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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-752507
Autor: Aguayo-González, Mariela; Castelló-Badía, Montserrat; Monereo-Font, Carles.
Título: Incidentes críticos en los docentes de enfermería: descubriendo una nueva identidad / Incidentes críticos em docentes de enfermagem: descobrindo uma nova identidade / Critical incidents in nursing academics: discovering a new identity
Fonte: Rev. bras. enferm;68(2):219-227, Mar-Apr/2015. tab.
Idioma: es.
Resumo: RESUMEN Objetivo: estudio cualitativo que siguió los principios de la teoría fundamentada con el fin de analizar la identidad profesional de docentes de enfermería por medio del análisis de incidentes críticos que más las desestabilizaban. Método: entrevistas semi-estructuradas fueron realizadas a siete enfermeras que actúan como docentes e investigadoras en una universidad privada de Barcelona. Resultados: el material empírico resultante fue organizado en dos categorías: caracterización de los incidentes críticos y reacción de las enfermeras frente a ellos. Conclusión: se concluye que la identidad profesional de estas enfermeras en el campo académico está aún en construcción y que la inexperiencia es el mayor obstáculo que enfrentan para gestionar los incidentes críticos en el trabajo docente. .

RESUMO Objetivo: estudo qualitativo que seguiu os princípios da teoria fundamentada em dados com o objetivo de analisar a identidade profissional de docentes de enfermagem por meio da análise de incidentes críticos que mais as desestabilizaram. Método: entrevistas semiestruturadas foram realizadas com sete enfermeiras que atuam como docentes e pesquisadoras em uma universidade privada de Barcelona. Resultados: o material empírico resultante foi organizado em duas categorias: caracterização dos incidentes críticos e reação das enfermeiras frente a eles. Conclusão: concluiu-se que identidade profissional dessas enfermeiras no campo acadêmico está ainda em construção e a que inexperiência é o maior obstáculo que enfrentam para gerenciar incidentes críticos no trabalho docente. .

ABSTRACT Objective: a qualitative study that followed the principles of the grounded theory in order to analyze the professional identity of nursing academics through the analysis of the most disturbing critical incidents. Method: semi-structured interviews were conducted with seven nurses who worked as professors and researchers in a private university in Barcelona. Results: the resulting empirical material was organized into two categories: characterization of critical incidents and responsiveness to the incident. Conclusion: the professional identity of nurses regarding the academic area is still under construction and inexperience is the major obstacle in the management of critical incidents in the teaching career. .
Descritores: DNA
Receptores de Glucocorticoides/química
Receptores de Mineralocorticoides/química
-Sequência de Aminoácidos
Cristalografia por Raios X
DNA
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/metabolismo
Expressão Gênica
Dados de Sequência Molecular
Mutação
Neoplasias/genética
Neoplasias/metabolismo
Neoplasias/patologia
Estrutura Secundária de Proteína
Estrutura Terciária de Proteína
Pseudo-Hipoaldosteronismo/genética
Pseudo-Hipoaldosteronismo/metabolismo
Pseudo-Hipoaldosteronismo/patologia
Receptores de Glucocorticoides/genética
Receptores de Glucocorticoides/metabolismo
Receptores de Mineralocorticoides/genética
Receptores de Mineralocorticoides/metabolismo
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Alinhamento de Sequência
Homologia Estrutural de Proteína
Limites: Seres Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, N.I.H., Extramural
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-748276
Autor: Sakacı, Tamer; Ahbap, Elbis; Koc, Yener; Basturk, Taner; Ucar, Zuhal Atan; Sınangıl, Ayse; Sevınc, Mustafa; Kara, Ekrem; Akgol, Cuneyt; Kayalar, Arzu Ozdemır; Caglayan, Feyza Bayraktar; Sahutoglu, Tuncay; Ünsal, Abdulkadir.
