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Texto completo SciELO Venezuela
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Id: lil-783088
Autor: Patiño, Margareth A; Abadía, Edgar; Gómez, Solalba; Maes, Mailis; Muñoz, Mariana; Gómez, Daniela; Guzmán, Patricia; Méndez, María Victoria; Ramirez, Carmen; España, Mercedes; de Waard, Jacobus; Takiff, Howard.
Título: Mycobacterium tuberculosis population structure and molecular epidemiological analysis in Sucre municipality, Miranda state, Venezuela / Estructura poblacional y análisis epidemiológico molecular de Mycobacterium tuberculosis en el municipio Sucre, estado Miranda, Venezuela
Fonte: Invest. clín;55(4):332-351, dic. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Sucre municipality is a large, densely populated marginal area in the eastern part of Caracas, Venezuela that consistently has more cases of tuberculosis than other municipalities in the country. To identify the neighborhoods in the municipality with the highest prevalence of tuberculosis, and determine whether the Mycobacterium tuberculosis strain distribution in this municipality is different from that previously found in the western part of Caracas and the rest of Venezuela, we collected data on all tuberculosis cases in the municipality diagnosed in 2005-6. We performed two separate molecular epidemiological studies, spoligotyping 44 strains in a first study, and spoligotyping 131 strains, followed by MIRU-VNTR 15 on 21 clustered isolates in the second. With spoligotyping, the most common patterns were Shared International Type SIT17 (21%); SIT42 (15%); SIT93 (11%); SIT20 (7%); SIT53 (6%), a distribution similar to other parts of Venezuela, except that SIT42 and SIT20 were more common. MIRU-VNTR 15 showed that six of seven SIT17 strains examined belonged to a large cluster previously found circulating in Venezuela, but all of the SIT42 strains were related to a cluster centered in the neighborhoods of Unión and Maca, with a MIRU-VNTR pattern not previously seen in Venezuela. It appears that a large percentage of the tuberculosis in the Sucre municipality is caused by the active transmission of two strain families centered within distinct neighborhoods, one reflecting communication with the rest of the country, and the other suggesting the insular, isolated nature of some sectors.

El municipio Sucre es un área densamente poblada del este de Caracas, Venezuela, con más casos de tuberculosis que otros municipios del país. Para establecer las áreas en el municipio Sucre con la mas alta prevalencia de tuberculosis y determinar sí la distribución de cepas de Mycobacterium tuberculosis es diferente de las encontradas previamente en el Oeste de Caracas y el resto de Venezuela, se recolectaron los datos de todos los casos diagnosticados de tuberculosis en el municipio en el 2005-6. Además, se aplicaron dos estudios de epidemiología molecular, el primero con 44 aislados en 2006 y el segundo con 131 aislados del 2006 al 2011, todos caracterizados por spoligotyping. Fue aplicada la técnica MIRU VNTR15 sobre 21 aislados agrupados. Con spoligotyping, los patrones encontrados fueron SIT17 (21%); SIT42 (15%); SIT93 (11%); SIT20 (7%); SIT53 (6%), presentando una distribución similar en otras partes de Venezuela, con la diferencia de que el SIT42 y el SIT20 fueron comunes en el municipio. MIRU VNTR15 mostró que seis de las siete cepas SIT17 pertenecían a un gran grupo encontrado previamente en Venezuela, mientras las cepas SIT42, estaban relacionados a un grupo concentrado en los Barrios Unión y Maca, con un patrón MIRU VNTR no visto previamente en Venezuela. Los resultados indicarían que un gran porcentaje de tuberculosis en el municipio Sucre es causada por transmisión activa de dos familias, una reflejando comunicación con el resto del país, y otra sugiriendo que es un aislado propio de algunos Barrios del municipio.
Descritores: Mycobacterium tuberculosis/classificação
Tuberculose/microbiologia
-Técnicas de Tipagem Bacteriana
Análise por Conglomerados
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas/genética
Mycobacterium tuberculosis/genética
Mycobacterium tuberculosis/isolamento & purificação
Projetos Piloto
Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
Características de Residência
Estudos Retrospectivos
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Especificidade da Espécie
Tuberculose/epidemiologia
População Urbana
Venezuela/epidemiologia
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: VE1.1 - Biblioteca Humberto Garcia Arocha


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Id: lil-773006
Autor: Moraes, Rômulo Murilo do Nascimento.
