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Id: biblio-1177401
Autor: Yin, Rong H; Wang, Yan R; Zhao, Su J; Yin, Rong L; Bai, Man; Wang, Ze Y; Zhu, Yu B; Cong, Yu Y; Liu, Hai Y; Bai, Wen L.
Título: LncRNA-599554 sponges miR-15a-5p to contribute inductive ability of dermal papilla cells through positive regulation of the expression of Wnt3a in cashmere goat
Fonte: Electron. j. biotechnol;45:19-29, May 15, 2020. tab, ilus, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China; . Key Project Foundation of Educational Department of Liaoning Province, China; . Innovative Talent Support Program Foundation of Universities and Colleges in Liaoning Province, China; . Science and; . Technology Innovation Talent Support Foundation for Young and Middle-aged People of Shenyang City, China.
Resumo: BACKGROUND: Long non-coding RNAs (lncRNAs), as post-transcriptional regulators, were thought to function in the inductive property of dermal papilla cells (DPCs) in cashmere goat. Previously, lncRNA-599554 was identified in secondary hair follicle (SHF) of cashmere goat, but its functional significance is unknown. RESULTS: In the present investigation, we verified that lncRNA-599554 had significantly higher expression at the anagen dermal papilla of cashmere goat SHF than that at telogen. Based on overexpression and knockdown techniques, we found that lncRNA-599554 contributes the inductive property of DPCs of cashmere goat, which was assessed by detecting the changes in the expression of several typical indictor genes in DPCs including ET-1, SCF, Versican, ALP, Lef1 and Ptc-1. Based on RNA pull-down assay, we verified that lncRNA-599554 directly interacted with chi-miR-15a-5p. Also, we showed that lncRNA-599554 positively regulated the Wnt3a expression in DPCs but which did not appear to involve its modulating of promoter methylation. Based on the use of Dual-luciferase reporter assays, our data indicated that lncRNA-599554 regulated the Wnt3a expression through chi-miR-15a-5p-mediated post-transcriptional level. CONCLUSIONS: We showed that lncRNA-599554 contributes the inductive property of DPCs in cashmere goat which might be achieved through sponging chi-miR-15b-5p to promote the Wnt3a expression. The results from the present investigation provided a novel insight into the functional mechanism of lncRNA-599554 in the SHF regeneration of cashmere goat along with the formation and growth of cashmere fiber.
Descritores: Folículo Piloso/citologia
Folículo Piloso/metabolismo
Derme/citologia
Proteína Wnt3A/metabolismo
RNA Longo não Codificante/metabolismo
-Bioensaio/métodos
Cabras
RNA Longo não Codificante/genética
Luciferases
Metilação
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1003831
Autor: Rojas deAtencio, Alicia Elena; Urdaneta, Karelis; Zambrano, Jenny; Atencio Rojas, Raquel; Quintero, Maribel; Cañizález, Jenny.
Título: Metilación de genes supresores tumorales en pacientes venezolanos con cáncer colorrectal: relación con estadio clínico de la enfermedad / Relationship of Methylation of Tumor Suppressor Genes with Clinical Stage of Colorectal Cancer in Venezuelan Patients
Fonte: Rev. colomb. gastroenterol;34(1):1-9, ene.-mar. 2019. tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: Resumen El cáncer colorrectal es una enfermedad heterogénea, en cuya aparición se involucran factores hereditarios y ambientales. En las formas heredadas existen genes responsables de incrementar el desarrollo tumoral en los portadores, y se consideran a los factores medioambientales como responsables de gran parte de las formas esporádicas. El objetivo de este estudio fue analizar el estado de metilación de 5 genes implicados en la carcinogénesis colorrectal y su relación con los distintos estadios clínicos de estos tumores. Por una parte, nuestro análisis reveló que el estado de metilación de los promotores de los genes HMLH1 (human mut homologue 1), APC (adenomatous poliposis coli), P15, P16 y CDH1, considerados como unas de las alteraciones más tempranas en este proceso; fluctuaron entre 13,3 % para hMLH1 y 56,6 % para APC. También reveló que la inactivación epigenética de los genes APC y P16 podrían ser responsables de la aparición y de la progresión de los tumores ya que se encontraron en pacientes con estadio II. Por otra parte, los genes APC y p15 resultaron estar mutados en todas las etapas de la carcinogénesis, por lo que se involucrarían en todos los procesos tanto de inicio como de invasión y metástasis. Por último, nuestros resultados apoyan la utilización de la identificación de la metilación de los genes supresores ya que se están identificando dianas epigenéticas para el desarrollo de nuevos tratamientos de quimioterapia y está emergiendo como una estrategia con gran potencial dado que, en principio, las alteraciones epigenéticas son potencialmente reversibles.

