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Id: biblio-974013
Autor: Atencia Pineda, María; Toro Cantillo, Angie; Hoyos López, Richard Onalbi.
Título: Diversidad genética y estructura poblacional de Anopheles triannulatus s.l. en Córdoba, Colombia, determinadas mediante el método de región de código de barras de ADN / Genetic diversity and population structure of Anopheles triannulatus s. l. in the department of Córdoba, Colombia, using DNA barcoding
Fonte: Biomédica (Bogotá);38(supl.2):117-126, ago. 2018. tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: Introducción. A pesar de los recientes reportes de infección con Plasmodium spp. en poblaciones relacionadas con los linajes noroeste y sureste, Anopheles triannulatus no está incriminado como vector de la transmisión de malaria en Colombia. La diversidad genética puede delimitar la información sobre el flujo génico y la diferenciación poblacional entre localidades con malaria. Objetivo. Estimar la diversidad genética de An. triannulatus en cinco municipios con alta y baja incidencia de malaria en el departamento de Córdoba. Materiales y métodos. La recolección entomológica se hizo entre agosto y noviembre de 2016 en los municipios de Tierralta, Puerto Libertador, Montelíbano, Sahagún y Planeta Rica. Como marcador genético, se utilizó la región de código de barras de ADN del gen mitocondrial COI. El análisis genético incluyó la estimación de los parámetros de diversidad haplotípica, estructura genética y flujo génico, la prueba D de neutralidad de Tajima, la red de haplotipos y las relaciones filogenéticas. Resultados. Se obtuvieron 148 secuencias parciales de 655 nucleótidos del gen COI, de los cuales se derivaron 44 haplotipos. Los haplotipos H2 y H21 fueron los más frecuentes en las poblaciones. Los valores de la prueba D de Tajima fueron negativos y no significativos (p>0,10). Los estimadores de estructura genética (FST=0,01427) y de flujo génico (Nm=17,27) evidenciaron que no hubo diferenciación genética en las poblaciones muestreadas debido al importante intercambio de migrantes. Mediante las inferencias filogenéticas y la red de haplotipos, se identificó una sola especie sin diferenciación geográfica o de linajes en el rango geográfico estudiado. Conclusión. La diversidad genética calculada para An. triannulatus en este contexto, indicó que las poblaciones están en un intercambio constante.

Introduction: Anopheles triannulatus is not incriminated as a vector of malaria transmission in Colombia despite recent reports of infection with Plasmodium spp. in populations related to the northwestern and southeastern lineages. Genetic diversity can delimit information about gene flow and population differentiation in localities with malaria. Objective: To estimate the genetic diversity of An. triannulatus in five municipalities with high and low incidence of malaria in the department of Córdoba. Materials and methods: The entomological collections were done between August and November, 2016, in Tierralta, Puerto Libertador, Montelíbano, Sahagún, and Planeta Rica. We used the COI barcoding fragment as molecular marker. The genetic analysis included the estimation of genetic parameters such as the diversity haplotype, the genetic structure, the gene flow, the Tajima's D test, the haplotype network, and the phylogenetic relationship. Results: We obtained 148 sequences with a length of 655 nucleotides of the COI gene, from which we derived 44 haplotypes. The H2 and H21 haplotypes were the most frequent in the populations. The values of the Tajima's D test were negative and not significant (p>0.10). The genetic structure index (FST=0.01427) and the gene flow (Nm=17.27) evidenced no differentiation between sampled populations due to the high exchange of migrants. Using phylogenetic inferences and the haplotype network, we identified one single species without geographic differentiation or lineages in the geographic range studied. Conclusions: The genetic diversity calculated for An. triannulatus in this context indicated stable populations in constant exchange.
Descritores: Anopheles/genética
-Variação Genética
Haplótipos
Colômbia
Fluxo Gênico
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Id: biblio-964181
Autor: Silva, Naedja C. S. L; Nogueira, Joel F; Gouveia, João J. S; Costa, Mateus M; Gouveia, Gisele V.
