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Id: biblio-1087161
Autor: Yin, Ronghuan; Wang, Yanru; Wang, Zeying; Zhu, Yubo; Cong, Yuyan; Wang, Wei; Deng, Liang; Liu, Haiying; Guo, Dan; Bai, Wenlin.
Título: Discovery and molecular analysis of conserved circRNAs from cashmere goat reveal their integrated regulatory network and potential roles in secondary hair follicle
Fonte: Electron. j. biotechnol;41:37-47, sept. 2019. tab, graf, ilus.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China; . Key Project Foundation of Educational Department of Liaoning Province, China; . Innovative Talent Support Program Foundation of Universities and Colleges in Liaoning Province, China; . Science and Technology Innovation Talent Support Foundation for Young and Middle-aged People of Shenyang City, China.
Resumo: Background: Circular RNAs, a novel class in the eukaryotic transcriptome, are characterized by the 3' and 5' ends that are covalently joined in a covalently closed loop without free ends. Circular RNAs are considerably stable molecules and act as microRNA sponges with regulatory potential to the protein-coding genes. Results: Eight circular RNAs were found to be significantly upregulated at anagen skin tissue of cashmere goat compared with their counterparts at telogen. Rich and complex regulatory patterns were revealed among the eight upregulated circular RNAs at anagen and related miRNAs with their potential regulatory genes. The potential regulatory genes of eight upregulated circular RNAs at anagen were involved in several pathways related to the main physiological process of hair follicle, such as histone acetylation and axon. For chi_circ_1926, chi_circ_3541, chi_circ_0483, chi_circ_3196, and chi_circ_2092, overall, the relative expression in secondary hair follicle exhibited highly similar trends with their corresponding host genes during the different stages of the hair follicle cycle. However, the expression trends of chi_circ_0100, chi_circ_2829, and chi_circ_1967 were found to diverge from their corresponding host genes during the different stages of the hair follicle cycle. Conclusions: A total of eighteen circular RNAs were identified and characterized from skin tissue of cashmere goat. The eight upregulated circular RNAs at anagen might have significant roles in the secondary hair follicle of cashmere goat. Our results would provide a novel regulatory layer to elucidate the molecular mechanisms underlying the development of secondary hair follicle and the growth of cashmere fiber in cashmere goat.
Descritores: Cabras/genética
Folículo Piloso/crescimento & desenvolvimento
RNA Circular/genética
-Pele
Expressão Gênica
Biologia Computacional
MicroRNAs
Células Eucarióticas
Redes Reguladoras de Genes
Transcriptoma
RNA Circular/metabolismo
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1087456
Autor: Laia, Marcelo Luiz de; Moreira, Leandro Marcio; Fernandes Gonçalves, Janaína; Tiraboschi Ferro, Maria Inês; Pinto Rodrigues, Any Caroliny; Santos, Jéssica Naiara dos; Barbosa Felestrino, Érica; Aparecido Ferro, Jesus.
Título: Gene expression analysis identifies hypothetical genes that may be critical during the infection process of Xanthomonas citri subsp. citri
Fonte: Electron. j. biotechnol;42:30-41, Nov. 2019. tab, graf, ilus.
Idioma: en.
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; . Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; . Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES).
Resumo: Background: Gene expression analysis via microarray is widely used in phytobacteria to validate differential gene expression associated with virulence or to compare biological profiles of wild type and mutant strains. Here, we employed DNA microarrays to study the early stages of the infection process (24, 72 and 120 h post-inoculation) of Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) infecting Citrus sinensis to interrogate the expression profiles of hypothetical genes. Results: Under infective conditions, 446 genes were up- and 306 downregulated. Outstanding among genes upregulated during infection were those involved in synthesizing the Type 3 Secretion System and effectors, xanthan gum and quorum-sensing induction, and flagellum synthesis and regulation. Additionally, 161 hypothetical genes were up- and 100 were downregulated, 49 of which are known to have a significant biological role. To understand hypothetical gene co-regulation or -expression, nine expression profiles including 158 genes were identified during the three infection phases. Of these, 47 hypothetical genes were identified as having expression profiles associated with at least one connected to a gene associated with adaptation and virulence. Conclusions: Expression patterns of six differentially expressed genes were validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction, thus demonstrating the effectiveness of this tool in global gene expression analysis in Xac.
