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Id: biblio-1008463
Autor: Zaterka, Luciana.
Título: Transgênicos e o princípio de equivalência substancial / Transgenics and the principle of substantial equivalence
Fonte: Estud. av;33(95):271-284, 2019.
Idioma: pt.
Resumo: Objetivamos discutir os principais argumentos que estão envolvidos no debate sobre a cientificidade do Princípio de Equivalência Substancial (PES), que afirma serem os OGM quimicamente equivalentes aos organismos selecionados pelas técnicas tradicionais de melhoramento, não requerendo, portanto, estudos toxicológicos adicionais. Problematizamos a cientificidade do PES, especialmente no que diz respeito à questão propriamente química. De fato, o PES estrutura-se conceitualmente na comparação quantitativa entre alguns componentes químico-biológicos da planta transgênica e os da não transgênica. Nesse sentido, as análises químicas propostas não conseguem relacionar sozinhas os possíveis efeitos bioquímicos, toxicológicos e imunológicos dos alimentos transgênicos, pois o princípio restringe as análises à composição química, molecular e analítica dos transgênicos. Emerge assim o problema do locus da incerteza científica, seja como questão epistemológica, seja como questão normativa e moral.

We aim to discuss the main arguments involved in the debate on the scientificity of the Principle of Substantial Equivalence (PSE), which claims that GMOs are chemically equivalent to organisms selected by traditional breeding techniques and therefore do not require additional toxicological studies. We question the scientific character of the PSE, especially with regard to the chemical question itself. Indeed, the PSE is conceptually structured in the quantitative comparison between some chemical--biological components of the transgenic plant and those of the non-transgenic plant. In this sense, the proposed chemical analyses cannot by themselves assess the possi-ble biochemical, toxicological and immunological effects of transgenic foods, since the principle restricts the analysis to the chemical, molecular and analytical composition of transgenics. This gives rise to the problem of the locus of scientific uncertainty, whether as an epistemological question or as a normative and moral issue.
Descritores: Risco
Organismos Geneticamente Modificados
Precaução
Estruturas Genéticas
Boas Práticas de Manipulação
Biologia Molecular
-Alimentos Geneticamente Modificados
Limites: Seres Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência


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Id: lil-780040
Autor: LINDE, G.A.; COLAUTO, N.B.; ALBERTÓ, E.; GAZIM, Z.C..
Título: Quimiotipos, Extracción, Composición y Aplicaciones del Aceite Esencial de Lippia alba / Quimiotipos, extração, composição e uso do óleo essencial de Lippia alba / Chemotypes, extraction, chemical composition and use of lippia alba essential oil
Fonte: Rev. bras. plantas med;18(1):191-200, jan.-mar. 2016. tab.
Idioma: es.
Resumo: RESUMO Lippia alba é uma planta amplamente distribuída nas zonas tropicais, subtropicais e temperadas das Américas, África e Ásia. O óleo essencial de L. alba tem sido amplamente estudado, entretanto apresenta variações de produção. Portanto este estudo teve como objetivo realizar uma revisão dos principais quimiotipos, métodos de extração, composição e aplicação do óleo essencial de L. alba. Neste estudo são discutidos os principais quimiotipos e sua relação com fatores genéticos e características morfológicas. Também são discutidos os fatores que afetam o rendimento de produção, composição química, métodos de extração e do uso e da atividade biológica do óleo essencial de L. alba. Apesar da vasta literatura sobre os óleos essenciais de L. alba, ainda desenvolvimento de aplicações para a produção de cosméticos, fármacos e alimentos, bem como faltam definições agronomicas sobre o cultivo e melhoramento desta planta.

