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Id: biblio-1178385
Autor: Pereira, Felicidade Mota; Mello, Arabela Leal e Silva de; Faria, Elaine Cristina; Oliveira, Patrícia Araújo Beck de; Aragão, Mariana Nossa; Chastinet, Akemi Erdens Aoyama.
Título: Experiência do laboratório central de Saúde Pública da Bahia no enfrentamento da pandemia da Covid-19 / Experience of the central laboratory of Public Health of Bahia in coping with the Covid-19 pandemic / Experiencia del laboratorio central de Salud Pública de Bahía en el afrontamiento de la pandemia Covid-19
Fonte: Rev. baiana saúde pública;45(Especial 1):187-203, 20210101.
Idioma: pt.
Resumo: A Covid-19 é uma doença infecciosa causada pelo novo coronavírus, denominado SARS-CoV-2, que causou um surto de pneumonia viral incomum em pacientes em Wuhan, na China, no final do ano de 2019. O vírus se disseminou pelo mundo em grandes proporções, atingindo o status epidemiológico de pandemia. Diante desse cenário, que afetou toda a Federação brasileira, o Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz (Lacen-BA) tem exercido papel fundamental no diagnóstico da Covid-19 e na vigilância genômica do SARS-CoV-2. Nesse sentido, este estudo tem como objetivo descrever as estratégias implementadas pelo Lacen-BA para ampliar a capacidade diagnóstica e atender a demanda da rede SUS-BA no contexto da pandemia da Covid-19. Trata-se de um estudo descritivo-observacional, orientado por um modelo lógico sustentado em quatro dimensões: parque tecnológico, metodologias analíticas, descentralização do exame e monitoramento de indicadores de resultados. As iniciativas de gestão possibilitaram ampliação da capacidade instalada e operacional, mediante modernização da estrutura física, renovação do parque tecnológico, reorganização dos fluxos e processos de trabalho, aporte de novas tecnologias analíticas e estruturação de dashboard para monitorar indicadores e subsidiar o processo decisório. O Lacen-BA, enquanto coordenador da Rede Estadual de Laboratórios de Saúde Pública e sistema de apoio da Rede de Atenção à Saúde (RAS), constitui-se então em estruturas policêntricas essenciais para o diagnóstico descentralizado e regionalizado da Covid-19, contribuindo para a integração sistêmica das ações e serviços no contexto da regionalização da saúde, de modo a garantir a universalidade do acesso e integralidade dos cuidados aos usuários do SUS.

Covid-19 is an infectious disease caused by the new coronavirus, called SARS-CoV-2, which caused an outbreak of unusual viral pneumonia in patients in Wuhan, China, at the end of 2019 and spread across the world, in large proportions, reaching the epidemiological status of a pandemic. Considering this epidemiological scenario that affected the entire Brazilian Federation, the Central Laboratory of Public Health Professor Gonçalo Moniz (Lacen-BA) has played a fundamental role in the diagnosis of Covid-19 and the genomic surveillance of SARS-CoV-2. In this sense, this study aims at describing the strategies implemented by Lacen-BA to expand the diagnostic capacity to meet the demand of the SUS-BA network, in the context of the Covid-19 pandemic. This is a descriptive-observational study, guided by a logical model based on four dimensions: technological park, analytical methodologies, decentralization of the exam and monitoring of result indicators. The management initiatives enabled the expansion of the installed and operational capacity by modernizing the physical structure, renewing the technological park, reorganizing workflows and processes, providing new analytical technologies, structuring the dashboard to monitor indicators and support the decision-making process. The Lacen-BA, as coordinator of the State Public Health Laboratory Network and support system of the Health Care Network (RAS), constitutes essential polycentric structures for the decentralized and regionalized diagnosis of Covid-19, which can contribute to the systemic integration of actions and services in the context of regionalization of health to guarantee the universality of access and comprehensive care to SUS users.

