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Id: biblio-839362
Autor: Park, Gun-Seok; Hong, Sung-Jun; Park, Seulki; Jin, Hyewon; Lee, Sang-Jae; Shin, Jae-Ho; Lee, Han-Seung.
Título: Draft genome sequence of alcohol-tolerant bacteria Pediococcus acidilactici strain K3
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):1-2, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Projeto: Ministry of Education, Science and Technology.
Resumo: Abstract Pediococcus acidilactici strain K3 is an alcohol-tolerant lactic acid bacterium isolated from nuruk, which is a traditional Korean fermentation starter for makgeolli brewing. Draft genome of this strain was approximately 1,991,399 bp (G+C content, 42.1%) with 1525 protein-coding sequences (CDS), of which 44% were assigned to recognized functional genes. This draft genome sequence data of the strain K3 will provide insights into the genetic basis of its alcohol-tolerance.
Descritores: Adaptação Biológica/efeitos dos fármacos
Adaptação Biológica/genética
Genoma Bacteriano
Etanol/farmacologia
Pediococcus acidilactici/efeitos dos fármacos
Pediococcus acidilactici/genética
-Ácido Láctico/biossíntese
Biologia Computacional/métodos
Genômica/métodos
Etanol/metabolismo
Fermentação
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Anotação de Sequência Molecular
Pediococcus acidilactici/isolamento & purificação
Pediococcus acidilactici/metabolismo
Responsável: BR1.1 - BIREME


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Id: biblio-839346
Autor: Hong, Sung-Jun; Park, Chang Eon; Park, Gun-Seok; Kim, Min-Chul; Jung, Byung Kwon; Shin, Jae-Ho.
Título: Draft genome sequence of sulfur-reducing archaeon Thermococcus thioreducens DSM 14981T
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):3-4, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Projeto: Ministry of Education.
Resumo: Abstract Thermococcus thioreducens DSM 14981T, a sulfur-reducing archaeon, was isolated from the rainbow hydrothermal vent site on the Mid-Atlantic Ridge. Herein, we report the draft genome sequence of T. thioreducens DSM 14981T; we obtained 41 contigs with a genome size of 2,052,483 bp and G + C content of 53.5%. This genome sequence will not only help understand how the archaeon adapts to the deep-sea hydrothermal environment but also aid the development of enzymes that are highly stable under extreme conditions for industrial applications.
Descritores: Enxofre/metabolismo
Thermococcus/genética
Thermococcus/metabolismo
Genoma Arqueal
Genômica
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
-Análise de Sequência de DNA
Biologia Computacional/métodos
Genômica/métodos
Anotação de Sequência Molecular
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Id: biblio-839345
Autor: Moon, Ji-Hoi; Kim, Minjung; Lee, Jae-Hyung.
Título: Genome sequence of Prevotella intermedia SUNY aB G8-9K-3, a biofilm forming strain with drug-resistance
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):5-6, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Projeto: Ministry of Health & Welfare, Republic of Korea; . Kyung Hee University.
Resumo: Abstract Prevotella intermedia has long been known to be as the principal etiologic agent of periodontal diseases and associated with various systemic diseases. Previous studies showed that the intra-species difference exists in capacity of biofilm formation, antibiotic resistance, and serological reaction among P. intermedia strains. Here we report the genome sequence of P. intermedia SUNY aB G8-9K-3 (designated ATCC49046) that displays a relatively high antimicrobial resistant and biofilm-forming capacity. Genome sequencing information provides important clues in understanding the genetic bases of phenotypic differences among P. intermedia strains.
Descritores: Genoma Bacteriano
Prevotella intermedia/efeitos dos fármacos
Prevotella intermedia/fisiologia
Biofilmes
Farmacorresistência Bacteriana
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Antibacterianos/farmacologia
-Análise de Sequência de DNA
Biologia Computacional/métodos
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Genômica/métodos
Anotação de Sequência Molecular
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Id: biblio-839337
Autor: Ntushelo, Khayalethu; Mafofo, Joseph.
