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Id: biblio-911639
Autor: GE4GAC network members.
Título: Genomics and epidemiology for gastric adenocarcinomas
Fonte: Appl. cancer res;37:1-0, 2017. tab.
Idioma: en.
Resumo: Whereas the pathological aspects of Gastric Adenocarcinomas (GACs) have been well defined, the actual knowledge of its genesis and evolution remains to be translated to better diagnosis and to more effective therapeutics. As a consequence, the current treatment modalities are not yet able to modify the natural history of the disease, which still presents high mortality-rates worldwide. In this review we highlight the current status of relevant epidemiologic, therapeutic and genomics aspects of GACs and point to some of the current knowledge gaps that, if fully addressed, could contribute to a more effective treatment and better management of the patients that suffer from this often-lethal disease (AU)
Descritores: Prognóstico
Neoplasias Gástricas/epidemiologia
Epidemiologia
Estudo Multicêntrico
Terapia Neoadjuvante
Genômica
Microbiota
Vesículas Extracelulares
Sequenciamento Completo do Exoma
Células Neoplásicas Circulantes
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: biblio-1007843
Autor: Aguiar, Talita Ferreira Marques.
Título: Estudo genômico do tumor embrionário hepatoblastoma / Genomic study of the embryonal tumor hepatoblastoma.
Fonte: São Paulo; s.n; 2019. 247 p. ilus, tab, quadros.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antonio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O hepatoblastoma, câncer de fígado mais comum na infância, é um tumor embrionário que se supõe surgir da interrupção da diferenciação hepática durante a embriogênese. O genoma deste tipo tumoral carrega poucas alterações somáticas, principalmente aneuploidias cromossômicas e mutações em CTNNB1. Essa relativa escassez de mutações somáticas representa um desafio à estratificação de risco dos pacientes e ao desenvolvimento de terapias direcionadas. Neste trabalho, investigamos por sequenciamento de exoma o espectro de mutações somáticas em um grupo de 10 hepatoblastomas, pareados com suas respectivas amostras germinativas, incluindo um caso de tumor congênito. Os dados genômicos revelaram que os hepatoblastomas tem número reduzido de mutações somáticas codificadoras não-sinônimas (média de ~6 variantes/tumor, com exclusão do caso congênito), totalizando 94 mutações (92 diferentes) nos 10 tumores, mapeadas em 87 genes. Apenas três genes apresentaram mutações detectadas em mais de uma amostra, CTNNB1, CX3CL1 e CEP164. As mutações foram validadas pelo sequenciamento de um painel composto pelos genes identificados no exoma, também utilizado para investigar estes genes em um grupo adicional de 12 tumores; apenas mutações em CTNNB1 foram detectadas neste grupo adicional. Mutações somáticas em CTNNB1 foram detectadas em ~54% do grupo estudado (22 hepatoblastomas): sete variantes patogênicas do tipo nucleotídeo único (SNV) ou indel foram identificadas em oito hepatoblastomas (~36%), uma delas nunca previamente descrita (A21_S33del); deleções intragênicas foram detectadas por sequenciamento Sanger em quatro outros tumores (~18%). A proteína ß-catenina foi avaliada por imunohistoquímica, apresentando translocação para o núcleo, o que indica ativação da via WNT; esse resultado também foi observado em tumores nos quais mutações em CTNNB1 não foram detectadas. O principal achado do estudo do exoma de hepatoblastomas foi a identificação de uma mutação somática recorrente no éxon 3 do gene CX3CL1 (A235G), observada em dois diferentes tumores. A análise de expressão gênica e proteica de CX3CL1 e de seu receptor CX3CR1 revelou aumento de expressão de CX3CL1 em hepatoblastomas; este resultado foi replicado em duas coortes independentes. O detalhamento da análise evidenciou um padrão bimodal: (a) linfócitos infiltrados em regiões tumorais de inflamação pós-quimioterapia eram negativos para essas proteínas, que deveriam estar expressas neste tipo celular em condições normais, enquanto as células tumorais as expressavam; (b) nas áreas de necrose tumoral pós-quimioterapia, houve detecção das proteínas CX3CL1/CX3CR1 nos linfócitos, mas não nas células tumorais. Em conjunto, estes resultados sugerem que a ativação da via CX3CL1/CX3CR1 ocorre em parte dos hepatoblastomas, independentemente da detecção de mutações, o que parece ser um achado relevante, potencialmente relacionado a inflamação e/ou resistência à quimioterapia. Adicionalmente, três assinaturas mutacionais foram detectadas nos hepatoblastomas, duas