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Base de dados : LILACS
Pesquisa : G05.360.340.024.340 [Categoria DeCS]
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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-1340177
Autor: Mungmunpuntipantip, Rujittika; Wiwanitkit, Viroj; Colet, Christiane de Fátima.
Título: Polymorphism of the CYP2C9 and VKORC1 genes: a comment
Fonte: J. vasc. bras;20:e20210108, 2021.
Idioma: en.
Descritores: Polimorfismo Genético
Citocromo P-450 CYP2C9
-Varfarina/efeitos adversos
Genes
Tipo de Publ: Carta
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1038791
Autor: Vergara, José Gabriel; Verbel-Vergara, Daniel; Montesino, Ana Milena; Pérez-Doria, Alveiro; Bejarano, Eduar Elías.
Título: Estimación del tiempo límite de detección del gen citocromo b de humanos en hembras de Lutzomyia evansi / Estimation of time detection limit for human cytochrome b in females of Lutzomyia evansi
Fonte: Biomédica (Bogotá);37(supl.2):187-192, jul.-set. 2017. tab, graf.
Idioma: es.
Resumo: Resumen Introducción. Las técnicas de biología molecular han permitido ampliar el conocimiento sobre las fuentes de ingestión de sangre de los insectos vectores. Sin embargo, la utilidad de estas técnicas depende de la cantidad de sangre ingerida y del proceso de digestión en el insecto. Objetivo. Determinar el tiempo límite de detección del gen citocromo b (Cyt b) de humanos en hembras de Lutzomyia evansi alimentadas experimentalmente. Materiales y métodos. Se evaluaron ocho grupos de hembras de L. evansi alimentadas con sangre humana, las cuales fueron sacrificadas en intervalos de 24 horas desde el momento de la ingestión sanguínea. Se extrajo el ADN total de cada hembra y se amplificó un segmento de 358 pb del gen Cyt b. Los productos amplificados fueron sometidos a un análisis de polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP), con el fin de descartar falsos positivos. Resultados. El segmento del gen Cyt b de humanos fue detectado en 86 % (49/57) de las hembras de L. evansi a partir de las 0 horas y hasta 168 horas después de la ingestión de sangre. En 7 % (4/57) de los individuos se amplificó el ADN del insecto y en el 7 % restante no se amplificó la banda de interés. No se encontraron diferencias estadísticas en cuanto a la amplificación del segmento del gen Cyt b de humanos ni al número de muestras amplificadas entre los grupos de hembras sacrificadas a distintas horas después de la ingestión. Conclusión. El segmento del gen Cyt b de humanos fue detectable en hembras de L. evansi hasta 168 horas después de la ingestión de sangre.

Abstract Introduction: Molecular biology techniques have allowed a better knowledge of sources of blood meals in vector insects. However, the usefulness of these techniques depends on both the quantity of ingested blood and the digestion process in the insect. Objective: To identify the time limit for detection of the human cytochrome b (Cyt b) gene in experimentally fed females of Lutzomyia evansi. Materials and methods: Eight groups of L. evansi females were fed on human blood and sacrificed at intervals of 24 hours post-ingestion. Total DNA was extracted from each female and a segment of 358 bp of Cyt b was amplified. In order to eliminate false positives, amplification products were subjected to a restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. Results: The human Cyt b gene segment was detected in 86% (49/57) of the females of L. evansi, from 0 to 168 hours after blood ingestion. In 7% (4/57) of the individuals we amplified insect DNA, while in the remaining 7%, the band of interest was not amplified. We did not find any statistical differences between groups of females sacrificed at different times post-blood meal regarding the amplification of the human Cyt b gene segment or the number of samples amplified. Conclusion: The human Cyt b gene segment was detectable in L. evansi females up to 168 hours after blood ingestion.
Descritores: Psychodidae/fisiologia
Proteínas Sanguíneas/análise
Citocromos b/análise
Insetos Vetores/fisiologia
-Fatores de Tempo
Simulação por Computador
Polimorfismo de Fragmento de Restrição
DNA/análise
Proteínas Sanguíneas/farmacocinética
Citocromos b/farmacocinética
Digestão
Comportamento Alimentar
Limite de Detecção
Genes
Limites: Animais
Feminino
Humanos
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1367539
Autor: Razavi, Seyedeh Medisa Sadat; Maleki, Narges; Jamshidian, Faranak.
