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Id: biblio-974305
Autor: Leite, Jakson; Passos, Samuel Ribeiro; Simões-Araújo, Jean Luiz; Rumjanek, Norma Gouvêa; Xavier, Gustavo Ribeiro; Zilli, Jerri Édson.
Título: Genomic identification and characterization of the elite strains Bradyrhizobium yuanmingense BR 3267 and Bradyrhizobium pachyrhizi BR 3262 recommended for cowpea inoculation in Brazil
Fonte: Braz. j. microbiol;49(4):703-713, Oct.-Dec. 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: ABSTRACT The leguminous inoculation with nodule-inducing bacteria that perform biological nitrogen fixation is a good example of an "eco-friendly agricultural practice". Bradyrhizobium strains BR 3267 and BR 3262 are recommended for cowpea (Vigna unguiculata) inoculation in Brazil and showed remarkable responses; nevertheless neither strain was characterized at species level, which is our goal in the present work using a polyphasic approach. The strains presented the typical phenotype of Bradyrhizobium with a slow growth and a white colony on yeast extract-mannitol medium. Strain BR 3267 was more versatile in its use of carbon sources compared to BR 3262. The fatty acid composition of BR 3267 was similar to the type strain of Bradyrhizobium yuanmingense; while BR 3262 was similar to Bradyrhizobium elkanii and Bradyrhizobium pachyrhizi. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and three housekeeping genes placed both strains within the genus Bradyrhizobium: strain BR 3267 was closest to B. yuanmingense and BR 3262 to B. pachyrhizi. Genome average nucleotide identity and DNA-DNA reassociation confirmed the genomic identification of B. yuanmingense BR 3267 and B. pachyrhizi BR 3262. The nodC and nifH gene analyses showed that strains BR 3267 and BR 3262 hold divergent symbiotic genes. In summary, the results indicate that cowpea can establish effective symbiosis with divergent bradyrhizobia isolated from Brazilian soils.
Descritores: Bradyrhizobium/isolamento & purificação
Bradyrhizobium/genética
Inoculantes Agrícolas/isolamento & purificação
Inoculantes Agrícolas/genética
Vigna/microbiologia
-Filogenia
Simbiose
Brasil
DNA Bacteriano/genética
RNA Ribossômico 16S/genética
Genoma Bacteriano
Evolução Molecular
Bradyrhizobium/classificação
Bradyrhizobium/fisiologia
Genômica
Nódulos Radiculares de Plantas/microbiologia
Inoculantes Agrícolas/classificação
Inoculantes Agrícolas/fisiologia
Vigna/fisiologia
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-974336
Autor: Zhao, Junfeng; Zhang, Chong; Lu, Zhaoxin.
Título: Differential proteomics research of Bacillus amyloliquefaciens and its genome-shuffled saltant for improving fengycin production
Fonte: Braz. j. microbiol;49(supl.1):166-177, 2018. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National Natural Science Foundation of China.
Resumo: Abstract In the previous study, we used genome shuffling to improve fengycin production of the original strain Bacillus amyloliquefaciens ES-2-4. After two rounds of genome shuffling, a high-yield recombinant FMB72 strain that exhibited 8.30-fold increase in fengycin production was obtained. In this study, comparative proteomic analysis of the parental ES-2-4 and genome-shuffled FMB72 strains was conducted to examine the differentially expressed proteins. In the shuffled strain FMB72, 50 differently expressed spots (p < 0.05) were selected to be excised and analyzed using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight/Time of Flight Mass Spectrometry, and finally 44 protein spots were confidently identified according to NCBI database. According to clusters of orthologous groups (COG) functional category analysis and related references, the differentially expressed proteins could be classified into several functional categories, including proteins involved in metabolism, energy generation and conversion, DNA replication, transcription, translation, ribosomal structure and biogenesis, cell motility and secretion, signal transduction mechanisms, general function prediction. Of the 44 identified proteins, signaling proteins ComA and Spo0A may positively regulate fengycin synthesis at transcriptional level. Taken together, the present study will be informative for exploring the exact roles of ComA and Spo0A in fengycin synthesis and explaining the molecular mechanism of fengycin synthesis.
