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Id: biblio-1293132
Autor: Riveros-Maidana, Rocío; Méndez-Ferreira, Alejandro; Benítez-Candia, Nidia; Nara-Pereira2, Eva; Fernández-Ríos, Danilo.
Título: Sistema CRISPR/Cas: Edición genómica de precisión / CRISPR/Cas system: precision genome editing
Fonte: Mem. Inst. Invest. Cienc. Salud (Impr.);18(1), abr. 2020. ilus.
Idioma: es.
Resumo: La función original de los sistemas CRISPR/Cas es destruir el DNA de virus bacterianos. Este sistema ha evolucionado para identificar y cortar secuencias de diferentes DNA de virus de DNA evitando la infección. En la célula, está compuesto de genes Cas que producen nucleasas guiadas por RNA capaces de cortar el DNA. Si el RNA guía encuentra DNA de un virus con el que se puede emparejar, recluta a la nucleasa Cas9 que lo corta. Este sistema es utilizado in vitro para editar genes basándose en la producción de rupturas de doble cadena y su posterior reparación. Actualmente existen varias plataformas para el diseño de RNAs guía, aunque también es posible realizarlo de forma manual. Los componentes del sistema son entregados a la célula mediante un plásmido o una ribonucleoproteína. En esta revisión nos centraremos en la función original de CRISPR/Cas en procariotas y en cómo los investigadores la han modificado para proporcionar nuevas técnicas de edición de genomas. Discutiremos sobre las ventajas de esta nueva técnica, las formas en que podemos utilizarla y algunas de las limitaciones que aún encontramos en su aplicación

The original function of CRISPR/Cas systems is to destroy the DNA of bacterial viruses. This system has evolved to identify sequences of different DNA viruses and cut them in order to avoid infection. In the cell, the system is made up of Cas genes which produce RNA-guided nucleases capable of cutting DNA. If the guide RNA finds viral DNA with which it can pair up, it recruits the Cas9 nuclease to cut it. This system is used in vitro for gene edition, relying on the production of double-strand breaks and their subsequent repair. Currently, there are several platforms for the design of the guide RNA, and it is also possible to design it manually. The components of the system can be delivered to the cell through a plasmid or through a ribonucleoprotein. In this review we will focus on the original function of CRISPR/Cas in prokaryotes, and in how researchers have modified it in order to provide new genome editing techniques. We will discuss the advantages of this new technique, the ways in which it can be used, and some of the limitations found in its application
Descritores: Sistemas CRISPR-Cas
Edição de Genes
-DNA
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: PY3.1 - Biblioteca


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-891391
Autor: Gonçalves, Giulliana Augusta Rangel; Paiva, Raquel de Melo Alves.
Título: Gene therapy: advances, challenges and perspectives / Terapia gênica: avanços, desafios e perspectivas
Fonte: Einstein (Säo Paulo);15(3):369-375, July-Sept. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT The ability to make site-specific modifications to the human genome has been an objective in medicine since the recognition of the gene as the basic unit of heredity. Thus, gene therapy is understood as the ability of genetic improvement through the correction of altered (mutated) genes or site-specific modifications that target therapeutic treatment. This therapy became possible through the advances of genetics and bioengineering that enabled manipulating vectors for delivery of extrachromosomal material to target cells. One of the main focuses of this technique is the optimization of delivery vehicles (vectors) that are mostly plasmids, nanostructured or viruses. The viruses are more often investigated due to their excellence of invading cells and inserting their genetic material. However, there is great concern regarding exacerbated immune responses and genome manipulation, especially in germ line cells. In vivo studies in in somatic cell showed satisfactory results with approved protocols in clinical trials. These trials have been conducted in the United States, Europe, Australia and China. Recent biotechnological advances, such as induced pluripotent stem cells in patients with liver diseases, chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy, and genomic editing by CRISPR/Cas9, are addressed in this review.

