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Id: biblio-1129074
Autor: Santillán-Garzón, Sonia; Diego Álvarez, Dan; Buades, Celia; Romera-López, Alejandro; Pérez-Cabornero, Lucía; Valero-Hervás, Diana; Catanalpiedra, Diego; Felipe-Ponce, Vanesa; Hernández-Poveda, Gracia; Roca, María José; Casañs, Clara; Fernández-Pedrosa, Victoria; Collado M, Carmen; Arilla C, Ángela; Triviño P, Juan Carlos; Rodríguez C, Óscar; Marco, Guillermo; Gil, Mayte; Miñambres, Rebeca; Ballester, Alida.
Título: Diagnóstico molecular de enfermedades genéticas: del diagnóstico genético al diagnóstico genómico con la secuenciación masiva / Molecular diagnosis of genetic diseases: from genetic to genomic diagnosis using next generation sequencing
Fonte: Rev. Méd. Clín. Condes;26(4):458-469, jul. 2015. ilus, tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: En la actualidad se conocen 8.000 enfermedades genéticas monogénicas. La mayoría de ellas son heterogéneas, por lo que el diagnóstico molecular por técnicas convencionales de secuenciación suele ser largo y costoso debido al gran número de genes implicados. El tiempo estimado para el diagnóstico molecular se encuentra entre 1 y 10 años, y este retraso impide que los pacientes reciban medidas terapéuticas y de rehabilitación específicas, que sus familiares entren en programas preventivos y que reciban asesoramiento genético. La secuenciación masiva está cambiando el modelo de diagnóstico molecular de los afectos, sin embargo, los médicos y profesionales de la salud se enfrentan al dilema de la selección del método más eficiente, con el menor coste sanitario y con la mayor precisión de sus resultados. El objetivo de este trabajo es revisar la tecnología de secuenciación masiva y definir las ventajas y los problemas en su utilización.

Currently 8000 monogenic genetic diseases are known. Most of them are heterogeneous, so their molecular diagnosis by conventional sequencing techniques is labour intensive and time consuming due to the large number of genes involved. The estimated time is between 1 and 10 years for molecular diagnosis and this delay prevents patients from receiving therapy and rehabilitation measures, and their families from entering prevention programs and being given genetic counselling. Next generation sequencing (NGS) is changing the model of molecular diagnosis of patients; however, doctors and health professionals are faced with the dilemma of choosing the most efficient method, with lower health care costs and the most accurate results. The aim of this paper is to review the NGS technology and define the advantages and problems in the use of this technology.
Descritores: Doenças Genéticas Inatas/diagnóstico
Doenças Genéticas Inatas/genética
-Biologia Computacional
Genômica
Técnicas de Diagnóstico Molecular
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Limites: Humanos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Texto completo SciELO Brasil
Asensi, Marise Dutra
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Id: biblio-1039202
Autor: Rusak, Leonardo Alves; Junqueira, Ricardo Magrani; Hofer, Ernesto; Vallim, Deyse Christina; Asensi, Marise Dutra.
Título: Next-generation sequencing virulome analysis of a Yersinia enterocolitica subsp. palearctica bioserotype 4/O: 3 ST18 isolated from human blood in Brazil
Fonte: Braz. j. infect. dis;21(5):550-553, Sept.-Oct. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Yersinia enterocolitica is a widespread Gram-negative bacterium that causes gastrointestinal disease and other clinical manifestations in humans. Potentially pathogenic Y. enterocolitica has been isolated in Brazil, from human, environmental, food, and animal sources. Herein we report a genome sequence of Y. enterocolitica subsp. palearctica strain YE 19, serotype O:3, biotype 4, sequence type 18, with virulence determinants isolated from human blood in Rio de Janeiro in 2005. The results corroborate other findings that this strain harbors a set of virulence determinants that could play a role in host pathoadaptation and may also justify the successful dissemination of bioserotype 4/O:3 in Brazil. The presence of strains harboring all of these virulence genes in Brazil is a potential threat to young children and immunocompromised individuals, for whom yersiniosis are a significant source of morbidity and mortality. The results of a genomic data analysis will help understand the virulence of Brazilian strains and provide data for Y. enterocolitica studies worldwide.
