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Id: lil-751062
Autor: Osório, Cynthia Aparecida Bueno de Toledo.
Título: Identificação e validação de marcadores moleculares das vias de sinalização WNT, PI3K e processo EMT para risco de progressão de carcinoma ductal in situ de mama / Identification and validation of molecular markers of WNT and PI3K signaling pathway and EMT process for the risk of progression of ductal carcinoma in situ of the breast.
Fonte: São Paulo; s.n; 2013. 98 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O carcinoma ductal da mama é o tipo histológico mais freqüente, sendo que o in situ (CDIS) representa uma neoplasia com incidência crescente, devido aos métodos de detecção precoce de lesões mamárias não palpáveis. Essa neoplasia da mama inclui um grupo heterogêneo de tumores pré-invasivos, com potencial maligno distinto, que podem progredir rapidamente para a forma invasiva, ou não apresentarem evolução, após um longo período da doença. Um estudo prévio (CASTRO et al. 2008) aplicou o conceito de divergência molecular em grupos de lesões que mimetizam a progressão do câncer de mama [epitélio normal (EN), carcinoma ductal in situ (CDIS) puro, componente in situ de lesão que coexiste com invasão (CDIS-CDI) e do carcinoma ductal invasivo (CDI)], utilizando as metodologias de microdissecção a laser e cDNA microarray. O padrão de expressão gênica do grupo de células epiteliais tumorais do componente in situ do CDIS-CDI é semelhante ao grupo de células tumorais do CDI e diferente do grupo de células CDIS puro, cujos aspectos morfológicos são semelhantes ao componente in situ do CDIS-CDI. Isso sugeriu que as modificações moleculares das células do componente in situ do CDIS-CDI, já estejam presentes antes da manifestação morfológica de invasão e que os genes diferentemente expressos entre os dois grupos de células de lesões pré-invasivas, sejam potenciais preditores de risco de progressão do CDIS puro. Assim, nós avaliamos 28 genes das vias de sinalização WNT, PI3K e processo EMT, previamente selecionados do estudo anterior (CASTRO et al. 2008) através de RT-PCR quantitativo (RT-qPCR), em células tumorais capturadas de amostras congeladas do CDIS puro e do componente in situ do CDIS-CDI. Esse trabalho confirmou a diferença de expressão em células epiteliais entre os dois grupos de lesões pré-invasivas, em 14 (70%) de 20 genes avaliados, que apresentaram dados confiáveis nos ensaios de TLDA, sendo que 13 genes apresentaram maior expressão em CDIS...

Among breast tumors, ductal breast carcinoma is the most common histologic type. Ductal carcinoma in situ (DCIS) has increasing incidence, mainly due to early detection methods of non-palpable breast lesions. DCIS includes a heterogeneous group of pre-invasive tumors, with distinct malignant potential, which can either rapidly progress to the invasive form, or show no progression after a long period of surveillance. In a previous study from the group (CASTRO et al. 2008) based on the expression pattern of epithelial cells, using laser capture microdissection and cDNA microarray, the concept of molecular divergence was applied to groups of breast lesions which mimic the progression of breast cancer [cells from normal epithelium, cells from pure ductal carcinoma in situ (DCIS), cells from in situ component that coexists with invasive lesion (DCIS-IDC) and cells from invasive ductal carcinoma (IDC)]. The gene expression pattern of the cells from the in situ component of DCIS-IDC is more similar to the group of IDC tumor cells other than to the group of pure DCIS of cells, which presents higher similarity in terms of morphological features to the in situ component of DCIS-IDC. This suggests that the molecular changes of the cells from the in situ component of DCIS-IDC are already present before morphological manifestations of invasion and that the genes differentially expressed between the two groups of cells of pre-invasive lesions, are potential predictors of risk of progression of pure DCIS. Thus, we evaluated 28 previously selected genes of WNT signaling pathway, PI3K and EMT process (CASTRO et al. 2008) by quantitative RT-PCR (RT-qPCR) in tumor cells captured from in situ lesions of pure DCIS and DCIS-IDC from frozen samples. This work confirmed the difference in expression of epithelial cells between the two groups of preinvasive lesions, in 14 (70%) of the 20 genes evaluated, by reliable TLDA assays. Most genes (13 genes) showed higher expression in pure...
