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Machado, Luís dos Ramos
Livramento, José Antonio
Id: lil-179844
Autor: Segurado, Aluisio Augusto Cotrim.
Título: HIV: virologia aspectos de interesse clínico / HIV: virology aspects of clinical interest
Fonte: In: Machado, Luís dos ramos; Livramento, José Antonio; Netto, Antonio Spina-França; Nóbrega, José Paulo Smith. Neuroinfecçäo 96. Säo Paulo, Clínica Neurológica HC/FMUSP, 1996. p.98-98.
Idioma: pt.
Conferência: Apresentado em: Simpósio Neuroinfecçäo-96, Säo Paulo, 19-20 abr. 1996.
Descritores: HIV/genética
-Genoma
Limites: Seres Humanos
Animais
Responsável: BR1.1 - BIREME
BR1.1/2736.13; BR599.1; 616.8, C641n, AG. 10001010675


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-995687
Autor: Rossi, Gabriel Augusto Marques; Aguilar, Carlos Eduardo Gamero; Silva, Higor Oliveira; Vidal, Ana Maria Centola.
Título: Bacillus cereus group: genetic aspects related to food safety and dairy processing / Grupo do Bacillus cereus: aspectos genéticos relacionados à segurança alimentar e ao processamento de derivados lácteos
Fonte: Arq. Inst. Biol;85:e0232017, 2018.
Idioma: en.
Projeto: FAPESP.
Resumo: Bacillus cereus group includes not pathogenic and high pathogenic species. They are considered as a risk to public health due to foodborne diseases and as an important cause of economic losses to industries due to production of spoilage enzymes. Some researches have been performed in order to assess the possible factors that contribute to put public health into risk because of consumption of food contaminated with viable cells or toxins which have complex mechanisms of production. The control of these bacteria in food is difficult because they are resistant to several processes used in industries. Thus, in this way, this review focused on highlighting the risk due to toxins production by bacteria from B. cereus group in food and the consequences for food safety and dairy industries.(AU)

Diversas espécies fazem parte do grupo de Bacillus cereus, desde algumas apatogênicas até outras com alta patogenicidade. Consistem em risco à saúde pública decorrentes de toxinfecções alimentares, além de causarem importantes perdas econômicas para as indústrias em virtude da produção de enzimas deteriorantes. O controle da contaminação em alimentos por esses micro-organismos é difícil, visto que são resistentes a vários tratamentos utilizados pelas indústrias. Assim, diante do exposto, esta revisão objetivou fornecer informações em relação aos aspectos genéticos desse grupo de bactérias e seus mecanismos de produção de toxinas, além de ressaltar a importância e as novas estratégias de controle para as companhias alimentícias e de laticínios.(AU)
Descritores: Bacillus cereus/patogenicidade
-Bactérias
Genoma
Inocuidade dos Alimentos
Doenças Transmitidas por Alimentos
Responsável: BR1942.1 - NID - Biblioteca - Núcleo de Informação e Documentação


