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Id: biblio-1177915
Autor: Gomes de Andrade, Carlos Alberto.
Título: Diseño de estrategias para controlar la resistencia a los antimicrobianos utilizando herramientas de bioinformática y modelado molecular / Design of strategies to control antimicrobial resistance using bioinformatics tools and molecular modeling.
Fonte: Caracas; s.n; dic, 2011. 239 p. tab, ilus, graf. (Ift4872011615729).
Idioma: es.
Tese: Apresentada a Universidad Central de Venezuela. Facultad de Farmacia para obtenção do grau de Doctor.
Símbolo: Ift4872011615729.
Resumo: El éxito del tratamiento de las enfermedades infecciosas se ha visto comprometido en los últimos años debido a la diseminación de genes de resistencia a antibióticos entre las bacterias patógenas. Estos genes de resistencia a antibióticos son transportados por plásmidos, los cuáles son transferidos de una bacteria a otra mediante el proceso de conjugación. La reducción del uso inadecuado de los antibióticos y la búsqueda de inhibidores de la conjugación bacteriana son estrategias que podrían contribuir a la solución de este grave problema de salud pública. Basándose en la primera de esta estrategias, en enero de 2006 se regulo la dispensación de un grupo de antibióticos a fin de controlar su consumo. El análisis realizado en este trabajo seǹala que esta medida ha resultado ineficaz, puesto que el consumo y la resistencia bacteriana total a estos antimicrobianos se incrementó significativamente durante el periodo posterior a su promulgación. La resistencia bacteriana a muchas de las familias de antibióticos estudiadas esta solo parcialmente influenciada por su consumo, destacando la participación de otros factores, como la transferencia de genes de resistencia a antibióticos, en la prevalencia de cepas bacterianas resistentes. La identificación de proteínas del cito-cromo P450 de estructura y ligados conocidos, que tenían una similitud significativa en su secuencia de aminoácidos con la proteína de acoplamiento TRAG de los plásmidos R27 y R478, permitió identificar a los medicamentos diclofenac y ketoprofeno como potenciales inhibidores de la transferencia por conjugación de estos plásmidos. El modelado por homología de TRAG revelo que su dominio de solo hélices alfa podría ser el blanco de estos medicamentos. El ingreso de diclofenac o ketoprofeno a una cavidad en este dominio podría interferir en la interacción con el DNA portador de genes de resistencia a antibióticos que esta siendo transferido mediante el proceso de conjugación.
Descritores: Resistência Microbiana a Medicamentos/genética
Anti-Inflamatórios não Esteroides/farmacologia
Conjugação Genética/efeitos dos fármacos
Biologia Computacional/métodos
Anti-Infecciosos/farmacologia
-Diclofenaco/uso terapêutico
Diclofenaco/farmacologia
Cetoprofeno/uso terapêutico
Cetoprofeno/farmacologia
Doenças Transmissíveis/tratamento farmacológico
Sequência de Aminoácidos/efeitos dos fármacos
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Anti-Infecciosos/administração & dosagem
Anti-Infecciosos/efeitos adversos
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: VE497.1 - Biblioteca Dr. Oswaldo Enríquez Isava
VE497.1; D-CF, G65


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Id: biblio-1045580
Autor: Alleyne, T; Ashe, D.