Descritores: Yersinia enterocolitica/genética
Yersinia enterocolitica/patogenicidade
Genoma Bacteriano/genética
Fatores de Virulência/genética
-Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-1088967
Autor: Çavdarlı, Cemal; Şahlı, Esra; Çavdarlı, Büşranur; Alp, Mehmet Numan.
Título: Regression of macular edema with topical brinzolamide and nepafenac alone and identification of a novel gyrate atrophy mutation / Regressão de edema macular com o uso tópico de brinzolamida e nepafenac e identificação de uma nova mutação na atrofia girata
Fonte: Arq. bras. oftalmol;83(2):149-152, Mar.-Apr. 2020. graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT Gyrate atrophy is a rare metabolic autosomal recessive disorder caused by ornithine aminotransferase enzyme deficiency that leads to characteristic progressive, degenerative chorioretinal findings. Patients complain mostly of low vision, night blindness, and peripheral vision loss. Posterior subcapsular cataract, myopia, choroid neovascularization, and intraretinal cysts may be accompanying factors related to vision loss. We encountered a patient with vision loss secondary to posterior subcapsular cataract and intraretinal cysts. After treatment with topical brinzolamide and nepafenac (and without any diet mo dification and/or supplementation), we observed 143- and 117-mm macular thickness resolutions with 2 and 1 Snellen lines of visual gain in his right and left eyes, respectively. Also, we detected a novel homozygous mutation in the ornithine aminotransferase gene: c.1253T>C (p.Leu418Pro). Carbonic anhydrase inhibitors and/or non-steroid anti-inflammatory drugs can control macular edema in patients with gyrate atrophy-associated intraretinal cysts. The genetic variants may also be a determinant in the responsiveness to the therapy type.

RESUMO A atrofia girata é um distúrbio autossômico recessivo metabólico raro causado pela deficiência da enzima ornitina ami notransferase, que leva a achados degenerativos coriorretinianos progressivos característicos. Os pacientes queixam-se principalmente de baixa visão, cegueira noturna e perda de vi são periférica. A catarata subcapsular posterior, a miopia, a neovascularização da coróide e os cistos intrarretinianos podem ser fatores associados à perda da visão. Encontramos um paciente com perda de visão secundária à catarata subcapsular posterior e cistos intrarretinianos. Após o tratamento com brinzolamida tópica e nepafenaco (e sem modificação e/ou suplementação da dieta), observamos resoluções de espessura macular de 143 e 117 mm e com 2 e 1 linhas de Snellen de ganho visual nos olhos direito e esquerdo, respectivamente. Além disso, detectamos uma nova mutação homozigótica no gene da ornitina aminotransfera se: c.1253T>C (p.Leu418Pro). Inibidores da anidrase carbônica e/ou drogas anti-inflamatórias não esteróides podem controlar o edema macular em pacientes com cistos intrarretinianos associados à atrofia girata. As variantes genéticas também podem ser determinantes na responsividade ao tipo de terapia.
Descritores: Fenilacetatos/administração & dosagem
Inibidores da Anidrase Carbônica/administração & dosagem
Atrofia Girata/genética
Anti-Inflamatórios não Esteroides/administração & dosagem
Edema Macular/tratamento farmacológico
Benzenoacetamidas/administração & dosagem
-Ornitina-Oxo-Ácido Transaminase/genética
Sulfonamidas/administração & dosagem
Tiazinas/administração & dosagem
Angiofluoresceinografia
Edema Macular/diagnóstico por imagem
Tomografia de Coerência Óptica
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Administração Oftálmica
Mutação
Limites: Humanos
Masculino
Adulto
Tipo de Publ: Relatos de Casos
Carta
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1120591
Autor: Sánchez-Sanhueza, Gabriela.
Título: Advantages of new generation sequencing by synthesis for the study of bacterial communities in root canal therapy
Fonte: J. oral res. (Impresa);7(3):93-93, mar. 28, 2018.
Idioma: en.
Descritores: Periodontite Periapical/microbiologia
DNA Bacteriano/análise
Cavidade Pulpar/microbiologia
Microbiota
-Bactérias/classificação
RNA Ribossômico 16S/genética
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Comentário
Responsável: CL30.1 - Biblioteca


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Id: biblio-1087512
Autor: Han, Xufeng; Shao, Haiyan; Wang, Yi; Hu, Ankang; Chen, Renjin; Chen, Quangang.
