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Id: biblio-933592
Autor: Mourão, Marina Moraes(aut).
Título: Obtenção e análise de transcritos produzidos por Trans-splicing em Schistosoma mansoni.
Fonte: Belo Horizonte; s.n; 2005. 100 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Bioquímica e Imunologia para obtenção do grau de Mestre.
Descritores: Schistosoma mansoni/microbiologia
Schistosoma mansoni/parasitologia
Trans-Splicing
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 616.963 TE, M929o, 2005. 011301


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Id: lil-772788
Autor: Paula, Tainah Silva Galdino de.
Título: Os sítios adicionais de trans-splicing na 5' UTR dos genes trans-sialidase de Trypanosoma cruzi e avaliação de seus efeitos sobre a tradução / Additional trans-splicing sites in the 5 'UTR of the trans-sialidase gene Trypanosoma cruzi and evaluation of their effects on translation.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2013. xvi,99 p. ilus, graf, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A regulação gênica em tripanossomatídeos é policistrônica e ocorre de maneira pós-transcricional. [...] Para verificar se UTR de tamanhos diferentes possuem impacto na transcrição e, por conseguinte, na tradução de proteínas, selecionou-se genes da família de trans-sialidases, devido à importância destas no processo de invasão celular. A metodologia envolveu a extração de RNA total de T. cruzi CL-Brener, seguido da síntese de cDNA, PCR, clonagem dos produtos amplificados e seqüenciamento por Sanger e pelo uso do 454 Junior (Next Generation Sequencing – NSG). Como as trans-sialidases correspondem a uma família gênica de cópias múltiplas, usou-se a estratégia de sequenciamento de alto-desempenho na tentativa de cobrir o maior número possível de genes desta família. Para isso foram obtidos cDNAs de trans-sialidases de CL-Brener nas formas epimastigota e tripomastigota com o iniciador 5'UTRTCNA, os quais apresentaram UTR com tamanhos variados entre 65 – 187 pb, além da obtenção de cDNAs para esta família de proteínas, em epimastigotas CL-Brener, com o iniciador 5'TcTS, apresentando UTR variando de 171 a 221 pb, com similaridade de sequências entre elas. Com o intuito de avaliar a correspondência entre a transcrição dos RNAs de trans-sialidases e a sua tradução, houve a necessidade de identificação das proteínas. Desenvolvemos uma metodologia de lise celular e produção de extrato proteico (denominado TcS12) a partir de células de T. cruzi no estágio epimastigota. As cepas selecionadas para esse estudo foram CL-Brener (TcVI), Dm28c (TcI), Y (TcII) e 4167 (TcIV). O processo de lise celular foi otimizado para 107 parasitos/mL ressuspensos em 200 miL de tampão de lise hipotônica (por 30 minutos a 40C), associado ao sonicador de banho (por 30 minutos a 40C)...

Gene regulation in trypanosomatids is polycistronic and occurs in a post-transcriptionalway. [...] To verify the impact of UTRs presenting differentsizes in the transcription machinery and protein translation, genes from trans-sialidasefamily were selected due to its importance in the cell invasion process. Themethodological strategies involved the extraction of total RNA from T. cruzi CL-Brenerstrain, followed by cDNA synthesis, PCR, cloning and sequencing of amplified productsby Sanger and by using the 454 Junior (Next Generation Sequencing – NGS).Considering that trans-sialidase is a multi-copy gene family, this high-throughputsequencing strategy was employed in an attempt to cover the largest number of transsialidasegenes. Trans-sialidase cDNAs from CL-Brener epimastigote andtripomastigote were obtained with 5`UTRTCNA primer showing UTR sizes between 65 -187 bp. The cDNA from this protein family were also obtained with the 5'TcTS primerfrom CL-Brener epimastigotes, generating UTRs with 171 - 221 bp. Both 5'UTRpresented sequence similarities between them. In order to evaluate the correspondencebetween trans-sialidase gene transcription and translation, it was necessary toaccomplish the identification of proteins. Therefore, we developed a methodology forcell disruption, which resulted in a protein extract (referred as TcS12) from epimastigoteT. cruzi cells. The strains selected for this study were CL-Brener (TcVI), Dm28c (TcI), Y(TcII) and 4167 (TcIV). The process for lysing the cells was optimized to 107parasites/mL resuspended in 200 miL hypotonic lysis buffer (30 minutes at 4oC), followedby water bath sonication (30 minutes at 4oC). The process efficacy was confirmed byFACS, showing that near 72 percent of the cells were successfully stained with propidiumiodide solution (PI)...
