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Id: lil-547669
Autor: Giovanini, Allan Fernando; Zielak, João Cesar; Matsubara, Fernanda; Urban, Cicero Andrade; Pizzatto, Eduardo.
Título: Immunoexpression of p53 and p16 proteins as biomarkers in oral carcinogenesis
Fonte: Appl. cancer res;29(2):83-88, Apr.-June 2009. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Objective: Defects in the cell cycle control system can lead to phenotype changes and consequently to the progression of oral cancer. Thus, the aim of this study was to analyze the immunohistochemical expression of p53 and p16 and their connection with hyperplastic and neoplastic progression. Materials and Methods: Sixty-four histopathologic specimens were submitted to immunohistochemical technique to anti-p53 and anti-p16. Results: This study showed a significant increase in the level of p53 in dysplasia and oral carcinomas. Regarding p16 immunoexpression, a decrease was observed in mild to moderate dysplasia, and remained consnt between moderate dysplasia to poorly differentiated carcinoma. Conclusion: The study confirmed that the higher expression of p53 protein plays a significant role in tumor development and oral cancer progression, while the loss of p16 expression seems to be related only for the progression of carcinogenesis.Keywords: Proteins. Immunohistochemical. Genes, p53. Genes, p16. Mouth. Neoplasms.
Descritores: Genes
GENES, PABNORMALITIES, MULTIPLE
GENES, PDIPETALONEMA INFECTIONS
Imuno-Histoquímica
Boca
Neoplasias
Proteínas
-Genes Supressores de Tumor
Estruturas Genéticas
Neoplasias Bucais
Limites: Humanos
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: lil-536335
Autor: Calcagnotto, Daniela; DeSalle, Rob.
Título: Population genetic structuring in pacu (Piaractus mesopotamicus) across the Paraná-Paraguay basin: evidence from microsatellites
Fonte: Neotrop. ichthyol;7(4):607-616, 2009. mapas, tab.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP.
Resumo: The Paraná-Paraguay basin encompasses central western Brazil, northeastern Paraguay, eastern Bolivia and northern Argentina. The Pantanal is a flooded plain with marked dry and rainy seasons that, due to its soil characteristics and low declivity, has a great water holding capacity supporting abundant fish fauna. Piaractus mesopotamicus, or pacu, endemic of the Paraná-Paraguay basin, is a migratory species economically important in fisheries and ecologically as a potential seed disperser. In this paper we employ eight microsatellite loci to assess the population structure of 120 pacu sampled inside and outside the Pantanal of Mato Grosso. Our main objective was to test the null hypothesis of panmixia and to verify if there was a different structuring pattern between the Pantanal were there were no physical barriers to fish movement and the heavily impounded Paraná and Paranapanema rivers. All loci had moderate to high levels of polymorphism, the number of alleles varied from three to 18. The average observed heterozygosity varied from 0.068 to 0.911. After the Bonferroni correction three loci remained significant for deviations from Hardy-Weinberg, and for those the frequency of null alleles was estimated. F ST and R ST pairwise comparisons detected low divergence among sampling sites, and differentiation was significant only between Paranapanema and Cuiabá and Paranapanema and Taquari. No correlation between genetic distance and the natural logarithm of the geographic distance was detected. Results indicate that for conservation purposes and for restoration programs small genetic differences detected in the Cuiabá and Paranapanema rivers should be taken in consideration.(AU)

