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[PMID]:29185863
[Au] Autor:Martínez-Casares RM; Pérez Méndez HI; Manjarrez Alvarez N; Solís Oba A; Hernández Vázquez L; López-Luna A
[Ad] Endereço:a Doctorado en Ciencias Biológicas y de la Salud , Universidad Autónoma Metropolitana-Unidad Xochimilco , Coyoacán , CDMX , México.
[Ti] Título:Comparison of the diastereoisomeric excess of uridine, inosine and adenosine cyanohydrins determined by HPLC-DAD and H NMR.
[So] Source:Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids;36(10):652-665, 2017 Oct 03.
[Is] ISSN:1532-2335
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The separation of the diastereoisomers of the nucleoside derivatives of uridine, inosine and adenosine was performed by HPLC using chiral and no chiral columns, it was observed with the no chiral columns the resolution was good enough to determine diastereoisomeric excess. These methods were compared with H NMR, and no significant differences were observed between the three techniques. Diastereoisomeric uridine (3a), inosine (3b) and adenosine (4c) cyanohydrins were resolved by H nuclear magnetic resonance ( H NMR), chiral normal phase-high-performance liquid chromatography-diode array detector (NP-HPLC-DAD) and reversed phase (RP-HPLC-DAD); these methods allowed the assesment of the percent diastereoisomeric excess (% de) of the nucleosidic cyanohydrins of 3a (4, 6 and 4), 3b (10, 8 and 6) and 4c (4, 4 and 4). To the best of our knowledge, there are no reports using analytical techniques for the separation of the epimers of 3a, 3b and 4c.
[Mh] Termos MeSH primário: Adenosina/química
Inosina/química
Nitrilos/química
Uridina/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Cromatografia Líquida de Alta Pressão
Cromatografia de Fase Reversa
Espectroscopia de Ressonância Magnética
Estereoisomerismo
[Pt] Tipo de publicação:COMPARATIVE STUDY; JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Nitriles); 0 (cyanohydrin); 5A614L51CT (Inosine); K72T3FS567 (Adenosine); WHI7HQ7H85 (Uridine)
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180105
[Lr] Data última revisão:
180105
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171130
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1080/15257770.2017.1375516


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[PMID]:29182635
[Au] Autor:Yablonovitch AL; Deng P; Jacobson D; Li JB
[Ad] Endereço:Stanford University, Department of Genetics, Stanford, California, United States of America.
[Ti] Título:The evolution and adaptation of A-to-I RNA editing.
[So] Source:PLoS Genet;13(11):e1007064, 2017 Nov.
[Is] ISSN:1553-7404
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing is an important post-transcriptional modification that affects the information encoded from DNA to RNA to protein. RNA editing can generate a multitude of transcript isoforms and can potentially be used to optimize protein function in response to varying conditions. In light of this and the fact that millions of editing sites have been identified in many different species, it is interesting to examine the extent to which these sites have evolved to be functionally important. In this review, we discuss results pertaining to the evolution of RNA editing, specifically in humans, cephalopods, and Drosophila. We focus on how comparative genomics approaches have aided in the identification of sites that are likely to be advantageous. The use of RNA editing as a mechanism to adapt to varying environmental conditions will also be reviewed.
[Mh] Termos MeSH primário: Edição de RNA/genética
Edição de RNA/fisiologia
RNA/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Aclimatação/genética
Adaptação Fisiológica/genética
Adenosina/genética
Adenosina/metabolismo
Animais
Sequência de Bases/genética
Evolução Molecular
Genômica/métodos
Seres Humanos
Inosina/genética
Inosina/metabolismo
RNA/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; REVIEW
[Nm] Nome de substância:
5A614L51CT (Inosine); 63231-63-0 (RNA); K72T3FS567 (Adenosine)
[Em] Mês de entrada:1712
[Cu] Atualização por classe:171219
[Lr] Data última revisão:
171219
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171129
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1371/journal.pgen.1007064