Título: The possibility of early diagnosis of colorectal cancer through expression of Lncrna UCA1, Lncrna LINC00970, and Wnt genes; an in-vitro study
Fonte: Acta sci., Health sci;44:e56960, Jan. 14, 2022.
Idioma: en.
Resumo: Colorectal cancer is the 4thcause of cancer death; with considering the growth process of this cancer and the necessity of early diagnosis, the purpose of the research is to state the LncRNA 00970, LncRNA UCAI,and the Wntgene before and after the treatment by 5-Azacytidine epigenetic medicine, to reach the biomarker in the very first steps of colorectal cancer. In this experiment, the human colon cancer cell line (HT29) treated with different concentrations of 5-aza-2'-deoxycytidine (5-aza-dC) was utilized to induce DNA demethylation; Quantitative PCR (qPCR) was used to measure LncRNA UCA1and LncRNA LINC00970 and Wntexpression. There was a significant relationship between the expression of LncRNA 00970, LncRNA UCAI,and the Wntgene and its effects on colorectal (p < 0.05). The Wntgene was treated by 1 and 10 of 5-Azacytidine epigenetic medicine, which then experienced decreases. In LncRNA UCAI and LncRNA00970 in dose 1 micromolar of 5-Azacytidine had decrement and increment of expressionrespectively that explains their efficiency but in treatment by dose 10 mM of this medicine, no significant LncRNA expression difference was detected, 5-azacitidine has a direct impact on its target genes and LncRNAs.Therefore, it can be used in the early diagnosis of colorectal cancer.
Descritores: Técnicas In Vitro/métodos
DNA/análise
Neoplasias Colorretais/tratamento farmacológico
Neoplasias Colorretais/terapia
Neoplasias do Colo/diagnóstico
Diagnóstico Precoce
-Azacitidina/análise
Azacitidina/antagonistas & inibidores
Biomarcadores
Neoplasias Colorretais/mortalidade
Linhagem Celular/efeitos dos fármacos
Neoplasias do Colo/tratamento farmacológico
Neoplasias do Colo/terapia
Epigenômica
RNA Longo não Codificante
RNA Longo não Codificante/efeitos dos fármacos
Genes
Tipo de Publ: Ensaio Clínico Controlado
Estudo de Avaliação
Responsável: BR513.1 - Biblioteca Central


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Id: lil-547666
Autor: Sobrinho, Celestino Próspero de Souza; Gragnani, Alfredo; Santos, Ivan Dunshee de Abranches Oliveira; Oliveira, Andréa Fernandes de; Garcia, José Eduardo; Ferreira, Lydia Masako.
Título: Cutaneous melanoma and telomerase
Fonte: Appl. cancer res;29(2):58-64, Apr.-June 2009.
Idioma: en.
Resumo: There are cells that suffer uncontrolled growth with loss of contact inhibition and alterations in the nucleus, affecting the maintenance of telomeres in the chromosomes, forming a tumor. Telomeres have a tendency to merge, making repairs of DNA impracticable, taking the loss of genetic information and producing chromosomal aberrations. In relation to telomeres, there is a protein known as telomerase, hyperactive in several neoplasms, such as melanoma. The integrity and stability of chromosomes is one of the key factors that must be maintained for good functioning and propagation of an organism. In this revision, only aspects related to melanoma, telomeres and telomerase are addressed, pointing to the contribution of genetic and mutagenic environmental factors for carcinogenic development.
Descritores: Cromossomos
Genes
Melanoma
Telomerase
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: lil-547669
Autor: Giovanini, Allan Fernando; Zielak, João Cesar; Matsubara, Fernanda; Urban, Cicero Andrade; Pizzatto, Eduardo.
Título: Immunoexpression of p53 and p16 proteins as biomarkers in oral carcinogenesis
Fonte: Appl. cancer res;29(2):83-88, Apr.-June 2009. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Objective: Defects in the cell cycle control system can lead to phenotype changes and consequently to the progression of oral cancer. Thus, the aim of this study was to analyze the immunohistochemical expression of p53 and p16 and their connection with hyperplastic and neoplastic progression. Materials and Methods: Sixty-four histopathologic specimens were submitted to immunohistochemical technique to anti-p53 and anti-p16. Results: This study showed a significant increase in the level of p53 in dysplasia and oral carcinomas. Regarding p16 immunoexpression, a decrease was observed in mild to moderate dysplasia, and remained consnt between moderate dysplasia to poorly differentiated carcinoma. Conclusion: The study confirmed that the higher expression of p53 protein plays a significant role in tumor development and oral cancer progression, while the loss of p16 expression seems to be related only for the progression of carcinogenesis.Keywords: Proteins. Immunohistochemical. Genes, p53. Genes, p16. Mouth. Neoplasms.