Título: Draft genome of a South African strain of Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):11-12, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Resumo: Abstract The draft genome of Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense (Pcb) which causes blackleg of potato was submitted to the NCBI and released with reference number NZ_LGRF00000000.1. The estimated genome size based on the draft genome assembly is 4,820,279 bp from 33 contigs ranging in length from 444 to 1,660,019 nucleotides. The genome annotation showed 4250 putative genes, 4114 CDS and 43 pseudo-genes. Three complete rRNA gene species were detected: nine 5S, one 16S and one 23S. Other partial rRNA gene fragments were also identified, nine 16S rRNA and three 23S rRNA. A total of 69 tRNA genes and one ncRNA gene were also annotated in this genome.
Descritores: Genoma Bacteriano
Pectobacterium carotovorum/genética
Genômica
-Análise de Sequência de DNA
Biologia Computacional/métodos
Genômica/métodos
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
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Id: biblio-839336
Autor: Petkauskaite, Raimonda; Blom, Jochen; Goesmann, Alexander; Kuisiene, Nomeda.
Título: Draft genome sequence of pectic polysaccharide-degrading moderate thermophilic bacterium Geobacillus thermodenitrificans DSM 101594
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):7-8, Jan.-Mar. 2017. tab.
Idioma: en.
Projeto: “TermozymOS’ project of the National Research Programme “Healthy and Safe Food” by the Lithuanian Science Council.
Resumo: Abstract Geobacillus thermodenitrificans DSM 101594 was isolated as a producer of extracellular thermostable pectic polysaccharide degrading enzymes. The completely sequenced genome was 3.6 Mb in length with GC content of 48.86%. A number of genes encoding enzymatic active against the high molecular weight polysaccharides of potential biotechnological importance were identified in the genome.
Descritores: Genoma Bacteriano
Genômica
Geobacillus/genética
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
-Pectinas/metabolismo
Biologia Computacional/métodos
Genômica/métodos
Geobacillus/metabolismo
Anotação de Sequência Molecular
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Id: biblio-839335
Autor: Delamuta, Jakeline Renata Marçon; Ribeiro, Renan Augusto; Gomes, Douglas Fabiano; Souza, Renata Carolini; Chueire, Ligia Maria Oliveira; Hungria, Mariangela.
Título: Genome sequence of Bradyrhizobium embrapense strain CNPSo 2833T, isolated from a root nodule of Desmodium heterocarpon
Fonte: Braz. j. microbiol;48(1):9-10, Jan.-Mar. 2017.
Idioma: en.
Projeto: Embrapa; . CNPq.
Resumo: Abstract Bradyrhizobium embrapense CNPSo 2833T is a nitrogen-fixing symbiont of the legume pasture Desmodium. Its draft genome contains 8,267,832 bp and 7876 CDSs. The symbiotic island includes nodulation and nitrogen fixation genes resembling the operon organization of B. japonicum. Several CDSs related to secretion proteins and stress tolerance were also identified.
Descritores: Genoma Bacteriano
Bradyrhizobium/genética
Genômica
Nódulos Radiculares de Plantas/microbiologia
Fabaceae/microbiologia
-Simbiose
Análise de Sequência de DNA
Biologia Computacional/métodos
Bradyrhizobium/isolamento & purificação
Bradyrhizobium/metabolismo
Genômica/métodos
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Anotação de Sequência Molecular
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Id: biblio-1049502
Autor: Chiba, Camila Hiromi.
Título: Produção da proteína recombinante Interferon-ß1b na plataforma se síntese proteica livre de célula / Cell-free protein synthesis of recombinant Interferon-ß1b.
Fonte: São Paulo; s.n; 2019. 48 p. tab, graf, ilus.
Idioma: pt.
Tese: Apresentada a Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas para obtenção do grau de Mestre.