Título: Identificação de motivos relevantes para a função do fator de iniciação da tradução EIF4E3 de Leishmania sp / Identification of relevant motifs to translation initiation factor EIF4E3 function in Leishmania sp.
Fonte: Recife; s.n; 2015. 74 p. ilus, graf, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: Os tripanossomatídeos são organismos caracterizados pelo controle póstranscricional da expressão gênica, principalmente em nível de tradução. Na tradução em eucariotos, tem grande destaque o complexo eIF4F, sendo um de seus principais componentes o fator de iniciação da tradução eIF4E. Já foram descritos em tripanossomatídeos seis homólogos para o eIF4E, nomeados EIF4E1 a 6. Em um estudo com Leishmania amazonensis, focado no EIF4E3, percebeu-se que seu perfil de expressão se alterava rapidamente numa curva de crescimento, com este apresentando ao menos duas bandas. As mudanças observadas sugeriam modificações pós-traducionais do tipo fosforilação, algo posteriormente confirmado. Analisando-se a sequência do EIF4E3 de Leishmania, foi possível identificar a presença de possíveis sítios de fosforilação e de ligação a parceiros funcionais como homólogos do eIF4G, outro componente do complexo eIF4F, e da proteína de ligação á cauda poli-A (PABP). No presente estudo foi analisado o perfil de expressão e a capacidade de ligação a parceiros funcionais do EIF4E3 de Leishmania superexpresso em células transfectadas e no qual foram introduzidas mutações em motivos específicos. Os resultados mostraram um perfil de expressão de ao menos três bandas para o EIF4E3 de L. amazonensis e duas para L. infantum, com o sítio S75, presente apenas na primeira, sendo o responsável por esta diferença...
Descritores: FATOR DE INICIACAO ABBREVIATIONS AS TOPICF EM EUCARIOTOS
Expressão Gênica
Leishmania infantum/genética
Leishmania infantum/metabolismo
Leishmania mexicana/genética
Leishmania mexicana/metabolismo
-Proteínas de Ligação a Poli(A)
Ligação Proteica
Biossíntese de Proteínas
Proteínas de Protozoários
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Humanos
Animais
Responsável: BR305.1 - Biblioteca do CPqAM


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-749724
Autor: Mori, Enio; Lara, Maria do Carmo C.S.H.; Cunha, Elenice M.S.; Villalobos, Eliana M.C.; Mori, Claudia M.C.; Soares, Rodrigo M.; Brandão, Paulo E.; Fernandes, Wilson R.; Richtzenhain, Leonardo J..
Título: Molecular characterization of Brazilian equid herpesvirus type 1 strains based on neuropathogenicity markers
Fonte: Braz. j. microbiol;46(2):565-570, Apr-Jun/2015. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: São Paulo Research Foundation; . São Paulo Research Foundation; . National Council for Scientific and Technological Development.
Resumo: Partial nucleotide sequences of ORF72 (glycoprotein D, gD), ORF64 (infected cell protein 4, ICP4) and ORF30 (DNA polymerase) genes were compared with corresponding sequences of EHV-1 reference strains to characterize the molecular variability of Brazilian strains. Virus isolation assays were applied to 74 samples including visceral tissue, total blood, cerebrospinal fluid (CSF) and nasal swabs of specimens from a total of 64 animals. Only one CSF sample (Iso07/05 strain) was positive by virus isolation in cell culture. EHV-1 Iso07/05 neurologic strain and two abortion visceral tissues samples (Iso11/06 and Iso33/06) were PCR-positive for ORF33 (glycoprotein B, gB) gene of EHV-1. A sequence analysis of the ORF72, ORF64 and ORF30 genes from three EHV-1 archival strains (A3/97, A4/72, A9/92) and three clinical samples (Iso07/05, Iso11/06 and Iso33/06) suggested that among Brazilian EHV-1 strains, the amplified region of the gD gene sequence is highly conserved. Additionally, the analysis of ICP4 gene showed high nucleotide and amino acid identities when compared with genotype P strains, suggesting that the EHV-1 Brazilian strains belonged to the same group. All the EHV-1 Brazilian strains were classified as non-neuropathogenic variants (N752) based on the ORF30 analysis. These findings indicate a high conservation of the gD-, ICP4- and ORF30-encoding sequences. Different pathotypes of the EHV-1 strain might share identical genes with no specific markers, and tissue tropism is not completely dependent on the gD envelope, immediate-early ICP4 and DNA polymerase proteins.