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[PMID]:28985428
[Au] Autor:Qi L; Song Y; Chan THM; Yang H; Lin CH; Tay DJT; Hong H; Tang SJ; Tan KT; Huang XX; Lin JS; Ng VHE; Maury JJP; Tenen DG; Chen L
[Ad] Endereço:Cancer Science Institute of Singapore, National University of Singapore, Singapore.
[Ti] Título:An RNA editing/dsRNA binding-independent gene regulatory mechanism of ADARs and its clinical implication in cancer.
[So] Source:Nucleic Acids Res;45(18):10436-10451, 2017 Oct 13.
[Is] ISSN:1362-4962
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing, catalyzed by Adenosine DeAminases acting on double-stranded RNA(dsRNA) (ADAR), occurs predominantly in the 3' untranslated regions (3'UTRs) of spliced mRNA. Here we uncover an unanticipated link between ADARs (ADAR1 and ADAR2) and the expression of target genes undergoing extensive 3'UTR editing. Using METTL7A (Methyltransferase Like 7A), a novel tumor suppressor gene with multiple editing sites at its 3'UTR, we demonstrate that its expression could be repressed by ADARs beyond their RNA editing and double-stranded RNA (dsRNA) binding functions. ADARs interact with Dicer to augment the processing of pre-miR-27a to mature miR-27a. Consequently, mature miR-27a targets the METTL7A 3'UTR to repress its expression level. In sum, our study unveils that the extensive 3'UTR editing of METTL7A is merely a footprint of ADAR binding, and there are a subset of target genes that are equivalently regulated by ADAR1 and ADAR2 through their non-canonical RNA editing and dsRNA binding-independent functions, albeit maybe less common. The functional significance of ADARs is much more diverse than previously appreciated and this gene regulatory function of ADARs is most likely to be of high biological importance beyond the best-studied editing function. This non-editing side of ADARs opens another door to target cancer.
[Mh] Termos MeSH primário: Adenosina Desaminase/metabolismo
Redes Reguladoras de Genes/fisiologia
Neoplasias/genética
Edição de RNA
RNA de Cadeia Dupla/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Regiões 3' não Traduzidas/genética
Adenosina/metabolismo
Animais
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica
Células HEK293
Seres Humanos
Inosina/metabolismo
Neoplasias/metabolismo
Células Tumorais Cultivadas
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (3' Untranslated Regions); 0 (RNA, Double-Stranded); 0 (RNA-Binding Proteins); 5A614L51CT (Inosine); EC 3.5.4.4 (Adenosine Deaminase); K72T3FS567 (Adenosine)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171031
[Lr] Data última revisão:
171031
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171007
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/nar/gkx667