Título: Clinical outcomes and mortality in elderly peritoneal dialysis patients
Fonte: Clinics;70(5):363-368, 05/2015. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: OBJECTIVES: To evaluate the clinical outcomes and identify the predictors of mortality in elderly patients undergoing peritoneal dialysis. METHODS: We conducted a retrospective study including all incident peritoneal dialysis cases in patients ≥65 years of age treated from 2001 to 2014. Demographic and clinical data on the initiation of peritoneal dialysis and the clinical events during the study period were collected. Infectious complications were recorded. Overall and technique survival rates were analyzed. RESULTS: Fifty-eight patients who began peritoneal dialysis during the study period were considered for analysis, and 50 of these patients were included in the final analysis. Peritoneal dialysis exchanges were performed by another person for 65% of the patients, whereas 79.9% of patients preferred to perform the peritoneal dialysis themselves. Peritonitis and catheter exit site/tunnel infection incidences were 20.4±16.3 and 24.6±17.4 patient-months, respectively. During the follow-up period, 40 patients were withdrawn from peritoneal dialysis. Causes of death included peritonitis and/or sepsis (50%) and cardiovascular events (30%). The mean patient survival time was 38.9±4.3 months, and the survival rates were 78.8%, 66.8%, 50.9% and 19.5% at 1, 2, 3 and 4 years after peritoneal dialysis initiation, respectively. Advanced age, the presence of additional diseases, increased episodes of peritonitis, the use of continuous ambulatory peritoneal dialysis, and low albumin levels and daily urine volumes (<100 ml) at the initiation of peritoneal dialysis were predictors of mortality. The mean technique survival duration was 61.7±5.2 months. The technique survival rates were 97.9%, 90.6%, 81.5% and 71% at 1, 2, 3 and 4 years, respectively. None of the factors analyzed were predictors of technique survival. CONCLUSIONS: Mortality was higher in elderly patients. Factors affecting mortality in elderly patients included advanced age, ...
Descritores: Regulação da Expressão Gênica
-Proteínas de Bactérias/química
Biologia Computacional
Cinética
Ligantes
Conformação de Ácido Nucleico
Nucleotídeos/química
Ligação Proteica
Conformação Proteica
Estrutura Secundária de Proteína
Estrutura Terciária de Proteína
RNA
Termodinâmica
Tipo de Publ: Research Support, N.I.H., Extramural
Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Saúde Pública
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Id: lil-746688
Autor: Pol Yanguas, Emilio.
Título: Antipsicóticos para la esquizofrenia: paradigma de los medicamentos psiquiátricos / Antipsychotics for schizophrenia: the paradigm of psychiatric drugs
Fonte: Salud colect;11(1):115-128, ene.-mar. 2015.
Idioma: es.
Resumo: Los antipsicóticos no parecen revertir las causas de la esquizofrenia y, aunque son fármacos que pueden aliviar los síntomas a corto y mediano plazo, a largo plazo pueden no ser beneficiosos e incluso ser contraproducentes. Su empleo debería limitarse a situaciones agudas con agitación y tensión incapacitante. Presentan considerables efectos adversos y, ante la negativa de una persona a seguir tomándolos, adoptar una estrategia de reducción de daños apoyando y supervisando la retirada puede ser preferible a la coerción. Existen alternativas a los neurolépticos. Los prescriptores deberían estar más atentos y considerar las valoraciones que los usuarios hacen de sus efectos. El apego a las guías de tratamiento es escaso, seguramente por basarse en ensayos clinicos de calidad deficente, que deben mejorar y prolongarse en el tiempo. La raíz del problema probablemente se encuentra en la tautología sobre la etiología y naturaleza biológica de lo que llaman esquizofrenia, que realmente no parece ser más que un constructo ideológico-comercial.

