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Cavalcanti, Silvia Maria Baêta
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Id: biblio-976239
Autor: Carestiato, Fernanda Nahoum; Amaro-Filho, Sergio Menezes; Moreira, Miguel Angelo Martins; Cavalcanti, Silvia Maria Baeta.
Título: Methylation of p16 ink4a promoter is independent of human papillomavirus DNA physical state: a comparison between cervical pre-neoplastic and neoplastic samples
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;114:e180456, 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: BACKGROUND Epigenetic modifications in host cells, like p16 ink4a methylation, have been considered as putative complementary mechanisms for cancer development. Because only a small proportion of infected women develop cervical cancer, other factors might be involved in carcinogenesis, either independently or in association with high-risk human papillomavirus (HR-HPV) infections, including epigenetic factors. OBJECTIVES We hypothesised that p16 ink4a methylation might have a role in cancer development driven by HPV16, mainly in the presence of intact E1/E2 genes. Thus, our objectives were to assess the status of p16 ink4a methylation and the HPV16 E1/E2 integrity in samples in different stages of cervical diseases. METHODS Presence of HPV16 was determined by E6 type-specific polymerase chain reaction (PCR). Methylation status of the p16 ink4a promoter was assessed by methylation-specific PCR in 87 cervical specimens comprising 29 low-grade (LSIL), 41 high-grade (HSIL) lesions, and 17 cervical cancers (CC). Characterisation of E1 and E2 disruption (as an indirect indicator of the presence of episomal viral DNA) was performed by PCR amplifications. FINDINGS We observed a significantly increased trend (nptrend = 0.0320) in the proportion of methylated p16 ink4a in cervical samples during cancer development. Concomitant E1 and E2 disruptions were the most frequent pattern found in all groups: CC (76%), HSIL (54%), and LSIL (73%). No statistically significant differences between p16 ink4a methylation and E1/E2 integrity, in histological groups, was observed. MAIN CONCLUSIONS There was an increase in methylation of the p16 ink4a promoter from pre-neoplastic lesions to cancer. Additionally, a high frequency of E1/E2 disruptions in LSIL/HSIL suggested that viral DNA integration was an early event in cervical disease. Moreover, the methylation status was apparently independent of HPV16 integrity.
Descritores: Papillomaviridae/fisiologia
Neoplasias do Colo do Útero/prevenção & controle
Metilação/efeitos dos fármacos
-Inibidor p16 de Quinase Dependente de Ciclina
Fatores Hospedeiros de Integração/uso terapêutico
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-994578
Autor: Gutiérrez Gómez, María Lucía; Calixto Núñez, Camilo Andrés; Gómez, Ana María; Lugo Mesa, Valentina; García, María Margarita; Vivas Ramírez, Nicolás; Andrade Moreno, María de la Paz; Camargo, Daniela; Bejarano Rodríguez, Juan Pablo; Moros Martín, Natalia; Farfán Robles, Camila Andrea; Daza Daza, María Beatriz; Orminso Argüello, Elian.
Título: Más allá de las moléculas… Lo que los clínicos desconocen: acortando brechas / Filling the gap: Beyond molecules… What clinicians ignore
Fonte: Univ. med;60(2):1-25, 2019. ilus, tab.
Idioma: es.
Resumo: Para acortar la brecha entre lo molecular y la clínica, el personal de atención médica debe tener un conocimiento básico de los mecanismos moleculares que gobiernan la identidad celular, mediante la activación selectiva de genes. La expresión diferencial de genes permite a las células sintetizar las proteínas requeridas para cumplir con sus funciones biológicas, y ello posibilita a las células responder a estímulos internos y externos. Para esto se debe tener primero acceso a los genes que codifican las proteínas, determinando el fenotipo celular. Modificaciones en la estructura de la cromatina permiten a la maquinaria transcripcional tener acceso a secuencias de ADN. El ADN es transcripto en ARNm, que sufre diversas modificaciones antes de salir del núcleo para ser traducido en una proteína en el citoplasma. Cualquier desregulación en alguno de los procesos asociados se presenta como una patología. A inicios del siglo XXI se reportó la secuenciación del genoma humano, y sorprendentemente uno de los principales hallazgos fue que solo un 2% de la secuencia codifica para proteínas, lo cual dejó un interrogante sobre cómo funcionan y se regulan los procesos genéticos que llevan a la identidad celular. Desde entonces las investigaciones han permitido utilizar los principios que rigen estos procesos para ampliar el conocimiento de los mecanismos asociados a enfermedades. Gracias a estos avances, se ha buscado determinar aplicaciones clínicas dirigidas a los procesos involucrados en la expresión génica diferencial, lograr una mejor comprensión sobre los procesos patológicos de la enfermedad y desarrollar herramientas diagnósticas.