Descritores: Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Carcinoma Ductal de Mama/diagnóstico
Carcinoma Ductal de Mama/genética
Imuno-Histoquímica
Perfilação da Expressão Gênica
Proteína Wnt1
-Biomarcadores Tumorais
Limites: Humanos
Feminino
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: lil-667417
Autor: Piccoli, Fábio de Simone.
Título: Identificação de potenciais marcadores de resposta terapêutica para o tumor de Wilms através de microarray usando plataforma de cDNA contendo genes pertencentes à via do ácido retinóico / Identification of molecular markers as predictors of adverse outcome in Wilms' tumors using cDNA microarray platforms including retinoic acid related genes.
Fonte: São Paulo; s.n; 2010. 142 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O tumor de Wilms (TW) é a neoplasia renal maligna mais freqüente na população pediátrica e apresenta atualmente, altos índices de cura mesmo para os casos de doença metastática, mostrando que estes tumores são, na maioria das vezes, sensíveis ao tratamento. Entretanto, cerca de 20% dos pacientes são refratários aos esquemas terapêuticos disponíveis, sendo a resistência quimioterápica a principal responsável pelas falhas terapêuticas. Neste sentido, os atuais protocolos terapêuticos têm sido desenhados com o objetivo de reduzir o tratamento e, com isso, os riscos de complicações secundárias para os pacientes que cursam com bom prognóstico, restringindo as terapias mais intensas ao pequeno grupo de maus respondedores. Para isto, a identificação de pacientes potencialmente bons e maus respondedores ao tratamento quimioterápico no momento do diagnóstico torna-se de grande importância por permitir uma estratificação destes indivíduos em grupos de risco de falha terapêutica e, com isso, o desenvolvimento de um tratamento mais individualizado. Dentre os tipos histológicos que compõem o TW, o componente blastematoso é o que melhor se aplica ao estudo da resposta terapêutica uma vez que é responsável pelo potencial invasivo destes tumores e pode ser tanto sensível quanto resistente à quimioterapia. No entanto, existem poucos estudos moleculares sobre a resposta terapêutica dos TW enfocando o componente blastematoso isoladamente. Estudos têm mostrado um importante envolvimento de genes relacionados ao processo de diferenciação celular e à sensibilidade ao Ácido Retinóico (AR) nos TW, o que aponta para uma possível utilização do AR no tratamento destes tumores. Desta maneira, este projeto teve como objetivo ampliar a busca por genes diferencialmente expressos em amostras de TW de componente blastematoso com diferentes perfis de resposta terapêutica, dando ênfase ao perfil de expressão de genes envolvidos com o metabolismo do AR. ...
Descritores: Tretinoína
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Perfilação da Expressão Gênica
Evolução Clínica
Tumor de Wilms
Limites: Humanos
Criança
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-839194
Autor: Ellwanger, Joel Henrique; Kaminski, Valéria de Lima; Chies, José Artur Bogo.
Título: How to detect new viral outbreaks or epidemics? We need to survey the circulation of viruses in humans and other animals using fast, sensible, cheap, and broad-spectrum methodologies
Fonte: Braz. j. infect. dis;21(2):211-212, Mar.-Apr. 2017.
Idioma: en.
Descritores: Vírus/isolamento & purificação
Viroses/diagnóstico
Viroses/epidemiologia
Surtos de Doenças/veterinária
Monitoramento Epidemiológico
-Vírus/patogenicidade
Brasil/epidemiologia
Viroses/veterinária
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos/métodos
Limites: Humanos
Animais
Tipo de Publ: Carta
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Alvarenga, Marcia Regina Martins
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Id: lil-731290
Autor: Yamashita, Cintia Hitomi; Gaspar, Jaqueline Correia; Amendola, Fernanda; Alvarenga, Márcia Regina Martins; Oliveira, Maria Amélia de Campos.