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-955124
Autor: Ramos, Juliana Nunes; Rodrigues, Izabel dos Santos; Baio, Paulo Victor Pereira; Veras, João Flávio Carneiro; Ramos, Rommel Thiago Jucá; Pacheco, Luis GC; Azevedo, Vasco Ariston; Hirata Júnior, Raphael; Marín, Michel Abanto; Mattos-Guaraldi, Ana Luiza de; Vieira, Verônica Viana.
Título: Genome sequence of a multidrug-resistant Corynebacterium striatum isolated from bloodstream infection from a nosocomial outbreak in Rio de Janeiro, Brazil
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;113(9):e180051, 2018. graf.
Idioma: en.
Resumo: Multidrug-resistant (MDR) Corynebacterium striatum has been cited with increased frequency as pathogen of nosocomial infections. In this study, we report the draft genome of a C. striatum isolated from a patient with bloodstream infection in a hospital of Rio de Janeiro, Brazil. The isolate presented susceptibility only to tetracycline, vancomycin and linezolid. The detection of various antibiotic resistance genes is fully consistent with previously observed multidrug-resistant pattern in Corynebacterium spp. A large part of the pTP10 plasmid of MDR C. striatum M82B is present in the genome of our isolate. A SpaDEF cluster and seven arrays of CRISPR-Cas were found.
Descritores: Infecção Hospitalar/transmissão
Genoma/genética
Infecções por Corynebacterium/terapia
-Brasil/epidemiologia
Limites: Seres Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Saúde Pública
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Id: lil-772139
Autor: Roach, Allana; Warner, Wayne A; Llanos, Adana A. M.
Título: Building capacity for human genetics and genomics research in Trinidad and Tobago / Aumento de la capacidad de investigación en genética y genómica humanas en Trinidad y Tabago
Fonte: Rev. panam. salud pública = Pan am. j. public health;38(5):425-430, Nov. 2015. tab.
Idioma: en.
Resumo: Advances in human genetics and genomic sciences and the corresponding explosion of biomedical technologies have deepened current understanding of human health and revolutionized medicine. In developed nations, this has led to marked improvements in disease risk stratification and diagnosis. These advances have also led to targeted intervention strategies aimed at promoting disease prevention, prolonging disease onset, and mitigating symptoms, as in the well-known case of breast cancer and the BRCA1 gene. In contrast, in the developing nation of Trinidad and Tobago, this scientific revolution has not translated into the development and application of effective genomics-based interventions for improving public health. While the reasons for this are multifactorial, the underlying basis may be rooted in the lack of pertinence of internationally driven genomics research to the local public health needs in the country, as well as a lack of relevance of internationally conducted genetics research to the genetic and environmental contexts of the population. Indeed, if Trinidad and Tobago is able to harness substantial public health benefit from genetics/genomics research, then there is a dire need, in the near future, to build local capacity for the conduct and translation of such research. Specifically, it is essential to establish a national human genetics/genomics research agenda in order to build sustainable human capacity through education and knowledge transfer and to generate public policies that will provide the basis for the creation of a mutually beneficial framework (including partnerships with more developed nations) that is informed by public health needs and contextual realities of the nation.

Los avances en materia de ciencias genéticas y genómicas humanas y la correspondiente expansión de las tecnologías biomédicas han ampliado la comprensión actual de la salud humana y han revolucionado la medicina. En las naciones desarrolladas, ello ha conducido a intensas mejoras en la estratificación del riesgo y el diagnóstico de las enfermedades. Estos avances también han conducido a estrategias de intervención dirigidas a promover la prevención de las enfermedades, retardar su aparición, y atenuar sus síntomas, como en el caso del cáncer de mama y el gen BRCA1. Por el contrario, en Trinidad y Tabago, nación en desarrollo, esta revolución científica no se ha traducido en la elaboración y aplicación de intervenciones eficaces basadas en la genómica para mejorar la salud pública. Aunque las razones de ello son multifactoriales, el motivo subyacente puede radicar en la falta de adecuación de la investigación genómica a escala internacional a las necesidades locales de salud pública del país, así como a la escasa relevancia de la investigación en genética realizada internacionalmente para los contextos genéticos y ambientales de la población. En efecto, para que Trinidad y Tabago pueda aprovechar los sustanciales beneficios en materia de salud pública de la investigación en genética y genómica, es extremadamente necesario, en un futuro próximo, desarrollar la capacidad local para la realización y traducción de ese tipo de investigación. En concreto, es esencial establecer un programa nacional de investigación en genética y genómica humanas con objeto de desarrollar una capacidad humana sostenible mediante la educación y la transferencia de conocimientos, y generar políticas públicas que proporcionen la base para la creación de un marco mutuamente beneficioso (incluidas las alianzas con naciones más desarrolladas) fundamentado en las necesidades de salud pública y en las realidades contextuales del país.
Descritores: Mapeamento Cromossômico/estatística & dados numéricos
Genoma/genética
-Trinidad e Tobago
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-947751
Autor: Brito, Silvan Gomes de; Melo Filho, Péricles de Albuquerque; Silva, Mairykon Coelho da; Arcelino, Eliane Cristina; Coutinho, Alisson Esdras; Neder, Diogo Gonçalves.
Título: Otimização do mapeamento genético vegetal de populações duplo-haplóide via simulação computacional / Optimization of vegetal genetic mapping of double-haploid populations via computational simulation
Fonte: Biosci. j. (Online);30(3 Supplement):311-317, 2014. tab.
Idioma: pt.
Resumo: O mapeamento genético é um passo necessário para entender a organização genômica e a relação entre genes e o fenótipo. Um dos principais problemas está em encontrar a ordem, o espaçamento correto dos marcadores em um mapa genético, assim como o número de indivíduos a compor uma população. Deste modo, o objetivo deste estudo foi avaliar o nível de saturação do genoma e o tamanho ideal de populações simulada duplo-haplóide para a construção de mapas de ligação mais confiáveis por meio de simulação computacional. Foram simulados genomas parentais e populações duplo-haplóide considerando marcadores moleculares do tipo dominante, espaçados de forma equidistante a 5, 10 e 20 cM. Os tamanhos das populações geradas foram de 100, 200, 300, 500, 800 e 1000 indivíduos, com dez grupos de ligação cada e 100 repetições por amostra. Procedeu-se a análise de todas as populações geradas obtendo um genoma analisado o qual foi comparado com o genoma simulado inicialmente. Observou-se que o tamanho ideal de populações duplo-haplóide para mapeamento genético foi de no mínimo 200, 500 e 1000 indivíduos para genomas saturados, medianamente saturados e com baixa saturação. Populações de mesmo tamanho tendem a produzir mapas com maior acurácia em níveis de saturação do genoma mais elevados.

