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[PMID]:28456971
[Au] Autor:Aoshima K; Kimura T; Okada Y
[Ad] Endereço:Laboratory of Comparative Pathology, Graduate School of Veterinary Medicine, Hokkaido University, N18W9, Kita-ku, Sapporo, 060-0818, Japan.
[Ti] Título:Use of Histone K-M Mutants for the Analysis of Transcriptional Regulation in Mouse Zygotes.
[So] Source:Methods Mol Biol;1605:259-270, 2017.
[Is] ISSN:1940-6029
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Histone modifications are dramatically altered during the pronuclear (PN) stage of zygotes, and more markedly in paternal than maternal pronuclei. Among various types of histone modifications, lysine methylation exhibits the most dynamic changes in the PN stage . To analyze the physiological functions of histone methylations, it is therefore important to elucidate the mechanism of epigenetic reprogramming. However, loss-of-function approaches using mutant histones whose lysine residues have been substituted with arginine residues are unable to erase histone modifications at all levels, since they are incapable of entirely replacing endogenous histones. To solve this problem, we used an alternative histone mutant whose lysine residues were substituted with methionine (K-M mutants). This mutant cannot be methylated itself but also prevents methylation of endogenous histones. We also developed a simple method for analyzing global transcription levels in early preimplantation embryos, involving using a commercial kit to examine the involvement of histone methylation in zygotic gene activation.
[Mh] Termos MeSH primário: Substituição de Aminoácidos
Histonas/metabolismo
Lisina/genética
Zigoto/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Epigênese Genética
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Código das Histonas
Histonas/genética
Metionina/genética
Metilação
Camundongos
Mutação
Ativação Transcricional
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Histones); AE28F7PNPL (Methionine); K3Z4F929H6 (Lysine)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180212
[Lr] Data última revisão:
180212
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170501
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1007/978-1-4939-6988-3_18


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[PMID]:28456968
[Au] Autor:Wang W; Zhang Y; Wang H
[Ad] Endereço:The Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME, 04609, USA.
[Ti] Título:Generating Mouse Models Using Zygote Electroporation of Nucleases (ZEN) Technology with High Efficiency and Throughput.
[So] Source:Methods Mol Biol;1605:219-230, 2017.
[Is] ISSN:1940-6029
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Mouse models with genetic modifications are widely used in biology and biomedical research. Although the application of CRISPR-Cas9 system greatly accelerated the process of generating genetically modified mice, the delivery method depending on manual injection of the components into the embryos remains a bottleneck, as it is laborious, low throughput, and technically demanding. To overcome this limitation, we invented and optimized the ZEN (Zygote electroporation of nucleases) technology to deliver CRISPR-Cas9 reagents via electroporation. Using ZEN, we were able to generate genetically modified mouse models with high efficiency and throughput. Here, we describe the protocol in great detail.
[Mh] Termos MeSH primário: Sistemas CRISPR-Cas
Eletroporação/métodos
Modelos Animais
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Endonucleases/administração & dosagem
Camundongos
Camundongos Transgênicos
Zigoto
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
EC 3.1.- (Endonucleases)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180212
[Lr] Data última revisão:
180212
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170501
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1007/978-1-4939-6988-3_15


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[PMID]:28456960
[Au] Autor:García-López J; Larriba E; Del Mazo J
[Ad] Endereço:Department of Cellular and Molecular Biology, Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC), Ramiro de Maeztu 9, Madrid 28040, Spain.
[Ti] Título:Detection and Characterization of Small Noncoding RNAs in Mouse Gametes and Embryos Prior to Zygotic Genome Activation.
[So] Source:Methods Mol Biol;1605:105-120, 2017.
[Is] ISSN:1940-6029
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Small noncoding RNAs (ncRNAs) are regulatory elements of gene expression in all cell types and tissues. An ever-increasing number of studies have implicated ncRNAs in differentiation and developmental processes. In mammals, as a consequence of fertilization, the content of ncRNAs in the zygote is mostly the result of the maternal material included on oocytes and the potential sperm-borne paternal contributions. The genetic identity program of any individual is the reprogramming of each parental contribution to the zygotic genome activation. In mouse, this activation occurs at 2-cell stage. In this program of early development the small ncRNAs can play important roles. Here, we describe protocols for collection of oocytes, spermatozoa, and zygotes in mouse, followed by RNA purification to analyze the different types of small ncRNA by next-generation sequencing approaches (NGS). Bioinformatics protocols also describe the methodology able to characterize microRNAs (miRNAs) as the most well-known and widespread regulatory small ncRNA. The comparative analysis allows identifying the changes and background previous to zygotic genome activation.