Título: Hydrogen/rydride ion relay - a mechanism for early electron transfer in cytochrome c oxidases / El reléuónico hidrógeno-hidruro: un mecanismo de transferencia temprana de electrones en las citocromo c oxidasas
Fonte: West Indian med. j;62(1):3-11, Jan. 2013. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Cytochrome c oxidase (COX) employs electrons obtained from cytochrome c to bring about the reduction of oxygen to water. It is known that the electrons originate from the haem edge of cytochrome c and enters bovine COX at Trp-104. It is also known that Tyr-105, Glu-198 and Asp-158 of COX subunit II play roles in the enzyme's catalysis but how these roles are linked to electron transfer remain unclear. Recently, we proposed that electrons travel from the haem edge of cytochrome c to CuA, the first metal redox centre of COX, by a hydrogen/hydride ion relay using six residues. Now using a similar computer assisted approach, we investigate the extent to which this hydride/hydrogen ion mechanism is common amongst oxidases. The crystal structures of COX from P denitrificans, R sphaeroides and T thermophilus and quinol oxidase from E coli were downloaded and their binding domains analysed. As with bovine, all four oxidases had only nine amino acid residues in that region and both the sequences and three-dimensional structures were highly conserved. We propose that these residues function as a hydrogen/hydride ion relay, participating directly in electron transfer to CuA. We further suggest that this electron transfer mechanism might be a common feature in oxidases.

La citocromo c oxidasa (COX) emplea electrones obtenidos del citocromo c para producir la reducción del oxígeno a agua. Se sabe que los electrones originan a partir del hemo del citocromo c, y entran en la COX bovina en Trp-104. También se conoce que Tyr-105, Glu-198 y Asp-158 de la subunidad II de COX, desempeñan papeles en la catálisis de la enzima, pero no hay todavía claridad en cuanto a cómo estos papeles se hallan vinculados con la transferencia de electrones. Recientemente, sugerimos que los electrones viajan del borde del hemo del citocromo c al CuA, el primer centro metálico de reacción redox de la COX, por un relé iónico hidrógeno-hidruro, usando seis residuos. Ahora, usando un enfoque similar computarizado, investigamos hasta que punto este mecanismo de iones hidrógeno/hidruro es común entre las oxidasas. Se bajaron y analizaron los dominios de unión de las estructuras cristalinas de la COX de P denitrificans, R sphaeroides, y T thermophilus, y de la quinol oxidasa de la E coli. Como en el caso de la bovina, las cuatro oxidasas tenían sólo nueve residuos de aminoácido en esa región, y tanto las secuencias como las estructuras tridimensionales presentaban un alto grado de conservación. Proponemos que estos residuos funcionan como un relé iónico hidrógeno-hidruro, participando directamente en una transferencia de electrones al CuA. Asimismo, sugerimos que este mecanismo de transferencia de electrones podría ser un rasgo común de las oxidasas.
Descritores: Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/metabolismo
Citocromos c/metabolismo
Heme/química
Hidrogênio/metabolismo
-Oxirredução
Paracoccus denitrificans/enzimologia
Prótons
Rhodobacter sphaeroides/enzimologia
Sequência de Aminoácidos
Thermus thermophilus/enzimologia
Escherichia coli/enzimologia
Limites: Animais
Bovinos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Chile
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Id: biblio-950858
Autor: Simm, Stefan; Einloft, Jens; Mirus, Oliver; Schleiff, Enrico.
Título: 50 years of amino acid hydrophobicity scales: revisiting the capacity for peptide classification
Fonte: Biol. Res;49:1-19, 2016. ilus, graf, tab.
Idioma: en.
Projeto: Deutsche Forschungsgemein.
