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Id: biblio-1003279
Autor: Hassan, Hamdy A; Dawah, Somya E; El-Sheekh, Mostafa M.
Título: Monitorización de la capacidad de degradación de las nuevas bacterias haloalcalifílicas resistentes a cloruro de tributiltina (TBTCl) en una ubicación contaminada por butiltina / Monitoring the degradation capability of novel haloalkaliphilic tributyltin chloride (TBTCl) resistant bacteria from butyltin-polluted site
Fonte: Rev. argent. microbiol;51(1):39-46, mar. 2019. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Tributyltin (TBT) is recognized as a major environmental problem at a global scale. Haloalkaliphilic tributyltin (TBT)-degrading bacteria may be a key factor in the remediation of TBT polluted sites. In this work, three haloalkaliphilic bacteria strains were isolated from a TBT-contaminated site in the Mediterranean Sea. After analysis of the 16S rRNA gene sequences the isolates were identified as Sphingobium sp. HS1, Stenotrophomonas chelatiphaga HS2 and Rhizobium borbori HS5. The optimal growth conditions for biodegradation of TBT by the three strains were pH 9 and 7% (w/v) salt concentration. S. chelatiphaga HS2 was the most effective TBT degrader and has the ability to transform most TBT into dibutyltin and monobutyltin (DBT and MBT). A gene was amplified from strain HS2 and identified as TBTB-permease-like, that encodes an ArsB-permease. A reverse transcription polymerase chain reaction analysis in the HS2 strain confirmed that the TBTB-permease-like gene contributes to TBT resistance. The three novel haloalkaliphilic TBT degraders have never been reported previously.

Se considera a la tributiltina (TBT) como un problema medioambiental serio a escala global. Las bacterias haloalcalifílicas degradadoras de TBT pueden constituir un factor clave para remediar áreas contaminadas con dicho xenobiótico. En este estudio se aislaron 3 cepas de bacterias haloalcalifílicas procedentes de un sitio contaminado con TBT en el mar Mediterráneo. Tras analizar las secuencias del gen de 16S del ARNr, se identificaron los aislados como Sphingo-bium sp. HS1, Stenotrophomonas chelatiphaga HS2 y Rhizobium borbori HS5. Las condiciones de crecimiento óptimas para la biodegradación de TBT por parte de las 3 cepas fueron pH 9 y 7% (p/v) de concentración de sal. S. chelatiphaga HS2 fue el degradador de TBT más efectivo, con capacidad de transformar la mayor parte de ese compuesto en dibutiltina y monobutiltina (DBT y MBT). Se amplificó un gen de la cepa HS2, que fue identificado como tipo TBTB-permeasa, que codifica para una ArsB permeasa. Un análisis de la cepa HS2 por reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT PCR) confirmó que el gen TBTB-permeasa contribuye a la resistencia al TBT. Estos 3 nuevos degradadores haloalcalifílicos de TBT no habían sido reportados previamente.
Descritores: Bactérias/isolamento & purificação
Recuperação e Remediação Ambiental/métodos
-Biodegradação Ambiental
Mar Mediterrâneo/epidemiologia
Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
Transcrição Reversa/genética
Remediação/análise
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: AR635.1 - FCVyS - Servicio de Información y Documentación


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-747048
Autor: Costa, E. A; Rosa, R; Oliveira, T. S; Furtini, R; Fonseca Júnior, A. A; Paixão, T. A; Santos, R. L.
Título: Diagnóstico etiológico de enfermidades do sistema nervoso central de equinos no Estado de Minas Gerais, Brasil / Etiologic diagnosis of diseases of the central nervous system of horses in Minas Gerais State, Brazil
Fonte: Arq. bras. med. vet. zootec;67(2):391-399, Mar-Apr/2015. tab, graf, mapas.
Idioma: pt.