Título: Social network of family caregivers of disabled and dependent patients / Red social de cuidadores familiares de pacientes con discapacidad y dependencia / Rede social de cuidadores familiares de pacientes com incapacidades e dependência
Fonte: Rev. Esc. Enferm. USP;48(spe):95-101, 08/2014. tab.
Idioma: en.
Resumo: Cross-sectional study that used the Social Network Index and the genogram to assess the social network of 110 family caregivers of dependent patients attended by a Home Care Service in São Paulo, Brazil. Data were analyzed using the test U of Mann-Whitney, Kruskal-Wallis and Spearman correlation. Results were considered statistically significant when p<0,05. Few caregivers participated in activities outside the home and the average number of people they had a bond was 4,4 relatives and 3,6 friends. Caregivers who reported pain and those who had a partner had higher average number of relatives who to trust. The average number of friends was higher in the group that reported use of medication for depression. Total and per capita incomes correlated with the social network. It was found that family members are the primary caregiver’s social network.



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Estudio transversal que utiliza el Índice de la Red Social y el genograma para evaluar la red social de los 110 cuidadores familiares de enfermos dependientes atendidos por un servicio de cuidados en el hogar, en São Paulo. Los datos fueron analizados por las pruebas de Mann-Whitney, Kruskal-Wallis y la correlación de Spearman. Los resultados se consideraron estadísticamente significativos cuando p<0,05. Pocos cuidadores participaban en actividades fuera del hogar y el número promedio de personas con las cuales tenían vínculo fueran 4,4 personas de la familia y 3,6 amigos. Los que informaron dolor en el cuerpo y los que tenían una pareja tenían mayor número medio de familiares en que confiar. El número medio de amigos fue mayor en el grupo que informó el uso de medicación para la depresión. Los ingresos totales y per cápita se correlacionaron con la red social. Se encontró que los miembros de la familia son la principal red social del cuidador.

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Objetivo Avaliar a rede social de 110 cuidadores familiares de pacientes dependentes atendidos por um Serviço de Assistência Domiciliária no município de São Paulo. Método Estudo transversal, que utilizou o Social Network Index e o genograma. Os dados foram analisados pelos testes U de Mann-Whitney, Kruskal-Wallis e correlação de Spearman. Foram considerados estatisticamente significantes quando p <0,05. Resultados Poucos cuidadores participavam de atividades extradomiciliares e o número médio de pessoas com quem mantinham vínculo era de 4,4 familiares e 3,6 amigos. Cuidadores que referiram dor no corpo e aqueles que possuíam companheiro apresentaram maior número médio de parentes em quem confiar. A média de amigos foi superior no grupo que referiu uso de medicamentos para depressão. As rendas total e per capita mostraram correlação com a rede social. Conclusão Verificou-se que os familiares são a principal rede social do cuidador. .
Descritores: Glicoproteínas de Membrana
Neoplasias Gástricas/genética
-Antígenos CD/genética
Tetraspanina 29
Caspases/genética
Mucosa Gástrica/metabolismo
Perfilação da Expressão Gênica
Genes Supressores de Tumor
Queratinas/genética
Metaloproteinases da Matriz/genética
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Receptores do Ácido Retinoico/genética
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Chiesa, Anna Maria
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Id: lil-731289
Autor: Pina-Oliveira, Alfredo Almeida; Moreira, Roseli Lana; Pécora, Rosemary Aparecida Fracolli; Chiesa, Anna Maria.
Título: Analysis of the process of translation of knowledge regarding early childhood at the undergraduate level / Análisis del proceso de traslación del conocimiento sobre la infancia temprana en la enseñanza de pregrado / Análise do processo de translação do conhecimento sobre a primeira infância no ensino de graduação
Fonte: Rev. Esc. Enferm. USP;48(spe):160-167, 08/2014. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Objective To analyze innovative contents on Early Child Development Promotion. Method This action-research involves nine faculties from four Higher Education Institutions at inner-state of São Paulo, Brazil.Data were collected by syllabi analyses (2009-2011), interviews and focus group. We have adopted an ECDP underpinning from international consensus, thus evaluating KT Results We have found relevant incorporation between teaching and extension in Nursing (87,5%) and Psychology (75%) undergraduate courses, while Pedagogy was restricted to teaching. Conclusion This KT evaluation has evinced innovative potential of extension, regardless teaching and research, for a better Early Childhood.