Abstract Colorectal cancer is a heterogeneous disease which involves hereditary and environmental factors. The inherited forms have genes which are responsible for increasing the tumor development in carriers. Environmental factors are considered responsible for many sporadic forms. The objective of this study was to analyze the methylation status of five genes involved in colorectal carcinogenesis and their relationships with the various clinical stages of these tumors. Our analysis revealed that the methylation status of the promoters of genes HMLH1, APC, P15, P16 and CDH1, considered to be among the earliest alterations in this process, ranged from 13.3% for HMLH1 to 56.6% for APC. In addition, epigenetic inactivation of APC and P16 genes could be responsible for the appearance and progression of tumors since inactivation was found in stage II patients. On the other hand, the APC and p15 gene were mutated in all stages of carcinogenesis, so they could be involved throughout the processes of initiation, invasion and metastasis. Finally, our results support using identification of methylation of suppressor genes since they identify epigenetic targets for development of new chemotherapy treatments. This is emerging as a strategy with great potential since epigenetic alterations are, in principle, potentially reversible.
Descritores: Neoplasias Colorretais
Genes p16
Metilação
-Terapêutica
Epigenômica
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: CO354 - Sociedad Colombiana de Gastroenterología


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Id: biblio-1178191
Autor: Baptistella, Antuani Rafael.
Título: Marcadores e mecanismos de resistência à terapia neoadjuvante e o papel das vesículas extracelulares secretadas pelas células tumorais no câncer de reto / Biomarkers and mechanisms of resistance to neoadjuvnat therapy and the role of extracelular vesicles secreted by tumor cells in rectal cancer.
Fonte: São Paulo; s.n; 2016. 208 p. ilust, tabelas.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer de reto é o segundo tumor mais comum no intestino grosso correspondendo a um terço do total de casos de câncer colorretal (CCR). Pacientes com câncer de reto em estádios II e III são tratados com radioquimioterapia neoadjuvante seguida de ressecção cirúrgica do tumor. Análises das peças cirúrgicas ressecadas mostraram que apenas 10-45% dos pacientes obtém resposta patológica completa (RCp) à terapia neoadjuvante, estando essa associada com uma diminuição da recorrência local, melhora da sobrevida livre de doença e aumento na preservação esfincteriana. Apesar da melhora na sobrevida nas últimas décadas, a resposta à terapia neoadjuvante continua variável e imprevisível e não é possível identificar e separar clinicamente os grupos de pacientes que terão ou não resposta completa ao tratamento neoadjuvante. Além disso, os mecanismos de resistência à radioquimioterapia nos tumores de reto são pouco compreendidos. Dessa forma, o objetivo principal deste estudo foi identificar marcadores e mecanismos celulares relacionados à resistência à terapia neoadjuvante em adenocarcinoma de reto e o papel das vesículas extracelulares (VEs) nesse processo. O estudo proteômico comparativo entre biópsias obtidas de tumores pré-tratamento com o tumor residual removido cirurgicamente pós-tratamento radioquimioterápico mostrou uma importante alteração no perfil de expressão proteica. Entre as proteínas que aumentam a expressão após a neoadjuvância estão as proteínas de reparo de dano de DNA, Ku70 e Ku80, e a proteína de tráfego intracelular Rab5C. Em um modelo in vitro, foi demonstrado que Rab5C orquestra um mecanismo de resistência à radioterapia nos tumores de reto através da modulação da internalização de EGFR promovida por radiação ionizante (RI). O EGRF intracelular por sua vez é essencial para regular a expressão de Ku70 e Ku80 e a resistência celular à RI. Estes dados apontam Rab5C e EGFR como potenciais alvos terapêuticos para sensibilizar células de câncer de reto resistentes ao tratamento neoadjuvante. Também foi observado que a RI promove alterações epigenéticas predominantemente de hipometilação, e entre os genes alterados estão SPG20 e TBC1D16, sendo o primeiro importante para a internalização de EGFR e o segundo para a regulação de Rab5C e modulação de EGFR. O perfil de expressão proteica foi ainda comparado entre biópsias pré-tratamento de pacientes com RCp e sem resposta patológica, e o resultado mostrou que esses dois grupos de pacientes apresentam um diferente perfil de expressão proteica. Nos pacientes com RCp as proteínas com aumento da expressão estão atuando em vias que favorecem a resposta à terapia, como a detoxificação de glutationa e degradação de glicogênio, enquanto as proteínas com aumento da expressão em pacientes sem RCp estão envolvidas em vias do metabolismo energético do tumor as quais contribuem para a resistência tumoral à terapia. As diferenças observadas nestes grupos devem ser amplamente exploradas uma vez que podem ser marcadores preditivos de resposta ao tratamento radioquimioterápico. A realização de estudos funcionais foi viabilizada pela geração de um modelo celular de tumor de reto resistente à radioterapia. Ao analisar as VEs secretadas por estas células foi observado que a RI não altera a quantidade e o tamanho médio das VEs secretadas, porém é capaz de alterar o carregamento proteico das mesmas. De fato, as VEs de células irradiadas apresentam um perfil proteico diferente quando comparadas as VEs de células não irradiadas, onde encontramos aumento da expressão de Ku70, Ku80 e Rab5C, além das metiltransferases NSUN2 e GLYM nas VEs de células pós RI. Interessantemente, as VEs secretadas por células irradiadas são capazes de transmitir a resistência à RI às células não irradiadas. Além disso os resultados mostraram que o tratamento com VEs de células irradiadas promove metilação em 98% do DNA avaliado em células SW837 em comparação ao tratamento com VEs de células não irradiadas. Os genes hipermetilados estão envolvidos em vias relacionadas ao sistema imune, como a apresentação de antígeno, sinalização de imunodeficiência primária e maturação de células dendríticas. Por fim, foi identificado que a expressão da proteína A33 está relacionada ao grau de diferenciação dos tumores colorretais, e que essa proteína está presente em VEs secretadas por células de adenocarcinoma de reto, indicando que a mesma pode ser usada para isolar VEs específicas do tecido colorretal. Os dados obtidos neste trabalho apontam mecanismos relacionados à resistência à terapia neoadjuvante no adenocarcinoma de reto e que em conjunto permitirão identificar novos alvos terapêuticos com potencial de melhorar a resposta à radioquimioterapia, além de identificar marcadores de resposta à terapia neoadjuvante antes do tratamento e dessa forma, poupar os pacientes não respondedores de terapias tóxicas e melhorar a sustentabilidade na saúde poupando os custos com drogas não eficientes para um grupo de pacientes.

