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Texto completo SciELO Chile
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Id: biblio-950877
Autor: Sun, Yufang; Liu, Dianfeng; Xiao, Bo; Jiang, Guofang.
Título: The comparative mitogenomics and phylogenetics of the two grouse-grasshoppers (Insecta, Orthoptera, Tetrigoidea)
Fonte: Biol. Res;50:34, 2017. tab, graf.
Idioma: en.
Projeto: National (Youth) Natural Science Foundation of China; . Youth Natural Science Foundation of Jiangsu Province.
Resumo: OBJECTIVE: This study aimed to reveal the mitochondrial genomes (mtgenomes) of Tetrix japonica and Alulatettix yunnanensis, and the phylogenetics of Orthoptera species. METHODS: The mtgenomes of A. yunnanensis and T. japonica were firstly sequenced and assembled through partial sequences amplification, and then the genome organization and gene arrangement were analyzed. Based on nucleotide/amino acid sequences of 13 protein-coding genes and whole mtgenomes, phylogenetic trees were established on 37 Orthoptera species and 5 outgroups, respectively. RESULTS: Except for a regulation region (A+T rich region), a total of 37 genes were found in mtgenomes of T. japonicaand A. yunnanensis, including 13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNA genes, and 22 transfer RNA genes, which exhibited similar characters with other Orthoptera species. Phylogenetic tree based on 13 concatenated protein-coding nucleotide sequences were considered to be more suitable for phylogenetic reconstruction of Orthoptera species than amino acid sequences and mtgenomes. The phylogenetic relationships of Caelifera species were Acridoidea and Pamphagoidea > Pyrgomorphoidea > Pneumoroidea > Eumastacoidea > Tetrigoidea > Tridactyloidea. Besides, a sister-group relationship between Tettigonioidea and Rhaphidophoroidea was revealed in Ensifera. CONCLUSION: Concatenated protein-coding nucleotide sequences of 13 genes were suitable for reconstruction of phylogenetic relationship in orthopteroid species. Tridactyloidea was a sister group of Tetrigoidea in Caelifera, and Rhaphidophoroidea was a sister group of Tettigonioidea in Ensifera.
Descritores: Evolução Molecular
Genoma Mitocondrial/genética
Gafanhotos/genética
-Filogenia
Sequência de Bases
Análise de Sequência de DNA
Gafanhotos/classificação
Limites: Animais
Responsável: CL1.1 - Biblioteca Central


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Id: biblio-1026261
Autor: Costa, Carlos Henrique Aguiar.
Título: Genoma mitocondrial de Simulium spp. e Onchocerca volvulus na Amazônia brasileira / Mitochondrial genome of Simulium spp. and Onchocerca volvulus in the Brazilian Amazon.
Fonte: Rio de Janeiro; s.n; 2018. 59 p. ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Instituto Oswaldo Cruz para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: As espécies de simulídeos são vetores de filárias, como as do gênero Onchocerca e Mansonella, que são os agentes etiológicos da oncocercose e mansonellose, respectivamente. Essas duas filárias ocorrem na região Amazônica brasileira e são transmitidas pelas seguintes espécies de vetores: Simulium incrustatum, S. limbatum, S. oyapockense, S. exiguum, S. guianense, e S. roraimense. As espécies de Simulium tem sido designada com base em caracteres morfológicos, os quais, em alguns casos, não são bem discriminativos. Recentemente, o gene mitocondrial Citocromo c-oxidase 1 (CO1) e a região nuclear Internal Transcribed Spacer (ITS) tem sido utilizados para descriminar espécies e definir populações dentro deste gênero. Entretanto, existe um grande gap acerca da informação genética de Simulium, o qual é considerado a linha de base para estudos ecológicos e populacionais. Considerando este cenário, nosso objetivo foi aplicar a metagenômica para recuperar genomas mitocondriais de amostras brasileiras S. incrustatum e S. oyapockense do foco de oncocercose e também a informação genética a respeito de seus microbiomas. O DNA total de dez simulídeos, morfologicamente identificados como S. incrustatum (3) e S. oyapockense (7) foram sequenciados randomicamente na plataforma Illumina HiSeq 2500. Nós recuperamos dez genomas mitocondriais com cobertura média de 15,591 bp e conteúdo médio de GC de 22,94 %, apresentando o mesmo conteúdo gênico e em sintenia. Baseado nestes mitogenomas, no gene mitocondrial CO1, e também na região nuclear (ITS), realizamos análises filogenéticas que mostraram a presença de três espécies conhecidas dentre as amostras: S. incrustatum, S. oyapockense e S. guianense, e também um grupo de amostras pertencentes à Simulium spp. Nós também recuperamos um genoma mitocondrial de Onchocerca volvulus da amostra aqui identificada como S. guianense.

