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Id: lil-774264
Autor: Kotowski Filho, Nelson Peixoto.
Título: Genômica comparativa em ambiente computacional distribuído: aplicabilidade e potencial no estudo de homologia entre protozoários / Comparative genomics in a distributed computing scenario: applicability and potential on protozoa homology study.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2015. xvii,198 p. ilus, tab, graf.
Idioma: en; pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A inferência de homologia entre organismos é uma atividade da genômicacomparativa que possibilita compreender melhor a relação entre os mesmos e, porconseguinte, sua distância evolutiva. Especificamente, a identificação de genesortólogos, ou seja, aqueles que têm sua origem em um ancestral comum, permiteoferecer melhorias na anotação funcional de genes, uma vez que genes ortólogostendem a ter sua função conservada.Com a crescente disponibilidade de genomas através de técnicas de NGS, aconstrução e atualização de bases de dados de ortólogos representam um desafioconstante, pois demandam o estudo e identificação das relações entre os genes detais organismos, em um volume de dados cada vez mais extenso e a um custocomputacional cada vez mais elevado.Nesta tese propomos a solução para nuvem computacional elastic-OrthoSearch, umworkflow científico de genômica comparativa inspirado no OrthoSearch, responsávelpela inferência de homologia entre organismos com o uso de abordagem baseadaem melhores hits recíprocos e perfis de Markov.Também propomos uma metodologia para criação de bases de ortólogos construídaatravés do reuso do OrthoSearch. Esta metodologia mostrou-se capaz de alavancara oferta de grupos ortólogos e assim auxiliar, por exemplo, na identificação de alvosde protozoários...

Homology inference among organisms is a comparative genomics tasks which allowsfor a better understanding on how such organisms are related to each other and ontheir evolutionary distance. Specifically, the identification of orthologous genes –those who share a common ancestor – allows for functional gene annotationimprovements, as orthologous genes tend to preserve their functions.The increasing amount of genomic data provided by the NGS techniques makes theorthologous databases' building and update processes a challenging task. It requiresthe identification and study of the organisms' genes relationships, in an extensivedata volume and at an increasing computational cost.In this thesis we propose elastic-OrthoSearch, a cloud-enabled comparativegenomics scientific workflow, derived from OrthoSearch. It aims at providinghomology inference among organisms, in a reciprocal best hits and Markov profilesapproach.We also propose an improved orthologous database creation methodology built ontop of OrthoSearch. Such methodology has shown means to offer a broaderorthologous groups dataset, which could in turn aid on Protozoa target identification...
Descritores: Homologia de Genes
Genoma de Protozoário
Genômica
Doenças Negligenciadas
Fluxo de Trabalho
-Biologia Computacional
Limites: Animais
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: lil-750248
Autor: Bezerra, Márcia Mártyres.
Título: Modelagem conceitual do sistema de banco de dados ProteinWorldDB / Conceptual modeling of the database system ProteinWorldDB.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2012. xi,134 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Esta tese descreve o projeto conceitual do sistema de banco de dados ProteinWorldDB (PWDB). Um ponto importante da proposta do PWDB é permitir a construção de consultas e procedimentos no domínio da genômica comparativa sem a necessidade de comparação de sequências. Além disso, o PCG comparou milhões de sequências de proteína, incluindo o conjunto proteico total de centenas de genomas completos, utilizando programação dinâmica, e não um método heurístico, para os cálculos de similaridade. A estratégia do PCG, assim como a genômica, está fundamentada no conhecimento de que sequências biológicas por si só são pouco informativas; elas precisam ser analisadas a partir de um enfoque comparativo para a inferência de homologia. A comparação de sequências de diferentes organismos introduz uma perspectiva evolutiva ao processo, e o estudo comparativo de genomas completos pode ampliar a escala do conhecimento de um único processo biológico para o de sistemas biológicos complexos em células e organismos. Para responder eficientemente questões dessa natureza, o esquema conceitual apresentado associa bases de dados biológicos de referência aos índices de similaridade já pré-calculados e armazenados pelo PCGUtilizando um formato gráfico de fácil compreensão para representar conceitos e relacionamentos (diagrama ER), o esquema foi proposto para facilitar o planejamento de consultas e procedimentos por pesquisadores da área de genômica (sem conhecimento de linguagens de bancos de dados), assim como guiar o desenvolvimento e a implementação física do PWDB por profissionais da área de computação. Alguns exemplos são apresentados com o objetivo de demonstrar a utilização do esquema conceitual para a especificação de consultas e procedimentos, mesmo antes da existência de um esquema lógico...

