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[PMID]:28748939
[Au] Autor:Perkel JM
[Ad] Endereço:Nature.
[Ti] Título:Cell engineering: How to hack the genome.
[So] Source:Nature;547(7664):477-479, 2017 07 26.
[Is] ISSN:1476-4687
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Engenharia Celular
Engenharia Genética
Genoma/genética
Biologia Sintética/tendências
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Cromatina/genética
Cromatina/metabolismo
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
DNA/biossíntese
DNA/genética
DNA/metabolismo
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/metabolismo
Redes Reguladoras de Genes/genética
Seres Humanos
Mycoplasma mycoides/genética
Saccharomyces cerevisiae/genética
Salmonella typhimurium/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Chromatin); 9007-49-2 (DNA)
[Em] Mês de entrada:1712
[Cu] Atualização por classe:171226
[Lr] Data última revisão:
171226
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170728
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/547477a


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[PMID]:28280199
[Au] Autor:Richardson SM; Mitchell LA; Stracquadanio G; Yang K; Dymond JS; DiCarlo JE; Lee D; Huang CL; Chandrasegaran S; Cai Y; Boeke JD; Bader JS
[Ad] Endereço:Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University, Baltimore, MD 21205, USA.
[Ti] Título:Design of a synthetic yeast genome.
[So] Source:Science;355(6329):1040-1044, 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:We describe complete design of a synthetic eukaryotic genome, Sc2.0, a highly modified genome reduced in size by nearly 8%, with 1.1 megabases of the synthetic genome deleted, inserted, or altered. Sc2.0 chromosome design was implemented with BioStudio, an open-source framework developed for eukaryotic genome design, which coordinates design modifications from nucleotide to genome scales and enforces version control to systematically track edits. To achieve complete Sc2.0 genome synthesis, individual synthetic chromosomes built by Sc2.0 Consortium teams around the world will be consolidated into a single strain by "endoreduplication intercross." Chemically synthesized genomes like Sc2.0 are fully customizable and allow experimentalists to ask otherwise intractable questions about chromosome structure, function, and evolution with a bottom-up design strategy.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Engenharia Genética/métodos
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
Biologia Sintética/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Códon de Terminação/genética
Evolução Molecular Direcionada
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Codon, Terminator)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171023
[Lr] Data última revisão:
171023
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1126/science.aaf4557


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[PMID]:28280198
[Au] Autor:Zahn LM; Riddihough G
[Ti] Título:Building on nature's design.
[So] Source:Science;355(6329):1038-1039, 2017 Mar 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Saccharomyces cerevisiae/crescimento & desenvolvimento
[Pt] Tipo de publicação:LETTER
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171023
[Lr] Data última revisão:
171023
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1126/science.355.6329.1038


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[PMID]:28280169
[Au] Autor:Kannan K; Gibson DG
[Ad] Endereço:Synthetic Genomics, Inc., 11149 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA.
[Ti] Título:Yeast genome, by design.
[So] Source:Science;355(6329):1024-1025, 2017 Mar 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
Biologia Sintética/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Proteínas de Bactérias
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
Endonucleases
Edição de Genes
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Bacterial Proteins); EC 3.1.- (Cas9 protein, Francisella novicida); EC 3.1.- (Endonucleases)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171019
[Lr] Data última revisão:
171019
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1126/science.aam9739


