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Id: lil-553372
Autor: Mello, Barbara Pereira de.
Título: Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano / Search for tissue-associated molecular markers in non-characterized transcribed regions of the human genome.
Fonte: São Paulo; s.n; 2009. 87 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Com foco na atividade transcricional do genoma humano, foi desenvolvido um trabalho de mestrado, em que construímos um microarranjo de cDNAs composto por sequências ORESTES resultantes do Projeto Genoma do Câncer Humano (FAPESP/LICR - HCGP) que não se alinharam com sequências de cDNA geradas por outros projetos. Este arranjo foi hibridizado contra cDNAs derivados de diferentes tecidos humanos, normais ou tumorais, resultando na identificação de 3.421 regiões transcritas do genoma humano (83,3% da plataforma) não descritas por outros projetos de sequênciamento como transcritos. Acreditando que parte dessas sequências pudessem representar RNAs não codificadores, variantes de splicing ou transcritos antisenso naturais fizemos uma reanálise computacional das sequências avaliadas no trabalho de mestrado e também uma análise de expressão diferencial das mesmas, buscando variações de expressão de transcritos tumor- e/ou tecido-associadas. Identificamos como possíveis ncRNAs 28% das sequências analisadas. Mil e sete sequências foram identificadas como diferencialmente expressas, sendo que 291 representam potenciais ncRNAs. Além disso, três potenciais marcadores tumorais de próstata foram validados por PCR em tempo real. Estudos adicionais de um desses marcadores, PCA3, revelaram um possível papel desse ncRNA na regulação do gene PRUNE2 e a existência de uma retenção intrônica não descrita na sequência de PCA3, aparentemente mais frequente em amostras normais de próstata. Também pudemos contribuir com análises iniciais de um potencial novo marcador de câncer de próstata a ser explorado para a complementação de marcadores já existentes, mas falhos em alguns aspectos. Um artigo referente a parte desse trabalho foi publicado no periódico Nucleic Acids Research (MELLO et al. 2009).

With focus on transcriptional activity of the human genome, we developed a master's work, in which we built a cDNA microarray composed of ORESTES sequences resulting from the Human Cancer Genome Project (FAPESP / LICR - HCGP) that did not align with cDNA sequences generated by other projects. This array was hybridized against cDNAs derived from different normal or tumor tissues, resulting in the identification of 3,421 transcribed regions of the human genome (83.3% of the slide) not described by other sequencing projects as transcripts. Believing that some of these sequences may represent non-coding RNAs, and splicing variants of natural antisense transcripts we did a new computational analysis of the sequences found in the master's work and also an analysis of differential expression of these sequences, seeking changes in expression of tumor- and/or tissue-associated transcripts. We identified as possible ncRNAs 28% of the sequences analyzed. One thousand and seven sequences were identified as differentially expressed, and from these 291 represent potential ncRNAs. In addition, three potential tumor markers for prostate cancer were validated by real-time PCR. Further studies of one of these markers, PCA3, revealed a possible role of this ncRNA in the regulation of PRUNE2 gene and the existence of an intron retention not described within PCA3 sequence, apparently more common in normal samples from prostate. We could also contribute with initial analysis of a potential new marker for prostate cancer to be explored in complementing currently markers not very acurated. An article containing part of this work was published in the journal Nucleic Acids Research (MELLO et al. 2009).
Descritores: Análise de Sequência
Biologia Computacional
Genoma Humano
Biomarcadores Tumorais
Neoplasias da Próstata
Perfilação da Expressão Gênica
-Alinhamento de Sequência
DNA Complementar
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: lil-780832
Autor: Yao, Lin; Tan, Chong; Song, Jinzhu; Yang, Qian; Yu, Lijie; Li, Xinling.
Título: Isolation and expression of two polyketide synthase genes from Trichoderma harzianum 88 during mycoparasitism
Fonte: Braz. j. microbiol;47(2):468-479, Apr.-June 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Science Foundation for Distinguished Young Scholars of China.