ABSTRACT Lippia alba is a plant widely distributed in tropical, subtropical and temperate zones of the Americas, Africa and Asia. The essential oil of L. alba has been widely studied and there are many variations in the production process. Therefore, this study is aimed at conducting a review of the main chemotypes, extraction methods, composition and application of the essential oil of L. alba. In this study, the main chemotypes and its relation to genetic and morphological characteristics are discussed. It also discusses the factors that affect the yield, chemical composition, extraction methods and the use and the biological activity of the essential oil of L. alba. Despite the vast literature on the essential oils of L. alba, there is still a lack of development in its application for the production of cosmetics, pharmaceuticals and food, as well as a lack of agronomic definitions for its cultivation and genetic improvement.
Descritores: Química
Lippia/classificação
Óleos Voláteis/análise
-ANATOMY & HISTOLOGY
Estruturas Genéticas
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-776597
Autor: HOELTGEBAUM, M.P.; BERNARDI, A.P.; MONTAGNA, T.; REIS, M.S.
Título: Diversidade e estrutura genética de populações de Varronia curassavica Jacq. em restingas da Ilha de Santa Catarina / Genetic diversity and structure of Varronia curassavica Jacq. populations in the restinga of Santa Catarina Island
Fonte: Rev. bras. plantas med;17(4,supl.3):1083-1090, 2015. tab, graf.
Idioma: pt.
Resumo: RESUMO Varronia curassavica Jacq. (Boraginaceae) está presente na vegetação de restinga e apresenta relevantes propriedades medicinais. A espécie é explorada especialmente por comunidades locais e pela indústria farmacêutica, porém, carece de informações ecológicas e genéticas a seu respeito. Nesse contexto, o estudo foi conduzido com o objetivo de caracterizar a diversidade genética de três populações de V. curassavica em áreas de restinga na Ilha de Santa Catarina. Foram coletadas folhas de 50 indivíduos adultos em cada uma das três áreas de estudo e as frequências alélicas das populações foram obtidas a partir de 14 locos alozímicos. Foram encontrados 25 alelos distintos nas três populações, sendo dois alelos exclusivos. As populações apresentaram diversidade genética média de 0,111 e índice de fixação médio de -0,060 (-0,273 até 0,222). Os níveis de diversidade são intermediários, semelhantes aos exibidos por espécies da mesma família ou de características ecológicas semelhantes. Os índices de fixação foram todos significativos e discrepantes entre as populações, sendo que duas delas apresentaram excesso de heterozigotos. A divergência genética interpopulacional foi significativa e igual a 0,079, considerada moderada e sugerindo efeitos de subdivisão populacional. Os níveis de diversidade genética encontrados e a redução populacional causada pela redução e fragmentação dos habitats em que a espécie ocorre sugerem medidas de conservação ex situ e demandam maior rigor na proteção legal de áreas de proteção permanente.

ABSTRACT The Varronia curassavica Jacq. (Boraginaceae) is present in restinga vegetation and shows relevant medicinal properties. The species is exploited by local communities and by the pharmaceutical industry; however, it lacks ecological and genetic information. Thus, this study aimed to characterize the genetic diversity of three V. curassavica populations in restinga areas of Santa Catarina Island. Leaves of 50 adult individuals were sampled in each of the three study areas and the allelic frequencies were obtained from 14 allozyme loci. Twenty-five different alleles were found in the three populations, two of them being exclusive. The populations showed, on average, a genetic diversity of 0,111 and a fixation index of -0,060 (-0,273 to 0,222). The diversity levels are intermediary, similar to those ones owned by species of the same family or with similar ecological traits. The fixation indexes were all significant and discrepant among the populations, with two of them showing excess of heterozygotes. The genetic divergence among populations was significant and equal to 0,079, which is considered moderate and suggests effects of population subdivision. The levels of genetic diversity found and the population decrease caused by reduction and fragmentation of habitats in which the species are present implies in ex situ conservation measures and a higher enforcement of the legal preservation of permanent protected areas.
Descritores: Cordia/classificação
Estruturas Genéticas/ética
Zonas Úmidas
-Plantas Medicinais/química
Limites: Seres Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-759227
Autor: Duitama, L O; Fonseca, R da; Bertipaglia, T; Machado, C H; Soares Filho, C V.
Título: Estimação de parâmetros genéticos para escores visuais e características de desenvolvimento ponderal na raça Nelore / Genetic parameter estimation for visual score and ponderal development traits in Nellore cattle
Fonte: Arq. bras. med. vet. zootec;67(4):1111-1118, July-Aug. 2015. tab.
Idioma: pt.
Resumo: O objetivo foi avaliar a associação genética entre os escores visuais de estrutura, precocidade e musculosidade, com as características peso aos 18 meses, ganho de peso diário e o perímetro escrotal em machos Nelore. Foram utilizados 7.256 registros de animais participantes de provas de ganho de peso. As estimativas dos componentes de (co)variâncias foram obtidas por meio de Máxima Verossimilhança Restrita, empregando-se um modelo animal. Os efeitos fixos de grupo contemporâneo, idade e peso como covariável linear foram considerados; o único efeito aleatório foi o genético aditivo direto. As estimativas de herdabilidade de estrutura, precocidade e musculosidade foram: 0,30; 0,37; 0,32, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre os escores variaram de 0,76 a 0,95, indicando que os escores são controlados, em grande parte, pelo mesmo grupo de genes. As estimativas das correlações genéticas dos escores visuais com as características de ganho de peso diário, peso aos 18 meses e o perímetro escrotal apresentaram valores semelhantes entre os escores 0,45 a 0,50; 0,80 a 0,83 e -0,05 a -0,03, respectivamente; indicando que a seleção para os escores trará mudanças genéticas no mesmo sentido para o peso aos 18 meses e em menor medida para o ganho de peso.