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Objetivo Analizar la incorporación de contenidos innovadores en la promoción del desarrollo infantil. Método Investigación-acciónque involucró nueve representantes de cuatro Instituciones Enseñanza Superior. Los datos fueran obtenidos del análisis de planes de cursos (2009-2011),entrevistas y grupo de foco. Se basó en consenso internacional sobre la Primera Infancia para evaluar de la traslación del conocimiento. Resultados La incorporación de ocho temáticas sobre Primera Infancia ocurrió de modo relevante en la enseñanza y extensión del curso de graduación en Enfermería (87,5%) y de Psicología (75%). Se observó la limitación a la enseñanza en el curso de Pedagogía. Conclusión la evaluación traslacionalha evidenciado el potencial innovador de la extensión universitaria, integrada a la enseñanza e investigación en laInfancia Temprana. .

Objetivo Analisar a incorporação de conteúdos inovadores na promoção do desenvolvimento infantil com ênfase na extensão universitária. Método Pesquisa-ação, descritiva e exploratória, envolvendo nove representantes de quatro instituições de ensino superior paulistas. Os dados foram obtidos por meio de análise de ementas (2009-2011), entrevistas e grupo focal. Embasou-se em consenso internacional relacionado à primeira infância para a avaliação da translação do conhecimento. Resultados A incorporação de oito temáticas da promoção do desenvolvimento infantil ocorreu de modo relevante entre ensino e extensão dos cursos de graduação de Enfermagem (87,5%) e de Psicologia (75%). Observou-se restrição ao ensino no curso de Pedagogia. Conclusão A avaliação da translação do conhecimento evidencia o potencial inovador da extensão universitária, integrada ao ensino e à pesquisa, em prol da primeira infância.


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Descritores: Carcinoma Hepatocelular/genética
Integrinas/genética
Neoplasias Hepáticas/genética
-/genética
ANTIGENS, CDABORTION, INCOMPLETE/genética
Perfilação da Expressão Gênica
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1087456
Autor: Laia, Marcelo Luiz de; Moreira, Leandro Marcio; Fernandes Gonçalves, Janaína; Tiraboschi Ferro, Maria Inês; Pinto Rodrigues, Any Caroliny; Santos, Jéssica Naiara dos; Barbosa Felestrino, Érica; Aparecido Ferro, Jesus.
Título: Gene expression analysis identifies hypothetical genes that may be critical during the infection process of Xanthomonas citri subsp. citri
Fonte: Electron. j. biotechnol;42:30-41, Nov. 2019. tab, graf, ilus.
Idioma: en.
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; . Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; . Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES).
Resumo: Background: Gene expression analysis via microarray is widely used in phytobacteria to validate differential gene expression associated with virulence or to compare biological profiles of wild type and mutant strains. Here, we employed DNA microarrays to study the early stages of the infection process (24, 72 and 120 h post-inoculation) of Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) infecting Citrus sinensis to interrogate the expression profiles of hypothetical genes. Results: Under infective conditions, 446 genes were up- and 306 downregulated. Outstanding among genes upregulated during infection were those involved in synthesizing the Type 3 Secretion System and effectors, xanthan gum and quorum-sensing induction, and flagellum synthesis and regulation. Additionally, 161 hypothetical genes were up- and 100 were downregulated, 49 of which are known to have a significant biological role. To understand hypothetical gene co-regulation or -expression, nine expression profiles including 158 genes were identified during the three infection phases. Of these, 47 hypothetical genes were identified as having expression profiles associated with at least one connected to a gene associated with adaptation and virulence. Conclusions: Expression patterns of six differentially expressed genes were validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction, thus demonstrating the effectiveness of this tool in global gene expression analysis in Xac.
