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Id: lil-537089
Autor: Ramírez, Alvaro H; Rosales, Ikerne; Porco, Antonietta; Díaz, Juan C; Istúriz, Tomás.
Título: The metabolism of gluconate in Escherichia coli: Physiological evidences of a regulatory effect of idnR on the expression of the gntR regulon operons
Fonte: Acta cient. venez;58(1):21-28, 2007. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Uptake and phosphorylation initiate the catabolism of gluconate in E. coli. Such activities conform two systems,GntI and GntII, encoded by two sets of genes differently located on the E. coli chromosome and under different regulation. gntT, gntU and gntK (minute 76) encode for high and low affinity gluconate transports and for a thermoresistant gluconokinase respectively, that conform GntI; the mentioned genes and those of the edd-eda operon (minute 41) are negatively regulated by the gntR gene product conforming the gntR regulon. idnT and gntV (minute 96), encode for another gluconate transport and a thermosensitive gluconokinase, conforming GntII. These genes are presumably positively controlled by IdnR. IdnT also functions as a permease for idonate; the corresponding gene is included in the idnDOTR operon, responsible for idonate metabolism, in which gluconate is an intermediary. Here we report a regulatory action of IdnR on the operons of the gntR regulon; i.e., gntT, gntKU and edd-eda. The expression of these operons, was diminished in a gntR mutant complemented with a clone of idnR and also in E. coli mutants in which the idnDOTR operon is expressed in a gluconate dependent inducibility. This is the first report of a regulatory effect of IdnR on edd-eda operon expression.

El transporte y la fosforilación inician el catabolismo del gluconato en E. coli. Estas actividades conforman dossistemas, GntI y GntII, codificados por dos grupos de genes, diferentemente regulados y ubicados en distintos sitios del cromosoma. Los genes gntT, gntU y gntK (minuto 76), codifican distintas proteínas para transportes de alta y baja afinidad para gluconato y una gluconoquinasa termoresistente respectivamente, que forman el sistema GntI; los genes respectivos junto con los del operón edd-eda (minuto 41), son regulados negativamente por el producto de gntR (minuto76) constituyendo el regulón gntR. Los genes IdnT y gntV (minuto 96), codifican otra permeasa para gluconato y una gluconoquinasa termosensible que forman GntII. IdnT funciona también como permeasa para idonato; el gen correspondiente es parte del operón idnDOTR, regulado positivamente por IdnR y responsable del metabolismo del idonato en el que gluconato es un intermediario. Se reporta un efecto regulatorio de IdnR sobre los operones del regulón gntR; i.e., gntT, gntKU and edd-eda. La expresión de estos operones resultó disminuida en una mutante gntR complementada con un clon de idnR y también en mutantes de E. coli en la que la expresión del operón idnDOTR se induce en presencia de gluconato. Este es el primer reporte de la acción regulatoria de IdnR sobre la expresión del operón eddeda.
Descritores: Escherichia coli/química
Gluconatos/análise
Óperon
Regulon
-Biologia
Microbiologia
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: VE1.1 - Biblioteca Humberto Garcia Arocha