Rectal cancer is the second most common cancer in large intestine, corresponding to one third of total cases of colorectal cancer (CRC). Patients with rectal cancer in stage II and III are treated with neoadjuvant chemoradiation followed by surgical resection. Analyzes of the resected tumor demonstrated that only 10-45% of the patients achieve pathological complete response (pCR) after neoadjuvant therapy, which is associated with a decrease in local recurrence, improvement of disease free survival and increase in sphincter preservation. Despite the improvement in survival in the last decades, the response to neoadjuvant therapy is still variable and unpredictable, and before the surgery it is not possible to identify and separate clinically the group of patients that will or will not have complete response to neoadjuvant treatment. Moreover, the mechanisms of resistance of rectal tumors to chemoradiation are poorly understood. Thus, the main objective of this work was to identify biomarkers and cellular mechanisms related to the resistance to neoadjuvant therapy in rectal adenocarcinomas and the role of extracellular vesicles (EVs) in this process. The comparative proteomic study between biopsy obtained from tumors pretreatment with residual tumor, post chemoradiation treatment, removed by surgery showed an important alteration in the protein expression profile. Among the proteins with increased expression after neoadjuvant therapy are the DNA repair proteins Ku70 and Ku80, and the protein involved in the intracellular trafficking, Rab5C. It was demonstrated in vitro that Rab5C orchestrates a mechanism of radioresistance in rectal tumors by modulating the EGFR internalization promoted by ionizing radiation (IR). The intracellular EGFR is essential to regulate Ku70 and Ku80 expression and the cell resistance to IR. These data pointed Rab5C and EGFR as potential therapeutic targets to sensitize rectal cancer cells resistant to neoadjuvant treatment. It was also observed that IR promotes epigenetic alterations, predominantly hypomethylation, and between the altered genes are SPG20 and TBC1D16, the first is important to EGFR internalization, while the second regulates Rab5C and modulates EGFR. The protein expression profile was further compared between biopsy pretreatment of patients with and without pCR, and the results showed that these two groups of patients present a different protein expression profile. In patients with pCR the proteins with increased expression are involved in pathways favoring the response to therapy, as glutathione-mediated detoxification and glycogen degradation, while the proteins with increased expression in patients without pCR are involved in tumor energetic metabolism pathways that contribute to tumor resistance to therapy. The observed differences in these groups should be widely explored since they may be predictive markers of response to chemoradiation treatment. The performance of functional studies was possible by generation of a cellular model of rectal tumor resistant to radiotherapy. The analysis of the EVs secreted by these cells showed that IR does not alter the amount and the medium size of secreted EVs, but is able to change their protein content. EVs from irradiated cells presented a different protein profile when compared to EVs from non-irradiated cells, where it was found the increased expression of Ku70, Ku80 and Rab5C, besides the methyltransferases NSUN2 and GLYM in EVs after irradiation. Interestingly, the EVs secreted by irradiated cells are capable of transfering resistance to IR to non-irradiated cells. Moreover, the results showed that the treatment of SW837 cells with EVs from irradiated cells promoted methylation in 98% of the analyzed DNA in comparison with the treatment with EVs from non-irradiated cells. The hypermethylated genes are involved in pathways related to immune system, as antigen presentation, primary immunodeficiency signaling and dendritic cells maturation. Lastly, it was identified that the A33 expression is related to the colorectal tumors differentiation degree, and this protein is present in EVs secreted by rectal adenocarcinoma, indicating that it may be used to isolate EVs specific from colorectal tissues. The data obtained in this work pointed to mechanisms related to resistance to neoadjuvant therapy in rectal adenocarcinoma that together will allow to identify new therapeutic targets with the potential to improve the response to chemoradiation, as well as to identify markers of response to neoadjuvant therapy before the treatment, and, in this way, avoid the non-responder patients to receive toxic therapies and improve health sustainability, sparing cost with non-efficient drugs for a group of patients.