Descritores: Xanthomonas/genética
Xanthomonas/patogenicidade
Citrus sinensis/microbiologia
-Virulência
Xanthomonas/crescimento & desenvolvimento
Expressão Gênica
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Transcriptoma
Sistemas de Secreção Tipo III
Genes Bacterianos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-943289
Autor: Santos, Paulo Thiago de Souza.
Título: Estudo de alterações moleculares em carcinoma epidermóide de esôfago através de sequenciamento de RNA (RNA-seq) / [Study of molecular changes in esophageal squamous cell carcinoma through RNA sequencing (RNA-seq)].
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2016. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Nacional de Câncer José Alencar Gomes da Silva para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer de esôfago representa a oitava neoplasia mais incidente e a sexta mais letal em todo o mundo. Esta doença pode se apresentar de duas formas principais: o adenocarcinoma de esôfago e o carcinoma epidermóide de esôfago (CEE), sendo esta última, a mais frequente no Brasil e no mundo. O CEE é uma doença de etiologia bastantecomplexa, destacando-se o tabagismo e o etilismo. Além das questões acerca dos mecanismos de carcinogênese do esôfago, o CEE apresenta um grande desafio no que tange o seu diagnóstico e tratamento. No Brasil a sobrevida em 5 anos para essa neoplasia é menor que 10%. Isto é decorrente, principalmente, do estado avançado que os tumores são diagnosticados. O conhecimento das alterações moleculares presentes no tecido neoplásico pode responder perguntas sobre o processo de malignização. Além disso, este conhecimento pode apontar possíveis alvos para melhorar o diagnóstico e o tratamento. A utilização de métodos de análise em larga escala, como os microarranjos de DNA e mais recente o sequenciamento de nova geração, representam importantes ferramentas devido ao grande número de genes analisados sem a subjetividade do conhecimento pré-existente sobre a doença. Sendo assim, este trabalho objetivou a análise do perfil de expressão gênica, perfil mutacional bem como a presença de fusões genicas por RNA-seq de amostras pareadas de CEE e mucosa não maligna adjacente ao tumor de 14 pacientes do INCA bem como amostras de esôfago de o pacientes sem câncer do Hospital Universitário Pedro Ernesto/UERJ. O sequenciamento do RNA foi realizado no sequenciador Illumina 2500, sendo a biblioteca construída com o kit TruSeq (Illumina) de acordo com as instruções do fabricante....

Esophageal cancer (EC) is the eighth most frequent and the sixth most lethal neoplasia worldwide. This disease has two main histological types: esophageal adenocarcinoma and esophageal squamous cell carcinoma (ESCC), the latter being the most common type of EC in Brazil and worldwide. ESCC has a complex aetiology, with tobacco smoking and alcohol consumption as the main risk factors in Western countries. In addition to a poorly understood molecular carcinogenesis process, ESCC represents a major challenge regarding its diagnosis and treatment. In Brazil, the 5-year survival for this cancer is less than 10%. This ismainly due to a late diagnosis. Therefore, a better comprehension of the molecular pathways that lead to ESCC development can help identifying potential targets to improve diagnosisand/or treatment. In this context, large-scale analysis methods such as DNA microarrays and next generation sequencing are important tools because of the number of genes simultaneously analyzed and the avoidance of selection bias. Thus, the present study aimedto analyze the gene expression profile, mutational profile and the presence of gene fusions in ESCC by using RNA-seq. A total of 14 patients with a confirmed diagnosis of ESCC at the Brazilian National Cancer Institute (INCA), who donated both tumor and non-malignantadjacent mucosa, and eight individuals without cancer from Hospital Universitário Pedro Ernesto were included in this analysis. RNA sequencing was performed on Illumina 2500 sequencer, and the library was prepared with TruSeq kit (Illumina), according to the manufacturer's instructions. After sequencing, the low quality reads were removed using thePrinSeq software. The remaining reads were aligned to the human genome reference using TopHat2 software...
