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Id: biblio-1024852
Autor: Millar, Angela D; Tapia, Paz; Gómez, Fernando A; Marshall, Sergio H; Fuentes, Derie E; Valdes, Jorge H.
Título: Draft genomes and reference transcriptomes extend the coding potential of the fish pathogen Piscirickettsia salmonis
Fonte: Electron. j. biotechnol;33:36-38, May. 2018. tab.
Idioma: en.
Projeto: InnovaChile-CORFO; . FONDECYT INICIACION; . FONDECYT; . CONICYT-PAI.
Resumo: Background: Draft and complete genome sequences from bacteria are key tools to understand genetic determinants involved in pathogenesis in several disease models. Piscirickettsia salmonis is a Gram-negative bacterium responsible for the Salmon Rickettsial Syndrome (SRS), a bacterial disease that threatens the sustainability of the Chilean salmon industry. In previous reports, complete and draft genome sequences have been generated and annotated. However, the lack of transcriptome data underestimates the genetic potential, does not provide information about transcriptional units and contributes to disseminate annotation errors. Results: Here we present the draft genome and transcriptome sequences of four P. salmonis strains. We have identified the transcriptional architecture of previously characterized virulence factors and trait-specific genes associated to cation uptake, metal efflux, antibiotic resistance, secretion systems and other virulence factors. Conclusions: This data has provided a refined genome annotation and also new insights on the transcriptional structures and coding potential of this fish pathogen.
Descritores: Salmonidae
Infecções por Piscirickettsiaceae/veterinária
Piscirickettsia/genética
Doenças dos Peixes/microbiologia
-Genoma Bacteriano
Piscirickettsia/patogenicidade
Transcriptoma
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-838970
Autor: Badshah, Syed Lal; Mabkhot, Yahia; Al-Showiman, Salim S.
Título: Photosynthesis at the far-red region of the spectrum in Acaryochloris marina
Fonte: Biol. Res;50:16, 2017. graf.
Idioma: en.
Resumo: Acaryochloris marina is an oxygenic cyanobacterium that utilizes far-red light for photosynthesis. It has an expanded genome, which helps in its adaptability to the environment, where it can survive on low energy photons. Its major light absorbing pigment is chlorophyll d and it has α-carotene as a major carotenoid. Light harvesting antenna includes the external phycobilin binding proteins, which are hexameric rods made of phycocyanin and allophycocyanins, while the small integral membrane bound chlorophyll binding proteins are also present. There is specific chlorophyll a molecule in both the reaction center of Photosystem I (PSI) and PSII, but majority of the reaction center consists of chlorophyll d. The composition of the PSII reaction center is debatable especially the role and position of chlorophyll a in it. Here we discuss the photosystems of this bacterium and its related biology.
Descritores: Fotossíntese/fisiologia
Clorofila/biossíntese
Cianobactérias/metabolismo
-Adaptação Fisiológica
Genoma Bacteriano
Cianobactérias/genética
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-838972
Autor: Espinoza, Rodrigo A; Silva-Valenzuela, Cecilia A; Amaya, Fernando A; Urrutia, Ítalo M; Contreras, Inés; Santiviago, Carlos A.
Título: Differential roles for pathogenicity islands SPI-13 and SPI-8 in the interaction of Salmonella Enteritidis and Salmonella Typhi with murine and human macrophages
Fonte: Biol. Res;50:5, 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: FONDECYT; . FONDECYT; . CONICYT; . CONICYT; . CONICYT.
Resumo: BACKGROUND: Salmonella pathogenicity island (SPI)-13 is conserved in many serovars of S. enterica, including S. Enteritidis, S. Typhimurium and S. Gallinarum. However, it is absent in typhoid serovars such as S. Typhi and Paratyphi A, which carry SPI-8 at the same genomic location. Because the interaction with macrophages is a critical step in Salmonella pathogenicity, in this study we investigated the role played by SPI-13 and SPI-8 in the interaction of S. Enteritidis and S. Typhi with cultured murine (RAW264.7) and human (THP-1) macrophages. RESULTS: Our results showed that SPI-13 was required for internalization of S. Enteritidis in murine but not human macrophages. On the other hand, SPI-8 was not required for the interaction of S. Typhi with human or murine macrophages. Of note, the presence of an intact copy of SPI-13 in a S. Typhi mutant carrying a deletion of SPI-8 did not improve its ability to be internalized by, or survive in human or murine macrophages. CONCLUSIONS: Altogether, our results point out to different roles for SPI-13 and SPI-8 during Salmonella infection. While SPI-13 contributes to the interaction of S. Enteritidis with murine macrophages, SPI-8 is not required in the interaction of S. Typhi with murine or human macrophages. We hypothesized that typhoid serovars have lost SPI-13 and maintained SPI-8 to improve their fitness during another phase of human infection.