Descritores: Neoplasias Retais/patologia
Neoplasias Retais/terapia
Adenocarcinoma/patologia
Adenocarcinoma/terapia
Terapia Neoadjuvante
Vesículas Extracelulares/patologia
-Neoplasias Retais/genética
Glicoproteínas de Membrana/análise
Biomarcadores
Adenocarcinoma/genética
Proteínas/análise
Expressão Gênica
Linhagem Celular
Sobrevivência Celular
Resultado do Tratamento
Genes erbB-1
Proliferação de Células
Vesículas Extracelulares/genética
Metilação
Invasividade Neoplásica
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Idoso
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


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Id: biblio-1051273
Autor: Martinez-Silveira, Adalgisa; Villarreal, Romina; Garmendia, Gabriela; Rufo, Caterina; Vero, Silvana.
Título: Process conditions for a rapid in situ transesterification for biodiesel production from oleaginous yeasts
Fonte: Electron. j. biotechnol;38:1-9, Mar. 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: BACKGROUND: Microbial oils produced by diverse microorganisms are being considered as alternative sources of triglycerides for biodiesel production. However, the standalone production of biodiesel from microorganisms is not currently economically feasible. In case of yeasts, the use of low-value nutrient sources in microbial production and the implementation of cost-efficient downstream processes could reduce costs and make microbial lipids competitive with other commodity-type oils in biodiesel production. Industrial biodiesel synthesis from oleaginous seeds is currently based on a multistep process. However, a simple process called in situ transesterification (ISTE), which takes place within the biomass without a previous lipid extraction step, is receiving increasing interest. In this work, the optimal conditions for an ISTE process to obtain biodiesel from previously selected oleaginous yeast (Rhodotorula graminis S1/S2) were defined using the response surface methodology (RSM). RESULTS: Using the RSM approach, the optimal conditions for the maximum yield with minimum reaction time included a methanol-to-biomass ratio of 60:1, 0.4 M H2SO4, and incubation at 70°C for 3 h. The optimized in situ process yield was significantly higher (123%) than that obtained with a two-step method in which fatty acids from saponifiable lipids were first extracted and then esterified with methanol. The composition of the fatty acid methyl ester mixture obtained from R. graminis S1/S2 by ISTE met Uruguayan standards for biodiesel. CONCLUSION: The characteristics achieved by the optimized method make microbial oil a potential alternative for biodiesel production from yeast at an industrial scale.
Descritores: Leveduras/metabolismo
Biocombustíveis
-Tempo de Reação
Rhodotorula
Biomassa
Meio Ambiente
Esterificação
Ésteres
Ácidos Graxos
Energia Renovável
Lipídeos
Metilação
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Texto completo SciELO Brasil
Latronico, Ana Claudia
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Id: biblio-1019366
Autor: Canton, Ana Pinheiro Machado; Seraphim, Carlos Eduardo; Brito, Vinicius Nahime; Latronico, Ana Claudia.
Título: Pioneering studies on monogenic central precocious puberty
Fonte: Arch. endocrinol. metab. (Online);63(4):438-444, July-Aug. 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT Pubertal timing in humans is determined by complex interactions including hormonal, metabolic, environmental, ethnic, and genetic factors. Central precocious puberty (CPP) is defined as the premature reactivation of the hypothalamic-pituitary-gonadal axis, starting before the ages of 8 and 9 years in girls and boys, respectively; familial CPP is defined by the occurrence of CPP in two or more family members. Pioneering studies have evidenced the participation of genetic factors in pubertal timing, mainly identifying genetic causes of CPP in sporadic and familial cases. In this context, rare activating mutations were identified in genes of the kisspeptin excitatory pathway (KISS1R and KISS1 mutations). More recently, loss-of-function mutations in two imprinted genes (MKRN3 and DLK1) have been identified as important causes of familial CPP, describing novel players in the modulation of the hypothalamic-pituitary-gonadal axis in physiological and pathological conditions. MKRN3 mutations are the most common cause of familial CPP, and patients with MKRN3 mutations present clinical features indistinguishable from idiopathic CPP. Meanwhile, adult patients with DLK1 mutations present high frequency of metabolic alterations (overweight/obesity, early onset type 2 diabetes and hyperlipidemia), indicating that DLK1 may be a novel link between reproduction and metabolism. Arch Endocrinol Metab. 2019;63(4):438-44
Descritores: Puberdade Precoce/genética
-Fenótipo
Puberdade Precoce/etiologia
Ribonucleoproteínas/genética
Proteínas de Ligação ao Cálcio
Inativação Gênica
Peptídeos e Proteínas de Sinalização Intercelular/genética
Peptídeos e Proteínas de Sinalização Intercelular/metabolismo
Kisspeptinas/genética
Receptores de Kisspeptina-1/genética
Proteínas de Membrana/genética
Proteínas de Membrana/metabolismo
Metilação
Mutação
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1118557
Autor: Hanschke, Steffi Christine de Holanda.