Resumo: BACKGROUND: Physicochemical properties are frequently analyzed to characterize protein-sequences of known and unknown function. Especially the hydrophobicity of amino acids is often used for structural prediction or for the detection of membrane associated or embedded ß-sheets and α-helices. For this purpose many scales classifying amino acids according to their physicochemical properties have been defined over the past decades. In parallel, several hydrophobicity parameters have been defined for calculation of peptide properties. We analyzed the performance of separating sequence pools using 98 hydrophobicity scales and five different hydrophobicity parameters, namely the overall hydrophobicity, the hydrophobic moment for detection of the α-helical and ß-sheet membrane segments, the alternating hydrophobicity and the exact ß-strand score. RESULTS: Most of the scales are capable of discriminating between transmembrane α-helices and transmembrane ß-sheets, but assignment of peptides to pools of soluble peptides of different secondary structures is not achieved at the same quality. The separation capacity as measure of the discrimination between different structural elements is best by using the five different hydrophobicity parameters, but addition of the alternating hydrophobicity does not provide a large benefit. An in silico evolutionary approach shows that scales have limitation in separation capacity with a maximal threshold of 0.6 in general. We observed that scales derived from the evolutionary approach performed best in separating the different peptide pools when values for arginine and tyrosine were largely distinct from the value of glutamate. Finally, the separation of secondary structure pools via hydrophobicity can be supported by specific detectable patterns of four amino acids. CONCLUSION: It could be assumed that the quality of separation capacity of a certain scale depends on the spacing of the hydrophobicity value of certain amino acids. Irrespective of the wealth of hydrophobicity scales a scale separating all different kinds of secondary structures or between soluble and transmembrane peptides does not exist reflecting that properties other than hydrophobicity affect secondary structure formation as well. Nevertheless, application of hydrophobicity scales allows distinguishing between peptides with transmembrane α-helices and ß-sheets. Furthermore, the overall separation capacity score of 0.6 using different hydrophobicity parameters could be assisted by pattern search on the protein sequence level for specific peptides with a length of four amino acids.
Descritores: Interações Hidrofóbicas e Hidrofílicas
Aminoácidos/química
Proteínas de Membrana/química
-Valores de Referência
Fatores de Tempo
Pesos e Medidas
Algoritmos
Valor Preditivo dos Testes
Reprodutibilidade dos Testes
Sequência de Aminoácidos
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Aminoácidos/classificação
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Texto completo SciELO Chile
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Id: biblio-950886
Autor: Vorphal, María Alejandra; Bruna, Carola; Wandersleben, Traudy; Dagnino-Leone, Jorge; Lobos-González, Francisco; Uribe, Elena; Martínez-Oyanedel, José; Bunster, Marta.
Título: Molecular and functional characterization of ferredoxin NADP(H) oxidoreductase from Gracilaria chilensis and its complex with ferredoxin
Fonte: Biol. Res;50:39, 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FONDECYT.
Resumo: BACKGROUND: Ferredoxin NADP(H) oxidoreductases (EC 1.18.1.2) (FNR) are flavoenzymes present in photosynthetic organisms; they are relevant for the production of reduced donors to redox reactions, i.e. in photosynthesis, the reduction of NADP+ to NADPH using the electrons provided by Ferredoxin (Fd), a small FeS soluble protein acceptor of electrons from PSI in chloroplasts. In rhodophyta no information about this system has been reported, this work is a contribution to the molecular and functional characterization of FNR from Gracilaria chilensis, also providing a structural analysis of the complex FNR/Fd. METHODS: The biochemical and kinetic characterization of FNR was performed from the enzyme purified from phycobilisomes enriched fractions. The sequence of the gene that codifies for the enzyme, was obtained using primers designed by comparison with sequences of Synechocystis and EST from Gracilaria. 5'RACE was used to confirm the absence of a CpcD domain in FNRPBS of Gracilaria chilensis. A three dimensional model for FNR and Fd, was built by comparative modeling and a model for the complex FNR: Fd by docking. RESULTS: The kinetic analysis shows KMNADPH of 12.5 M and a kcat of 86 s-1, data consistent with the parameters determined for the enzyme purified from a soluble extract. The sequence for FNR was obtained and translated to a protein of 33646 Da. A FAD and a NADP+ binding domain were clearly identified by sequence analysis as well as a chloroplast signal sequence. Phycobilisome binding domain, present in some cyanobacteria was absent. Transcriptome analysis of Gch revealed the presence of two Fd; FdL and FdS, sharing the motif CX5CX2CX29X. The analysis indicated that the most probable partner for FNR is FdS. CONCLUSION: The interaction model produced, was consistent with functional properties reported for FNR in plants leaves, and opens the possibilities for research in other rhodophyta of commercial interest.