The aim of this study was to evaluate the genetic association between visual scores of structure, finishing precocity and muscling with weight at 18 months, daily weight gain and scrotal circumference in male Nellore. A total of 7,256 records of animals participating in weight gain trials were used. The (co)variance components were estimated by restricted maximum likelihood, under an animal model. Contemporary group, age and weight as covariate linears were included as fixed effects. Additive genetic effects were the only random effect. The heritability estimates for structure, precocity and muscling were 0.30; 0.37 and 0.32 respectively. The genetic correlations between visual score were 0.76 to 0.95, indicating that the visual scores are controlled by the same set of genes, a fact making individual selection more complex. The visual scores showed similar genetic correlations with daily weight gain, weight at 18 months and scrotal circumference, ranging from 0.45 to 0.50, from 0.80 to 0.83 and from -0.05 to -0.03, respectively, indicating that individual selection for visual scores will result in genetic changes in the same direction in weight at 18 months and, to a lesser extent, in daily weight gain.
Descritores: Ganho de Peso/genética
Funções Verossimilhança
Anotação de Sequência Molecular
-Genes Precoces
Estruturas Genéticas
Músculos
Limites: Animais
Bovinos
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Texto completo SciELO Costa Rica
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Id: lil-715443
Autor: Gaddis, Keith D.; Zukin, Helen L.; Dieterich, Inca A.; Braker, Elizabeth; Sork, Victoria L..
Título: Effect of clonal reproduction on genetic structure in Pentaclethra macroloba (Fabaceae: Mimosoideae) / Efecto de la reproducción clonal en la estructura genética de Pentaclethra macroloba (Fabaceae: Mimosoideae)
Fonte: Rev. biol. trop;62(2):443-454, Jun.-Aug. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: The existence of monodominant forests on well-drained soils in tropical regions has been widely reported. Such forests most likely result from a combination of both ecological and evolutionary factors. Under conditions of high seed and seedling mortality, vegetative reproduction could create a reproductive advantage leading to forest dominance, and profoundly affect the distribution of genetic variation in a clonal species. We investigated these effects in a low diversity forest site in Northeastern Costa Rica dominated by the species Pentaclethra macroloba, which sprouts from the root mass of fallen trees and from snapped trunks. We examined the population structure of juvenile P. macroloba growing in different soil types and across an elevational gradient. Using seven molecular markers, we genotyped 173 juvenile P. macroloba from 18 plots (six plots in seasonally inundated swamps, and 12 plots in upland non-swamp) spanning 50-300m in elevation at La Selva Biological Station and the adjacent Reserva Ecológica Bijagual in Northeastern Costa Rica. We answered two specific questions: (1) How extensive is clonal reproduction? and (2) what is the distribution of genetic diversity and structure?. We found that clonal reproduction occurred exclusively within inundated swamp areas. However, there was no significant difference between genetic diversity measures in swamp and non-swamp plots, which were both generally low when compared with other tropical forest species. Genetic structure was significant across all plots (F ST=0.109). However, genetic structure among swamp plots (F ST=0.128) was higher than among non-swamp upland plots (F ST=0.093). Additionally, spatial autocorrelation among individuals within non-swamp upland plots was significant from the 25 to 100m spatial scale, but not within swamp plots. The degree of overall genetic structure we found in P. macroloba is high for a tropical forest tree. The incidence of clonal reproduction is a contributing factor in genetic differentiation, but the high structure among plots without clonal reproduction indicates that other factors contribute as well.