Análises taxonômicas do microbioma dos simulídeos revelaram Proteobacteria e Ascomycota como os filos mais abundantes. A análise funcional revelou que a família de enzimas das Transcriptases Reversas são as mais abundantes. Portanto, nós contribuímos com informação genética original preenchendo parte do viés a respeito das espécies de Simulium associadas ao foco brasileiro de oncocercose. (AU)
Descritores: Oncocercose
Simuliidae
Onchocerca volvulus
Genoma Mitocondrial
Metagenômica
Limites: Animais
Responsável: BR15.1 - Biblioteca de Ciências Biomédicas


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Id: biblio-942729
Autor: Villegas, Luis Eduardo Martínez.
Título: Genomic study of Anopheles (Nyssorhynchus) aquasalis, Curry 1932. A Neotropical human malaria vector.
Fonte: Belo Horizonte; s.n; 2015. 136 p.
Idioma: en.
Tese: Apresentada a Centro de Pesquisas René Rachou para obtenção do grau de Doutor.
Resumo: A malária humana é uma doença provocada por parasitas do gênero Plasmodium, os quais na natureza requerem de um mosquito anofelíno para completar o seu ciclo de vida e serem transmitidos a um hospedeiro humano. Nas Américas, o Brasil tem a maior incidência de malária, sendo responsável por 41% dos casos. Com o aparecimento do sequenciamento de nova geração e das ferramentas bioinformática relacionados, grandes avanços foram alcançados em relação à montagem de genomas e transcriptomas de anofelinos, assim como na exploração de estratégias de paratransgenesis para interromper a transmissão da malária. No entanto, os vetores neotropicais da malária encontram-se longe dos vetores da África e Ásia no que refere a estes conhecimentos. Este estudo é parte de um esforço contínuo para montar o genoma do Anopheles aquasalis, um vetor neotropical da malária humana, que atualmente posiciona-se como um excelente modelo de transmissão da malária no Brasil. Em paralelo ao sequenciamento do genoma, e para maximizar os dados gerados, optamos por focar em duas tarefas pontuais e viáveis: explorar a diversidade e composição do consórcio bacteriano associado ao anofelino; assim como montar e caracterizar o genoma mitocondrial desta espécie.

O sequenciamento metagenômico ̈shotgun ̈ e o programa MG-RAST foram utilizados para fazer um ̈screening ̈ das bactérias associadas à pupas de A .aquasalis criadas em laboratório. O consórcio bacteriano predito é composto por 74 gêneros contendo bactérias marinhas e bioluminescentes. No nível taxonômico de família bacteriana, identificamos 14 OTUs compartilhadas entre anofelinos americanos e africanos. Além disso, foram comparadas cinco comunidades bacterianas associadas a duas espécies de anofelinos: A. aquasalis e Anopheles gambiae. Foi identificada uma associação significativa (NPMANOVA p <0,05) entre a composição da comunidade bacteriana e o ambiente aquático (laboratório ou condições semi-naturais) nas quais cada hospedeiro anofelino foi criado. Atualmente, o entendimento da filogenia do gênero Anopheles é limitado e as informações sobre o tempo de divergência dentro da linhagem de mosquitos é escassa.

Apresentamos a sequencia de 15,393 pb correspondente ao genoma mitocondrial de A. aquasalis. Quando comparado com outros mitogenomas anofelinos relevantes, observou-se alta similaridade na composição dos genomas assim como características estruturais conservadas. Através de análises Bayesianas, reconstruímos as relações filogenéticas e estimamos a data de divergência entre 22 anofelinos e outras espécies de dípteros. Descobrimos que o mais recente ancestral entre as subfamílias Nyssorhynchus e Anopheles +Cellia existiu ~ 83 milhões anos atrás (MYA). Estimou-se que A. aquasalis divergiu do complexo do Anopheles albitarisis faz ~ 28 MYA, e faz ~ 38 MYA do Anopheles darlingi. A distribuição estreita e o peculiar nicho ecológico do A. aquasalis, além de considerar a sua adaptação a ambientes larvários com água salobra fizeram nos perguntar se a sua história evolutiva deixou uma marca na arquitetura do seu genoma, assim como sobre a estrutura da comunidade bacteriana associada a este anofelino.
Descritores: Anopheles/genética
Genoma Mitocondrial/genética
Malária/genética
Microbiota/genética
Plasmodium/genética
Limites: Masculino
Feminino
Humanos
Responsável: BR1719.1 - Biblioteca do CPqRR
BR1719.1; 616.936 2, V732g, 2015