Resumo: Abstract Metabolites of mycoparasitic fungal species such as Trichoderma harzianum 88 have important biological roles. In this study, two new ketoacyl synthase (KS) fragments were isolated from cultured Trichoderma harzianum 88 mycelia using degenerate primers and analysed using a phylogenetic tree. The gene fragments were determined to be present as single copies in Trichoderma harzianum 88 through southern blot analysis using digoxigenin-labelled KS gene fragments as probes. The complete sequence analysis in formation of pksT-1 (5669 bp) and pksT-2 (7901 bp) suggests that pksT-1 exhibited features of a non-reducing type I fungal PKS, whereas pksT-2 exhibited features of a highly reducing type I fungal PKS. Reverse transcription polymerase chain reaction indicated that the isolated genes are differentially regulated in Trichoderma harzianum 88 during challenge with three fungal plant pathogens, which suggests that they participate in the response of Trichoderma harzianum 88 to fungal plant pathogens. Furthermore, disruption of the pksT-2 encoding ketosynthase–acyltransferase domains through Agrobacterium -mediated gene transformation indicated that pksT-2 is a key factor for conidial pigmentation in Trichoderma harzianum 88.
Descritores: Trichoderma/enzimologia
Proteínas Fúngicas/metabolismo
Policetídeo Sintases/metabolismo
-Doenças das Plantas/microbiologia
Trichoderma/classificação
Trichoderma/genética
Proteínas Fúngicas/genética
Proteínas Fúngicas/química
Dados de Sequência Molecular
Regulação Fúngica da Expressão Gênica
Alinhamento de Sequência
Sequência de Aminoácidos
Micélio/enzimologia
Micélio/genética
Policetídeo Sintases/genética
Policetídeo Sintases/química
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1022119
Autor: Luchs, A; Timenetsky, M do C S T.
Título: Phylogenetic analysis of human group C rotavirus circulating in Brazil reveals a potential unique NSP4 genetic variant and high similarity with Asian strains
Fonte: Mol Genet Genomics;290(3):969-986, 2015.
Idioma: en.
Resumo: Group C rotaviruses (RVC) cause gastroenteritis in humans and animals worldwide, and the evidence for a possible zoonotic role has been recently provided. To gain information on the genetic diversity and relationships between human and animal RVC, we sequenced the VP4, VP7, and NSP4 genes of 12, 19, and 15 human strains, respectively, detected in São Paulo state during historical (1988 and 1993) and recent (2007 and 2008) Brazilian rotavirus surveillance. All RVC strains analyzed in the present study grouped into human genotype (G4-P[2]-E2), and did not show any evidence of animal ancestry. Phylogenetic analysis showed that RVC samples detected in 1988 and 1993 clustered together with strains from distinct continents, indicating that historical RVC strains circulating in São Paulo were closely related to those strains circulating worldwide. All three genes (VP7, VP4 and NSP4) of São Paulo RVC strains isolated in 2007-2008 exhibited close phylogenetic relationship with human RVC strains isolated in China and Japan, suggesting that they are genetically linked, and that a gene flow could be occurring between this Asian countries and Brazil. We identified two distinct clusters in the NSP4 phylogenetic tree. One cluster formed exclusively by human Brazilian strains detected in 1997 and 2003-2004 in Rio de Janeiro, Bahia, and Rio Grande do Sul states (Subgroup II) previously described in a different study, that displayed low sequence identities to other human strains formerly published, and to the Brazilian RVC strains (Subgroup I) characterized in the present study. These data suggests the circulation of two genetic profiles of the NSP4 gene in Brazil. High sequence diversity in NSP4 gene was previously reported in Asia, and additional diversity in NSP4 RVC strains spreading in the world should be expected. More in-depth molecular and epidemiological analysis of human RVC throughout the world will be needed to understand their diversity and clarify their evolution, as well as to develop classifications schemes.
Descritores:
Filogenia
Infecções por Rotavirus/virologia
Toxinas Biológicas/genética
Variação Genética
Brasil/epidemiologia
Humanos
RNA
RNA Viral/isolamento & purificação
Dados de Sequência Molecular
Sequência de Bases
Glicoproteínas
Glicoproteínas/genética
Glicoproteínas/química
Criança
Pré-Escolar
Demografia
Alinhamento de Sequência
Adolescente
Sequência de Aminoácidos
Proteínas não Estruturais Virais
Proteínas não Estruturais Virais/genética
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Análise de Sequência de DNA
Rotavirus
Adulto
Proteínas do Capsídeo/química
Gastroenterite/virologia
Genótipo
Lactente
Animais
Pessoa de Meia-Idade
Antígenos Virais/genética
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação


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Id: biblio-868171
Autor: Brilhante, Andréia Fernandes.