El covid-19 es una enfermedad infecciosa causada por el nuevo coronavirus, llamado SARS-CoV-2, que provocó un brote de neumonía viral inusual en pacientes en Wuhan, China, a fines de 2019, y que se extendió por el mundo, en grandes proporciones hasta alcanzar el estado epidemiológico de pandemia. Ante este escenario epidemiológico que afectó a Brasil, el Laboratorio Central de Salud Pública Profesor Gonçalo Moniz (Lacen-BA) ha jugado un papel fundamental en el diagnóstico del covid-19 y la vigilancia genómica del SARS-CoV-2. En este sentido, este estudio tiene como objetivo describir las estrategias implementadas por Lacen-BA para ampliar la capacidad de diagnóstico y atender la demanda de la red SUS-BA, en el contexto de la pandemia del Covid-19. Este estudio es descriptivo-observacional, guiado por un modelo lógico con base en cuatro dimensiones: parque tecnológico, metodologías analíticas, descentralización del examen y seguimiento de indicadores de resultado. Las iniciativas de gestión permitieron ampliar la capacidad instalada y operativa al modernizar la estructura física, renovar el parque tecnológico, reorganizar los flujos y procesos de trabajo, brindar nuevas tecnologías analíticas y estructuración del cuadro de mando para monitorear indicadores, y apoyar la toma de decisiones. Lacen-BA, como coordinador de la Red Estadual de Laboratorios de Salud Pública y sistema de apoyo de la Red de Atención a la Salud (RAS), constituye estructuras policéntricas imprescindibles para el diagnóstico descentralizado y regionalizado del Covid-19, que pueden contribuir a la integración sistémica de acciones y servicios en el contexto de la regionalización de la salud, a fin de garantizar la universalidad del acceso y la atención integral a los usuarios del SUS.
Descritores: SARS-CoV-2/isolamento & purificação
COVID-19/diagnóstico
Laboratórios
-Genoma Viral
Teste de Ácido Nucleico para COVID-19
SARS-CoV-2/genética
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: biblio-1252525
Autor: Ceará (Estado). Secretaria da Saúde.
Título: Nota Técnica: alerta viajante variante indiana / Technical Note: Indian variant traveler alert.
Fonte: s.l; s.n; 14 maio 2021.
Idioma: pt.
Descritores: Saúde Global
Genoma Viral
Infecções por Coronavirus/virologia
Pandemias/prevenção & controle
Betacoronavirus/genética
Mutação
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-1136797
Autor: Rodrigues, Ayslany Melo; Souza, Rafael Ribeiro Mota; Fonseca, Larissa Moraes dos Santos; Rolo, Carolina de Araújo; Carvalho, Rejane Hughes; Sardi, Silvia Ines; Campos, Gubio Soares.
Título: Genomic surveillance of the Chikungunya Virus (CHIKV) in Northeast Brazil after the first outbreak in 2014
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;53:e20190583, 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: ZIKA FAST TRACK - CAPES; . FINEP/CAPES: MCTI/FINEP/FNDCT; . FAPESP.
Resumo: Abstract INTRODUCTION: We performed an epidemiological surveillance of the Chikungunya (CHIKV) lineages in Bahia after the 2014 East/Central/South African (ECSA) genotype outbreak. METHODS: Reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), viral isolation, and phylogenetic analyses were conducted on serum samples from 605 patients with CHIKV-like symptoms during 2014-2018. RESULTS: Of the 605 samples, 167 were CHIKV-positive. Viral isolation was achieved for 20 samples; their phylogenetic analysis (E2 protein) revealed the presence of ECSA lineage and reinforced the phylogenetic relationship between ECSA and Indian Ocean lineages. CONCLUSIONS: The genomic surveillance of CHIKV showed that only ECSA lineage circulated in Bahia since the 2014 outbreak.
Descritores: Vírus Chikungunya/genética
Genoma Viral/genética
Febre de Chikungunya/virologia
-Filogenia
Brasil/epidemiologia
Surtos de Doenças
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Monitoramento Epidemiológico
Febre de Chikungunya/epidemiologia
Genótipo
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Adulto
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: biblio-1143868
Autor: Santos, Renan da Silva; Bret, Raissa Souza Caminha; Moreira, Ana Cristina de Oliveira Monteiro; Campos, Adriana Rolim; Silva, Angelo Roncalli Alves e; Lima, Danielle Malta; Tavares, Kaio Cesar Simiano.
Título: In silico analysis of mismatches in RT-qPCR assays of 177 SARS-CoV-2 sequences from Brazil
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;53:e20200657, 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Abstract INTRODUCTION: Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) can detect the severe acute respiratory syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) in a highly specific manner. However, a decrease in the specificity of PCR assays for their targets may lead to false negative results. METHODS: Here, 177 high-coverage complete SARS-CoV-2 genome sequences from 13 Brazilian states were aligned with 15 WHO recommended PCR assays. RESULTS: Only 3 of the 15 completely aligned to all Brazilian sequences. Ten assays had mismatches in up to 3 sequences and two in many sequences. CONCLUSION: These results should be taken into consideration when using PCR-based diagnostics in Brazil.
Descritores: Genoma Viral
Infecções por Coronavirus/virologia
Betacoronavirus/genética
-Simulação por Computador
Brasil
RNA Viral/genética
Sensibilidade e Especificidade
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Pandemias
Limites: Humanos
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Texto completo SciELO Cuba
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Id: biblio-1138947 LILACS-Express
Autor: Sotomayor Lugo, Francisco; Corbacho Padilla, José Miguel; Valiente Linares, Ana Margarita; Benítez Cordero, Yudelkis; Viera González, Tatiana.
Título: General aspects about the structure of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) / Aspectos generales sobre la estructura del coronavirus del síndrome respiratorio agudo grave 2 (SARS-CoV-2)
Fonte: Rev. cuba. invest. bioméd;39(3):e867, jul.-set. 2020. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: Introduction: In late 2019, a new coronavirus named Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes respiratory-related illness was reported in Wuhan, China. This virus can attack human lung cells causing a disease called coronavirus disease 2019 (COVID-19), which can lead to pneumonia and acute respiratory distress syndrome. Objective: Describe the structural characteristics of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Methods: A review was written from 47 bibliographic references. Articles and information from national and international journals available in the PubMed, Scopus, Medline, SciELO databases were used. The quality, reliability and validity of the selected articles were analyzed to carry out an adequate review. Analysis-synthesis and logical deduction methods were applied. Development: An introduction to the general aspects of the structure of SARS-CoV-2 is provided by stating the characteristics of the structural and non-structural proteins encoded by the viral genome, which provides the basis for understanding viral entry mechanisms to the host cell, and may be useful to stimulate the search for novel insights and possible therapeutic targets to fight the infection. Conclusions: Knowledge of the structure of the SARS-CoV-2 virus and the characteristics of the structural and non-structural proteins provides the basis for understanding the viral mechanisms of infection and the strategies for developing effective therapeutics(AU)