Descritores: Proteínas de Bactérias/metabolismo
Lipopeptídeos/biossíntese
Bacillus amyloliquefaciens/genética
Bacillus amyloliquefaciens/metabolismo
-Proteínas de Bactérias/genética
Proteínas de Bactérias/química
Genoma Bacteriano
Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz
Embaralhamento de DNA
Proteômica
Bacillus amyloliquefaciens/química
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-1050352
Autor: Barbosa, Victor Augusto Araújo.
Título: Caracterização de mecanismos de regulação transcricional dos genes do sistema de secreção do tipo VI em Klebsiella pneumoniae / Characterization of mechanisms of transcriptional regulation of genes in the type VI secretion system in Klebsiella pneumoniae.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2019. 2019 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: Klebsiella pneumoniae é um patógeno oportunista que causa principalmente infecções respiratórias e do trato urinário. A ocorrência frequente de isolados virulentos resistentes a múltiplas drogas levou a inclusão dessa espécie na lista da OMS das principais prioridades para pesquisa e desenvolvimento de alternativas terapêuticas. O conhecimento abrangente dos mecanismos moleculares subjacentes à virulência da K. pneumoniae pode levar à proposta de medicamentos mais eficientes e específicos. O Sistema de Secreção Tipo VI (T6SS) contribui para a competição bacteriana, invasão celular e colonização in vivo. Apesar dos estudos que mostram o envolvimento do T6SS na patogênese da K. pneumoniae, pouco se conhece sobre a regulação de sua expressão. O entendimento dos mecanismos regulatórios pode fornecer pistas sobre a função desse sistema e contribuir para o desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas para o tratamento de infecções por K. pneumoniae. Esse trabalho teve como objetivo identificar mecanismos de regulação transcricional dos genes do T6SS de K. pneumoniae

Para isso, analisamos os genomas de três cepas (Kp52.145, HS11286 e NTUH-K2044) de forma a predizer e padronizar a anotação dos genes de T6SS através de buscas de similaridade. Foram encontrados 38 genes do T6SS em Kp52.145, 29 em HS11286 e 30 em NTUH-K2044. Nas adjacências dos genes do T6SS foram encontrados genes envolvidos em sistemas de captação de ferro, sugerindo que o T6SS de K. pneumoniae também pode desempenhar um papel na importação de íons. Foram identificadas 17 regiões promotoras dependentes de σ70 em Kp52.145, 12 em HS11286 e 12 em NTUH-K2044. Identificamos ainda 17, 12 e 15 sequências promotoras a partir dos sítios putativos de σ54. Também identificamos 165 sítios de ligação para reguladores transcricionais em Kp52.145, 125 em HS11286 e 134 em NTUH-K2044. Nossos resultados in silico sugerem que o T6SS de K. pneumoniae seja regulado em resposta a sinais ambientais e devem direcionar experimentos in vitro que testem a resposta de K. pneumoniae a variações de temperatura (H-NS), de nutrientes (GcvA e Fis), estresse oxidativo (OxyR) e osmolaridade (RscAB e OmpR). (AU)
Descritores: Genoma Bacteriano
Sistemas de Secreção Tipo VI
Klebsiella pneumoniae
Limites: Animais
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: biblio-839366
Autor: Wang, Jianfeng; Chen, Yan; Wu, Liyan; Chen, Yu; Xu, Liqun.
Título: Draft genome sequence of a multidrug-resistant beta-lactamase OXA-357-producing Acinetobacter pittii ST865 clinical isolate from China
Fonte: Braz. j. microbiol;48(2):196-197, April.-June 2017.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Worldwide increasing emergence of carbapenem-resistant Acinetobacter spp. has rendered the limited availability of effective antimicrobial agents and has become a major public health concern. In this study, we report the draft genome sequence of A. pittii TCM156, a multidrug-resistant isolate that harbored the blaOXA-357 gene. The genome sequence was further analyzed by various bioinformatics methods. The genome size was estimated to be 3,807,313 bp with 3508 predicted coding regions and G + C content is 38.7%. These findings have raised awareness of the possible emergence of OXA-type enzyme-producing A. pittii isolate in China.