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[PMID]:28965669
[Au] Autor:Hochberg H; Shav-Tal Y
[Ad] Endereço:The Mina & Everard Goodman Faculty of Life Sciences & Institute of Nanotechnology, Bar-Ilan University, Ramat Gan 5290002, Israel.
[Ti] Título:Visualizing Nuclear RNA Editing.
[So] Source:Trends Biochem Sci;42(11):845-847, 2017 Nov.
[Is] ISSN:0968-0004
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:RNA editing results in the site-specific conversion of adenosine to inosine in mRNAs. Genomics has revealed millions of editing sites in metazoans, but examining the spatial aspects of editing in cells has been challenging. A new method, inosineFISH (inoFISH), provides the ability to detect edited and unedited mRNAs within intact cells.
[Mh] Termos MeSH primário: Núcleo Celular/genética
Edição de RNA/genética
RNA Mensageiro/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Seres Humanos
Hibridização in Situ Fluorescente
Inosina/química
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (RNA, Messenger); 5A614L51CT (Inosine)
[Em] Mês de entrada:1711
[Cu] Atualização por classe:171101
[Lr] Data última revisão:
171101
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171003
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28703578
[Au] Autor:Wulff TF; Argüello RJ; Molina Jordàn M; Roura Frigolé H; Hauquier G; Filonava L; Camacho N; Gatti E; Pierre P; Ribas de Pouplana L; Torres AG
[Ad] Endereço:Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology , Parc Científic de Barcelona, C/Baldiri Reixac 10, 08028 Barcelona, Catalonia, Spain.
[Ti] Título:Detection of a Subset of Posttranscriptional Transfer RNA Modifications in Vivo with a Restriction Fragment Length Polymorphism-Based Method.
[So] Source:Biochemistry;56(31):4029-4038, 2017 Aug 08.
[Is] ISSN:1520-4995
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Transfer RNAs (tRNAs) are among the most heavily modified RNA species. Posttranscriptional tRNA modifications (ptRMs) play fundamental roles in modulating tRNA structure and function and are being increasingly linked to human physiology and disease. Detection of ptRMs is often challenging, expensive, and laborious. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses study the patterns of DNA cleavage after restriction enzyme treatment and have been used for the qualitative detection of modified bases on mRNAs. It is known that some ptRMs induce specific and reproducible base "mutations" when tRNAs are reverse transcribed. For example, inosine, which derives from the deamination of adenosine, is detected as a guanosine when an inosine-containing tRNA is reverse transcribed, amplified via polymerase chain reaction (PCR), and sequenced. ptRM-dependent base changes on reverse transcription PCR amplicons generated as a consequence of the reverse transcription reaction might create or abolish endonuclease restriction sites. The suitability of RFLP for the detection and/or quantification of ptRMs has not been studied thus far. Here we show that different ptRMs can be detected at specific sites of different tRNA types by RFLP. For the examples studied, we show that this approach can reliably estimate the modification status of the sample, a feature that can be useful in the study of the regulatory role of tRNA modifications in gene expression.
[Mh] Termos MeSH primário: Adenosina Desaminase/metabolismo
Modelos Biológicos
Polimorfismo de Fragmento de Restrição
Processamento Pós-Transcricional do RNA
RNA de Transferência de Alanina/metabolismo
RNA de Transferência de Treonina/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Adenosina/metabolismo
Adenosina Desaminase/química
Adenosina Desaminase/genética
Análise do Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos Amplificados
Pareamento de Bases
Biologia Computacional
Desaminação
Sistemas Especialistas
Células HeLa
Seres Humanos
Concentração de Íons de Hidrogênio
Inosina/metabolismo
Interferência de RNA
RNA Interferente Pequeno/metabolismo
RNA de Transferência de Alanina/antagonistas & inibidores
RNA de Transferência de Treonina/antagonistas & inibidores
RNA de Transferência de Valina/antagonistas & inibidores
RNA de Transferência de Valina/metabolismo
Transcrição Reversa
Especificidade por Substrato
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; VALIDATION STUDIES
[Nm] Nome de substância:
0 (RNA, Small Interfering); 0 (RNA, Transfer, Ala); 0 (RNA, Transfer, Thr); 0 (RNA, Transfer, Val); 5A614L51CT (Inosine); EC 3.5.4.4 (ADAT2 protein, human); EC 3.5.4.4 (Adenosine Deaminase); K72T3FS567 (Adenosine)
[Em] Mês de entrada:1708
[Cu] Atualização por classe:170818
[Lr] Data última revisão:
170818
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170714
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1021/acs.biochem.7b00324


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[PMID]:28604724
[Au] Autor:Mellis IA; Gupte R; Raj A; Rouhanifard SH
[Ad] Endereço:Department of Bioengineering, University of Pennsylvania, Philadelphia, Pennsylvania, USA.
[Ti] Título:Visualizing adenosine-to-inosine RNA editing in single mammalian cells.
[So] Source:Nat Methods;14(8):801-804, 2017 Aug.
[Is] ISSN:1548-7105
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Conversion of adenosine to inosine is a frequent type of RNA editing, but important details about the biology of this conversion remain unknown because of a lack of imaging tools. We developed inoFISH to directly visualize and quantify adenosine-to-inosine-edited transcripts in situ. We found that editing of the GRIA2, EIF2AK2, and NUP43 transcripts is uncorrelated with nuclear localization and paraspeckle association. Further, NUP43 exhibits constant editing levels between single cells, while GRIA2 editing levels vary.
[Mh] Termos MeSH primário: Adenosina/genética
Hibridização in Situ Fluorescente/métodos
Inosina/genética
Imagem Molecular/métodos
Neurônios/metabolismo
Edição de RNA/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Adenosina/química
Linhagem Celular
Seres Humanos
Inosina/química
Imagem Óptica/métodos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
5A614L51CT (Inosine); K72T3FS567 (Adenosine)
[Em] Mês de entrada:1708
[Cu] Atualização por classe:170822
[Lr] Data última revisão:
170822
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170613
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/nmeth.4332