Genetic mapping is a necessary step to understand the genomic organization and the relationship between genes and phenotypes. A major problem is to find the order, the correct spacing of the markers in a genetic map, and the number of individuals to compose a population. Thus, the objective of this study was to evaluate the saturation level of the genome and the optimal size of simulated double-haploid populations for the construction reliable linkage maps by means of computer simulation. Parental genomes and double-haploid populations were simulated considering dominant molecular markers, spaced equidistantly at 5, 10 and 20 cM. The sizes of the generated populations were 100, 200, 300, 500, 800 and 1000 individuals, with ten linking groups and 100 replicates per sample. It was proceeded the analysis of all generated population obtaining a genome which was compared with the first simulated genome. It was observed that the optimal size of double-haploid populations for genetic mapping has been at least 200, 500 and 1000 individuals for saturated genomes, medium unsaturated and low saturation. Populations of the same size tend to produce maps with greater accuracy in higher levels of genome saturation.
Descritores: Mapeamento Cromossômico
Genoma
Melhoramento Vegetal
Responsável: BR396.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-791670
Autor: Branco, Alan T.
Título: The evolution of genetics to genomics
Fonte: Rev. bras. crescimento desenvolv. hum;26(1):28-32, 2016.
Idioma: en.
Resumo: Development of civilizations and the technology of Development improvement of crop and animals have been under human control for more than 10.000 years. Despite the term Genetics started being employed a few centuries ago, its practice is ancient and responsible for thriving of the human society to the point we see now. The recent advances in this field started with the theories of evolution, mathematical models to predict traits, and studies at cellular level. The explosion of knowledge on the last few decades associated with the advancing of internet and computers led to advent of a new discipline in genetics: genomics. Here is discussed the transition from genetics to genomics and some of the main factors that were responsible for this progress. Nowadays genomics is part of most of life science studies and the outcomes are leading to outstanding discoveries on how the genome is precisely concerted; the findings have been crucial to understand human illness and for development of personalized and more precise medical treatment.