Título: Epidemiologia da leishmaniose tegumentar americana (LTA) no município de Xapuri, Estado do Acre, Brasil: estudo em população humana, cães domésticos e vetores / Epidemiology of American cutaneous leishmaniasis (ACL) in Xapuri municipality, Acre state, Brazil study in human population, domestic dogs and vectors.
Fonte: São Paulo; s.n; 2017. 222 p.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Saúde Pública. Departamento de Epidemiologia para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Introdução. A leishmaniose tegumentar americana (LTA) é uma endemia de importância em saúde pública na Amazônia Brasileira, onde possui diferentes perfis de transmissão com a participação de diversas espécies de vetores e de protozoários do gênero Leishmania. O Estado do Acre apresenta altos índices de LTA e, no ano de 2015, apresentou o mais alto coeficiente de detecção de casos (137,7/100.000 hab.) da doença no Brasil. Objetivo. Analisar aspectos epidemiológicos da LTA no município de Xapuri, Estado do Acre, Brasil, envolvendo população humana, cães domésticos, vetores e identificação de Leishmania. Materiais e Métodos. Para a avaliação epidemiológica, foram analisadas fichas de notificação dos casos humanos no período de 2008 a 2014 obtidas do sistema de vigilância epidemiológica do município. Foram analisadas as variáveis: sexo, grupo etário, escolaridade, forma clínica, diagnóstico, tratamento e evolução clínica. Os dados foram submetidos à análise descritiva e teste estatístico do qui-quadrado de Pearson utilizando o pacote estatístico STATA. Também foram obtidas amostras de material de pacientes (escarificação das lesões fixadas em lâminas) atendidos no centro médico do município, durante o período de novembro de 2014 a janeiro de 2016. As amostras foram submetidas à análise molecular para diagnóstico de Leishmania spp. O inquérito canino foi realizado em áreas urbanas e rurais; nestas, predominantemente, em seringais, onde a doença foi reportada em humanos avaliação clínica dos animais para busca de lesões e sinais característicos de leishmanioses, foram coletadas amostras de sangue venoso por punção jugular ou cefálica, e quando havia lesões sugestivas da doença, foram anestesiados e submetidos à biopsia para colheita do fragmento de lesão. Amostras destes fragmentos foram submetidas a técnicas parasitológicas, inoculação em meio de cultura Neal, Novy e Nicolle, exame direto e técnicas moleculares para detecção do parasita. A identificação de Leishmania spp. foi realizada por técnicas moleculares. Os flebotomíneos foram coletados em ambiente domiciliar e florestal de dois seringais (Floresta e Cachoeira) e na área urbana, com armadilhas luminosas tipo CDC, instaladas mensalmente, no período de agosto de 2013 a julho de 2015. Neste período, apenas no seringal Cachoeira, também foram feitas coletas utilizando armadilhas de Shannon nas cores branca e preta, e de janeiro a maio de 2016, coletas em trocos de árvores com aspiradores manuais. Uma amostra de fêmeas coletadas pelas diferentes técnicas foi dissecada viii para investigação da presença de flagelados. Para a análise do comportamento da fauna flebotomínea foram utilizados índices ecológicos como de Shannon, Pielou e Abundância das Espécies Padronizado, média geométrica de Williams e análise dos componentes principais. Para estimar a atratividade dos flebotomíneos pelas cores branca e preta foi utilizado o teste de Mann-Whitney (p<0,05). Análises morfométricas utilizando o teste de Gabriel (teste F, p <0,05) foram feitas para distinguir alguns táxons. Para as análises moleculares dos parasitas foi empregada a técnica de Nested-PCR SSU rRNA utilizando os iniciadores S4/S12 e S17/S18 e sequenciamento. Resultados. No estudo de casos humanos, constatou-se que a doença ocorre predominantemente em populações rurais e isoladas do município, em indivíduos de ambos os sexos, com as incidências mais elevadas em crianças e adolescentes. Em 33 dos 45 pacientes com clínica positiva para LTA foram detectadas a presença de DNA de Leishmania spp. Nos cães domésticos, verificou-se alta taxa de infecção (20,0 por cento ) por Leishmania (Viannia) sp. Nos estudos de flebotomíneos, foram coletados 21.197 espécimes (14.210 fêmeas e 7.107 machos) com armadilhas CDC, e 6.309 (864 machos e 5.445 fêmeas) com armadilhas de Shannon. As