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Id: lil-414676
Autor: Alberti Amador, Esteban; Acosta Domínguez, Armando; San Miguel, Maria E. Sarmiento García; Münster Infante, Arturo; Peña Perez, Marulin; Ruíz Espinosa, Aniran; García Miniet, Rocío; Montalvo Álvarez, Ana M..
Título: Evaluación de la autoinmunidad en ratones BALB/c inmunizados con una biblioteca genómica de expresión de Trypanosoma cruzi / Evaluation of autoimmunuty in Balb/c mice immunized with a genomic library of expression of Trypanosoma cruzi
Fonte: Rev. panam. infectol;7(2):8-15, abr.-jun. 2005. graf.
Idioma: es.
Resumo: Uno de los problemas de la seguridad para las vacunas de ADN es la inducción de fenómenos de autoinmunidad. Nosotros examinamos el efecto de la inmunización con ácidos nucleicos de Trypanosoma cruzi en la inducción de diferentes autoanticuerpos en ratones de Balb/c. Los animales fueron divididos en cinco grupos: los primeros cuatro recibieron diferentes esquemas: 25 µg de la biblioteca genómica de expresión (grupo L), 25 µg de antígenos solubles de T. cruzi (grupo T), 25 µg del plásmido pcDNA3 (grupo P), 25 µg de genómica ADN de T. cruzi (grupo G) y un grupo control de animales no inmunizados. Los anticuerpos antinucleares y anticuerpos contra músculo cardíaco fueron evaluados por immunofluorescencia indirecta y los anticuerpos anti ADN de doble, simple cadena y el anti IgG factor reumatoideo fueron determinados semanalmente por ELISA. La vacunación no provocó la inducción de anticuerpos anti ADN de doble o simple cadena, anticuerpos antinucleares ni contra músculo cardíaco. Se observó un aumento transitorio del Factor Reumatoideo IgG en los ratones inmunizados con la biblioteca genómica de expresión de T. cruzi. Nuestros hallazgos sugieren que la inducción de respuestas autoinmunes frente al ADN utilizado en la inmunización es poco probable
Descritores: Autoimunidade
Antibacterianos
Biblioteca Genômica
Imunoglobulina G/farmacologia
Cardiomiopatia Chagásica
Trypanosoma cruzi/isolamento & purificação
Vacinas de DNA
-Ensaio de Imunoadsorção Enzimática
Ampicilina/administração & dosagem
Camundongos Endogâmicos BALB C
Cloreto de Sódio/administração & dosagem
Doença de Chagas
Gentamicinas/administração & dosagem
Testes de Química Clínica
Tetraciclina/administração & dosagem
Limites: Cobaias
Camundongos
Responsável: BR31.1 - SIDC - Serviço de Informação e Documentação Científica


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Id: biblio-847141
Autor: Moreira, Elisa Rennó Donnard.
Título: Estudo de variações genômicas para a identificação de biomarcadores personalizados e novos alvos terapêuticos em tumores colorretais / Study of genomic variation to identify biomarkers and novel therapeutic targets in colorectal tumors.