[Mh] Termos MeSH primário: Oócitos/química
Pequeno RNA não Traduzido/análise
Espermatozoides/química
Zigoto/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Feminino
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Masculino
Camundongos
Análise de Sequência de RNA
Ativação Transcricional
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (RNA, Small Untranslated)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180212
[Lr] Data última revisão:
180212
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170501
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1007/978-1-4939-6988-3_7


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[PMID]:29217590
[Au] Autor:Gassler J; Brandão HB; Imakaev M; Flyamer IM; Ladstätter S; Bickmore WA; Peters JM; Mirny LA; Tachibana K
[Ad] Endereço:Institute of Molecular Biotechnology of the Austrian Academy of Sciences (IMBA), Vienna Biocenter (VBC), Vienna, Austria.
[Ti] Título:A mechanism of cohesin-dependent loop extrusion organizes zygotic genome architecture.
[So] Source:EMBO J;36(24):3600-3618, 2017 12 15.
[Is] ISSN:1460-2075
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Fertilization triggers assembly of higher-order chromatin structure from a condensed maternal and a naïve paternal genome to generate a totipotent embryo. Chromatin loops and domains have been detected in mouse zygotes by single-nucleus Hi-C (snHi-C), but not bulk Hi-C. It is therefore unclear when and how embryonic chromatin conformations are assembled. Here, we investigated whether a mechanism of cohesin-dependent loop extrusion generates higher-order chromatin structures within the one-cell embryo. Using snHi-C of mouse knockout embryos, we demonstrate that the zygotic genome folds into loops and domains that critically depend on Scc1-cohesin and that are regulated in size and linear density by Wapl. Remarkably, we discovered distinct effects on maternal and paternal chromatin loop sizes, likely reflecting differences in loop extrusion dynamics and epigenetic reprogramming. Dynamic polymer models of chromosomes reproduce changes in snHi-C, suggesting a mechanism where cohesin locally compacts chromatin by active loop extrusion, whose processivity is controlled by Wapl. Our simulations and experimental data provide evidence that cohesin-dependent loop extrusion organizes mammalian genomes over multiple scales from the one-cell embryo onward.
[Mh] Termos MeSH primário: Proteínas de Transporte/metabolismo
Proteínas de Ciclo Celular/metabolismo
Cromatina/genética
Proteínas Cromossômicas não Histona/metabolismo
Genoma/genética
Proteínas Nucleares/metabolismo
Fosfoproteínas/metabolismo
Proteínas Proto-Oncogênicas/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Proteínas de Transporte/genética
Proteínas de Ciclo Celular/genética
Proteínas Cromossômicas não Histona/genética
Cromossomos/genética
Epigenômica
Feminino
Técnicas de Inativação de Genes
Masculino
Camundongos
Camundongos Endogâmicos C57BL
Proteínas Nucleares/genética
Fosfoproteínas/genética
Proteínas Proto-Oncogênicas/genética
Zigoto
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, U.S. GOV'T, NON-P.H.S.; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Carrier Proteins); 0 (Cell Cycle Proteins); 0 (Chromatin); 0 (Chromosomal Proteins, Non-Histone); 0 (Nuclear Proteins); 0 (Phosphoproteins); 0 (Proto-Oncogene Proteins); 0 (RAD21 protein, human); 0 (WAPAL protein, human); 0 (cohesins)
[Em] Mês de entrada:1712
[Cu] Atualização por classe:180106
[Lr] Data última revisão:
180106
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.15252/embj.201798083


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[PMID]:28982779
[Au] Autor:Parisis N; Krasinska L; Harker B; Urbach S; Rossignol M; Camasses A; Dewar J; Morin N; Fisher D
[Ad] Endereço:IGMM, CNRS Univ. Montpellier, Montpellier, France.
[Ti] Título:Initiation of DNA replication requires actin dynamics and formin activity.
[So] Source:EMBO J;36(21):3212-3231, 2017 Nov 02.
[Is] ISSN:1460-2075
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Nuclear actin regulates transcriptional programmes in a manner dependent on its levels and polymerisation state. This dynamics is determined by the balance of nucleocytoplasmic shuttling, formin- and redox-dependent filament polymerisation. Here, using egg extracts and human somatic cells, we show that actin dynamics and formins are essential for DNA replication. In proliferating cells, formin inhibition abolishes nuclear transport and initiation of DNA replication, as well as general transcription. In replicating nuclei from transcriptionally silent egg extracts, we identified numerous actin regulators, and disruption of actin dynamics abrogates nuclear transport, preventing NLS (nuclear localisation signal)-cargo release from RanGTP-importin complexes. Nuclear formin activity is further required to promote loading of cyclin-dependent kinase (CDK) and proliferating cell nuclear antigen (PCNA) onto chromatin, as well as initiation and elongation of DNA replication. Therefore, actin dynamics and formins control DNA replication by multiple direct and indirect mechanisms.