frequências, abundâncias e densidades mais elevadas foram dos gêneros Nyssomyia, Psychodopygus e Trichophoromyia, coletados em ambientes silvestres, peri e intradomiciliares. Em ambiente rural foram coletados 99,9 por cento dos espécimes e no urbano apenas 0,1 por cento . Nyssomyia shawi predominou no Seringal Cachoeira, e Trichophoromyia spp. (Th. auraensis/Th. ruifreitasi) no Seringal Floresta. Espécies do gênero Psychodopygus predominaram no período chuvoso, enquanto as de Nyssomyia, no período seco. Infecções por Leishmania spp. foram detectadas em Brumptomyia sp., Nyssomyia antunesi, Ny. shawi, Lutzomyia sherlocki, Psathyromyia aragaoi, Psychodopygus carrerai carrerai, Ps. davisi, Ps. hirsutus hisutus, Ps. llanosmartinsi, Ps. lainsoni, Thrichophoromyia ubiquitalis e Trichophoromyia spp. Por meio de análises morfológicas e morfométricas das fêmeas de Trichophoromyia sugeriu-se a distinção de Th. octavioi de Trichophoromyia spp. (Th. auraensis/Th. ruifreitasi) e descreveu-se, Psathyromyia elizabethdorvalae sp. n. Conclusões. A LTA em Xapuri apresenta um perfil de transmissão silvestre e outro domiciliar. As populações humanas e caninas que frequentam ambientes florestais estão expostas a uma alta diversidade de vetores e de agentes etiológicos, o que aumenta o risco de infecção de LTA. As informações aqui apresentadas podem nortear as medidas de controle, planejamento das ações e definição de prioridades dos órgãos de vigilância epidemiológica do Estado do Acre, visando o diagnóstico precoce e tratamento adequado dos casos de leishmanioses da população humana de Xapuri

Introduction. American cutaneous leishmaniasis (ACL) is an endemic disease that deserves the attention of public health in the Brazilian Amazon, where it has various transmission profiles with the participation of several species of vectors and protozoa of the genus Leishmania. The state of Acre registers high rates of ACL, having in 2015 the highest coefficient of detection of cases (137.7 / 100,000 inhab.) in Brazil. Objective. To analyze the epidemiological aspects of LTA in the municipality of Xapuri, State of Acre, Brazil, involving the human population, domestic dogs, vectors and the identification of Leishmania ssp. Materials and Methods. For the epidemiological evaluation, records of the human cases notified between 2008 and 2014 obtained from the epidemiological surveillance system of the municipality, were analyzed. The following variables were selected for analysis: sex, age group, schooling, clinical form, diagnosis, treatment and clinical evolution. The data were submitted to descriptive analysis and the Pearson chi-squared statistical test using the statistical package STATA. Samples of patient material (scarification of lesions fixed on slides) were also obtained from the medical center of the city during the period from November 2014 to January 2016. These samples were submitted to molecular analysis for the diagnosis of Leishmania spp. The canine survey was carried out in both urban and rural areas, in the latter rubber plantations where the disease had been reported in humans predominated. After a clinical evaluation to search for lesions and characteristic signs of leishmaniasis, samples of venous blood were collected by jugular or cephalic puncture, and when the animals presented lesions suggestive of cutaneous leishmaniasis, they were anesthetized and submitted to biopsy to harvest the lesion fragment. Samples of these fragments were submitted to parasitological techniques, inoculation in Neal, Novy and Nicolle culture medium, direct examination and molecular techniques to detect Leishmania spp. The samples were submitted to molecular analysis for the diagnosis of Leishmania spp. The phlebotomine survey was carried out in forest and the domiciliary environment of the city and in two rubber plantation areas (Seringal Cachoeira and Seringal Floresta), monthly using CDC light traps, from August 2013 to July 2015. In this period, only in the Seringal Cachoeira were collections also made using black and white Shannon traps. Collections in tree trunks and among tree roots with manual aspirators were also undertaken from January to May 2016. xi Samples of females collected by different techniques were dissected to investigate the presence of flagellates. For the analysis of the behavior