A bacia Paraná-Paraguai compreende o oeste do Brasil, nordeste do Paraguai, leste da Bolívia e o norte da Argentina. O Pantanal do Mato Grosso é uma planície inundada com estações de chuva e seca bem definidas, as características do solo e baixa declividade favorecem a retenção de água proporcionando abrigo para uma abundante ictiofauna. O Piaractus mesopotamicus, ou pacu, endêmico da bacia do Paraná-Paraguai, é uma espécie migratória com importância econômica na pesca e ecológica como potencial dispersor de sementes. Neste estudo utilizamos oito loci de microssatélites para verificar a estrutura populacional de 120 pacus coletados dentro e fora do Pantanal do Mato Grosso. Nosso principal objetivo foi testar a hipótese de panmixia e verificar se haviam diferentes padrões de estruturação entre o Pantanal onde não existem barreiras físicas ao movimento migratório desses peixes em relação aos rios Paraná e Paranapanema com suas inúmeras barragens. Todos os loci apresentaram níveis de polimorfismo de moderado a alto e o número de alelos variou de três a 18. A heterozigosidade média observada variou de 0,068 a 0,911. Depois da correção usando o método de Bonferroni três loci permaneceram estatisticamente significantes para desvios de Hardy-Weinberg, para estes a frequência de alelos nulos foi calculada. Comparações par a par de F ST e R ST detectaram baixa divergência genética entre os locais de coleta e as diferenças foram significantes apenas entre amostras do Paranapanema e Cuiabá e Paranapanema e Taquari. Não foi detectada correlação entre a diversidade genética e o logaritmo natural da distância geográfica. Os resultados indicam que as pequenas diferenças genéticas encontradas nos rios Cuiabá e Paranapanema devem ser levadas em consideração quando se tratar de programas de conservação desta espécie.(AU)
Descritores: Caraciformes/genética
-Repetições de Microssatélites
Estruturas Genéticas
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: lil-530305
Autor: Matsumoto, Cristianne Kayoko; Hilsdorf, Alexandre Wagner Silva.
Título: Microsatellite variation and population genetic structure of a neotropical endangered Bryconinae species Brycon insignis Steindachner, 1877: implications for its conservation and sustainable management
Fonte: Neotrop. ichthyol;7(3):395-402, Sept. 2009. mapas, tab.
Idioma: en.
Projeto: International Foundation for Science; . FAPESP.
Resumo: Piabanha (Brycon insignis) is a freshwater fish species from the drainages in Southeastern Brazil. During the 1950s, it was an important economic and food resource for local populations, but dramatic and continuous environmental degradation seriously jeopardized the B. insignis populations in the region. Microsatellite markers were used to assess the genetic structure of wild populations of B. insignis and compare the genetic variability and integrity of the wild populations with a captive population. Samples of DNA from 208 specimens from geographically isolated populations were analyzed. Population genetic structure was investigated using F ST, R ST estimates as well as AMOVA. All five loci used in this study were polymorphic with observed heterozygosity ranging from 0.77 (± 0.15) to 0.88 (± 0.07) in the wild population and 0.90 (± 0.09) in the captive population and the allelic richness average were 7.56 (± 0.27) and 5.80 (± 1.02), respectively. Overall genetic differences were significantly partitioned among populations (F ST = 0.072, p = 0.034). Evidence of a genetic bottleneck was found in some of the wild populations, but especially in the captive population. The results showed that genetic variability still can be found in B. insignis populations which are currently structured possibly due to anthropic actions. The implications of these findings for the management and conservation of B. insignis populations are discussed.(AU)

Piabanha (Brycon insignis) é uma espécie de peixe de água doce oriunda de drenagens da região sudeste do Brasil. Durante os anos de 1950, esta espécie foi um importante recurso econômico para populações locais. Contudo, a intensa e contínua degradação ambiental afetou seriamente as populações de B. insignis na região. Marcadores microssatélites foram usados para avaliar a estrutura genética de populações selvagens de B. insignis e comparar a variabilidade genética e integridade das populações selvagens com uma população de cativeiro. Amostras de DNA de 208 espécimes de populações geograficamente isoladas foram analisadas. A estrutura populacional foi investigada usando-se estimadores de F ST e R ST bem como AMOVA. Todos os loci usados neste estudo foram polimórficos com heterozigosidades observadas variando de 0.77 (± 0.15) a 0.88 (± 0.77) em populações selvagens e 0.90 (± 0.09) na população de cativeiro e a riqueza alélica média foi de 7.56 (± 0.27) e 5.80 (± 1.02), respectivamente. A maioria das diferenças genéticas foi significativa entre populações (F ST = 0.072, p = 0.034). Evidências de efeito gargalo foram observadas em algumas populações selvagens e especialmente também na população de cativeiro. Os resultados do presente estudo mostraram que as populações de B. insignis ainda apresentam variabilidade genética e que estas populações estão atualmente estruturadas geneticamente provavelmente devido a ações antrópicas. As implicações destes achados para o manejo e conservação das populações de B. insiginis são discutidas.(AU)
Descritores: Repetições de Microssatélites/genética
Characidae/genética
-Estruturas Genéticas
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: biblio-1008463
Autor: Zaterka, Luciana.
Título: Transgênicos e o princípio de equivalência substancial / Transgenics and the principle of substantial equivalence
Fonte: Estud. av;33(95):271-284, 2019.
Idioma: pt.
Resumo: Objetivamos discutir os principais argumentos que estão envolvidos no debate sobre a cientificidade do Princípio de Equivalência Substancial (PES), que afirma serem os OGM quimicamente equivalentes aos organismos selecionados pelas técnicas tradicionais de melhoramento, não requerendo, portanto, estudos toxicológicos adicionais. Problematizamos a cientificidade do PES, especialmente no que diz respeito à questão propriamente química. De fato, o PES estrutura-se conceitualmente na comparação quantitativa entre alguns componentes químico-biológicos da planta transgênica e os da não transgênica. Nesse sentido, as análises químicas propostas não conseguem relacionar sozinhas os possíveis efeitos bioquímicos, toxicológicos e imunológicos dos alimentos transgênicos, pois o princípio restringe as análises à composição química, molecular e analítica dos transgênicos. Emerge assim o problema do locus da incerteza científica, seja como questão epistemológica, seja como questão normativa e moral.