La existencia de bosques monodominantes sobre suelos bien drenados en regiones tropicales ha sido ampliamente reportada. Investigaciones recientes han sugerido que tales bosques son probablemente resultado de una combinación de factores ecológicos y evolutivos. Bajo condiciones de alta mortalidad de semillas y plántulas, la reproducción vegetativa podría crear una ventaja reproductiva llevando a la dominancia del bosque, pero también podría afectar profundamente la distribución de la variación genética en especies clonales. Investigamos estos efectos en un sitio de bosque con baja diversidad de especies en el Noreste de Costa Rica que es ampliamente dominado por la especie Pentaclethra macroloba, la cual retoña de la masa de raíces de árboles caídos y de troncos partidos. Examinamos la estructura poblacional de individuos juveniles de P. macroloba creciendo en diferentes tipos de suelo y a través de un gradiente de altitud. Utilizamos siete marcadores moleculares, genotipamos 173 Pentaclethra macroloba de 18 parcelas (seis en ciénagas y 12 en ambientes no cenagosos) ubicados en un gradiente de elevación entre 50-300m en las reservas adyacentes: Reserva Biológica Bijagual y Estación Biológica La Selva, en el centro de Costa Rica. Abordamos dos preguntas específicas: (1) ¿Qué tan extensa es la reproducción clonal? y (2) ¿Cuál es la distribución de diversidad y estructura genética? Encontramos que la reproducción clonal ocurrió exclusivamente dentro de áreas cenagosas inundadas. La estructura genética fue significativa en todas las parcelas (F ST=0.109). Observamos una estructura genética más alta entre poblaciones juveniles dentro de las ciénagas (F ST=0.128) comparada con poblaciones no cenagosas en parcelas a mayor altura (F ST=0.093), con mayor autocorrelación espacial en sitios no cenagosos en el intervalo entre 25 y 100m. La presencia de reproducción clonal no afectó significativamente las medidas de diversidad entre las dos áreas, que fueron generalmente bajas comparadas con otras especies de bosque tropical. El alto grado de estructura genética en general es novedoso para un árbol de bosque tropical. La incidencia de reproducción clonal es un factor que contribuye en la diferenciación genética, pero la alta estructura en parcelas sin reproducción clonal indica que otros factores están contribuyendo también.
Descritores: Fabaceae/genética
Estruturas Genéticas/genética
-Costa Rica
Fabaceae/classificação
Fabaceae/fisiologia
Reprodução/genética
Reprodução/fisiologia
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Responsável: CR1.1 - BINASSS - Biblioteca Nacional de Salud y Seguridad Social


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Id: lil-681123
Autor: Meireles, Diogo de Abreu.
Título: Estudo da função do gene kerV de Pseudomonas aeruginosa / Function of Pseudomonas aeruginosa kerV gene.
Fonte: São Paulo; s.n; 2011. 187 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: P. aeruginosa PA14 é uma linhagem isolada de queimadura que apresenta vários fatores de patogenicidade comuns no quadro de infecção de hospedeiros filogeneticamente distintos (plantas, mamíferos ou invertebrados). O gene kerV foi revelado numa busca por mutantes atenuados em virulência em uma biblioteca de mutantes por transposons da linhagem PA14 (Rahme et al., 1997). A caracterização da linhagem D12, mutante em kerV, confirmou sua virulência atenuada (Apidianakis et al., 2005 e An et al., 2009) e resultados do transcriptoma mostraram alteração na expressão de mais de 500 genes, sendo alguns relacionados com o sistema de "quorum sensing" (Rahme et al, dados não publicados). O gene kerV está próximo à montante ao gene gloB, envolvido em detoxificação de metilglioxal, e à jusante aos genes rnhA e dnaQ, que codificam proteínas envolvidas na replicação e reparo do DNA. Este trabalho teve como objetivo estudar a função molecular do produto de kerV e a expressão dos genes do lócus kerV-rnhA-dnaQ. Análises de bioinformática indicam que a proteína KerV é uma metiltransferase dependente de S-adenosil-metionina (SAM), apresentando um domínio conservado de ligação a SAM e uma arquitetura de domínio compatível com a organização em fitas-beta e hélices-alfa alternadas descritas para a família das metiltransferases dependentes de SAM. Ela não apresenta outros domínios conservados que indiquem seu substrato de metilação. A expressão heteróloga desta proteína em E. coli, mostrou que ela é expressa de maneira parcialmente solúvel quando co-expressa com as chaperoninas GroEL/GroES em baixas temperaturas ou quando fusionada a MBP ou GST. A purificação desta proteína mostra que ela é co-eluída com a chaperonina GroEL sugerindo que para atingir sua conformação nativa ela necessita dessas proteínas acessórias. MBP-KerV purificado foi usado para ensaios "in vitro" de atividade de metiltransferase e ligação a SAM, que não foram conclusivos, pois não há certeza do seu ...