Descritores: Acinetobacter/genética
beta-Lactamases/metabolismo
Infecções por Acinetobacter/microbiologia
DNA Bacteriano/química
Genoma Bacteriano
Análise de Sequência de DNA
Farmacorresistência Bacteriana Múltipla
-Composição de Bases
Acinetobacter/isolamento & purificação
Acinetobacter/efeitos dos fármacos
Acinetobacter/enzimologia
DNA Bacteriano/genética
China
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-839392
Autor: Hong, Sung-Jun; Park, Gun-Seok; Khan, Abdur Rahim; Jung, Byung Kwon; Shin, Jae-Ho.
Título: Draft genome sequence of a caprolactam degrader bacterium: Pseudomonas taiwanensis strain SJ9
Fonte: Braz. j. microbiol;48(2):187-188, April.-June 2017.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Pseudomonas taiwanensis strain SJ9 is a caprolactam degrader, isolated from industrial wastewater in South Korea and considered to have the potential for caprolactam bioremediation. The genome of this strain is approximately 6.2 Mb (G + C content, 61.75%) with 6,010 protein-coding sequences (CDS), of which 46% are assigned to recognized functional genes. This draft genome of strain SJ9 will provide insights into the genetic basis of its caprolactam-degradation ability.
Descritores: Pseudomonas/genética
Pseudomonas/metabolismo
DNA Bacteriano/genética
DNA Bacteriano/química
Caprolactama/metabolismo
Genoma Bacteriano
Análise de Sequência de DNA
-Pseudomonas/isolamento & purificação
Composição de Bases
Microbiologia da Água
Biotransformação
Fases de Leitura Aberta
Anotação de Sequência Molecular
Resíduos Industriais
Coreia (Geográfico)
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Id: biblio-839391
Autor: Patil, Virupaksh U; Girimalla, Vanishree; Sagar, Vinay; Chauhan, Rajinder Singh; Chakrabarti, Swarup Kumar.
Título: Genome sequencing of four strains of Phylotype I, II and IV of Ralstonia solanacearum that cause potato bacterial wilt in India
Fonte: Braz. j. microbiol;48(2):193-195, April.-June 2017. tab.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Ralstonia solanacearum is a heterogeneous species complex causing bacterial wilts in more than 450 plant species distributed in 54 families. The complexity of the genome and the wide diversity existing within the species has led to the concept of R. solanacearum species complex (RsSC). Here we report the genome sequence of the four strains (RS2, RS25, RS48 and RS75) belonging to three of the four phylotypes of R. solanacearum that cause potato bacterial wilt in India. The genome sequence data would be a valuable resource for the evolutionary, epidemiological studies and quarantine of this phytopathogen.
Descritores: Doenças das Plantas/microbiologia
Solanum tuberosum/microbiologia
DNA Bacteriano/química
Genoma Bacteriano
Análise de Sequência de DNA
Ralstonia solanacearum/genética
Genótipo
-DNA Bacteriano/genética
Ralstonia solanacearum/isolamento & purificação
Ralstonia solanacearum/classificação
Índia
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Id: biblio-839388
Autor: Sharma, Vikas; Lin, Johnson.
Título: Draft genome sequence of phenol degrading Acinetobacter sp. Strain V2, isolated from oil contaminated soil
Fonte: Braz. j. microbiol;48(2):189-190, April.-June 2017. tab.
Idioma: en.
Resumo: Abstract We report here the draft genome sequence of Acinetobacter sp. Strain V2 isolated from the oil contaminated soil collected from ENGEN, Amanzimtoti, South Africa. Degradation of phenolic compounds such as phenol, toluene, aniline etc. at 400 ppm in 24 h and oil degrading capability makes this organism an efficient multifunctional bioremediator. Genome sequencing of Acinetobacter spp. V2 was carried out on Illumina HiSeq 2000 platform (performed by the Beijing Genomics Institute [BGI], Shenzhen, China). The data obtained revealed 643 contigs with genome size of 4.0 Mb and G + C content of 38.59%.