Fonte: São Paulo; s.n; 2014. 112 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: O câncer colorretal é um dos tipos de tumores mais frequentes no mundo. A atual dificuldade na avaliação correta da resposta ao tratamento torna necessário o desenvolvimento de novas abordagens de detecção tumoral. Atualmente, o sequenciamento genômico em larga escala permite um estudo mais compreensivo das alterações estruturais e de sequência presentes no tumor. A aplicação destas abordagens de maneira personalizada permite o desenvolvimento de biomarcadores tumor específicos que podem facilitar a avaliação de resposta ao tratamento e a presença de doença residual, bem como revelar alterações de sequência em genes capazes de servir de novos alvos terapêuticos. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia eficiente para a identificação de biomarcadores baseados na existência de variações estruturais em genomas de tumores de reto, eliminando a necessidade de sequenciamento do genoma normal do mesmo paciente e diminuindo portanto o custo da abordagem. Os biomarcadores encontrados para cada um dos seis pacientes foram utilizados para avaliar a presença de doença residual após o tratamento através da detecção de DNA tumoral circulante nas amostras de plasma coletadas em momentos diferentes do tratamento. O sequenciamento em baixa cobertura personalizado é portanto uma alternativa viável e promissora para avaliar a resposta ao tratamento em pacientes com tumores de reto. Na segunda parte do estudo, a análise de linhagens celulares de tumores colorretais revelou uma grande quantidade de mutações pontuais somáticas (SNVs e InDels) em genes codificadores para proteínas de superfície celular (surfaceoma). Estas alterações no surfaceoma indicam potenciais novos alvos para drogas e vias regulatórias alteradas neste tipo de tumor. Além disso, estas mutações pontuais também são responsáveis pela geração de epítopos com potencial imunogênico e estes novos epítopos podem ser aplicados como vacinas antitumorais personalizadas e já haviam sido propostos como uma alternativa terapêutica. A presença de novos epítopos, principalmente nas linhagens com elevadas taxas de mutação (resultante da instabilidade de microssatélites e mutações em genes de reparo de DNA tipo mismatch ou POLE), sugerem também um potencial uso de drogas moduladoras do sistema imune em pacientes com tumores que apresentam estas mesmas características. Portanto, o estudo de alterações genômicas em tumores primários e linhagens de câncer colorretal permitiu a detecção de variações estruturais que foram utilizadas como biomarcadores personalizados em pacientes com tumores de reto assim como a identificação de genes contendo mutações pontuais em linhagens celulares de câncer colorretal, que revelam potenciais novos alvos terapêuticos a serem explorados na clínica

Colorectal cancer is one of the more frequent tumor types in the world. To select the appropriate treatment course, it is necessary to develop more precise diagnostic approaches. The current availability of high throughput genome sequencing methods allows for a comprehensive characterization of the structural and sequence alterations present in each tumor. The use of tumor genome sequencing in a personalized setting can result in tumor specific biomarkers that help evaluate response to treatment and the presence of residual disease, improving the clinical management of these patients, and also reveal sequence alterations in genes capable of serving as new therapeutic targets. In this study we developed an efficient bioinformatics pipeline to identify biomarkers based on the existing structural alterations in rectal tumor genomes, eliminating the need to sequence the matched normal genome and therefore reducing the cost for this approach. The biomarkers found for each of the six patients were used to evaluate the presence of residual disease after treatment through the detection of circulating tumor DNA in plasma samples collected at different points during the treatment. Sequencing tumor genomes with low coverage is therefore a viable and promising alternative to follow up rectal cancer patient's response to treatment. In the second part of this study, the analysis of colorectal cancer cell lines revealed a large quantity of point mutations (SNVs and InDels) in genes coding for proteins located in the cell surface (surfaceome). These alterations in the surfaceome indicate potential new drug targets and altered pathways in this type of tumor. Furthermore, these point mutations are also responsible for the generation of new epitopes with immunogenic potential and these new epitopes can be applied as personalized tumor vaccines and had previously been proposed as a therapeutic alternative. The presence of new epitopes, especially in the cell lines with elevated mutation rates (resulting from MSI and mutations in DNA mismatch-repair genes or POLE), suggests a potential use of immune checkpoint target drugs in patients with tumors that share these genetic characteristics. With a large-scale bioinformatics approach, we detected new tumor epitopes resulting from point mutations, present in most of the cell lines used. The analysis of gene expression data puts into perspective both the somatic mutations found and which targets are promising as well as the development of therapies based on vaccines derived from tumor epitopes. In conclusion, the study of genomic alterations in primary tumors and colorectal cancer cell lines allowed the detection of structural variations that were used as personalized biomarkers in patients with rectal tumors as well as the identification of genes containing point mutations in colorectal cancer cell lines, that reveal potential new therapeutic targets to be explored in the clinical setting
Descritores: Biomarcadores/análise
Neoplasias Colorretais/prevenção & controle
Variação Estrutural do Genoma/genética
-Linhagem Celular Tumoral
Biologia Computacional/métodos
Genoma
Biblioteca Genômica
Tipo de Publ: Estudo de Avaliação
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, M828e. 30100025402-Q


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Id: lil-762905
Autor: Yassien, M.A.M.; Elfaky, M.A..