Introducción: A finales de 2019 se informó el brote de un nuevo coronavirus en Wuhan, China, llamado Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) que causa alteraciones en el aparato respiratorio. Este virus puede atacar las células humanas del pulmón causando una enfermedad denominada enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), que puede producir neumonía y un síndrome de dificultad respiratoria aguda. Objetivo: Describir las características estructurales del virus SARS-CoV-2. Métodos: Se realizó una revisión bibliográfica a partir de 47 referencias. Se utilizaron artículos e información de revistas nacionales e internacionales disponibles en las bases de datos PubMed, Scopus, Medline, SciELO. Para llevar a cabo una revisión adecuada, se analizaron la calidad, fiabilidad y validez de los artículos seleccionados. Se aplicaron métodos de análisis-síntesis y deducción lógica. Desarrollo: Se proporciona una introducción de los aspectos generales de la estructura del SARS-CoV-2. Se enuncian las características de las proteínas estructurales y no estructurales codificadas por el genoma viral, lo que provee la base para comprender los mecanismos virales de entrada a la célula huésped. El artículo resulta de utilidad para estimular la búsqueda de nuevos conocimientos y posibles objetivos terapéuticos para combatir la infección. Conclusiones: El conocimiento sobre la estructura del virus SARS-CoV-2 y las características de las proteínas estructurales y no estructurales que lo forman ampara significativamente las bases para entender los mecanismos virales de la infección y las estrategias para el desarrollo terapéutico efectivo(AU)
Descritores: Vírus da SARS/patogenicidade
-Genoma Viral
Estruturas Virais
Limites: Humanos
Tipo de Publ: Revisão
Responsável: CU1.1 - Biblioteca Médica Nacional