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Texto completo SciELO Brasil
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Id: lil-794405
Autor: Moreira, Daniel A; Buckup, Paulo A; Britto, MarceloR; Magalhães, Maithê G. P; Andrade, Paula C. C. de; Furtado, Carolina; E. Parente, Thiago.
Título: The complete mitochondrial genome of Corydoras nattereri (Callichthyidae: Corydoradinae)
Fonte: Neotrop. ichthyol;14(1), 2016.
Idioma: en.
Resumo: The complete mitogenome of Corydoras nattereri , a species of mailed catfishes from southeastern Brazil, was reconstructed using next-generation sequencing techniques. The mitogenome was assembled using mitochondrial transcripts from the liver transcriptomes of three individuals, and produced a circular DNA sequence of 16,557 nucleotides encoding 22 tRNA genes, two rRNA genes, 13 protein-coding genes and two noncoding control regions (D-loop, OrigL). Phylogeographic analysis of closely related sequences of Cytochrome Oxydase C subunit I (COI) demonstrates high diversity among morphologically similar populations of C. nattereri . Corydoras nattereri is nested within a complex of populations currently assigned to C. paleatus and C. ehrhardti . Analysis of mitogenome structure demonstrated that an insertion of 21 nucleotides between the ATPase subunit-6 and COIII genes may represent a phylogenetically informative character associated with the evolution of the Corydoradinae.

O mitogenoma completo de Corydoras nattereri , uma espécie de bagres encouraçados do sudeste do Brasil, foi reconstruído através de técnicas de sequencimento de DNA de próxima geração. O mitogenoma foi produzido a partir de produtos de transcrição mitocondrial dos transcriptomas hepáticos de três indivíduos, resultando numa sequência de DNA circular de 16.557 nucleotídeos abrangendo 22 genes de tRNA, dois genes de rRNA, 13 genes codificadores de proteínas e duas regiões de controle não codificadoras (D-loop, OrigL). A análise filogenética de sequências proximamente relacionadas da subunidade I do gene Citocrome Oxidase C (COI) demonstrou a existência de elevada diversidade entre populações morfologicamente similares de C. nattereri . Corydoras nattereri está inserida num complexo de populações atualmente identificadas como C. paleatus e C. ehrhardti . A análise da estrutura do mitogenoma demonstra que a inserção de uma sequência de 21 nucleotídeos entre os genes da subunidade 6 da ATPase e do COIII representa um caráter filogeneticamente informativo associado à evolução de Corydoradinae.
Descritores: Genoma Mitocondrial/genética
Peixes-Gato/genética
-DNA
RNA
Limites: Animais
Responsável: BR68.1 - Biblioteca Virginie Buff D'Ápice