Descritores: Carcinoma de Células Escamosas
Neoplasias Esofágicas
Análise de Sequência de RNA
Transcriptoma
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR440.1 - Biblioteca Geraldo Matos de Sá . Hospital do Câncer I
BR440.1


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-989438
Autor: Long, Y L; Qiao, F; Jiang, X F; Cong, H Q; Sun, M L; Xu, Z J.
Título: Screening and analysis on the differentially expression genes between diploid and autotetraploid watermelon by using of digital gene expression profile / Triagem e análise da expressão diferencial dos genes entre melancia diplóide e autotetraplóide através do perfil de expressão gênica digital
Fonte: Braz. j. biol;79(2):180-190, Apr.-June 2019. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China; . Key Technologies Program of Haikou; . Science Research Foundation for High Education by Educational Commission of Hainan Province.
Resumo: Abstract Synthetic polyploids are key breeding materials for watermelon. Compared with diploid watermelon, the tetraploid watermelon often exhibit wide phenotypic differences and differential gene expression. Digital gene expression (DGE) profile technique was performed in this study to present gene expression patterns in an autotetraploid and its progenitor diploid watermelon, and deferentially expressed genes (DEGs) related to the abiotic and biotic stress were also addressed. Altogether, 4,985 DEGs were obtained in the autotetraploid against its progenitor diploid, and 66.02% DEGs is up-regulated. GO analysis shows that these DEGs mainly distributed in 'metabolic process', 'cell' and 'catalytic activity'. KEGG analysis revealed that these DEGs mainly cover 'metabolic pathways', 'secondary metabolites' and 'ribosome'. Moreover, 134 tolerance related DEGs were identified which cover osmotic adjustment substance, protective enzymes/protein, signaling proteins and pathogenesis-related proteins. This study present the differential expression of stress related genes and global gene expression patterns at background level in autotetraploid watermelons. These new evidences could supplement the molecular theoretical basis for the better resistance after the genome doubling in the gourd family.

Resumo Poliploides sintéticos são materias fundamentais para melhoramento genético da melancia. Comparativamente ao seu homólogo diploide, a melancia tetraploide apresenta amplas diferenças genotípica e fenotípica e diferença de expressão gênica. A expressão gênica digital ou DGE (digital gene expression) foi utilizada neste estudo para representar o perfil de expressão gênica da melancia autotetraploide e seu progenitor diploide e a expressão diferencial de genes relacionados ao estresse biótico e abiótico. Os resultados mostraram que 4.985 DEGs foram observados no organismo autotetraploide, sendo que, deste total, 66.02%foram supra-regulados. A análise de ontologia gênica (GO) mostrou que estes DEGs estão relacionados principalmente com processos metabólicas, célula e atividade catalítica, abrangendo de acordo com a análise de genes e genoma (KEGG) rotas metabólicas, metabolismo secundário e ribossomos. Além disso, 134 genes de defesa foram identificados, abrangendo substâncias de ajuste osmótico, enzimas/proteínas de proteção, proteínas sinalizadoras e proteínas relacionadas à patogênese. Este estudo mostrou a expressão diferencial de genes relacionados ao estresse e o perfil global de expressão gênica de melancia autotetraploide, estes resultados podem complementar, a nível molecular, o entendimento do fator resistência após a duplicação do genoma em cucurbitáceas.
Descritores: Poliploidia
Genes de Plantas/genética
Regulação da Expressão Gênica de Plantas/genética
Citrullus/genética
Citrullus/metabolismo
Transcriptoma/genética
-Perfilação da Expressão Gênica
Diploide
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-914894
Autor: Pramio, Dimitrius T; Kashiwabara, André Y; Pennacchi, Paula C; Rivas, Maria P; Maria-Engler, Silvya S; Campos, Antônio H J F M; Duprat, João Pedreira Neto; Carraro, Dirce Maria; Krepischi, Ana C V.
Título: Epigenetic signature of differentially methylated genes in cutaneous melanoma
Fonte: Appl. cancer res;37:1-5, 2017. tab, ilus.
Idioma: en.