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Id: lil-444843
Autor: Santos, M. T. dos; Rodrigues, P. S.
Título: A genomic-scale search for regulatory binding sites in the integration host factor regulon of Escherichia coli K12
Fonte: Genet. mol. res. (Online);4(4):783-789, 2005. graf.
Idioma: en.
Resumo: We examined general aspects of the DNA-protein interaction between the integration host factor (IHF) global regulator and its regulatory binding sites in the Escherichia coli K12 genome. Two models were developed with distinct weight matrices for the regulatory binding sites recognized by IHF. Using these matrices we performed a genome scale scan and built a set of computationally predicted binding sites for each of the models. The sites found by the model associated with repetitive sequences had a higher score in the sequence to matrix alignment. They were also more rare than the other sites. The sites not associated with repeats rapidly tended to become undistinguishable from the background as statistical stringency was relaxed. We compared our results to the known sites documented in RegulonDB and found new members of the IHF Regulon. The two models exhibit clearly distinct affinity patterns (scores in the sequence to matrix alignments and in the number of regulatory sites), as we vary the stringency of the statistical confidence parameters. We suggest that these differences may play an important role in the dynamics of the network. We concluded that IHF may regulate two genes encoding ATP-dependent RNA helicases. This interaction is not described in RegulonDB, even as a computational prediction. IHF may also regulate RNA modification processes.
Descritores: /genética
ESCHERICHIA COLI KABETALIPOPROTEINEMIA/genética
Fatores Hospedeiros de Integração/genética
Genoma Bacteriano
Regulon/genética
-Modelos Genéticos
Proteínas de Ligação a DNA/genética
Proteínas de Ligação a DNA/metabolismo
Sítios de Ligação/genética
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Chile
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Id: lil-301994
Autor: Ulloa F., María Teresa; Silva A., Viviana; Piñones A., Elizabeth; Porte T., Lorena; Fica Cubillos, Alberto; Pinto Claude, María Eugenia.
Título: Caracterización molecular de cepas de streptococcus pyogenes aisladas de cuadros invasores basada en el polimorfismo del regulón vir / Molecular characterization of streptococcus pyogenes from invasive infections based on vir-regulon polymorphism
Fonte: Rev. chil. infectol;18(3):193-202, 2001. ilus, tab, graf.
Idioma: es.
Conferência: Apresentado em: Congreso Chileno de Infectología, 18, Pucón, 23-26 ago. 2001.
Resumo: A pesar del aumento de infecciones invasoras por Streptococcus pyogenes: fasceitis necrozante (FN) y síndrome de shock tóxico (SST) en nuestro medio, su caracterización generalmente se limita a identificación de especie y prácticamente no existen estudios moleculares. La literatura describe diversos métodos para tipificar S pyogenes (MLEE, PFGE y secuenciación de emm) que resultan complejos. Una alternativa es la técnica basada en el polimorfismo del regulón vir (emm, emm I, scp A, vir R) que es más sencilla y permite correlacionar los virRLFP con los serotipos M. Objetivo: caracterizar S. pyogenes aislados de cuadros invasores mediante vir-RFLP para establecer relaciones entre cepas locales y extranjeras. Materiales y Métodos: se estudiaron 30 cepas de S. pyogenes aisladas de pacientes con cuadros invasores (SST/FN: 8; infecciones de piel y tejidos blandos: 13; infecciones de cavidades estériles: 9) mediante Long PCR-RFLP (amplificación regulón vir con partidores VUF y SBR, seguido de digestión con HaeIII). Resultados: 28/30 (93 por ciento) cepas presentaron regulones entre 4,2 - 7,8 Kb y dos entre 1,5 -1,6 Kb. Se establecieron 14 patrones vir-RFLP y 3 grupos génicos. Dos grupos génicos presentaron patrones similares a los descrito para los serotipos M y se asociaron a una determinada evolución clínica: grupo I, similar a M1 y asociado a infecciones de cavidades estériles; grupo III, similar a M3 y asociado a SST/FN. El grupo II fue heterogéneo en relación a los serotipos, pero concentró las cepas aisladas de infecciones de piel y tejidos blandos. Conclusiones: Las cepas de S. pyogenes aisladas de cuadros severos presentan gran diversidad génica. Sin embargo, tienden a agruparse según serotipos y a asociarse a una determinada evolución clínica destacándose la asociación entre vir-RFLP, tipo serotipo M3 y SST/FN. Las dos cepas con amplicones pequeños constituyen un hallazgo interesante, que requiere mayor investigación
Descritores: Regulon
Streptococcus pyogenes
-Técnicas de Tipagem Bacteriana
Fasciite Necrosante
Polimorfismo Genético/genética
Choque Séptico/etiologia
Choque Séptico/microbiologia
Streptococcus pyogenes
Limites: Humanos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central



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