To narrow the gap between the bench and the clinic, healthcare personnel should have a basic understanding of molecular mechanisms ruling cell identity, since it establishes the key differences between health and disease states. Differential gene expression allows for protein synthesis required for the cell's biological function. In this process genes are selected from the entire genome to meet the cell's biological functioning and respond to internal and external stimuli. To this end, first the chromatin must be remodeled for the transcriptional machinery to gain access to DNA sequences coding for particular genes. DNA can then be transcribed into mRNA, followed by different processes leading to mature mRNA leaving the nucleus for protein synthesis in the cytoplasm. Any dysregulation in these processes results in disease. In the beginning of this millennium the human genome project sequenced the whole genome. Surprisingly, one of the main findings was only 2% of the genome represented protein coding sequences, which raised the question about the remainder of the genome and cell identity. Based on principles derived from the human genome project many investigations have shed light on mechanisms associated with disease. Thanks to advancements in differential gene expression, researchers are seeking for a better understanding in pathological processes associated with disease and the development of diagnostic tools.
Descritores: Epigenômica
-Acetilação
Metilação
Limites: Humanos
Responsável: CO185.1 - Biblioteca Alfonso Borrero Cabal, S. J.


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Id: biblio-971920
Autor: Costa, Débora Menezes da.
Título: Relação entre helicobacter pylori, metilação gênica e polimorfismos genéticos do hospedeirono câncer gástrico.
Fonte: Fortaleza; s.n; 2016. 99 p. tab, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Federal do Ceará para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer gástrico constitui um sério problema de saúde pública. Diversos fatores de riscoparecem estar envolvidos na contribuição para o seu desenvolvimento, tais como: genes devirulência de H. pylori, SNPs em genes-chave no hospedeiro e eventos epigenéticos. Assim, oobjetivo desse estudo foi investigar a relação entre a metilação de genes em casos de câncergástrico, sua associação com genes de virulência de H. pylori, verificar a influência dos SNPsde CDH1 e MLH1 em seu status de metilação, bem como correlacionar a metilação dopromotor de miR-34b/c e a expressão da proteína MET nesses mesmos casos. A metilaçãodos genes foi obtida através da realização da técnica MS-PCR e HRM (para miR-34b/c). Osgenes de H. pylori foram detectados por PCR e os SNPs, por PCR-RFLP. Os genes de maior emenor frequência de metilação foram MSH2 e MLH1, respectivamente. O corte de idademostrou que pacientes com idade ≥ 50 anos tiveram CDH1 mais frequentemente metilado queaqueles mais jovens. O gene MLH1 foi significativamente menos metilado em tumores dacárdia. Quanto ao TNM, o gene CDH1-M foi associado à extensão tumoral avançada,inclusive quando subdividido por subtipo, já que mesma associação foi mostrada em tumoresdo subtipo intestinal. Já a combinação CDKN2A-M/MLH1-U foi associada à ausência demetástase à distância. Levando em consideração os genes de virulência de H. pylori, foi vistoque pacientes infectados por cepas vacAm1+ ou cagG+ tiveram uma maior frequência deCDKN2A-U, vacAs1+ foi associado com COX-2-U e CDH1-U, enquanto hopQII, comMLH1-U. Pacientes infectados por cepas cagE+ e virB11+ tiveram maior frequência deMSH2-M. Foi observado também que cepas menos virulentas apresentaram uma tendência ànão-metilação para os genes MLH1 e CDH1...

Gastric cancer is a serious health problem. Several risk factors have been identified tocontribute to its development, such as virulence genes of H. pylori, SNPs in host's key genesand epigenetic events. The aim of this study was to investigate the relationship between genesmethylation in gastric cancer, its association with H. pylori virulence genes, and verify theinfluence of CDH1 and MLH1 SNPs in the methylation status and correlate methylation of thepromoter of miR-34b/c expression of MET protein in those cases. The promoter genesmethylation was assessed by MS-PCR and HRM (for miR-34b/c) techniques. H.pylori geneswere detected by PCR and SNPs, by PCR-RFLP. H.pylori genes were detected by PCR andSNPs, by PCR-RFLP. The genes of higher and lower methylation frequency were MSH2 andMLH1, respectively. Patients aged ≥ 50 had CDH1 more frequently methylated than thoseyounger. The MLH1 gene was significantly less methylated in cardia tumors. As for the TNM,the CDH1-M gene was associated with advanced tumor extension, even when subdivided bysubtype, since same association has been shown in tumors of intestinal subtype. Already thecombination CDKN2A-M/MLH1-U was associated with absence of distant metastases. Takinginto account the virulence genes of H. pylori, it was seen that patients infected vacAm1+ orcagG+ strains had a higher frequency of CDKN2A-U vacAs1 + was associated with COX-2-Uand CDH1-U, while hopQII with MLH1-U. Patients infected with cagE+ and virB11+ strainshad higher frequency of MSH2-M. It was also observed that less virulent strains tended tonon-methylation for CDH1 and MLH1 genes...