Antipsychotic drugs do not appear to reverse the causes of schizophrenia, and although they can relieve symptoms in the short to medium term, in the long term they may not be beneficial and could even be counterproductive. Their use should be limited to acute situations in which agitation and tension is disabling. The drugs have significant adverse effects, and given the refusal of a person to continue taking them, a harm reduction strategy to support and monitor the withdrawal may be preferable to coercion. There are alternatives to neuroleptics. Prescribers should be more vigilant and consider the assessments of users regarding the drugs' effects. Adherence to treatment guidelines is low, probably because the guidelines are based on clinical trials of deficient quality which consequently should be improved and extended over a greater period of time. The root of the problem is likely the tautology on the etiology and biological nature of what is known as schizophrenia, which in fact does not seem to be more than a commercial and ideological construct.
Descritores: Proteínas de Bactérias/química
Biofísica/métodos
Proteínas de Ligação a DNA/química
Microscopia de Força Atômica/métodos
-Ligações de Hidrogênio
Cinética
Modelos Moleculares
Modelos Estatísticos
Método de Monte Carlo
Conformação Proteica
Desnaturação Proteica
Dobramento de Proteína
Estrutura Secundária de Proteína
Estrutura Terciária de Proteína
Peptostreptococcus/metabolismo
Proteínas/química
Estresse Mecânico
Temperatura Ambiente
Fatores de Tempo
Ubiquitina/química
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
Liberti, Edson Aparecido
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Id: lil-746539
Autor: CAVALLI, Marcelo Arthur; GONÇALVES, Aline; PEREIRA, Joice Naiara Bertaglia; SILVA, Jodonai Barbosa; BOLDRINI, Silvia de Campos; LIBERTI, Edson Aparecido.
Título: Evaluation of protein undernourishment on the condylar process of the Wistar rat mandible correlation with insulin receptor expression
Fonte: J. appl. oral sci;23(2):135-144, Mar-Apr/2015. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: São Paulo Research Foundation.
Resumo: The mandible condylar process cartilage (CP) of Wistar rats is a secondary cartilage and acts as a mandibular growth site. This phenomenon depends on adequate proteins intake and hormone actions, including insulin. Objectives The present study evaluated the morphological aspects and the expression of the insulin receptor (IR) in the cartilage of the condylar process (CP) of rats subjected to protein undernourishment. Material and Methods The nourished group received a 20% casein diet, while the undernourished group (U) received a 5% casein diet. The re-nourished groups, R and RR, were used to assess the effects of re-nutrition during puberty and adulthood, respectively. CPs were processed and stained with picro-sirius red, safranin-O and azocarmine. Scanning electron microscopy and immunohistochemistry were also performed. Results The area of the CP cartilage and the number of cells in the chondroblastic layer decreased in the U group, as did the thickness of the CP layer in the joint and hypertrophic layer. Renourishment during the pubertal stage, but not during the adult phase, restored these parameters. The cell number was restored when re-nutrition occurred in the pubertal stage, but not in the adult phase. The extracellular matrix also decreased in the U group, but was restored by re-nutrition during the pubertal stage and further increased in the adult phase. IR expression was observed in all CPs, being higher in the chondroblastic and hypertrophic cartilage layers. The lowest expression was found in the U and RR groups. Conclusions Protein malnutrition altered the cellularity, the area, and the fibrous cartilage complex, as well as the expression of the IRs. .