RESUMO A habilidade de fazer modificações pontuais no genoma humano tem sido o objetivo da medicina desde o conhecimento do DNA como unidade básica da hereditariedade. Entende-se terapia gênica como a capacidade do melhoramento genético por meio da correção de genes alterados (mutados) ou modificações sítio-específicas, que tenham como alvo o tratamento terapêutico. Este tipo de procedimento tornou-se possível por conta dos avanços da genética e da bioengenharia, que permitiram a manipulação de vetores para a entrega do material extracromossomal em células-alvo. Um dos principais focos desta técnica é a otimização dos veículos de entrega (vetores) que, em sua maioria, são plasmídeos, nanoestruturados ou vírus − sendo estes últimos os mais estudados, devido à sua excelência em invadir as células e inserir seu material genético. No entanto, existe grande preocupação referente às respostas imunes exacerbadas e à manipulação do genoma, principalmente em linhagens germinativas. Estudos em células somáticas in vivo apresentaram resultados satisfatórios, e já existem protocolos aprovados para uso clínico. Os principais trials têm sido conduzidos nos Estados Unidos, Europa, Austrália e China. Recentes avanços biotecnológicos empregados para o aprimoramento da terapia gênica, como células-tronco pluripotentes induzidas em pacientes portadores de doenças hepáticas, imunoterapia com células T do receptor do antígeno quimera e edição genômica pelos sistema CRISPR/Cas9, são abordados nesta revisão.
Descritores: Terapia Genética/métodos
Sistemas CRISPR-Cas/genética
Edição de Genes/métodos
-Receptores de Antígenos de Linfócitos T/genética
Terapia Genética/tendências
Vetores Genéticos/genética
Vetores Genéticos/uso terapêutico
Limites: Humanos
Animais
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1283592
Autor: Adlat, Salah; Hayel, Farooq; Yang, Ping; Chen, Yang; Mar Oo, Zin; Zaw Myint, May Zun; Kumar Sah, Rajiv; Bahadar, Noor; Al-Azab, Mahmoud; Binta Bah, Fatoumata; Zheng, Yaowu; Feng, Xuechao.
Título: CRISPR-mediated base editing in mice using cytosine deaminase base editor 4
Fonte: Electron. j. biotechnol;52:59-66, July. 2021. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China; . Natural Science Foundation of Jilin Province; . Science and Technology Project of Jilin Provincial Education Department.
Resumo: BACKGROUND: Many human genetic diseases arise from point mutations. These genetic diseases can theoretically be corrected through gene therapy. However, gene therapy in clinical application is still far from mature. Nearly half of the pathogenic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are caused by G:C>A:T or T:A>C:G base changes and the ideal approaches to correct these mutations are base editing. These CRISPR-Cas9-mediated base editing does not leave any footprint in genome and does not require donor DNA sequences for homologous recombination. These base editing methods have been successfully applied to cultured mammalian cells with high precision and efficiency, but BE4 has not been confirmed in mice. Animal models are important for dissecting pathogenic mechanism of human genetic diseases and testing of base correction efficacy in vivo. Cytidine base editor BE4 is a newly developed version of cytidine base editing system that converts cytidine (C) to uridine (U). RESULTS: In this study, BE4 system was tested in cells to inactivate GFP gene and in mice to introduce single-base substitution that would lead to a stop codon in tyrosinase gene. High percentage albino coat-colored mice were obtained from black coat-colored donor zygotes after pronuclei microinjection. Sequencing results showed that expected base changes were obtained with high precision and efficiency (56.25%). There are no off-targeting events identified in predicted potential off-target sites. CONCLUSIONS: Results confirm BE4 system can work in vivo with high precision and efficacy, and has great potentials in clinic to repair human genetic mutations.
Descritores: Adenosina Desaminase
Citosina
Sistemas CRISPR-Cas
Edição de Genes/métodos
-Sequência de Bases
Western Blotting
Modelos Animais
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Mutação
Limites: Animais
Camundongos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1143077
Autor: Madariaga-Perpiñán, Ithzayana; Duque-Restrepo, Juan Camilo; Ayala-Ramírez, Paola; García-Robles, Reggie.
Título: La edición del ADN: ad portas de una revolución en la manipulación genética / DNA Edition: ad portas of a revolution in genetic manipulation
Fonte: Iatreia;33(3):262-272, jul.-set. 2020. tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: RESUMEN Dentro del mundo de las ciencias biológicas la terapia génica ha sido un tema llamativo desde su aparición. El desarrollo de nuevas tecnologías y avances en el campo de la bioingeniería como las nucleasas de dedos de zinc (ZFN), las nucleasas tipo activadores de transcripción (TALEN) y las repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente interespaciadas (CRISPR/Cas9), abrieron las puertas a un sinnúmero de posibilidades en biología, entre ellas, la edición del genoma. Esta última consiste en la modificación directa del genoma a través de la introducción o escisión de secuencias nucleotídicas dentro de la hebra de ADN. Hoy en día su aplicación es extensa, desde el campo de la agroindustria y el control de plagas hasta el ámbito clínico con la "corrección" de enfermedades mendelianas, modulación de receptores inmunológicos en enfermedades infecciosas, modificaciones genéticas en líneas germinales, entre muchos otros empleos. Sin embargo, desde su descubrimiento en 1987, el sistema CRIS-PR/Cas9 no ha estado exento de polémica en aspectos bioéticos, la adquisición de su patente e, incluso, en cuanto a su eficacia. A pesar de las dificultades e incertidumbre que han surgido, el futuro del sistema es prometedor dada su sencillez y versatilidad de uso.