Descritores: Metilação
Helicobacter pylori
Neoplasias Gástricas
Limites: Humanos
Responsável: BR6.1 - BCS - Biblioteca de Ciências da Saúde
BR6.1


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Id: biblio-936027
Autor: Vasconcelos, Gisele Moledo.
Título: O papel das infecções virais na etiologia da leucemia linfoblástica aguda comum analisado através de uma abordagem epigenômica.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2009. 161 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Nacional de Câncer para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A leucemia linfoblástica aguda (LLA) e o principal subtipo de câncer pediátrico e, apesar do sucesso no tratamento, a sua causa continua enigmática. Acredita-se que o processo que da origem a LLA envolve dois eventos: o primeiro seria responsável por criar o clone pre-leucêmico a partir de mutações ou alterações epigenéticas e o segundo evento iria disparar a proliferação deste clone. Existem evidencias de que as infecções desempenham função importante na leucemogênese. Com o objetivo de investigar se as infecções tem um papel na etiologia das LLAs infantis foram usadas três abordagens: 1) analise do perfil de expressão, por PCR em tempo real, de genes relacionados a via do interferon a fim de avaliar a resposta imune aberrante como fator desencadeador de LLA-c; 2) analise do perfil de mitigação das LLAs, pela técnica de microarranjos, a fim de identificar possíveis alterações causadas por infecções virais e, 3) rastreamento de DNA de adenovírus em cartões do teste do pezinho, a fim de verificar se este vírus poderia ser responsável pela leucemogênese diretamente. Para os estudos de perfil de expressão gênica e mitigação foram utilizadas amostras de 121 casos de LLA infantil e para o estudo de rastreamento de AdV foram utilizadas 202 amostras de cartões Guthrie, entre casos de LLA e controles. Dentre os doze genes estudados, dois (LY6E e MX1) apresentaram expressão 4 e 2,5 vezes mais alta nos casos de LLA-c quando comparados aos outros subtipos de LLA (pré-B e pro-B), respectivamente. Existe uma associação entre os níveis de IgM anti-PVB19 e superexpressão dos genes estudados. Através da analise pelo beadarray, observou-se que os subtipos de leucemia podem ser discriminados de acordo com o perfil de mitigação de alguns genes tais como, BMP3, DAB2,NQO1, DAPK, WNT1 e IFNG. Alem disso, também foi vista uma associação entre infecção pelo PVB19 e mitilação em alguns genes, DAPK, PTGS2, MPO and NRAS. Os AdV humanos A, C e F não foram detectados por PCR no sangue de cartões do teste do pezinho em crianças que desenvolveram LLA, nem em controles saudáveis. A ausência de DNA viral nestes cartões não constitui uma evidencia negativa do papel das infecções na etiologia das leucemias. O AdV ou outro vírus, p.ex, PVB19, poderia estar influenciando o processo leucemogênico através de um mecanismo de “hit and run”, que alteraria o perfil epigenético da célula, causando hipoexpressão de genes que controlam a proliferação e diferenciação celular. Embora o mecanismo ainda não seja claro, nossos dados, corroboram a idéia de que as infecções desempenham um papel na etiologia das LLA-c e que esse efeito, muito provavelmente, e pós-natal

Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the main pediatric cancer subtype and, despite the success in treatment, its cause remains enigmatic. It is believed that the onset of ALL is based in a two hit model: the first hit would promote mutations or epigenetic alterations that create a preleukemic clone and the second one would precipitate ALL through a proliferative expansion of this clone. There are evidences that infections influence the leukemogenesis process. We sought to investigate whether infections have a role in the childhood ALL etiology. We used three approaches to analyze this hypothesis: 1) expression profiling of IFN related genes, by real time PCR, to evaluate the role of aberrant immune response as a trigger of c-ALL; analysis of ALL methylation profile using microarrays to identify possible alterations caused by viral infections and, 3) adenovirus (AdV) DNA screening in Guthrie cards(GC). Samples of 121 childhood ALL cases were used for expression and methylation profiling studies and 202 GC samples from children who later developed leukemia and controls were used for Adv screening. Inside a group of 12 analyzed genes, LY6E and MX1 presented higher expression levels in c-ALL when compared to the other subtypes (pro B and pre B ALL). These results suggest that somehow immune response is related to c-ALL. There is an association between anti-PVB19 IgM levels and higher expression of studied genes. Using the beadarray analysis we observed that leukemia subtypes could be distinguished based on methylation profiling of some genes such as BMP3, DAB2, NQO1, DAPK, WNT1 and IFNG. Moreover, it was observed an association between PVB19 infection and methylation of some genes for instance, DAPK, PTGS2, MPO and NRAS. AdV subtypes A, C, F were not detected by PCR in GC from ALL cases nor in controls. The absence of viral DNA in these cards does not constitute a negative evidence for the role of infections in the etiology of ALL. Adv or other viruses could influence in leukemogenesis through a hit and run mechanism which could alter cell epigenetic profile. These alterations would lead to low expression of some genes that control cell differentiation and proliferation. Although the mechanisms are not clear yet, our results sustain the idea that infections have a role in c-ALL development and this effect is probably post-natal
Descritores: Expressão Gênica
Metilação
Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células Precursoras/etiologia
Viroses
Responsável: BR440.4 - Biblioteca
BR440.1


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Id: biblio-834493
Autor: Oliveira, Bruna; Veber, Letícia da Cunha; Félix, Têmis Maria; Riegel, Mariluce; Silva, Isabel Cristina Bandeira da; Streit, Carla; Leistner-Segal, Sandra.