We aim to discuss the main arguments involved in the debate on the scientificity of the Principle of Substantial Equivalence (PSE), which claims that GMOs are chemically equivalent to organisms selected by traditional breeding techniques and therefore do not require additional toxicological studies. We question the scientific character of the PSE, especially with regard to the chemical question itself. Indeed, the PSE is conceptually structured in the quantitative comparison between some chemical--biological components of the transgenic plant and those of the non-transgenic plant. In this sense, the proposed chemical analyses cannot by themselves assess the possi-ble biochemical, toxicological and immunological effects of transgenic foods, since the principle restricts the analysis to the chemical, molecular and analytical composition of transgenics. This gives rise to the problem of the locus of scientific uncertainty, whether as an epistemological question or as a normative and moral issue.
Descritores: Risco
Organismos Geneticamente Modificados
Precaução
Estruturas Genéticas
Boas Práticas de Manipulação
Biologia Molecular
-Alimentos Geneticamente Modificados
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência


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Id: lil-780040
Autor: LINDE, G.A.; COLAUTO, N.B.; ALBERTÓ, E.; GAZIM, Z.C..
Título: Quimiotipos, Extracción, Composición y Aplicaciones del Aceite Esencial de Lippia alba / Quimiotipos, extração, composição e uso do óleo essencial de Lippia alba / Chemotypes, extraction, chemical composition and use of lippia alba essential oil
Fonte: Rev. bras. plantas med;18(1):191-200, jan.-mar. 2016. tab.
Idioma: es.
Resumo: RESUMO Lippia alba é uma planta amplamente distribuída nas zonas tropicais, subtropicais e temperadas das Américas, África e Ásia. O óleo essencial de L. alba tem sido amplamente estudado, entretanto apresenta variações de produção. Portanto este estudo teve como objetivo realizar uma revisão dos principais quimiotipos, métodos de extração, composição e aplicação do óleo essencial de L. alba. Neste estudo são discutidos os principais quimiotipos e sua relação com fatores genéticos e características morfológicas. Também são discutidos os fatores que afetam o rendimento de produção, composição química, métodos de extração e do uso e da atividade biológica do óleo essencial de L. alba. Apesar da vasta literatura sobre os óleos essenciais de L. alba, ainda desenvolvimento de aplicações para a produção de cosméticos, fármacos e alimentos, bem como faltam definições agronomicas sobre o cultivo e melhoramento desta planta.