P. aeruginosa PA14 is a burn isolate multi-host pathogen strain. The screening for virulence attenuated mutants in a PA14 transposon mutant library revealed the kerV gene (Rahme et al., 1997). The characterization of D12 strain, a kerV mutant, confirmed the attenuated virulence phenotype (Apidianakis et al., 2005 and An et al., 2009) and transcriptome analysis showed the expression of more than 500 genes are affected in D12, some of these genes are related with quorum sensing (Rahme et al, unpublished data). kerV is upstream of the gloB gene, related with methylglioxal detoxification and downstream of the rnhA and dnaQ genes, both related with DNA replication and repair. The purpose of this work was to study the molecular function of KerV product and the expression of kerV-rnhA-dnaQ locus. Bioinformatics analysis indicated that KerV is a SAM dependent methyltransferase that have a conserved SAM binding domain with architecture compatible with classic alternating β-stranded and α-helical regions. KerV does not show any other conserved motif that could indicate its methylation substrate. Heterologous expression in E. coli showed that KerV is partially soluble only when co-expressed with GroeL/GroES chaperones at low temperatures or when KerV is in fusion with MBP or GST tag. During the purification process KerV was copurified with GroEL chaperone suggesting that this association may be required for the correct folding of KerV. Methyltransferase activity and SAM binding assays were done with purified MBPKerV and the results were not conclusive since the proper conformation of MBP-KerV cannot be verified. Yeast two-hybrid assays indicated that RNaseH and DnaQ are not interaction partners of KerV, suggesting that their functions are not directly related. The mutation frequency of D12 strain increased only about four times in relation to PA14, suggesting that KerV is not directly involved with DNA mismatch repair. The assays to detect methylation...
Descritores: Perfilação da Expressão Gênica
Fenômenos Genéticos/genética
Pseudomonas aeruginosa/genética
-Fenômenos Bioquímicos
Estruturas Genéticas/genética
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Virulência/genética
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T574.88, M514e. 24505-Q


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Id: lil-669534
Autor: Valle, J. S; Fonseca, B. K. D; Nakamura, S. S; Linde, G. A; Mattana, R. S; Ming, L. C; Colauto, N. B.
Título: Diversidade genética de populações naturais de pariparoba [Pothomorphe umbellata (L. ) Miq.] por RAPD / Genetic diversity of natural populations of pariparoba [Pothomorphe umbellata (L. ) Miq.] according to RAPD analysis
Fonte: Rev. bras. plantas med;15(1):47-53, 2013. ilus, tab.
Idioma: pt.
Resumo: O objetivo desse trabalho foi analisar a estrutura genética de populações de Pothomorphe umbellata (L.) Miq. com base em polimorfismos moleculares do tipo RAPD. Foram analisadas quatro populações naturais do estado de São Paulo (Jacareí, Jundiaí, Piquete e Ubatuba) e uma população do Paraná (Adrianópolis). Foram identificados 25 locos polimórficos (96,15%). Elevados índices de diversidade genética foram observados dentro das populações (Hs = 0,2220). Verificou-se que 65,33% da variabilidade genética total encontra-se dentro das populações e 34,67% entre as populações; índices estes, obtidos a partir do cálculo da divergência genética (G ST = 0,3467). Os resultados sugerem que essas populações possuem níveis elevados de variabilidade genética, a qual pode ser fortemente impactada pela ação humana.