Descritores: Variação Genética
Infecções por Herpesviridae/veterinária
Herpesvirus Equídeo 1/classificação
Herpesvirus Equídeo 1/genética
Doenças dos Cavalos/virologia
-Brasil
Análise por Conglomerados
Sequência Conservada
DNA Viral/química
DNA Viral/genética
Genótipo
Cavalos
Infecções por Herpesviridae/virologia
Dados de Sequência Molecular
Fases de Leitura Aberta
Filogenia
Análise de Sequência de DNA
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo
Id: lil-734582
Autor: Di Conza, José A; Badaracco, Alejandra; Ayala, Juan; Rodriguez, Cynthia; Famiglietti, Ángela; Gutkind, Gabriel O.
Título: ß-lactamases produced by amoxicillin-clavulanate-resistant enterobacteria isolated in Buenos Aires, Argentina: A new blaTEMgene / ß-lactamasas producidas por enterobacterias resistentes a amoxicilina-ácido clavulánico aisladas en Buenos Aires, Argentina: un nuevo gen blaTEM
Fonte: Rev. argent. microbiol;46(3):210-217, oct. 2014. tab.
Idioma: en.
Resumo: La resistencia a la combinación de ß-lactámico/inhibidor de ß-lactamasa en enterobacterias es un problema creciente que no ha sido estudiado intensamente en Argentina. En el presente trabajo, 54/843 enterobacterias recolectadas en un hospital universitario de la ciudad de Buenos Aires fueron resistentes a ampicilina-sulbactama, pero se mantuvieron sensibles a las cefalosporinas de segunda y tercera generación. Se analizaron los mecanismos enzimáticos presentes en los aislamientos que también fueron resistentes a amoxicilina-ácido clavulánico (AMC) (18/54). La secuenciación reveló dos variantes diferentes de blaTEM-1, donde blaTEM-1b es el alelo más frecuentemente detectado (10 Escherichia coli, 3 Klebsiella pneumoniae, 2 Proteus mirabilis y 1 Raoultella terrigena), seguidos por blaTEM-1a(1 K. pneumoniae). La resistencia a AMC parece estar asociada principalmente con la hiperproducción de TEM-1 (sobre todo en E. coli) o con la coexpresión con ß-lactamasas tipo OXA-2 y/o SHV (K. pneumoniae y P. mirabilis). Se describió una nueva variante de blaTEM(TEM-163) en un aislamiento de E. coli que presentó una CIM frente a AMC de 16/8 µg/ml. La enzima TEM-163 contiene dos sustituciones de aminoácidos respecto de TEM-1, Arg275Gln y His289Leu. Teniendo en cuenta la alta actividad específica observada y la baja IC50 para el ácido clavulánico, el patrón de resistencia de este aislamiento parece obedecer a la hiperproducción de la nueva variante de la ß-lactamasa de amplio espectro, en lugar de vincularse con un comportamiento similar al de una TEM resistente a inhibidores (IRT).