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[PMID]:28280153
[Au] Autor:Shen Y; Wang Y; Chen T; Gao F; Gong J; Abramczyk D; Walker R; Zhao H; Chen S; Liu W; Luo Y; Müller CA; Paul-Dubois-Taine A; Alver B; Stracquadanio G; Mitchell LA; Luo Z; Fan Y; Zhou B; Wen B; Tan F; Wang Y; Zi J; Xie Z; Li B; Yang K; Richardson SM; Jiang H; French CE; Nieduszynski CA; Koszul R; Marston AL; Yuan Y; Wang J; Bader JS; Dai J; Boeke JD; Xu X; Cai Y; Yang H
[Ad] Endereço:BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083, China.
[Ti] Título:Deep functional analysis of synII, a 770-kilobase synthetic yeast chromosome.
[So] Source:Science;355(6329), 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Here, we report the successful design, construction, and characterization of a 770-kilobase synthetic yeast chromosome II (synII). Our study incorporates characterization at multiple levels-including phenomics, transcriptomics, proteomics, chromosome segregation, and replication analysis-to provide a thorough and comprehensive analysis of a synthetic chromosome. Our Trans-Omics analyses reveal a modest but potentially relevant pervasive up-regulation of translational machinery observed in synII, mainly caused by the deletion of 13 transfer RNAs. By both complementation assays and SCRaMbLE (synthetic chromosome rearrangement and modification by -mediated evolution), we targeted and debugged the origin of a growth defect at 37°C in glycerol medium, which is related to misregulation of the high-osmolarity glycerol response. Despite the subtle differences, the synII strain shows highly consistent biological processes comparable to the native strain.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/fisiologia
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Segregação de Cromossomos
Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Meios de Cultura/química
Replicação do DNA
Glicerol
Proteômica
Saccharomyces cerevisiae/crescimento & desenvolvimento
Análise de Sequência de DNA
Biologia Sintética
Transcriptoma
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Culture Media); PDC6A3C0OX (Glycerol)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171019
[Lr] Data última revisão:
171019
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE


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Texto completo
[PMID]:28280154
[Au] Autor:Mitchell LA; Wang A; Stracquadanio G; Kuang Z; Wang X; Yang K; Richardson S; Martin JA; Zhao Y; Walker R; Luo Y; Dai H; Dong K; Tang Z; Yang Y; Cai Y; Heguy A; Ueberheide B; Fenyö D; Dai J; Bader JS; Boeke JD
[Ad] Endereço:Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology, New York University Langone School of Medicine, New York, NY 10016, USA.
[Ti] Título:Synthesis, debugging, and effects of synthetic chromosome consolidation: synVI and beyond.
[So] Source:Science;355(6329), 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:We describe design, rapid assembly, and characterization of synthetic yeast Sc2.0 chromosome VI (synVI). A mitochondrial defect in the synVI strain mapped to synonymous coding changes within ( ), encoding an essential proteasome subunit; Sc2.0 coding changes reduced Pre4 protein accumulation by half. Completing Sc2.0 specifies consolidation of 16 synthetic chromosomes into a single strain. We investigated phenotypic, transcriptional, and proteomewide consequences of Sc2.0 chromosome consolidation in poly-synthetic strains. Another "bug" was discovered through proteomic analysis, associated with alteration of the transcription start due to transfer RNA deletion and loxPsym site insertion. Despite extensive genetic alterations across 6% of the genome, no major global changes were detected in the poly-synthetic strain "omics" analyses. This work sets the stage for completion of a designer, synthetic eukaryotic genome.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Saccharomyces cerevisiae/genética
Biologia Sintética/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Células Artificiais/metabolismo
Mapeamento Físico do Cromossomo
Complexo de Endopeptidases do Proteassoma/genética
Proteômica
Saccharomyces cerevisiae/crescimento & desenvolvimento
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Saccharomyces cerevisiae Proteins); EC 3.4.25.1 (PRE4 protein, S cerevisiae); EC 3.4.25.1 (Proteasome Endopeptidase Complex)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171019
[Lr] Data última revisão:
171019
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE


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Texto completo
[PMID]:28280151
[Au] Autor:Xie ZX; Li BZ; Mitchell LA; Wu Y; Qi X; Jin Z; Jia B; Wang X; Zeng BX; Liu HM; Wu XL; Feng Q; Zhang WZ; Liu W; Ding MZ; Li X; Zhao GR; Qiao JJ; Cheng JS; Zhao M; Kuang Z; Wang X; Martin JA; Stracquadanio G; Yang K; Bai X; Zhao J; Hu ML; Lin QH; Zhang WQ; Shen MH; Chen S; Su W; Wang EX; Guo R; Zhai F; Guo XJ; Du HX; Zhu JQ; Song TQ; Dai JJ; Li FF; Jiang GZ; Han SL; Liu SY; Yu ZC; Yang XN; Chen K; Hu C; Li DS
[Ad] Endereço:Key Laboratory of Systems Bioengineering (Ministry of Education), School of Chemical Engineering and Technology, Tianjin University, Tianjin 300072, PR China.
[Ti] Título:"Perfect" designer chromosome V and behavior of a ring derivative.
[So] Source:Science;355(6329), 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Perfect matching of an assembled physical sequence to a specified designed sequence is crucial to verify design principles in genome synthesis. We designed and de novo synthesized 536,024-base pair chromosome synV in the "Build-A-Genome China" course. We corrected an initial isolate of synV to perfectly match the designed sequence using integrative cotransformation and clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9)-mediated editing in 22 steps; synV strains exhibit high fitness under a variety of culture conditions, compared with that of wild-type V strains. A ring synV derivative was constructed, which is fully functional in under all conditions tested and exhibits lower spore viability during meiosis. Ring synV chromosome can extends Sc2.0 design principles and provides a model with which to study genomic rearrangement, ring chromosome evolution, and human ring chromosome disorders.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
Biologia Sintética/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Proteínas de Bactérias
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
Endonucleases
Edição de Genes
Rearranjo Gênico
Meiose
Modelos Genéticos
Saccharomyces cerevisiae/citologia
Transformação Genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Bacterial Proteins); EC 3.1.- (Cas9 protein, Francisella novicida); EC 3.1.- (Endonucleases)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171019
[Lr] Data última revisão:
171019
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28280152
[Au] Autor:Wu Y; Li BZ; Zhao M; Mitchell LA; Xie ZX; Lin QH; Wang X; Xiao WH; Wang Y; Zhou X; Liu H; Li X; Ding MZ; Liu D; Zhang L; Liu BL; Wu XL; Li FF; Dong XT; Jia B; Zhang WZ; Jiang GZ; Liu Y; Bai X; Song TQ; Chen Y; Zhou SJ; Zhu RY; Gao F; Kuang Z; Wang X; Shen M; Yang K; Stracquadanio G; Richardson SM; Lin Y; Wang L; Walker R; Luo Y; Ma PS; Yang H; Cai Y; Dai J; Bader JS; Boeke JD; Yuan YJ
[Ad] Endereço:Key Laboratory of Systems Bioengineering (Ministry of Education), School of Chemical Engineering and Technology, Tianjin University, Tianjin, 300072, PR China.
[Ti] Título:Bug mapping and fitness testing of chemically synthesized chromosome X.
[So] Source:Science;355(6329), 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Debugging a genome sequence is imperative for successfully building a synthetic genome. As part of the effort to build a designer eukaryotic genome, yeast synthetic chromosome X (synX), designed as 707,459 base pairs, was synthesized chemically. SynX exhibited good fitness under a wide variety of conditions. A highly efficient mapping strategy called pooled PCRTag mapping (PoPM), which can be generalized to any watermarked synthetic chromosome, was developed to identify genetic alterations that affect cell fitness ("bugs"). A series of bugs were corrected that included a large region bearing complex amplifications, a growth defect mapping to a recoded sequence in , and a loxPsym site affecting promoter function of PoPM is a powerful tool for synthetic yeast genome debugging and an efficient strategy for phenotype-genotype mapping.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Genoma Fúngico
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos
Mapeamento Físico do Cromossomo/métodos
Saccharomyces cerevisiae/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Bases
Duplicação Gênica
Aptidão Genética
Biologia Sintética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171110
[Lr] Data última revisão:
171110
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28280150
[Au] Autor:Mercy G; Mozziconacci J; Scolari VF; Yang K; Zhao G; Thierry A; Luo Y; Mitchell LA; Shen M; Shen Y; Walker R; Zhang W; Wu Y; Xie ZX; Luo Z; Cai Y; Dai J; Yang H; Yuan YJ; Boeke JD; Bader JS; Muller H; Koszul R
[Ad] Endereço:Spatial Regulation of Genomes, Department of Genomes and Genetics, Institut Pasteur, Paris 75015, France.
[Ti] Título:3D organization of synthetic and scrambled chromosomes.
[So] Source:Science;355(6329), 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Although the design of the synthetic yeast genome Sc2.0 is highly conservative with respect to gene content, the deletion of several classes of repeated sequences and the introduction of thousands of designer changes may affect genome organization and potentially alter cellular functions. We report here the Hi-C-determined three-dimensional (3D) conformations of Sc2.0 chromosomes. The absence of repeats leads to a smoother contact pattern and more precisely tractable chromosome conformations, and the large-scale genomic organization is globally unaffected by the presence of synthetic chromosome(s). Two exceptions are synIII, which lacks the silent mating-type cassettes, and synXII, specifically when the ribosomal DNA is moved to another chromosome. We also exploit the contact maps to detect rearrangements induced in SCRaMbLE (synthetic chromosome rearrangement and modification by -mediated evolution) strains.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/ultraestrutura
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
Biologia Sintética
[Mh] Termos MeSH secundário: Núcleo Celular/genética
Núcleo Celular/ultraestrutura
Centrômero/ultraestrutura
Cromossomos Artificiais de Levedura/química
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
DNA Ribossômico/genética
Conformação de Ácido Nucleico
Sequências Repetitivas de Ácido Nucleico/genética
Deleção de Sequência
Telômero/ultraestrutura
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (DNA, Ribosomal)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171110
[Lr] Data última revisão:
171110
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE


  10 / 2439 MEDLINE  
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Texto completo
[PMID]:28280149
[Au] Autor:Zhang W; Zhao G; Luo Z; Lin Y; Wang L; Guo Y; Wang A; Jiang S; Jiang Q; Gong J; Wang Y; Hou S; Huang J; Li T; Qin Y; Dong J; Qin Q; Zhang J; Zou X; He X; Zhao L; Xiao Y; Xu M; Cheng E; Huang N; Zhou T; Shen Y; Walker R; Luo Y; Kuang Z; Mitchell LA; Yang K; Richardson SM; Wu Y; Li BZ; Yuan YJ; Yang H; Lin J; Chen GQ; Wu Q; Bader JS; Cai Y; Boeke JD; Dai J
[Ad] Endereço:Key Laboratory for Industrial Biocatalysis (Ministry of Education) and Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences, Tsinghua University, Beijing 100084, China.
[Ti] Título:Engineering the ribosomal DNA in a megabase synthetic chromosome.
[So] Source:Science;355(6329), 2017 03 10.
[Is] ISSN:1095-9203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:We designed and synthesized a 976,067-base pair linear chromosome, synXII, based on native chromosome XII in SynXII was assembled using a two-step method, specified by successive megachunk integration and meiotic recombination-mediated assembly, producing a functional chromosome in Minor growth defect "bugs" detected in synXII, caused by deletion of tRNA genes, were rescued by introducing an ectopic copy of a single tRNA gene. The ribosomal gene cluster (rDNA) on synXII was left intact during the assembly process and subsequently replaced by a modified rDNA unit used to regenerate rDNA at three distinct chromosomal locations. The signature sequences within rDNA, which can be used to determine species identity, were swapped to generate a synXII strain that would be identified as by standard DNA barcoding procedures.
[Mh] Termos MeSH primário: Cromossomos Artificiais de Levedura/química
DNA Ribossômico/genética
Engenharia Genética/métodos
Genoma Fúngico
Saccharomyces cerevisiae/genética
Biologia Sintética/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Núcleo Celular/genética
Núcleo Celular/ultraestrutura
Cromossomos Artificiais de Levedura/genética
Cromossomos Artificiais de Levedura/ultraestrutura
Saccharomyces cerevisiae/ultraestrutura
Transcriptoma
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (DNA, Ribosomal)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171019
[Lr] Data última revisão:
171019
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE



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