Título: Análise comparativa entre as metodologias de PCR metilação-específica (MSP), southern blot (SB) e FISH utilizadas no diagnóstico genético molecular de pacientes com suspeita clínica das síndromes de Prader-Willi ou Angelman / Comparative analysis of methylation-specific PCR (MSP), southern blot (SB) and FISH in molecular genetic diagnosis of patients with clinical picture suggestive of Prader-Willi or Angelman syndromes
Fonte: Clin. biomed. res;36(2):71-79, 2016. ilus, tab.
Idioma: pt.
Resumo: Introdução: Prader-Willi (SPW) e Angelman (SA) são síndromes clinicamente distintas, causadas pela perda de expressão de genes na região cromossômica 15q11.2-q13, de origem paterna ou materna, respectivamente. Ambas compartilham os mesmos métodos diagnósticos. Nossos objetivos foram: a) analisar por PCR metilação-específica (MSP) pacientes com suspeita clínica de SPW/SA; b) comparar resultados de diferentes metodologias de diagnóstico molecular; c) aplicar a técnica MSP na rotina assistencial de pacientes encaminhados ao Serviço de Genética Médica/Hospital de Clínicas de Porto Alegre (SGM/HCPA). Métodos: Foram analisados 123 pacientes com suspeita clínica de SPW (n = 71) ou SA (n = 52) por MSP. Desses, 79 possuíam análise prévia por hibridação in situ fluorescente (FISH) e/ou Southern blot (SB). Resultados: Foram detectados 21 casos positivos – 15 de SPW (12,19%) e 6 de SA (4,88%). Nove pacientes tiveram etiologia molecular determinada, sendo sete com diagnóstico de SPW (quatro dissomias uniparentais – UPD15 materna – e três deleções na região 15q11-13) e dois com diagnóstico de SA (um com UPD15 paterna e um com deleção na região 15q11-13). Foram observados resultados equivalentes entre MSP e SB e resultados discrepantes entre MSP e FISH (n = 4). Foram padronizados dois protocolos de MSP para confirmação dos resultados e controle interno de qualidade. Conclusão: O perfil de detecção de cada técnica varia de acordo com o mecanismo etiológico presente. A análise por MSP detecta alterações no padrão de metilação geradas por deleção, UPD e defeitos de imprinting, sem identificar o mecanismo etiológico responsável...

Introduction: Prader-Willi (PWS) and Angelman (AS) are clinically different syndromes caused by loss of expression of genes located on the chromosome 15q11.2-q13, of paternal or maternal origin, respectively. Both syndromes have the same diagnostic methods. The aims of the present study were: a) to perform a molecular analysis of 123 patients with clinical findings suggestive of PWS or AS using methylation-specific PCR (MSP); b) to compare the results obtained using different molecular diagnostic methodologies; c) to standardize MSP to be used in the routine care of patients at Medical Genetics Service/Hospital de Clínicas de Porto Alegre (SGM/HCPA). Methods: 123 patients with clinical findings suggestive of PWS (n = 71) or AS (n = 52) were analyzed by MSP. 79 had undergone previous laboratory analysis by fluorescence in situ hybridization (FISH) and/or Southern blot (SB). Results: MSP detected 21 positive cases – 15 PWS (12,19%) and 6 AS (4,88%). Molecular etiology was determined in 9 patients only – 7 were diagnosed with PWS (4 had uniparental disomy – maternal UPD15 – and 3 had deletions at 15q11-13) and 2 were diagnosed with AS (1 of paternal UPD15 and 1 deletion at 15q11-13). Comparing both methodologies, it was possible to observe concordant results between MSP and SB and discordant results between MSP and FISH (n = 4). We standardized two MSP methods in order to confirm the results and for internal quality control. Conclusion: The resulting profile of each technique varies according to the existing etiological mechanism. The methylation analysis by MSP technique detects changes on methylation pattern caused by deletion, UPD and imprinting defects, but it does not identify the responsible etiologic mechanism...