Descritores: Biossíntese de Proteínas
Trans-Splicing/genética
Trypanosoma cruzi/crescimento & desenvolvimento
-Reação em Cadeia da Polimerase
Transcrição Reversa
Limites: Animais
Tipo de Publ: Estudos de Avaliação
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: lil-685497
Autor: Memorias do Instituto Oswaldo Cruz; Mourao, Marina de Moraes; Bitar, Maina; Lobo, Francisco Pereira; Peconick, Ana Paula; Grynberg, Priscila; Prosdocimi, Francisco; Waisberg, Michael; Cerqueira, Gustavo Coutinho; Macedo, Andrea Mara; Machado, Carlos Renato; Yoshino, Timothy; Franco, Gloria Regina.
Título: A directed approach for the identification of transcripts harbouring the spliced leader sequence and the effect of trans-splicing knockdown in Schistosoma mansoni
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;108(6):707-717, set. 2013. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: CNPq; . FAPEMIG.
Resumo: Schistosomiasis is a major neglected tropical disease caused by trematodes from the genus Schistosoma. Because schistosomes exhibit a complex life cycle and numerous mechanisms for regulating gene expression, it is believed that spliced leader (SL) trans-splicing could play an important role in the biology of these parasites. The purpose of this study was to investigate the function of trans-splicing in Schistosoma mansoni through analysis of genes that may be regulated by this mechanism and via silencing SL-containing transcripts through RNA interference. Here, we report our analysis of SL transcript-enriched cDNA libraries from different S. mansoni life stages. Our results show that the trans-splicing mechanism is apparently not associated with specific genes, subcellular localisations or life stages. In cross-species comparisons, even though the sets of genes that are subject to SL trans-splicing regulation appear to differ between organisms, several commonly shared orthologues were observed. Knockdown of trans-spliced transcripts in sporocysts resulted in a systemic reduction of the expression levels of all tested trans-spliced transcripts; however, the only phenotypic effect observed was diminished larval size. Further studies involving the findings from this work will provide new insights into the role of trans-splicing in the biology of S. mansoni and other organisms. All Expressed Sequence Tags generated in this study were submitted to dbEST as five different libraries. The accessions for each library and for the individual sequences are as follows: (i) adult worms of mixed sexes (LIBEST_027999: JZ139310 - JZ139779), (ii) female adult worms (LIBEST_028000: JZ139780 - JZ140379), (iii) male adult worms (LIBEST_028001: JZ140380 - JZ141002), (iv) eggs (LIBEST_028002: JZ141003 - JZ141497) and (v) schistosomula (LIBEST_028003: JZ141498 - JZ141974).
Descritores: Técnicas de Silenciamento de Genes
Precursores de RNA/isolamento & purificação
RNA Líder para Processamento/genética
Schistosoma mansoni/genética
Trans-Splicing/fisiologia
-Etiquetas de Sequências Expressas
Biblioteca Gênica
Regulação da Expressão Gênica/genética
Larva
Estágios do Ciclo de Vida/genética
Fenótipo
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Precursores de RNA/genética
RNA de Cadeia Dupla
RNA Interferente Pequeno/metabolismo
Schistosoma mansoni/crescimento & desenvolvimento
Trans-Splicing/genética
Limites: Animais
Feminino
Masculino
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-660659
Autor: Mayer, Mario Gustavo; Floeter-Winter, Lucile Maria.