ABSTRACT Lippia alba is a plant widely distributed in tropical, subtropical and temperate zones of the Americas, Africa and Asia. The essential oil of L. alba has been widely studied and there are many variations in the production process. Therefore, this study is aimed at conducting a review of the main chemotypes, extraction methods, composition and application of the essential oil of L. alba. In this study, the main chemotypes and its relation to genetic and morphological characteristics are discussed. It also discusses the factors that affect the yield, chemical composition, extraction methods and the use and the biological activity of the essential oil of L. alba. Despite the vast literature on the essential oils of L. alba, there is still a lack of development in its application for the production of cosmetics, pharmaceuticals and food, as well as a lack of agronomic definitions for its cultivation and genetic improvement.
Descritores: Química
Lippia/classificação
Óleos Voláteis/análise
-ANATOMY & HISTOLOGY
Estruturas Genéticas
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-776597
Autor: HOELTGEBAUM, M.P.; BERNARDI, A.P.; MONTAGNA, T.; REIS, M.S.
Título: Diversidade e estrutura genética de populações de Varronia curassavica Jacq. em restingas da Ilha de Santa Catarina / Genetic diversity and structure of Varronia curassavica Jacq. populations in the restinga of Santa Catarina Island
Fonte: Rev. bras. plantas med;17(4,supl.3):1083-1090, 2015. tab, graf.
Idioma: pt.
Resumo: RESUMO Varronia curassavica Jacq. (Boraginaceae) está presente na vegetação de restinga e apresenta relevantes propriedades medicinais. A espécie é explorada especialmente por comunidades locais e pela indústria farmacêutica, porém, carece de informações ecológicas e genéticas a seu respeito. Nesse contexto, o estudo foi conduzido com o objetivo de caracterizar a diversidade genética de três populações de V. curassavica em áreas de restinga na Ilha de Santa Catarina. Foram coletadas folhas de 50 indivíduos adultos em cada uma das três áreas de estudo e as frequências alélicas das populações foram obtidas a partir de 14 locos alozímicos. Foram encontrados 25 alelos distintos nas três populações, sendo dois alelos exclusivos. As populações apresentaram diversidade genética média de 0,111 e índice de fixação médio de -0,060 (-0,273 até 0,222). Os níveis de diversidade são intermediários, semelhantes aos exibidos por espécies da mesma família ou de características ecológicas semelhantes. Os índices de fixação foram todos significativos e discrepantes entre as populações, sendo que duas delas apresentaram excesso de heterozigotos. A divergência genética interpopulacional foi significativa e igual a 0,079, considerada moderada e sugerindo efeitos de subdivisão populacional. Os níveis de diversidade genética encontrados e a redução populacional causada pela redução e fragmentação dos habitats em que a espécie ocorre sugerem medidas de conservação ex situ e demandam maior rigor na proteção legal de áreas de proteção permanente.

ABSTRACT The Varronia curassavica Jacq. (Boraginaceae) is present in restinga vegetation and shows relevant medicinal properties. The species is exploited by local communities and by the pharmaceutical industry; however, it lacks ecological and genetic information. Thus, this study aimed to characterize the genetic diversity of three V. curassavica populations in restinga areas of Santa Catarina Island. Leaves of 50 adult individuals were sampled in each of the three study areas and the allelic frequencies were obtained from 14 allozyme loci. Twenty-five different alleles were found in the three populations, two of them being exclusive. The populations showed, on average, a genetic diversity of 0,111 and a fixation index of -0,060 (-0,273 to 0,222). The diversity levels are intermediary, similar to those ones owned by species of the same family or with similar ecological traits. The fixation indexes were all significant and discrepant among the populations, with two of them showing excess of heterozygotes. The genetic divergence among populations was significant and equal to 0,079, which is considered moderate and suggests effects of population subdivision. The levels of genetic diversity found and the population decrease caused by reduction and fragmentation of habitats in which the species are present implies in ex situ conservation measures and a higher enforcement of the legal preservation of permanent protected areas.
Descritores: Cordia/classificação
Estruturas Genéticas/ética
Áreas Alagadas
-Plantas Medicinais/química
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-759227
Autor: Duitama, L O; Fonseca, R da; Bertipaglia, T; Machado, C H; Soares Filho, C V.
Título: Estimação de parâmetros genéticos para escores visuais e características de desenvolvimento ponderal na raça Nelore / Genetic parameter estimation for visual score and ponderal development traits in Nellore cattle
Fonte: Arq. bras. med. vet. zootec;67(4):1111-1118, July-Aug. 2015. tab.
Idioma: pt.
Resumo: O objetivo foi avaliar a associação genética entre os escores visuais de estrutura, precocidade e musculosidade, com as características peso aos 18 meses, ganho de peso diário e o perímetro escrotal em machos Nelore. Foram utilizados 7.256 registros de animais participantes de provas de ganho de peso. As estimativas dos componentes de (co)variâncias foram obtidas por meio de Máxima Verossimilhança Restrita, empregando-se um modelo animal. Os efeitos fixos de grupo contemporâneo, idade e peso como covariável linear foram considerados; o único efeito aleatório foi o genético aditivo direto. As estimativas de herdabilidade de estrutura, precocidade e musculosidade foram: 0,30; 0,37; 0,32, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre os escores variaram de 0,76 a 0,95, indicando que os escores são controlados, em grande parte, pelo mesmo grupo de genes. As estimativas das correlações genéticas dos escores visuais com as características de ganho de peso diário, peso aos 18 meses e o perímetro escrotal apresentaram valores semelhantes entre os escores 0,45 a 0,50; 0,80 a 0,83 e -0,05 a -0,03, respectivamente; indicando que a seleção para os escores trará mudanças genéticas no mesmo sentido para o peso aos 18 meses e em menor medida para o ganho de peso.