Descritores: Gracilaria/enzimologia
Ferredoxina-NADP Redutase/química
Ferredoxinas/metabolismo
-Oxirredução
Fotossíntese/fisiologia
Sequência de Aminoácidos
Gracilaria/química
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida
Ferredoxina-NADP Redutase/genética
Ferredoxina-NADP Redutase/farmacocinética
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Texto completo SciELO Brasil
Angelo, Margareth
Riesco, Maria Luiza Gonzalez
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Id: lil-731305
Autor: Fonseca, Rosa Maria Godoy Serpa da; Ângelo, Margareth; Fujimori, Elizabeth; Riesco, Maria Luiza Gonzalez.
Título: The Nursing Graduate Program at 40 Years: What Can We Commemorate? / Os 40 anos do PPGE: o que temos a comemorar? / Los 40 años del PPGE: ¿Qué tenemos para conmemorar?
Fonte: Rev. Esc. Enferm. USP;48(spe):1-6, 08/2014.
Idioma: en.
Descritores: Bioensaio/métodos
Catepsinas/metabolismo
Leucina/análogos & derivados
Proteínas Luminescentes/metabolismo
Lisossomos/metabolismo
-Sequência de Aminoácidos
Catepsina L
Catepsinas/antagonistas & inibidores
Cisteína Endopeptidases
Proteínas de Fluorescência Verde
Células HeLa
Concentração de Íons de Hidrogênio
Leucina/metabolismo
Dados de Sequência Molecular
Proteínas Recombinantes de Fusão/metabolismo
Espectrometria de Fluorescência
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Merighi, Miriam Aparecida Barbosa
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Id: lil-731286
Autor: Silva, Marcelo Henrique da; Jesus, Maria Cristina Pinto de; Merighi, Miriam Aparecida Barbosa; Oliveira, Deíse Moura de.
Título: Limits and possibilities experienced by nurses in the treatment of women with chronic venous ulcers / Límites y posibilidades vividas por enfermeras en el tratamiento de mujeres con úlcera venosa crónica / Limites e possibilidades vivenciados por enfermeiras no tratamento de mulheres 
com úlcera venosa crônica
Fonte: Rev. Esc. Enferm. USP;48(spe):53-58, 08/2014.
Idioma: en.
Resumo: Objective To understand the experiences and expectations of nurses in the treatment of women with chronic venous ulcers. Method Phenomenological research was based on Alfred Schütz, whose statements were obtained in January, 2012, through semi-structured interviews with seven nurses. Results The nurse reveals the difficulties presented by the woman in performing self-care, the perceived limitations in the treatment anchored in motivation, and the values and beliefs of women. It showed professional frustration because venous leg ulcer recurrence, lack of inputs, interdisciplinary work and training of nursing staff. There was an expected adherence to the treatment of women, and it emphasized the need for ongoing care, supported self-care and standard practices in treatment. Conclusion That treatment of chronic venous leg ulcers constitutes a challenge that requires collective investment, involving women, professionals, managers and health institutions. .

Objetivo Comprender las experiencias y expectativas de enfermeras en el tratamiento de mujeres con úlcera venosa crónica. Método Investigación fenomenológica fundamentada en Alfred Schutz, que buscó Se realizó entrevista semiestructurada con siete enfermeras, en enero del 2012. Resultados La enfermera revela dificultades presentadas por la mujer para realizar el autocuidado, percibe limitaciones en el tratamiento relacionadas con la desmotivación, los valores y las creencias de las mujeres. Refiere frustración profesional debido a la recidiva de la lesión, a la falta de insumos, al deficiente trabajo interdisciplinar y a la limitada capacitación del equipo de enfermeras. Espera la adhesión de la mujer al tratamiento y resalta la necesidad del cuidado continuo, del autocuidado apoyado y de estandarizar conductas de tratamiento. Conclusión El tratamiento de la úlcera venosa crónica es un desafío que requiere contribución colectiva, involucrando a las mujeres, a los profesionales, a los gestores y a las instituciones de salud. .