Resistance to ß-lactam/ß-lactamase inhibitors in enterobacteria is a growing problem that has not been intensively studied in Argentina. In the present work, 54/843 enterobacteria collected in a teaching hospital of Buenos Aires city were ampicillin-sulbactam-resistant isolates remaining susceptible to second-and third-generation cephalosporins. The enzymatic mechanisms present in the isolates, which were also amoxicillin-clavulanic acid (AMC)-resistant (18/54) were herein analyzed. Sequencing revealed two different variants of blaTEM-1, being blaTEM-1b the most frequently detected allelle (10 Escherichia coli, 3 Klebsiella pneumoniae, 2 Proteus mirabilis and 1 Raoultella terrigena) followed by blaTEM-1a(1 K. pneumoniae). Amoxicillin-clavulanate resistance seems to be mainly associated with TEM-1 overproduction (mostly in E. coli) or co-expressed with OXA-2-like and/or SHV ß-lactamases (K. pneumoniae and P. mirabilis). A new blaTEMvariant (TEM-163) was described in an E. coli strain having an AMC MIC value of 16/8 µg/ml. TEM-163 contains Arg275Gln and His289Leu amino acid substitutions. On the basis of the high specific activity and low IC50 for clavulanic acid observed, the resistance pattern seems to be due to overproduction of the new variant of broad spectrumß-lactamase rather than to an inhibitor-resistant TEM (IRT)-like behavior.
Descritores: Combinação Amoxicilina e Clavulanato de Potássio/farmacologia
Farmacorresistência Bacteriana/genética
Infecções por Enterobacteriaceae/microbiologia
Enterobacteriaceae/enzimologia
beta-Lactamases/isolamento & purificação
-Substituição de Aminoácidos
Argentina/epidemiologia
Sequência de Bases
Infecção Hospitalar/epidemiologia
Infecção Hospitalar/microbiologia
Testes de Sensibilidade a Antimicrobianos por Disco-Difusão
DNA Bacteriano/genética
Infecções por Enterobacteriaceae/epidemiologia
Enterobacteriaceae/efeitos dos fármacos
Enterobacteriaceae/genética
Enterobacteriaceae/isolamento & purificação
Proteínas de Escherichia coli/genética
Proteínas de Escherichia coli/isolamento & purificação
Proteínas de Escherichia coli/metabolismo
Escherichia coli/efeitos dos fármacos
Escherichia coli/enzimologia
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/isolamento & purificação
Genes Bacterianos
Hospitais de Ensino
Hospitais Urbanos
Dados de Sequência Molecular
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Especificidade por Substrato
beta-Lactamases/genética
beta-Lactamases/metabolismo
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: AR1.2 - Instituto de Investigaciónes Epidemiológicas


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Id: lil-734411
Autor: Pogo, Beatriz GT.
Título: El virus del tumor de mama humano (HMTV) en 2014
Fonte: Medicina (B.Aires);74(5):415-417, oct. 2014.
Idioma: es.
Descritores: Adenocarcinoma/virologia
Neoplasias da Mama/virologia
Vírus do Tumor Mamário do Camundongo/genética
Infecções por Retroviridae/virologia
Infecções Tumorais por Vírus/virologia
-Retrovirus Endógenos/genética
Neoplasias Mamárias Animais/virologia
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Animais
Feminino
Humanos
Camundongos
Tipo de Publ: Editorial
Responsável: AR1.2 - Instituto de Investigaciónes Epidemiológicas


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Id: lil-730944
Autor: Uribe, Nelson; Becerra, Wlda Margarita; Velásquez, Luz Elena.