Título: Overexpression of Salmonella enterica serovar Typhi recA gene confers fluoroquinolone resistance in Escherichia coli DH5α
Fonte: Braz. j. med. biol. res = Rev. bras. pesqui. méd. biol;48(11):990-995, Nov. 2015. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: Deanship of Scientific Research (DSR), King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia.
Resumo: A spontaneous fluoroquinolone-resistant mutant (STM1) was isolated from its parent Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi) clinical isolate. Unlike its parent isolate, this mutant has selective resistance to fluoroquinolones without any change in its sensitivity to various other antibiotics. DNA gyrase assays revealed that the fluoroquinolone resistance phenotype of the STM1 mutant did not result from alteration of the fluoroquinolone sensitivity of the DNA gyrase isolated from it. To study the mechanism of fluoroquinolone resistance, a genomic library from the STM1 mutant was constructed in Escherichia coli DH5α and two recombinant plasmids were obtained. Only one of these plasmids (STM1-A) conferred the selective fluoroquinolone resistance phenotype to E. coli DH5α. The chromosomal insert from STM1-A, digested with EcoRI and HindIII restriction endonucleases, produced two DNA fragments and these were cloned separately into pUC19 thereby generating two new plasmids, STM1-A1 and STM1-A2. Only STM1-A1 conferred the selective fluoroquinolone resistance phenotype to E. coli DH5α. Sequence and subcloning analyses of STM1-A1 showed the presence of an intact RecA open reading frame. Unlike that of the wild-type E. coli DH5α, protein analysis of a crude STM1-A1 extract showed overexpression of a 40 kDa protein. Western blotting confirmed the 40 kDa protein band to be RecA. When a RecA PCR product was cloned into pGEM-T and introduced into E. coli DH5α, the STM1-A11 subclone retained fluoroquinolone resistance. These results suggest that overexpression of RecA causes selective fluoroquinolone resistance in E. coli DH5α.
Descritores: Farmacorresistência Bacteriana/efeitos dos fármacos
Escherichia coli
Fluoroquinolonas/farmacologia
Recombinases Rec A/genética
Salmonella enterica
Sorogrupo
-Western Blotting
Clonagem Molecular
DNA Girase/efeitos dos fármacos
Escherichia coli/classificação
Escherichia coli/efeitos dos fármacos
Escherichia coli/metabolismo
Biblioteca Genômica
INHIBITORY CONCENTRATION ACADEMIES AND INSTITUTES
Testes de Sensibilidade Microbiana
Fases de Leitura Aberta/genética
Reação em Cadeia da Polimerase
Fatores R/metabolismo
Salmonella enterica/classificação
Salmonella enterica/efeitos dos fármacos
Salmonella enterica/genética
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-644573
Autor: Rola, Luciana D; Zanetti, Eveline S; Duarte, José Maurício B.
Título: Avaliação de dois métodos para condicionamento e coleta de sêmen em quatro espécies do gênero Mazama / Assessment of two methods for conditioning and semen collection in four species of Mazama genus
Fonte: Pesqui. vet. bras = Braz. j. vet. res;32(7):658-662, jul. 2012. ilus.
Idioma: pt.