Descritores: Genes
GENES, PABNORMALITIES, MULTIPLE
GENES, PDIPETALONEMA INFECTIONS
Imuno-Histoquímica
Boca
Neoplasias
Proteínas
-Genes Supressores de Tumor
Estruturas Genéticas
Neoplasias Bucais
Limites: Humanos
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: biblio-1392154
Autor: Cassiani, CA; Blanco, A; Arismendy, YA; Socarrás, NM.
Título: Etiopathogenesis of drug dependence: an explanatory synthesis from an epigenetic perspective / Etiopatogenia de las drogodependencias: una síntesis explicativa desde una perspectiva epigenética / Etiopatogenia das toxicodependências: uma síntese explicativa a partir de uma perspectiva epigenética
Fonte: Medicina UPB;41(2):133-144, julio-diciembre 2022.
Idioma: en.
Resumo: The use of substances with addictive potential is a relevant health problem. Scientific evidence suggests that the underlying mechanisms that regulate behavioral processes in addictions involve a complex interplay between genetic and environmental factors. Therefore, this narrative review aims to provide a framework to synthesize the evidence on gene-environment-agent interactions from the perspective of the natural history of the disease and the stages of the addictive process for alcohol, nicotine, cannabis, psychostimulants, and opioids. In this review, we conducted an exhaustive literature search without time limits in PubMed, Ebsco, Lilacs, and SciELO, reviewing the title and abstract we selected original articles in humans or animals that addressed the etiology of addictions according to the methodological approach of gene-environment (G-E) interaction, including articles in Spanish, English, and Portuguese. Genetic studies have revealed the critical role of epigenetic modifiers (histone acetylation) in maintaining brain homeostasis in pathological conditions and focusing on G-E interactions will also allow characterizing subgroups (based on environmental factors) at high risk for addictive behaviors that can be targeted for specific interventions, Thus, treatment strategies should encompass a combination of psychosocial interventions with gene therapy involving pharmacological manipulations of histones that may contribute to design better therapies and perhaps lead to more successful management of drug dependencies.

El consumo de sustancias con potencial adictivo es un problema relevante de salud. La evidencia científica sugiere que los mecanismos subyacentes que regulan los procesos comportamentales en las adicciones involucran un complejo interjuego entre factores genéticos y ambientales. Por lo tanto, esta revisión narrativa tiene como objetivo aportar un marco de referencia que permita sintetizar la evidencia sobre interacciones genes- ambiente-agente desde la perspectiva de la historia natural de la enfermedad y los estadios del proceso adictivo para: alcohol, nicotina, cannabis, psicoestimulantes y opioides. En esta revisión realizamos una búsqueda exhaustiva de la literatura sin límites de tiempo en PubMed, Ebsco, Lilacs y SciELO, revisando el título y el resumen se seleccionaron artículos originales en humanos o animales que abordaran la etiología de las adiciones según el enfoque metodológico de interacción entre genes y ambiente (G-A), incluyendo artículos en español, inglés y portugués. Los estudios genéticos han revelado el papel crítico de los modificadores epigenéticos (acetilación de las histonas) en mantener la homeóstasis cerebral en condiciones patológicas y enfocarse en las interacciones G-A también permitirá caracterizar subgrupos (basados en los factoresambientales) de alto riesgo para conductas adictivas que pueden ser objeto de intervenciones específicas, por lo que, las estrategias de tratamiento deben englobar una combinación de intervenciones psicosociales con terapia génica que involucren las manipulaciones farmacológicas de las histonas que pueden contribuir a diseñar mejores terapias y tal vez conducir a un manejo más exitoso de las drogodependencias.