Título: Composition of the bacterial community in the gastrointestinal tract of Kunming mice
Fonte: Electron. j. biotechnol;43:16-22, Jan. 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: Scientific Research Foundation for the Excellent Talents of Xuzhou Medical University; . Natural Science Foundation of Jiangsu province; . Nature Science Foundation of Jiangsu Higher Education Institutions of China; . Applied Basic Research Program of Xuzhou Jiangsu.
Resumo: Background: The intestinal bacterial community has an important role in maintaining human health. Dysbiosis is a key inducer of many chronic diseases including obesity and diabetes. Kunming mice are frequently used as a model of human disease and yet little is known about the bacterial microbiome resident to the gastrointestinal tract. Results: We undertook metagenomic sequencing of the luminal contents of the stomach, duodenum, jejunum, ileum, cecum, colon, and rectum of Kunming mice. Firmicutes was the dominant bacterial phylum of each intestinal tract and Lactobacillus the dominant genus. However, the bacterial composition differed among the seven intestinal tracts of Kunming mice. Compared with the small intestine, the large intestine bacterial community of Kunming mice is more stable and diverse. Conclusions: To our knowledge, ours is the first study to systematically describe the gastrointestinal bacterial composition of Kunming mice. Our findings provide a better understanding of the bacterial composition of Kunming mice and serves as a foundation for the study of precision medicine.
Descritores: Bactérias/isolamento & purificação
Trato Gastrointestinal/microbiologia
-Bactérias/genética
RNA Ribossômico 16S
Reação em Cadeia da Polimerase
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Firmicutes/isolamento & purificação
Microbioma Gastrointestinal
Lactobacillus/isolamento & purificação
Limites: Animais
Camundongos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1103878
Autor: Mehta, Anurag; Vasudevan, Smreti; Sharma, Sanjeev Kumar; Panigrahi, Manoj; Suryavanshi, Moushumi; Saifi, Mumtaz; Batra, Ullas.
Título: Biomarker testing for advanced lung cancer by next-generation sequencing; a valid method to achieve a comprehensive glimpse at mutational landscape
Fonte: Appl. cancer res;40(4):[1-12], 01 june 2020. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Background: Next-generation sequencing (NGS) based assay for finding an actionable driver in non-small-cell lung cancer is a less used modality in clinical practice. With a long list of actionable targets, limited tissue, arduous single-gene assays, the alternative of NGS for broad testing in one experiment looks attractive. We report here our experience with NGS for biomarker testing in hundred advanced lung cancer patients. Methods: Predictive biomarker testing was performed using the Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel V2 (30 tumors) and Oncomine™ Solid Tumor DNA and Oncomine™ Solid Tumor Fusion Transcript kit (70 tumors) on IonTorrent sequencing platform. Results: One-seventeen distinct aberrations were detected across 29 genes in eighty-six tumors. The most commonly mutated genes were TP53 (43% cases), EGFR (23% cases) and KRAS (17% cases). Thirty-four patients presented an actionable genetic variant for which targeted therapy is presently available, and fifty-two cases harbored non-actionable variants with the possibility of recruitment in clinical trials. NGS results were validated by individual tests for detecting EGFR mutation, ALK1 rearrangement, ROS1 fusion, and c-MET amplification. Compared to single test, NGS exhibited good agreement for detecting EGFR mutations and ALK1 fusion (sensitivity- 88.89%, specificity- 100%, Kappa-score 0.92 and sensitivity- 80%, specificity- 100%, Kappa-score 0.88; respectively). Further, the response of patients harboring tyrosine kinase inhibitor (TKI) sensitizing EGFR mutations was assessed. The progression-free-survival of EGFR positive patients on TKI therapy, harboring a concomitant mutation in PIK3CAmTOR and/or RAS-RAF-MAPK pathway gene and/or TP53 gene was inferior to those with sole-sensitizing EGFR mutation (2 months vs. 9.5 months, P = 0.015). Conclusions: This is the first study from South Asia looking into the analytical validity of NGS and describing the mutational landscape of lung cancer patients to study the impact of co-mutations on cancer biology and treatment outcome. Our study demonstrates the clinical utility of NGS testing for identifying actionable variants and making treatment decisions in advanced lung cancer
Descritores: Biomarcadores Tumorais
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Neoplasias Pulmonares
-Mutação
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: biblio-1102465
Autor: Santiago, Karina Miranda.