delas com predomínio das assinaturas do COSMIC, HB-S1 (COSMIC 1 e 6, presentes em todos os tipos de câncer) e HB-S2, com similaridades à assinatura COSMIC 29, relacionada apenas a carcinoma oral de células escamosas (gengivo-bucal) associado ao hábito de mascar tabaco; uma nova assinatura mutacional foi observada em um subconjunto de hepatoblastomas (HB-S3), com padrão inespecífico de pequeno aumento de mutações C>A. As assinaturas mutacionais já relatadas para câncer de fígado não foram evidentes nestes hepatoblastomas, sugerindo um processo mutacional diferente em sua origem. Por fim, análise de mutações germinativas no caso de hepatoblastoma congênito levou à identificação de variantes germinativas em genes de predisposição a câncer (BRCA1 e FAH), levantando a questão do papel da predisposição genética no desenvolvimento destes tumores embrionários (AU)

Hepatoblastoma, the most common liver cancer in infancy, is an embryonal tumor supposed to arise from differentiation impairment during embryogenesis. Hepatoblastomas genomes carry few somatic changes, mainly chromosomal aneuploidies and mutations in the CTNNB1 gene. This relative paucity of somatic mutations poses a challenge to risk stratification and development of targeted therapies. In this work, we investigated the burden of somatic mutations in a cohort of 10 hepatoblastomas paired with their respective germline samples, including a case of congenital tumor. Data revealed a low number of non-synonymous somatic coding mutations (mean of ~6 variants/tumor), totalizing 94 mutations in the 10 tumors, mapped in 87 genes; only three genes exhibited mutations detected in more than one sample, CTNNB1, CX3CL1 and CEP164. Target sequencing was used for validation and screening of the mutated genes in an additional group of 12 tumors; only CTNNB1 mutations were detected in this additional group. CTNNB1 mutations were detected in ~54% of the cohort (22 hepatoblastomas): seven single nucleotide variant or indel mutations were identified in eight hepatoblastomas (~36%), including the A21_S33del mutation, not previously reported; intragenic deletions were detected by Sanger sequencing in 4 tumors (~18%). The ß-catenin protein was evaluated by immunohistochemistry, presenting translocation to the nucleus, indicating activation of the WNT pathway; this result was also observed in tumors without CTNNB1 mutations. The main finding of the exome study was the identification of a recurrent somatic mutation in the exon 3 of the CX3CL1 gene (A235G) in two different hepatoblastomas. Gene expression and protein analysis of CX3CL1 and its receptor CX3CR1 revealed increased expression of CX3CL1 in hepatoblastomas, a result that was replicated in two independent cohorts. A bimodal pattern of expression was observed: (a) lymphocytes infiltrated in tumor regions of inflammation post-chemotherapy were negative for these proteins, which should be expressed in this cell type under normal conditions, while the tumor cells expressed them; (b) in areas of tumor necrosis after chemotherapy, CX3CL1/CX3CR1 proteins were detected in lymphocytes, but not in tumor cells. Taken together, these results suggest that activation of the CX3CL1/CX3CR1 pathway occurs in part of the hepatoblastomas, regardless of mutation detection, potentially related to inflammation and/or resistance to chemotherapy. Additionally, three mutational signatures were detected, two of them with a predominance of signatures of COSMIC, HB-S1 (COSMIC 1 and 6, present in all types of cancer) and HB-S2 (COSMIC 29 signature, related only to oral cell carcinoma gingival-buccal associated with the habit of chewing tobacco). A new mutational signature was observed in a subset of hepatoblastomas (HB-S3), with a non-specific pattern of small increase in C>A mutations. Mutational signatures already reported for liver cancer were not evident in these hepatoblastomas, suggesting a different mutational process. Finally, an exploration of germline mutations in the congenital hepatoblastoma led to the identification of variants in genes of cancer predisposition (BRCA1 and FAH), raising the question of the role of genetic predisposition in the development of these embryonal tumors (AU)
Descritores: Síndrome
Hepatoblastoma
Carcinoma Embrionário
Genômica
Quimiocina CX3CL1
Via de Sinalização Wnt
Sequenciamento Completo do Exoma
Neoplasias Hepáticas/fisiopatologia
Neoplasias Hepáticas/genética
Mutação/genética
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-887085
Autor: Hegazi, Moustafa Abdelaal; Manou, Sommen; Sakr, Hazem; Camp, Guy Van.