Projeto: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
Resumo: O Brasil possui o quarto maior rebanho equino do mundo, e o Estado de Minas Gerais detém o maior número de equinos do país. Portanto, um diagnóstico preciso das doenças neurológicas dos equinos é prioridade no estado. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi identificar, utilizando a Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR), os agentes infecciosos responsáveis por enfermidades que afetam o sistema nervoso central (SNC) de equinos. De janeiro de 2009 a janeiro de 2011, foi realizado um levantamento dos casos de encefalites e encefalomielites em equinos no Estado de Minas Gerais, utilizando-se amostras de SNC de equinos que morreram com sinais neurológicos. Das 217 amostras de SNC, 47 (21,7%) foram positivas para o vírus da raiva pelo método de imunofluorescência indireta e inoculação em camundongos. Nas 170 amostras negativas para o vírus da raiva, o herpes-vírus equino-1 (EHV-1) foi diagnosticado em 20 (11,8%) e o herpes-vírus suíno-1 (SHV-1), em uma amostra por meio de PCR, e o vírus encefalite de Saint Louis (SLEV), em outra amostra, através de transcrição reversa (RT) e PCR (RT-PCR). Constatou-se que o vírus da raiva é o principal agente causador de encefalite em equinos, apesar do crescente número de casos de encefalomielite associados ao EHV-1 no Estado de Minas Gerais.(AU)

Brazil has the fourth largest equine herd in the world and the State of Minas Gerais has the largest equine population in the country. Therefore, an accurate diagnosis of cases of neurologic diseases is a priority in Minas Gerais. The aim of this study was to identify by Polymerase Chain Reaction (PCR) infectious agents associated with neurological disease in the central nervous system (CNS) of horses. A survey of encephalitis and encephalomyelitis in horses in Minas Gerais State was performed on samples of CNS from horses that died with neurological signs from January 2009 to January 2011. Forty seven CNS samples from 217 (21.7%) horses were positive for rabies virus by the indirect immunofluorescence assay and mouse inoculation. Among the 170 samples that were negative for rabies, EHV-1 was detected in 20 (11.8%) and the swine herpesvirus-1 (SHV-1) was detected in one sample by PCR, and the Saint Louis encephalitis virus (SLEV) was identified in another sample by reverse transcription (RT) and PCR (RT-PCR). Rabies virus is the most common causative agent of encephalitis in horses, despite the increasing number of cases of encephalitis associated with EHV-1 in the State of Minas Gerais.(AU)
Descritores: Doenças do Sistema Nervoso Central/veterinária
Encefalite/veterinária
Doenças dos Cavalos/etiologia
Cavalos
-Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária
Transcrição Reversa
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: lil-681481
Autor: Sánchez Mendoza, Silvia Elena.
Título: Detección molecular y cuantificación del transcripto BCR-ABL1 en pacientes paraguayos con leucemia mieloide crónica / Molecular detection and quantification of the BCR-ABL1 transcript in paraguayan patients with chronic myeloid leukemia.
Fonte: Asunción; s.n; Febr. 2013. 102 p. ilus.
Idioma: es.
Tese: Apresentada a Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: La leucemia mieloide crónica (LMC) es una neoplasia mieloproliferativa asociada a la presencia del gen de fusión BCR-ABL1 en la célula madre hematopoyética producto de la translocación t(9;22) 8q34;q11.2). Este nuevo gen codifica para una proteína tirosin quinasa con actividad oncogénica. Este estudio descriptivo de corte transverso tuvo como objetivo identificar y cuantificar los transcriptos BCR-ABL1 mediante técnicas de biología molecular en pacientes con sospecha clínica y en tratamiento de LMC, que concurrieron al laboratorio de Genética Molecular del Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud desde tres hospitales públicos de referencia. Se estudiaron un total de 69 pacientes a partir de los cuales se obtuvieron 19 muestras antes del inicio del tratamiento y 57 a distintos tiempo durante el tratamiento con inhibidor de tirosin quinasa. Se analizó el tipo de transcripto en 42 muestras hallándose la isoforma b3a2 en el 64%, la b2a2 en el 31% y ambas en el 5%. A partir de las cuantificaciones realizadas en 57 muestras en tratamiento se determinó la respuesta molecular a los inhibidores de la tirosina quinsa. El 61% no alcanzó la RM Mayor y el 30% obtuvo una RM Mayor o Completa. Este estudio logró implementar por primera vez a nivel nacional la detección y cuantificación del transcripto BCR-ABL1 en pacientes con LMC, introduciéndose una herramientanecesaria para el diagnóstico y seguimiento de la respuesta al tratamiento.