Título: Gene floR e a resistência ao florfenicol em isolados de Aeromonas spp. autóctones de organismos aquáticos / Gene floR and resistance to florfenicol in isolated Aeromonas spp. indigenous aquatic organisms
Fonte: Pesqui. vet. bras = Braz. j. vet. res;38(3):357-366, mar. 2018. tab, ilus, graf.
Idioma: pt.
Resumo: O gene floR descrito é descrito pela literatura como o responsável pela resistência ao florfenicol, que é um antimicrobiano amplamente utilizado na aquicultura. Esse gene já foi relatado em muitas espécies de bactérias, inclusive no gênero Aeromonas. Essas bactérias causam alta mortalidade na piscicultura trazendo prejuízos econômicos. É importante que haja estudos sobre esse gene e possíveis mutações que possam levar a alterações na estrutura e função da proteína. Os objetivos desse estudo foram caracterizar o gene floR em isolados de Aeromonas spp. obtidas do Vale do São Francisco e verificar se a presença desse gene está associada com a resistência ao florfenicol. Foram realizadas reações em cadeia da polimerase (PCR) para a presença do gene floR em 27 isolados de Aeromonas spp.. Amostras positivas para a presença do gene foram sequenciadas e analisadas quanto à presença de polimorfismos por meio de alinhamentos. Os diferentes haplótipos detectados foram utilizados para análises com os programas SIFT e PolyPhen para predição de alteração de função proteica. A modelagem estrutural da proteina codificada pelo gene floR foi realizada com o programa Modeller e, os modelos foram avaliados pelo Procheck, Verify3D e Whatif. A similaridade da estrutura tridimensional da proteína referência com as estruturas tridimensionais das proteínas codificadas pelos diferentes haplótipos foi comparada através do TM-align. A resistência das bactérias ao florfenicol foi avaliada através do teste de microdiluição em caldo, o qual também foi realizado na presença do carbonil cianeto m-clorofenil hidrazona para verificar o efeito da inibição da bomba de efluxo sobre tal resistência. Dos vinte e sete isolados avaliados quanto a presença do gene floR, 14 isolados foram positivos e 10 foram sequenciados, o que permitiu a identificação de três polimorfismos no gene floR, que levaram a construção de três haplótipos diferentes (TAA, TTA e CTG). As análises realizadas com os programas SIFT e PolyPhen apontaram que os haplótipos TTA e TAA provavelmente poderiam alterar a estrutura e função da proteína. As proteínas modeladas para os três haplótipos demonstraram possuir praticamente a mesma conformação estrutural entre si. Todos os isolados que apresentaram o gene foram resistentes ao florfenicol e aqueles que não apresentavam foram sensíveis. O teste na presença do Carbonil Cianeto m-Clorofenil Hidrazona foi realizado para três isolados, cada isolado representando um haplótipo, sendo possível observar a inibição do crescimento bacteriano em todas as concentrações independente do haplótipo. Os resultados obtidos nesse estudo mostram que a resistência ao flofenicol em Aeromonas spp. pode ser explicada pela presença do gene floR, e que esse gene está relacionado com uma bomba de efluxo. As mutações verificadas no gene floR, parecem não estar envolvidas com alteração de estrutura e função da proteína codificada por esse gene.(AU)

The floR gene is described in related literature as responsible for resistance to florfenicol, which is a widely used antimicrobial agent in aquaculture. This gene has been reported in many species of bacteria, including the genus Aeromonas. These bacteria cause high mortality in fish farming bringing economic losses. It is important that studies of this gene and possible mutations that can lead to changes in the structure and function of the protein. The aim of this study was to characterize the floR gene in isolates of Aeromonas spp. and check if the presence of this gene is associated with resistance to florfenicol in Aeromonas spp. obtained from the San Francisco Valley. PCR (Polymerase Chain Reaction) were also performed to verify the presence of the floR gene in 27 isolates of Aeromonas spp. Positive samples for the presence of the gene were sequenced and analyzed for the presence of polymorphisms using alignments. Different haplotypes detected were used for analysis with the SIFT and PolyPhen programs for prediction of changes in protein function. The structural modeling of protein encoded by the floR gene was performed using the Modeller software, and the models were evaluated by Procheck, Verify3D