of the phlebotomine fauna, ecological indexes such as Shannon, Pielou, and Standardized Species Abundance, Williams geometric mean and main component analysis were used. The Mann-Whitney test (p <0.05) was used to estimate the attractiveness of the black and white colors to sandflies. Morphometric analyses using the Gabriel test (test F, p <0.05) were made to distinguish between some taxa. For the molecular analyses of the parasites the Nested-PCR SSU rRNA technique was used using primers S4 / S12 and S17 / S18 and sequencing. Results. In the study of human cases, it was found that the disease occurs in rural and isolated populations and in individuals of both sexes, especially in children and adolescents. In 33 of the 45 patients with positive ACL, the presence of Leishmania spp DNA was detected. The domestic dogs have shown a high infection rate (20.0 per cent ) attributed to Leishmania (Viannia) sp. In the sandfly studies, 21,197 specimens (14,210 females and 7,107 males) were collected in CDC traps, and 6,309 (864 males and 5,445 females) were collected in Shannon traps. The highest frequencies, abundances and densities were of the genera Nyssomyia, Psychodopygus and Trichophoromyia collected in wild, peri and intradomiciliary environments. Nyssomyia shawi predominated in the Seringal Cachoeira, and the Trichophoromyia spp. (Th. auraensis/Th. ruifreitasi) in the Seringal Floresta. Species of the genus Psychodopygus predominated in the rainy season while those of Nyssomyia in the dry period. Natural infections by Leishmania spp were detected in Brumptomyia sp., Nyssomyia antunesi, Ny. shawi, Lutzomyia sherlocki, Psathyromyia aragaoi, Psychodopygus carrerai carrerai, Ps. davisi, Ps. hirsutus hirsutus, Ps. llanosmartinsi, Ps. lainsoni, Trichophoromyia ubiquitalis and Trichophoromyia sp. Morphological and morphometric analyses of Trichophoromyia females were suggested to distinguish Th. octavioi from Trichophoromyia spp (Th. auraensis/Th. ruifreitasi), Pa. elizabethdorvalae being described for the first time. Conclusions. ACL in Xapuri presents one profile of wild transmission and another of domiciliar transmission. Both populations, human and canine, because they live in forest environments are exposed to a high diversity of vectors and etiological agents, which increases the risk of ACL infection. The information presented here may guide the measures of control, planning of actions and definition of priorities taken by the organs of surveillance and epidemiology of the State of Acre, aiming at the early diagnosis and appropriate treatment of the human cases in Xapuri
Descritores: Biodiversidade
Transmissão de Doença Infecciosa
Vetores de Doenças
Leishmaniose Cutânea/epidemiologia
Psychodidae
-Animais Selvagens
Distribuição de Qui-Quadrado
EPIDEMIOLOGICAL SURVEILLANCE
Hevea
Leishmania
Alinhamento de Sequência
Limites: Humanos
Cães
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência
BR67.1; DR1332


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-774512
Autor: Silva-Neto, A. A.; Ferreira, P. B.; Torres, R. A.; Texeira, R. H. F.; Duarte, J. M. B.; Barbosa, A. C.; Vargas, R. C.; Garcia, J. E..
Título: Diagnostic Cytochrome b gene profiles for the identification of paca (Cuniculus paca) bushmeat: implications for the monitoring of illegal hunting and wildlife trade / Perfis diagnósticos do gene Citocromo b para a identificação molecular de paca (Cuniculus paca): implicações para a detecção e monitoramento de caça e comércio ilegal
Fonte: Braz. j. biol;76(1):55-58, Feb. 2016. graf.
Idioma: en.
Projeto: Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco.
Resumo: Abstract Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) is the second largest rodent found in Brazil. The quality of the meat and a long tradition of hunting have contributed to the decline of the natural populations of this species. Hunting of paca is strictly prohibited in Brazil, but in spite of this restriction, no forensic tools are available for the identification of the meat. We describe an efficient method, based on single nucleotide polymorphisms of the cytochrome b gene, that can be used to differentiate biological material derived from paca from those of domestic species commonly used as sources of meat. The identification of the presence of C. paca in the samples was 100% reliable.