Objetivo Compreender as experiências e expectativas de enfermeiras no tratamento de mulheres com úlcera venosa crônica na Atenção Primária à Saúde. Método Pesquisa fundamentada na fenomenologia social de Alfred Schütz, com depoimentos obtidos em janeiro de 2012, por meio de entrevista semiestruturada com sete enfermeiras. Resultados As enfermeiras revelam dificuldades apresentadas pelas mulheres com úlcera venosa crônica para realizar o autocuidado, percebem limitações na terapêutica ancoradas na desmotivação e nos valores e crenças das mulheres. Referem frustração profissional em razão da recidiva da lesão, falta de insumos e tecnologia, de trabalho interdisciplinar e da capacitação da equipe de enfermagem. Esperam a adesão das mulheres ao tratamento e ressaltam a necessidade do cuidado contínuo, do autocuidado apoiado e da padronização de condutas no tratamento. Conclusão O tratamento da úlcera venosa crônica constitui-se em um desafio que requer investimento coletivo, envolvendo a mulher, os profissionais, os gestores e as instituições de saúde. .
Descritores: Proteínas de Caenorhabditis elegans/isolamento & purificação
Caenorhabditis elegans/metabolismo
Membrana Celular/metabolismo
Canais Iônicos/isolamento & purificação
Canais Iônicos/metabolismo
Proteínas do Tecido Nervoso/isolamento & purificação
Proteínas do Tecido Nervoso/metabolismo
Sistema Nervoso/metabolismo
Neurônios Aferentes/metabolismo
Sensação/genética
-Sequência de Aminoácidos/genética
Sequência de Bases/genética
Comportamento Animal/efeitos dos fármacos
Comportamento Animal/fisiologia
Proteínas de Caenorhabditis elegans/genética
Proteínas de Caenorhabditis elegans/metabolismo
Caenorhabditis elegans/citologia
Capsaicina/farmacologia
Compartimento Celular/genética
Membrana Celular/efeitos dos fármacos
Membrana Celular/ultraestrutura
Regulação da Expressão Gênica/fisiologia
Canais Iônicos/genética
Canais Iônicos/ultraestrutura
Dados de Sequência Molecular
Mutação/genética
Proteínas do Tecido Nervoso/genética
Proteínas do Tecido Nervoso/ultraestrutura
Sistema Nervoso/citologia
Sistema Nervoso/efeitos dos fármacos
Neurônios Aferentes/citologia
Neurônios Aferentes/efeitos dos fármacos
Dor/genética
Dor/metabolismo
Dor/fisiopatologia
Filogenia
Receptores de Droga/efeitos dos fármacos
Receptores de Droga/metabolismo
Receptores de Droga/ultraestrutura
Sensação/efeitos dos fármacos
Transdução de Sinais/genética
Canais de Cátion TRPV
Canais de Potencial de Receptor Transitório
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Machado, Rosangela Zacarias
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Id: biblio-1042527
Autor: Ramos, Inalda Angélica de Souza; Herrera, Heitor Miraglia; Mendes, Natália Serra; Fernandes, Simone de Jesus; Campos, João Bosco Vilela; Alves, João Vitor Almeida; Macedo, Gabriel Carvalho de; Machado, Rosangela Zacarias; André, Marcos Rogério.
Título: Phylogeography of msp4 genotypes of Anaplasma marginale in beef cattle from the Brazilian Pantanal / Filogeografia de genótipos msp4 de Anaplasma marginale em gado de corte no Pantanal brasileiro
Fonte: Rev. bras. parasitol. vet;28(3):451-457, July-Sept. 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP; . FUNDECT; . CNPq; . CNPq; . CAPES.