Descritores: Xanthomonas/genética
Xanthomonas/patogenicidade
Citrus sinensis/microbiologia
-Virulência
Xanthomonas/crescimento & desenvolvimento
Expressão Gênica
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Transcriptoma
Sistemas de Secreção Tipo III
Genes Bacterianos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-553362
Autor: Lima, Vladmir Cláudio Cordeiro de.
Título: Análise do perfil de expressão gênica em melanomas cutâneos malignos murinos após tratamento sistêmico com o fator de necrose tumoral (TNF) associado ou não a melfalano (MEL) / Gene expression profile of murine malignat melanoma after systemic treatment with with tumor necrosis factor (TNF) associated or not with melphalan (MEL).
Fonte: São Paulo; s.n; 2007. 166 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: ILP (Perfusão Isolada de Membro) com melphalan (MEL) é uma obordagem alternativa no tratamento de melanomas cutâneos avançados, não-ressecáveis, de extremidades, poupando o membro da amputação. ... O objetivo do nosso estudo foi determinar o perfil de expressão gênica do melanoma e sua modificação após tratamento com TNF, MEL ou TMF+MEL. .... Os perfis de expressão gênica das células e dos tumores foram determinados através da estratégia de “microarray”, empregando um “biochip” contendo 16.128 oligonucleotídeos. O tratamento das células de melanoma com MEL durante 48h esteve associado com uma maior taxa de morte celular. O TNF não exerceu nenhuma atividade citotóxica sobre as células de melanoma in vitro. A administração de melfalano promoveu uma menor velocidade de crescimento tumoral (p<0,001), efeito este que não foi modificado pela co-administração de TNF. Entretanto, tumores tratados com TNF apenas ou em combinação com MEL apresentaram mais necrose (p=0,017 e p=0,014, respectivamente) e menos mitoses (p=0,001). Um número menor de mitoses também foi observado em resposta a MEL. O tratamento com MEL ou MEL+TNF esteve associado com aumento da sobrevida livre de progressão. ... Um grupo de genes grande teve sua expressão modulada pelo tratamento in vitro. Entre estes, nós identificamos Aff1, um regulador do ciclo celular, positivamente regulado por MEL. O mesmo efeito foi observado in vivo para este gene em especial. Da comparação entre os perfis de expressão gênica dos tumores por ANOVA, nós identificamos 118 genes diferencialmente expressos com p<0,05. Entre os elementos diferencialmente expressos estão genes que codificam proteínas envolvidas em adesão celular (Pecam1, Pard3, Dlg5), apoptose (Bcl11l), vias de sinalização (Arhgef6, Flt-1), regulação de transcrição (Tcfe3, Ifi202b, Irak1bp1, Fabp4,Trp73, Trim24), ciclo celular (Cdc7, Aff1), metabolismo de drogas (Akr1b7), potencial metastático (Trpm1, Mib2) e várias outras funções biológicas...