Resumo Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) é o segundo maior roedor brasileiro. A qualidade da carne e a forte tradição da caça de subsistência são fatores que contribuem significativamente para o declínio das populações. Apesar da proibição a caça no Brasil, no momento ainda não há ferramentas disponíveis para identificar a carne e seus produtos como prova forense. Neste trabalho propomos um método eficaz de identificação, baseado em polimorfismos de único nucleotídeo no gene Citocromo b, objetivando diferenciar material biológico de paca das espécies domésticas comumente utilizadas como alimento no Brasil. A identificação das amostras de paca foram possíveis em 100% das amostras analisadas.
Descritores: Conservação dos Recursos Naturais/métodos
Cuniculidae/genética
Citocromos b/análise
Carne/análise
-Sequência de Aminoácidos
Brasil
Cuniculidae/classificação
Carne/classificação
Alinhamento de Sequência
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-764585
Autor: Niño, Carlos H; Forero-Baena, Nicolás; Contreras, Luis E; Sánchez-Lancheros, Diana; Figarella, Katherine; Ramírez, María H.
Título: Identification of the nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase of Trypanosoma cruzi
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;110(7):890-897, Nov. 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: DIB-UNAL; . IDEA Foundation.
Resumo: The intracellular parasite Trypanosomacruzi is the aetiological agent of Chagas disease, a public health concern with an increasing incidence rate. This increase is due, among other reasons, to the parasite’s drug resistance mechanisms, which require nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+). Furthermore, this molecule is involved in metabolic and intracellular signalling processes necessary for the survival of T. cruzithroughout its life cycle. NAD+biosynthesis is performed by de novo and salvage pathways, which converge on the step that is catalysed by the enzyme nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase (NMNAT) (enzyme commission number: 2.7.7.1). The identification of the NMNAT of T. cruziis important for the development of future therapeutic strategies to treat Chagas disease. In this study, a hypothetical open reading frame (ORF) for NMNAT was identified in the genome of T. cruzi.The corresponding putative protein was analysed by simulating structural models. The ORF was amplified from genomic DNA by polymerase chain reaction and was further used for the construction of a corresponding recombinant expression vector. The expressed recombinant protein was partially purified and its activity was evaluated using enzymatic assays. These results comprise the first identification of an NMNAT in T. cruziusing bioinformatics and experimental tools and hence represent the first step to understanding NAD+ metabolism in these parasites.
Descritores: Nicotinamida-Nucleotídeo Adenililtransferase/metabolismo
Trypanosoma cruzi/enzimologia
-Sequência de Aminoácidos
Modelos Moleculares
Dados de Sequência Molecular
Nicotinamida-Nucleotídeo Adenililtransferase/genética
Alinhamento de Sequência
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-763100
Autor: Hoyos-López, Richard; Soto, Sandra Uribe; Rúa-Uribe, Guillermo; Gallego-Gómez, Juan Carlos.
Título: Molecular identification of Saint Louis encephalitis virus genotype IV in Colombia
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;110(6):719-725, Sept. 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: COLCIENCIAS.
Resumo: Saint Louis encephalitis virus (SLEV) is a member of the Japanese-encephalitis virus serocomplex of the genus Flavivirus. SLEV is broadly distributed in the Americas and the Caribbean Islands, where it is usually transmitted by mosquitoes of the genus Culex and primarily to birds and mammalian-hosts. Humans are occasionally infected by the virus and are dead-end hosts. SLEV causes encephalitis in temperate regions, while in tropical regions of the Americas, several human cases and a wide biological diversity of SLEV-strains have been reported. The phylogenetic analysis of the envelope (E) protein genes indicated eight-genotypes of SLEV with geographic overlap. The present paper describes the genotyping of two SLEV viruses detected in mosquito-pools collected in northern Colombia (department of Cordoba). We used reverse transcription-polymerase chain reaction to amplify a fragment of theE-gene to confirm the virus identity and completeE-gene sequencing for phylogenetic analysis and genotyping of the two-SLEV viruses found circulating in Córdoba. This is the first report of SLEV genotype IV in Colombia (Córdoba) in mosquitoes from a region of human inhabitation, implicating the risk of human disease due to SLEV infection. Physicians should consider SLEV as a possible aetiology for undiagnosed febrile and neurologic syndromes among their patients who report exposure to mosquito-bites.