SUMMARY In biological sciences, genetic therapy constitutes a "trend topic" since its beginning. Development of new technologies in bioengineering as zinc-finger nucleases (ZFN), Transcription activator-like effector nucleases (TALEN) and Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR - Cas9) opened doors to a countless number of possibilities in biology, as genetic edition. Last one consists in a direct genomic modification through nucleotide sequences "introduction" or "cleavage" on DNA strands. Nowadays, its application is wide, since agroindustrial and pest control technologies to clinical area, with correcting mendelian diseases, modulating immunological receptors on infectious diseases, genetic modification in germ cells, among others. Nevertheless, since it's discovered in 1987, CRISPR - Cas9 system has not been exempt from controversy in bioethical aspects, patent acquisition and even about effectiveness. Despite the difficulties and uncertainty that have arisen, the future of the system is promising for its simplicity and versatility.
Descritores: Editoração
DNA
Edição de Genes
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CO56.1 - Biblioteca


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Id: biblio-1053221
Autor: Wang, Lamei; Ma, Sen; Ding, Qiang; Wang, Xiaolong; Chen, Yulin.
Título: CRISPR/Cas9-mediated MSTN gene editing induced mitochondrial alterations in C2C12 myoblast cells
Fonte: Electron. j. biotechnol;40:30-39, July. 2019. ilus, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China; . National Key Research and Development Program; . Key Research Program of Shaanxi Province.
Resumo: Background: Myostatin (MSTN) negatively regulates muscle mass and is a potent regulator of energy metabolism. However, MSTN knockout have affect mitochondrial function. This research assessed the mitochondrial energy metabolism of Mstn−/+ KO cells, and wondered whether the mitochondria biogenesis are affected. Results: In this study, we successfully achieved Mstn knockout in skeletal muscle C2C12 cells using a CRISPR/Cas9 system and measured proliferation and differentiation using the Cell-Counting Kit-8 assay and qPCR, respectively. We found that MSTN dysfunction could promote proliferation and differentiation compared with the behaviour of wild-type cells. Moreover, Mstn KO induced an increase in KIF5B expression. The mitochondrial content was significantly increased in Mstn KO C2C12 cells, apparently associated with the increases in PGC-1α, Cox1, Cox2, ND1 and ND2 expression. However, no differences were observed in glucose consumption and lactate production. Interestingly, Mstn KO C2C12 cells showed an increase in IL6 and a decrease in TNF-1α levels. Conclusion: These findings indicate that MSTN regulates mitochondrial biogenesis and metabolism. This gene-editing cells provided favourable evidence for animal breeding and metabolic diseases.
Descritores: Miostatina/genética
Mitocôndrias/genética
Mitocôndrias/metabolismo
-Biogênese de Organelas
Immunoblotting
Diferenciação Celular
Músculo Esquelético/citologia
Músculo Esquelético/metabolismo
Mioblastos/citologia
Mioblastos/metabolismo
MicroRNAs
Proliferação de Células
Sistemas CRISPR-Cas
Citometria de Fluxo
Edição de Genes
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1087255
Autor: Arencibia, Ariel D; D'Afonseca, Vívian; Chakravarthi, Mohan; Castiglione, Stefano.
Título: Learning from transgenics: advanced gene editing technologies should also bridge the gap with traditional genetic selection
Fonte: Electron. j. biotechnol;41:22-29, sept. 2019. ilus.
Idioma: en.
Resumo: We highlight the importance of the mixed genetic approaches (classical and currents) to improve the social perception related to the GMOs acceptance. We pointed out that CRISPR/Cas9 events could carry DNA variability/rearrangements related to somaclonal variations or epigenetic changes that are independent from the editing per se. The transformation of single cells, followed by plant regeneration, is used to generate modified plants, transgenic or genome editing (CRISPR/Cas9). The incidence of undesirable somaclonal variations and/or epigenetic changes that might have occurred during in vitro multiplication and regeneration processes, must be carefully analyzed in replicates in field trials. One remarkable challenge is related to the time lapse that selects the modified elite genotypes, because these strategies may spend a variable amount of time before the results are commercialized, where in all the cases it should be take into account the genotype × environment interactions. Furthermore, this combination of techniques can create an encouraging bridge between the public opinion and the community of geneticists who are concerned with plant genetic improvement. In this context, either transgenesis or genomic editing strategies become complementary modern tools to facing the challenges of plant genetic improvement. Their applications will depend on case-by-case analysis, and when possible will necessary associate them to the schemes and bases of classic plant genetic improvement.
Descritores: Plantas Geneticamente Modificadas
Técnicas de Transferência de Genes
Sistemas CRISPR-Cas
Edição de Genes
-Transformação Genética
Mutagênese
Metilação de DNA
Melhoramento Genético
Epigênese Genética
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-1013405
Autor: Furtado, Rafael Nogueira.
Título: Edição genética: riscos e benefícios da modificação do DNA humano / Gene editing: the risks and benefits of modifying human DNA / Edición génica: riesgos y beneficios de la modificación del ADN humano
Fonte: Rev. bioét. (Impr.);27(2):223-233, abr.-jun. 2019.
Idioma: pt.
Resumo: Resumo O artigo analisa discussões sobre edição genética humana encontradas em artigos científicos, declarações institucionais e proferidas no International Summit on Gene Editing realizado em 2015. Objetiva-se explicitar e refletir sobre argumentos favoráveis e contrários à modificação do DNA. A edição genética pode desenvolver novas terapêuticas, organismos-modelo para pesquisa biomédica de base e alimentos transgênicos, entre outras aplicações. Contudo, os debates buscam determinar os riscos dessa tecnologia, e seus interlocutores assumem posicionamentos divergentes, condenando a edição genética, enaltecendo-a ou recomendando cautela na execução de experimentos. O artigo analisa criticamente discursos científicos sobre o tema, buscando evidenciar as estratégias argumentativas presentes nos debates.