and Whatif. The similarity of the dimensional structure of reference protein with the dimensional structures of the proteins encoded by the different haplotypes was compared by TM-align. Bacterial resistance to florfenicol was assessed by the microdilution test, which was also performed in the presence of carbonyl cyanide m-chlorophenyl hydrazone to verify the effect of inhibiting the efflux pump. 14 isolates were positive for the presence of floR gene and 10 were sequenced and allowed the identification of three polymorphisms in the floR gene, which led to construction of three different haplotypes (TAA TTA and CTG). The analyzes carried out with the SIFT and PolyPhen programs showed that the TTA and TAA haplotypes could probably change the protein structure-function. Proteins modeled for the three haplotypes were found to have substantially the same structural conformation with each other. All isolates presenting the gene were resistant to florfenicol and those who did not have were sensitive. The test in the presence of carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone was conducted for three isolates, representing each single haplotype and was observed inhibition of bacterial growth at all concentrations independent of the haplotype. The results of this study show that resistance to flofenicol in Aeromonas spp. may be explained by the presence of floR gene and that this gene is associated with an efflux pump. Mutations observed in floR gene do not appear to be involved with chenges in structure and function of the protein encoded by gene.(AU)
Descritores: Tilápia/genética
Tilápia/microbiologia
Aeromonas
Fluxo Gênico
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: lil-748365
Autor: Oliveira, Romina do Socorro Marques de; Benzaken, Adele Schwartz; Saraceni, Valeria; Sabidó, Meritxell.
Título: HIV/AIDS epidemic in the State of Amazonas: characteristics and trends from 2001 to 2012
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;48(supl.1):70-78, 2015. graf.
Idioma: en.
Resumo: A scoping review was conducted to describe the epidemiological characteristics of the human immunodeficiency virus/acquired immunodeficiency syndrome (HIV/AIDS) epidemic in the State of Amazonas, Brazil, from 2001 to 2012, and temporary patterns were estimated from surveillance data. The results suggest that in its third decade, the Amazon HIV/AIDS epidemic is far from being stabilized and displays rising AIDS incidence and mortality rates and late diagnoses. The data suggest that AIDS cases are hitting mostly young adults and have recently shifted toward men, both homosexual and heterosexual. AIDS cases among the indigenous people have remained stable and low. However, the epidemic has disseminated to the interior of the state, which adds difficulties to its control, given the geographical isolation, logistical barriers, and culturally and ethnically diverse population. Antiretroviral (ARV) therapy has been decentralized, but peripheral ARV services are still insufficient and too distant from people who need them. Recently, the expansion of point-of-care (POC) rapid HIV testing has been contributing to overcoming logistical barriers. Other new POC devices, such as the PIMA CD4 analyzer, will bring the laboratory to the patient. AIDS uniquely coexists with other tropical infections, sharing their epidemiological profiles. The increased demand for HIV/AIDS care services can only be satisfied through increased decentralization to peripheral health units, which can also naturally integrate care with other tropical infections and can promote a shift from vertical to integrated programming. Future challenges involve building surveillance data on HIV case notification and covering the spectrum of engagement in care, including adherence to treatment and follow-up loss.
Descritores: DNA Mitocondrial/genética
Cães/genética
Fluxo Gênico/genética
Lobos/genética
-Sequência de Bases
Variação Genética
Genética Populacional
República da Geórgia
Hibridização Genética
Haplótipos/genética
Repetições de Microssatélites/genética
Linhagem
Filogenia
Filogeografia
Análise de Sequência de DNA
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-748362
Autor: Garrido, Marlucia da Silva; Bührer-Sékula, Samira; Souza, Alexandra Brito de; Ramasawmy, Rajendranath; Quincó, Patrícia de Lima; Monte, Rossicleia Lins; Santos, Lucilaide Oliveira; Perez-Porcuna, Tomás Maria; Martinez-Espínosa, Flor Ernestina; Saraceni, Valéria; Cordeiro-Santos, Marcelo.