Título: Perfil genômico da síndrome do xeroderma pigmentoso no Brasil: avaliação de alterações germinativas e somáticas / Genomic profile of xeroderma pigmentosum syndrome in Brazil: assessment of germline and somatic alterations.
Fonte: São Paulo; s.n; 2020. 99 p. figuras, tabelas.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A síndrome do Xeroderma Pigmentoso (XP) ocorre frente à herança monogênica e bialélica de variantes germinativas patogênicas de perda ou redução de função em genes das vias de reparo por excisão de nucleotídeos ou síntese translesão. Consequentemente, é estabelecida deficiência na correção de lesões induzidas, principalmente por radiação ultravioleta, favorecendo alta sensibilidade à radiação solar e risco aumentado para o desenvolvimento de múltiplas lesões cutâneas pré-malignas e malignas. Visto que a heterogeneidade na manifestação clínica da síndrome é uma questão em discussão na literatura, para investigar este aspecto propusemos avaliar o perfil de variantes germinativas e variantes somáticas de tumores cutâneos e não cutâneos de indivíduos portadores de XP. Foi realizado o sequenciamento de alto desempenho utilizando a plataforma NextSeq (Illumina) para avaliar as regiões codificantes de 114 genes selecionados pela sua relevância em desordens dermatológicas, tumorigênese e fisiologia cutânea e resposta de dano ao DNA. Seis pacientes com fenótipo clínico da síndrome do XP e portadores de variantes germinativas clinicamente relevantes nos genes XPC ou POLH/XPV foram avaliados no estudo. Variantes germinativas de significado incerto foram identificadas, em heterozigose, no DNA de leucócito de cinco dos seis pacientes avaliados ocorrendo nos genes DNAH11, PCDHB3, RGS22, SLC27A5, TTN e UGT2B10 e nenhuma das variantes identificadas apresentou perda de heterozigose do alelo selvagem nos tecidos tumorais. O polimorfismo de risco para carcinoma basocelular de pele (CBC) rs3769823[A] no gene CASP8 não foi identificado em apenas um caso do estudo, o qual desenvolveu o menor número de tumores. O polimorfismo de risco rs1126809[A] no gene TYR foi detectado apenas no caso que apresentou o maior número de CBC. Amostras de DNA de nove CBCs de tecido armazenado em parafina e duas amostras de tumor gástrico de uma mesma peça cirúrgica, de tecido armazenado em parafina e congelado a fresco, foram avaliadas de forma pareada com o DNA de leucócito correspondente, para pesquisa de variantes somáticas. Variantes somáticas não foram identificadas na amostra de CBC da paciente XP-C com fenótipo menos agressivo da síndrome. O total de 235 variantes missense e 29 variantes de perda de função foram identificadas em 71 genes para sete amostras de CBC, mínimo de 11 e máximo de 127 variantes por amostra, com 85,2% destas apresentando frequência alélica ≥20%. Com exceção de um CBC, mais de 95% das variantes somáticas identificadas representam alterações tipicamente fotoinduzidas (C:G>T:A e G:C>T:A). Embora pacientes XP acumulem maior número de mutações devido deficiência no mecanismo de reparo, não observamos carga mutacional diferente do observado em CBCs esporádicos. Vinte e sete genes apresentaram variantes somáticas em mais de uma amostra de CBC. Nenhum gene foi compartilhado entre as sete amostras de CBC. Entre os genes alterados em maior número de tumores estão incluídos genes drivers de CBC (LATS1, NOTCH2, PTCH1, PTPN14 e TP53), bem como genes não clássicos na carcinogênese do CBC (APC, FLG e TTN). Uma variante driver em SMO foi recorrente em três CBCs de um mesmo paciente. Duas variantes somáticas foram identificadas no tumor gástrico de tecido congelado a fresco ocorrendo nos genes GLI3 e RB1, não sendo as mesmas detectadas no tecido armazenado em parafina. Nesse trabalho, ressalta-se a heterogeneidade na manifestação clínica da síndrome do XP e a identificação de dois polimorfismos de risco, bem como destaca-se o papel central das vias Sonic Hedgehog e Hippo na carcinogênese do CBC de pacientes XP (AU)