Projeto: Fundação de Apoio à Pesquisa do Estado de São Paulo; . Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
Resumo: O desenvolvimento de técnicas não invasivas para a obtenção de sêmen de cervídeos facilita a criação de bancos genômicos, que são importantes instrumentos para a conservação ex situ e in situ. Este trabalho teve como objetivo criar uma metodologia não-invasiva de coleta de sêmen e comparar duas técnicas de coleta em quatro espécies do gênero Mazama: M. americana, M. gouazoubira, M. nana e M. nemorivaga. Para tanto, foram utilizados seis machos (M) e duas fêmeas (F) da espécie M. americana, 3M e 2F de M. gouazoubira, 1M e 1F de M. nana e 2M e 1F de M. nemorivaga. Para cada técnica testada, foi realizado um período de habituação dos animais ao manejo. Em seguida, duas técnicas de condicionamento e coleta foram avaliadas. Na primeira delas foi utilizada uma fêmea em estro com desvio lateral do pênis para vagina artificial (FEDL), obtendo-se a coleta de 50% dos indivíduos (100% dos machos de M. gouazoubira e 50% dos machos de M. americana), não obtendo ejaculados das demais espécies. Na segunda técnica, utilizando um manequim taxidermizado com urina de fêmea em estro (MUFE) não foi possível a coleta de nenhum ejaculado. Em todas as fases foi observado o comportamento do macho quanto ao tempo de interesse e aproximação, reflexo de "Flehmen", ato de cheirar ou lamber, exposição do pênis, ereção, número de falsas montas, tentativas de cópula e ocorrência de agressividade entre os animais.

The development of noninvasive techniques for obtaining semen from deer facilitates the creation of genome banks, which are important tools for ex situ and in situ conservation. This study aimed to establish a noninvasive method of semen collection and compare two techniques of collection in four species of the genus Mazama: M. americana, M. gouazoubira, M. nana and M. nemorivaga. To achieve this, 6 males (M) and 2 females (F) of the species M. Americana, 3M and 2F of M. gouazoubira, 1M and 1F of M. nana and 2M and 1F of M. nemorivaga were used. For each technique tested, a period of habituation to animal handling was conducted; then, the two conditioning techniques and collection were evaluated. In the first, a female in estrus was used with lateral deviation of the penis to an artificial vagina (FEDL), yielding collection from 50% of the males (100% from M. gouazoubira and 50% from M. americana), with no ejaculate from the remaining species. In the second technique, using a taxidermized dummy with urine from females in estrus (MUFE), no semen collection was possible. During all stages, male behavior was observed regarding the time of interest and approximation, the "Flehmen" response, the act of sniffing or licking, exposure of the penis, erection, number of false mounts, attempts at copulation and the occurrence of aggression between the deer.
Descritores: Antílopes/anatomia & histologia
Copulação/fisiologia
Sêmen
-Biblioteca Genômica
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: lil-520067
Autor: Cantão, M. E; Ferreira, J. E; Lemos, E. G. M.
Título: Optimal clone identifier for genomic shotgun libraries: "OC Identifier tool"
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):743-755, 2007. ilus.
Idioma: en.
Conferência: Apresentado em: X-Meeting 2006 - International Conference of the AB3C, 2, Apresentado em: Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 14, Fortaleza, Aug. 6-10, 2006.
Resumo: In DNA microarray experiments, the gene fragments that are spotted on the slides are usually obtained by the synthesis of specific oligonucleotides that are able to amplify genes through PCR. Shotgun library sequences are an alternative to synthesis of primers for the study of each gene in the genome. The possibility of putting thousands of gene sequences into a single slide allows the use of shotgun clones in order to proceed with microarray analysis without a completely sequenced genome. We developed an OC Identifier tool (optimal clone identifier for genomic shotgun libraries) for the identification of unique genes in shotgun libraries based on a partially sequenced genome; this allows simultaneous use of clones in projects such as transcriptome and phylogeny studies, using comparative genomic hybridization and genome assembly. The OC Identifier tool allows comparative genome analysis, biological databases, query language in relational databases, and provides bioinformatics tools to identify clones that contain unique genes as alternatives to primer synthesis. The OC Identifier allows analysis of clones during the sequencing phase, making it possible to select genes of interest for construction of a DNA microarray.