Título: Temporal distribution of tuberculosis in the State of Amazonas, Brazil
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;48(supl.1):63-69, 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Tuberculosis (TB) is one of the infectious diseases that contributes most to the morbidity and mortality of millions of people worldwide. Brazil is one of 22 countries that accounts for 80% of the tuberculosis global burden. The highest incidence rates in Brazil occur in the States of Amazonas and Rio de Janeiro. The aim of this study was to describe the temporal distribution of TB in the State of Amazonas. Between 2001 and 2011, 28,198 cases of tuberculosis were reported in Amazonas, distributed among 62 municipalities, with the capital Manaus reporting the highest (68.7%) concentration of cases. Tuberculosis was more prevalent among males (59.3%) aged 15 to 34 years old (45.5%), whose race/color was predominantly pardo (64.7%) and who had pulmonary TB (84.3%). During this period, 81 cases of multidrug-resistant TB were registered, of which the highest concentration was reported from 2008 onward (p = 0.002). The municipalities with the largest numbers of indigenous individuals affected were São Gabriel da Cachoeira (93%), Itamarati (78.1%), and Santa Isabel do Rio Negro (70.1%). The future outlook for this region includes strengthening the TB control at the primary care level, by expanding diagnostic capabilities, access to treatment, research projects developed in collaboration with the Dr. Heitor Vieira Dourado Tropical Medicine Foundation .;Fundação de Medicina Tropical Dr. Heitor Vieira Dourado (FMT-HVD).; and financing institutions, such as the project for the expansion of the Clinical Research Center and the creation of a hospital ward for individuals with transmissible respiratory diseases, including TB.
Descritores: Migração Animal
Quirópteros/genética
Micoses/transmissão
Distribuição Espacial da População
-Conservação dos Recursos Naturais
Quirópteros/microbiologia
Demografia
DNA Mitocondrial/genética
Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/genética
Fluxo Gênico
Variação Genética
Genética Populacional
Hibernação
Repetições de Microssatélites/genética
Micoses/microbiologia
Pennsylvania
Filogeografia
Limites: Animais
Feminino
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-732280
Autor: Choupina, AB; Martins, IM.
Título: Molecular markers for genetic diversity, gene flow and genetic population structure of freshwater mussel species / Marcadores moleculares para estudo da diversidade genética, fluxo génico e estrutura genética de populações de espécies de mexilhões de água doce
Fonte: Braz. j. biol;74(3,supl.1):S167-S170, 8/2014.
Idioma: en.
Resumo: Freshwater mussel species are in global decline. Anthropogenic changes of river channels and the decrease of autochthonous fish population, the natural hosts of mussels larval stages (glochidia), are the main causes. Therefore, the conservation of mussel species depends not only on habitat conservation, but also on the availability of the fish host. In Portugal, information concerning most of the mussel species is remarkably scarce. One of the most known species, Unio pictorum is also in decline however, in the basins of the rivers Tua and Sabor (Northeast of Portugal), there is some indication of relatively large populations. The aforementioned rivers can be extremely important for this species conservation not only in Portugal, but also in the remaining Iberian Peninsula. Thus, it is important to obtain data concerning Unio pictorum bioecology (distribution, habitat requirements, population structure, genetic variability, reproductive cycle and recruitment rates), as well as the genetic variability and structure of the population. Concomitantly, information concerning fish population structure, the importance of the different fish species as “glochidia” hosts and their appropriate density to allow effective mussel recruitment, will also be assessed. The achieved data is crucial to obtain information to develop effective management measures in order to promote the conservation of this bivalve species, the conservation of autochthonous fish populations, and consequently the integrity of the river habitats.