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Alecrim, Maria das Graças Costa
Alecrim, Wilson Duarte
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Id: lil-748366
Autor: Sampaio, Vanderson Souza; Siqueira, André Machado; Alecrim, Maria das Graças Costa; Mourão, Maria Paula Gomes; Marchesini, Paola Barbosa; Albuquerque, Bernardino Cláudio; Nascimento, Joabi; Figueira, Élder Augusto Guimarães; Alecrim, Wilson Duarte; Monteiro, Wuelton Marcelo; Lacerda, Marcus Vinícius Guimarães.
Título: Malaria in the State of Amazonas: a typical Brazilian tropical disease influenced by waves of economic development
Fonte: Rev. Soc. Bras. Med. Trop;48(supl.1):4-11, 2015. graf.
Idioma: en.
Resumo: In Brazil, more than 99% of malaria cases are reported in the Amazon, and the State of Amazonas accounts for 40% of this total. However, the accumulated experience and challenges in controlling malaria in this region in recent decades have not been reported. Throughout the first economic cycle during the rubber boom (1879 to 1912), malaria was recorded in the entire state, with the highest incidence in the villages near the Madeira River in the Southern part of the State of Amazonas. In the 1970s, during the second economic development cycle, the economy turned to the industrial sector and demanded a large labor force, resulting in a large migratory influx to the capital Manaus. Over time, a gradual increase in malaria transmission was observed in peri-urban areas. In the 1990s, the stimulation of agroforestry, particularly fish farming, led to the formation of permanent Anopheline breeding sites and increased malaria in settlements. The estimation of environmental impacts and the planning of measures to mitigate them, as seen in the construction of the Coari-Manaus gas pipeline, proved effective. Considering the changes occurred since the Amsterdam Conference in 1992, disease control has been based on early diagnosis and treatment, but the development of parasites that are resistant to major antimalarial drugs in Brazilian Amazon has posed a new challenge. Despite the decreased lethality and the gradual decrease in the number of malaria cases, disease elimination, which should be associated with government programs for economic development in the region, continues to be a challenge.
Descritores: DNA Mitocondrial/genética
Especiação Genética
Variação Genética
Ruminantes/classificação
Ruminantes/genética
-Evolução Molecular
Genética Populacional
Genoma Mitocondrial
Cariótipo
Mitocôndrias/genética
Filogenia
Translocação Genética
Limites: Animais
Tipo de Publ: Research Support, Non-U.S. Gov't
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-727942
Autor: Boudet, Raúl Vicente.
Título: Influencia del tipo de alimentación en el desarrollo de la alergia a la leche de vaca en niños pequeños factores involucrados en el proceso por el cual se adquiere la enfermedad / nfluence of the type of power supply in the development of cow's milk allergy in young children factors involved in the process by which it acquires the disease.
Fonte: Córdoba; s.n; 2014. 118 p. tab.
Idioma: es.
Tese: Apresentada a Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas para obtenção do grau de Doctor.
Resumo: Antecedentes: Los resultados de las investigaciones sobre la historia natural de la alergia a la leche de vaca (ALV) no han provisto aún, de un cuadro claro y consistente que ayude en la práctica al médico tratante. Objetivos: Identificar los factores involucrados en el desarrollo de la enfermedad en lactantes pequeños, con el fin de determinar perfiles específicos e índices predictivos. Estudiar la influencia de haplogrupos mitocondriales en un grupo de niños ALV, con el fin de arribar a un mejor conocimiento de la herencia biológica y genética en la etiología de la enfermedad. Lugar de realización: Río Cuarto, Córdoba, Argentina. Diseño:Análisis observacional y retrospectivo.Análisis de mutaciones o variantes de la región D-loop del ADN mitocondrial.Población: 91 niños con diagnóstico de ALV y 91 controles, de ambos sexos, menores de 6 años, mientras que 11 niños con diagnóstico de ALV y 30 controles, de ambos sexos, menores de 2 años, conformaron la población del estudio de haplogrupos mitocondriales.Método: Análisis de factores seleccionados de las historias clínicas, su relación individual con el diagnóstico (prueba X2, Odds Ratios, diferencias de medias) y su incidencia conjunta en la probabilidad de ser ALV para determinar perfiles (Análisis de Correspondencia Múltiple y Regresión Logística). Elaboración de 3 índices predictivos basados en: Odds Ratios individuales, los correspondientes a la Regresión Logística y la identificación de criterios mayores y menores, con su respectiva evaluación de efectividad diagnóstica (sensibilidad, especificidad, valores predictivos y curva ROC). Para el procesamiento de datos y obtención de los resultados empleados en el análisis de mutaciones o variantes de la región D-loop del genoma mitocondrial y en el estudio filogenético se utilizaron diferentes programas específicos (software) disponibles.