The aim of this study was to evaluate the genetic association between visual scores of structure, finishing precocity and muscling with weight at 18 months, daily weight gain and scrotal circumference in male Nellore. A total of 7,256 records of animals participating in weight gain trials were used. The (co)variance components were estimated by restricted maximum likelihood, under an animal model. Contemporary group, age and weight as covariate linears were included as fixed effects. Additive genetic effects were the only random effect. The heritability estimates for structure, precocity and muscling were 0.30; 0.37 and 0.32 respectively. The genetic correlations between visual score were 0.76 to 0.95, indicating that the visual scores are controlled by the same set of genes, a fact making individual selection more complex. The visual scores showed similar genetic correlations with daily weight gain, weight at 18 months and scrotal circumference, ranging from 0.45 to 0.50, from 0.80 to 0.83 and from -0.05 to -0.03, respectively, indicating that individual selection for visual scores will result in genetic changes in the same direction in weight at 18 months and, to a lesser extent, in daily weight gain.
Descritores: Ganho de Peso/genética
Funções Verossimilhança
Anotação de Sequência Molecular
-Genes Precoces
Estruturas Genéticas
Músculos
Limites: Animais
Bovinos
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Texto completo SciELO Costa Rica
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Id: lil-715443
Autor: Gaddis, Keith D.; Zukin, Helen L.; Dieterich, Inca A.; Braker, Elizabeth; Sork, Victoria L..
Título: Effect of clonal reproduction on genetic structure in Pentaclethra macroloba (Fabaceae: Mimosoideae) / Efecto de la reproducción clonal en la estructura genética de Pentaclethra macroloba (Fabaceae: Mimosoideae)
Fonte: Rev. biol. trop;62(2):443-454, Jun.-Aug. 2014. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: The existence of monodominant forests on well-drained soils in tropical regions has been widely reported. Such forests most likely result from a combination of both ecological and evolutionary factors. Under conditions of high seed and seedling mortality, vegetative reproduction could create a reproductive advantage leading to forest dominance, and profoundly affect the distribution of genetic variation in a clonal species. We investigated these effects in a low diversity forest site in Northeastern Costa Rica dominated by the species Pentaclethra macroloba, which sprouts from the root mass of fallen trees and from snapped trunks. We examined the population structure of juvenile P. macroloba growing in different soil types and across an elevational gradient. Using seven molecular markers, we genotyped 173 juvenile P. macroloba from 18 plots (six plots in seasonally inundated swamps, and 12 plots in upland non-swamp) spanning 50-300m in elevation at La Selva Biological Station and the adjacent Reserva Ecológica Bijagual in Northeastern Costa Rica. We answered two specific questions: (1) How extensive is clonal reproduction? and (2) what is the distribution of genetic diversity and structure?. We found that clonal reproduction occurred exclusively within inundated swamp areas. However, there was no significant difference between genetic diversity measures in swamp and non-swamp plots, which were both generally low when compared with other tropical forest species. Genetic structure was significant across all plots (F ST=0.109). However, genetic structure among swamp plots (F ST=0.128) was higher than among non-swamp upland plots (F ST=0.093). Additionally, spatial autocorrelation among individuals within non-swamp upland plots was significant from the 25 to 100m spatial scale, but not within swamp plots. The degree of overall genetic structure we found in P. macroloba is high for a tropical forest tree. The incidence of clonal reproduction is a contributing factor in genetic differentiation, but the high structure among plots without clonal reproduction indicates that other factors contribute as well.