Descritores: Acinetobacter/genética
Acinetobacter/metabolismo
DNA Bacteriano/genética
DNA Bacteriano/química
Óleos/metabolismo
Genoma Bacteriano
Análise de Sequência de DNA
-Fenóis/metabolismo
Microbiologia do Solo
Poluentes do Solo/metabolismo
África do Sul
Composição de Bases
Acinetobacter/isolamento & purificação
Biotransformação
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Barth, Afonso Luís
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Id: biblio-839376
Autor: Nodari, Carolina Silva; Siebert, Marina; Matte, Ursula da Silveira; Barth, Afonso Luís.
Título: Draft genome sequence of a GES-5-producing Serratia marcescens isolated in southern Brazil
Fonte: Braz. j. microbiol;48(2):191-192, April.-June 2017.
Idioma: en.
Resumo: Abstract Serratia marcescens is a Gram-negative rod intrinsically resistant to polymyxins and usually associated with wound, respiratory and urinary tract infections. The whole genome of the first GES-5-producing S. marcescens isolated from a Brazilian patient was sequenced using Ion Torrent PGM System. Besides blaGES-5, we were able to identify genes encoding for other β-lactamases, for aminoglycoside modifying enzymes and for an efflux pump to tetracyclines.
Descritores: Serratia marcescens/enzimologia
Serratia marcescens/genética
beta-Lactamases/metabolismo
DNA Bacteriano/genética
DNA Bacteriano/química
Genoma Bacteriano
Análise de Sequência de DNA
-Proteínas de Membrana Transportadoras/genética
Serratia marcescens/isolamento & purificação
Transferases/metabolismo
beta-Lactamases/genética
Brasil
Limites: Seres Humanos
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Id: biblio-839362
Autor: Park, Gun-Seok; Hong, Sung-Jun; Park, Seulki; Jin, Hyewon; Lee, Sang-Jae; Shin, Jae-Ho; Lee, Han-Seung.
Título: Draft genome sequence of alcohol-tolerant bacteria Pediococcus acidilactici strain K3
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):1-2, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Projeto: Ministry of Education, Science and Technology.
Resumo: Abstract Pediococcus acidilactici strain K3 is an alcohol-tolerant lactic acid bacterium isolated from nuruk, which is a traditional Korean fermentation starter for makgeolli brewing. Draft genome of this strain was approximately 1,991,399 bp (G+C content, 42.1%) with 1525 protein-coding sequences (CDS), of which 44% were assigned to recognized functional genes. This draft genome sequence data of the strain K3 will provide insights into the genetic basis of its alcohol-tolerance.
Descritores: Adaptação Biológica/efeitos dos fármacos
Adaptação Biológica/genética
Genoma Bacteriano
Etanol/farmacologia
Pediococcus acidilactici/efeitos dos fármacos
Pediococcus acidilactici/genética
-Ácido Láctico/biossíntese
Biologia Computacional/métodos
Genômica/métodos
Etanol/metabolismo
Fermentação
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Anotação de Sequência Molecular
Pediococcus acidilactici/isolamento & purificação
Pediococcus acidilactici/metabolismo
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Id: biblio-839345
Autor: Moon, Ji-Hoi; Kim, Minjung; Lee, Jae-Hyung.
Título: Genome sequence of Prevotella intermedia SUNY aB G8-9K-3, a biofilm forming strain with drug-resistance
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):5-6, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Projeto: Ministry of Health & Welfare, Republic of Korea; . Kyung Hee University.
Resumo: Abstract Prevotella intermedia has long been known to be as the principal etiologic agent of periodontal diseases and associated with various systemic diseases. Previous studies showed that the intra-species difference exists in capacity of biofilm formation, antibiotic resistance, and serological reaction among P. intermedia strains. Here we report the genome sequence of P. intermedia SUNY aB G8-9K-3 (designated ATCC49046) that displays a relatively high antimicrobial resistant and biofilm-forming capacity. Genome sequencing information provides important clues in understanding the genetic bases of phenotypic differences among P. intermedia strains.
Descritores: Genoma Bacteriano
Prevotella intermedia/efeitos dos fármacos
Prevotella intermedia/fisiologia
Biofilmes
Farmacorresistência Bacteriana
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Antibacterianos/farmacologia
-Análise de Sequência de DNA
Biologia Computacional/métodos
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Genômica/métodos
Anotação de Sequência Molecular
Responsável: BR1.1 - BIREME



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