As espécies de mexilhões de água doce estão em declínio global. Mudanças antropogénicas do canal dos rios e diminuição das populações de peixes autóctones, os hospedeiros naturais do mexilhão nos estágios larvais (glochidia), são as principais causas. Portanto, a conservação de espécies de mexilhão depende não só da conservação dos habitats, mas também da disponibilidade do hospedeiro peixe. Em Portugal, a informação relativa à maioria das espécies de mexilhão é extremamente escassa. Uma das espécies mais conhecidas, Unio pictorum também está em declínio, no entanto, nas bacias dos rios Tua e Sabor (Nordeste de Portugal), existe indicação de populações relativamente grandes. Os rios acima mencionados podem ser extremamente importantes para a conservação das espécies, não só em Portugal, mas também na restante Península Ibérica. Assim, é importante obter dados relativos à bioecologia do Unio pictorum (distribuição, requisitos de habitat, estrutura populacional, variabilidade genética, ciclo reprodutivo e as taxas de recrutamento), bem como a variabilidade e estrutura genética da população. Concomitantemente, informações sobre a estrutura da população de peixes, a importância das diferentes espécies de peixes como hospedeiros e sua densidade adequada para permitir o recrutamento eficaz do mexilhão, também será avaliada. Os resultados obtidos serão cruciais para obter informações que permitam o desenvolvimento de medidas de gestão eficazes, a fim de promover a conservação destas espécies de bivalves, a conservação das populações de peixes autóctones e, consequentemente, a integridade dos habitats fluviais.
Descritores: Bivalves/genética
Variação Genética
Fluxo Gênico/genética
Repetições de Microssatélites/genética
-Bivalves/classificação
Conservação dos Recursos Naturais
Peixes
Interações Hospedeiro-Parasita
Portugal
Rios
Limites: Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Costa Rica
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Id: lil-638147
Autor: Zamora-Bustillos, Roberto; Rodríguez-Canul, Rossanna; García de León, Francisco J; Tello Cetina, Jorge.
Título: Diversidad genética de dos poblaciones del caracol Strombus gigas (Gastropoda: Strombidae) en Yucatán, México, con microsatélite
Fonte: Rev. biol. trop;59(3):1127-1134, Sept. 2011. tab.
Idioma: es.
Resumo: Genetic diversity in two populations of the snail Strombus gigas (Gastropoda: Strombidae) from Yucatan, Mexico, using microsatellite. The pink conch Strombus gigas is an important fisheries resource in the Caribbean region, including the Yucatán Peninsula. We analyzed the genetic diversity and genetic structure of two populations (Alacranes Reef and Chinchorro Bank) with the use of five microsatellite molecular markers. The results indicate that the two populations are in the same rank of genetic diversity (He), from 0.613 to 0.692. Significant deviation from H-WE was observed in the both populations due to deficit to heterozygotes, this was attributed to inbreeding as a consequence of over- fishing; nevertheless, other possible causes considered are mixing of individuals from two or more populations, and the existence of null alleles. Levels of genetic differentiation indicated the existence of a single homogenous population in the Yucatan Peninsula (F ST de 0.003, p=0.49), which fits with highest levels of gene flow is significant (2.3 individuals) between both populations. Results from this study support the hypothesis that S. gigas is part of a single panmictic population in the Yucatan Peninsula; therefore, this fishery resource should be regulated the same way for both areas. Rev. Biol. Trop. 59 (3): 1127-1134. Epub 2011 September 01.

El caracol rosado S. gigas, es una especie de gran importancia pesquera en la región del Caribe que incluye la Península de Yucatán, en la cual, se analizó la diversidad y estructura genética de dos poblaciones (Arrecife Alacranes y Banco Chinchorro) mediante el uso de cinco marcadores moleculares del tipo microsatélites. Los resultados indican que las dos poblaciones analizadas se encuentran en el mismo rango de diversidad genética (He) de 0.613 a 0.692. En ambas poblaciones también se observó una desviación significativa al equilibrio H-WE, la cual fue atribuida a factores como la endogamia a consecuencia de una sobre-explotación pesquera. Sin embargo otra explicación posible es que se deba a una mezcla de individuos de dos o más poblaciones, y la existencia de alelos nulos. Los niveles de estructura genética indican la existencia de una sola población homogénea en la península de Yucatán (F ST de 0.003, p=0.49) y el flujo genético fue significativo (2.3 individuos) entre las dos poblaciones. Los resultados de este estudio aceptan la hipótesis de que las poblaciones S. gigas forman parte de una sola población panmíctica en la Península de Yucatán, por lo tanto, el recurso pesquero debe regularse de igual manera en ambas regiones.