Título: Análise de modificações epigenéticas em regiões regulatórias do gene Ifng em linfócitos T / [Analysis of epigenetic changes in regulatory regions of the gene Ifng in T lymphocytes].
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2012. xiii, 96 f p.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Nacional de Câncer José Alencar Gomes da Silva para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: O interferon (IFN)-γ é a principal citocina envolvida na resposta imune antitumoral, além de ser essencial para a imunidade contra patógenos intracelulares. Enquanto células T CD8 produzem IFN-γ rapidamente após ativação, células T CD4 só produzem esta citocina após diferenciação no fenótipo Th1. Esta produção diferencial é refletida ao nível transcricional: após ativação células CD8 e Th1 apresentam uma indução rápida e crescente do mRNA de Ifng, enquanto células CD4 produzem baixos níveis do transcrito horas após ativação. Durante a diferenciação Th1, modificações epigenéticas no locus Ifng são necessárias para a expressão desta citocina. Para avaliarmos se a expressão diferencial de IFN-γ em células CD4 e CD8 também é dependente de modificações de cromatina, verificamos através de ensaios de hipersensibilidade a DNase I, a presença de regiões com diferente acesso à cromatina no locus Ifng em células CD4 e CD8 naive e Th1 e Th2. Muitas regiões analisadas apresentaram um padrão de hipersensibilidade a DNaseI independente da produção de IFN-γ, entretanto uma região localizada no promotor proximal de Ifng (HSI-4) é mais sensível a DNaseI em células CD8 e células Th1, o que correlaciona o acesso à cromatina à transcrição de Ifng nestas células. Desta forma esta região destacou-se como uma interessante região para analisarmos possíveis modificações epigenéticas diferenciais. Comparamos o padrão de metilação do promotor de Ifng, que inclui a região HSI-4, em células CD4 e CD8 estimuladas ou não por 3 e 72 horas. Observamos que o promotor está semelhantemente hipometilado em células CD4 e CD8 naive. Após a ativação estas células apresentam uma redução na metilação, da mesma forma que o obsevado em células Th1 reestimuladas. Encontramos algumas diferenças pontuais, como os sítios +12 e +114 que estão menos metilados em células CD8 do que em células CD4. O CpG -58, um importante sítio para ligação do fator transcricional ATF2/C-jun, torna-se metilado durante a diferenciação no fenótipo T helper. Porém, 72 horas após estímulo, este sítio não está mais metilado em células Th1, como observado em toda cinética de células CD4 e CD8. Este sítio localiza-se na região HSI-4, sugerindo que somente em células CD8 e Th1 encontra-se em uma região cuja cromatina está acessível. A análise do padrão de metilação de um enhancer de Ifng (CNS1) mostrou que nesta região os sítios CpG estão consistentemente metilados em todos os tipos celulares. Por fim, mostramos que uma sequência contida na região HSI-4 regula positivamente o gene Ifng e uma análise in silico revelou que diversos fatores transcricionais importantes para regulação da expressão de Ifng possuem sítios de ligação nessa região. Em conjunto, nossos dados sugerem que a expressão diferencial de IFN-γ por células CD4 e CD8 pode envolver a acessibilidade à região HSI-4, que regula positivamente o gene Ifng. Apesar do real papel biológico de alguns sítios CpG dever ser melhor investigado, especialmente os sítios -58; +12 e +114, a expressão diferencial de IFN-γ por linfócitos T não parece estar relacionada à metilação diferencial de dinucleotídeos CpG no promotor do gene Ifng, que inclui esta região HSI-4, nem na região CNS1.
Descritores: Linfócitos T
Interleucina-18
Epigenômica
-Cromatina
Metilação
Responsável: BR440.1 - Biblioteca Geraldo Matos de Sá . Hospital do Câncer I


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Id: biblio-959866
Autor: Medina Gómez, Laura María; Vásquez Palacio, Gonzalo; Muñetón Peña, Carlos Mario.
Título: Análisis de metilación en los genes supresores de tumores CDKN2B y DBC1 en pacientes colombianos con diagnóstico de leucemia / Methylation analysis of the CDKN2B and DBC1 tumour suppressor genes in leukaemia patients in Colombia
Fonte: Rev. colomb. cancerol;20(4):150-158, oct.-dic. 2016. ilus, tab.
Idioma: es.