Título: Lymnaea cousini , huésped de Fasciola hepatica en el trópico alto andino de Colombia, y sus nuevos haplotipos, confirmados con el marcador mitocondrial del gen de la citocromo oxidasa I / Lymnaea cousini , intermediate host of Fasciola hepatica in the Colombian high tropical Andes, and its new haplotypes confirmed with the mitochondrial marker cytochrome oxidase I
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(4):598-604, oct.-dic. 2014. graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: Institución donde se ejecutó el trabajo: Programa de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales, PECET, Unidad de Malacología Médica y Trematodos (UMMT), Sede de Investigación Universitaria, Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia Introducción. La fasciolosis es la enfermedad transmitida por vectores con mayor distribución latitudinal, longitudinal y altitudinal, debido a la capacidad colonizadora del parásito Fasciola hepatica y de sus huéspedes intermediarios, los moluscos limneidos. Estos caracoles se investigan por su importancia epidemiológica, pero su identificación taxonómica es difícil por la similitud fenotípica entre especies. En este sentido, con respecto a Lymnaea cousini , un huésped de F. hepatica en Colombia, existe incertidumbre en razón de su similitud morfológica con L. meridensis , descrita recientemente en Venezuela. Objetivo. Confirmar con el marcador del gen de la citocromo oxidasa I en el ADN mitocondrial COI (ADNmt), el estatus taxonómico de ejemplares morfológicamente caracterizados como L. cousini provenientes de Nariño, Norte de Santander y Santander (Colombia), depositados en la Colección de Moluscos Vectores de la Universidad de Antioquia, VHET N° 37. Materiales y métodos. Para la amplificación del COI mitocondrial, se extrajo ADN total del pie de cada ejemplar con el estuche DNeasy Blood and Tissue (Qiagen ® ). Los productos amplificados se enviaron a secuenciar a Macrogen Inc., Corea. Las 27 secuencias generadas en esta investigación se compararon con secuencias publicadas en el GenBank, incluidas las secuencias de la localidad tipo de L. cousini. Resultados. Se encontraron dos nuevos haplotipos de L. cousini para Colombia. Los especímenes de Nariño correspondían al haplotipo A, referenciado en Ecuador, y los especímenes de Santander y Norte de Santander, a un nuevo haplotipo al que se denominó D. Conclusión. Mediante el marcador mitocondrial del COI , se confirmó que los especímenes pertenecían a la especie L. cousini . Con el hallazgo se duplicó el número de haplotipos conocidos de la especie en Colombia y se amplió su distribución geográfica al suroeste y nordeste de la región altoandina colombiana.

Introduction: Fasciolosis is the disease transmitted by vectors with the highest latitudinal, longitudinal, and altitudinal distribution due to the colonizing capacity of the parasite Fasciola hepatica and its intermediate hosts, Lymnaeidae mollusks. These snails are under research due to their epidemiological importance, but their taxonomic identification is difficult given their interspecific phenotypical similarity. For this reason, there is uncertainty regarding Lymnaea cousini -a host of F. hepatica in Colombia- due to the morphological similarity it has with Lymnaea meridensis , recently described for Venezuela. Objective: To confirm with the COI marker (ADNmt) the taxonomic status of individuals morphologically identified as L. cousini from Nariño, Norte de Santander, and Santander (Colombia), deposited in the Vector Mollusks Collection VHET No. 37 of Universidad de Antioquia. Materials and methods: The amplification of the mitochondrial COI required total DNA extraction of each individual´s foot using the DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen®). Products amplified were sent for sequencing to Macrogen Inc., Korea. Twenty seven sequences generated in this research were compared to sequences published in the GenBank, including sequences of the type locality of L. cousini . Results: Two new haplotypes of L. cousini were obtained for Colombia. Specimens from Nariño correspond to haplotype A, referenced for Ecuador, and specimens from Santander and Norte de Santander belong to a new haplotype we called haplotype D. Conclusion : By using the mitochondrial COI marker, we confirmed that the species under study did correspond to L. cousini . The number of known haplotypes of the species for Colombia has been duplicated and its geographical distribution has been extended to the southwest and northeast of the Colombian high Andean region.
Descritores: Vetores de Doenças/classificação
Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/análise
Fasciola hepatica
Lymnaea/classificação
-Sequência de Bases
Biomarcadores
Colômbia
DNA
DNA Mitocondrial/genética
Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/genética
Haplótipos/genética
Lymnaea/enzimologia
Lymnaea/genética
Dados de Sequência Molecular
Filogenia
Subunidades Proteicas
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Animais
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Id: lil-730939
Autor: Cortés, Liliana Jazmín; Duque, Sofía; López, Miryam Consuelo; Moncada, Diego; Molina, Diego; Gómez-Marín, Jorge Enrique; Gunturiz, María Luz.