O consumo de substâncias com potencial viciante é um relevante problema de saúde. Evidências científicas sugerem que os mecanismos subjacentes que regulam os processos comportamentais em vícios envolvem uma interação complexa entre fatores genéticos e ambientais. Portanto, esta revisão narrativa visa fornecer um quadro de referência que permita sintetizar as evidências sobre interações gene-ambiente-agente sob a perspectiva da história natural da doença e as etapas do processo de dependência para: álcool, nicotina, cannabis, psicoestimulantes e opióides. Nesta revisão, realizamos uma busca exaustiva da literatura sem limites de tempo no PubMed, Ebsco , Lilacs e SciELO, revisando o título e o resumo, foram selecionados artigos originais em humanos ou animais que abordassem a etiologia dos acréscimos de acordo com a abordagem metodológica de interação entre genes e ambiente (GA), incluindo artigos em espanhol, inglês e português. Estudos genéticos revelaram o papel crítico dos modificadores epigenéticos (acetilação de histonas) na manutenção da homeostase cerebral em condições patológicas, e o direcionamento das interações GA também permitirá caracterizar subgrupos (com base em fatores ambientais) de alto risco para comportamentos aditivos que podem ser alvo de ataques específicos. intervenções, portanto, as estratégias de tratamento devem abranger uma combinação de intervenções psicossociais com terapia gênica envolvendo manipulações farmacológicas de histonas que podem contribuir para projetar melhores terapias e talvez levar a um manejo mais bem-sucedido das dependências de drogas.
Descritores: Comportamento Aditivo
-Cannabis
Epigenômica
Genes
Analgésicos Opioides
Limites: Humanos
Animais
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CO101.1 - BCdeS - Biblioteca Ciencias de la Salud


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Id: lil-442297
Autor: Achatz, Maria Isabel Waddington; Hainaut, Pierre.
Título: TP53 Gene and Li-Fraumeni Syndrome
Fonte: Appl. cancer res;25(2):51-57, Apr.-June 2005.
Idioma: en.
Resumo: Cancer is a disease that strikes most families and itsdevastating effects bring suffering and instability to bothpatient and family. Clustering of cancers in certainfamilies is even more devastating, leading medicine tostudy its origin and ways to prevent it. Many cancersyndromes have been identified due to the repeatedoccurrence of specific tumors over a certain age-range.The rare cancer predisposition Li-Fraumeni syndrome(OMIM #151623; LFS) is transmitted in an autosomaldominant pattern, which predisposes affectedindividuals to an increased risk of developing a varietyof cancers at an early age, including childhood. The mostcharacteristic forms of cancers in LFS include soft-tissuesarcoma, breast cancers, brain tumors, and adrenocorticalcarcinomas. LFS is a dominantly inherited syndrome,frequently associated with germline mutations in theTP53 gene (OMIM #191170), which encodes protein p53.This protein regulates cell cycle, apoptosis, DNA repair,differentiation, senescence and development. Activationof p53 prevents DNA replication and cell proliferationwhen cells are subjected to stress that may disturb geneticor genomic integrity. Thus, TP53 acts as a major tumorsuppressor gene by exerting simultaneous control onmany components of the molecular mechanisms ofcarcinogenesis. Loss of p53 function may favor cancerdevelopment and explains predisposition in germlineTP53 mutation carriers. This review will discuss the maincharacteristics of TP53, its regulation, the consequencesof its inactivation in cancer, the germline TP53 mutationrelated to Li-Fraumeni syndrome and strategies forsurveillance.
Descritores: Genes
GENES, PDIPETALONEMA INFECTIONS
Síndrome de Li-Fraumeni
-Síndrome de Li-Fraumeni/diagnóstico
Síndrome de Li-Fraumeni/epidemiologia
Limites: Humanos
Responsável: BR30.1 - Biblioteca


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Id: biblio-976281
Autor: Ospino Bejarano, KA; Castilla Pérez, MG; Sánchez-Mora, RM.
Título: Resistencia microbiana desde una perspectiva metagenómica / Microbial resistance from one metagenomic perspective
Fonte: NOVA publ. cient;16(29):91-100, ene.-jun. 2018. graf.
Idioma: es.