Resumo: Biofármacos e produtos imunobiológicos representam uma parcela significativa no mercado farmacêutico global. Cerca de 400 milhões de pessoas em todo o mundo dependem desses produtos e, muitas vezes, necessitarão delas para o resto de suas vidas. Até o momento, a tecnologia convencional para síntese dessas proteínas recombinantes é a expressão baseada em células. Porém, este sistema está frequentemente associado a problemas como a degradação da proteína-alvo devido à presença de nucleases e proteases, agregação com formação de corpos de inclusão e perda de molde de DNA. A plataforma de síntese proteica livre de células (do inglês Cell-Free Protein Synthesis ou CFPS) tem surgido como uma alternativa à expressão baseada em célula, permitindo a síntese de diversas proteínas, inclusive as de difícil expressão, na forma solúvel, em elevado rendimento e com capacidade de escalonamento. Este estudo buscou sintetizar a proteína interferon-ß1b humano recombinante (rhINF-ß1b) no sistema CFPS. Através de um trabalho de bioinformática, otimizou-se a sequência nucleotídica da proteína para expressão em lisado de E. coli e construiu-se um vetor de expressão linear, contendo promotor T7, RBS, região codificadora e um terminador T7. O sistema CFPS aceita molde de DNA no formato linear, que possui a vantagem de agilidade na preparação, sem a necessidade das etapas de clonagem, transformação, cultivo, extração e purificação do DNA. Também foi testado a expressão em DNA plasmidial, em que o gene do IFN foi clonado em vetor TOPO-TA Cloning. Para comparar os níveis de expressão foi utilizado esses mesmos vetores no sistema baseado em célula, com cepas de BL21(DE3) e Rosetta(DE3). Apesar da proteína de interesse não ter sido sintetizada com sucesso no sistema CFPS, foram dados alguns passos importantes para atingir este objetivo. No futuro, uma das prioridades é padronizar um sistema livre de células do laboratório capaz de fornecer um elevado rendimento para síntese de proteínas

Biopharmaceutical and immunobiological products represent a growing share of the global pharmaceutical market. Around 400 million people worldwide are dependent of such proteins and, often, they are going to need for the rest of their lives. So far, the most employed biopharmaceutical production technology is cell-based expression. However, this system is usually associated with problems such as degradation of proteins due to the presence of endogenous nucleases or proteases, aggregation with inclusion bodies formation and loss of DNA template. Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) platform has emerged as an alternative to cell-based expression, allowing synthesis of many types of proteins, including difficult-to-express proteins, proteins in soluble form, in high yield and possibility to scale up or down the process. This work sought to synthesize recombinant human interferon-ß1b (rhINF-ß1b) in CFPS system. Through a bioinformatics study, a nucleotide sequence of the target protein was optimized for expression in E. coli lysate and a linear DNA template was designed, containing a T7 promoter, a RBS, a coding sequence and a T7 terminator. The CFPS system accepts linear template DNA, which has the advantage of agility in the preparation, without the need for the steps of cloning, transformation, cultivation, extraction and purification of DNA template. Expression in plasmid DNA was also tested, wherein the IFN gene was cloned into TOPO-TA Cloning vector. To compare expression levels, the same vectors were used in the cell-based system with BL21 (DE3) and Rosetta (DE3) strains. Although the protein of interest was not successfully synthesized in the CFPS system, some important steps were taken to achieve this goal. In the future, one of the priorities is to standardize the lysate preparation for a high throughput protein production
Descritores: Proteínas Recombinantes/análise
Biologia Computacional/instrumentação
Interferon beta-1b/análise
-Células
Escherichia coli
Responsável: BR40.1 - DBD - Divisão de Biblioteca e Documentacão do Conjunto das Químicas
BR40.1; T620.8, C532p. 30100022659-F


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Id: lil-233968
Autor: Leite, V; Carvalho, A. H. F; Araújo, A. P; Pontes Neto, N. T; Souza Filho, L. G. de C; Jardim, M. L; Santos, J. B; Lima Filho, J. L; Novaes, M. A.
Título: Dermasoft: um sistema de instruçäo assistido por computador (CAI) para o ensino de dermatologia / Dermasoft: computer assisted instruction system (CAI) for dermatology lectures
Fonte: In: Schiabel, Homero; Slaets, Annie France Frère; Costa, Luciano da Fontoura; Baffa Filho, Oswaldo; Marques, Paulo Mazzoncini de Azevedo. Anais do III Fórum Nacional de Ciência e Tecnologia em Saúde. Säo Carlos, s.n, 1996. p.760-760.
Idioma: pt.