Descritores: Biologia Computacional
Genoma Bacteriano
Biblioteca Genômica
Software
-Células Clonais
Clonagem Molecular
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Fases de Leitura Aberta
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-520047
Autor: Yazbeck, G. M; Kalapothakis, E.
Título: Isolation and characterization of microsatellite DNA in the piracema fish Prochilodus lineatus (Characiformes)
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):1026-1034, 2007. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: We described five novel microsatellite loci for the piracema fish species Prochilodus lineatus (Characiformes), endemic to South America and of extreme importance to both commercial and artisanal fisheries across its occurrence area. A primary, unenriched genomic library was constructed and radioactively screened for repetitive motifs. Positive clones were automatically sequenced and based on the design of new primers, polymerase chain reaction assays were carried out to determine optimum reaction and electrophoretic conditions for each characterized locus. We evaluated its usefulness in population genetic studies by determining Hardy-Weinberg equilibrium, FIS and a jackknife estimate of the number of alleles for a sample of fish caught below the Funil Hydroelectric Power Plant dam (N = 95), Grande River, Brazil. The number of alleles varied from 3 to 21 and expected heterozygosities ranged from 0.58 to 0.91. Two of five loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. Jackknife estimates of the number of alleles were higher than the observed number of alleles for three loci and could provide a measure of sampling bias. These markers should provide important tools for the determination of genetic structure, stock delimitation and reservoir fish management in the Grande River as well as to improve hatchery practices for environmental mitigation measures and to help sustain fisheries in the river.
Descritores: Genética Populacional
Biblioteca Genômica
Repetições de Microssatélites
Peixes/genética
-Alelos
Sequência de Bases
Brasil
DNA
Heterozigoto
Plasmídeos
Primers do DNA/genética
Limites: Animais
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-520034
Autor: Barbosa-Silva, A; Pafilis, E; Ortega, J. M; Schneider, R.
Título: Development of SRS. php, a Simple Object Access Protocol-based library for data acquisition from integrated biological databases
Fonte: Genet. mol. res. (Online);6(4):1142-1150, 2007. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Data integration has become an important task for biological database providers. The current model for data exchange among different sources simplifies the manner that distinct information is accessed by users. The evolution of data representation from HTML to XML enabled programs, instead of humans, to interact with biological databases. We present here SRS.php, a PHP library that can interact with the data integration Sequence Retrieval System (SRS). The library has been written using SOAP definitions, and permits the programmatic communication through webservices with the SRS. The interactions are possible by invoking the methods described in WSDL by exchanging XML messages. The current functions available in the library have been built to access specific data stored in any of the 90 different databases (such as UNIPROT, KEGG and GO) using the same query syntax format. The inclusion of the described functions in the source of scripts written in PHP enables them as webservice clients to the SRS server. The functions permit one to query the whole content of any SRS database, to list specific records in these databases, to get specific fields from the records, and to link any record among any pair of linked databases. The case study presented exemplifies the library usage to retrieve information regarding registries of a Plant Defense Mechanisms database. The Plant Defense Mechanisms database is currently being developed, and the proposal of SRS.php library usage is to enable the data acquisition for the further warehousing tasks related to its setup and maintenance.
Descritores: Bases de Dados Factuais
Bases de Dados Genéticas
-Biologia Computacional
Biblioteca Genômica
Internet
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-484610
Autor: Barbosa, Anna C. D. R; Galzerani, Felipe; Corrêa, Thaís C; Galetti Júnior, Pedro M; Hatanaka, Terumi.
Título: Description of novel microsatellite loci in the Neotropical fish Prochilodus argenteus and cross-amplification in P. costatus and P. lineatus
Fonte: Genet. mol. biol;31(1,suppl):357-360, 2008. tab.