Resumo: Abstract The msp4 gene of A. marginale is unicodon, stable and mostly homogeneous, being considered as a useful marker for phylogeographic characterization of this bacterium. The objective of this work was to analyze the phylogeography of A. marginale based on the msp4 gene in beef cattle from the Brazilian Pantanal, compared to those found in other regions worldwide. The blood samples investigated were collected from 400 animals (200 cows and 200 calves) reared in five extensive breeding farms in this region. The results indicated that of the evaluated samples, 56.75% (227/400) were positive for A. marginale based on the msp1β gene by quantitatitve PCR (qPCR), while 8.37% (19/227) were positive for the msp4 gene in the conventional PCR. In the Network distance analysis, 14 sequences from the Brazilian Pantanal were grouped into a single group with those from Thailand, India, Spain, Colombia, Parana (Brazil), Mexico, Portugal, Argentina, China, Venezuela, Australia, Italy and Minas Gerais (Brazil). Among 68 sequences from Brazil and the world, 15 genotypes were present while genotype number one (#1) was the most distributed worldwide. Both Splitstree and network analyses showed that the A. marginale msp4 sequences detected in beef cattle from the Brazilian Pantanal showed low polymorphism, with the formation of one genogroup phylogenetically related to those found in ruminants from South and Central America, Europe, and Asia.

Resumo O gene msp4 de A. marginale é unicodon, estável e pouco heterogêneo, sendo considerado como um marcador útil para caracterização filogeográfica desta bactéria. Este trabalho teve como objetivo analisar a filogeografia de A. marginale com base no gene msp4 em bovinos de corte do Pantanal Brasileiro, comparativamente a outra regiões do mundo. Alíquotas de sangue foram colhidas de 400 bovinos (200 vacas e 200 bezerros) em cinco propriedades de cria e recria extensiva. Como resultado, 56,75% (227/400) mostraram-se positivas para A. marginale pela qPCR para o gene msp1β e destas, 8,37% (19/227) amostras foram positivas na PCR convencional para o gene msp4. Na análise de distância Network, 14 sequências do Pantanal brasileiro foram agrupadas em um único grupo com as da Thailândia, Índia, Espanha, Colômbia, Paraná (Brasil), México, Portugal, Argentina, China, Venezuela, Austrália, Italia e Minas Gerais (Brasil). Dentre 68 sequências do Brasil e do mundo, constatou-se a presença de 15 genótipos, sendo o genótipo número um (#1) o mais distribuído. As sequências msp4 de A. marginale detectadas em bovinos de corte no Pantanal brasileiro apresentaram baixo polimorfismo com formação de dois genogrupos filogeneticamente relacionados àqueles encontrados em ruminantes de países das América do Sul e Central, Europa e Ásia.
Descritores: Proteínas de Bactérias/genética
Bovinos/microbiologia
Anaplasma marginale/genética
Filogeografia/métodos
Proteínas de Membrana/genética
-Ásia
América
Brasil
DNA Bacteriano/genética
Dados de Sequência Molecular
Reação em Cadeia da Polimerase
Sequência de Aminoácidos
Anaplasma marginale/isolamento & purificação
Europa (Continente)
Genótipo
Limites: Animais
Masculino
Feminino
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Tendler, Miriam
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Id: lil-295892
Autor: Ramos, Celso Raul Romero; Vilar, Mônica Magno; Nascimento, Ana Lúcia Tabet Oller; Ho, Paulo Lee; Thaumaturgo, Nilton; Edelenyi, Ricardo; Almeida, Marília; Dias, Waldely de Oliveira; Diogo, Catia Maria; Tendler, Miriam.