O desenvolvimento das civilizações e a tecnologia de melhoramento genético de culturas e animais têm sido controlados pelos seres humanos por mais de 10.000 anos. Apesar do termo "Genética" ter começado a ser utilizado há poucos séculos, a sua prática é antiga e responsável pelo progresso da sociedade humana ao ponto que vivemos atualmente. Os recentes avanços neste campo começaram com as teorias sobre evolução, desenvolvimento de modelos matemáticos para prever características de interesse e estudos a nível celular. A explosão de conhecimento na genética que tem ocorrido nas últimas décadas associada aos avanços da internet e computadores levaram ao surgimento de um novo campo dentro da genética: genômica. Neste texto são discutidos a transição da genética à genômica e alguns dos principais fatores responsáveis por este progresso. Atualmente a genômica faz parte de vários estudos que envolvem ciências da vida e os resultados obtidos estão levando a extraordinarias descobertas acerca da precisa regulação dos genomas; estes achados têm sido cruciais para entender doenças humanas e para o desenvolvimento de tratamentos médicos personalizados e mais precisos.
Descritores: Desenvolvimento Tecnológico
Genoma
Genética
Modelos Teóricos
Limites: Seres Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência


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Id: biblio-941508
Autor: Mount, David W.
Título: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis.
Fonte: New York; Cold; 2004. 692 p.
Idioma: en.
Descritores: Biologia Computacional/instrumentação
Biologia Computacional/métodos
Genoma/genética
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 572, M928b, 2nd ed. / 2004. 018094


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Id: biblio-941236
Autor: Lynch, Michael.
Título: The origins of genome architecture.
Fonte: Sunderland; Sinauer Associates; 2007. 494 p.
Idioma: en.
Descritores: Genoma/genética
Genoma/imunologia
Genoma/fisiologia
Limites: Masculino
Feminino
Seres Humanos
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 572.8, L987o, 2007. 014754


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Id: biblio-913920
Autor: Gutierrez, Carolina Torres.
Título: O subgênero Culex na América do Sul (Diptera: Culicidade) / The subgenus Melanoconion of Culex (Diptera: Culicidae) in South America.
Fonte: São Paulo; s.n; 2015. 168 p.
Idioma: en.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo, Faculdade de Saúde Pública, Departamento de Epidemiologia para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Introdução - Algumas espécies de Culex (Melanoconion) são consideradas vetores de vírus do complexo da Encefalite Equina Venezuelana e do Vírus do Nilo Ocidental. O subgênero Melanoconion é considerado grupo taxonômico diverso, amplamente distribuído nos países do continente americano, com exceção do Chile e Canadá. A diferenciação das espécies implica grande dificuldade taxonômica, dependendo de estudos dos caracteres morfológicos da genitália dos machos. Contudo o estudo da genitália masculina demanda destreza na dissecção das respectivas estruturas. A classificação atual do subgênero inclui 160 espécies distribuídas em dois grupos principais, a Seção Melanoconion e a Seção Spissipes. Estas seções estão subdivididas em agrupamentos não formais que foram propostos de maneira a englobar as espécies morfologicamente semelhantes, em especial por caracteres da genitália masculina. Objetivos - Investigar as relações filogenéticas entre as espécies do subgênero, e testar a classificação atual proposta por Sirivanakarn (1983). O estudo avaliou o monofiletismo das seções Melanoconion e Spissipes, e de alguns agrupamentos incluídos em cada uma. Métodos - A partir de amostra composta por 106 espécimes do subgênero (46 espécies) e empregando fragmentos de dois genes nucleares de cópia única (CAD, HB), e do gene mitocondrial (COI), foram propostas hipóteses sobre relações filogenéticas. As análises filogenéticas empregaram os métodos estatísticos de Máxima Verossimilhança e de análise Bayesiana. Resultados e Discussão - Apresenta-se a primeira hipótese filogenética de espécies do subgênero Melanoconion baseada informações de três genes. Os resultados obtidos corroboram o monofiletismo das duas seções. As espécies incluídas na Seção Spissipes estão subdivididas em grupos que refletem a história evolutiva e, portanto, correspondem a grupos naturais que compartilham ancestral comum. Portanto, propomos a revalidação do subgênero Helcoporpa Dyar transferindo para ele todas as espécies até agora incluídas na Seção Sipissipes, com exceção do Culex nicaroensis. Por outro lado, a Seção Melanoconion é formada por grupos monofiléticos e outros grupos polifiléticos ou parafiléticos. Este fato sugere que serão necessários rearranjos taxonômicos na Seção Melanoconion, além de estudos mais abrangentes tanto em relação à amostra de espécies como outros genes. Os resultados aqui descritos mostram que o gene COI pode ser utilizado como ferramenta complementar para facilitar a identificação taxonômica das espécies de Melanoconion. Adicionalmente, os genes nucleares, quando analisados em conjunto, proporcionaram informação suficiente na diferenciação de seções, grupos não formais e espécies do subgênero. O uso dos três marcadores moleculares é recomendado para estudo da filogenia de Culex (Melanoconion). Este estudo contribui com informação nova e útil para melhor compreender a classificação de Melanoconion e auxiliar na identificação das espécies.