Resumo: Background: Cutaneous melanoma (CM) is the most aggressive subtype of skin cancer, with increasing incidence over the past several decades. DNA methylation is a key element of several biological processes such as genomic imprinting, cell differentiation and senescence, and deregulation of this mechanism has been implicated in several diseases, including cancer. In order to understand the relationship of DNA methylation in CMs, we searched for an epigenetic signature of cutaneous melanomas by comparing the DNA methylation profiles between tumours and benign melanocytes, the precursor cells of CM. Methods: We used 20 primary CMs and three primary cell cultures of melanocytes as a discovery cohort. The tumours mutational background was collected as previously reported. Methylomes were obtained using the HM450K DNA methylation assay, and differential methylation analysis was performed. DNA methylation data of CMs from TCGA were recovered to validate our findings. Results: A signature of 514 differentially methylated genes (DMGs) was evident in CMs compared to melanocytes, which was independent of the presence of driver mutations. Pathway analysis of this CM signature revealed an enrichment of proteins involved in the binding of DNA regulatory regions (hypermethylated sites), and related to transmembrane signal transducer activities (hypomethylated sites). The methylation signature was validated in an independent dataset of primary CMs, as well as in lymph node and distant metastases (correlation of DNA methylation level: r > 0,95; Pearson's test: p < 2.2e-16). Conclusions: CMs exhibited a DMGs signature, which was independent of the mutational background and possibly established prior to genetic alterations. This signature provides important insights into how epigenetic deregulation contributes to melanomagenesis in general (AU)
Descritores:
Neoplasias Cutâneas
Transdução de Sinais
Metilação de DNA
Proteínas de Ligação a DNA
Transcriptoma/genética
Melanoma
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-973635
Autor: Ocampo-Candiani, Jorge; Salinas-Santander, Mauricio; Trevino, Victor; Ortiz-López, Rocio; Ocampo-Garza, Jorge; Sanchez-Dominguez, Celia Nohemi.
Título: Evaluation of skin expression profiles of patients with vitiligo treated with narrow-band UVB therapy by targeted RNA-seq
Fonte: An. bras. dermatol;93(6):843-851, Nov.-Dec. 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: Support Program for Scientific and Technological Research.
Resumo: Abstract: Background: Vitiligo is characterized by a lack of pigmentation in the skin. To date, there are no studies that analyze the changes in gene expression in the skin of vitiligo patients in response to narrow-band ultraviolet B (nb-UVB) phototherapy treatment. Objective: Explore the usefulness of new generation RNA sequencing in the identification of gene expression changes in the skin of vitiligo patients treated with nb-UVB phototherapy. Methods: Four skin biopsies (4mm in diameter) were collected from 45 Mexican vitiligo vulgaris patients, 2 specimens before and 2 after treatment with nb-UVB phototherapy, obtained from pigmented and non-pigmented tissue. RNA extracted from the biopsies was analyzed using the Illumina TruSeq Targeted RNA Expression protocol to study the expression of genes that participate in pathways of skin homeostasis. The 2 groups were compared using Student's t-test and the Mann-Whitney U-test. Results: The expression analysis identified differences in 12 genes included in this study after comparing the samples obtained before and after treatment: 5 genes involved in skin pigmentation, 2 genes involved in apoptosis, 2 genes involved in cell survival, 2 genes involved in oxidative stress responses and 1 gene involved in signal transduction mechanisms (p<0.05). Study limitations: The small size of skin biopsies limits the amount of RNA obtained, the number of genes to be analyzed and the use of conventional techniques such as RT-qPCR. Conclusion: We demonstrated usefulness of new generation RNA sequencing in the identification of gene expression changes, in addition to identifying new targets in the study of vitiligo.
Descritores: Terapia Ultravioleta
Vitiligo/genética
Vitiligo/radioterapia
Pigmentação da Pele/efeitos da radiação
Análise de Sequência de RNA
-Biópsia
Pigmentação da Pele/genética
Resultado do Tratamento
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Transcriptoma
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adulto
Pessoa de Meia-Idade
Idoso
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1048536
Autor: Loredo, Priscila Viana Medeiros.