[Mh] Termos MeSH primário: Actinas/genética
Cromatina/metabolismo
Replicação do DNA
Proteínas Fetais/genética
Proteínas dos Microfilamentos/genética
Proteínas Nucleares/genética
Transcrição Genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Actinas/metabolismo
Transporte Ativo do Núcleo Celular/genética
Animais
Linhagem Celular Tumoral
Núcleo Celular/metabolismo
Cromatina/química
Misturas Complexas/química
Citoplasma/metabolismo
Células Epiteliais/citologia
Células Epiteliais/metabolismo
Proteínas Fetais/metabolismo
Regulação da Expressão Gênica
Células HeLa
Seres Humanos
Carioferinas/genética
Carioferinas/metabolismo
Proteínas dos Microfilamentos/metabolismo
Sinais de Localização Nuclear
Proteínas Nucleares/metabolismo
Antígeno Nuclear de Célula em Proliferação/genética
Antígeno Nuclear de Célula em Proliferação/metabolismo
Transdução de Sinais
Xenopus laevis
Zigoto/química
Proteína ran de Ligação ao GTP/genética
Proteína ran de Ligação ao GTP/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Actins); 0 (Chromatin); 0 (Complex Mixtures); 0 (Fetal Proteins); 0 (Karyopherins); 0 (Microfilament Proteins); 0 (Nuclear Localization Signals); 0 (Nuclear Proteins); 0 (Proliferating Cell Nuclear Antigen); 147336-47-8 (formin 1); EC 3.6.5.2 (ran GTP-Binding Protein)
[Em] Mês de entrada:1711
[Cu] Atualização por classe:171109
[Lr] Data última revisão:
171109
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171007
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.15252/embj.201796585


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[PMID]:28953884
[Au] Autor:Fogarty NME; McCarthy A; Snijders KE; Powell BE; Kubikova N; Blakeley P; Lea R; Elder K; Wamaitha SE; Kim D; Maciulyte V; Kleinjung J; Kim JS; Wells D; Vallier L; Bertero A; Turner JMA; Niakan KK
[Ad] Endereço:Human Embryo and Stem Cell Laboratory, The Francis Crick Institute, 1 Midland Road, London NW1 1AT, UK.
[Ti] Título:Genome editing reveals a role for OCT4 in human embryogenesis.
[So] Source:Nature;550(7674):67-73, 2017 10 05.
[Is] ISSN:1476-4687
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Despite their fundamental biological and clinical importance, the molecular mechanisms that regulate the first cell fate decisions in the human embryo are not well understood. Here we use CRISPR-Cas9-mediated genome editing to investigate the function of the pluripotency transcription factor OCT4 during human embryogenesis. We identified an efficient OCT4-targeting guide RNA using an inducible human embryonic stem cell-based system and microinjection of mouse zygotes. Using these refined methods, we efficiently and specifically targeted the gene encoding OCT4 (POU5F1) in diploid human zygotes and found that blastocyst development was compromised. Transcriptomics analysis revealed that, in POU5F1-null cells, gene expression was downregulated not only for extra-embryonic trophectoderm genes, such as CDX2, but also for regulators of the pluripotent epiblast, including NANOG. By contrast, Pou5f1-null mouse embryos maintained the expression of orthologous genes, and blastocyst development was established, but maintenance was compromised. We conclude that CRISPR-Cas9-mediated genome editing is a powerful method for investigating gene function in the context of human development.
[Mh] Termos MeSH primário: Desenvolvimento Embrionário/genética
Edição de Genes
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Fator 3 de Transcrição de Octâmero/genética
Fator 3 de Transcrição de Octâmero/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Blastocisto/metabolismo
Sistemas CRISPR-Cas/genética
Linhagem da Célula
Ectoderma/metabolismo
Embrião de Mamíferos/citologia
Embrião de Mamíferos/embriologia
Embrião de Mamíferos/metabolismo
Feminino
Camadas Germinativas/metabolismo
Células-Tronco Embrionárias Humanas/citologia
Células-Tronco Embrionárias Humanas/metabolismo
Seres Humanos
Masculino
Camundongos
Proteína Homeobox Nanog/genética
Proteína Homeobox Nanog/metabolismo
Fator 3 de Transcrição de Octâmero/deficiência
Especificidade por Substrato
Zigoto/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Nanog Homeobox Protein); 0 (Octamer Transcription Factor-3); 0 (POU5F1 protein, human)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171024
[Lr] Data última revisão:
171024
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170928
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/nature24033


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[PMID]:28938096
[Au] Autor:Zhao BS; He C
[Ad] Endereço:Department of Chemistry, Department of Biochemistry and Molecular Biology, and Institute for Biophysical Dynamics, Howard Hughes Medical Institute, 929 East 57th Street, The University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA.