Descritores: Variação Genética
Repetições de Microssatélites/genética
Caramujos/genética
-Fluxo Gênico
México
Caramujos/classificação
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CR1.1 - BINASSS - Biblioteca Nacional de Salud y Seguridad Social


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Texto completo SciELO Costa Rica
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Id: lil-637877
Autor: Porras Murillo, Laura Patricia; Bolaños Montero, Juan Rafael; Barr, Brady Robert.
Título: Variación genética y flujo de genes entre poblaciones de Crocodylus acutus (Crocodylia: Crocodylidae) en tres ríos del Pacífico Central, Costa Rica
Fonte: Rev. biol. trop;56(3):1471-1480, sep. 2008. graf, tab.
Idioma: es.
Resumo: The crocodylid Crocodylus acutus is found in the Central Pacific of Costa Rica only in small populations, and the species is protected by law. RAPD was used to analyze 70 DNA samples of Crocodylus acutus from the rivers Jesus Maria, Tarcoles and Tusubres in the Central Pacific of Costa Rica in order to estimate genetic diversity, differentiation among populations, gene flow and genetic distance between them. Genetic diversity was low in the three rivers, H = 0.2201 in the Jesus Maria river, 0.2358 in the Tarcoles river and 0.2589 in the Tusubres river. Among the three populations there is a metapopulational dynamic (GST = 0.0367), mainly between the populations of the Jesus Maria and Tarcoles rivers. The value of gene flow (Nm = 13.1361) and the number of individuals reported for each river in 2004 suggests that the population of the Tarcoles river is the source and those from Jesus Maria and Tusubres are the drains. There was a direct relationship between the genetic distance and the geographical distance (z =1.1449, r =0.9731, p< 0.0010). A conservation strategy for these crocodiles must consider the existence of the metapopulation between the three rivers and the importance of studying the genetics of the American Crocodile in the rest of the Pacific coast of Costa Rica, as well as over the entire distribution range of this species. Rev. Biol. Trop. 56 (3): 1471-1480. Epub 2008 September 30.

Se utilizó la técnica de ADN Polimórfico Amplificado al Azar (RAPD) para analizar muestras de ADN de 70 individuos de C. acutus provenientes de los ríos Jesús María, Tárcoles y Tusubres en el Pacífico Central de Costa Rica para estimar la diversidad genética, la diferenciación entre poblaciones, el flujo genético y la distancia genética. La diversidad genética fue baja en los tres ríos H = 0.2201 en el río Jesús María, 0.2358 en el río Tárcoles y 0.2589 en el río Tusubres. La diversidad genética para el total de los individuos también fue baja, H = 0.2452. Entre las tres poblaciones hay una dinámica metapoblacional (G ST = 0.0367) principalmente en las poblaciones de los ríos Jesús María y Tárcoles. El valor de flujo genético (Nm = 13.1361) y el número de individuos registrado para cada río por Porras (2004) sugieren que la población del río Tárcoles está cumpliendo el papel de fuente y las de Jesús María y Tusubres constituyen los sumideros. Hubo relación directa entre la distancia genética y la distancia geográfica (z = 1.1449, r = 0.9731, p< 0.0010). Estos resultados indican la necesidad de diseñar una estrategia para la conservación de estos cocodrilos que considere la existencia de la metapoblación entre los tres ríos y también es importante realizar un estudio genético en el resto de la costa Pacífica del Costa Rica y en todo el ámbito de distribución de esta especie.
Descritores: Jacarés e Crocodilos/genética
Fluxo Gênico/genética
Variação Genética/genética
-Jacarés e Crocodilos/classificação
Costa Rica
Dinâmica Populacional
Técnica de Amplificação ao Acaso de DNA Polimórfico
Rios
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CR1.1 - BINASSS - Biblioteca Nacional de Salud y Seguridad Social


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Id: lil-573392
Autor: Rondón, Fernando; Osorio, Julio César; Pe±a, Ángela Viviana; Garcés, Héctor Andrés; Barreto, Guillermo.