Descritores: Fusão Gênica/genética
Reação em Cadeia da Polimerase
Transcrição Reversa
-Dissertações Acadêmicas como Assunto
Responsável: PY3.1 - Biblioteca
Py3.1; R Tesis 616.994, San55d


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Id: biblio-1022746
Autor: Wang, Zisheng; Hang, Panpan; Zhang, Qihuan; Xu, Qiaoqing; Qi, Zhitao.
Título: Molecular characterization and expression analysis of cathepsin C in Chinese giant salamander (Andrias davidianus) after Aeromonas hydrophila infection
Fonte: Electron. j. biotechnol;32:47-54, Mar. 2018. tab, ilus, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China; . Jiangsu Province; . Opening Project of Jiangsu Key Laboratory of Biochemistry and Biotechnology of Marine Wetland.
Resumo: Background: Cathepsin C (CTSC) (dipeptidyl peptidase I, DPPI), is a member of the papain superfamily of cysteine proteases and involves in a variety of host reactions. However, the information of CTST in Chinese giant salamander (Andrias davidianus), an amphibian species with important evolutionary position and economic values, remained unclear. Results: The full-length salamander CTSC cDNA contained a 96 bp of 5'-UTR, a 1392 bp of ORF encoding 463 amino acids, and a 95 bp of 3'-UTR. The salamander CTSC possessed several sequence features similar to other reported CTSCs such as a signal peptide, a propeptide and a mature peptide. The active site triad of Cys, His and Asn were also found existing in salamander CTSC. Salamander CTSC mRNA was constitutively expressed in all the examined tissues with significantly variant expression level. The highest expression of CTSC was in intestine, followed with stomach, spleen, lung and brain. Following Aeromonas hydrophila infection for 12 h, salamander CTSC was significantly up-regulated in several tissues including lung, spleen, brain, kidney, heart, stomach and skin. Conclusion: CTSC plays roles in the immune response to bacterial infection, which provided valuable information for further studying the functions of CTSC in salamander.
Descritores: Urodelos/genética
Urodelos/imunologia
Infecções por Bactérias Gram-Negativas/veterinária
Catepsina C/imunologia
-Urodelos/microbiologia
Infecções por Bactérias Gram-Negativas/imunologia
Clonagem Molecular
Aeromonas hydrophila/fisiologia
Análise de Sequência
DNA Complementar
Catepsina C/genética
Catepsina C/metabolismo
Transcrição Reversa
Imunidade Inata/genética
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-967330
Autor: Liao, Yi; Liu, Miao Miao; Li, Qing Ling; Chu, Jun; Su, Jing Jing; Wu, Jia Wen.
Título: Cloning, expression, and characterization of three ribosomal protein S13 genes in Sophora flavescens / Clonagem, expressão e caracterização de três proteínas ribossômicas S13 genes em Sophora flavescens
Fonte: Biosci. j. (Online);34(5):1379-1391, sept./oct. 2018.
Idioma: en.
Resumo: To characterize the structure and function of ribosomal protein S13 (RPS13), we identified fulllength open reading frames (ORFs) of three RPS13 genes (RPS13-1, RPS13-2, and RPS13-3) of the Chinese medicinal plant, Sophora flavescens. The target genes were amplified by reverse transcription-olymerase chain reaction (RT-PCR), ligated into the pET22b(+) vector, and then transformed into Escherichia coli BL21 competent cells for protein expression. The physicochemical properties, protein motif, evolution, and structural organization of the three RPS13 genes were analyzed using bioinformatics tools. The full-length ORFs (453 bp) of the three RPS13 genes of S. flavescens were cloned, and each encodes a protein of 151 amino acids in length, and their expression was detected by Western blotting. Bioinformatics analysis showed that RPS13s are stable proteins that are closely related to the 40S RPS13s of Vigna radiate var. radiate. Their three-dimensional structures included three -helices at the C-terminal and four -helices at the N-terminal, and the two clusters of helices were connected by a long random coil, which may help maintain the dynamic bridging interactions between the large and small subunits of the ribosome. The full-length ORFs of three RPS13 genes of S. flavescens were successfully cloned and expressed in vitro. The study of the physicochemical properties, evolution, and secondary and three-dimensional structures of the three proteins will provide the theoretical basis for further studies on the function of RPS13s in plants.