La existencia de bosques monodominantes sobre suelos bien drenados en regiones tropicales ha sido ampliamente reportada. Investigaciones recientes han sugerido que tales bosques son probablemente resultado de una combinación de factores ecológicos y evolutivos. Bajo condiciones de alta mortalidad de semillas y plántulas, la reproducción vegetativa podría crear una ventaja reproductiva llevando a la dominancia del bosque, pero también podría afectar profundamente la distribución de la variación genética en especies clonales. Investigamos estos efectos en un sitio de bosque con baja diversidad de especies en el Noreste de Costa Rica que es ampliamente dominado por la especie Pentaclethra macroloba, la cual retoña de la masa de raíces de árboles caídos y de troncos partidos. Examinamos la estructura poblacional de individuos juveniles de P. macroloba creciendo en diferentes tipos de suelo y a través de un gradiente de altitud. Utilizamos siete marcadores moleculares, genotipamos 173 Pentaclethra macroloba de 18 parcelas (seis en ciénagas y 12 en ambientes no cenagosos) ubicados en un gradiente de elevación entre 50-300m en las reservas adyacentes: Reserva Biológica Bijagual y Estación Biológica La Selva, en el centro de Costa Rica. Abordamos dos preguntas específicas: (1) ¿Qué tan extensa es la reproducción clonal? y (2) ¿Cuál es la distribución de diversidad y estructura genética? Encontramos que la reproducción clonal ocurrió exclusivamente dentro de áreas cenagosas inundadas. La estructura genética fue significativa en todas las parcelas (F ST=0.109). Observamos una estructura genética más alta entre poblaciones juveniles dentro de las ciénagas (F ST=0.128) comparada con poblaciones no cenagosas en parcelas a mayor altura (F ST=0.093), con mayor autocorrelación espacial en sitios no cenagosos en el intervalo entre 25 y 100m. La presencia de reproducción clonal no afectó significativamente las medidas de diversidad entre las dos áreas, que fueron generalmente bajas comparadas con otras especies de bosque tropical. El alto grado de estructura genética en general es novedoso para un árbol de bosque tropical. La incidencia de reproducción clonal es un factor que contribuye en la diferenciación genética, pero la alta estructura en parcelas sin reproducción clonal indica que otros factores están contribuyendo también.
Descritores: Fabaceae/genética
Estruturas Genéticas/genética
-Costa Rica
Fabaceae/classificação
Fabaceae/fisiologia
Reprodução/genética
Reprodução/fisiologia
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Responsável: CR1.1 - BINASSS - Biblioteca Nacional de Salud y Seguridad Social


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Id: lil-681123
Autor: Meireles, Diogo de Abreu.
Título: Estudo da função do gene kerV de Pseudomonas aeruginosa / Function of Pseudomonas aeruginosa kerV gene.
Fonte: São Paulo; s.n; 2011. 187 p. ilus, tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: P. aeruginosa PA14 é uma linhagem isolada de queimadura que apresenta vários fatores de patogenicidade comuns no quadro de infecção de hospedeiros filogeneticamente distintos (plantas, mamíferos ou invertebrados). O gene kerV foi revelado numa busca por mutantes atenuados em virulência em uma biblioteca de mutantes por transposons da linhagem PA14 (Rahme et al., 1997). A caracterização da linhagem D12, mutante em kerV, confirmou sua virulência atenuada (Apidianakis et al., 2005 e An et al., 2009) e resultados do transcriptoma mostraram alteração na expressão de mais de 500 genes, sendo alguns relacionados com o sistema de "quorum sensing" (Rahme et al, dados não publicados). O gene kerV está próximo à montante ao gene gloB, envolvido em detoxificação de metilglioxal, e à jusante aos genes rnhA e dnaQ, que codificam proteínas envolvidas na replicação e reparo do DNA. Este trabalho teve como objetivo estudar a função molecular do produto de kerV e a expressão dos genes do lócus kerV-rnhA-dnaQ. Análises de bioinformática indicam que a proteína KerV é uma metiltransferase dependente de S-adenosil-metionina (SAM), apresentando um domínio conservado de ligação a SAM e uma arquitetura de domínio compatível com a organização em fitas-beta e hélices-alfa alternadas descritas para a família das metiltransferases dependentes de SAM. Ela não apresenta outros domínios conservados que indiquem seu substrato de metilação. A expressão heteróloga desta proteína em E. coli, mostrou que ela é expressa de maneira parcialmente solúvel quando co-expressa com as chaperoninas GroEL/GroES em baixas temperaturas ou quando fusionada a MBP ou GST. A purificação desta proteína mostra que ela é co-eluída com a chaperonina GroEL sugerindo que para atingir sua conformação nativa ela necessita dessas proteínas acessórias. MBP-KerV purificado foi usado para ensaios "in vitro" de atividade de metiltransferase e ligação a SAM, que não foram conclusivos, pois não há certeza do seu ...