Título: Diversidad genética en poblaciones humanas de dos regiones colombianas / Genetic diversity in human populations of two regions from Colombia
Fonte: Colomb. med;39(2,supl):52-60, abr.-jun. 2008. ilus, tab.
Idioma: es.
Resumo: Introducción: Estudios preliminares han mostrado la existencia de relaciones genéticas entre las poblaciones humanas del sur-occidente y las de la región andina colombiana, teniendo esto implicaciones en el grado de miscegenación de estas comunidades. No obstante el reconocimiento de este amplio proceso de mestizaje, no se tiene suficiente información que permita establecer la estructura y el grado de diversidad genética para cada región en particular y de la población colombiana en general. Objetivo: Determinar la estructura y diversidad genética presente en grupos poblacionales del centro y sur-occidente colombiano. Metodología: Se analizaron las frecuencias alélicas de 12 sistemas de microsatélites autosómicos y el tipo y frecuencia de RFLPÆs de mtDNA presentes en 472 individuos de tres grupos étnicos: mestizos, indígenas y afroamericanos. Resultados: La caracterización de haplotipos de mtDNA en individuos afrodescendientes presentó 15% de marcadores típicos amerindios y 43% de africanos. El anßlisis de la diversidad genética mostró un índice de 0.72 en individuos Pijaos, valor cercano al índice de diversidad de la población mestiza de Cali (0.75). El analisis molecular de varianza (AMOVA) a partir de los 12 STRÆs, mostró que la estructuración genética no es significativa (FST de 0.032); adicionalmente se evidenció alta endogamia en la muestra mestiza de Caldas (0.43) y en la muestra indígena Coyaima (0.34).Conclusiones: Con los marcadores moleculares estudiados se estableció la estructura genética de poblaciones del sur-occidente colombiano confirmandose adicionalmente el grado de miscegenación y el flujo genético ocurrido entre diferentes grupos étnicos del centro y sur-occidente colombiano.

Introduction: Preliminary studies have showed close relations among southwest human populations and Andean region leaving it consequences in ethnic admixe process. However, this wide process of racial admixture today it is not exist sufficient information to define structure and genetic diversity for each region and Colombian population in general. Objectives: The principal goal from this study was to determinate the genetic structure and diversity present into human populations from Andean and Southwest Colombia regions. Methods: This study was realized by characterization allelic frequencies of 12 autosomal STRÆs and six RFLPÆs of mtDNA presents in 472 individuals from three ethnics groups: Caucasoids, Afroamericans and Amerindians. Results: mtDNA haplotypes presents in Afrodescends sample was 15% and 43% typical Amerindian and African markers respectively; the genetics diversity analysis shows a value of 0.72 in Pijao indigenous, these values are close to diversity index of mestizos from Cali (0.75). AMOVA of allelic frequencies from 12 STRÆs shows that genetic structures donÆt was significatively different (FST de 0.032); in addition itÆs to exhibit high endogamy in mestizos from Caldas sample (0.43) and Coyaima indigenous (0.34). Conclusions: was established genetic structure for southwest Colombian population. Additionally, the results confirm the mixing process and the genetics flow among many populations groups from Andean and southwest Colombia regions.
Descritores: Fluxo Gênico
Genética
População/genética
-Colômbia
Limites: Seres Humanos
Responsável: CO49.1 - Biblioteca San Fernando


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Lobo, R. B
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Id: lil-520045
Autor: Vozzi, P. A; Marcondes, C. R; Bezerra, L. A. F; Lôbo, R. B.