Objetivo: Para caracterizar a estrutura e a função da proteína ribossomal S13 (RPS13), identificamos fases de leitura abertas (ORFs) completas de três genes RPS13 (RPS13-1, RPS13-2 e RPS13-3) da planta medicinal chinesa, Sophora flavescens. Métodos: Os genes alvo foram amplificados por reação em cadeia da polimerase por transcrição reversa (RT-PCR), ligados ao vetor pET22b(+), e então transformados em células competentes de Escherichia coli BL21 para expressão protéica. As propriedades físico-químicas, o motivo protéico, a evolução e a organização estrutural dos três genes RPS13 foram analisados utilizando ferramentas de bioinformática. Resultados: ORFs completos (453 pb) dos três genes RPS13 de S. flavescens foram clonados, e cada um codifica uma proteína de 151 aminoácidos de comprimento, e sua expressão foi detectada por western blotting. A análise de bioinformática mostrou que as RPS13s são proteínas estáveis que estão intimamente relacionadas com as 40S RPS13s de Vigna radiata var. radiate. Suas estruturas tridimensionais incluíam três -hélices no C-terminal e quatro -hélices no N-terminal, e os dois aglomerados de hélices eram conectados por uma longa bobina aleatória, o que pode ajudar a manter as interações de ponte dinâmicas entre o subunidades grandes e pequenas do ribossomo. Conclusões: As ORFs completas de três genes RPS13 de S. flavescens foram clonadas e expressas com sucesso in vitro. O estudo das propriedades físico-químicas, evolução e estruturas secundárias e tridimensionais das três proteínas fornecerão a base teórica para estudos adicionais sobre a função das RPS13s em plantas.
Descritores: Biologia Computacional
Sophora
Transcrição Reversa
Escherichia coli
Genes
Responsável: BR396.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-847313
Autor: Silva, Juliana Galvão da.
Título: Efeito dual de FGF2 e PMA em células HEK 293 transformadas por H-rasV12 / Dual effects of FGF2 and PMA on H-rasV12 transformed HEK293 cell line.
Fonte: São Paulo; s.n; 2014. 102 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Sabe-se há décadas que mutações nos genes ras estão presentes em cerca de 20% dos cânceres humanos, mas o desenvolvimento de terapias eficazes para o tratamento de câncer dependente dos oncogenes ras permanece um desafio científico importante. Nesse contexto, o nosso grupo publicou recentemente resultados interessantes mostrando que FGF2 exógeno ou PMA, contrariamente à expectativa geral, inibem a proliferação de células de camundongo malignas dependentes dos oncogenes H- ou K-Ras. Para dar continuidade a estes estudos o projeto desta tese foi planejado para investigar os mecanismos subjacentes a possíveis efeitos citotóxicos de FGF2 e PMA em células humanas transformadas por ras. Para esse fim, a linhagem humana imortalizada HEK 293 foi condicionalmente transformada pela expressão ectópica da construção quimérica de DNA ER:H-rasV12, que codifica a oncoproteína de fusão ER:H-RasV12, cuja atividade é induzível por 4-hidroxi-tamoxifen (4OHT). Essa abordagem nos permitiu verificar os efeitos de FGF2 e PMA em sublinhagens HEK/ER:HrasV12 fenotipicamente "normais" ou transformadas por níveis crescentes da oncoproteína H-RasV12. Os principais resultados mostraram que tanto FGF2 como PMA tem efeito dual promovendo ou inibindo a proliferação das células transformadas em função da concentração intracelular crescente de H-RasV12. Ensaios de crescimento de colônias em suspensão de agarose mostraram que: a) as células parentais HEK293 não desenvolveram colônias mesmo quando tratadas com FGF2 ou PMA, resultados que estão de acordo com seu fenótipo não tumoral; b) mas, as sublinhagens HEK/ER:HrasV12 deram origem a colônias mesmo quando tratadas com concentrações pequenas de 4OHT, que condicionaram níveis intracelulares baixos de ER:HRasV12; nestas condições experimentais, FGF2 foi um forte promotor do crescimento de colônias, condizente