Título: Avaliação do efeito da seleção de populações de campo de Aedes aegypti Linnaeus (1762) com o inseticida organofosforado malathion / Evaluation of the effect of the selection of field populations of Aedes aegypti Linnaeus (1762) with the organophosphate insecticide malathion.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2017. vii, 199 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: No Brasil, organofosforados (OP) e piretróides (PI) foram usados para o controle de larvas e adultos de A. aegypti, respectivamente, desde 1967 e 2000. O uso frequente destes produtos selecionou populações resistentes do vetor. Optou-se então por usar o OP fosforoditioato malathion no controle dos adultos, composto molecularmente diferente do larvicida OP fosforotionato temephos, empregado há mais de 40 anos no país. Acredita-se que a resistência seja principalmente derivada de fatores metabólicos (enzimas que detoxificam o inseticida) ou de mutações nos sítios-alvo dos inseticidas, no Sistema Nervoso Central. Bioensaios com larvas confirmaram a resistência de várias populações ao OP temephos. Inicialmente, bioensaios com mosquitos adultos demonstraram não haver populações naturais brasileiras de A. aegypti classificadas como resistentes ao malathion (dados Laficave), corroborando a viabilidade de seu uso no controle de adultos. Uma vez que o malathion, ainda hoje, é o único composto não-PI aprovado pela OMS para uso em aplicações espaciais, a antecipação de um potencial evento de resistência nas populações naturais do vetor é relevante para subsidiar a continuidade de seu uso. No estudo foram usados bioensaios para avaliar a resistência das amostras do vetor, além de metodologias clássicas e modernas - como a análise dos índices de expressão gênica (RNA-seq) - para investigação dos mecanismos associados à resistência. Foram detectados níveis de resistência elevados contra PI e o OP temephos nas amostras originais das populações de Aracaju/SE e Crato/CE

O mesmo não ocorreu para diflubenzuron e malathion, mais recentemente usados no controle do vetor em campo. Quando ambas as populações iniciais são comparadas, os mosquitos de Aracaju tenderam a apresentar menores níveis de resistência a PI e OP e, simultaneamente, maior atividade de enzimas detoxificadoras e maiores custos evolutivos. Neste estudo também foi realizada seleção com malathion: houve aumento nos índices de RR (razão de resistência) para malathion em todas as réplicas biológicas das duas populações. Os dados sugerem ainda, a inexistência de resistência cruzada entre temephos e malathion. De fato, a seleção com malathion parece ter impactado negativamente sobre a RR frente ao temephos, e também a PI. Inusitadamente, foram observados, nos ensaios com PI, aumentos marcados no status de resistência dos grupos controle das duas populações, sem correlação com as frequências kdr - estas tenderam, inclusive, a diminuir. A avaliação bioquímica dos mecanismos de resistência revelou a possibilidade de GST ter tido papel importante na resposta frente aos PI nos grupos controle de Aracaju, mas não nos de Crato. Além disso, a análise RNA-seq identificou 374 transcritos (~2,6%) considerados diferencialmente expressos (DE) em Aracaju (classificados em oito clusters), e um total de 143 transcritos (~1%) considerados DE em Crato (divididos em cinco clusters). Foram detectadas, em pelo menos uma das populações avaliadas, alterações em genes potencialmente relacionados com a resistência por redução da penetração do inseticida através da cutícula ­ mecanismo que recebe pouca atenção nas avaliações sobre resistência. A possibilidade de enzimas OBP atuarem como 'apresentadoras de moléculas inseticidas', direcionando sua degradação para enzimas MFO, é discutida, assim como de profenoloxidases agirem na formação da cutícula dos espécimes de Aracaju e Crato. (AU)
Descritores: Resistência a Inseticidas
Aedes
Inseticidas Organofosforados
Transcriptoma
Malation
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: lil-747176
Autor: Fiorati, Regina Celia; Elui, Valeria Meirelles Carril.
Título: Social determinants of health, inequality and social inclusion among people with disabilities / Determinantes sociais da saúde, iniquidades e inclusão social entre pessoas com deficiência / Determinantes sociales de la salud, iniquidades e inclusión social entre personas con deficiencia
Fonte: Rev. latinoam. enferm;23(2):329-336, Feb-Apr/2015. graf.
Idioma: en.
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.