Título: Unique autosomal recessive variant of palmoplantar keratoderma associated with hearing loss not caused by known mutations
Fonte: An. bras. dermatol;92(5,supl.1):154-158, 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Inherited Palmoplantar Keratodermas are rare disorders of genodermatosis that are conventionally regarded as autosomal dominant in inheritance with extensive clinical and genetic heterogeneity. This is the first report of a unique autosomal recessive Inherited Palmoplantar keratoderma -sensorineural hearing loss syndrome which has not been reported before in 3 siblings of a large consanguineous family. The patients presented unique clinical features that were different from other known Inherited Palmoplantar Keratodermas -hearing loss syndromes. Mutations in GJB2 or GJB6 and the mitochondrial A7445G mutation, known to be the major causes of diverse Inherited Palmoplantar Keratodermas -hearing loss syndromes were not detected by Sanger sequencing. Moreover, the pathogenic mutation could not be identified using whole exome sequencing. Other known Inherited Palmoplantar keratoderma syndromes were excluded based on both clinical criteria and genetic analysis.
Descritores: Ceratodermia Palmar e Plantar/genética
Ceratodermia Palmar e Plantar/patologia
Perda Auditiva Neurossensorial/genética
Perda Auditiva Neurossensorial/patologia
Mutação/genética
-Síndrome
Biópsia
Irmãos
Sequenciamento Completo do Exoma
Limites: Humanos
Masculino
Criança
Adolescente
Tipo de Publ: Relatos de Casos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-912064
Autor: Garzón Venegas, Eliana del Pilar; Rubio Gómez, Cladelis; Carpeta Sánchez, Suleima; Blanco Goméz, Jenny; Beltrán Moreno, Paola Andrea; Sánchez, Diana; Serrano, Claudia Juliana.
Título: Autopsia molecular en muerte súbita cardíaca neonatal mediante secuenciación de siguiente generación (NGS): presentación de un caso / Molecular autopsy in neonatal sudden cardiac death by next generation sequencing (NGS): presentation of a case
Fonte: Repert. med. cir;27(1):39-43, 2018.
Idioma: en; es.
Resumo: Presentamos un caso de muerte súbita de una lactante de tres meses de edad. La autopsia reveló una miocardiopatía hipertrófica y la muestra de sangre del cordón umbilical almacenada fue utilizada para análisis molecular. Mediante la secuenciación de siguiente generación (NGS) de 4813 genes (exoma clínico), se identificó una variante patogénica en el gen ELAC2, (c.210_222 del p.Gly71ThrfsTer26) en estado heterocigoto y otra variante probablemente patogénica en el mismo gen (c.1177C>T p.His393Tyr) en estado heterocigoto, asociadas con miocardiopatía hipertrófica. Adicionalmente, se identificó una variante patogénica en el exón 358 del gen TTN, (c.104515C>T, het p.Arg34839X) y una VUS (variante de significado incierto) en el gen MYPN (c.2428C>T, p.Arg810Cys), la cual podría tener un efecto aditivo en el fenotipo de la paciente. Así mismo se observa un polimorfismo de riesgo en el exón 16 en el gen LRP8, asociado con enfermedad coronaria (CAD) e infarto de miocardio prematuros (MI) (NM_017522: c.2066G>A, het, p.R689Q). La cardiopatía hereditaria es una causa probable de muerte súbita cardiaca, el análisis molecular por NGS puede ayudar a realizar un diagnóstico precoz para predecir a edad temprana pacientes con riesgo potencial de muerte súbita cardiaca así como un asesoramiento genético dirigido.

We present the case of sudden death in a three month old female infant. The girl died of sudden death, and the autopsy revealed a hypertrophic cardiomyopathy as the underlying alteration. The stored umbilical cord blood sample was used for molecular analysis. A pathogenic heterocigous variant in ELAC2 (c.210_222del, p.Gly71ThrfsTer26), and another probably pathogenic variant in the same gene ( c.1177C> T p.His393Tyr,het) associated with hypertrophic cardiomyopathy was identified. In addition, a pathogenic variant is identified in exon 358 of the TTN gene (c.104515C> T, het p.Arg34839X,het) and a VUS (variant of uncertain significance) in the MYPN gene (c.2428C> T, p.Arg810Cys,het), which may have an additive effect on the patient's phenotype. A risk polymorphism at exon 16 in the LRP8 gene, associated with premature coronary artery disease (CAD) and premature myocardial infarction (MI) (NM_017522: c.2066G> A, het, p.R689Q) was also found. Hereditary heart disease is a probable cause of sudden cardiac death, molecular analysis by NGS can help an early diagnosis and to predict at an early age, the risk of sudden cardiac death as well as directed genetic counseling.
Descritores: Autopsia
Morte Súbita Cardíaca
-Cardiomiopatia Hipertrófica Familiar
Sequenciamento Completo do Exoma
Limites: Lactente
Tipo de Publ: Relatos de Casos
Responsável: CO304.1 - Biblioteca Arturo Aparicio Jaramillo



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