com sua reconhecida atividade promotora do crescimento de células tumorais em suspensão; ainda nestas condições, PMA não teve efeito significante sobre o crescimento de colônias; c) coerentemente, concentrações elevadas de 4-OHT levaram aos níveis intracelulares mais altos de ER:HRasV12 e, por conseguinte, a desenvolvimento máximo de colônias de células HEK/ER:HrasV12, no entanto, nestas condições, ambos FGF2 e PMA inibiram completamente o crescimento de colônias. Por outro lado, transformação de HEK293 com um vetor de expressão constitutiva de HrasV12 levou à seleção e isolamento das sublinhagens tumorais HEK/HrasV12, cujo fenótipo se caracterizou por: a) nenhum efeito de FGF2 sobre a sua proliferação e b) forte inibição de sua proliferação por PMA. A ação citotóxica de PMA exclusivamente observada em células HEK 293 transformadas por H-rasV12 se caracterizou por: a) total dependência de PKC, provavelmente mediada pela ativação proteolítica específica de PKC δ; b) envolvimento de níveis elevados e sustentados de ROS com disparo tardio de apoptose

It is known for nearly 20 years that mutated ras oncogenes are found in 20% of human malignancies, however efficacious therapies are not yet available for Ras-driven cancer. Along of these lines, our group recently published provocative results showing, against common belief, that FGF2 and PMA inhibited proliferation of Ras-dependent malignant mouse cells. Aiming to gain insight into this intriguing phenomenon, the present thesis project was planned to investigate the possible cytotoxicity of FGF2 and PMA in human Ras-driven malignant cells. To this end an immortalized non-tumorigenic human cell line (HEK293) was stably transformed with the DNA construction ER:H-rasV12, which encodes the fusion protein ER:H-RasV12, whose activity requires activation by 4-hidroxitamoxifen (4-OHT). This approach allowed us to evaluate FGF2 and PMA effects on HEK/ER:HrasV12 sublines under switching from "normal" to transformed phenotypes upon 4-OHT induction. Our main results have shown that both FGF2 and PMA displayed dual effects promoting or inhibiting proliferation of HEK/ER:HrasV12 cells in function of ER:HRasV12 intracellular levels. Clonogenic assays in agarose suspension have shown: a) parental HEK293 line did not develop colonies under FGF2 and PMA treatment or not, in agreement with its non-tumorigenic nature; b) however, HEK/ER:HrasV12 sublines developed colonies even under low 4-OHT concentrations, which led to low ER:HRasV12 intracellular levels; under these conditions FGF2 strongly promoted colony growth and PMA had no effect; c) furthermore, in HEK/ER:HrasV12 sublines, elevated 4-OHT concentrations led to high ER:HRasV12 intracellular levels and maximal colony growth; but, under these experimental conditions both FGF2 and PMA abolished colony growth. On the other hand, HEK293 transformation with a vector that constitutively express HrasV12 yielded HEK/ER:HrasV12 sublines displaying the following phenotypic traits: a) non FGF2 effects on proliferation and b) severe proliferation inhibition by PMA. PMA toxicity, exclusively observed in HrasV12 -transformed HEK293 cells, was characterized by: a) total dependency on PKC, likely mediated by specific proteolytic activation of PKCδ; b) involvement of high and sustained ROS levels correlated with late apoptosis triggering
Descritores: Fator 2 de Crescimento de Fibroblastos/análise
Genes ras/genética
Células HEK293
Neoplasias/complicações
-Técnicas de Cultura de Células/métodos
Citometria de Fluxo/métodos
Transcrição Reversa/genética
Tamoxifeno
Transdução Genética/métodos
Limites: Animais
Masculino
Feminino
Camundongos
Tipo de Publ: Técnicas In Vitro
Estudo de Avaliação
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, S586ef. 30100025407-Q


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Id: lil-772788
Autor: Paula, Tainah Silva Galdino de.