Descritores: Impressão Genômica
Metilação
Síndrome de Prader-Willi
Limites: Humanos
Responsável: BR18.1 - Biblioteca FAMED/HCPA


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Id: lil-794252
Autor: Oliveira, Naila Francis Paulo de.
Título: Alterações no Epigenoma e o Hábito de Fumar / Epigenome Changes and the Smoking Habit
Fonte: Rev. bras. ciênc. saúde;14(4):101-106, 2010. tab.
Idioma: pt.
Resumo: Cigarro apresentam capacidade de alterar o genoma dascélulas e levar ao desenvolvimento tumoral. Recentemente,a capacidade do cigarro em alterar o epigenoma também temsido investigada. Epigenoma se refere a informações dogenoma que não estão relacionadas com a sequência debases do DNA. Objetivo: O presente estudo teve comoobjetivo realizar uma revisão sobre o hábito de fumar e suaassociação com o padrão alterado de metilação de DNA emamostras tumorais. Método: Foi realizada revisão integrativada literatura através de busca eletrônica na base de dadosPubMed. O período temporal considerado no estudo foi de2000 a 2010. Os artigos foram selecionados considerandosea acessibilidade e excluindo-se revisões e pesquisascom linhagens celulares e animais. Resultados: Os artigosrevelaram que o cigarro pode alterar o epigenoma mesmo deórgãos não diretamente expostos como a boca e os pulmões,sugerindo que o cigarro tem um efeito generalizado,provavelmente alterando de alguma forma todo o sistema doindivíduo. Ainda, outros artigos relataram alterações no padrãode metilação do DNA em tecidos saudáveis de fumantes.Conclusão: O câncer associado ao hábito de fumar pode terum mecanismo epigenético envolvido inclusive em órgãosnão diretamente expostos. A presença de alteraçõesepigenéticas em tecidos saudáveis pode servir de alertapara o clínico responsável pelo paciente, uma vez que já foisugerido que alterações epigenéticas podem atuar comomarcadores para diversos tipos de câncer, sendo assimuma ferramenta para diagnóstico e direcionamento dotratamento...

Environmental factors such as cigarette agentsare capable of altering the genome of the cells and lead totumor development. Recently, the ability of the cigarette tocause alterations in the epigenome has also been investigated.Epigenome refers to information of the genome that is notrelated to the sequence of DNA bases. Objective: The aim ofthis study was to conduct a literature review about smokingand its association with the altered pattern of DNA methylationin tumor samples. Method: The research considered articlespublished from 2000 to 2010 in Pubmed database. Articleswere selected by accessibility, excluding reviews andresearch on cell lines and animals. Results: The selectedarticles revealed that smoking can alter the epigenome evenin organs not directly exposed as the mouth and lung,suggesting that cigarette smoking has a widespread effect,probably changing in some way the whole system of theindividual. Some articles have reported changes in the patternof DNA methylation in healthy tissues of smokers. Conclusion:Smoking-associated cancers may have an epigeneticmechanism involved even in organs not directly exposed.The presence of epigenetic changes in healthy tissue canserve as a warning to the clinician responsible for the patient,since it has been suggested to be as strong biomarker formany types of cancers and then it is a tool for diagnosis andtreatment course...
Descritores: Genes
Genética
Metilação
Tabaco
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR8.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-726422
Autor: Costa, Everton de Brito Oliveira; Pacheco, Cristiane.
Título: Epigenética: regulação da expressão gênica em nível transcricional e suas implicações / Epigenetics: gene expression regulation at transcriptional level and its implications
Fonte: Semina cienc. biol. saude;34(2):125-136, jul.-dez. 2013.
Idioma: pt.