Resumo: Resumen Objetivo. La finalidad de esta revisión es abarcar la temática relacionada con los genes de resistencia a antibióticos, sus orígenes, reservorios y movimientos en los diferentes hábitats mediante la metagenómica funcional que permite aislar, identificar y analizar estos genes, así como el impacto que tienen en salud pública. Durante los últimos años se ha visto un gran avance en la microbiología, una de las grandes limitaciones a las que se venían enfrentado los microbiólogos era no poder acceder a la totalidad de los microorganismos que habitan el planeta. Gracias al desarrollo de diferentes disciplinas como la metagenómica se ha logrado tener el acceso a estos microorganismos. Metodología. La importancia de la metagenómica en la resistencia microbiana radica en que, actualmente, solo el 1 % de los microorganismos que habitan el suelo pueden ser estudiados por técnicas convencionales de microbiología, quedando alrededor del 99 % de estos sin estudiar. Al mitigar este gran inconveniente, la metagenómica permite el estudio de la microbiota del suelo en su totalidad generando nuevo conocimiento e información relevante en diferentes campos científicos. Resultados. Mediante la metagenómica funcional se ha podido determinar que el suelo puede ser un posible reservorio de determinantes de resistencia microbiana, debido a que la microbiota que allí habita contiene en su material genético genes de resistencia a antibióticos que confieren resistencia a un amplio espectro de antibióticos utilizados en terapia humana de forma indiscriminada y además tienen todos los mecanismos de resistencia conocidos, algunos de estos genes son generados por presión selectiva ante diferentes agentes presentes en su medio y otros son genes constitutivos que cumplen con funciones significativas en su hábitat. El gran impacto que tienen estos hallazgos está dado en que pueden representar un posible riesgo en salud pública si se adquieren por los patógenos humanos.

Abstract Objective. The purpose of this review is to cover the issues related to antibiotic resistance genes, their origins, reservoirs and movements in different habitats through functional metagenomics that allows to isolate, identify and analyze these genes, as well as the impact they have on health public. During the last years a great advance in the microbiology has been seen, one of the great limitations to which the microbiologists had been facing was not being able to have access to the totality of the microorganisms that inhabit the planet. Thanks to the development of different disciplines such as metagenomics, access to these microorganisms has been achieved. Method. The importance of metagenomics in microbial resistance lies in the fact that currently only 1 % of the microorganisms that inhabit the soil can be studied by conventional microbiology techniques, leaving about 99 % of these without studying, the metagenomics by mitigating this great disadvantage allows the study of the soil microbiota in its entirety generating new knowledge and relevant information in different scientific fields. Results. Through functional metagenomics it has been possible to determine that the soil can be a possible reservoir of determinants of microbial resistance, because the microbiota that live there contain in their genetic material antibiotic resistance genes that confer resistance to a broad spectrum of antibiotics used in human therapy indiscriminately and also have all known mechanisms of resistance, some of these genes are generated by selective pressure against different agents present in their environment and others are constitutive genes that fulfill significant functions in their habitat. The great impact of these findings is that they can represent a possible public health risk if they were acquired by human pathogens.
Descritores: Resistência Microbiana a Medicamentos
-Metagenômica
Genes
Antibacterianos
Limites: Humanos
Responsável: CO332 - Facultad de Medicina


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Id: biblio-987685
Autor: Borges, Jéssica Bassani.
Título: Ultrassequenciamento exômico dos principais genes relacionados com a hipercolesterolemia familial / Ultrasequensing exomic of the main genes related to familial hypercholesterolemia.