Título: Os sítios adicionais de trans-splicing na 5' UTR dos genes trans-sialidase de Trypanosoma cruzi e avaliação de seus efeitos sobre a tradução / Additional trans-splicing sites in the 5 'UTR of the trans-sialidase gene Trypanosoma cruzi and evaluation of their effects on translation.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2013. xvi,99 p. ilus, graf, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A regulação gênica em tripanossomatídeos é policistrônica e ocorre de maneira pós-transcricional. [...] Para verificar se UTR de tamanhos diferentes possuem impacto na transcrição e, por conseguinte, na tradução de proteínas, selecionou-se genes da família de trans-sialidases, devido à importância destas no processo de invasão celular. A metodologia envolveu a extração de RNA total de T. cruzi CL-Brener, seguido da síntese de cDNA, PCR, clonagem dos produtos amplificados e seqüenciamento por Sanger e pelo uso do 454 Junior (Next Generation Sequencing – NSG). Como as trans-sialidases correspondem a uma família gênica de cópias múltiplas, usou-se a estratégia de sequenciamento de alto-desempenho na tentativa de cobrir o maior número possível de genes desta família. Para isso foram obtidos cDNAs de trans-sialidases de CL-Brener nas formas epimastigota e tripomastigota com o iniciador 5'UTRTCNA, os quais apresentaram UTR com tamanhos variados entre 65 – 187 pb, além da obtenção de cDNAs para esta família de proteínas, em epimastigotas CL-Brener, com o iniciador 5'TcTS, apresentando UTR variando de 171 a 221 pb, com similaridade de sequências entre elas. Com o intuito de avaliar a correspondência entre a transcrição dos RNAs de trans-sialidases e a sua tradução, houve a necessidade de identificação das proteínas. Desenvolvemos uma metodologia de lise celular e produção de extrato proteico (denominado TcS12) a partir de células de T. cruzi no estágio epimastigota. As cepas selecionadas para esse estudo foram CL-Brener (TcVI), Dm28c (TcI), Y (TcII) e 4167 (TcIV). O processo de lise celular foi otimizado para 107 parasitos/mL ressuspensos em 200 miL de tampão de lise hipotônica (por 30 minutos a 40C), associado ao sonicador de banho (por 30 minutos a 40C)...

Gene regulation in trypanosomatids is polycistronic and occurs in a post-transcriptionalway. [...] To verify the impact of UTRs presenting differentsizes in the transcription machinery and protein translation, genes from trans-sialidasefamily were selected due to its importance in the cell invasion process. Themethodological strategies involved the extraction of total RNA from T. cruzi CL-Brenerstrain, followed by cDNA synthesis, PCR, cloning and sequencing of amplified productsby Sanger and by using the 454 Junior (Next Generation Sequencing – NGS).Considering that trans-sialidase is a multi-copy gene family, this high-throughputsequencing strategy was employed in an attempt to cover the largest number of transsialidasegenes. Trans-sialidase cDNAs from CL-Brener epimastigote andtripomastigote were obtained with 5`UTRTCNA primer showing UTR sizes between 65 -187 bp. The cDNA from this protein family were also obtained with the 5'TcTS primerfrom CL-Brener epimastigotes, generating UTRs with 171 - 221 bp. Both 5'UTRpresented sequence similarities between them. In order to evaluate the correspondencebetween trans-sialidase gene transcription and translation, it was necessary toaccomplish the identification of proteins. Therefore, we developed a methodology forcell disruption, which resulted in a protein extract (referred as TcS12) from epimastigoteT. cruzi cells. The strains selected for this study were CL-Brener (TcVI), Dm28c (TcI), Y(TcII) and 4167 (TcIV). The process for lysing the cells was optimized to 107parasites/mL resuspended in 200 miL hypotonic lysis buffer (30 minutes at 4oC), followedby water bath sonication (30 minutes at 4oC). The process efficacy was confirmed byFACS, showing that near 72 percent of the cells were successfully stained with propidiumiodide solution (PI)...
Descritores: Biossíntese de Proteínas
Trans-Splicing/genética
Trypanosoma cruzi/crescimento & desenvolvimento
-Reação em Cadeia da Polimerase
Transcrição Reversa
Limites: Animais
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-762924
Autor: Beltrame, C. O.; Côrtes, M. F.; Bandeira, P. T.; Figueiredo, A. M. S..
Título: Optimization of the RNeasy Mini Kit to obtain high-quality total RNA from sessile cells of Staphylococcus aureus
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;48(12):1071-1076, Dec. 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Biofilm formed by Staphylococcus aureus is considered an important virulence trait in the pathogenesis of infections associated with implantable medical devices. Gene expression analyses are important strategies for determining the mechanisms involved in production and regulation of biofilm. Obtaining intact RNA preparations is the first and most critical step for these studies. In this article, we describe an optimized protocol for obtaining total RNA from sessile cells of S. aureus using the RNeasy Mini Kit. This method essentially consists of a few steps, as follows: 1) addition of acetone-ethanol to sessile cells, 2) lysis with lysostaphin at 37°C/10 min, 3) vigorous mixing, 4) three cycles of freezing and thawing, and 5) purification of the lysate in the RNeasy column. This simple pre-kit procedure yields high-quality total RNA from planktonic and sessile cells of S. aureus.