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Texto completo SciELO Chile
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Id: biblio-950865
Autor: Berthet, Nicolas; Descorps-Declère, Stéphane; Nkili-Meyong, Andriniaina Andy; Nakouné, Emmanuel; Gessain, Antoine; Manuguerra, Jean-Claude; Kazanji, Mirdad.
Título: Improved assembly procedure of viral RNA genomes amplified with Phi29 polymerase from new generation sequencing data
Fonte: Biol. Res;49:1-8, 2016. ilus, graf, tab.
Idioma: en.
Projeto: Institut Pasteur. Programme Transversal de Recherche.
Resumo: BACKGROUND: New sequencing technologies have opened the way to the discovery and the characterization of pathogenic viruses in clinical samples. However, the use of these new methods can require an amplification of viral RNA prior to the sequencing. Among all the available methods, the procedure based on the use of Phi29 polymerase produces a huge amount of amplified DNA. However, its major disadvantage is to generate a large number of chimeric sequences which can affect the assembly step. The pre-process method proposed in this study strongly limits the negative impact of chimeric reads in order to obtain the full-length of viral genomes. FINDINGS: Three different assembly softwares (ABySS, Ray and SPAdes) were tested for their ability to correctly assemble the full-length of viral genomes. Although in all cases, our pre-processed method improved genome assembly, only its combination with the use of SPAdes allowed us to obtain the full-length of the viral genomes tested in one contig. CONCLUSIONS: The proposed pipeline is able to overcome drawbacks due to the generation of chimeric reads during the amplification of viral RNA which considerably improves the assembling of full-length viral genomes.
Descritores: RNA Polimerases Dirigidas por DNA/genética
RNA Viral
Genoma Viral
Análise de Sequência de RNA/métodos
Montagem de Vírus
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico/métodos
-Valores de Referência
Software
República Centro-Africana
Reprodutibilidade dos Testes
Alphavirus/genética
Mengovirus/genética
Biologia Computacional
Mapeamento de Sequências Contíguas
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1146492
Autor: Ortega Pérez, Carlos Alexander(edt); Rivera, Noe Rigoberto(edt); Sandoval López, Xochitl(edt); Hernández Ávila, Carlos Enrique(edt).
Título: Análisis de la mutación D614G en secuencia del genoma completo de SARS-CoV-2 en El Salvador / Analysis of the D614G mutation in the sequence of the complete SARS-CoV-2 genome in El Salvador
Fonte: Alerta (San Salvador);4(1):72-77, ene, 22, 2021. ilus, tab.
Idioma: es.
Resumo: El 18 de marzo se reporta el primer caso de infección por SARS- CoV-2 confirmado en El Salvador y durante el mes de octubre de 2020 se logra secuenciar el genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras obtenidas en el país. Objetivo. Analizar in silico las mutaciones detectadas en las secuencias aisladas en El Salvador. Metodología. Se utilizó la plataforma SOPHiA-DDM-V5.7.10., para la determinación de las variantes por mutaciones con sentido erróneo. Se utilizó la plataforma Nexclade beta v0.8.1.; se visualizó y comparó la proteína S silvestre (D614: PDB ID: 6VXX) y de la variante mutada (D614G: PDB ID: 6XS6). Para el modelamiento y generación de imágenes de los detalles moleculares de las proteínas se utilizó Pymol-v1.7.2.3. Resultados. Los cristales de la proteína S silvestre y mutada muestra diferencias a nivel molecular, incluyendo la pérdida de interacciones entre el residuo G614 del dominio S1 y la treonina 859 de dominio S2, favoreciendo de esta manera la conformación abierta de la proteína S, la cual es necesaria para la interacción de S con el receptor ACE2. Conclusión. Los hallazgos confirman el predominio de la variante D614G en este grupo de secuencias, lo cual probablemente favorece su transmisibilidad, que puede explicarse por la configuración de los sitios de unión con receptor ACE2. El predominio mundial de la D614G y las evidencias de laboratorio y bioinformáticas publicadas hasta la fecha, apuntan hacia una posible mayor infectividad y transmisibilidad

On March 18, the first confirmed case of SARS-CoV-2 infection was reported in El Salvador and during the month of October 2020, the SARS-CoV-2 genome was sequenced from samples obtained in the country. Objective. To analyze in silico the mutations detected in the sequences isolated in El Salvador. Methodology. The SOPHiA-DDM-V5.7.10. Platform was used for the determination of variants due to missense mutations. The Nexclade beta v0.8.1 platform was used; The wild-type protein S (D614: PDB ID: 6VXX) and the mutated variant (D614G: PDB ID: 6XS6) were visualized and compared. For the modeling and generation of images of the molecular details of the proteins, Pymol-v1.7.2.3 was used. Results. The crystals of wild and mutated protein S show differences at the molecular level, including the loss of interactions between residue G614 of domain S1 and threonine 859 of domain S2, thus favoring the open conformation of protein S, which is necessary for the interaction of S with the ACE2 receptor. Conclusion. The findings confirm the predominance of the D614G variant in this group of sequences, which probably favors its transmissibility, which can be explained by the configuration of the ACE2 receptor binding sites. The worldwide prevalence
Descritores: Genoma Viral
Infecções por Coronavirus
Vírus da SARS
Responsável: SV2 - Departamento de Gobernanza y Gestión del Conocimiento