[Ti] Título:"Gamete On" for m A: YTHDF2 Exerts Essential Functions in Female Fertility.
[So] Source:Mol Cell;67(6):903-905, 2017 Sep 21.
[Is] ISSN:1097-4164
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:In this issue of Molecular Cell, Ivanova et al. (2017) report key functions of the m A reader YTHDF2 in the regulation of mammalian development during oocyte maturation and early zygotic development.
[Mh] Termos MeSH primário: Células Germinativas
Zigoto
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Feminino
Fertilidade
Seres Humanos
Oócitos
Oogênese
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171026
[Lr] Data última revisão:
171026
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170923
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28928283
[Au] Autor:Shao M; Wang M; Liu YY; Ge YW; Zhang YJ; Shi DL
[Ad] Endereço:School of Life Science, Shandong University, 27 Shanda Nan road, Jinan 250100, China.
[Ti] Título:Vegetally localised Vrtn functions as a novel repressor to modulate transcription during dorsoventral patterning in zebrafish.
[So] Source:Development;144(18):3361-3374, 2017 09 15.
[Is] ISSN:1477-9129
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The vegetal pole cytoplasm represents a crucial source of maternal dorsal determinants for patterning the dorsoventral axis of the early embryo. Removal of the vegetal yolk in the zebrafish fertilised egg before the completion of the first cleavage results in embryonic ventralisation, but removal of this part at the two-cell stage leads to embryonic dorsalisation. How this is achieved remains unknown. Here, we report a novel mode of maternal regulation of BMP signalling during dorsoventral patterning in zebrafish. We identify Vrtn as a novel vegetally localised maternal factor with dorsalising activity and rapid transport towards the animal pole region after fertilisation. Co-injection of mRNA with vegetal RNAs from different cleavage stages suggests the presence of putative vegetally localised Vrtn antagonists with slower animal pole transport. Thus, vegetal ablation at the two-cell stage could remove most of the Vrtn antagonists, and allows Vrtn to produce the dorsalising effect. Mechanistically, Vrtn binds a regulatory sequence and acts as a repressor to inhibit its zygotic transcription. Analysis of maternal-zygotic mutants further shows that Vrtn is required to constrain excessive expression in the margin. Our work unveils a novel maternal mechanism regulating zygotic BMP gradient in dorsoventral patterning.
[Mh] Termos MeSH primário: Padronização Corporal
Proteína Morfogenética Óssea 2/genética
Gema de Ovo/metabolismo
Proteínas Repressoras/metabolismo
Proteínas de Peixe-Zebra/metabolismo
Peixe-Zebra/embriologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Sequência de Bases
Padronização Corporal/genética
Proteína Morfogenética Óssea 2/metabolismo
Células COS
Cercopithecus aethiops
Embrião não Mamífero/citologia
Embrião não Mamífero/metabolismo
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Modelos Biológicos
Mutação/genética
Ligação Proteica/genética
RNA Mensageiro/genética
RNA Mensageiro/metabolismo
Proteínas Repressoras/genética
Transcrição Genética
Via de Sinalização Wnt/genética
Peixe-Zebra/genética
Proteínas de Peixe-Zebra/genética
Zigoto/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Bone Morphogenetic Protein 2); 0 (RNA, Messenger); 0 (Repressor Proteins); 0 (Zebrafish Proteins); 0 (bmp2b protein, zebrafish); 0 (vertnin protein, zebrafish)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171126
[Lr] Data última revisão:
171126
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170921
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1242/dev.152553


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[PMID]:28912016
[Au] Autor:Armenta-Medina A; Lepe-Soltero D; Xiang D; Datla R; Abreu-Goodger C; Gillmor CS
[Ad] Endereço:Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (Langebio), Unidad de Genómica Avanzada, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (CINVESTAV-IPN), Irapuato, Guanajuato, Mexico.
[Ti] Título:Arabidopsis thaliana miRNAs promote embryo pattern formation beginning in the zygote.