The Xeroderma Pigmentosum (XP) syndrome occurs on base of biallelic inheritance of pathogenic germline variants of loss of function or function reduction in genes that plays role in nucleotide excision repair and translesion synthesis. Consequently, patients are deficient in correct DNA lesions mainly induced by ultraviolet radiation, present high sensitivity to solar radiation and increased risk for the development of multiple premalignant and malignant skin lesions. Since the heterogeneity in the clinical manifestation is under constantly discussion in the literature, to investigate it we proposed to explore the profile of germline variants and somatic variants in skin and non-skin tumors from XP patients. High-performance sequencing using the NextSeq (Illumina) platform was performed to assess the coding regions of 114 genes selected for their relevance in dermatological disorders, skin carcinogenesis, cutaneous physiology and DNA damage response. Six patients with clinical phenotype of XP syndrome and carriers of clinically relevant germline variants in the XPC or POLH/XPV genes were evaluated in the study. Heterozygous germline variants of uncertain significance were identified in the leukocyte DNA from five of the six patients occurring in DNAH11, PCDHB3, RGS22, SLC27A5, TTN and UGT2B10 genes. None of the identified variants showed loss of heterozygosity of the wild allele in tumor tissues. The CASP8 risk polymorphism for basal cell carcinoma of the skin (BCC) rs3769823[A] was not identified in only one case of the study which developed the minor number of tumors. The TYR risk polymorphism rs1126809[A] was detected only in the case with the highest number of BCC. Somatic variants were investigated in DNA from nine samples of BCCs (tissue stored in paraffin) and two samples of gastric tumor from the same surgical (tissue stored in paraffin and fresh frozen), all paired with the corresponding leukocyte DNA. Somatic variants were not identified in the BCC sample of XP-C patient with a less aggressive syndrome phenotype. A total of 235 missense variants and 29 loss of function variants were identified in 71 genes for seven BCC samples. A minimum of 11 and a maximum of 127 variants per sample were detected, with 85.2% showing an allelic frequency ≥20%. Except for one BCC, more than 95% of the identified somatic variants represented typically photoinduced mutations (C:G>T:A and G:C>T:A). Although XP patients accumulate a greater number of mutations due to deficiency in the repair mechanism, we did not observe different mutational load compared with sporadic BCCs. Twenty-seven genes showed somatic variants in more than one BCC sample. Genes shared between the seven BCC samples were not found. Among the altered genes in a greater number of tumors, it was identified BCC driver genes (LATS1, NOTCH2, PTCH1, PTPN14 and TP53), as well as genes non-classical for BCC carcinogenesis (APC, FLG and TTN). A driver variant in SMO was recurrent in three BCCs from the same patient. Two somatic variants in GLI3 and RB1 genes were identified occurring only in the fresh frozen tissue of gastric tumor, not in the tissue stored in paraffin. In this work, the heterogeneous clinical manifestation of XP syndrome is highlighted, as well as the identification of two risk polymorphisms. In addition, this work emphasizes the central role of the Sonic Hedgehog and Hippo pathways in BCC carcinogenesis of XP patients.
Descritores: Neoplasias Cutâneas
Neoplasias Gástricas
Xeroderma Pigmentoso
Carcinoma Basocelular
Reparo do DNA
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
-Raios Ultravioleta
Limites: Humanos
Masculino
Pessoa de Meia-Idade
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: biblio-1100762
Autor: Vaccaro, Carlos Alberto; Pavicic, Walter; Gadano, Adrián; Risk, Marcelo; Figari, Marcelo; Llesuy, Susana; Piñero, Tamara; Trinks, Julieta; Burgos, Valeria; Mazzini, Flavia; Arbelbide, Jorge; Basquiera, Ana; Bolontrade, Marcela; Giménez, María Isabel; Jauk, Federico; Argüero, Julieta.
Título: Investigación traslacional en microbioma (InTraMic): un área de interés común y creciente en el IMTIB, Hospital Italiano e Instituto Universitario / Translational research in microbiome (InTraMic): an area of common and growing interest at IMTIB, Hospital Italiano and Instituto Universitario
Fonte: Rev. Hosp. Ital. B. Aires (2004);40(1):17-24, mar. 2020. ilus.