Título: Polimorfismos en los genes de dihidrofolato-reductasa ( dhfr ) y dihidropteroato-sintasa ( dhps ) y modelado estructural del gen dhps en aislamientos colombianos de Toxoplasma gondii / Gene polymorphisms in the dihydrofolate reductase ( dhfr ) and dihydropteroate synthase ( dhps ) genes and structural modelling of the dhps gene in Colombian isolates of Toxoplasma gondii
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(4):556-566, oct.-dic. 2014. ilus, graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. No existen reportes sobre las variaciones en la secuencia de los genes blanco de los medicamentos anti- Toxoplasma en aislamientos provenientes de Suramérica. Objetivo. Clonar y secuenciar los genes de la dihidrofolato-reductasa ( dhfr ) y la dihidropteroato-sintetasa ( dhps ) de la cepa de referencia RH y de dos aislamientos colombianos de Toxoplasma gondii. Materiales y métodos. Se obtuvieron dos aislamientos de T. gondii en líquido céfalorraquídeo de pacientes colombianos positivos para HIV con toxoplasmosis cerebral. Se extrajo el ADN de los genes dhfr y dhps y se amplificaron mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los productos fueron clonados en el vector pGEM-T y secuenciados. Resultados. Se encontró un cambio de adenina por guanina (A « G) en la posición 235 del exón 2 del gen dhps , dos cambios de guanina por citocina (G « C) en las posiciones 259 y 260 y un cambio de timina por guanina (T « G) en la posición 371 del exón 4 del gen dhps. Por análisis bioinformático, en este último exón se identificó un polimorfismo no sinónimo en la región codificante, que podría llevar al cambio de una Glu (CAA o CAG) por una His (codificada por los codones AAU o AAC). Se calculó el modelo estructural de la enzima dihidropteroato-sintetasa (DHPS) de T. gondii y se identificaron las modificaciones en la estructura secundaria ocasionadas por las mutaciones. Conclusiones. La metodología estandarizada puede servir como base para la búsqueda de polimorfismos en muestras de pacientes con diferentes manifestaciones clínicas de toxoplasmosis y para establecer su posible relación con los cambios en la sensibilidad a los antifolatos y la reacción al tratamiento.

Introduction: There are no reports describing polymorphisms in target genes of anti- Toxoplasma drugs in South American isolates. Objective: This study sought to perform cloning and sequencing of the dihydrofolate reductase ( dhfr ) and dihydropteroate-synthase ( dhps ) genes of the reference Rh strain and two Colombian isolates of Toxoplasma gondii . Materials and methods: Two isolates were obtained from the cerebrospinal fluid of HIV-infected patients with cerebral toxoplasmosis. A DNA extraction technique and PCR assay for the dhfr and dhps genes were standardized, and the products of amplification were cloned into Escherichia coli and sequenced. Results: One polymorphism (A « G) was found at position 235 of exon 2 in the dhps gene. In addition, two polymorphisms (G « C) at positions 259 and 260 and one polymorphism (T « G) at position 371 within exon 4 of the dhps gene were detected. In this last exon, a bioinformatic analysis revealed a non-synonymous polymorphism in the coding region that could lead to the substitution of Glu (CAA or CAG) for His (encoded by codons AAU or AAC). A structural model of the T. gondii DHPS protein was calculated, and the results revealed modifications in secondary structure due to mutations. Conclusions: The methods described in this study can be used as a tool to search for polymorphisms in samples from patients with different clinical manifestations of toxoplasmosis and to examine their relationship with the therapeutic response.
Descritores: Di-Hidropteroato Sintase/genética
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Proteínas de Protozoários/genética
Tetra-Hidrofolato Desidrogenase/genética
Toxoplasma/enzimologia
-Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/líquido cefalorraquidiano
Infecções Oportunistas Relacionadas com a AIDS/parasitologia
Substituição de Aminoácidos
Sequência de Bases
Clonagem Molecular
Colômbia
Líquido Cefalorraquidiano/parasitologia
DNA de Protozoário/genética
DNA Recombinante/genética
Di-Hidropteroato Sintase/química
Éxons/genética
Modelos Moleculares
Dados de Sequência Molecular
Conformação Proteica
Proteínas de Protozoários/química
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Toxoplasma/genética
Toxoplasma/isolamento & purificação
Toxoplasmose Animal/parasitologia
Toxoplasmose Cerebral/líquido cefalorraquidiano
Toxoplasmose Cerebral/parasitologia
Limites: Animais
Humanos
Masculino
Camundongos
Tipo de Publ: Estudo Multicêntrico
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


  8 / 32 LILACS  
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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-727040
Autor: Melo, Dayanne Araújo de; Coelho, Irene da Silva; Motta, Cássia Couto da; Rojas, Anna Carolina Coelho Marín; Dubenczuk, Felipe Carlos; Coelho, Shana de Mattos de Oliveira; Souza, Miliane Moreira Soares de.