ILP (Isolated Limb Perfusion) with melphalan (MEL) is an alternative approach in the treatment of non-resectable locally advanced cutaneous melanomas of extremity, sparing the limb from amputation. ILP is a locoregional procedure to deliver high doses of drugs to a limb with minimal systemic and mild local toxicity. The association with the Tumor Necrosis Factor (TNF) improves total complete response rates from 40-50% to 70-90%. The molecular mechanisms underlining this synergistic effect are poorly understood. The aim of our study was to determine the gene expression profile of melanoma and its alterations after the treatment with TNF, MEL and TNF+MEL. To reach this objective B16F1 and B16F10 cells were exposed to MEL (36,9µM), TNF (10ng/ml) or both during 3 hours for microarray assays or for 24h, 48h and 72h for citoxicity assays. At same time, 6-8 weeks-old male C57BL6 mice were injected subcutaneously, on both flanks, with 5,0x105 of B16F10 and B16F1 melanoma cells. Animals bearing tumors of 1,0±0,3cm2 (n=9-10 mice/group) received an intravenous injection of TNF (0,05µg/Kg), MEL (12mg/Kg), TNF+MEL or saline (control). One of the tumors was surgically removed 3h after for RNA extraction and histology and the other one was left for growth measurements. Gene expression profiles from cells and tumors were determined by microarray strategy using a biochip containing 16.128 oligonucleotides. Treatment of melanoma cells with MEL for 48h was associated with a significantly higher cell death rate. TNF exerted no cytotoxic effects on melanoma cells in vitro. The administration of melphalan led to slower tumor growth rate (p<0,001), effect that was not modified by the TNF co-administration. Nevertheless, tumors treated with TNF alone or in combination with MEL presented more necrosis (p=0,017 and p=0,014, respectively) and less mitosis (p=0,001). Less mitosis was also observed in response to MEL alone. Treatment with MEL or MEL+TNF was associated with a longer progression free survival. Three-hourtreatment with MEL or TNF did not affect vascular density. A whole set of genes had its expression modulated by treatment in vitro. Amongst them, we identified Aff1, a regulator of cell proliferation, as positively regulated by MEL. The same effect was observed in vivo for this specific gene. From the comparison between the gene expression profile by ANOVA, we identified 118 genes differentially expressed with p<0,05. Among the differentially expressed elements are genes coding for proteins involved in cell adhesion (Pecam1, Pard3, Dlg5), apoptosis (Bcl11l), signaling pathways (Arhgef6, Flt-1), regulation of transcription (Tcfe3, Ifi202b, Irak1bp1, Fabp4,Trp73, Trim24), cell cycle (Cdc7, Aff1), drug metabolism (Akr1b7), metastatic potential (Trpm1, Mib2) and many other diverse biological functions. Supported by: FAPESP (AU)
Descritores: Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Expressão Gênica
Fatores de Necrose Tumoral
Melanoma
Muridae
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: lil-553340
Autor: Termini, Lara.
Título: Efeitos da infecção por HPV na resposta imune e na expressão gênica global medianos pelo fator de necrose tumoral / HPV infection effects on immune response and global gene expression mediated by tumor necrosis factor.
Fonte: São Paulo; s.n; 2005. 182 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A infecção persistente por alguns tipos de HPV de alto risco (ex. tipos 16 e 18), é o principal fator de risco para o desenvolvimento de neoplasias intraepiteliais cervicais e lesões precursoras do carcinoma do colo uterino. Diversos estudos sugerem que a resposta imune mediada por células é fundamental para o controle e eliminação das infecções por estes e outros vírus. Um dos principais mediadores/reguladores deste tipo de resposta é o fator de necrose tumoral (TNF)... Estes dados sugerem que a aquisição de resistência à este fator é um evento importante na carcinogênese mediada por HPV. No entanto, os eventos moleculares associados ao efeito diferencial do TNF nestas linhagens são, até o momento, desconhecidos. No presente estudo, foram analisados os níveis de expressão de expressão de algumas proteínas envolvidas na via de ativação do fator NF-kB. Utilizando um anticorpo anti-IkBα, foi detectada uma proteína de aproximadamente 20KDa, induzida após 12 horas de tratamento com TNF e atingindo altos níveis de expressão em torno das 60 horas de tratamento... A expressão diferencial de alguns genes comuns nas células sensíveis ao efeito antiproliferativo do TNF, contrariamente das células resistentes, foi identificada. A expressão destes genes está relacionada à processos biológicos, como, resposta imunológica e inflamatória, proliferação e diferenciação celular e controle da transdução de sinal de diversas vias. A identificação de genes e proteínas cruciais nestes eventos, permitirá avanços no controle da infecção por HPV, além de contribuir para a eventual caracterização de marcadores moleculares na progressão tumoral do câncer cervical...(AU)