Título: Identification of SL addition trans-splicing acceptor sites in the internal transcribed spacer I region of pre-rRNA in Leishmania (Leishmania) amazonensis
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;107(8):1070-1072, Dec. 2012. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Trypanosomatidae is a family of early branching eukaryotes harbouring a distinctive repertoire of gene expression strategies. Functional mature messenger RNA is generated via the trans-splicing and polyadenylation processing of constitutively transcribed polycistronic units. Recently, trans-splicing of pre-small subunit ribosomal RNA in the 5' external transcribed spacer region and of precursor tRNAsec have been described. Here, we used a previously validated semi-nested reverse transcription-polymerase chain reaction strategy to investigate internal transcribed spacer (ITS) I acceptor sites in total RNA from Leishmania (Leishmania) amazonensis. Two distinct spliced leader-containing RNAs were detected indicating that trans-splicing reactions occur at two AG acceptor sites mapped in this ITS region. These data provide further evidence of the wide spectrum of RNA molecules that act as trans-splicing acceptors in trypanosomatids.
Descritores: DNA Espaçador Ribossômico/genética
Leishmania mexicana/genética
Precursores de RNA/genética
Sítios de Splice de RNA/genética
RNA de Protozoário/genética
-Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Trans-Splicing/genética
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-626447
Autor: Mayer, Mario Gustavo; Santos, Marcos Gonzaga dos; Silva, Maria Fernanda Laranjeira da; Floeter-Winter, Lucile Maria.
Título: Footprints of a trypanosomatid RNA world: pre-small subunit rRNA processing by spliced leader addition trans-splicing
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;107(4):522-531, June 2012. ilus.
Idioma: en.
Resumo: The addition of a capped mini-exon [spliced leader (SL)] through trans-splicing is essential for the maturation of RNA polymerase (pol) II-transcribed polycistronic pre-mRNAs in all members of the Trypanosomatidae family. This process is an inter-molecular splicing reaction that follows the same basic rules of cis-splicing reactions. In this study, we demonstrated that mini-exons were added to precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) are transcribed by RNA pol I, including the 5' external transcribed spacer (ETS) region. Additionally, we detected the SL-5'ETS molecule using three distinct methods and located the acceptor site between two known 5'ETS rRNA processing sites (A' and A1) in four different trypanosomatids. Moreover, we detected a polyadenylated 5'ETS upstream of the trans-splicing acceptor site, which also occurs in pre-mRNA trans-splicing. After treatment with an indirect trans-splicing inhibitor (sinefungin), we observed SL-5'ETS decay. However, treatment with 5-fluorouracil (a precursor of RNA synthesis that inhibits the degradation of pre-rRNA) led to the accumulation of SL-5'ETS, suggesting that the molecule may play a role in rRNA degradation. The detection of trans-splicing in these molecules may indicate broad RNA-joining properties, regardless of the polymerase used for transcription.
Descritores: Leishmania mexicana/genética
Precursores de RNA/genética
RNA Líder para Processamento/genética
Trans-Splicing/genética
-Éxons/genética
Conformação de Ácido Nucleico
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-589032
Autor: Araújo, Patricia R; Teixeira, Santuza M.
Título: Regulatory elements involved in the post-transcriptional control of stage-specific gene expression in Trypanosoma cruzi: a review
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;106(3):257-266, May 2011. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Trypanosoma cruzi, a protozoan parasite that causes Chagas disease, exhibits unique mechanisms for gene expression such as constitutive polycistronic transcription of protein-coding genes, RNA editing and trans-splicing. In the absence of mechanism controlling transcription initiation, organized subsets of T. cruzi genes must be post-transcriptionally co-regulated in response to extracellular signals. The mechanisms that regulate stage-specific gene expression in this parasite have become much clearer through sequencing its whole genome as well as performing various proteomic and microarray analyses, which have demonstrated that at least half of the T. cruzi genes are differentially regulated during its life cycle. In this review, we attempt to highlight the recent advances in characterising cis and trans-acting elements in the T. cruzi genome that are involved in its post-transcriptional regulatory machinery.