Título: Impairments of mecA gene detection in bovine Staphylococcus spp.
Fonte: Braz. j. microbiol;45(3):1075-1082, July-Sept. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: National Council for Scientific and Technological Development; . Foundation for Research Support in the State of Rio de Janeiro.
Resumo: Staphylococcus aureus antimicrobial resistance, especially to beta-lactams, favors treatment failures and its persistence in herd environment. This work aimed to develop a more specific primer for mecA gene detection based on the comparison of the conserved regions from distinct host origins and also investigated the presence of homologue mecA LGA251 in bovine strains. A total of 43 Staphylococcus spp. were included in this study, comprising 38 bovine S. aureus, two human and three equine coagulase-negative staphylococci (CNS). Phenotypical methicillin-resistance detection was performed through oxacillin agar-screening and cefoxitin disk-diffusion test. None isolate tested positive for mecA LGA251 gene. For mecA gene PCR, new primers were designed based on the sequences of human S. aureus (HE681097) and bovine S. sciuri (AY820253) mecA. The new primers based on the S. aureus mecA sequence amplified fragments of human and equine CNS and the ones based on S. sciuri mecA sequence only yielded fragments for S. aureus bovine strains. Multiples alignments of mecA gene sequences from bovine, human and equine revealed punctual but significant differences in bovine strains that can lead to the mecA gene detection impairment. The observed divergences of mecA gene sequences are not a matter of animal or human origin, it is a specificity of bovine samples.
Descritores: Proteínas de Bactérias/genética
Infecções Estafilocócicas/microbiologia
Infecções Estafilocócicas/veterinária
Staphylococcus aureus/genética
Staphylococcus aureus/isolamento & purificação
-Primers do DNA/genética
DNA Bacteriano/genética
Variação Genética
Cavalos
Resistência a Meticilina
Testes de Sensibilidade Microbiana
Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Animais
Bovinos
Humanos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


  9 / 32 LILACS  
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Texto completo SciELO Brasil
Texto completo
Id: lil-723134
Autor: Farrokh, Parisa; Yakhchali, Bagher; Asghar Karkhane, Ali.
Título: Cloning and characterization of newly isolated lipase from Enterobacter sp. Bn12
Fonte: Braz. j. microbiol;45(2):677-687, Apr.-June 2014. ilus, graf, tab.
Idioma: en.
Resumo: A mesophilic Enterobacter sp. Bn12 producing an alkaline thermostable lipase was isolated from soil in Tehran, Iran. The lipase gene (ELBn12) was identified from a genomic library. Sequence analysis of the DNA fragment revealed an open reading frame of 879 bp encoding a lipase with a molecular mass of 31.3 kDa. The deduced amino acid sequence showed 96% identity with a lipase of Enterobacter sp. Ag1 and the identity of their DNA sequences was 88.9%. ELBn12 belongs to the lipase subfamily I.1 and its catalytic triad consists of Ser82, Asp237 and His259. The lipase was expressed in Escherichia coli (BL21) pLysS and partially purified by anion exchange chromatography. The maximum activity of ELBn12 was obtained at temperature of 60 °C and pH 8.0 towards tricaprylin (C8) and its specific activity was around 2900 U/mg. ELBn12 was stable within a broad pH range from 6.0 to 11.0. The enzyme showed high stability in both polar and nonpolar organic solvents at 50% (v/v). The lipase activity was enhanced in the presence of 10 mM of Ca2+, Mg2+ and K+, while heavy metals (Fe3+ and Zn2+) had strong inhibitory effect. ELBn12 showed high activity in the presence of 1% (w/v) nonionic surfactants, however ionic surfactants inhibited the lipolytic activity. ELBn12 characteristics show that it has a potential to be used in various industrial processes.