The aim of this study was to analyze the genetic structure of populations of Pothomorphe umbellata (L.) Miq. based on RAPD molecular polymorphisms. Analysis included four natural populations from São Paulo State (Jacareí, Jundiaí, Piquete, Ubatuba) and one population from Paraná State (Adrianópolis). Twenty-five polymorphic loci (96.15%) were identified. There were high levels of genetic diversity within populations (Hs = 0.2220). Of the total genetic variability, 65.33% is within populations and 34.67% among populations (G ST = 0.3467). Results suggest that these populations have high levels of genetic variability, which can be strongly impacted by human action.
Descritores: Estruturas Genéticas/genética
Variação Genética/genética
Piperaceae/crescimento & desenvolvimento
-Plantas Medicinais/classificação
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Costa Rica
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Id: lil-637844
Autor: Barrantes, Daniel; Macaya, Gabriel; Guarino, Luigi; Baudoin, Jean Pierre; Rocha, Oscar J.
Título: The impact of local extinction on genetic structure of wild populations of lima beans (Phaseolus lunatus) in the Central Valley of Costa Rica: consequences for the conservation of plant genetic resources
Fonte: Rev. biol. trop;56(3):1023-1041, sep. 2008. graf, tab.
Idioma: en.
Resumo: Plant populations may experience local extinction and at the same time new populations may appear in nearby suitable locations. Species may also colonize the same site on multiple occasions. Here, we examined the impact of local extinction and recolonization on the genetic structure of wild populations of lima beans (Phaseolus lunatus) in the Central valley of Costa Rica. We compared genetic diversity from the samples taken from the populations before and after extinction at 13 locations using microsatellite markers. Locations were classified according to the occurrence of extinction episodes during the previous five years into three groups: 1) populations that experienced extinction for more than one year, and were later recolonized (recolonized), 2) populations that did not experience local extinction (control), and 3) populations that did not experience local extinction during the study, but were cut to experimentally simulate extinction (experimental). Our data did not show a clear tendency in variation in allele frequencies, expected heterozygosity, and effective number of alleles within and between groups of populations. However, we found that the level of genetic differentiation between samples collected at different times at the same location was different in the three groups of populations. Recolonized locations showed the highest level of genetic differentiation (mean Fst= 0.2769), followed by control locations (mean Fst= 0.0576) and experimental locations (mean Fst= 0.0189). Similar findings were observed for Nei's genetic distance between samples (di,j= 0.1786, 0.0400, and 0.0037, respectively). Our results indicate that genetic change in lima beans depends on the duration and frequency of local extinction episodes. These findings also showed that control populations are not in equilibrium. Implications of these results for the establishment of conservation strategies of genetic resources of lima beans are discussed. Rev. Biol. Trop. 56 (3): 1023-1041. Epub 2008 September 30.

Las poblaciones de plantas pueden experimentar extinción local, y al mismo tiempo, pueden surgir a sus alrededores nuevas poblaciones. Algunas especies pueden colonizar el mismo sitio en múltiples ocasiones. Aquí examinamos el impacto de la extinción local y recolonización en la estructura genética de poblaciones silvestres del frijol lima (Phaseolus lunatus) en el valle Central de Costa Rica. Comparamos la diversidad genética de muestras tomadas en poblaciones, antes y después de la extinción, en 13 sitios, usando marcadores de microsatélite. Según los episodios de extinción durante los cinco años previos, clasificamos los sitios así: 1) poblaciones que han experimentado extinción por más de un año, y después han recolonizado (recolonizado), 2) poblaciones que no han experimentado extinción local (control), y 3) poblaciones que no han experimentado extinción local durante el estudio, pero fueron cortadas experimentalmente, simulando una extinción (experimental). Nuestros datos no mostraron una clara tendencia en la variación de las frecuencias alélicas, heterozigosidad, o número efectivo de alelos en y entre grupos de poblaciones. Los niveles de diferenciación genética entre muestras recolectadas en diferentes momentos en el mismo sitio fueron diferentes en los tres grupos de poblaciones. Los sitios recolonizados mostraron el mayor nivel de diferenciación genética (Fst = 0.2769), seguidos de los sitios control (Fst= 0.0576) y sitios experimentales (Fst= 0.0189). Obtuvimos resultados similares en la distancia genética Neis entre muestras (d i,j = 0.1786, 0.0400, y 0.0037, respectivamente). Los cambios genéticos en los frijoles lima dependen de la duración y frecuencia de los episodios de extinción local. Las poblaciones "control" no están en equilibrio. Las implicaciones de estos resultados para el establecimiento de estrategias de conservación de los recursos genéticos de habas se encuentran en discusión.
Descritores: Extinção Biológica
Frequência do Gene/genética
Estruturas Genéticas/genética
Variação Genética/genética
Phaseolus/genética
-Costa Rica
DNA de Plantas/genética
Repetições de Microssatélites/genética
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: CR1.1 - BINASSS - Biblioteca Nacional de Salud y Seguridad Social