Resumo: A epigenética compreende um conjunto de mecanismos que promovem a regulação da expressão gênica a nível transcricional através de modificações químicas no DNA e na cromatina, como metilação, acetilação e fosforilação, que resultam na conseqüente mudança fenotípica do indivíduo sem, no entanto, ocorrer nenhuma alteração na seqüência do DNA. Essas modificações químicas no DNA são constantemente feitas e desfeitas durante toda a vida do indivíduo, exceto para marcações químicas constitutivas que são herdadas geneticamente, visto que freqüentemente os indivíduos entram em contato com agentes promotores desses fenômenos durante a vida. Alterações nos padrões epigenéticos promovendo a expressão aberrante ou o silenciamento de determinados genes podem aparecer em organismos com idade avançada, e em uma ampla variedade de eventos e patologias como no câncer, na inativação do cromossomo X, no imprinting genômico, e em diversas síndromes de ordem neurológica e de prejuízo no desenvolvimento motor. Desse modo, busca-se atualmente o desenvolvimento de drogas que possuem a capacidade de reverter as marcações químicas alteradas em regiões específicas do genoma relacionadas a determinadas doenças. Uma maior compreensão desse universo da epigenética associada com suas implicações aos estados fisiológicos normais e patológicos mostra-se como uma grande promessa nessa era molecular, para o desenvolvimento de ferramentas profiláticas, diagnósticas e terapêuticas de uma ampla variedade de doenças.

Epigenetics includes several mechanisms that promote the gene expression regulation at transcriptional level through chemical changes in DNA and chromatin, such as methylation, acetylation and phosphorylation, resulting in phenotypic change without no changes occur in the DNA sequence. These DNA chemical changes are constantly made and unmade throughout the individual life, except for constitutive chemical markings that are genetically inherited, because often people are in contact with agents that promote these phenomens during their lifes. Changes in epigenetic patterns promoting aberrant expression or gene silencing may appear in aged organisms, and in a wide variety of events and conditions such as cancer, X chromosome inactivation in genomic imprinting, and in various neurological and motor development syndromes. Thus, seek currently drugs development that have the ability to reverse altered chemical markings in specific regions of the genome related to certain diseases. A greater understanding of the epigenetic universe associated with its implications to normal physiological and pathological states, it is a great promise in molecular era to development of prophylactic, diagnostic and therapeutic tools of a wide variety of diseases.
Descritores: Acetilação
Metilação
Fosforilação
Responsável: BR512.1 - Biblioteca Setorial do Centro de Ciências da Saúde


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Id: lil-712420
Autor: Benítez-Páez, Alfonso; Cárdenas-Brito, Sonia; Corredor, Mauricio; Villarroya, Magda; Armengod, María Eugenia.
Título: Impairing methylations at ribosome RNA, a point mutation-dependent strategy for aminoglycoside resistance: The rsmG case / Mutaciones en genes modificadores de ARN ribosómico y la resistencia a aminoglucósidos: el caso del gen rsmG
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(supl.1):41-49, abr. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Introduction: Aminoglycosides like streptomycin are well-known for binding at specific regions of ribosome RNA and then acting as translation inhibitors. Nowadays, several pathogens have been detected to acquire an undefined strategy involving mutation at non structural ribosome genes like those acting as RNA methylases. rsmG is one of those genes which encodes an AdoMet-dependent methyltransferase responsible for the synthesis of m 7 G527 in the 530 loop of bacterial 16S rRNA. This loop is universally conserved, plays a key role in ribosomal accuracy, and is a target for streptomycin binding. Loss of the m 7 G527 modification confers low-level streptomycin resistance and may affect ribosomal functioning. Objectives: After taking into account genetic information indicating that some clinical isolates of human pathogens show streptomycin resistance associated with mutations at rsmG , we decided to explore new hot spots for mutation capable of impairing the RsmG in vivo function and of promoting low-level streptomycin resistance. Materials and methods: To gain insights into the molecular and genetic mechanism of acquiring this aminoglycoside resistance phenotype and the emergence of high-level streptomycin resistance in rsmG mutants, we mutated Escherichia coli rsmG and also performed a genotyping study on rpsL from several isolates showing the ability to grow at higher streptomycin concentrations than parental strains. Results: We found that the mutations at rpsL were preferentially present in these mutants, and we observed a clear synergy between rsmG and rpsL genes to induce streptomycin resistance. Conclusion: We contribute to understand a common mechanism that is probably transferable to other ribosome RNA methylase genes responsible for modifications at central sites for ribosome function.