Abstract The article analyzes discussions on human genetic editing found in scientific articles, institutional statements and delivered at the International Summit on Gene Editing held in 2015. This analysis has the objective of to explaining and reflecting on arguments favorable and contrary to DNA modification. Gene editing techniques have benefits such as: the treatment of diseases; creation of model organisms for basic biomedical research; development of transgenic foods, among other applications. However, discussions have been held in order to determine the risks of this technology. The Interlocutors, in these discussions, assume divergent positions, condemning gene editing, praising it or recommending caution in the execution of experiments. The article critically analyzes scientific discourses around the theme, seeking to highlight the argumentative strategies present in the debates.

Resumen El artículo analiza debates sobre edición génica humana encontrados en artículos científicos, declaraciones institucionales y proferidas en el International Summit on Gene Editing realizado en 2015. Se tiene como objetivo explicitar y reflexionar sobre los argumentos favorables y contrarios a la modificación del ADN. La edición génica puede desarrollar nuevos tratamientos, organismos-modelo para la investigación biomédica de base y alimentos transgénicos, entre otras aplicaciones. No obstante, los debates buscan determinar los riesgos de esta tecnología, y sus interlocutores asumen posiciones divergentes, condenando la edición génica, enalteciéndola o recomendando cautela en la ejecución de experimentos. El artículo analiza críticamente los discursos científicos en torno al tema, buscando evidenciar las estrategias argumentativas presentes en los debates.
Descritores: Bioética
Biotecnologia
Contenção de Riscos Biológicos
Edição de Genes
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-1041952
Autor: Bergel, Salvador Darío.
Título: El impacto ético de las nuevas tecnologías de edición genética / The ethical impact of new genetic editing technologies / O impacto ético das novas tecnologias de edição genética
Fonte: Rev. bioét. (Impr.);25(3):454-461, out.-dez. 2017.
Idioma: es.
Resumo: Resumen El descubrimiento de la técnica CRISPR/CAS 9 de edición genética abre importantes horizontes para la investigación científica. Los problemas éticos, jurídicos y sociales que pueden importar su aplicación a humanos son inmensos, lo que justifica un amplio debate social. El trabajo indaga sobre los temas más significativos que podría incluir tal debate.