ABSTRACT: Background: The results of the research on the natural history of allergy to cow's milk allergy (CMA) still have not provided a clear picture and consistent that in practice helps the attending physician. Objectives: To identify the factors involved in the development of the disease in young infants, in order to determine specific profiles and predictive clinical indexes.Study the influence of haplogroup mitochondrial in a group of children ALV, in order to arrive at a better understanding of the biological and genetic heritage in the etiology of the disease. Setting: Río Cuarto, Córdoba, Argentina. Design: Observational and retrospective analysis. Analysis of mutations or variants of the mitochondrial DNA D-loop region.Population: 91 children with a diagnosis of CMA and 91 controls, of both sexes, under the age of 6 years, while 11 children with a diagnosis of CMA and 30 controls, of both sexes, under 2 years old, formed the population of the study of mitochondrial haplogroups. Methods:Analysis of selected factors of the clinical histories, their relationship with the individual diagnosis (test X2, Odds Ratios, differences in average) and their combined impact on the probability of being CMA to determine profiles (multiple correspondence analysis and logistic regression). Elaboration of 3 predictive indices based on: individual Odds Ratios, corresponding to the logistic regression and the identification of greater and smaller criteria, with its respective evaluation of effectiveness diagnoses (predictive sensitivity, specificity, values and ROC curve).For data processing and the results used for the analysis of mutations or variants of the D-loop of mitochondrial genome region and the phylogenetic study used different specific programmes (software) available.
Descritores: Substitutos do Leite Humano
Criança
Genoma Mitocondrial
Intolerância à Lactose
Hipersensibilidade a Leite
Limites: Humanos
Masculino
Feminino
Lactente
Criança
Tipo de Publ: Estudo de Validação
Responsável: AR32.1 - Biblioteca Prof. Dr. J. M. Allende
AR32.1; T, B-95 2014


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Id: lil-716297
Autor: Tyagi, Suchi; Pande, Veena; Das, Aparup.
Título: Mitochondrial genome sequence diversity of Indian Plasmodium falciparum isolates
Fonte: Mem. Inst. Oswaldo Cruz;109(4):494-498, 03/07/2014. tab, graf.
Idioma: en.
Resumo: We have analysed the whole mitochondrial (mt) genome sequences (each ~6 kilo nucleotide base pairs in length) of four field isolates of the malaria parasite Plasmodium falciparum collected from different locations in India. Comparative genomic analyses of mt genome sequences revealed three novel India-specific single nucleotide polymorphisms. In general, high mt genome diversity was found in Indian P. falciparum, at a level comparable to African isolates. A population phylogenetic tree placed the presently sequenced Indian P. falciparum with the global isolates, while a previously sequenced Indian isolate was an outlier. Although this preliminary study is limited to a few numbers of isolates, the data have provided fundamental evidence of the mt genome diversity and evolutionary relationships of Indian P. falciparum with that of global isolates.
Descritores: DNA de Protozoário/genética
Variação Genética/genética
Genoma Mitocondrial/genética
Plasmodium falciparum/genética
Proteínas de Protozoários/genética
-África
Sequência de Bases
Haplótipos
Índia
Filogenia
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Alinhamento de Sequência
Tipo de Publ: Estudo Comparativo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: lil-616996
Autor: Cheng, Yuanzhi; Wang, Rixin; Sun, Yuena; Xu, Tianjun.
Título: The complete mitochondrial genome of the small yellow croaker and partitioned Bayesian analysis of Sciaenidae fish phylogeny
Fonte: Genet. mol. biol;35(1):191-199, 2012. ilus, tab.
Idioma: en.
Projeto: Nation Nature Science Foundation of China; . Zhejiang Provincial Natural Science Foundation of China; . Important Science and Technology Specific Projects of Zhejiang Province.
Resumo: To understand the phylogenetic position of Larimichthys polyactis within the family Sciaenidae and the phylogeny of this family, the organization of the mitochondrial genome of small yellow croaker was determined herein. The complete, 16,470 bp long, mitochondrial genome contains 37 mitochondrial genes (13 protein-coding, 2 ribosomal RNA and 22 transfer RNA genes), as well as a control region (CR), as in other bony fishes. Comparative analysis of initiation/termination codon usage in mitochondrial protein-coding genes of Percoidei species, indicated that COI in Sciaenidae entails an ATG/AGA codon usage different from other Percoidei fishes, where absence of a typical conserved domain or motif in the control regions is common. Partitioned Bayesian analysis of 618 bp of COI sequences data were used to infer the phylogenetic relationships within the family Sciaenidae. An improvement in harmonic mean -lnL was observed when specific models and parameter estimates were assumed for partitions of the total data. The phylogenetic analyses did not support the monophyly of Otolithes, Argyrosomus, and Argyrosominae. L. polyactis was found to be most closely related to Collichthys niveatus, whereby, according to molecular systematics studies, the relationships within the subfamily Pseudosciaenidae should be reconsidered.
Descritores: Teorema de Bayes
Genoma Mitocondrial
Região de Controle de Locus Gênico
Responsável: BR1.1 - BIREME



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