Introducción. Los aminoglucósidos son moléculas antibióticas capaces de inhibir la síntesis de proteínas bacterianas tras su unión al ribosoma procariota. La resistencia a aminoglucósidos está clásicamente asociada a mutaciones en genes estructurales del ribosoma bacteriano; sin embargo, varios estudios recientes han demostrado, de forma recurrente, la presencia de un nuevo mecanismo dependiente de mutación que no involucra genes estructurales. El gen rsmG es uno de ellos y se caracteriza por codificar una metiltransferasa que sintetiza el nucleósido m 7 G527 localizado en el loop 530 del ribosoma bacteriano, este último caracterizado como sitio preferencial al cual se une la estreptomicina. Objetivo. Partiendo de las recientes asociaciones clínicas entre las mutaciones en el gen rsmG y la resistencia a estreptomicina, este estudio se propuso la caracterización de nuevos puntos calientes de mutación en este gen que puedan causar resistencia a estreptomicina usando Escherichia coli como modelo de estudio. Materiales y métodos. Se indagó sobre el mecanismo genético y molecular por el cual se adquiere la resistencia a estreptomicina y su transición a la resistencia a altas dosis mediante mutagénesis dirigida del gen rsmG y genotipificación del gen rpsL . Resultados. Se encontró que la mutación N39A en rsmG inactiva la proteína y se reportó un nuevo conjunto de mutaciones en rpsL que confieren resistencia a altas dosis de estreptomicina. Conclusiones. Aunque los mecanismos genéticos subyacentes permanecen sin esclarecer, se concluyó que dichos patrones secuenciales de mutación podrían tener lugar en otros genes modificadores del ARN bacteriano debido a la conservación evolutiva y al papel crítico que juegan tales modificaciones en la síntesis de proteínas.
Descritores: Aminoglicosídeos/farmacologia
Antibacterianos/farmacologia
Farmacorresistência Bacteriana/genética
Proteínas de Escherichia coli/genética
Mutação de Sentido Incorreto
Metiltransferases/genética
Mutação Puntual
Processamento Pós-Transcricional do RNA/genética
RNA Bacteriano/metabolismo
/metabolismo
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/metabolismo
Estreptomicina/farmacologia
-Sequência de Aminoácidos
Sítios de Ligação/genética
Domínio Catalítico/genética
Proteínas de Escherichia coli/química
Proteínas de Escherichia coli/metabolismo
Escherichia coli/efeitos dos fármacos
Escherichia coli/enzimologia
Metilação
Modelos Moleculares
Dados de Sequência Molecular
Metiltransferases/química
Metiltransferases/metabolismo
Filogenia
Conformação Proteica
RNA Bacteriano/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABNORMALITIES, MULTIPLES/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/metabolismo
Proteínas Ribossômicas/genética
Proteínas Ribossômicas/metabolismo
S-Adenosilmetionina/metabolismo
Alinhamento de Sequência
Análise de Sequência de DNA
Deleção de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-697672
Autor: Sui, W.G.; He, H.Y.; Yan, Q.; Chen, J.J.; Zhang, R.H.; Dai, Y..
Título: ChIP-seq analysis of histone H3K9 trimethylation in peripheral blood mononuclear cells of membranous nephropathy patients
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;47(1):42-49, 01/2014. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: Key Project for Science and Technology of Guangxi.
Resumo: Membranous nephropathy (MN), characterized by the presence of diffuse thickening of the glomerular basement membrane and subepithelial in situ immune complex disposition, is the most common cause of idiopathic nephrotic syndrome in adults, with an incidence of 5-10 per million per year. A number of studies have confirmed the relevance of several experimental insights to the pathogenesis of human MN, but the specific biomarkers of MN have not been fully elucidated. As a result, our knowledge of the alterations in histone methylation in MN is unclear. We used chromatin immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing (ChIP-seq) to analyze the variations in a methylated histone (H3K9me3) in peripheral blood mononuclear cells from 10 MN patients and 10 healthy subjects. There were 108 genes with significantly different expression in the MN patients compared with the normal controls. In MN patients, significantly increased activity was seen in 75 H3K9me3 genes, and decreased activity was seen in 33, compared with healthy subjects. Five positive genes, DiGeorge syndrome critical region gene 6 (DGCR6), sorting nexin 16 (SNX16), contactin 4 (CNTN4), baculoviral IAP repeat containing 3 (BIRC3), and baculoviral IAP repeat containing 2 (BIRC2), were selected and quantified. There were alterations of H3K9me3 in MN patients. These may be candidates to help explain pathogenesis in MN patients. Such novel findings show that H3K9me3 may be a potential biomarker or promising target for epigenetic-based MN therapies.
Descritores: Glomerulonefrite Membranosa/genética
Histonas/genética
Leucócitos Mononucleares/metabolismo
Lisina/genética
-Estudos de Casos e Controles
Imunoprecipitação da Cromatina
Glomerulonefrite Membranosa/metabolismo
Histonas/metabolismo
Lisina/metabolismo
Metilação
Limites: Adulto
Feminino
Humanos
Masculino
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-609461
Autor: Lima, Lucianne Maia Costa.