Descritores: Anti-Inflamatórios não Esteroides/metabolismo
Ciclo-Oxigenase 1/metabolismo
Inibidores de Ciclo-Oxigenase/metabolismo
/metabolismo
CYCLOOXYGENASE TEMEFOS/metabolismo
Piroxicam/análogos & derivados
Tiazinas/metabolismo
Tiazóis/metabolismo
-Substituição de Aminoácidos
Anti-Inflamatórios não Esteroides/química
Arginina/química
Arginina/genética
Arginina/metabolismo
Sítios de Ligação
Domínio Catalítico
Ciclo-Oxigenase 1/química
Ciclo-Oxigenase 1/genética
Inibidores de Ciclo-Oxigenase/química
/química
CYCLOOXYGENASE TEMEFOS/química
/genética
CYCLOOXYGENASE TEMEFOS/genética
Ligações de Hidrogênio
Leucina/química
Leucina/genética
Leucina/metabolismo
Mutação
Estrutura Secundária de Proteína
Piroxicam/química
Piroxicam/metabolismo
Serina/química
Serina/genética
Serina/metabolismo
Tiazinas/química
Tiazóis/química
Tirosina/química
Tirosina/genética
Tirosina/metabolismo
Água
Limites: Animais
Camundongos
Tipo de Publ: Research Support, N.I.H., Extramural
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Saúde Pública
Lira, Pedro Israel Cabral de
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Id: lil-736434
Autor: Cavalcanti, Sandra Hipólito; Caminha, Maria de Fátima Costa; Figueiroa, José Natal; Serva, Vilneide Maria Santos Braga Diegues; Cruz, Rachel de Sá Barreto Luna Callou; Lira, Pedro Israel Cabral de; Batista Filho, Malaquias.
Título: Fatores associados à prática do aleitamento materno exclusivo por pelo menos seis meses no estado de Pernambuco / Factors associated with breastfeeding practice for at least six months in the state of Pernambuco, Brazil
Fonte: Rev. bras. epidemiol;18(1):208-219, Jan-Mar/2015. tab, graf.
Idioma: pt.
Resumo: INTRODUÇÃO: Apesar do consenso científico sobre os benefícios que a amamentação proporciona à mãe, à criança, à família e ao próprio meio ambiente, além da recomendação para que sua prática seja realizada de forma exclusiva nos seis primeiros meses de vida, essa conduta está longe de ser alcançada. OBJETIVO: Analisar os fatores associados à amamentação exclusiva (AME) por pelo menos seis meses, em contraponto ao desmame total até o segundo mês de vida no estado de Pernambuco. MÉTODO: Estudo caso-controle reunindo 124 casos (AME por pelo menos seis meses) pareados por idade e sexo com 248 controles (desmame total até o segundo mês). Casos e controles foram oriundos da III Pesquisa Estadual de Saúde e Nutrição. Foram selecionadas como variáveis de exposição: idade e escolaridade materna, renda familiar, zona de moradia, consultas pré-natais, tipo de parto e profissional que o assistiu e orientação sobre amamentação no pré-natal. Foi aplicada regressão logística nas variáveis que apresentaram um valor de p < 0,2 nas análises bivariadas, adotando para a inclusão no modelo final o nível de significância p < 0,05. RESULTADOS: Dos 8 agrupamentos de variáveis consideradas como possíveis preditoras do AME por pelo menos 6 meses, mantiveram-se como fatores associados a idade materna entre 20 - 35 anos, sendo a odds ratio (OR) 2,5 e o intervalo de confiança de 95% (IC95%) 1,4 - 4,5; e a escolaridade de 5 - 8 anos de estudo (OR 2,1; IC95% 1,2 - 3,6). CONCLUSÃO: O estudo mostra que ainda são necessárias mobilizações dos poderes públicos e estímulo às pesquisas em prol do sucesso do AME e da saúde materno-infantil. .