Resumo: Objetivo: Analizar la metilación en los promotores de los genes CDKN2B y DBC1 en muestras de pacientes con leucemia linfoblástica aguda (LLA), leucemia mieloblástica aguda (LMA) y leucemia mieloide crónica (LMC). Además, correlacionar el perfil de metilación de los pacientes con los hallazgos citogenéticos. Materiales y métodos: Se evaluaron 56 pacientes con leucemias: 24 con LLA, 16 con LMA y 16 con LMC. El ADN extraído se modificó con bisulfito de sodio. Se realizó un análisis de metilación en los genes CDKN2B y DBC1 mediante la PCR específica de metilación (MS-PCR). Las muestras positivas por la técnica MS-PCR fueron secuenciadas. Resultados: Se encontró una frecuencia total de metilación del 87,5%. El gen CDKN2B se encontró metilado en el 75% de LLA y de LMC, y del 62% en LMA. El gen DBC1 se encontró metilado en el 96% de LLA, el 94% de LMA y del 68,8% en LMC. El gen más frecuentemente metilado en todas las muestras fue DBC1. De los tres tipos de leucemias, la LLA fue la que presentó los mayores porcentajes de metilación. El 62,5% de la muestras tenían metilado ambos genes. Las muestras con cariotipo normal presentaron una alta frecuencia de metilación de CDKN2B y DBC1. Conclusiones: En este estudio se demostró, por primera vez en pacientes colombianos con leucemias, que la metilación de los genes CDKN2B y DBC1 es un evento frecuente. Los hallazgos indican que la metilación de genes supresores de tumores es una vía molecular alterna que podría estar relacionada con el desarrollo de neoplasias hematológicas.

Objective: To perform a methylation analysis in the CDKN2B and DBC1 gene promoters in samples from Colombian patients with acute lymphoblastic leukaemia (ALL), acute myeloid leukaemia (AML), and chronic myeloid leukaemia (CML), and to correlate the methylation profile with cytogenetic findings. Material and methods: The study included a total of 56 bone marrow samples, 24 from patients with ALL, 16 from AML patients, and 16 from CML patients. DNA was extracted from these samples and converted with sodium bisulphite. Methylation analysis was performed using methylation specific PCR (MS-PCR). The samples that were positive for MS-PCR were sequenced to confirm the results. Results: A total methylation frequency of 87.5% was found. CDKN2B gene promoter hypermethylation was found in 75% of ALL and CML samples, and 62% in AML; while DBC1 gene promoter hypermethylation was found in 96% of the samples of ALL, 94% of AML, and in 68.8% of CML. The most frequently methylated gene in all samples was DBC1. ALL was the type of leukaemia that had the highest percentages of methylation. Almost two-thirds (62.5%) of the samples had both methylated genes. Samples with normal karyotype had a high frequency of methylation in CDKN2B and DBC1 genes. Conclusions: This study showed, for the first time in Colombian patients with leukaemia, that methylation of DBC1 and CDKN2B genes is a common event. Our findings indicate that methylation of tumour suppressor genes is an alternate genetic pathway related to the development of haematological malignancies.
Descritores: Leucemia Mielogênica Crônica BCR-ABL Positiva
Leucemia
Reação em Cadeia da Polimerase
Neoplasias Hematológicas
Diagnóstico
Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células Precursoras
-Medula Óssea
Genes Supressores
Citogenética
Cariótipo
Metilação
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Relatório Técnico
Responsável: CO40.1 - Biblioteca Médica


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Id: biblio-943741
Autor: Amaro Filho, Sérgio Menezes.
Título: Diversidade de metilação no DNA de HPV16 e HPV18 em carcinomas cervicais invasivos / Diversity of hpv16 and hpv18 dna methylation in invasive cervical carcinomas.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2017. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Nacional de Câncer José Alencar Gomes da Silva para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A metilação de citosinas em sítios CpG é uma das principais modificações epigenéticas e está frequentemente associada à repressão transcricional. Apesar de estudos demonstrarem que o promotor dos oncogenes E6/E7 apresenta modulação através da metilação e que existe aumento progressivo nos níveis de metilação em sítios CpG específicos durante a progressão do câncer cervical, pouco se sabe sobre o papel da metilação na regulação da transcrição viral e como características clínicas e biológicas do carcinoma cervical invasivo podem influenciar a metilação. O objetivo principal do trabalho foi caracterizar, em amostras de tumores cervicais invasivos, a diversidade dos níveis de metilação em sítios CpG presentes na LCR, L2 e L1 de HPV16 e HPV18. Os objetivos específicos: (i) caracterizar os níveis de metilação em sítios CpG na LCR de HPV16 e HPV18 por pirosequenciamento; (ii) caracterizar os níveis de metilação em sítios CpG na LCR, L2 e L1 de HPV16 e HPV18 por NGS; (iii) associar os níveis de metilação às características clínicas e biológicas da doença; e (iv) caracterização dos haplótipos de metilação de HPV16 e HPV18. As amostras foram obtidas de pacientes atendidas no ambulatório do INCA e diagnosticadas com câncer cervical invasivo. Foram selecionadas 229 amostras, sendo 165 infectadas com HPV16 e 64 com HPV18. PCR combinando iniciadores para os genes E1/E2 dos HPVs 16 e 18 foi utilizada para avaliar o estado físico do DNA viral. Os níveis de metilação foram determinados por conversão por bissulfito sódio das amostras de DNA, seguido de amplificação da região de interesse, LCR, L2 e L1, e análise por pirosequencimamento ou NGS. Informações clínicas e biológicas da doença foram extraídas de questionários, banco de dados e estudos prévios. Foram observados maiores níveis de metilação em sítios CpG presentes em L2 e L1 de HPV16 e HPV18 quando comparados à LCR...