Título: Imunolocalização, metilação e polimorfismo do gene ERCC1 em carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço: correlação com parâmetros clínicos, controle locorregional e sobrevida / Immunolocalization, methylation, and polymorphism of ERCC1 gene in squamous cell carcinoma of the head and neck: correlation with clinical parameters, locoregional control and survival.
Fonte: São Paulo; s.n; 2011. xviii, 107 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a 1Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: INTRODUÇÃO: O valor prognóstico dos marcadores biológicos tumorais relacionados ao câncer tem sido vastamente pesquisado. O gene de reparo ERCC1 (Excision Repair Cross Complementation Group 1) está envolvido na resistência individual à cisplatina. O objetivo deste trabalho é avaliar o valor prognóstico do polimorfismo G19007A de ERCC1, da metilação desse gene, e da expressão imunoistoquímica de sua proteína em pacientes portadores de carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço (CECP) submetidos à radioterapia. PACIENTES E MÉTODOS: Trata-se de um estudo retrospectivo envolvendo a análise de dados de 84 pacientes portadores de CECP, operados e submetidos à radioterapia adjuvante. Foram elegíveis pacientes com tumores de cavidade oral, orofaringe, hipofaringe ou laringe, que não apresentavam metástases à distância ou sinais de recidiva da doença e que não foram submetidos à quimioterapia. O polimorfismo do gene ERCC1 (G19007A) foi avaliado pela técnica de PCR (reação em cadeia da polimerase) a partir do DNA genômico extraído de tecido tumoral desses pacientes. A metilação do gene ERCC1 foi realizada por MSP-PCR (Methylation-specific PCR), com primers específicos para presença ou ausência de metilação do ERCC1. A expressão da proteína ERCC1 foi avaliada por técnica de imunoistoquímica. Foi utilizado um corte de 30% de células marcadas para classificação em baixa e alta expressão. RESULTADOS: 84 pacientes com idade mediana de 60 anos, numa proporção homem/mulher de 5:1 e 75 (89,5%) em estádios III ou IV. O genótipo GG ocorreu em 17 (20,2%) dos pacientes, o genótipo GA foi observado em 24 (28,6%), e o genótipo AA em 43 (51,2%) dos casos. A variante A para o gene ERCC1 foi observada em 79,8% das amostras, 43 (51,2%) pacientes apresentaram status metilado do ERCC1 e 70 (83,3%) pacientes apresentaram alta expressão imunoistoquímica da proteína ERCC1.Observou-se uma tendência de associação...

INTRODUCTION: The prognostic value of tumor biomarkers related to cancer has been extensively studied. The repair gene ERCC1 (Excision Repair Cross Complementation Group 1) is involved in individual resistance to cisplatin. The aim of this study was to evaluate the prognostic value of ERCC1 G19007A polymorphism, methylation, and immunohistochemical expression of its protein in patients with squamous cell carcinoma of the head and neck (HNSCC) submitted to radiotherapy. PATIENTS AND METHODS: This is a retrospective study involving data analysis of 84 patients with HNSCC, who underwent surgery and adjuvant radiotherapy. Patients with oral cavity, oropharynx, hipopharynx and laryngeal tumors with no distant metastases or signs of disease recurrence and who did not receive chemotherapy were considered eligible for the study. The ERCC1 gene polymorphism (G19007A) was assessed by PCR (polymerase chain reaction) from genomic DNA extracted from the tumor tissue of these patients. Methylation of ERCC1 gene was performed by PCR-MSP (Methylation-specific PCR) using specific primers for the presence or absence of methylation of ERCC1. ERCC1 protein expression was assessed by immunohistochemistry. A cut-off of 30% of stained cells for the classification of low and high protein expression was used. RESULTS: 84 patients with median age of 60 years, a male/female ratio of 5:1 and 75 (89,5%) in stages III or IV. The GG genotype occurred in 17 (20.2%) patients, the GA genotype was observed in 24 (28.6%), and the AA genotype in 43 (51.2%) cases. The A variant of the ERCC1 gene was observed in 79.8% of the samples, methylated status in 43 (51.2%) patients, and 70 (83.3%) showed high immunohistochemical expression of ERCC1 protein. There was a trend for association between polymorphism of ERCC1 and patient age (p = 0.059). The methylated status of the ERCC1 gene was higher in samples of HNSCC patients who did not present distant metastasis...
Descritores: Carcinoma de Células Escamosas
Reparo do DNA
Neoplasias de Cabeça e Pescoço
Imuno-Histoquímica
Metilação
Polimorfismo Genético
Radioterapia Adjuvante
Limites: Humanos
Criança
Adolescente
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Responsável: BR66.1 - Divisão de Biblioteca e Documentação
BR66.1; W4.DB8, L698im, FM-2, 2011



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