Título: r-Sm14 - pRSETA efficacy in experimental animals
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;96(suppl):131-135, Sept. 2001. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Previous studies carried out with Sm14 in experimental vaccination against Schistosoma mansoni or Fasciola hepatica infections were performed with recombinant Sm14 (rSm14) produced in Escherichia coli by the pGEMEX system (Promega). The rSm14 was expressed as a 40 kDa fusion protein with the major bacteriophage T7 capsid protein. Vaccination experiments with this rSm14 in animal models resulted in consistent high protective activity against S. mansoni cercariae challenge and enabled rSm14 to be included among the vaccine antigens endorsed by the World Health Organization for phase I/II clinical trials. Since the preparation of pGEMEX based rSm14 is time consuming and results in low yield for large scale production, we have tested other E. coli expression systems which would be more suitable for scale up and downstream processing. We expressed two different 6XHis-tagged Sm14 fusion proteins in a T7 promoter based plasmids. The 6XHis-tag fusions allowed rapid purification of the recombinant proteins through a Ni+2-charged resin. The resulted recombinant 18 and 16 kDa proteins were recognized by anti-Sm14 antibodies and also by antiserum against adult S. mansoni soluble secreted/excreted proteins in Western-Blot. Both proteins were also protective against S. mansoni cercariae infection to the same extent as the rSm14 expressed by the pGEMEX system
Descritores: Schistosoma mansoni/imunologia
Proteínas Recombinantes
Anticorpos Anti-Helmínticos/fisiologia
Proteínas de Helminto/fisiologia
-Plasmídeos
Proteínas Recombinantes/isolamento & purificação
Proteínas de Transporte
Proteínas de Helminto/isolamento & purificação
Western Blotting
Sequência de Aminoácidos
Vacinação
DNA Complementar
Modelos Animais
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida
Escherichia coli
Ácidos Graxos
Limites: Animais
Feminino
Camundongos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1089293
Autor: Guzzi, A F; Oliveira, F S L; Amaro, M M S; Tavares-Filho, P F; Gabriel, J E.
Título: In silico prediction of the functional and structural consequences of the non-synonymous single nucleotide polymorphism A122V in bovine CXC chemokine receptor type 1 / Predição in silico das consequências funcionais e estruturais do polimorfismo de nucleotídeo único não-sinônimo A122V no receptor de quimiocina CXC do tipo I bovino
Fonte: Braz. j. biol;80(1):39-46, Feb. 2020. graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract The current study aimed to assess whether the A122V causal polymorphism promotes alterations in the functional and structural proprieties of the CXC chemokine receptor type 1 protein (CXCR1) of cattle Bos taurus by in silico analyses. Two amino acid sequences of bovine CXCR1 was selected from database UniProtKB/Swiss-Prot: a) non-polymorphic sequence (A7KWG0) with alanine (A) at position 122, and b) polymorphic sequence harboring the A122V polymorphism, substituting alanine by valine (V) at same position. CXCR1 sequences were submitted as input to different Bioinformatics' tools to examine the effects of this polymorphism on functional and structural stabilities, to predict eventual alterations in the 3-D structural modeling, and to estimate the quality and accuracy of the predictive models. The A122V polymorphism exerted tolerable and non-deleterious effects on the polymorphic CXCR1, and the predictive structural model for polymorphic CXCR1 revealed an alpha helix spatial structure typical of a receptor transmembrane polypeptide. Although higher variations in the distances between pairs of amino acid residues at target-positions are detected in the polymorphic CXCR1 protein, more than 97% of the amino acid residues in both models were located in favored and allowed conformational regions in Ramachandran plots. Evidences has supported that the A122V polymorphism in the CXCR1 protein is associated with increased clinical mastitis incidence in dairy cows. Thus, the findings described herein prove that the replacement of the alanine by valine amino acids provokes local conformational changes in the A122V-harboring CXCR1 protein, which could directly affect its post-translational folding mechanisms and biological functionality.