Título: Pedigree analyses in the Breeding Program for Nellore Cattle
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):1044-1050, 2007. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Parameters based on the probability of gene origin were used to describe genetic variability in three reproductive groups from the Breeding Program for Nellore Cattle (PMGRN). The three reproductive populations (cows in reproductive age, bulls from artificial insemination centers and young bulls in progeny test) generated medium to low values. The effective number of founders (Nf ), the effective number of ancestors (Na) and the remaining genomes (Ng) suggest low founder representativeness, high genetic contribution by some ancestors, considerable loss of founder alleles and lack of allelic representativeness in bulls kept in artificial insemination centers and young sires in progeny test in relation to the diversity on the farms participating in the PMGRN. The parameters based on the probability of gene origin in the three reproductive groups were: 84.3, 53 and 54.2 (Nf ); 71, 36.6 and 30 (Na) and 51.4, 19.3 and 19 (Ng) for cows, bulls from artificial insemination centers and young sires in progeny test, respectively. Future matings and the introduction of selected progeny reproduction may decrease the parameters based on the probability of gene origin in each reproductive group, thereby increasing considerably the additive relationship in the three reproductive groups and consequently increasing the probability of inbreeding in the future. Strategies to maintain genetic variability in bull populations must be implemented.
Descritores: Bovinos/genética
Variação Genética
Linhagem
Cruzamento/métodos
-Alelos
Brasil
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Id: lil-496392
Autor: Robertson, Jeanne M; Lips, Karen R; Heist, Edward J.
Título: Fine scale gene flow and individual movements among subpopulations of Centrolene prosoblepon (Anura: Centrolenidae)
Fonte: Rev. biol. trop;56(1):13-26, mar. 2008. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Dispersal capabilities determine and maintain local gene flow, and this has implications for population persistence and/or recolonization following environmental perturbations (natural or anthropogenic), disease outbreaks, or other demographic collapses. To predict recolonization and understand dispersal capacity in a stream-breeding frog, we examined individual movement patterns and gene flow among four subpopulations of the Neotropical glassfrog, Centrolene prosoblepon, at a mid-elevation cloud forest site at El Copé, Panama. We measured male movement directly during a two year mark-recapture study, and indirectly with gene flow estimates from mitochondrial DNA sequences (mtDNA). Individuals of this species showed strong site fidelity: over two years, male frogs in all four headwater streams moved very little (mean = 2.33 m; mode = 0 m). Nine individuals changed streams within one or two years, moving 675-1,108 m. For those males moving more than 10 m, movement was biased upstream (p < 0.001). Using mtDNA ND1 gene sequences, we quantified gene flow within and among headwater streams at two spatial scales: among headwater streams within two adjacent watersheds (2.5 km2) and among streams within a longitudinal gradient covering 5.0 km2. We found high gene flow among headwater streams (phi(ST) = 0.007, p = 0.325) but gene flow was more limited across greater distances (phi(CT) = 0.322, p = 0.065), even within the same drainage network. Lowland populations of C. prosoblepon potentially act as an important source of colonists for upland populations in this watershed.

La capacidad de dispersión determina y mantiene el flujo genético local, y esto tiene implicaciones para la persistencia poblacional y/o la recolonización que sigue a perturbaciones ambientales. Examinamos patrones individuales de movimiento y flujo genético entre subpoblaciones de Centrolene prosoblepon (Anura: Centrolenidae) en un sitio de elevación media en El Copé, Panamá. Medimos directamente el movimiento de los machos durante un estudio de marcado-recaptura, e indirectamente con estimaciones de flujo genético a partir de secuencias de ADN mitocondrial (mtDNA). Los individuos mostraron fuerte fidelidad a su lugar: por más de dos años, las ranas macho de los cuatro arroyos al inicio del río se movieron muy poco (promedio = 2.33 m; moda = 0 m). Nueve individuos cambiaron de corriente de agua en uno o dos años, moviéndose 675-1 108 m. Usando la secuencia genética ND1 del ADN mitocondrial, medimos el flujo genético en dos escalas espaciales: entre arroyos que originan el río (2.5 km2) y entre arroyos con un gradiente longitudinal en 5.0 km2. Encontramos un flujo genético alto entre los arroyos al inicio del río (f = 0.007, p = 0.325 y otro más limitado en distancias mayores (f = 0.322, p = 0.065).
Descritores: Anuros/genética
DNA Mitocondrial/análise
Fluxo Gênico/genética
-Panamá
Dinâmica Populacional
Limites: Animais
Masculino
Feminino
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Responsável: BR1.1 - BIREME



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