Descritores: Salmonella enteritidis/genética
Infecções por Salmonella/microbiologia
Salmonella typhi/genética
Ilhas Genômicas/fisiologia
Macrófagos/microbiologia
-Especificidade da Espécie
Sobrevivência Celular
Células Cultivadas
Reação em Cadeia da Polimerase
Análise de Variância
Genoma Bacteriano
Fenômenos Fisiológicos Bacterianos
Ilhas Genômicas/genética
Interações Microbianas/genética
Sorogrupo
Células RAW 264.7
Muridae
Limites: Humanos
Animais
Camundongos
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1136864
Autor: Ferreira, Leila Maria; Sáfadi, Thelma; Ferreira, Juliano Lino.
Título: Evaluation of genome similarities using a wavelet-domain approach
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;53:e20190470, 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract INTRODUCTION: Tuberculosis is listed among the top 10 causes of deaths worldwide. The resistant strains causing this disease have been considered to be responsible for public health emergencies and health security threats. As stated by the World Health Organization (WHO), around 558,000 different cases coupled with resistance to rifampicin (the most operative first-line drug) have been estimated to date. Therefore, in order to detect the resistant strains using the genomes of Mycobacterium tuberculosis (MTB), we propose a new methodology for the analysis of genomic similarities that associate the different levels of decomposition of the genome (discrete non-decimated wavelet transform) and the Hurst exponent. METHODS: The signals corresponding to the ten analyzed sequences were obtained by assessing GC content, and then these signals were decomposed using the discrete non-decimated wavelet transform along with the Daubechies wavelet with four null moments at five levels of decomposition. The Hurst exponent was calculated at each decomposition level using five different methods. The cluster analysis was performed using the results obtained for the Hurst exponent. RESULTS: The aggregated variance, differenced aggregated variance, and aggregated absolute value methods presented the formation of three groups, whereas the Peng and R/S methods presented the formation of two groups. The aggregated variance method exhibited the best results with respect to the group formation between similar strains. CONCLUSION: The evaluation of Hurst exponent associated with discrete non-decimated wavelet transform can be used as a measure of similarity between genome sequences, thus leading to a refinement in the analysis.
Descritores: Genoma Bacteriano/genética
Análise de Ondaletas
Modelos Genéticos
Mycobacterium tuberculosis/genética
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Asensi, Marise Dutra
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Id: biblio-1039202
Autor: Rusak, Leonardo Alves; Junqueira, Ricardo Magrani; Hofer, Ernesto; Vallim, Deyse Christina; Asensi, Marise Dutra.
Título: Next-generation sequencing virulome analysis of a Yersinia enterocolitica subsp. palearctica bioserotype 4/O: 3 ST18 isolated from human blood in Brazil
Fonte: Braz. j. infect. dis;21(5):550-553, Sept.-Oct. 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Yersinia enterocolitica is a widespread Gram-negative bacterium that causes gastrointestinal disease and other clinical manifestations in humans. Potentially pathogenic Y. enterocolitica has been isolated in Brazil, from human, environmental, food, and animal sources. Herein we report a genome sequence of Y. enterocolitica subsp. palearctica strain YE 19, serotype O:3, biotype 4, sequence type 18, with virulence determinants isolated from human blood in Rio de Janeiro in 2005. The results corroborate other findings that this strain harbors a set of virulence determinants that could play a role in host pathoadaptation and may also justify the successful dissemination of bioserotype 4/O:3 in Brazil. The presence of strains harboring all of these virulence genes in Brazil is a potential threat to young children and immunocompromised individuals, for whom yersiniosis are a significant source of morbidity and mortality. The results of a genomic data analysis will help understand the virulence of Brazilian strains and provide data for Y. enterocolitica studies worldwide.
Descritores: Yersinia enterocolitica/genética
Yersinia enterocolitica/patogenicidade
Genoma Bacteriano/genética
Fatores de Virulência/genética
-Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1129747
Autor: Zhao, C; Xu, W; Gao, W.