Fonte: São Paulo; s.n; 2019. 193 p. tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A frequência de Hipercolesterolemia Familial (HF) ainda é desconhecida no Brasil, principalmente pela ausência de estudos com caracterização genotípica associada à fenotípica. Os dados epidemiológicos existentes se baseiam apenas no fenótipos e carecem do diagnóstico molecular confirmatório. O objetivo do presente estudo foi identificar as principais causas genéticas da HF em pacientes diagnosticados fenotipicamente através de um painel exômico com 61 genes a fim de contribuir para um sistema de confirmação do diagnostico molecular em uma amostra da população brasileira. Para isso foram incluídos 141 pacientes, não aparentados, portadores de HF atendidos pelo setor de dislipidemias do Instituto Dante Pazzanese de Cardiologia, Laboratório de Analises Clinicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da Universidade Federal do Rio Grande do Norte e do Programa Hipercol Brasil do Instituto do Coração. As amostras de sangue periférico foram obtidas para determinações fenotípicas laboratoriais e extração de DNA genômico. A biblioteca de DNA foi construída utilizando o kit Nextera® Rapid Capture Enrichment Custom enriquecendo os éxons de 61 genes que direta ou indiretamente estão relacionados com metabolismo do colesterol. O ultrassequenciamento foi realizado utilizando kit MiSeq Reagent (300 a 500 ciclos) na plataforma MiSeq (Illumina). Os resultados de sequenciamento foram inicialmente alinhados a uma sequência referência e analisados para eliminação de falsos positivos, segundo os parâmetros de qualidade, tais como: cobertura mínima de 30x, frequência do alelo alterado maior que 20% e diferença da distribuição das leituras entre as sequências nucleotídicas menor que 15%. Foram identificadas 472 diferentes variantes em 56 dos genes presentes no painel, sendo 45 consideradas como não descritas. Nos genes APOA1, APOA2, LIPC, RBP4 e TIMP1 não foram observadas variantes dentro dos critérios estabelecidos. Das variantes observadas 25 identificadas em 30 (21,2%) pacientes já tinha sido publicadas em relação à HF nos três principais genes (LDLR, APOB e PCSK9), confirmando o diagnóstico. Foi caracterizado genotipicamente outras dislipidemias primárias em 7 pacientes, sem diagnóstico molecular de HF, através de variantes identificadas no ultrassequenciamento em outros genes. Dos 104 pacientes que não possuíam nenhuma variante já previamente caracterizada, 69 possuíam variantes relacionados com o metabolismo do colesterol. As variantes sem patogenicidade conhecida foram avaliadas através de ferramentas de predição in silico e 22 delas possuíam características sugestivas de patogenicidade em pelo menos 4 das ferramentas utilizadas, duas delas também mostraram alterar a estrutura da proteína segundo análises de docking molecular. Foram identificadas também 223 variantes em região não transcritas (UTR). Quando realizada as análises estatística de todas as variantes identificadas, observamos associação de 13 variantes com concentrações mais elevadas de colesterol da LDL, 5 com concentrações mais elevadas de apolipoproteina B-100, 5 com concentrações mais elevadas de colesterol total, 6 com presença de arco córneo, 2 com manifestação de xantelasmas, 2 com ausência de xantomas e 3 com a presença de doença arterial coronariana. Dessas 6 variantes já haviam sido previamente descritas com HF ou algum outro fenótipo associado e 2 não tinham citação na literatura pesquisada, mas possuíam característica patogênica para a proteína segundo as ferramentas de predição in silico. Este estudo permitiu a identificação das causas genéticas da HF em pacientes brasileiros diagnosticados fenotipicamente, mostrando que a técnica escolhida permitiu caracterizar 21,2% dos pacientes. Além disso, foi possível identificar outras dislipidemias primárias e caracterizar algumas variantes que, apesar de necessitarem serem validadas, indicam uma possível associação com a HF, aumentando o esclarecimento do fenótipo com o genótipo para 74,5%. Este estudo também possibilitou a identificação de novas variantes que devem ser avaliadas para confirmar associação com a doença e utilizar para o diagnóstico propondo um novo painel poligênico

The frequency of Familial Hypercholesterolemia (FH) is still unknown in Brazil, mainly due to the absence of studies with genotypic characterization associated with phenotype. Existing epidemiological data are based only on the phenotypes and lack the confirmatory molecular diagnosis. The aim of the present study was to identify main genetic causes of FH in patients diagnosed phenotypically through an exomic panel with 61 genes in order to contribute to a system of confirmation molecular diagnosis in a sample of the Brazilian population. To this end, 141 non-related patients with FH treated by the dyslipidemia sector of the Institute Dante Pazzanese of Cardiology, Clinical Analysis Laboratory of the Faculty of Pharmaceutical Sciences of the University Federal of Rio Grande do Norte and the Hipercol Brazil Program of the Heart Institute. Peripheral blood samples were obtained for laboratory phenotypic determinations and extraction of genomic DNA. The DNA library was constructed using the Nextera® Rapid Capture Enrichment Custom kit, enriching with éxons of 61 genes that are directly or indirectly related to cholesterol metabolism. Ultrasequencing was performed using MiSeq Reagent kit (300 to 500 cycles) on the MiSeq platform (Illumina). The sequencing results were initially aligned to a reference sequence and analyzed for false positive elimination according to quality parameters such as: minimum coverage of 30x, altered allele frequency greater than 20%, and difference in the distribution of reads between sequences nucleotides less than 15%. 