Abstract The discovery of the CRISPR/CAS 9 genetic engineering technique opens up important new horizons for scientific research. The ethical, legal and social problems that can be applied to humans are immense, and justify a broad social debate. The present study looks at the most significant issues that might be included in such a debate.

Resumo O descobrimento da técnica CRISPR/CAS 9 de edição genética abre importantes horizontes para a pesquisa científica. Os problemas éticos, jurídicos e sociais que podem surgir com a aplicação em humanos são enormes, o que justifica um debate social amplo. O trabalho indaga sobre os temas mais significativos que poderiam ser incluídos em tal debate.
Descritores: Bioética
Terapia Genética
Tomada de Decisões
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
Edição de Genes
Princípios Morais
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência


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Texto completo SciELO Cuba
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Id: biblio-978469
Autor: Pontevedra Burgos, Raquel; Carrera, Iria Da Cuña.
Título: Tratamiento farmacológico y génico en las distrofias musculares de Duchenne y Becker / Pharmacologic and genetic treatment in the Duchenne and Becker muscular dystrophies
Fonte: Rev. cuba. pediatr;90(4):e650, set.-dic. 2018. tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción: Las distrofias musculares son las enfermedades degenerativas más comunes dentro de las enfermedades neuromusculares, cursan con debilidad muscular que progresa hasta la pérdida de la deambulación y en la segunda década de vida surgen complicaciones cardíacas, respiratorias y ortopédicas. Objetivo: Analizar el estado actual de los tratamientos génico y farmacológico en las distrofias musculares de Duchenne y Becker Métodos: Se realizó una búsqueda en los meses de enero, febrero y marzo de 2018 en las bases de datos Medline, Cinhal, Web Of Science y Scopus. Se obtuvieron 232 resultados y después de aplicar los criterios de inclusión y exclusión, se consiguieron para analizar 15 artículos válidos para la revisión. Resultados: Los artículos analizados investigan mayoritariamente el efecto de las terapias mencionadas a nivel de funcionalidad y de síntesis de la proteína distrofina durante períodos largos, en los que participan muestras de tamaño y edades variadas tanto como distrofia muscular de Duchenne y como distrofia muscular de Becker. Conclusiones: Existen más artículos enfocados en la distrofia muscular de Duchenne que en la distrofia muscular de Becker. Esto puede ser debido a que la primera es la más grave y de peor pronóstico. Sigue siendo necesario realizar más estudios para avanzar sobre el estado actual de estos tratamientos(AU)

Introduction: Muscular dystrophies are one of the most common degenerative pathologies within neuromuscular diseases. They present muscular weakness that develops until loss of wandering and in the second decade of life can appear cardiac, respiratory and orthopaedic complications. Objective: To know the current state of genetic and pharmacology treatments in the Duchenne and Becker muscular dystrophies. Methods: A search was made from January to March 2018 at Medline, Cinhal, Web Of Science and Scopus databases. 232 results were obtained, and applying the inclusion and exclusion criteria, 15 acceptable articles for reviewing were found. Results: Analyzed articles mostly investigate the effect of the mentioned therapies in the levels of functionality and dystrophin protein synthesis during long periods, in which samples of different sizes and ages are used. Conclusions: There are more articles focused on Duchenne Muscular Dystrophy than Becker Muscular Dystrophy. That can be due to the fact that the first is the most severe and with the worst prognosis. It is still necessary to carry out more scientific studies to move forward from the current stage of these treatments(AU)
Descritores: Distrofia Muscular de Duchenne/tratamento farmacológico
Ordem dos Genes/genética
-Proteínas Relacionadas à Folistatina/uso terapêutico
Edição de Genes/métodos
Limites: Humanos
Responsável: CU1.1 - Biblioteca Médica Nacional