DNA methylation plays one of the most important epigenetic modifications and often leads to repression of transcription. Despite studies that show oncogene promoters of HPV16 (P97) being modulated by methylation and that methylation in specific CpG sites is related to severity of cervical neoplasia, it is still unclear how methylation contributes to the viral transcription and how clinical and biological factors related with HPV can affect the methylation pattern in invasive cervical cancer (ICC). The main goal was to characterize diversity of methylation level in CpG sites of LCR, L2 and L1 of HPV16 and HPV18 in invasive cervical cancer samples. Specific goals: (i) characterize level of methylation in CpG sites at LCR of HPV16 and HPV18 by pyrosequencing; (ii) characterize level of methylation in CpG sites at LCR, L2 and L1 of HPV16 and HPV18 by NGS; (iii) associate level of methylation with clinical and biological tumor characteristics; and (iv) characterize the methylation haplotype of HPV16 and HPV18. The 229 selected samples, being 165 with HPV16 and 64 with HPV18, were obtained from biopsies of patients attended at INCA ambulatory and diagnosed with invasive cervical cancer (ICC). Level of methylation was assessed by means of bisulfite treatment followed by PCR and pyrosequencing or NGS. PCR combining pairs of primers was performed to assess integrity of E1 and E2 genes for HPV16 and HPV18. CaSki and HeLa cell lines were used as methylation control. Patient and clinical information were obtained from questionnaires, database and previous studies. The methylation level was higher in L2 and L1 CpG sites of HPV16 and HPV18 DNA in comparison with LCR...
Descritores: Metilação
Papillomaviridae
Neoplasias do Colo do Útero
Limites: Humanos
Feminino
Tipo de Publ: Estudo Clínico
Responsável: BR440.1 - Biblioteca Geraldo Matos de Sá . Hospital do Câncer I
BR440.1


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Id: lil-553318
Autor: Oliveira, Mariana Brait Rodrigues de.
Título: Detecção da hipermetilação em promotores dos genes 14-3-3sigma, RARbeta, APC e E-CAD como marcador molecular para o câncer de bexiga / Detection of promoter hypermethylation of 14-3-3sigma, RARbeta, APC, and E-CAD as a molecular marker for bladder cancer.
Fonte: São Paulo; s.n; 2006. 87 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Fundação Antônio Prudente para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer de bexiga está entre os dez tipos de câncer mais freqüentes em todo o mundo. Os mecanismos de carcinogênese e o aparecimento de recorrências no câncer de bexiga não estão esclarecidos, portanto o desenvolvimento de marcadores moleculares para melhorar o diagnóstico ou prever a ocorrência de recidivas levaria a um controle mais efetivo deste tipo tumoral... Quase 91% das amostras apresentaram um ou mais genes metilados. Como a metilação de 14-3-3sigma ainda não havia sido demonstrada em tumores de bexiga, linhagens celulares derivadas deste tipo tumoral que tinham seu padrão de metilação conhecido para este gene foram submetidas ao tratamento com o agente desmetilante 5'-aza-dCR e após este tratamento, a expressão deste gene foi re-estabelecida... Os sete genes (CALCA, PGP9.5, CCND2, AIM1, MINT1, CRBP e CCNA1) foram então testados em um conjunto de validação composto de 93 amostras tumorais e 26 normais. Nenhuma metilação foi observada em amostras normais para os genes MINT1 e CCNA1. Em amostras de câncer de bexiga, encontrarmos 57% de metilação em CCNA1 e 31,2% em MINT1. Em tumores, a freqüência de hipermetilação de CRBP foi de 38,7% e em normais de 3,9%. O gene CALCA apresentou-se metilado em 64,5 dos tumores e 15,4% dos normais. Em 19,2% dos normais foi observada hipermetilação em PGP9.5 e CCND2 e nos tumores 71% e 57%, respectivamente. Metilação em AIM1 estava presente em 83,9% dos tumores e amostras normais... Nossos resultados também demonstram que QMSP utilizando os genes aqui selecionados podem apresentar especificidades e sensibilidades adequadas para o uso clínico destes testes na rotina. Estudos mais amplos com maior número de amostras e seguimento longitudinal e o teste destes marcadores em DNA extraído de urina vão ajudar a definir a sua utilidade para a detecção precoce de câncer de bexiga e o acompanhamento desta doença...