Título: A real-time quantitative PCR based on molecular beacon for detecting Brucella infection / PCR quantitativo em tempo real, baseado em guia molecular para detecção de infeção por Brucella
Fonte: Arq. bras. med. vet. zootec. (Online);72(3):1039-1046, May-June, 2020. ilus, tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: O objetivo deste comunicado é desenvolver um método quantitativo PCR em tempo real, baseado em guia molecular (MB) (MB-qPCR) para detecção de infecção por espécies de Brucella, e avaliar seu potencial de utilização clínica. Os primers e as sondas MB foram desenhados para amplificação específica e determinação de sequência conservada do código do gene para os primeiros 58-aa da proteína de membrana externa OMP-2a, que é compartilhada em cinco espécies de Brucella epidêmicas. A avaliação metodológica foi realizada por análise de sensibilidade, especificidade, coeficiente de variação intra e inter, e a linearidade do qPCR. O potencial diagnóstico foi avaliado comparando-se o método qPCR desenvolvido com ensaios de exames bacteriológicos convencionais, incluindo os testes de soroaglutinação convencionais (SATs) e os testes do Rosa Bengala (RBPTs). O método exibiu alta sensibilidade (tão baixo quanto 50 cópias) e grande faixa de linearidade (102-108 cópias). Nenhuma reação cruzada foi encontrada com bactéria clínica comum. A sensibilidade diagnóstica foi superior ao exame bacteriológico, e a especificidade diagnóstica foi superior ao SAT ou ao RBPT. Um método MB-qPCR altamente sensível e específico para DNA de Brucella foi estabelecido com sucesso, provando ser uma ferramenta útil no diagnóstico molecular de brucelose.(AU)
Descritores: Brucella/isolamento & purificação
Genoma Bacteriano
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/métodos
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Id: biblio-974305
Autor: Leite, Jakson; Passos, Samuel Ribeiro; Simões-Araújo, Jean Luiz; Rumjanek, Norma Gouvêa; Xavier, Gustavo Ribeiro; Zilli, Jerri Édson.
Título: Genomic identification and characterization of the elite strains Bradyrhizobium yuanmingense BR 3267 and Bradyrhizobium pachyrhizi BR 3262 recommended for cowpea inoculation in Brazil
Fonte: Braz. j. microbiol;49(4):703-713, Oct.-Dec. 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT The leguminous inoculation with nodule-inducing bacteria that perform biological nitrogen fixation is a good example of an "eco-friendly agricultural practice". Bradyrhizobium strains BR 3267 and BR 3262 are recommended for cowpea (Vigna unguiculata) inoculation in Brazil and showed remarkable responses; nevertheless neither strain was characterized at species level, which is our goal in the present work using a polyphasic approach. The strains presented the typical phenotype of Bradyrhizobium with a slow growth and a white colony on yeast extract-mannitol medium. Strain BR 3267 was more versatile in its use of carbon sources compared to BR 3262. The fatty acid composition of BR 3267 was similar to the type strain of Bradyrhizobium yuanmingense; while BR 3262 was similar to Bradyrhizobium elkanii and Bradyrhizobium pachyrhizi. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and three housekeeping genes placed both strains within the genus Bradyrhizobium: strain BR 3267 was closest to B. yuanmingense and BR 3262 to B. pachyrhizi. Genome average nucleotide identity and DNA-DNA reassociation confirmed the genomic identification of B. yuanmingense BR 3267 and B. pachyrhizi BR 3262. The nodC and nifH gene analyses showed that strains BR 3267 and BR 3262 hold divergent symbiotic genes. In summary, the results indicate that cowpea can establish effective symbiosis with divergent bradyrhizobia isolated from Brazilian soils.
Descritores: Bradyrhizobium/isolamento & purificação
Bradyrhizobium/genética
Inoculantes Agrícolas/isolamento & purificação
Inoculantes Agrícolas/genética
Vigna/microbiologia
-Filogenia
Simbiose
Brasil
DNA Bacteriano/genética
RNA Ribossômico 16S/genética
Genoma Bacteriano
Evolução Molecular
Bradyrhizobium/classificação
Bradyrhizobium/fisiologia
Genômica
Nódulos Radiculares de Plantas/microbiologia
Inoculantes Agrícolas/classificação
Inoculantes Agrícolas/fisiologia
Vigna/fisiologia
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-974336
Autor: Zhao, Junfeng; Zhang, Chong; Lu, Zhaoxin.
Título: Differential proteomics research of Bacillus amyloliquefaciens and its genome-shuffled saltant for improving fengycin production
Fonte: Braz. j. microbiol;49(supl.1):166-177, 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China.
Resumo: Abstract In the previous study, we used genome shuffling to improve fengycin production of the original strain Bacillus amyloliquefaciens ES-2-4. After two rounds of genome shuffling, a high-yield recombinant FMB72 strain that exhibited 8.30-fold increase in fengycin production was obtained. In this study, comparative proteomic analysis of the parental ES-2-4 and genome-shuffled FMB72 strains was conducted to examine the differentially expressed proteins. In the shuffled strain FMB72, 50 differently expressed spots (p < 0.05) were selected to be excised and analyzed using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight/Time of Flight Mass Spectrometry, and finally 44 protein spots were confidently identified according to NCBI database. According to clusters of orthologous groups (COG) functional category analysis and related references, the differentially expressed proteins could be classified into several functional categories, including proteins involved in metabolism, energy generation and conversion, DNA replication, transcription, translation, ribosomal structure and biogenesis, cell motility and secretion, signal transduction mechanisms, general function prediction. Of the 44 identified proteins, signaling proteins ComA and Spo0A may positively regulate fengycin synthesis at transcriptional level. Taken together, the present study will be informative for exploring the exact roles of ComA and Spo0A in fengycin synthesis and explaining the molecular mechanism of fengycin synthesis.