Conferência: Apresentado em: Fórum Nacional de Ciência e Tecnologia em Saúde, 3 e Congresso Brasileiro de Engenharia Biomédica, 15 e Congresso Brasileiro de Físicos em Medicina , 6 e Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 5 e Encontro Brasileiro de Proteçäo Radiológica, Campos do Jordäo, 13-17 out. 1996.
Resumo: Com o intuito de desenvolvimento novas técnicas de divulgação e ensino em dermatologia, os Setores de Biotecnologia e de Bioinformática do Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami (LIKA) juntamente com o Departamento de Dermatologia da Universidade federal de Pernambuco (UFPE), está desenvolvendo através da tecnologia Computer Assisted Instuction (CAI), o DERMASOFT. Este software consiste na utilização integrada de bases de textos, imagens e casos clínicos no ambiente Windows com o objetivo de ser um instrumento de apoio ao ensino e de atualização para dermatologia e profissionais interessados na área.
Descritores: Biotecnologia
Software
Biologia Computacional
Dermatologia/educação
Instrução por Computador
-Dermatopatias
Responsável: BR1.1 - BIREME
BR1.1/3012.160


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Id: lil-233967
Autor: Carvalho, A. H. F; Araújo, A. P; Novaes, M. A; Lima Filho, J. L.
Título: Edubiosoft: um software auxiliar no ensino de bioquímica / Edubiosoft: auxiliary software in biochemistry lectures
Fonte: In: Schiabel, Homero; Slaets, Annie France Frère; Costa, Luciano da Fontoura; Baffa Filho, Oswaldo; Marques, Paulo Mazzoncini de Azevedo. Anais do III Fórum Nacional de Ciência e Tecnologia em Saúde. Säo Carlos, s.n, 1996. p.758-758.
Idioma: pt.
Conferência: Apresentado em: Fórum Nacional de Ciência e Tecnologia em Saúde, 3 e Congresso Brasileiro de Engenharia Biomédica, 15 e Congresso Brasileiro de Físicos em Medicina , 6 e Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 5 e Encontro Brasileiro de Proteçäo Radiológica, Campos do Jordäo, 13-17 out. 1996.
Resumo: Com a finalidade de aprimorar o ensino de buioquímica, através de novas técnicas de lecionamento, foi desenvolvido nos Setores de Biotecnologia e de Bioinformática do LIKA, o programa EDUBIOSOFT, que através da utilização integrada de textos e imagens fornece ao aluno uma ferramenta de apoio ao aprendizado e avaliação do conhecimento de temas da bioquímica.
Descritores: Software
Biologia Computacional/educação
Bioquímica/educação
Instrução por Computador
Responsável: BR1.1 - BIREME
BR1.1/3012.159


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Id: lil-233964
Autor: Novaes, M. A; Lima Filho, J. L.
Título: Introduçäo à informática nas áreas de saúde e biológicas na UFPE / Introduction to informatic in health and biological areas in UFPE
Fonte: In: Schiabel, Homero; Slaets, Annie France Frère; Costa, Luciano da Fontoura; Baffa Filho, Oswaldo; Marques, Paulo Mazzoncini de Azevedo. Anais do III Fórum Nacional de Ciência e Tecnologia em Saúde. Säo Carlos, s.n, 1996. p.752-752.
Idioma: pt.
Conferência: Apresentado em: Fórum Nacional de Ciência e Tecnologia em Saúde, 3 e Congresso Brasileiro de Engenharia Biomédica, 15 e Congresso Brasileiro de Físicos em Medicina , 6 e Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 5 e Encontro Brasileiro de Proteçäo Radiológica, Campos do Jordäo, 13-17 out. 1996.
Resumo: Neste trabalho é apresentado o desenvolvimento de um programa de ensino e pesquisa para consolidação de um grupo em bioinformática na Universidade Federal de Pernambuco. O grupo vem desenvolvendo projetos e organizando cursos de informática aplicada às ciências da saúde e biológicas para alunos de graduação e pós-graduação, bem como para professores visando à inserção da informática no programa de suas disciplinas.
Descritores: Universidades
Biologia Computacional/educação
Informática Médica
-Conhecimentos em Informática
Brasil
Redes de Comunicação de Computadores
Responsável: BR1.1 - BIREME
BR1.1/3012.156



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