Bladder cancer is among the ten most frequent cancer types worldwide. Mechanisms of bladder carcinogenesis and the development of recurrent bladder cancer remain unclear; therefore, the development of molecular markers to improve diagnosis or tumor recurrence prediction would facilitate more effective management of this cancer type. Tumor markers based on the detection of aberrant promoter methylation of several known or putative tumor suppressor genes offer a potentially powerful approach for cancer detection. We selected four genes (E-CAD, RARß, 14-3-3σ, and APC), frequently silenced by aberrant methylation in different tumor types, and investigated their aberrant methylation profile in 73 bladder tumors. DNA was extracted from formalin-fixed, paraffin-embedded sections and the DNA was subjected to MSP. Methylation frequencies of the tested genes were 71.2% for 14-3-3σ, 58.9% for APC, 49.3% for RARß, and 28.8% for E-CAD. Almost 91% of the samples studied showed one or more of these genes methylated. Because 14-3-3σ hypermethylation was not described in bladder cancer, cell lines known to be methylated and unmethylated for this gene were submitted to the treatment with the demethylating agent 5'-aza-2´-deoxycytidine and the expression of this gene was restored. We then selected additional 21 genes to study their methylation status (CTNNB1, CALCA, hMLH1, PGP9.5, DAPK, CCND2, HIC1, AIM1, DCC, MINT1, MINT31, FANC-F, TGF-ß, ATM, CRBP, THBS1, 14-3-3σ, CCNA1, ESR, FHIT, and MT1G) by quantitative fluorogenic real-time methylation specific PCR (QMSP) in an evaluation set consisting of 25 bladder tumor samples and 5 bladder normal samples. Based on the frequency of methylation observed for these genes in the evaluation set, we selected 7 candidate genes (CALCA, PGP9.5, CCND2, AIM1, MINT1, CRBP, and CCNA1) for further analysis in a set of 93 tumor samples and 26 normal controls. We found no methylation in normal samples for MINT1 and CCNA1. In primary bladder tumors, we found CCNA1 hypermethylation in 57% and MINT1 hypermethylation in 31,2%. CRBP hypermethylation was observed in 38.7% of the tumors samples and 3.9% of the normal samples. CALCA hypermethylation was observed in 64,5% of the tumors and 15,4% of the normal samples. 19,2% of normal samples showed methylation for PGP9.5 and CCND2, and 71% and 57% of the tumors, respectively. AIM1 hypermethylation was present in 83.9% of tumor samples and 27% of the normal ones. In general, methylation levels were higher in tumors compared with normal samples. Almost 95% of the tumor samples showed one or more of these genes methylated. The high frequencies of hypermethylation found both by MSP and QMSP assay for the genes selected in tumor samples and the very low frequency observed in normal tissues (considering the seven genes studied in normal samples) suggest that these epigenetic alterations are important in bladder cancer development. Our results also demonstrate that the QMSP using the genes selected in this study may have the desired specificity and sensitivity for routine clinical use. Further studies using large cohorts with longitudinal follow up and testing these markers in urine DNA will help defining their utility for early bladder cancer detection and disease monitoring (AU)
Descritores: Biomarcadores Tumorais
Metilação
Metilação de DNA
Neoplasias da Bexiga Urinária
Regiões Promotoras Genéticas
Limites: Humanos
Adulto
Responsável: BR30.1 - Biblioteca
BR30.1


  10 / 47 LILACS  
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Id: lil-141017
Autor: Maia, Everaldo Lima; Rodriguez-Amaya, Délia B.
Título: Avaliaçäo de um método simples e econômico para a metilaçäo de ácidos graxos com lipídios de diversas espécies de peixes / Evaluation of a simple and inexpensive method for the methylation of fatty acid with lipids of various fish species
Fonte: Rev. Inst. Adolfo Lutz;53(1/2):27-35, 1993. tab.
Idioma: pt.
Resumo: Existem diversas técnicas disponíveis para a preparaçäo de ésteres metílicos de ácidos graxos, cada uma tendo vantagens e desvantagens. O método de METCALFE et alii utiliza o reagente BF3-MeOH que é caro e importado, o método de HARTMAN & LAGO emprega reagentes comuns, mas requer mais vidrarias e maiores manipulaçöes. Aproveitando os aspectos vantajosos dos dois métodos citados, foi experimentado um método que proporciona rapidez, simplicidade e baixo custo. Utilizou-se o reagente esterificante de HARTMAN & LAGO e as demais etapas descritas por METCALFE et alii, sendo que as reaçöes de hidrólise e esterificaçäo foram realizadas em tubo de ensaio. O método proposto foi comparado com o método de METCALFE et alii, utilizando os lipídios musculares de pacu, Piaractus mesopotamicus e sardinha, Sardinella brasilensis. Para a separaçäo e quantificaçäo dos ácidos graxos foi utilizada cromatografia gasosa de alta resoluçäo. Näo houve diferença significativa ao nível de 5 por cento nas porcentagens de 18 ácidos graxos de pacu. De 36 ácidos graxos de sardinha, uma diferença significativa a nível de 5 por cento foi observada em apenas dois. Mesmo para estes dois ácidos graxos, a diferença näo foi significativa a nível de 1 por cento . Portanto, os dois métodos säo equivalentes. Estes dois métodos também apresentam resultados semelhantes para os lipídios de curimbatá, tilápia e tambaqui, deminstrando a alta aplicabilidade do método proposto
Descritores: Peixes
Ácidos Graxos
Lipídeos
Metilação
Métodos
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação



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