Idioma: es.
Resumo: Se estima que aproximadamente 100 trillones de microorganismos (incluidos bacterias, virus y hongos) residen en el intestino humano adulto y que el total del material genético del microbioma es 100 veces superior al del genoma humano. Esta comunidad, conocida como microbioma se adquiere al momento del nacimiento a través de la flora comensal de la piel, vagina y heces de la madre y se mantiene relativamente estable a partir de los dos años desempeñando un papel crítico tanto en el estado de salud como en la enfermedad. El desarrollo de nuevas tecnologías, como los secuenciadores de próxima generación (NGS), permiten actualmente realizar un estudio mucho más preciso de ella que en décadas pasadas cuando se limitaba a su cultivo. Si bien esto ha llevado a un crecimiento exponencial en las publicaciones, los datos sobre las poblaciones Latinoamérica son casi inexistentes. La investigación traslacional en microbioma (InTraMic) es una de las líneas que se desarrollan en el Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). Esta se inició en 2018 con la línea de cáncer colorrectal (CCR) en una colaboración con el Colorectal Cancer Research Group del Leeds Institute of Medical Research en el proyecto Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents. A fines de 2019 se cumplió el objetivo de comprobar la factibilidad de la recolección, envío y análisis de muestras de MBF en 5 continentes, incluyendo muestras provenientes de la Argentina, Chile, India y Vietnam. Luego de haber participado de capacitaciones en Inglaterra, se ha cumplido con el objetivo de la etapa piloto, logrando efectivizar la recolección, envío y análisis metagenómico a partir de la secuenciación de la región V4 del ARNr 16S. En 2019, la línea de enfermedad de hígado graso no alcohólico se sumó a la InTraMic iniciando una caracterización piloto en el marco de una colaboración con el laboratorio Novartis. Los resultados de ese estudio, así como el de cáncer colorrectal, están siendo enviados a publicación. En 2020, con la incorporación de la línea de trasplante alogénico de células progenitoras hematopoyéticas, fue presentado un proyecto para un subsidio del CONICET que ha superado la primera etapa de evaluación. En el presente artículo se brinda una actualización sobre la caracterización taxonómica de microbioma y se describen las líneas de investigación en curso. (AU)

It is estimated that approximately 100 trillion microorganisms (including bacteria, viruses, and fungi) reside in the adult human intestine, and that the total genetic material of the microbiome is 100 times greater than that of the human genome. This community, known as the microbiome, is acquired at birth through the commensal flora of the mother's skin, vagina, and feces and remains relatively stable after two years, playing a critical role in both the state of health and in disease. The development of new technologies, such as next-generation sequencers (NGS), currently allow for a much more precise study of it than in past decades when it was limited to cultivation. Although this has led to exponential growth in publications, data on Latin American populations is almost non-existent. Translational research in microbiome (InTraMic) is one of the lines developed at the Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). This started in 2018 with the Colorectal Cancer Line (CRC) in a collaboration with the Colorectal Cancer Research Group of the Leeds Institute of Medical Research in the project "Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents". At the end of 2019, the objective of verifying the feasibility of collecting, sending and analyzing MBF samples on 5 continents, including samples from Argentina, Chile, India and Vietnam, was met. After having participated in training in England, the objective of the pilot stage has been met, achieving the collection, delivery and metagenomic analysis from the sequencing of the V4 region of the 16S rRNA. In 2019, the non-alcoholic fatty liver disease line joined InTraMic, initiating a pilot characterization in the framework of a collaboration with the Novartis laboratory. The results of that study, as well as that of colorectal cancer, are being published. In 2020, with the incorporation of the allogeneic hematopoietic stem cell transplantation line, a project was presented for a grant from the CONICET that has passed the first stage of evaluation. This article provides an update on the taxonomic characterization of the microbiome and describes the lines of ongoing research. (AU)
Descritores: Pesquisa Médica Translacional/organização & administração
Microbioma Gastrointestinal/genética
-Transplante Homólogo
Vietnã
Aztreonam/uso terapêutico
RNA Ribossômico 16S/análise
Neoplasias Colorretais/genética
Neoplasias Colorretais/microbiologia
Neoplasias Colorretais/epidemiologia
Classificação/métodos
Transplante de Células-Tronco Hematopoéticas
Metagenômica
Pesquisa Médica Translacional/métodos
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/tendências
Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/genética
Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/microbiologia
Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/patologia
Hepatopatia Gordurosa não Alcoólica/epidemiologia
Microbioma Gastrointestinal/fisiologia
Índia
América Latina
Sangue Oculto
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: AR2.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1023627
Autor: Knijn, Nikki; Water, Carlijn van de; Vliet, Shannon van; Meijer, Jos; Riemersma, Sietske; Tebar, Maria; Punt, Cornelis; Mekenkamp, Leonie; Simmer, Femke; Nagtegaal, Iris.