472 different variants were identified in 56 of the genes present in the panel, of which 45 were considered not described. In the APOA1, APOA2, LIPC, RBP4 and TIMP1 genes no variants were observed within the established criteria. In 25 of the variants observed presents in 30 (21.2%) patients had already been published in relation to FH in the three main genes (LDLR, APOB and PCSK9), confirming the diagnosis. Other primary dyslipidemias were caracterized genotypically in 7 patients, without molecular diagnosis of HF, through variants identified in ultrasequencing in other genes. Of the 104 patients who did not have any previously characterized variant, 69 had variants related to cholesterol metabolism. The variants without known pathogenicity were evaluated using in silico prediction tools and 22 of them had characteristics suggestive of pathogenicity at least 4 of the tools used, two of them also showed to alter the structure of the protein according to molecular docking analyzes. Were also identified 223 non-transcribed region (UTR) variants. Statistical analysis of all the variants identified showed association of 13 variants with higher concentrations of LDL cholesterol, 5 with higher concentrations of apolipoprotein B-100, 5 with higher concentrations of total cholesterol, 6 with presence of an arc corneal, 2 with manifestation of xanthelasms, 2 with absence of xanthomas and 3 with the presence of coronary artery disease. Of these 6 variants had previously been described with HF or some other associated phenotype and 2 had no citation in the researched literature, but had a pathogenic characteristic for the protein according to in silico prediction tools. This study allowed the identification of the genetic causes of FH in Brazilian patients diagnosed phenotypically, showing that the technique chosen allowed to characterize 21.2% of the patients. In addition, it was possible to identify other primary dyslipidemias and to characterize some variants that, although they need to be validated, indicate a possible association with HF, increasing the clarification of the phenotype with the genotype to 74.5%. This study also allowed the identification of new variants that should be evaluated to confirm association with the disease and to use for the diagnosis proposing a new polygenic panel
Descritores: Genes/genética
Hiperlipoproteinemia Tipo II/genética
-Apolipoproteínas B/análise
Biblioteca Gênica
Pró-Proteína Convertase 9/análise
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T616.3997, B372u. 30100022541-F


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Id: biblio-1049564
Autor: Lima, Aline Valério de.
Título: Carbapenemases novas ou emergentes em Pseudomonas aeruginosa / New or emerging carbapenemases in Pseudomonas aeruginosa.
Fonte: São Paulo; s.n; 2019. 69 p. tab, graf.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: Pseudomonas aeruginosa é um importante agente de infecções relacionadas à assistência à saúde em todo o mundo. O tratamento empírico de infecções graves causadas por esta espécie usualmente inclui os carbapenêmicos. Essa terapia, se inadequada, está relacionada a um aumento significativo da mortalidade. Os principais mecanismos de resistência aos carbapenêmicos em bacilos Gram-negativos são a redução da permeabilidade da membrana externa, hiperexpressão de bombas de efluxo e produção de betalactamases, sendo este último, o mais eficiente. O objetivo deste trabalho consistiu na caracterização de carbapenemases novas ou emergentes e seu contexto genético em P. aeruginosa. Foram utilizados 11 isolados de P. aeruginosa capazes de hidrolisar o imipenem em ensaio espectrofotométrico e negativos para genes de carbapenemases conhecidos e uma cepa produtora de KPC-2. Tais isolados foram submetidos à confirmação do perfil de resistência aos carbapenêmicos pelos métodos de disco-difusão e microdiluição em caldo (CIM), bloqueio enzimático com EDTA e Blue-Carba. O perfil plasmidial foi avaliado utilizando-se os métodos de lise alcalina e eletroforese em campos pulsados (PFGE). Os genomas foram sequenciados utilizando-se o sistema MiSeq. O perfil clonal dos isolados foi avaliado por PFGE e Multilocus Sequence Typing (MLST). Dez isolados apresentaram Blue-Carba negativo, compatível com a presença de carbapenemases