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Id: biblio-847160
Autor: Navarro, Fábio Cassarotti Parronchi.
Título: A retrotransposição de mRNAs como fator de variabilidade genética no genoma humano e de outros primatas / The retrotransposition of mRNAs as a factor of genetic variability in the human and other primates genomes.
Fonte: São Paulo; s.n; 2014. 215 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Duplicação genica é uma das principais forças levando a evolução dos genomas eucarioto. O impacto de duplicações gênicas/genômicas vem sendo investigado a muito tempo em humanos e outros primatas. Um segundo mecanismo de duplicação gênica, a retrotransposição baseada em RNA maduros, vem sendo menos estudada devido ao seu potencial menor de gerar cópias funcionais. No entanto, recentemente, publicações descreveram retrocópias funcionais em humanos, roedores e mosca de fruta. Nesta tese, para investigar sobre retrocópias causando variabilidade genética no genoma de primatas, nós desenvolvemos a implementamos os métodos para detectar estas inserções. Utilizando nove genomas e transcriptomas publicamente disponíveis (sete primatas e dois roedores) nós confirmamos um número similar, porém, com origem independente, de retrocópias em primatas e roedores. Nós também encontramos um enriquecimento de retrocópias no genoma de Platyrrhini, possivelmente explicado pela expansão de L1PA7 e L1P3 nestes genomas. Posteriormente, nós analisamos a ortologia de retrocópias no genoma de primatas e encontramos 127 eventos específicos à linhagem humana. Nós também exploramos dados do projeto 1000 Genomes para detectar retrocópias polimórficas (retroCNVs germinativos) e encontramos 17 eventos, presentes no genoma referência humano, mas ausentes em mais de um indivíduo. Similarmente, nós investigamos novas retroduplicações de mRNAs no genoma humano, detectando 21 eventos ausentes do genoma referência. Finalmente, investigamos a existência de retroCNVs somáticos e descrevemos sete possíveis retrocópias somáticas. Apesar de sua possível insignificância, nós encontramos que algumas retrocópias compartilhadas entre todos os primatas, espécie específicas, e polimórficas podem ser expressas per se ou como transcritos quiméricos com genes hospedeiros. Sobretudo, nós encontramos que retrocópias são um fator importante da variabilidade genética inter-espécie, intra-espécie e intra-indivíduo e podem estar influenciando a evolução de mamíferos ao criar reservatórios de duplicações potencialmente funcionais

Gene duplication is a major driving force of evolution in eukaryotic genome. The impact of gene/genomic duplication has long been investigated in human and other primates. A second mechanism of gene duplication, retrotransposition, which is based on mature RNA, has been traditionally less studied due to their lower potential to generate functional copies. Recently, however, publications described functional retrocopies in humans, murines and drosophila. Here, to gain insights of the genetic variability arising from retrocopies on primate genomes, we developed and implemented the methods to detect these insertions. Using nine publicly available reference genomes and transcriptomes (seven primates and two rodents) we described a similar number independently arisen retrocopies in primates and rodents. We also found an enrichment of retrocopies in Platyrhinni genomes, putatively explained by the expansion of L1PA7 and L1P3 in these genomes. Next, we evaluated the orthology of retrocopies in primate genomes and found 127 events specific to human lineage. We also explored 1000 Genomes Project data to detect polymorphic events (germinative retroCNVs) on human populations and found 17 events, present on the reference genome, absent in more than one individual. Conversely, we also investigated new insertions of mRNA retroduplications in the human genome, detecting 21 events absent to the human reference genome. Finally, we evaluated the existence of somatic retroCNVs and described seven putative somatic retrocopies. Despite their putative insignificance, we found that some of these shared, specie-specific and polymorphic events may be expressed per se and as chimeric transcripts within host genes. Taken together, we found that retrocopies are a great factor of genetic variation interspecie, intraspecie e intraindividual and may be affecting mammal evolution by creating reservoirs of potentially functional duplications
Descritores: Primatas/genética
-Computação em Nuvem/estatística & dados numéricos
Biologia Computacional/métodos
Edição de Genes
Terapia Genética/normas
Genoma
Variação Estrutural do Genoma
Polimorfismo Genético/genética
Transcriptoma/genética
Limites: Humanos
Animais
Masculino
Feminino
Gravidez
Recém-Nascido
Lactente
Pré-Escolar
Criança
Adolescente
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Idoso
Idoso de 80 Anos ou mais
Gatos
Bovinos
Embrião de Galinha
Cães
Cobaias
Cricetinae
Camundongos
Coelhos
Ratos
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, N322r. 30100025420-Q



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