P. aeruginosa PA14 is a burn isolate multi-host pathogen strain. The screening for virulence attenuated mutants in a PA14 transposon mutant library revealed the kerV gene (Rahme et al., 1997). The characterization of D12 strain, a kerV mutant, confirmed the attenuated virulence phenotype (Apidianakis et al., 2005 and An et al., 2009) and transcriptome analysis showed the expression of more than 500 genes are affected in D12, some of these genes are related with quorum sensing (Rahme et al, unpublished data). kerV is upstream of the gloB gene, related with methylglioxal detoxification and downstream of the rnhA and dnaQ genes, both related with DNA replication and repair. The purpose of this work was to study the molecular function of KerV product and the expression of kerV-rnhA-dnaQ locus. Bioinformatics analysis indicated that KerV is a SAM dependent methyltransferase that have a conserved SAM binding domain with architecture compatible with classic alternating β-stranded and α-helical regions. KerV does not show any other conserved motif that could indicate its methylation substrate. Heterologous expression in E. coli showed that KerV is partially soluble only when co-expressed with GroeL/GroES chaperones at low temperatures or when KerV is in fusion with MBP or GST tag. During the purification process KerV was copurified with GroEL chaperone suggesting that this association may be required for the correct folding of KerV. Methyltransferase activity and SAM binding assays were done with purified MBPKerV and the results were not conclusive since the proper conformation of MBP-KerV cannot be verified. Yeast two-hybrid assays indicated that RNaseH and DnaQ are not interaction partners of KerV, suggesting that their functions are not directly related. The mutation frequency of D12 strain increased only about four times in relation to PA14, suggesting that KerV is not directly involved with DNA mismatch repair. The assays to detect methylation...
Descritores: Perfilação da Expressão Gênica
Fenômenos Genéticos/genética
Pseudomonas aeruginosa/genética
-Fenômenos Bioquímicos
Estruturas Genéticas/genética
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Virulência/genética
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T574.88, M514e. 24505-Q


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Id: lil-669534
Autor: Valle, J. S; Fonseca, B. K. D; Nakamura, S. S; Linde, G. A; Mattana, R. S; Ming, L. C; Colauto, N. B.
Título: Diversidade genética de populações naturais de pariparoba [Pothomorphe umbellata (L. ) Miq.] por RAPD / Genetic diversity of natural populations of pariparoba [Pothomorphe umbellata (L. ) Miq.] according to RAPD analysis
Fonte: Rev. bras. plantas med;15(1):47-53, 2013. ilus, tab.
Idioma: pt.
Resumo: O objetivo desse trabalho foi analisar a estrutura genética de populações de Pothomorphe umbellata (L.) Miq. com base em polimorfismos moleculares do tipo RAPD. Foram analisadas quatro populações naturais do estado de São Paulo (Jacareí, Jundiaí, Piquete e Ubatuba) e uma população do Paraná (Adrianópolis). Foram identificados 25 locos polimórficos (96,15%). Elevados índices de diversidade genética foram observados dentro das populações (Hs = 0,2220). Verificou-se que 65,33% da variabilidade genética total encontra-se dentro das populações e 34,67% entre as populações; índices estes, obtidos a partir do cálculo da divergência genética (G ST = 0,3467). Os resultados sugerem que essas populações possuem níveis elevados de variabilidade genética, a qual pode ser fortemente impactada pela ação humana.

The aim of this study was to analyze the genetic structure of populations of Pothomorphe umbellata (L.) Miq. based on RAPD molecular polymorphisms. Analysis included four natural populations from São Paulo State (Jacareí, Jundiaí, Piquete, Ubatuba) and one population from Paraná State (Adrianópolis). Twenty-five polymorphic loci (96.15%) were identified. There were high levels of genetic diversity within populations (Hs = 0.2220). Of the total genetic variability, 65.33% is within populations and 34.67% among populations (G ST = 0.3467). Results suggest that these populations have high levels of genetic variability, which can be strongly impacted by human action.
Descritores: Estruturas Genéticas/genética
Variação Genética/genética
Piperaceae/crescimento & desenvolvimento
-Plantas Medicinais/classificação
Responsável: BR1.1 - BIREME



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