Título: Sequencing of RAS/RAF pathway genes in primary colorectal cancer and matched liver and lung metastases
Fonte: Appl. cancer res;39:1-7, 2019. ilustr..
Idioma: en.
Resumo: Background: Mutations in the RAS/RAF pathway predict resistance to anti-epidermal growth factor receptor antibodies in colorectal cancer (CRC), and may be targets for future therapies. This study investigates concordance of BRAF, HRAS, KRAS, NRAS and PIK3CA mutation status in primary CRC with matched liver (n = 274), lung (n = 114) or combined liver and lung metastases (n = 14). Methods: Next generation sequencing was performed on DNA from formalin-fixed paraffin embedded CRC and matched liver and/or lung metastases, for recurrent mutations in BRAF, HRAS, KRAS, NRAS and PIK3CA and using the single-molecule molecular inversion probe method. Results: Paired sequencing results on all five genes were reached in 249 of the 402 cases (62%). The obtained number of unique reads was not always sufficient to confidently call the absence or presence of mutations for all regions of interest. The mutational status of matched pairs was highly concordant; 91.1% concordance for all five genes, 95.5% for KRAS, 99.1% for NRAS. Lung metastases more often harboured RAS mutations compared to liver metastases (71% vs. 48%, p < 0.001). Conclusions: In this large series of CRC we show that both primary tumors and corresponding metastases can be used to determine the mutational status for targeted therapy, given the high concordance rates. Next generation sequencing including a single molecule tags is feasible, however in combination with archival formalin-fixed paraffin embedded material is limited by coverage depth.
Descritores: Neoplasias Colorretais/genética
Proteínas ras/genética
Proteínas Proto-Oncogênicas B-raf/genética
Neoplasias Hepáticas/genética
Neoplasias Pulmonares/genética
-Sequência de Bases
Neoplasias Colorretais/patologia
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Neoplasias Hepáticas/secundário
Neoplasias Pulmonares/secundário
Mutação/genética
Limites: Humanos
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: biblio-1049750
Autor: Beltrami, Caroline Moraes.
Título: Alterações germinativas em pacientes com câncer de reto em idade jovem / Germline alterations in patients with rectal cancer at a young age.
Fonte: São Paulo; s.n; 2019. 148 p. ilust, tabelas, quadros.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer colorretal (CCR) é o terceiro tipo de câncer mais comum no mundo e a segunda causa de morte por câncer. Dados atuais apontam que o câncer de reto (CaRe) contribui para a maior incidência de CCR observada em pacientes jovens e é responsável por um aumento destes tumores em cerca de 75% nos últimos 40 anos. As variantes germinativas são reportadas em 14 a 16% dos indivíduos jovens com CCR, independente de história familiar de câncer. Ainda assim, a causa do desenvolvimento de CCR na maioria dos casos de indivíduos jovens ou famílias com múltiplos indivíduos afetados permanece desconhecida. Neste estudo, foram investigadas variantes germinativas em 76 pacientes com CaRe incluindo 29 classificados pelos critérios de Amsterdam I/II para a Síndrome de Lynch (Grupo 1) e 47 pacientes com idade igual ou inferior 40 anos (Grupo 2). O objetivo principal foi identificar variantes em 93 genes relacionados ao câncer que possam contribuir para o risco de desenvolvimento da doença usando sequenciamento de alto desempenho. Quinze variantes foram selecionadas e avaliadas em membros de oito famílias. Foram identificadas 153 variantes envolvendo 65 genes. Pacientes com câncer de reto apresentaram alta frequência de variantes germinativas em ATM (19%), APC (10%) e BRCA2 (9%). Variantes patogênicas ou likely-patogênicas foram identificadas em genes de alta (MSH2, MSH6, MLH1, MUTYH e BRCA2), moderada (ATM) e baixa (MTHFR e NOTCH1) penetrância, em 18% (14/76) dos pacientes, concordante com dados da literatura. Variantes características da Síndrome de Lynch foram identificadas em seis pacientes (6/76) e variantes associadas à polipose no gene MUTYH, em dois pacientes (2/76). Variantes patogênicas ou likely-patogênicas