Descritores: Técnicas Bacteriológicas/normas
Biofilmes/crescimento & desenvolvimento
RNA Bacteriano/isolamento & purificação
Staphylococcus aureus/genética
-Técnicas Bacteriológicas/métodos
Eletroforese em Gel de Ágar
Proteínas Hemolisinas/metabolismo
Staphylococcus aureus Resistente à Meticilina/genética
Staphylococcus aureus Resistente à Meticilina/isolamento & purificação
Controle de Qualidade
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Transcrição Reversa
Staphylococcus aureus/fisiologia
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-759379
Autor: Donin, Daiane G; Leme, Raquel de A; Alfieri, Alice F; Alberton, Geraldo C; Alfieri, Amauri A.
Título: Molecular survey of porcine teschovirus, porcine sapelovirus, and enterovirus G in captive wild boars (Sus scrofa scrofa) of Paraná state, Brazil / Estudo molecular de teschovírus suíno, sapelovírus suíno e enterovírus G em javalis (Sus scrofa scrofa) de cativeiro no Paraná
Fonte: Pesqui. vet. bras = Braz. j. vet. res;35(5):403-408, May 2015. tab, ilus.
Idioma: en.
Resumo: Porcine teschovirus (PTV), porcine sapelovirus (PSV), and enterovirus G (EV-G) are infectious agents specific to pig host species that are endemically spread worldwide. This study aimed to investigate the natural infection by these porcine enteric picornaviruses in wild boars (Sus scrofa scrofa) of Paraná state, Brazil, and to evaluate peccaries (Pecari tajacu and Tayassu pecari) as alternative host species for these viruses. Fecal samples (n=36) from asymptomatic wild boars (n=22) with ages ranging from 2 to 7 months old (young, n=14) and 2 to 4 years old (adult, n=8) and from peccaries (6 to 8 months old, n=14) were collected from a farm and a zoo, respectively, both located in Paraná state. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and nested-PCR (n-PCR) assays targeting the 5'non-translated region of the virus genome were used for screening the viruses. Porcine enteric picornaviruses were detected in 12 out of the 22 wild boar fecal samples. According to each of the viruses, EV-G was most frequently (11/22, 50%) detected, followed by PTV (10/22, 45.5%) and PSV (4/22, 18.2%). Regarding the age groups, young wild boars were more frequently (9/14, 64.3%) infected with PTV, PSV, and EV-G than adult animals (3/8, 37.4%). One n-PCR amplified product for each of the viruses was submitted to sequencing analysis and the nucleotide sequences were compared with the related viruses, which showed similarities varying from 97.7% to 100% for PTV, 92.4% to 96.2% for PSV, and 87.1% to 100% for EV-G. Peccaries tested negative for the viruses and in this study they did not represent infection reservoirs. This study is the first to report the molecular detection of PTV, PSV, and EV-G from captive wild boars in a South American country and the first to screen peccaries as alternative host species for porcine enteric picornavirus.