Resumo: OBJECTIVE: to analyze the socio-familial and community inclusion and social participation of people with disabilities, as well as their inclusion in occupations in daily life. METHOD: qualitative study with data collected through open interviews concerning the participants' life histories and systematic observation. The sample was composed of ten individuals with acquired or congenital disabilities living in the region covered by a Family Health Center. The social conception of disability was the theoretical framework used. Data were analyzed according to an interpretative reconstructive approach based on Habermas' Theory of Communicative Action. RESULTS: the results show that the socio-familial and community inclusion of the study participants is conditioned to the social determinants of health and present high levels of social inequality expressed by difficult access to PHC and rehabilitation services, work and income, education, culture, transportation and social participation. CONCLUSION: there is a need to develop community-centered care programs in cooperation with PHC services aiming to cope with poverty and improve social inclusion. .

OBJETIVO: analisar a inclusão sociofamiliar e comunitária e a participação social de pessoas com deficiência, bem como sua inserção em ocupações na vida cotidiana. MÉTODO: estudo qualitativo, com coleta de dados por meio de entrevistas abertas sobre história de vida e observação sistemática. A amostra foi composta por dez pessoas com deficiência, adquirida ou congênita, moradoras de região adstrita a um Núcleo de Saúde da Família. O referencial teórico foi a concepção social da deficiência. Os dados foram analisados segundo abordagem interpretativa reconstrutiva, fundamentada no referencial da Teoria da Ação Comunicativa de Habermas. RESULTADOS: os resultados evidenciaram que a inclusão sociofamiliar e comunitária dos sujeitos do estudo condiciona-se a determinantes sociais da saúde, apresentando índices de iniquidades sociais, expressos pela dificuldade de acesso a serviços de Atenção Primária à Saúde e de reabilitação, trabalho e renda, educação, cultura, transporte e participação social. CONCLUSÃO: conclui-se a necessidade da elaboração de programas de atenção centrados na comunidade, voltados ao enfrentamento da pobreza e à inclusão social, em articulação com serviços de Atenção Primaria à Saúde. .

OBJETIVO: analizar la inclusión social familiar y comunitaria, y la participación social de personas con deficiencia, así como su inserción en ocupaciones en la vida cotidiana. MÉTODO: estudio cualitativo, con recolección de datos por medio de entrevistas abiertas sobre historia de vida y por observación sistemática. La muestra estuvo compuesta por diez personas con deficiencia, adquirida o congénita, habitantes de una región adscrita a un Núcleo de Salud de la Familia. El referencial teórico fue la concepción social de la deficiencia. Los datos fueron analizados según abordaje interpretativo reconstructivo, fundamentado en el referencial de la Teoría de la Acción Comunicativa de Habermas. RESULTADOS: los resultados evidenciaron que la inclusión social familiar y comunitaria de los sujetos del estudio se condiciona a determinantes sociales de la salud, presentando índices de iniquidades sociales, expresados por la dificultad de acceso a servicios de Atención Primaria de la Salud y de rehabilitación, trabajo y renta, educación, cultura, transporte y participación social. CONCLUSIÓN: se concluye que existe la necesidad de elaborar programas de atención centrados en la comunidad, dirigidos al enfrentamiento de la pobreza y a la inclusión social, en articulación con servicios de Atención Primaria a la Salud. .
Descritores: Antineoplásicos/farmacologia
Proteínas de Choque Térmico HSP90/metabolismo
Lactonas/farmacologia
/tratamento farmacológico
NEUROFIBROMATOSIS TEMEFOS/tratamento farmacológico
Oximas/farmacologia
-Linhagem Celular Tumoral
Proliferação de Células
Proteínas de Choque Térmico HSP90/antagonistas & inibidores
Camundongos Nus
Camundongos Transgênicos
/metabolismo
NEUROFIBROMATOSIS TEMEFOS/metabolismo
Proteólise
Transcriptoma/efeitos dos fármacos
Ensaios Antitumorais Modelo de Xenoenxerto
Limites: Humanos
Animais
Feminino
Camundongos
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1022497
Autor: Sui, Jiongming; Jiang, Pingping; Qin, Guilong; Gai, Shupeng; Zhu, Dan; Qiao, Lixian; Wang, Jingshan.