Introduction - Some of the species of Culex (Melanoconion) Theobald are recognized as vectors of arboviruses such as Venezuelan Equine Encephalitis Virus complex and West Nile Virus. Melanoconion is considered taxonomically diverse and widely distributed in the Americas, with the exception of Chile and Canada. The species of this subgenus pose a real taxonomical challenge as the identification based on morphological traits focuses mainly on the male genitalia that require well-trained skills for dissection of the structures. The current classification of the subgenus recognizes 160 species divided in two major groups, Melanoconion Section and Spissipes Section. Each one of these sections are further divided into non-formal groupings proposed to include morphologically similar species, mainly based on male genitalia characters. Research objectives - To investigate phylogenetic relationships between species of the subgenus Melanoconion of Culex by testing the current classification by Sirivanakarn (1983). We intended to evaluate the monophyly of the two major sections of the subgenus and some of the non-formal groups included in each section. Methods - Our sample taxa included 106 specimens of Melanoconion (46 species), from which we used fragments of two single-copy nuclear genes (CAD, HB) and the mitochondrial gene COI. We raised phylogenetic hypotheses about the subgenus Melanoconion based on analyses that used statistical methods such as Maximum likelihood and Bayesian inference. Results and Discussion - We present the first molecular phylogeny of Melanoconion based on information provided by three genes. The obtained phylogenetic trees strongly support that both sections, Melanoconion and Spissipes, are monophyletic groups. Furthermore the Spissipes Section showed phylogenetic lineages consistent with morphological classification. Thus we strongly recommend the resurrection of subgenus Helcoporpa Dyar to include species until now considered as Spissipes Section, with the exception of Culex nicaroensis. As for the Melanoconion Section, several non-formal groupings corresponded to polyphyletic or paraphyletic groups, with only a few having monophyletic origins. This fact suggests that future taxonomic rearrangements should be consider for Melanoconion Section, as well as a wider sampling of species and molecular markers. Our results confirmed the use of COI gene as a complementary tool for taxonomical identifications. Additionally, the performance of nuclear genes, when analyzed together, was highly informative, showing resolution between the two sections and also for species level. As for tools to infer phylogeny, our data are in agreement with the use of multi loci approach, in order to propose a phylogenetic hypothesis. Our results contribute with new information that improves the classification of subgenus Melanoconion and provides useful data to help with the identification tasks.
Descritores: Culex/classificação
Genoma
Genoma de Inseto
Biologia Molecular
Filogenia
Responsável: BR67.1 - CIR - Biblioteca - Centro de Informação e Referência
BR67.1; DR1212