Teschovírus suíno (PTV), sapelovírus suíno (PSV) e enterovírus G(EV-G) são agentes infecciosos específicos da espécie suína que estão endemicamente disseminados em todo o mundo. O objetivo deste estudo foi investigar a infecção natural por estes picornavírus entéricos suínos em javalis (Sus scrofa scrofa) do estado do Paraná, Brasil e avaliar pecaris (Pecari tajacu e Tayassu pecari) como hospedeiros alternativos para estes vírus. Amostras fecais (n=36) de javalis assintomáticos (n=22) com idades de 2 a 7 meses (jovens, n=14) e 2 a 4 anos (adultos, n=8) e de pecaris (6 a 8 meses de idade, n=14) foram coletadas em um cativeiro e zoológico, respectivamente, ambos localizados no estado do Paraná. A transcrição reversa seguida por reações da polimerase em cadeia (RT-PCR) e nested-PCR com alvo na região 5'-não traduzida do genoma viral foram utilizadas para a identificação dos vírus. Picornavírus entéricos suínos foram detectados em 12 das 22 amostras fecais de javalis. De acordo com cada um dos vírus, EV-G foi mais frequentemente (11/22, 50%) detectado, seguido pelo PTV (10/22; 45,5%) e PSV (4/22; 18,2%). Considerando os grupos de idade, javalis jovens foram mais frequentemente (9/14; 64,3%) infectados com PTV, PSV e EV-G do que os javalis adultos (3/8; 37,4%). Um produto amplificado na nested-PCR para cada um dos vírus foi submetido à análise de sequenciamento e as sequências de nucleotídeos foram comparadas com vírus relacionados, o que mostrou que as similaridades variaram entre 97,7% a 100% para o PTV, 92,4% a 96,2% para o PSV e 87,1% a 100% para o EV-G. Os pecaris foram negativos para as viroses investigadas e neste estudo não se apresentaram como hospedeiros alternativos para as infecções. Este estudo é o primeiro a relatar a detecção molecular de PTV, PSV e EV-G em javalis de cativeiro de um país da América Latina e o primeiro a avaliar pecaris como espécie hospedeira alternativa para picornavírus entéricos suínos.
Descritores: Enterovirus Suínos/patogenicidade
Infecções por Picornaviridae/veterinária
Infecções por Picornaviridae/virologia
RNA Viral
Sus scrofa/virologia
Teschovirus/patogenicidade
-Genoma Viral
Transcrição Reversa
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/veterinária
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: lil-746918
Autor: Ladeira, Pedro Ribeiro Soares de; Isaac, Cesar; Ferreira, Marcus Castro.
Título: Reação em cadeia da polimerase da transcrição reversa em tempo real / Real-time reverse transcription polymerase chain reaction
Fonte: Rev. med. (Säo Paulo);90(1):47-51, jan.-mar. 2011. ilus.
Idioma: pt.
Resumo: RT-qPCR é um dos métodos de mensurar expressão gênica mais difundidos e confiáveis utilizados atualmente. Primeiro, realiza-se extração do RNAm de um grupo celular homogêneo para poder realizar a fase RT (transcrição reversa). Neste momento a enzima transcriptase reversa sintetiza o DNAc correspondente de cada fita de RNA. Em seguida inicia-se a qPCR (reação em cadeia da polimerase em tempo real), que recebe esse nome por dar resultados quantitativos (“q” de qPCR), diferentemente dos qualitativos da PCR convencional. Essa etapa caracteriza-se pela amplificação de um sítio específico no conjunto de DNAc, que ocorre, resumidamente, por meio do uso de uma DNA polimeraseDNA-dependente termoestável (Taq polimerase), dois oligômerosespecíficos para servirem de iniciadores para a polimerase (primers) e um fluoróforo não específico de DNA (SYBR Green I, por exemplo). Conforme as cadeias duplas do DNAc-alvo vãosendo sintetizadas, o fluoróforo se liga a elas e, após ser excitado, emite luz proporcionalmente ao número de cadeias duplas. Através de análise gráfica pode-se quantificar a amostra inicial de DNAc que, na ausência de erros, é proporcional a de RNAm...

RT-qPCR is one of the most widespread and reliable methods of measuring gene expression. First, the extraction ofmRNA from a homogeneous cell group is done in order to perform the RT phase (reverse transcription). At this point the reverse transcriptase enzyme synthesizes cDNA corresponding to eachRNA strand. Then begins the qPCR (real time polymerase chain reaction), which gets its name because it gives quantitative results (“q” of qPCR), unlike the conventional PCR qualitative results. This stage is characterized by amplification of a specific site in the set of cDNA, which is achieved, briefly, through the use of a DNA-dependent thermostable DNA polymerase (Taq polymerase), two oligomers specific to serve as primers for polymerase and anon-specific DNA fluorophore (SYBR Green I, for example). As the double-strand cDNA is being synthesized, the fluorophore binds to its strands and, after being excited, emits light in proportion to the number of double chains. Through graphical analysis, it is possible to quantify the initial sample of cDNA that, in absence of errors, isproportional to mRNA...
Descritores: DNA
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
RNA
Transcrição Reversa/genética
-Expressão Gênica
Reação em Cadeia da Polimerase
Limites: Humanos
Responsável: BR66.1 - Divisão de Biblioteca e Documentação



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