fracas. Quatro isolados apresentaram plasmídeos, visualizados em gel de agarose após PFGE. Os plasmídeos do isolado D5303023 foram eletroporados em E. coli TOP 10 e selecionados em meio LB contendo 1µg/mL imipenem, contudo não foram obtidos transformantes. A análise por PFGE identificou sete grupos clonais distintos. Quanto à tipagem por MLST, foi detectado um novo tipo ST3187 e os ST277 e ST1560 foram os predominantes. O isolado D9203039 apresentou uma carbapenemase GES-20 associada a uma betalactamase de espectro estendido GES-19, sendo os genes que as codificam localizados no integron In724. Esse isolado pertence ao ST309, clone de potencial alto risco, associado ao fenótipo de resistência a múltiplos antimicrobianos no México. O genoma da cepa positiva para KPC-2 foi digerido com a S1 nuclease e submetido à PFGE, evidenciando um plasmídeo de aproximadamente 453 kb. Após análise do sequenciamento confirmou-se que a cepa pertence ao ST446 e foi observada a presença do gene blaKPC-2 em um contig de 128.487 bp. Este contig apresentou 99,9% de similaridade com o plasmídeo 1 da cepa P. aeruginosa RW109; no entanto, ensaios de conjugação bacteriana falharam em obter colônias de transconjugantes. O gene blaKPC-2 foi encontrado flanqueado à montante por uma estrutura truncada de um transpóson da família Tn3 e à jusante por uma ISKpn6 truncada. As análises das sequências de DNA das demais cepas evidenciaram a presença de sequências gênicas, que traduzidas, apresentavam similaridade para sete metalobetalactamases (MBL), indicando a potencial presença de novos genes de carbapenemases. Foi caracterizada pela primeira vez no Brasil cepa produtora da carbapenemase GES-20 e o novo ST3187. Foram detectados potenciais novos genes de carbapenemases. O gene blaKPC-2 no isolado J5083553 tem provável localização plasmidial

Pseudomonas aeruginosa is a major agent of healthcare-related infections worldwide. Empirical treatment of serious infections caused by this species usually includes carbapenems. This therapy, if inadequate, is related to a significant increase in mortality. The main mechanisms of carbapenem resistance in Gram-negative bacteria are the reduction of outer membrane permeability, overexpression of efflux pumps and beta-lactamase production, the latter being the most efficient. The aim of this work was the characterization of new or emerging carbapenemases and their genetic context in P. aeruginosa. Eleven P. aeruginosa isolates capable of hydrolyzing imipenem in spectrophotometric assay and negative for known carbapenemases genes were used, as well as a KPC-2 producing strain. These isolates were subjected to confirmation of carbapenem resistance profile by disk diffusion, broth microdilution (MIC) and enzyme inhibition by EDTA and Blue-Carba methods. Plasmid profile was evaluated using alkaline lysis and pulsed field electrophoresis (PFGE) methods. Genomes were sequenced using the MiSeq system. The clonal profile of the isolates was evaluated by PFGE and Multilocus Sequence Typing (MLST). Ten isolates presented negative Blue-Carba, compatible with the presence of weak carbapenemases. Four isolates presented plasmids visualized on agarose gel after PFGE. The plasmids of isolate D5303023 were electroporated into E. coli TOP 10 and selected in LB medium containing 1 µg/mL imipenem, however no transformants were obtained. The PFGE analysis identified 7 distinct clonal groups. As for MLST typing, a new type ST3187 was detected and the ST277 and ST1560 were the predominant types. The genome of the KPC-2 positive strain was digested with S1 nuclease and subjected to PFGE, evidencing a plasmid of approximately 453 kb. Isolate D9203039 presented a GES-20 carbapenemase associated with a GES-19 extended spectrum beta-lactamase. The genes encoding them were located in the In724 integron. This isolate belonged to ST309, a potential high risk clone, associated with the multidrug resistant strain in Mexico. After sequencing it was confirmed that the strain belongs to ST446 and it was observed the presence of the blaKPC-2 gene in a contig of 128,487 bp. This contig was 99.9% similar to plasmid 1 of the P. aeruginosa RW103 strain. However, bacterial conjugation assays failed to obtain transconjugant colonies. The blaKPC-2 gene was found flanked upstream by a truncated structure of a Tn3 family transposon and downstream by a truncated ISKpn6. DNA sequence analysis of the other strains showed the presence of gene sequences, which translated, showed similarity to seven metallo-beta-lactamases (MBL), indicating the potential presence of new carbapenemase genes. It was characterized for the first time in Brazil carbapenemase producing strain GES-20 and the new ST3187. Potential new carbapenemase genes were detected. The blaKPC-2 gene in isolate J5083553 has plasmid localization
Descritores: Pseudomonas aeruginosa/metabolismo
Carbapenêmicos/farmacologia
-Genes/imunologia
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T616.0756, L732c. 30100022658-F



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