Descritores: Enterobacter/enzimologia
Lipase/isolamento & purificação
Lipase/metabolismo
-Sequência de Aminoácidos
Técnicas de Tipagem Bacteriana
Sequência de Bases
Cromatografia por Troca Iônica
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Id: lil-712432
Autor: Acosta, Claudia Patricia; Hurtado, Fabián Andrés; Trespalacios, Alba Alicia.
Título: Determinación de mutaciones de un solo nucleótido en el gen 23S rRNA de Helicobacter pylori relacionadas con resistencia a claritromicina en una población del departamento del Cauca, Colombia / Determination of single nucleotide mutations in the 23S rRNA gene of Helicobacter pylori related to clarithromycin resistance in a population from Cauca, Colombia
Fonte: Biomédica (Bogotá);34(supl.1):156-162, abr. 2014. graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. La terapia antibiótica combinada para la erradicación de Helicobacter pylori debería basarse en los patrones locales de resistencia. Objetivo. Determinar la resistencia de H. pylori a claritromicina en una población del departamento del Cauca mediante la identificación de mutaciones en el gen 23S r RNA en ADN obtenido de biopsias gástricas. Materiales y métodos. Se incluyeron en el estudio 162 pacientes con dispepsia funcional. El gen 23S rRNA se amplificó por PCR y el patrón de mutaciones se identificó por secuenciación directa. Resultados. La frecuencia de resistencia a claritromicina fue de 4 %. La mutación A2143G del gen se encontró en cuatro pacientes (2,46 %) y la mutación A2142G, en tres pacientes (1,85 %). Conclusiones. El estudio encontró que el genotipo más frecuente en los especímenes positivos para H. pylori fue 2143G, seguido por A2142G. La prevalencia observada de resistencia de H. pylori fue baja; por lo tanto, se considera que el tratamiento con claritromicina es una opción válida para la erradicación de H. pylori en la población objeto de estudio.

Introduction: Antibiotic combination therapy for the eradication of Helicobacter pylori should be based on local resistance patterns. Objective: To d etermine the resistance of H. pylori to clarithromycin in a population from Cauca province, through the identification of mutations in the 23S rRNA gene in DNA from gastric biopsies. Materials and methods: A total of 162 patients with functional dyspepsia were included in the study. The 23S rRNA gene and the DNA from 162 gastric specimens were amplified by PCR, and the mutation pattern was identified by direct sequencing. Results: The frequency of clarithromycin resistance was 4%. A2143G mutation was found in four patients (2.46%) and A2142G mutation was found in three patients (1.85%). Conclusions: Our study shows that the most frequent genotype in H. pylori -positive specimens was A2143G, followed by A2142G. The observed resistance prevalence of H. pylori was low; thus, we consider that clarithromycin treatment is a valid option for H. pylori eradication in the study population.
Descritores: Claritromicina/farmacologia
DNA Bacteriano/genética
DNA Ribossômico/genética
Farmacorresistência Bacteriana/genética
Gastrite/microbiologia
Infecções por Helicobacter/microbiologia
Helicobacter pylori/genética
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
RNA Bacteriano/genética
/genética
RNA, RIBOSOMAL, ABORTIFACIENT AGENTS, NONSTEROIDALS/genética
-Técnicas de Tipagem Bacteriana
Biópsia
Proteínas de Bactérias/genética
Colômbia/epidemiologia
Genes Bacterianos
Gastrite/epidemiologia
Gastrite/patologia
Infecções por Helicobacter/epidemiologia
Infecções por Helicobacter/patologia
Helicobacter pylori/classificação
Helicobacter pylori/efeitos dos fármacos
Helicobacter pylori/isolamento & purificação
Mutação de Sentido Incorreto
Estudos Prospectivos
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Limites: Adolescente
Adulto
Idoso
Feminino
Humanos
Masculino
Pessoa de Meia-Idade
Adulto Jovem
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina



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