Persistent infection by some high risk HPV types (ie: types 16 and 18) is the main risk factor for the development of cervical intraepithelial neoplasia and the precursor lesions of cervical cancer. Many studies suggest that cellmediated immunity is important for viral infection contrai and clearence. Tumor necrosis factor (TNF) is one of the main mediators/regulators of inflammatory response. TNF has a potent anti-proliferative effect on normal and HPV16 immortalized keratinocytes (HF698). On the other hand, HPV-18 immortalized keratinocytes (HF18Nco) and severa! cervical carcinomaderived cell lines, are resistant to TNF. These observations suggest that the acquisition of TNF-resistance may constitute an important step in HPV mediated carcinogenesis. However, the molecular basis of this difference is not well understood. In the present study, we analyzed the effect of TNF on NF-KB pathway activation. Using an anti-IKBa antibody, we detected a protein of 20 kDa induced after 12 hours of treatment with TNF. This protein reached higher leveis of expression after 60 hours of treatment. Besides, we found that this protein is constitutively express in the HPV16-immortalized cell line. Severa! experiments are being conducted in arder to identify this protein. Furthermore, we addressed the effect of 3 and 60 hours of TNF treatment on global gene expression of primary human keratinocytes and two HPV-immortalized keratinocytes-derived cell !ines. We observed the differential expression of severa! genes common to both TNF-sensitive cell lines. On the other hand, this was not observed in the TNF-resistant cell line. These genes are involved in immune and inflammatory response, cell proliferation and differentiation and 1n signal transduction contrai. Understanding the mechanisms of host response regulation, as well as the identification of new genes and proteins involved in its regulation, may provide new strategies for HPV infection contrai (AU)
Descritores: Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Colo do Útero
Fatores de Necrose Tumoral
Infecções por Papillomavirus
Infecções por Papillomavirus/imunologia
Queratinócitos
-Colo do Útero/lesões
Fatores de Necrose Tumoral/imunologia
Limites: Humanos
Feminino
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: lil-553390
Autor: Meireles, Sibele Inácio.
Título: Desenvolvimento de um método de diagnóstico molecular para o câncer gástrico baseado na análise do perfil da expressão gência através da metodologia de cDNA array / Development of a molecular diagnosis tool for gastric cancer based on gene expression profile using the cDNA array methodology.
Fonte: São Paulo; s.n; 2003. 45 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O estudo do Câncer gástrico é de grande importância tendo em vista a sua alta taxa de incidência e mortalidade em todo o mundo. As estimativas do Instituto nacional do Câncer (INCA) para 1999 mostram que o câncer de estômago provocou o maior número de óbitos por câncer no Brasil. Hoje o maior avanço no entendimento do câncer gástrico advêm de estados relacionando o processo de oncogêneses com a infecção por H. pilori. O tratamento da infecção com antibióticos levou a uma redução significativa na incidência de câncer gástrico em países desenvolvidos, como o Japão e os EUA. Em países em desenvolvimento, como o Brasil, essa queda foi menos significativa devido a uma grande incidência de casos de re-infecção. A identificação de genes diferencialmente expressos no tecido gástrico normal e tumoral permitirá a descoberta de marcadores genéticos indicadores da evolução do processo de transformação celular. Considerando que as alterações morfológicas, hoje a base do diagnóstico, são consequentes de alterações moleculares, os métodos de diagnóstico baseados no perfil de expressão gênica poderão ser capazes de identificar lesões pré-malignas. Além disso, a determinação do perfil molecular de um tumor poderá determinar um regime de tratamento de forma tumor-específica... Identificamos, duas proteínas ribossomais denominadas de L26 e L27. A expressão de L26 foi encontrada em amostra tumoral e é um importante marcador para a diferenciação entre um adenocarcinoma pouco diferenciado e um linfoma gástrico. Encontramos uma sequência homóloga ao gene da Mucina 4 (MUC4). Sabe-se que há um aumento na expressão de MUC4 em Câncer de estômago e as mucinas sintetizadas pelas células malignas podem contribuir para a capacidade de invasão das células tumorais, favorecendo o surgimento de metástases... A partir deste estudo, poderemos identificar os genes relacionados com o desenvolvimento do câncer gástrico e viabilizar um diagnóstico molecular...(AU)