INTRODUCTION: Despite the scientific consensus on the benefits that breastfeeding provides for the mother, the baby, the family and the environment, and also the recommendation to breastfeed exclusively for six months, this practice is far from being achieved. OBJECTIVE: To analyze the factors associated with exclusive breastfeeding (EBF) for at least six month, as opposed to weaning up to the second month of life in the state of Pernambuco, Brazil. METHODS: A case-control study of 124 cases (EBF for at least six months) matched for age and sex with 248 controls (weaning up to the second month of life). Cases and controls were drawn from the III State Health and Nutrition Survey. The exposure variables selected were maternal age and education, per capita income, housing zone, prenatal consultations, type of delivery, professional who assisted the delivery, and prenatal breastfeeding guidance. Logistic regression was applied to variables that showed a p-value < 0.2 in the bivariate analysis, and the variables with p-value < 0.05 were included in the final model. RESULTS: Of the eight groups of variables considered as possible predictors of EBF for at least six months, two remained as associated factors: maternal age between 20 - 35 years old, with odds ratio (OR) 2.5 and 95% confidence interval 95%CI 1.4 - 4.5; and maternal education of 5 - 8 years of schooling (OR 2.1; 95%CI 1.2 - 3.6). CONCLUSION: The study shows that mobilization of the public sector and stimulus to research is still needed for the success of EBF and for mother and child health. .
Descritores: Epiderme/metabolismo
beta-Queratinas/metabolismo
-Sequência de Aminoácidos
Eletroforese em Gel Bidimensional
Queratinas/metabolismo
Modelos Anatômicos
Modelos Biológicos
Dados de Sequência Molecular
Processamento de Proteína Pós-Traducional
Estrutura Secundária de Proteína
Estrutura Terciária de Proteína
Proteômica/métodos
Répteis
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Revisão
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Saúde Pública
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Id: lil-733351
Autor: Leija-Esparza, Mauricio; Moreno-Avitia, Crispín.
Título: Insatisfacción con la imagen corporal en niños en evaluación psiquiátrica y su relación con el sobrepeso y la obesidad de sus padres
Fonte: Salud pública Méx;56(6):577-578, nov.-dic. 2014.
Idioma: es.
Descritores: Cisteína Endopeptidases/química
Precursores Enzimáticos/química
Estrutura Secundária de Proteína
Proteínas de Plantas/química
-Sequência de Aminoácidos
Clorometilcetonas de Aminoácidos/química
Simulação por Computador
Cristalografia por Raios X
Inibidores de Cisteína Proteinase
Catepsina B/química
Cisteína Endopeptidases/genética
Ativação Enzimática
Precursores Enzimáticos/genética
Frutas
Ligações de Hidrogênio
Leucina/análogos & derivados
Leucina/química
Leupeptinas/química
Modelos Moleculares
Dados de Sequência Molecular
Mutação
Oligopeptídeos/química
Processamento de Proteína Pós-Traducional
Papaína/química
Proteínas de Plantas/genética
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-634474
Autor: Lottersberger, J.; Salvetti, J.L.; Beltramini, L.M.; Tonarelli, G..
Título: Antibody recognition of synthetic peptides mimicking immunodominant regions of HIV-1 p24 and p17 proteins / Reconocimiento por anticuerpos de péptidos sintéticos que imitan regiones inmunodominantes de las proteínas p24 y p17 de VIH-1
Fonte: Rev. argent. microbiol;36(4):151-157, Oct.-Dec. 2004. graf, tab.
Idioma: en.
Resumo: The gag gene of HIV-1 encodes a single open reading frame of 55 kDa that contains three subdomains: the matrix domain (p17), the capsid domain (p24) and the nucleocapsid domain (p15). The p24 and p17 proteins have a predominant a-helical structure and perform important functions throughout thevirallife-cycle. The determination of gag-specific antibodies is important because declining titers of these antibodies herald clinical deterioration.In this work we present the results obtained on immunoreactiviy of synthetic peptides that mimic immunogenic a-helical regions of p24 and p17. The influence on the immunoreactivity of structural modifications in native sequences, including the addition of non immunogenic side chains: AAAC- and -CAAA on both side of minimal epitopes was evaluated in indirect and competitive enzymeimmunoassays. The conformational characteristcs to the peptides were analysed by circular dichroism and these results were correlated with that obtained in the immunoassays. It was shown that the reactivity of peptides mimicking short a-helical regions of p24 and p17 is improved by adding short non immunogenic chains on both N- and C- terminus. These modifications enhanced the immobilization of the peptides onto the solid support and allowed more accesibility to the minimal epitopes byspecific antibodies, in solution.