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Texto completo SciELO Costa Rica
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Id: lil-637815
Autor: Russ, Atlantis; Santos, S.R; Muir, C.
Título: Genetic population structure of an anchialine shrimp, Metabetaeus lohena (Crustacea: Alpheidae), in the Hawaiian Islands
Fonte: Rev. biol. trop;58(1):159-170, mar. 2010. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Anchialine habitats in the Hawaiian Islands, characterized as coastal bodies of land-locked salt or brackish water that fluctuate with the tides due to subterranean connections, are the only ecosystems of this type found within the United States. These habitats are currently subject to anthropogenic impacts tha t threaten their future existence. Previous research has shown strong genetic population structure of an endemic atyid shrimp, Halocaridina rubra, in these habitats. The native alpheid shrimp, Metabetaeus lohena, whose known range entirely overlaps that of H. rubra, has feeding and reproductive behaviors that are biologically distinct from H. rubra. Its historic scarcity and status as a candidate for the US Fish and Wildlife Department's Endangered Species List, make M. lohena an ideal species to compare against the known genetic structure of H. rubra. We investigated the population structure of this native anchialine shrimp to test the hypothesis that genetic population structure differs between the two shrimp species and that M. lohena is genetically unstructured across its range. A survey of 605 bp of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene from 127 individuals collected at 7 sites spanning the islands of O'ahu, Maui and Hawaii revealed 43 haplotypes. The most common haplotype was represented in similar proportions from all sites sampled, accounting for 44% of the surveyed sequences. Analyses of molecular variation (AMOVA), pairwise ΦST values, Bayesian estimates of migration (M), Mantel tests and Nested Clade Analyses (NCAs) all failed to reveal evidence of major barriers to gene flow among most populations separated by inter-island channels. This lack of genetic structure in M. lohena is found to be in stark contrast with the highly structured population of H. rubra, and may be attributed to oceanic dispersal strategies and/or a recent introduction to the Hawaiian Islands. Rev. Biol. Trop. 58 (1): 159-170. Epub 2010 March 01.

Los hábitats de los alfeidos de las islas de Hawaii, se caracterizan por ser zonas cerradas de aguas saladas o salobres, que fluctúan con las mareas, debido a las conexiones subterráneas, son los únicos ecosistemas de este tipo que se encuentran en Estados Unidos. Estos hábitats actualmente están sujetos a impactos antropogénicos que amenazan su existencia futura. La investigación anterior ha demostrado una fuerte estructura genética de una población de camarones atíidos endémicos, Halocaridina rubra, en estos hábitats. El camarón alfeido nativo, Metabetaeus lohena, cuya área de distribución conocida se superpone totalmente con la de H. rubra, tiene comportamientos alimenticios y reproductivos que son biológicamente diferentes a los de H. rubra. Su escasez histórica y su condición de candidato para aparecer en la Lista de Especies en Peligro del Departamento de Pesca y Vida Silvestre de Estados Unidos, hace de M. lohena una especie ideal para comparar su estructura genética con la de H. rubra. Se investigó la estructura de la población de este camarón alfeido nativo para probar la hipótesis que la estructura genética de la población difiere entre las dos especies y que la de M. lohena está genéticamente no estructurada en todo su ámbito. El análisis de 605 pb de la oxidasa mitocondrial citocromo c subunidad I (COI) de genes de 127 individuos recolectados en 7 sitios que abarcan las islas de Oahu, Maui y Hawaii reveló 43 haplotipos. El haplotipo más común fue representado en proporciones similares en todos los sitios incluidos en la muestra, de acuerdo al 44% de las secuencias estudiadas. El análisis de variación molecular (AMOVA), los valores de ΦST pareados, la estimación bayesiana de la migración (M), las pruebas de Mantel y los Análisis Cladísticos no pudieron revelar la existencia de importantes barreras al flujo genético entre las poblaciones más separadas por los canales entre las islas. La falta de estructura genética en M. lohena contrasta con la muy estructurada población de H. rubra, y puede ser atribuida a las estrategias de dispersión oceánica y/o una introducción reciente en las islas hawaianas.
Descritores: Decápodes (Crustáceos)/genética
Ecossistema
Estruturas Genéticas/genética
Haplótipos/genética
-Teorema de Bayes
Citocromos b/genética
Decápodes (Crustáceos)/classificação
Decápodes (Crustáceos)/fisiologia
Complexo IV da Cadeia de Transporte de Elétrons/genética
Hawaii
Mitocôndrias/genética
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Responsável: CR1.1 - BINASSS - Biblioteca Nacional de Salud y Seguridad Social