Título: Transcriptome profiling and digital gene expression analysis of genes associated with salinity resistance in peanut
Fonte: Electron. j. biotechnol;32:19-25, Mar. 2018. graf, ilus.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of the China; . Shandong Province Science and Technology Development Plan Project.
Resumo: Background: Soil salinity can significantly reduce crop production, but the molecular mechanism of salinity tolerance in peanut is poorly understood. A mutant (S1) with higher salinity resistance than its mutagenic parent HY22 (S3) was obtained. Transcriptome sequencing and digital gene expression (DGE) analysis were performed with leaves of S1 and S3 before and after plants were irrigated with 250 mM NaCl. Results: A total of 107,725 comprehensive transcripts were assembled into 67,738 unigenes using TIGR Gene Indices clustering tools (TGICL). All unigenes were searched against the euKaryotic Ortholog Groups (KOG), gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) databases, and these unigenes were assigned to 26 functional KOG categories, 56 GO terms, 32 KEGG groups, respectively. In total 112 differentially expressed genes (DEGs) between S1 and S3 after salinity stress were screened, among them, 86 were responsive to salinity stress in S1 and/or S3. These 86 DEGs included genes that encoded the following kinds of proteins that are known to be involved in resistance to salinity stress: late embryogenesis abundant proteins (LEAs), major intrinsic proteins (MIPs) or aquaporins, metallothioneins (MTs), lipid transfer protein (LTP), calcineurin B-like protein-interacting protein kinases (CIPKs), 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase (NCED) and oleosins, etc. Of these 86 DEGs, 18 could not be matched with known proteins. Conclusion: The results from this study will be useful for further research on the mechanism of salinity resistance and will provide a useful gene resource for the variety breeding of salinity resistance in peanut.
Descritores: Arachis/genética
Plantas Tolerantes a Sal/genética
Tolerância ao Sal/genética
Transcriptoma/genética
-Solo
Cloreto de Sódio
Análise de Sequência de RNA/métodos
Perfilação da Expressão Gênica/métodos
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Mutação
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1017370
Autor: Chang, Ermei; Zhang, Jing; Deng, Nan; Yao, Xiamei; Liu, Jianfeng; Zhao, Xiulian; Jiang, Zeping; Shi, Shengqing.
Título: Transcriptome differences between 20- and 3, 000-year-old Platycladus orientalis reveal that ROS are involved in senescence regulation
Fonte: Electron. j. biotechnol;29:68-77, sept. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Non-Profit Research Institutions of Chinese Academy of Forestry.
Resumo: Background: Platycladus orientalis has an extremely long life span of several thousands of years, attracting great interests in the mechanisms involved in such successful senescence regulation and resistance at physiological and molecular levels. Results: The levels of reactive oxygen species (ROS) were higher in 3,000-year-old than in 20-year-old P. orientalis, and the activities of GR and GSH demonstrated the same trend. We produced and analyzed massive sequence information from pooled samples of P. orientalis through transcriptome sequencing, which generated 51,664 unigenes with an average length of 475 bp. We then used RNA-seq analysis to obtain a high-resolution age­course profile of gene expression in 20- and 3,000-year-old P. orientalis individuals. Totally, 106 differentially expressed genes were obtained, of which 47 genes were downregulated and 59 upregulated in the old tree. These genes were involved in transcription factors, hormone-related responses, ROS scavengers, senescence-related responses, stress response, and defense and possibly play crucial roles in tackling various stresses in the 3,000-year-old P. orientalis during its life time. The expression patterns of genes related to ROS homeostasis further indicated that the high ability of ROS scavenging could be helpful for the 3,000-year-old P. orientalis to resist senescence. Conclusions: This study provides a foundation for the elucidation of senescence resistance through molecular studies and the discovery of useful genes in P. orientalis.
Descritores: Envelhecimento/genética
Cupressaceae/genética
Transcriptoma
-Regulação da Expressão Gênica
Depuradores de Radicais Livres
Análise de Sequência de RNA
Espécies Reativas de Oxigênio
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Homeostase
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central



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