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Id: biblio-1146458
Autor: Rivera, Noe Rigoberto(edt); Ortega Pérez, Carlos Alexander(edt); Sandoval Lopez, Xochitl(edt); Hernandez Ávila, Carlos Enrique(edt).
Título: Primeras seis secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 por NGS en El Salvador / First six sequences of the complete SARS-CoV-2 genome by NGS in El Salvador
Fonte: Alerta (San Salvador);4(1):61-66, ene, 22, 2021. ilus, tab.
Idioma: es.
Resumo: En este trabajo se describen las primeras secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños. Objetivo. Reportar las primeras secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 de casos procedentes de El Salvador. Metodología. Se realizó una secuenciación masiva en la plataforma MiniSeq Illumina a partir de muestras de secreción nasofaríngea. Resultados. El análisis filogenético determinó que estas muestras pertenecen al clado 20C secundario de 20A que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula. La mutación S: D614G fue encontrada en las seis secuencias de SARS-CoV-2. En la plataforma GISAID, las secuencias mostraron pertenecer al clado GH linaje pangolín B.1.2 y B.1.370; ambos linajes están presentes en Estados Unidos. Conclusión. El análisis filogenético evidenció que estas seis muestras pertenecen al clado 20C, clado secundario de 20A, que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula

This work describes the first complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from samples of Salvadoran patients. Objective. Report the first complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from cases from El Salvador. Methodology. Massive sequencing was performed on the MiniSeq Illumina platform from samples of nasopharyngeal secretion. Results. Phylogenetic analysis determined that these samples belong to the secondary 20C clade of 20A which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation. The S: D614G mutation was found in all six SARS-CoV-2 sequences. In the GISAID platform, the sequences were shown to belong to the clade GH pangolin lineage B.1.2 and B.1.370; both lineages are present in the United States. Conclusion. Phylogenetic analysis showed that these six samples belong to clade 20C, a secondary clade of 20A, which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation
Descritores: Genoma Viral
Infecções por Coronavirus
Vírus da SARS
Responsável: SV2 - Departamento de Gobernanza y Gestión del Conocimiento


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Id: lil-588296
Autor: Chirelli, Audrey Cilli.
Título: Padronização e implantação de técnicas de potência e identidade genética para caracterização das cepas vacinais e da vacina de rotavírus reassortant humano-bovino (BRV-UK) produzida pelo Instituto Butantan / Standardization and implementation of potency and virus identity methodologies to characterization of the vaccine strains and the human-bovine reassortant rotavirus vaccine produced by Intituto Butantan.
Fonte: São Paulo; s.n; 2010. 112 p. ilus, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a São Paulo (Estado) Secretaria da Saúde. Coordenadoria de Controle de Doenças. Programa de Pós-Graduação em Ciências para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: Os rotavírus são considerados os agentes virais mais importantes associados às diarréias agudas graves, de distribuição mundial, acometendo principalmente crianças menores de 5 anos. Os esforços para desenvolvimento de vacinas contra rotavírus tiveram início na década de 80 e continuam até hoje. O Instituto Butantan está produzindo uma vacina pentavalente contra rotavírus baseada na vacina reassortant humano-bovino tetravalente (BRV-UK) desenvolvida pelo NIH (National Institute of Healthy, EUA), composta pelos genótipos G1-G4 acrescida do genótipo G9 emergente no Brasil. De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS) para que a vacina de rotavírus vivo atenuado seja licenciada, alguns testes de produção, controle de qualidade e avaliação da segurança e eficácia da vacina são necessários. Esses testes devem ser realizados em diferentes etapas da produção da vacina. Este estudo teve como objetivo a padronização e implantação das técnicas necessárias para titulação e caracterização molecular das cepas vacinais e da vacina contra rotavírus produzida pelo Instituto Butantan. Após implantação, testes para a análise de amostras dos animais de experimentação foram realizados. Os testes de potência e neutralização foram realizados utilizando amostras padrões dos genótipos utilizados na vacina e, a partir daí, as amostras vacinais foram analisadas quanto à titulação obtendo-se títulos que variaram de 105 a 107. Os testes de similaridade genética das amostras vacinais demonstraram 99,3% a 100% de similaridade em relação aos padrões. As amostras de animais de experimentação apresentaram soro conversão para os genótipos G1, G2, G3 e G4. Nos testes de excreção viral, sete amostras foram positivas para rotavírus e identificadas como genótipo G3P[?]. A padronização dos testes de titulação viral e neutralização possibilitaram a utilização destes testes para avaliação das amostras vacinais e para os testes utilizando animais de experimentação.

