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Id: biblio-983940
Autor: Sagredo, Eduardo A; Blanco, Alejandro; Sagredo, Alfredo I; Pérez, Paola; Sepúlveda-Hermosilla, Gonzalo; Morales, Fernanda; Müller, Bettina; Verdugo, Ricardo; Marcelain, Katherine; Harismendy, Olivier; Armisén, Ricardo.
Título: ADAR1-mediated RNA-editing of 3'UTRs in breast cancer
Fonte: Biol. Res;51:36, 2018. graf.
Idioma: en.
Projeto: FONDECYT; . NCI-Leidos; . NIH; . Anillo en Ciencia y Tecnología; . FONDEF; . CORFO.
Resumo: BACKGROUND: Whole transcriptome RNA variant analyses have shown that adenosine deaminases acting on RNA ( ADAR ) enzymes modify a large proportion of cellular RNAs, contributing to transcriptome diversity and cancer evolution. Despite the advances in the understanding of ADAR function in breast cancer, ADAR RNA editing functional consequences are not fully addressed. RESULTS: We characterized A to G(I) mRNA editing in 81 breast cell lines, showing increased editing at 3'UTR and exonic regions in breast cancer cells compared to immortalized non-malignant cell lines. In addition, tumors from the BRCA TCGA cohort show a 24% increase in editing over normal breast samples when looking at 571 well-characterized UTRs targeted by ADAR1. Basal-like subtype breast cancer patients with high level of ADAR1 mRNA expression shows a worse clinical outcome and increased editing in their 3'UTRs. Interestingly, editing was particularly increased in the 3'UTRs of ATM, GINS4 and POLH transcripts in tumors, which correlated with their mRNA expression. We confirmed the role of ADAR1 in this regulation using a shRNA in a breast cancer cell line (ZR-75-1). CONCLUSIONS: Altogether, these results revealed a significant association between the mRNA editing in genes related to cancer-relevant pathways and clinical outcomes, suggesting an important role of ADAR1 expression and function in breast cancer.
Descritores: Neoplasias da Mama/genética
Adenosina Desaminase/genética
Proteínas de Ligação a RNA/genética
Edição de RNA/genética
Regiões não Traduzidas/genética
Estabilidade de RNA/genética
-Neoplasias da Mama/metabolismo
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica
Adenosina Desaminase/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Perfilação da Expressão Gênica
Estabilidade de RNA/fisiologia
Linhagem Celular Tumoral
Limites: Humanos
Feminino
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1011409
Autor: Kong, Xiangjun; Liu, Dongmei; Zheng, Jie; Khan, Aziz; Li, Bin; Diao, Yong; Zhou, Ruiyang.
Título: RNA editing analysis of ATP synthase genes in the cotton cytoplasmic male sterile line H276A
Fonte: Biol. Res;52:6, 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China.
Resumo: BACKGROUND: Pollen development is an energy-consuming process that particularly occurs during meiosis. Low levels of adenosine triphosphate (ATP) may cause cell death, resulting in CMS (cytoplasmic male sterility). DNA sequence differences in ATP synthase genes have been revealed between the N- and S-cytoplasms in the cotton CMS system. However, very few data are available at the RNA level. In this study, we compared five ATP synthase genes in the H276A, H276B and fertile F1 (H276A/H268) lines using RNA editing, RNA blotting and quantitative real time-PCR (qRT-PCR) to explore their contribution to CMS. A molecular marker for identifying male sterile cytoplasm (MSC) was also developed. RESULTS: RNA blotting revealed the absence of any novel orf for the ATP synthase gene sequence in the three lines. Forty-one RNA editing sites were identified in the coding sequences. RNA editing showed that proteins had 32.43% higher hydrophobicity and that 39.02% of RNA editing sites had proline converted to leucine. Two new stop codons were detected in atp6 and atp9 by RNA editing. Real-time qRT-PCR data showed that the atp1, atp6, atp8, and atp9 genes had substantially lower expression levels in H276A compared with those in H276B. By contrast, the expression levels of all five genes were increased in F1 (H276A/H268). Moreover, a molecular marker based on a 6-bp deletion upstream of atp8 in H276A was developed to identify male sterile cytoplasm (MSC) in cotton. CONCLUSIONS: Our data substantially contributes to the understanding of the function of ATP synthase genes in cotton CMS. Therefore, we suggest that ATP synthase genes might be an indirect cause of cotton CMS. Further research is needed to investigate the relationship among ATP synthase genes in cotton CMS.
Descritores: Membrana Celular/genética
Edição de RNA
Adenosina Trifosfatases/genética
Gossypium/enzimologia
Infertilidade das Plantas/genética
-DNA Mitocondrial/genética
Reação em Cadeia da Polimerase
Regulação da Expressão Gênica de Plantas/genética
Gossypium/genética
Citoplasma/metabolismo
RNA Mitocondrial/genética
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-313767
Autor: Kang, Hye Chung.
Título: Ensaio de adesão e detecção de RNA mensageiro de fibronectina em macrofágos peritoniais de camundongos submetidos à desnutrição proteíca experimental / Test of adhesion and detection of messenger RNA of mice peritoneal macrophages fibronectin submitted to experimental protein malnutrition.
Fonte: São Paulo; s.n; 2001. 99 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Muito dos mecanismos que comprometem o sistema imune em estados de desnutrição ainda estão para ser esclarecidos. O estado nutricional influencia na evolução de pacientes internados, na infância e em idosos. No nosso trabalho estudamos um modelo experimental de desnutrição proteíca, na qual fornecemos uma ração hipoproteíca para camundongos Swiss (4 porcento de proteina) para induzir a desnutrição protéica e estudar a função dos macrófagos peritoniais. Observamos alterações na adesividade, com expressão reduzida de fibronectina, uma molécula adesiva da matriz extracelular. No entanto o RNAm apresenta-se com tendência a apresentar valores maiores no desnutrido, o qual ao ser estimulado com...
Descritores: Desnutrição Proteico-Calórica/imunologia
Desnutrição Proteico-Calórica/metabolismo
Edição de RNA/imunologia
Fibronectinas
Macrófagos Peritoneais/imunologia
PROTEIN MALNUTRITION
-Linhagem Celular
Ração Animal
Sobrevivência Celular/fisiologia
Sobrevivência Celular/imunologia
Limites: Animais
Camundongos
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; 574.88, K16e



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