Gastric cancer is one of the leading causes of cancer-related death in Brazil and in the world. High frequency of gastric cancer-related death is mainly due to late-stage diagnosis. Hence, new tools aimed to early diagnostic would have a positive impact in the outcome of the disease. Using cDNA arrays, we analised the expression proflle of normal gastric mucosa (N), gastritis (G), intestinal metaplasia (M) and gastric tumor (I). Based on the differentially expressed genes, we developed diagnosis tools for identification of lesions in gastric mucosa. In a ftrst step, we used cDNA arrays having around 4,500 elements to compare the expression proflle of six samples of normal gastric mucosa and six samples of tumor gastric mucosa. Eighty differentially expressed cDNAs were identified and, using Self Organizing Map (SOM), their expression proflle allowed the precise separation of the normal from the tumor sample groups. In a second step, the expression pro file o f 3 7 6 distinct genes, derived from the ftrst analysis and plus a set of known altered genes in human cancer according to the literature, were analised in 99 gastric fragments represented by: N (n=28), G (n=21), M (n=22) and T (n=28). Pair wise comparisons between these samples allowed the identification of 42 differentially expressed genes with p<0.0009 in a Wilcoxon test. Using the clustering algorithm k-means, the expression profile of 18 genes allowed the clustering of the majority of N and G samples in a distinct group, the majority of M and T samples in two aditional groups and fourth heterogeneous group. We then applied Fisher's linear discriminat to identify trios of genes that could be used to build classifiers for class distinction. A lager number of classifiers could distinguish between NxT whereas, for the distinction of GxT and MxT, fewer classifiers were identified.Importandy, it was possible identify samples of intestinal metaplasia whose expression pattem resembled that of an adenocarcinoma and can now be used for follow-up of patients in order to determine their potencial as prognostic test for malignant transformation (AU)
Descritores: Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Bancos de Espécimes Biológicos
Expressão Gênica
Mucosa Gástrica
Neoplasias Gástricas
Neoplasias Gástricas/diagnóstico
-Estatísticas não Paramétricas
Limites: Humanos
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: lil-442325
Autor: Saraiva, Thiago Felcar; Castro, Nádia Pereira de; Pineda, Paulo Henrique Baldan; Osório, Cynthia A. Bueno de Toledo; Camargo, Luiz Paulo; Brentani, Helena Paula; Carraro, Dirce Maria.
Título: Effects of Oligo dT-T7 RNA Primer in RNA Amplification from Paraffin-Embedded Tissue for Microarray Experiments
Fonte: Appl. cancer res;26(1):14-20, Jan.-Mar. 2006.
Idioma: en.
Resumo: Introduction: Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue samples (FFPET) represent a valuable source for studies of geneexpression comparisons, since a great number of these samples is available in archive and presents a long time of clinicalfollow-up. However, the quality of total RNA of these samples is known to be inferior to frozen samples, being many timesinadequate for studies of gene expression using conventional methodologies. Objective: This study aims to establish a protocolfor amplification of messenger RNA (mRNA) derived from FFPET samples for using in microarray experiments. Material andMethods: 4 tumoral samples of invasive ductal breast carcinoma FFPET-buffered 10% were used. Total RNA was extracted andthe mRNA was linearly amplified in two rounds based on T7 RNA polymerase methodology using different concentrations ofoligo dT-T7 Primer for first strand cDNA (1st-cDNA) synthesis. Amplified antisense RNA (aRNA) was labeled with cianine-Cy3through reverse transcription in the presence of random primers and co-hybridized with reference RNA (HB4a) labeled withcianine-Cy5 in a customized platform containing 4,608 cDNAs corresponding to human genes. Results: The amplified RNAquality was influenced by the relative amount of oligo dT-T7, showing better results for ratio of 1:0.1 (total RNA : oligo dT-T7).Hybridizations showed value of intensity signals for the most of cDNAs immobilized in the platform. Conclusion: This studyshowed that the control of the relative amounts of RNA derived from FFPET material and oligo dT-T7 is extremely important toobtain high-quality amplified RNA, allowing its use in microarray experiments.
Descritores: Análise em Microsséries
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos/métodos
Fixação de Tecidos
-Neoplasias da Mama
Responsável: BR30.1 - Biblioteca



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