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Id: lil-624069
Autor: Frederico, Renata G; Farias, Izeni P; Araújo, Maria Lúcia Góes de; Charvet-Almeida, Patricia; Alves-Gomes, José A.
Título: Phylogeography and conservation genetics of the Amazonian freshwater stingray Paratrygon aiereba Müller & Henle, 1841 (Chondrichthyes: Potamotrygonidae)
Fonte: Neotrop. ichthyol;10(1):71-80, 2012. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: The family Potamotrygonidae is monophyletic comprising three genera: Paratrygon Duméril, Potamotrygon Garman and Plesiotrygon Rosa, Castello & Thorson. The distribution of most species in this family is restricted to a single basin or fluvial system. Only Potamotrygon motoro, Potamotrygon orbignyi and Paratrygon aiereba are found in more than one river basin. In this study we investigate genetic structuring of Paratrygon aiereba, from five rivers of the Amazon region: Negro, Solimões-Amazon-Estuary system, Tapajós, Xingu and Araguaia. Sixty-three individuals were sequenced for ATPase 6, and a representative subsample of 27 individuals was sequenced for COI. The COI dataset analysis indicated that Paratrygon is sister to all other potamotrygonid genera and species. Population parameters inferred from the analysis of ATPase 6 sequences revealed that the populations of this species are structured within each river, with no or nearly non-existent gene flow occurring between rivers and a positive correlation between geographic and genetic distances. Paratrygon aiereba is comprised of three geographically restricted clades with K2P interclade distances of at least 2%. Intraspecific divergence within P. aiereba is similar to the interspecific divergence observed in Potamotrygon spp. sampled throughout the same geographic area. Using the premises of COI barcoding and the allopatric distribution of the three P. aiereba clades, the taxon P. aiereba most likely comprises three distinct biological species. Since freshwater stingrays of the family Potamotrygonidae are highly exploited for the aquarium trade, management and conservation strategies need to be implemented at the level of each river basin, rather than at the level of the Amazon basin.

A família Potamotrygonidae forma um clado monofilético com três gêneros: Paratrygon Duméril, Potamotrygon Garman e Plesiotrygon Rosa, Castello & Thorson. A maioria das espécies dessa família possui distribuição restrita a uma única bacia ou sistema fluvial, e somente as espécies Potamotrygon motoro, Potamotrygon orbignyi e Paratrygon aiereba estão presentes em mais de uma bacia hidrográfica. O presente estudo teve como objetivo investigar a estrutura genética de Paratrygon aiereba em alguns rios da região Amazônica: Negro, sistema Solimões-Amazonas, Tapajós, Xingu, e Araguaia. Para tal foram utilizados como marcador molecular os genes de ATPase subunidade 6, e COI. As análises com o fragmento de COI indicaram que o gênero Paratrygon é grupo irmão dos outros gêneros da família potamotrygonidae. Os resultados para o fragmento de ATPase mostraram que essas populações estão estruturadas dentro dos rios, com fluxo gênico restrito, ou mesmo sem fluxo gênico, apresentando uma correlação positiva entre distância genética e distância geográfica. Paratrygon aiereba é composta por três clados com distância genética de pelo menos 2%. A divergência encontrada dentro desse grupo é semelhante à observada entre Potamotrygon spp. Segundo as premissas para barcoding COI e a distribuição alopátrica de três clados em P. aiereba indicam que esse grupo pode ser um complexo de espécies. O rio Negro é conhecido por sua pesca ornamental, e na calha Solimões-Amazonas, esses animais são utilizados como fonte de proteína e sofrem com a pesca comercial. Em vista disso medidas de conservação para esta espécie devem ser tomadas em nível local, considerando cada rio separadamente, ao invés de empregar escalas regionais maiores.
Descritores: Estruturas Genéticas/fisiologia
Filogeografia/classificação
Raias/crescimento & desenvolvimento
-Água Doce/análise
Bacias Hidrográficas/etnologia
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice



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