This thesis describes the conceptual design of the database system ProteinWorldDB(PWDB). An important point of the PWDB proposal is to allow the construction of queriesand procedures in the field of comparative genomics without the need for sequencecomparison. Moreover, the PCG compared millions of protein sequences, including theentire set of proteins from hundreds of complete genomes using dynamic programming,rather than a heuristic method, for calculating similarityPCG's strategy, like that of genomic studies in general, is grounded in the knowledgethat biological sequences alone are uninformative. They need to be analyzed from acomparative approach to infer homology. The comparison of sequences from differentorganisms introduces an evolutionary perspective to the process and the comparativestudy of complete genomes can expand our knowledge from a single biological processall the way to complex biological systems in cells and organisms. To efficiently answerquestions of this nature, the conceptual schema links selected international referencebiological databases to similarity indexes already precomputed and stored by the PCG.By using an easily understandable graphic format to represent concepts andrelationships (ER diagram), the schema was proposed to help the design of queries andprocedures by genomic researchers (who may not have knowledge of databaselanguages) as well as to guide the development and physical implementation of thesystem by developers. Some examples are presented to demonstrate the use of theconceptual schema for specifying queries and procedures, even before the existence ofa logical schema. The schema can be easily extended. Additional modules can be inserted/removed toinclude other protein sequences comparisons projects that may benefit from theinformation provided by the schema´s central module. Likewise, new databases specificto different areas (-omics, for example) can be cross-referenced to the schema...
Descritores: Biologia Computacional
Bases de Dados de Ácidos Nucleicos
Homologia de Genes
Genômica/classificação
Limites: Humanos
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-729755
Autor: Moura, M. S; Oliveira, R. P; Melo, R. T; Mendonça, E. P; Fonseca, B. B; Rossi, D. A.
Título: Genes de virulência e diversidade genética em Salmonella spp. isoladas de amostras de origem suína / Virulence genes and genetic diversity in Salmonella spp. isolated from samples of swine origin
Fonte: Arq. bras. med. vet. zootec;66(5):1367-1375, Sep-Oct/2014. tab, graf.
Idioma: pt.
Resumo: A diversificação da produção industrial de alimentos de origem suína e o intercâmbio comercial de animais e seus derivados destinados ao consumo humano podem ser importantes disseminadores de sorovares de Salmonella spp. na cadeia alimentar. Objetivou-se avaliar em 86 cepas de Salmonella spp., isoladas em granja de terminação e no abate de suínos, a ocorrência de três genes de virulência (invA, agfA e lpfA), bem como a similaridade genética entre elas. A ocorrência do gene invA foi verificada em 100% das amostras. O gene lpfA foi detectado em 80,23% (69/86) das cepas, não foi detectado em S. Panama e estava presente em todas as cepas de S. Infantis. O gene agfA foi detectado em 63,95% (55/86) das amostras. S. Agona apresentou positividade para todos os genes de virulência estudados. A análise de homologia entre as cepas agrupou os diferentes sorovares em clusters. A similaridade foi independente do local de isolamento, o que demonstra a presença de clones ao longo da cadeia de produção e a existência de multiplicidade de fontes para a infecção dos animais, como a ração, e a contaminação cruzada das carcaças. A pesquisa de genes de virulência e a avaliação da proximidade gênica permitem a caracterização e um maior entendimento sobre cepas de Salmonella circulantes na cadeia produtiva de suínos e, assim, podem subsidiar medidas de controle durante o processo produtivo com o objetivo de garantir a saúde do consumidor...

The diversification of industrial food production of swine origin and trade of animals and their derivatives for human consumption may be important disseminators of serovars of Salmonella spp. in the food chain. This study aimed to evaluate 86 strains of Salmonella spp. isolated form in the finishing and slaughter of pigs, the occurrence of three virulence genes (invA, agfa and lpfA), as well as the genetic similarity between them. The occurrence of gene invA was observed in 100% of the samples. The gene lpfA was detected in 80.23% (69/86) strains and is not detected in S. Panama, but present in all strains of S. Infantis. The gene agfA was detected in 63.95% (55/86). S. Agona was positive for all virulence genes studied. The analysis of homology between the different serovars grouped the isolates in clusters. The similarity was regardless of the location of isolation, demonstrating the presence of clones along the production chain and that there are multiple sources for the infection of animals, such as feed, and cross-contamination of carcasses. A survey of virulence genes and evaluation of gene proximity allow characterization and better understanding of Salmonella strains circulating in the pig production chain, thus being able to support control measures during the production process in order to ensure consumer health...
Descritores: Homologia de Genes
Suínos
Salmonella/imunologia
Salmonella/virologia
-Indicadores de Contaminação/prevenção & controle
Indústria da Carne
Virulência
Fatores de Virulência
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Texto completo SciELO Brasil
Leal, Nilma Cintra
Almeida, Alzira Maria Paiva de
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Id: lil-306360
Autor: Leal, Nilma Cintra; Sobreira, Marise; Leal, Tereza Cristina Arcanjo; Almeida, Alzira Maria Paiva de.
Título: Homology among extra-cryptic DNA bands and the typical plasmids in brazilian Yersina pestis strains
Fonte: Braz. j. microbiol;31(1):20-24, jan.-mar. 2000. ilus, tab.
Idioma: en.
Resumo: Yersina pestis, the etiologic agent of plague, harbors three well-characterized plasmids: pFra (90-110kb), pYV (70kb) and pPst (9.5kb). Furthermore, some extra-cryptic DNA bands have been observed in a number of wild strains from several foci of the world. Additional bands have also been reported in Brazilian strains. Looking for any relationship among these cryptic DNA bands and the three-prototypical plasmids, we analyzed twelve strains displaying different plasmid content. The DNA bands were hybridized by southern blot with probes directed at the genes cafl, lcrV and 'pla' located respectively on the plasmids pFra, pYV and pPst. The probes were constructed by PCR amplification and labeled with digoxigenin. The Pla probe hybridized with its target (pPst) and with bands of about 35 kb suggesting some homology among them. The Cafl probe hybridized with the target (pFra) as well as with higher bands. The LcrV also hybridized with the target (pYV) and both with the bands higher than pFra and the bands between pFra and pYV. These results suggest that the large-cryptic bands could represent some rearrangement, open circular or linearized forms of the pFras and pYV plasmids.
Descritores: Sondas de DNA
Genes
Homologia de Genes
Técnicas In Vitro
Plasmídeos/genética
Plasmídeos/isolamento & purificação
Yersinia pestis
-Métodos de Análise
Virulência
Tipo de Publ: Relatório Técnico
Responsável: BR32.1 - Serviço de Biblioteca e Informação Biomédica



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