Descritores: Culicidae/virologia
Vírus da Encefalite de St. Louis/genética
Proteínas do Envelope Viral/genética
-Colômbia
Sequência Consenso
Código de Barras de DNA Taxonômico
Monitoramento Epidemiológico
Vírus da Encefalite de St. Louis/classificação
Genótipo
Filogenia
Polimorfismo Genético/genética
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Alinhamento de Sequência
Limites: Animais
Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Rácz, Maria Lúcia
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Id: lil-763094
Autor: Bertol, Jéssica Wildgrube; Fregolente, Maria Clara Duarte; Caruzo, Thabata Alessandra Ramos; Silva, Márcio José da; Munford, Veridiana; Sáfadi, Marco Aurélio Palazzi; Rácz, Maria Lucia; Gatti, Maria Silvia Viccari.
Título: Molecular characterisation of the NSP4 gene of group A human rotavirus G2P[4] strains circulating in São Paulo, Brazil, from 1994 and 2006 to 2010
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;110(6):786-792, Sept. 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP; . FAPESP.
Resumo: Group A human rotaviruses (HuRVA) are causative agents of acute gastroenteritis. Six viral structural proteins (VPs) and six nonstructural proteins (NSPs) are produced in RV-infected cells. NSP4 is a diarrhoea-inducing viral enterotoxin and NSP4 gene analysis revealed at least 15 (E1-E15) genotypes. This study analysed the NSP4 genetic diversity of HuRVA G2P[4] strains collected in the state of São Paulo (SP) from 1994 and 2006-2010 using reverse transcription-polymerase chain reaction, sequencing and phylogenetic analysis. Forty (97.6%) G2P[4] strains displayed genotype E2; one strain (2.4%) displayed genotype E1. These results are consistent with the proposed linkage between VP4/VP7 (G2P[4]) and the NSP4 (E2) genotype of HuRVA. NSP4 phylogenetic analysis showed distinct clusters, with grouping of most strains by their genotype and collection year, and most strains from SP were clustered together with strains from other Brazilian states. A deduced amino acid sequence alignment for E2 showed many variations in the C-terminal region, including the VP4-binding domain. Considering the ability of NSP4 to generate host immunity, monitoring NSP4 variations, along with those in the VP4 or VP7 protein, is important for evaluating the circulation and pathogenesis of RV. Finally, the presence of one G2P[4]E1 strain reinforces the idea that new genotype combinations emerge through reassortment and independent segregation.
Descritores: Antígenos Virais/isolamento & purificação
Glicoproteínas/genética
RNA Viral/genética
Rotavirus/genética
Toxinas Biológicas/genética
Proteínas não Estruturais Virais/genética
-Sequência de Aminoácidos
Sequência de Bases
Brasil
Fezes/virologia
Variação Genética
Genótipo
Ligação Genética/genética
Técnicas Imunoenzimáticas
Dados de Sequência Molecular
Filogenia
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
RNA Viral/isolamento & purificação
Rotavirus/classificação
Rotavirus/imunologia
Alinhamento de Sequência
Limites: Adulto
Criança
Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-757064
Autor: Truszkowski, Martín; Moreno, Rodolfo P; Santos, Silvia N; Moreno, Guillermo E; Iolster, Thomas; Siaba Serrate, Alejandro; Landry, Luis; Ratto, María Elena; Rufach, Daniel; Fernández, Analía; Vassallo, Juan C; Buamscha, Daniel; Debaisi, Gustavo; Yulitta, Horacio.
Autor: Grupo de Investigación Clínica y Epidemiológica en Terapia Intensiva Pediátrica.