[So] Source:Dev Biol;431(2):145-151, 2017 11 15.
[Is] ISSN:1095-564X
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:miRNAs are essential regulators of cell identity, yet their role in early embryo development in plants remains largely unexplored. To determine the earliest stage at which miRNAs act to promote pattern formation in embryogenesis, we examined a series of mutant alleles in the Arabidopsis thaliana miRNA biogenesis enzymes DICER-LIKE 1 (DCL1), SERRATE (SE), and HYPONASTIC LEAVES 1 (HYL1). Cellular and patterning defects were observed in dcl1, se and hyl1 embryos from the zygote through the globular stage of embryogenesis. To identify miRNAs that are expressed in early embryogenesis, we sequenced mRNAs from globular stage Columbia wild type (wt) and se-1 embryos, and identified transcripts potentially corresponding to 100 miRNA precursors. Considering genome location and transcript increase between wt and se-1, 39 of these MIRNAs are predicted to be bona fide early embryo miRNAs. Among these are conserved miRNAs such as miR156, miR159, miR160, miR161, miR164, miR165, miR166, miR167, miR168, miR171, miR319, miR390 and miR394, as well as miRNAs whose function has never been characterized. Our analysis demonstrates that miRNAs promote pattern formation beginning in the zygote, and provides a comprehensive dataset for functional studies of individual miRNAs in Arabidopsis embryogenesis.
[Mh] Termos MeSH primário: Arabidopsis/embriologia
Arabidopsis/genética
Padronização Corporal/genética
MicroRNAs/metabolismo
Sementes/embriologia
Sementes/genética
Zigoto/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Arabidopsis/citologia
Divisão Celular
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Regulação da Expressão Gênica de Plantas
MicroRNAs/genética
Morfogênese/genética
Fenótipo
RNA Mensageiro/genética
RNA Mensageiro/metabolismo
Regulação para Cima/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (MicroRNAs); 0 (RNA, Messenger)
[Em] Mês de entrada:1711
[Cu] Atualização por classe:171111
[Lr] Data última revisão:
171111
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170916
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28887412
[Au] Autor:Li X; Seidel CW; Szerszen LT; Lange JJ; Workman JL; Abmayr SM
[Ad] Endereço:Stowers Institute for Medical Research, Kansas City, Missouri 64110, USA.
[Ti] Título:Enzymatic modules of the SAGA chromatin-modifying complex play distinct roles in gene expression and development.
[So] Source:Genes Dev;31(15):1588-1600, 2017 Aug 01.
[Is] ISSN:1549-5477
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase (SAGA) chromatin-modifying complex is a transcriptional coactivator that contains four different modules of subunits. The intact SAGA complex has been well characterized for its function in transcription regulation and development. However, little is known about the roles of individual modules within SAGA and whether they have any SAGA-independent functions. Here we demonstrate that the two enzymatic modules of SAGA are differently required in oogenesis. Loss of the histone acetyltransferase (HAT) activity blocks oogenesis, while loss of the H2B deubiquitinase (DUB) activity does not. However, the DUB module regulates a subset of genes in early embryogenesis, and loss of the DUB subunits causes defects in embryogenesis. ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation [ChIP] combined with high-throughput sequencing) analysis revealed that both the DUB and HAT modules bind most SAGA target genes even though many of these targets do not require the DUB module for expression. Furthermore, we found that the DUB module can bind to chromatin and regulate transcription independently of the HAT module. Our results suggest that the DUB module has functions within SAGA and independent functions.
[Mh] Termos MeSH primário: Proteínas de Drosophila/metabolismo
Drosophila melanogaster/crescimento & desenvolvimento
Drosophila melanogaster/genética
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Histona Acetiltransferases/metabolismo
Oogênese/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Ataxina-7/genética
Cromatina/metabolismo
Enzimas Desubiquitinantes/metabolismo
Proteínas de Drosophila/genética
Feminino
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala
Histona Acetiltransferases/genética
Histonas/metabolismo
Microscopia Confocal
Ovário/crescimento & desenvolvimento
Ligação Proteica
Zigoto/fisiologia
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Ataxin-7); 0 (Chromatin); 0 (Drosophila Proteins); 0 (Histones); EC 2.3.1.48 (ADA2 protein, Drosophila); EC 2.3.1.48 (Histone Acetyltransferases); EC 2.3.1.48 (Pcaf protein, Drosophila); EC 3.4.19.12 (Deubiquitinating Enzymes)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171027
[Lr] Data última revisão:
171027
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170910
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1101/gad.300988.117



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