El gen gag del VIH-1 codifica una región de 55kDA que contiene tres subdominios: matriz (p17), cápside (p24) y nucleocápside (p15). Las proteínas p24 y p17 tienen una estructura predominante helicoidal y cumplen un rol importante en el ciclo de vida del virus. En este trabajo presentamos los resultados de inmunorreactividad de péptidos sintéticos que imitan regiones helicoidales de p24 y p17. Utilizando enzimoinmunoensayos se evaluó la influencia de modificaciones en las secuencias nativas sobre la capacidad de reconocimiento de anticuerpos específicos en solución y en fase sólida, incluyendo el agregado de cadenas no inmunogénicas en ambos extremos de los epitopes mínimos. La conformación de los péptidos se determinó por dicroísmo circular y los resultados se correlacionaron con los de inmunorreactividad. Se observó que la capacidad de reconocimiento de anticuerpos por péptidos pequeños que imitan estructuras helicoidales de p24 y p17 mejoró con el agregado de cadenas no inmunogénicas en ambos extremos de los epitopes. Estas modificaciones mejoran la inmovilización sobre las superficies sólidas y permiten una mayor accesibilidad de los anticuerpos a los epitopes mínimos en solución.
Descritores: Reações Antígeno-Anticorpo
Ensaio de Imunoadsorção Enzimática/métodos
Produtos do Gene gag/imunologia
Anticorpos Anti-HIV/imunologia
Antígenos HIV/imunologia
/imunologia
HIV CORE PROTEIN PABORTIFACIENT AGENTS, STEROIDAL/imunologia
HIV-1
Mimetismo Molecular
Fragmentos de Peptídeos/imunologia
Proteínas Virais/imunologia
-Sequência de Aminoácidos
Substituição de Aminoácidos
Dicroísmo Circular
Produtos do Gene gag do Vírus da Imunodeficiência Humana
Produtos do Gene gag/química
Anticorpos Anti-HIV/isolamento & purificação
Antígenos HIV/química
/química
HIV CORE PROTEIN PABORTIFACIENT AGENTS, STEROIDAL/química
Infecções por HIV/sangue
Infecções por HIV/imunologia
Epitopos Imunodominantes/química
Epitopos Imunodominantes/imunologia
Dados de Sequência Molecular
Ligação Proteica
Conformação Proteica
Estrutura Secundária de Proteína
Estrutura Terciária de Proteína
Fragmentos de Peptídeos/síntese química
Soluções
Proteínas Virais/química
Limites: Seres Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: AR1.2 - Instituto de Investigaciónes Epidemiológicas


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Id: lil-520064
Autor: Veloso, C. J. M; Silveira, C. H; Melo, R. C; Ribeiro, C; Lopes, J. C. D; Santoro, M. M; Meira Junior, W.
Título: On the characterization of energy networks of proteins
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):799-820, 2007. ilus, tab, graf.
Idioma: en.
Conferência: Apresentado em: X-Meeting 2006 - International Conference of the AB3C, 2, Apresentado em: Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 14, Fortaleza, Aug. 6-10, 2006.
Resumo: The construction of a realistic theoretical model of proteins is determinant for improving the computational simulations of their structural and functional aspects. Modeling proteins as a network of non-covalent connections between the atoms of amino acid residues has shown valuable insights into these macromolecules. The energy-related properties of protein structures are known to be very important in molecular dynamics. However, these same properties have been neglected when the protein structures are modeled as networks of atoms and amino acid residues. A new approach for the construction of protein models based on a network of atoms is presented. This method, based on interatomic interaction, takes into account the energy and geometric aspects of the protein structures that were not employed before, such as atomic occlusion inside the protein, the use of solvation, protein modeling and analysis, and the use of energy potentials to estimate the energies of interatomic non-covalent contacts. As a result, we achieved a more realistic network model of proteins. This model has the virtue of being more robust in face of different unknown variables that usually are arbitrarily estimated. We were able to determine the most connected residues of all the proteins studied, so that we are now in a better condition to study their structural role.