Título: Características de las residencias de terapia intensiva pediátrica de la República Argentina: Encuesta nacional / Characteristics of pediatric intensive care residency programs in Argentina: A national survey
Fonte: Arch. argent. pediatr;113(5):425-432, oct. 2015. graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. La residencia de terapia intensiva pediátrica (TIP) tiene pocos años de desarrollo en nuestro país. Conocer su situación brinda la posibilidad de establecer estrategias para contribuir al desarrollo y capacitación de profesionales. Objetivos. 1) Describir las características de las residencias de TIP del país. 2) Evaluar si existen características que se relacionen con una mayor ocupación de las vacantes. 3) Explorar la inserción laboral en el hospital formador de los residentes. Diseño. Descriptivo, observacional. Encuesta nacional. Criterios de inclusión. Residencias de TIP funcionales entre el 1/4/2014 y el 31/5/2014. Resultados. Se analizaron 31 residencias. Solo 11/31 tenían volumen de internación anual >400 pacientes. No había normas y/o criterios de atención en 9/31. En 17/31, el programa estuvo adecuado al marco de referencia nacional. Hubo 13/31 que no contaban con jefe ni instructor de residentes. Fueron acreditadas por el Ministerio de Salud 5/31. Hubo 65 vacantes; el número aumentó en los últimos 4 años; la ocupación disminuyó de 59% en 2009 a 30% en 2013. El 60% de los residentes tuvo inserción laboral en la TIP formadora. El análisis de regresión logística multivariado identificó la variable ingresos anuales > 400 pacientes como predictora independiente de ocupación de vacantes > 60%. Conclusiones. 1) Hay un déficit en la ocupación de cargos. 2) El número de residencias acreditadas es escaso. 3) Las unidades de cuidados intensivos pediátricos con mayor número de ingresos se asociaron a una mayor cobertura de vacantes. 4) Más de la mitad de los residentes se insertaron laboralmente en la TIP formadora.

Introduction. Pediatric intensive care residency programs have been in place in Argentina for just a few years. Knowing their status offers the possibility to establish strategies to help with professional development and training. Objectives. 1) To describe the characteristics of pediatric intensive care residency programs across Argentina. 2) To assess whether certain characteristics are related to a higher vacancy filling rate. 3) To assess job placement in the hospital where residents are trained. Design. Descriptive, observational study. National survey. Inclusion criteria. Pediatric intensive care residency programs in place between April 1st, 2014 and May 31st, 2014. Results. Thirty-one residency programs were analyzed. Only 11/31 had an annual hospitalization volume >400patients. There were no guidelines and/or criteria for care in 9/31. The program suited the national reference frameworkin17/31. There was no head ofresidents or resident trainer in 13/31. Only 5/31 had been certified by the Ministry of Health. There were 65 vacancies; this number increased in the past four years; vacancy filling rate decreased from 59% in 2009 to 30% in 2013. Sixty percent of residents got a job in the pediatric intensive care unit where they were trained. A multivariate logistic regression analysis identified the outcome measure annual hospitalization volume >400 patients as an independent predictor of vacancy filling rate >60%. Conclusions. 1) Vacancy filling is deficient. 2) The number of certified residency programs is scarce. 3) Pediatric intensive care units with a higher number of hospitalizations were associated with a higher vacancy filling rate. 4) More than half of residents got a job in the pediatric intensive care unit where they were trained.
Descritores: Clonagem Molecular
Dioxigenases/genética
Frutas/genética
Expressão Gênica
Malus/genética
Proteínas de Plantas/genética
Estresse Fisiológico/genética
-Sequência de Aminoácidos
Mapeamento Cromossômico
Dioxigenases/química
Frutas/crescimento & desenvolvimento
Regulação da Expressão Gênica de Plantas
Íntrons
Dados de Sequência Molecular
Malus/classificação
Malus/crescimento & desenvolvimento
Filogenia
Regiões Promotoras Genéticas
Proteínas de Plantas/química
Sequências Reguladoras de Ácido Nucleico
Alinhamento de Sequência
Análise de Sequência de DNA
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: AR1.2 - Instituto de Investigaciónes Epidemiológicas


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Id: lil-757057
Autor: Ceriani Cernadas, José M.
Título: El desafío de mejorar la atención ambulatoria en pediatría / Improving outpatient care in pediatrics: A challenge
Fonte: Arch. argent. pediatr;113(5):386-387, oct. 2015.
Idioma: es.
Descritores: Perfilação da Expressão Gênica
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Receptores Citoplasmáticos e Nucleares/genética
Suínos/genética
-Alelos
Sequência de Aminoácidos
Clonagem Molecular
Frequência do Gene
Dados de Sequência Molecular
Especificidade de Órgãos/genética
Filogenia
Alinhamento de Sequência
Análise de Sequência de DNA
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: AR1.2 - Instituto de Investigaciónes Epidemiológicas



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