Idioma: en.
Resumo: Prochilodus is one of the most important fish resources of South America, in addition to the important role it plays in nutrient cycling of Neotropical rivers. In the present study, we describe the isolation and characterization of nine novel microsatellite loci in Prochilodus argenteus. The number of alleles per polymorphic locus varied from 5 (Par76) to 21 (Par85), revealing a total of 116 alleles. The values of observed and expected heterozygosities ranged from 0.629 (Par69) to 0.926 (Par85 and Par86) and from 0.643 (Par66) to 0.931 (Par80), respectively. Furthermore, the ability of these and other previously described microsatellite markers to amplify orthologous loci was tested in two related species, Prochilodus costatus and Prochilodus lineatus. These loci will be useful for studies of population genetic structure in this group of fishes, and in aiding future genetic mapping studies of P. argenteus.
Descritores: Biblioteca Genômica
Repetições de Microssatélites
Peixes/genética
-Sequência de Bases
Cruzamentos Genéticos
Polimorfismo Genético
Limites: Animais
Responsável: BR26.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-429165
Autor: Tchernitchin, Andrei N.
Título: Biodiversidad y patrimonio genético: importancia y proposiciones del Consejo de Desarrollo Sustentable (CDS) de Chile / Biodiversity and genetic patrimony: importance and chilean Sustainable Development Council (SDC) propositions
Fonte: Cuad. méd.-soc. (Santiago de Chile);45(2):93-108, jun. 2005.
Idioma: es.
Resumo: Este documento presenta información básica que avala la importancia de la preservación de la biodiversidad en Chile y del usufructo de las especies que lo constituyen, para asegurar el desarrollo sustentable de nuestro país, permitiendo una mejor calidad de vida para las futuras generaciones. Resume los acuerdos concretos adoptados por consenso en las reuniones plenarias del Consejo de Desarrollo Sustentable de Chile (CDS), con la participación del Colegio Médico de Chile. Estos están dirigidos para asegurar la preservación de la biodiversidad chilena y defender el patrimonio genético de Chile. Estos acuerdos constituyen las recomendaciones del CDS dirigidas al Presidente de la República, con el propósito de lograr dichos objetivos.
Descritores: Biodiversidade
Bancos de Espécimes Biológicos
-Chile/etnologia
DNA
Código Genético
Genoma Humano
Biblioteca Genômica
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-421722
Autor: Magalhães, Juliana Teixeira de; Floresta, Fernanda; Moraes, Célia Alencar de.
Título: Partial characterization of ribosomal operons of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20
Fonte: Braz. j. microbiol;36(2):177-183, Apr.-June 2005. ilus.
Idioma: en.
Resumo: Operons ribossomais têm sido instrumentos importantes na caracterizacão de comunidades microbianas e no estudo de relacionamentos entre microrganismos, principalmente em bactérias do ácido láctico. Operons ribossomais da linhagem probiótica, Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, foram parcialmente caracterizados. Um banco genômico da linhagem foi construído e os clones, contendo parte do operon ribossomal, foram subclonados pelo método de "shot gun", para em seguida serem seqüenciados com primer "forward". As seqüências indicaram a presenca da extremidade 3' do rDNA 16S seguida da região espacadora curta 1 (16S-23S) e a presenca da extremidade 3' do rDNA 23S seguido da região espacadora 2 (23S-5S), que por sua vez precedia o rDNA 5S. Adjacente ao gene rDNA 5S deste operon rrn uma região codificadora de 6 tRNAs foi detectada.
Descritores: DNA Ribossômico
Biblioteca Genômica
Técnicas In Vitro
Ácido Láctico
Lactobacillus
RNA Ribossômico
Óperon de RNAr
-Métodos
Amostragem
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR32.1 - Serviço de Biblioteca e Informação Biomédica



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