Descritores: Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Processamento Pós-Transcricional do RNA
RNA Mensageiro
Transcrição Genética
Trypanosoma cruzi
-Genoma de Protozoário
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
RNA de Protozoário
Trans-Splicing
Trypanosoma cruzi/crescimento & desenvolvimento
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Revisão
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-539593
Autor: Mourão, Marina Moraes.
Título: Obtenção e análise de transcritos produzidos por Trans-splicing em Schistosoma mansoni / Collection and analysis of transcripts produced by Trans-splicing in Schistosoma mansoni.
Fonte: Belo Horizonte; s.n; 2005. 100 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Bioquímica e Imunologia para obtenção do grau de Mestre.
Descritores: Schistosoma mansoni/microbiologia
Schistosoma mansoni/parasitologia
Trans-Splicing
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 616.963 TE, M929o, 2005. 011301


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Id: lil-409968
Autor: Mayer, Mario Gustavo; Floeter-Winter, Lucile Maria.
Título: Pre-mRNA trans-splicing: from kinetoplastids to mammals, an easy language for life diversity
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;100(5):501-513, Aug. 2005. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Since the discovery that genes are split into intron and exons, the studies of the mechanisms involved in splicing pointed to presence of consensus signals in an attempt to generalize the process for all living cells. However, as discussed in the present review, splicing is a theme full of variations. The trans-splicing of pre-mRNAs, the joining of exons from distinct transcripts, is one of these variations with broad distribution in the phylogenetic tree. The biological meaning of this phenomenon is discussed encompassing reactions resembling a possible noise to mechanisms of gene expression regulation. All of them however, can contribute to the generation of life diversity.
Descritores: Variação Genética
Kinetoplastida/genética
Mamíferos/genética
Nematoides/genética
Precursores de RNA/genética
Trans-Splicing/genética
-Regulação da Expressão Gênica
Filogenia
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Cicarelli, Regina Maria Barreto
Id: lil-314690
Autor: Vianna, Viviane Formice; Ambrósio, Daniela Luz; Cicarelli, Regina Maria Barretto.
Título: Mapeamento de bandas de Trans-splicing in vitro com extratos nucleares de Tryopanosoma cruzi / Band mapping of in vitro trans-splicing reaction using Trypanosoma cruzi nuclear extracts
Fonte: Rev. ciênc. farm;22(2):295-306, 2001. ilus, graf.
Idioma: pt.
Resumo: A maturaçäo dos pré-mRNAs em tripanosomatídeos ocorre por meio de um mecanismo denominado trans-splicing, que envolve a excisäo dos íntrons e a uniäo dos éxonsde dois transcritos independentes. Um transcrito curto , splice leader (SL) RNA, é trans-spliceado a pré-mRNAs aceptores, originando o RNA maduro. O objetivo deste trabalho foi padronizar as condiçöes necessárias que favoreçam essa reaçäo in vitro, empregando, para este fim, extratos nucleares de formas epimastigotas de T. cruzi e pré-mRNA de alfa-tubulina de tripanosoma africano. Nas condiçöes experimentais para a reaçäo de trans-splicing, em que se utilizou extrato nuclear de cepa Bolíviae o pré-mRNA a-tubulina (aceptor) marcado radioativamente, na ausência do pré-mRNA SL exógeno, foi obtida uma banda acima do pré-mRNA de alfa-tubulina (possível produto), sugerindo que esta reagiu com o SL presente no extrato nuclear. A banda foi processada, mas näo se detectou a sequência do produto esperado(SL + éxon alfa-tubulina). Entretanto, o tamanho da banda na reaçäo de trans-splicing (acima do pré-mRNA) pode trtar-se do lariat, cuja estrutura molecular näo possibilitaria seu sequenciamento pela metodologia empregada. Interessante salientar que a banda somente aparece na reaçäo de trans-splicing contendo ATP, o que sugere tratar-se de uma reaçäo de transesterificaçäo.
Descritores: Técnicas In Vitro
Processamento de RNA
Trans-Splicing
Trypanosoma cruzi
-Estrutura Molecular
Limites: Animais
Responsável: BR33.1 - Divisão Técnica de Biblioteca e Documentação



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