Descritores: Globinas/química
Proteínas/química
Termodinâmica
-Sequência de Aminoácidos
Modelos Químicos
Dados de Sequência Molecular
Estrutura Secundária de Proteína
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Texto completo
Id: lil-520058
Autor: Breda, A; Santos, D. S; Basso, L. A; Norberto de Souza, O.
Título: Ab initio 3-D structure prediction of an artificially designed three-alpha-helix bundle via all-atom molecular dynamics simulations
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):901-910, 2007. ilus.
Idioma: en.
Conferência: Apresentado em: X-Meeting 2006 - International Conference of the AB3C, 2, Apresentado em: Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 14, Fortaleza, Aug. 6-10, 2006.
Resumo: The rate at which knowledge about genomic sequences and their protein products is produced is increasing much faster than the rate of 3-dimensional protein structure determination by experimental methods, such as X-ray diffraction and nuclear magnetic resonance. One of the major challenges in structural bioinformatics is the conversion of genomic sequences into useful information, such as characterization of protein structure and function. Using molecular dynamics (MD) simulations, we predicted the 3-dimensional structure of an artificially designed three-alpha-helix bundle, called A3, from a fully extended initial conformation, based on its amino acid sequence. The MD protocol enabled us to obtain the secondary, in 1.0 ns, as well as the supersecondary and tertiary structures, in 4.0-10.0 ns, of A3, much faster than previously described for a similar protein system. The structure obtained at the end of the 10.0-ns MD simulation was topologically a three-alpha-helix bundle.
Descritores: Simulação por Computador
Modelos Moleculares
Proteínas/química
-Sequência de Aminoácidos
Dados de Sequência Molecular
Estrutura Secundária de Proteína
Solventes
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Texto completo
Id: lil-520057
Autor: Oliveira, S. R. M; Almeida, G. V; Souza, K. R. R; Rodrigues, D. N; Kuser-Falcão, P. R; Yamagishi, M. E. B; Santos, E. H; Vieira, F. D; Jardine, J. G; Neshich, G.
Título: Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):911-922, 2007. ilus, graf.
Idioma: en.
Conferência: Apresentado em: X-Meeting 2006 - International Conference of the AB3C, 2, Apresentado em: Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 14, Fortaleza, Aug. 6-10, 2006.
Resumo: An effective strategy for managing protein databases is to provide mechanisms to transform raw data into consistent, accurate and reliable information. Such mechanisms will greatly reduce operational inefficiencies and improve one's ability to better handle scientific objectives and interpret the research results. To achieve this challenging goal for the STING project, we introduce Sting_RDB, a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. In this article, we highlight the main features of Sting_RDB and show how a user can explore it for efficient and biologically relevant queries. Considering its importance for molecular biologists, effort has been made to advance Sting_RDB toward data quality assessment. To the best of our knowledge, Sting_RDB is one of the most comprehensive data repositories for protein analysis, now also capable of providing its users with a data quality indicator. This paper differs from our previous study in many aspects. First, we introduce Sting_RDB, a relational database with mechanisms for efficient and relevant queries using SQL. Sting_rdb evolved from the earlier, text (flat file)-based database, in which data consistency and integrity was not guaranteed. Second, we provide support for data warehousing and mining. Third, the data quality indicator was introduced. Finally and probably most importantly, complex queries that could not be posed on a text-based database, are now easily implemented. Further details are accessible at the Sting_RDB demo web page: http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/StingRDB.
Descritores: Biologia Computacional/métodos
Sistemas de Gerenciamento de Base de Dados
Bases de Dados de Proteínas
Proteínas/química
-Estrutura Secundária de Proteína
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central



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