Descritores: Proteínas de Bactérias/metabolismo
Lipopeptídeos/biossíntese
Bacillus amyloliquefaciens/genética
Bacillus amyloliquefaciens/metabolismo
-Proteínas de Bactérias/genética
Proteínas de Bactérias/química
Genoma Bacteriano
Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz
Embaralhamento de DNA
Proteômica
Bacillus amyloliquefaciens/química
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1050352
Autor: Barbosa, Victor Augusto Araújo.
Título: Caracterização de mecanismos de regulação transcricional dos genes do sistema de secreção do tipo VI em Klebsiella pneumoniae / Characterization of mechanisms of transcriptional regulation of genes in the type VI secretion system in Klebsiella pneumoniae.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2019. 2019 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Klebsiella pneumoniae é um patógeno oportunista que causa principalmente infecções respiratórias e do trato urinário. A ocorrência frequente de isolados virulentos resistentes a múltiplas drogas levou a inclusão dessa espécie na lista da OMS das principais prioridades para pesquisa e desenvolvimento de alternativas terapêuticas. O conhecimento abrangente dos mecanismos moleculares subjacentes à virulência da K. pneumoniae pode levar à proposta de medicamentos mais eficientes e específicos. O Sistema de Secreção Tipo VI (T6SS) contribui para a competição bacteriana, invasão celular e colonização in vivo. Apesar dos estudos que mostram o envolvimento do T6SS na patogênese da K. pneumoniae, pouco se conhece sobre a regulação de sua expressão. O entendimento dos mecanismos regulatórios pode fornecer pistas sobre a função desse sistema e contribuir para o desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas para o tratamento de infecções por K. pneumoniae. Esse trabalho teve como objetivo identificar mecanismos de regulação transcricional dos genes do T6SS de K. pneumoniae

Para isso, analisamos os genomas de três cepas (Kp52.145, HS11286 e NTUH-K2044) de forma a predizer e padronizar a anotação dos genes de T6SS através de buscas de similaridade. Foram encontrados 38 genes do T6SS em Kp52.145, 29 em HS11286 e 30 em NTUH-K2044. Nas adjacências dos genes do T6SS foram encontrados genes envolvidos em sistemas de captação de ferro, sugerindo que o T6SS de K. pneumoniae também pode desempenhar um papel na importação de íons. Foram identificadas 17 regiões promotoras dependentes de σ70 em Kp52.145, 12 em HS11286 e 12 em NTUH-K2044. Identificamos ainda 17, 12 e 15 sequências promotoras a partir dos sítios putativos de σ54. Também identificamos 165 sítios de ligação para reguladores transcricionais em Kp52.145, 125 em HS11286 e 134 em NTUH-K2044. Nossos resultados in silico sugerem que o T6SS de K. pneumoniae seja regulado em resposta a sinais ambientais e devem direcionar experimentos in vitro que testem a resposta de K. pneumoniae a variações de temperatura (H-NS), de nutrientes (GcvA e Fis), estresse oxidativo (OxyR) e osmolaridade (RscAB e OmpR). (AU)
Descritores: Genoma Bacteriano
Sistemas de Secreção Tipo VI
Klebsiella pneumoniae
Limites: Animais
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: biblio-839366
Autor: Wang, Jianfeng; Chen, Yan; Wu, Liyan; Chen, Yu; Xu, Liqun.
Título: Draft genome sequence of a multidrug-resistant beta-lactamase OXA-357-producing Acinetobacter pittii ST865 clinical isolate from China
Fonte: Braz. j. microbiol;48(2):196-197, April.-June 2017.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Worldwide increasing emergence of carbapenem-resistant Acinetobacter spp. has rendered the limited availability of effective antimicrobial agents and has become a major public health concern. In this study, we report the draft genome sequence of A. pittii TCM156, a multidrug-resistant isolate that harbored the blaOXA-357 gene. The genome sequence was further analyzed by various bioinformatics methods. The genome size was estimated to be 3,807,313 bp with 3508 predicted coding regions and G + C content is 38.7%. These findings have raised awareness of the possible emergence of OXA-type enzyme-producing A. pittii isolate in China.
Descritores: Acinetobacter/genética
beta-Lactamases/metabolismo
Infecções por Acinetobacter/microbiologia
DNA Bacteriano/química
Genoma Bacteriano
Análise de Sequência de DNA
Farmacorresistência Bacteriana Múltipla
-Composição de Bases
Acinetobacter/isolamento & purificação
Acinetobacter/efeitos dos fármacos
Acinetobacter/enzimologia
DNA Bacteriano/genética
China
Responsável: BR1.1 - BIREME



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