foram identificadas em 17% (8/47) dos pacientes jovens, especialmente em MUTYH (3/47), MTHFR (2/47), ATM, MSH6 e MLH1 (1/47 cada). Dentre estes, dois de 14 pacientes não reportaram câncer na família e seis tiveram pelo menos um caso de câncer na família, mas não preencheram os critérios clínicos para síndrome de predisposição hereditária ao câncer. Este estudo revelou 25 variantes novas (não identificadas em bancos de dados públicos ou reportadas em literatura). Em adição, foram observadas variantes germinativas em diferentes genes das vias MMR e de recombinação homóloga, incluindo ATM, BRCA2 e POLD1. Foram identificadas 15 variantes candidatas e ou associadas ao fenótipo nos genes ATM, APC, MSH2, MTHFR, CDKN2A, MUTYH e POLD1. Essas variantes foram avaliadas em 20 indivíduos de 8 famílias, sendo confirmadas nos probandos e identificadas em mais de um membro das famílias investigadas. A identificação de genes associados à predisposição ao CaRe tem potencial importância para o delineamento de estratégias mais eficientes de diagnóstico e aconselhamento genético em famílias com um alto risco de desenvolver este tumor (AU)

Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer worldwide and the second leading cause of cancer-related death. Recent studies suggest that rectal cancer (ReCa) contributes to the higher CRC incidence observed in young patients, and it is responsible for 75% of the increased incidence in colorectal tumors over the last 40 years. Germline variants have been reported in 14-16% of patients with early-onset CRC, regardless of family history of cancer. Nonetheless, the causes of CRC onset in most young patients or families with multiple affected cases remain unknown. We investigated germline variants in 76 ReCa patients, including 29 cases classified by the Amsterdam I/II criteria for Lynch Syndrome (Group 1) and 47 early-onset ReCa patients (≤40 years old, Group 2). The main objective was to identify variants in 93 cancer-related genes that can contribute to increased risk of the disease development using next-generation sequencing. Fifteen candidate variants were evaluated in eight selected families. Next-generation sequencing revealed 153 variants involving 65 genes. ReCa patients showed high frequency of germline variants in ATM (19%), APC (10%) and BRCA2 (9%). Pathogenic or likely-pathogenic variants were observed in high (MSH2, MSH6, MLH1, MUTYH, and BRCA2), moderate (ATM) and low (MTHFR and NOTCH1) penetrance genes, in 18% (14/76) of the patients, consistent with the literature data. Variants associated with Lynch Syndrome were identified in six patients (6/76), and variants involved in MUTYH-associated polyposis in two patients (2/76). Pathogenic or likely-pathogenic variants were identified in 17% (8/47) of early-onset patients, especially in the MUTYH (3/47), MTHFR (2/47), ATM, MSH6, and MLH1 (1/47 each) genes. Among these, two of fourteen patients had no family history of cancer and six reported at least one case of cancer in the family, but none of them met clinical criteria for the hereditary cancer syndrome. This study revealed 25 new variants (not reported in public databases or previous studies). In addition, germline variants were observed in several genes involved in MMR and homologous recombination (HR) pathways, including ATM, BRCA2 and POLD1. Fifteen candidates and associated to the phenotype variants were identified in the ATM, APC, MSH2, MTHFR, CDKN2A, MUTYH, and POLD1 genes. These variants were evaluated in 20 individuals (8 families), being confirmed in the index cases and identified in more than one relative of the evaluated families. The identification of genes associated with ReCa predisposition is crucial for outlining more efficient diagnostic strategies and for improving genetic counseling for families with high risk to develop this tumor type (AU)
Descritores: DNA
Neoplasias Colorretais/genética
Hereditariedade
Detecção Precoce de Câncer
Patologia Molecular
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Pessoa de Meia-Idade
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1



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