconhecido. Nesse trabalho, nós identificamos e caracterizamos um longo RNA não codificador de proteínas (lncRNA) nomeado INXS, que é transcrito a partir da fita oposta do locus genômico de BCL-X, sendo menos abundante em linhagens celulares tumorais e tecidos tumorais de pacientes quando comparados com os respectivos pares não tumorais. INXS é um RNA unspliced de 1903 nts, é transcrito pela RNA Polimerase II, possui cap 5', está enriquecido na fração nuclear das células e se liga à proteína Sam68 do complexo modulador de splicing. O tratamento de células tumorais 786-O com cada um de três agentes indutores de apoptose aumentou a expressão endógena do INXS, levando ao aumento expressivo da proporção entre os mRNAs de BCL-XS / BCL-XL, e ativação das caspases 3, 7 e 9. Estes efeitos foram anulados na presença do knockdown do INXS. Da mesma forma, a superexpressão ectópica do INXS causou uma mudança no splicing favorecendo a isoforma BCL-XS e ativação das caspases, aumentando os níveis da proteína BCL-XS e conduzindo as células à apoptose. Utilizando um modelo in vivo, cinco injeções intra-tumorais do INXS durante 15 dias causaram uma regressão acentuada no volume dos xenotumores. Portanto, INXS é um lncRNA que induz a apoptose, sugerindo que essa molécula seja um possível alvo a ser explorado na terapia contra o câncer

BCL-X mRNA alternative splicing generates pro-apoptotic BCL-XS or anti-apoptotic BCL-XL, whose balance regulates cell homeostasis. However, the mechanism that regulates the splice shifting is incompletely understood. Here, we identified and characterized a long noncoding RNA (lncRNA) named INXS, transcribed from the opposite genomic strand of BCL-X, that was less abundant in tumor cell lines and patient tumor tissues compared with non-tumors. INXS is an unspliced 1903 nt-long RNA, is transcribed by RNA Polymerase II, 5'-capped, nuclear enriched and binds Sam68 splicing-modulator. The treatment of tumor cell line 786-O with each of three apoptosis-inducing agents increased endogenous INXS lncRNA, increased BCL-XS / BCL-XL mRNA ratio, and activated caspases 3, 7 and 9. These effects were abrogated in the presence of INXS knockdown. Similarly, ectopic INXS overexpression caused a shift in splicing towards BCL-XS and activation of caspases, increasing the levels of BCL-XS protein and then leading the cells to apoptosis. In a mouse xenograft model, five intra-tumor injections of INXS along 15 days caused a marked regression in tumor volume. INXS is an lncRNA that induces apoptosis, suggesting that INXS is a possible target to be explored in cancer therapies
Descritores: Apoptose/genética
RNA Longo não Codificante/análise
-Processamento Alternativo/genética
Proteína bcl-X
Proteína bcl-X/análise
DNA Antissenso
Expressão Gênica/genética
Neoplasias
RNA
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, D418i. 30100025498-Q



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