Rotaviruses are considered the most important viral agents associated with severe acute diarrhea, worldwide distribution, affecting mainly children under 5 years. Efforts to developing rotavirus vaccines began in the '80s and continue until today. The Butantan Institute is producing a pentavalent vaccine based on a tetravalentreassortant bovine-human rotavirus vaccine (BRV-UK) developed by the NIH(National Institute of Healthy, USA), composed by genotypes G1-G4 and G9genotype emergent in Brazil. According to the World Health Organization (WHO) for the live attenuated rotavirus vaccine to be licensed some production tests, quality control and evaluation of safety and efficacy of the vaccine are necessary. These tests must be performed in different stages of vaccine production. This study was conducted to standardized and to implement necessary techniques to titrate and formolecular characterization of vaccine strains and rotavirus vaccine produced by Butantan Institute. After implementation, analysis tests of experimental animal samples were conducted. The tests of virus titration and neutralization were performed with standard samples of the genotypes used in the vaccine and afterwards, the samples were analyzed for titration yielding titers that ranged from105 to 107. Tests for genetic identity of the vaccine samples showed 99.3% to 100% similarity in relation to standards. Experimental animal samples testing showed seroconvertion for genotypes G1, G2, G3 and G4. Viral excretion tests, seven samples were positive for rotavirus and identified as genotype G3P[?]. The standardviral titration and neutralization tests allowed these tests to be used for vaccine samples evaluation and for experimental animal samples tests.
Descritores: Experimentação Animal
Genoma Viral
Rotavirus
Testes de Neutralização
Vacinas contra Rotavirus
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação
BR91.2; W4, C542p, 2010


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Id: lil-440846
Autor: Gomes, Michele Mesquita Soares.
Título: Caracterização de genomas completos do vírus da hepatite B de diferentes genótipos isolados no Brasil / Characterization of complete genomas of the virus of hepatitis B of different isolated genotypes in Brazil.
Fonte: São Paulo; s.n; 2005. 130 p. ilus, mapas, tab.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a São Paulo (Estado). Secretaria da Saúde. Coordenadoria de Controle de Doenças. Programa de Pós-Graduação em Ciências para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: A infecção pelo Vírus da Hepatite B (HBV) está relacionada a diversas formas de evolução clínica, porém os fatores determinantes do curso clínico da infecção ainda não estão claramente definidos. Diversos estudos têm evidenciado que a variabilidade genética do HBV pode estar associada com diferentes taxas de transmissão, evolução clínica da doença, resposta ao tratamento ou progressão para carcinoma hepatocelular. A prevalência da infecção pelo HBV no Brasil é considerada intermediária, porém algumas regiões apresentam uma elevada endemicidade, apesar disso ainda há poucas informações disponíveis sobre a variabilidade genética das cepas circulantes. O objetivo deste trabalho foi padronizar reações de PCR e seqüenciamento para a caracterização de genomas completos do HBV de diferentes genótipos que circulam no Brasil. Uma amostra previamente determinada como genótipo D foi utilizada para a padronização, posteriormente 30 amostras pertencentes aos diferentes genótipos já caracterizados no Brasil com base na seqüência parcial do gene S foram então caracterizadas. O DNA extraído foi amplificado utilizando-se os “primers” P1 e P2 (Günther et al., 1995) e a mistura de enzimas ELONGASE, sendo que para amplificar algumas amostras houve a necessidade de realização de reações de “nested” PCR. Os produtos amplificados foram purificados e seqüenciados utilizando-se o seqüenciador automático ABI model 377. Com esta metodologia, foram caracterizados 19 genomas completos do HBV (4 genótipo A, 1 genótipo B, 5 genótipo C, 3 genótipo D, 5 genótipo F e 1 genótipo H). A análise filogenética demonstrou que os dois subgruposdo genótipo A (A1 e A2) circulam no Brasil, assim como dois subgrupos (Ib e II) do genótipo F. No gene pré-core foi observada a mutação G1896A, principalmente entre as amostras pertencentes ao genótipo C e D; no genepré-S foram identificadas deleções em duas amostras genótipo F; no gene S de algumas amostras foram identificadas mutações relacionadas ao escape d
Descritores: Epidemiologia Molecular
Genoma Viral
Genótipo
Mutação
Reação em Cadeia da Polimerase/métodos
Vírus da Hepatite B/genética
-Brasil
Saúde Pública
Responsável: BR91.2 - Centro de Documentação
BR91.2; W4, G633c, 2005



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