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Id: biblio-847160
Autor: Navarro, Fábio Cassarotti Parronchi.
Título: A retrotransposição de mRNAs como fator de variabilidade genética no genoma humano e de outros primatas / The retrotransposition of mRNAs as a factor of genetic variability in the human and other primates genomes.
Fonte: São Paulo; s.n; 2014. 215 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Instituto de Química para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Duplicação genica é uma das principais forças levando a evolução dos genomas eucarioto. O impacto de duplicações gênicas/genômicas vem sendo investigado a muito tempo em humanos e outros primatas. Um segundo mecanismo de duplicação gênica, a retrotransposição baseada em RNA maduros, vem sendo menos estudada devido ao seu potencial menor de gerar cópias funcionais. No entanto, recentemente, publicações descreveram retrocópias funcionais em humanos, roedores e mosca de fruta. Nesta tese, para investigar sobre retrocópias causando variabilidade genética no genoma de primatas, nós desenvolvemos a implementamos os métodos para detectar estas inserções. Utilizando nove genomas e transcriptomas publicamente disponíveis (sete primatas e dois roedores) nós confirmamos um número similar, porém, com origem independente, de retrocópias em primatas e roedores. Nós também encontramos um enriquecimento de retrocópias no genoma de Platyrrhini, possivelmente explicado pela expansão de L1PA7 e L1P3 nestes genomas. Posteriormente, nós analisamos a ortologia de retrocópias no genoma de primatas e encontramos 127 eventos específicos à linhagem humana. Nós também exploramos dados do projeto 1000 Genomes para detectar retrocópias polimórficas (retroCNVs germinativos) e encontramos 17 eventos, presentes no genoma referência humano, mas ausentes em mais de um indivíduo. Similarmente, nós investigamos novas retroduplicações de mRNAs no genoma humano, detectando 21 eventos ausentes do genoma referência. Finalmente, investigamos a existência de retroCNVs somáticos e descrevemos sete possíveis retrocópias somáticas. Apesar de sua possível insignificância, nós encontramos que algumas retrocópias compartilhadas entre todos os primatas, espécie específicas, e polimórficas podem ser expressas per se ou como transcritos quiméricos com genes hospedeiros. Sobretudo, nós encontramos que retrocópias são um fator importante da variabilidade genética inter-espécie, intra-espécie e intra-indivíduo e podem estar influenciando a evolução de mamíferos ao criar reservatórios de duplicações potencialmente funcionais

Gene duplication is a major driving force of evolution in eukaryotic genome. The impact of gene/genomic duplication has long been investigated in human and other primates. A second mechanism of gene duplication, retrotransposition, which is based on mature RNA, has been traditionally less studied due to their lower potential to generate functional copies. Recently, however, publications described functional retrocopies in humans, murines and drosophila. Here, to gain insights of the genetic variability arising from retrocopies on primate genomes, we developed and implemented the methods to detect these insertions. Using nine publicly available reference genomes and transcriptomes (seven primates and two rodents) we described a similar number independently arisen retrocopies in primates and rodents. We also found an enrichment of retrocopies in Platyrhinni genomes, putatively explained by the expansion of L1PA7 and L1P3 in these genomes. Next, we evaluated the orthology of retrocopies in primate genomes and found 127 events specific to human lineage. We also explored 1000 Genomes Project data to detect polymorphic events (germinative retroCNVs) on human populations and found 17 events, present on the reference genome, absent in more than one individual. Conversely, we also investigated new insertions of mRNA retroduplications in the human genome, detecting 21 events absent to the human reference genome. Finally, we evaluated the existence of somatic retroCNVs and described seven putative somatic retrocopies. Despite their putative insignificance, we found that some of these shared, specie-specific and polymorphic events may be expressed per se and as chimeric transcripts within host genes. Taken together, we found that retrocopies are a great factor of genetic variation interspecie, intraspecie e intraindividual and may be affecting mammal evolution by creating reservoirs of potentially functional duplications
Descritores: Primatas/genética
-Computação em Nuvem/estatística & dados numéricos
Biologia Computacional/métodos
Edição de Genes
Terapia Genética/normas
Genoma
Variação Estrutural do Genoma
Polimorfismo Genético/genética
Transcriptoma/genética
Limites: Seres Humanos
Animais
Masculino
Feminino
Gravidez
Recém-Nascido
Lactente
Pré-Escolar
Criança
Adolescente
Adulto
Meia-Idade
Idoso
Idoso de 80 Anos ou mais
Gatos
Bovinos
Embrião de Galinha
Cães
Cobaias
Cricetinae
Camundongos
Coelhos
Ratos
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T 574.88, N322r. 30100025420-Q



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