Resumo O presente estudo objetivou avaliar se o polimorfismo causal A122V promove alterações nas propriedades funcionais e estruturais da proteína receptora de quimiocina CXC do tipo 1 (CXCR1) de bovino Bos taurus por análises in silico. Duas sequências de aminoácidos da CXCR1 bovina foram selecionadas a partir do banco de dados UniProtKB/Swiss-Prot: a) sequência não-polimórfica (A7KWG0) contendo alanina (A) na posição 122, e b) sequência polimórfica carreando o polimorfismo A122V, causando a substituição de alanina por valina (V) na mesma posição. As sequências CXCR1 foram analisadas por diferentes ferramentas de Bioinformática para examinar o efeito desse polimorfismo sobre sua estabilidade, função e estrutura, predizer eventuais alterações na sua modelagem estrutural 3-D, bem como estimar a qualidade dos modelos preditos. O polimorfismo A122V exerceu efeitos toleráveis e não-deletérios sobre a CXCR1 polimórfica, apresentando um modelo estrutural de alfa-hélice típico de uma proteína receptora transmembranar para ambas as proteínas. Embora maiores variações nas distâncias entre os pares de aminoácidos nas posições-alvo tenham sido detectadas na proteína polimórfica, mais do que 97% dos aminoácidos em ambos os modelos foram situados em regiões ditas favoráveis e permitidas nos diagramas de Ramachandran. Evidências sustentam que o polimorfismo de nucleotídeo único A122V na proteína receptora CXCR1 está associado à aumentada incidência de mastite clínica em vacas leiteiras. Assim, as descobertas descritas aqui comprovam que a substituição do aminoácido alanina por valina provoca mudanças conformacionais locais na proteína CXCR1 polimórfica, que podem estar diretamente afetando seus mecanismos de enovelamento pós-traducionais e sua função biológica.
Descritores: Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Receptores de Interleucina-8A
-Bovinos
Sequência de Aminoácidos
Limites: Animais
Feminino
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Texto completo
Id: lil-780832
Autor: Yao, Lin; Tan, Chong; Song, Jinzhu; Yang, Qian; Yu, Lijie; Li, Xinling.
Título: Isolation and expression of two polyketide synthase genes from Trichoderma harzianum 88 during mycoparasitism
Fonte: Braz. j. microbiol;47(2):468-479, Apr.-June 2016. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Science Foundation for Distinguished Young Scholars of China.
Resumo: Abstract Metabolites of mycoparasitic fungal species such as Trichoderma harzianum 88 have important biological roles. In this study, two new ketoacyl synthase (KS) fragments were isolated from cultured Trichoderma harzianum 88 mycelia using degenerate primers and analysed using a phylogenetic tree. The gene fragments were determined to be present as single copies in Trichoderma harzianum 88 through southern blot analysis using digoxigenin-labelled KS gene fragments as probes. The complete sequence analysis in formation of pksT-1 (5669 bp) and pksT-2 (7901 bp) suggests that pksT-1 exhibited features of a non-reducing type I fungal PKS, whereas pksT-2 exhibited features of a highly reducing type I fungal PKS. Reverse transcription polymerase chain reaction indicated that the isolated genes are differentially regulated in Trichoderma harzianum 88 during challenge with three fungal plant pathogens, which suggests that they participate in the response of Trichoderma harzianum 88 to fungal plant pathogens. Furthermore, disruption of the pksT-2 encoding ketosynthase–acyltransferase domains through Agrobacterium -mediated gene transformation indicated that pksT-2 is a key factor for conidial pigmentation in Trichoderma harzianum 88.
Descritores: Trichoderma/enzimologia
Proteínas Fúngicas/metabolismo
Policetídeo Sintases/metabolismo
-Doenças das Plantas/microbiologia
Trichoderma/classificação
Trichoderma/genética
Proteínas Fúngicas/genética
Proteínas Fúngicas/química
Dados de Sequência Molecular
Regulação Fúngica da Expressão Gênica
Alinhamento de Sequência
Sequência de Aminoácidos
Micélio/enzimologia
Micélio/genética
Policetídeo Sintases/genética
Policetídeo Sintases/química
Responsável: BR1.1 - BIREME



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