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[PMID]:28517175
[Au] Autor:Deganutti G; Welihinda A; Moro S
[Ad] Endereço:Molecular Modeling Section (MMS), Dipartimento di Scienze del Farmaco, University of Padova, Via Marzolo 5, 35131, Padova, Italy.
[Ti] Título:Comparison of the Human A Adenosine Receptor Recognition by Adenosine and Inosine: New Insight from Supervised Molecular Dynamics Simulations.
[So] Source:ChemMedChem;12(16):1319-1326, 2017 Aug 22.
[Is] ISSN:1860-7187
[Cp] País de publicação:Germany
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Adenosine deaminase converts adenosine into inosine. In contrast to adenosine, relatively little attention has been paid to the physiological roles of inosine. Nevertheless, recent studies have demonstrated that inosine has neuroprotective, cardioprotective, immunomodulatory, and antidepressive effects. Inosine was recently shown to be a less potent agonist than adenosine at the A adenosine receptor. To better depict the differences in the mechanisms of receptor recognition between adenosine and inosine, we carried out supervised molecular dynamics (SuMD) simulations, and the results are analyzed herein.
[Mh] Termos MeSH primário: Adenosina/metabolismo
Inosina/metabolismo
Receptor A2A de Adenosina/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Adenosina/química
Sítios de Ligação
Seres Humanos
Inosina/química
Simulação de Dinâmica Molecular
Ligação Proteica
Estrutura Terciária de Proteína
Receptor A2A de Adenosina/química
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Receptor, Adenosine A2A); 5A614L51CT (Inosine); K72T3FS567 (Adenosine)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171009
[Lr] Data última revisão:
171009
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170519
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1002/cmdc.201700200


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[PMID]:28485210
[Au] Autor:Qiu W; Wu J; Choi JH; Hirai H; Nishida H; Kawagishi H
[Ad] Endereço:a Graduate School of Science and Technology , Shizuoka University , Shizuoka , Japan.
[Ti] Título:Cytotoxic compounds against cancer cells from Bombyx mori inoculated with Cordyceps militaris.
[So] Source:Biosci Biotechnol Biochem;81(6):1224-1226, 2017 Jun.
[Is] ISSN:1347-6947
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Two compounds, 3'-deoxyinosine and cordycepin, were isolated from Bombyx mori inoculated with Cordyceps militaris. In the bioassay examining cytotoxicity against cancer cells, both compounds showed toxicity against A549, PANC-1, and MCF-7 cancer cells.
[Mh] Termos MeSH primário: Antineoplásicos/farmacologia
Bombyx/microbiologia
Cordyceps/química
Desoxiadenosinas/farmacologia
Inosina/análogos & derivados
Larva/microbiologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Células A549
Animais
Antineoplásicos/isolamento & purificação
Antineoplásicos/metabolismo
Bombyx/química
Linhagem Celular Tumoral
Sobrevivência Celular/efeitos dos fármacos
Cordyceps/crescimento & desenvolvimento
Cordyceps/metabolismo
Desoxiadenosinas/biossíntese
Desoxiadenosinas/isolamento & purificação
Relação Dose-Resposta a Droga
Interações Hospedeiro-Patógeno
Seres Humanos
Inosina/biossíntese
Inosina/isolamento & purificação
Inosina/farmacologia
Larva/química
Células MCF-7
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Antineoplastic Agents); 0 (Deoxyadenosines); 13146-72-0 (3'-deoxyinosine); 5A614L51CT (Inosine); GZ8VF4M2J8 (cordycepin)
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:170703
[Lr] Data última revisão:
170703
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170510
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1080/09168451.2017.1289075


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[PMID]:28421439
[Au] Autor:Krutetskaya ZI; Milenina LS; Naumova AA; Butov SN; Antonov VG; Nozdrachev AD
[Ad] Endereço:St. Petersburg State University, Universitetskaya nab. 7/9, St. Petersburg, 199034, Russia. z.krutetskaya@spbu.ru.
[Ti] Título:Sigma-1 receptor antagonist haloperidol attenuates Ca responses induced by glutoxim and molixan in macrophages.
[So] Source:Dokl Biochem Biophys;472(1):74-76, 2017 Jan.
[Is] ISSN:1608-3091
[Cp] País de publicação:Russia (Federation)
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Using Fura-2AM microfluorimetry, we have shown for the first time that sigma-1 receptor antagonist, antipsychotic haloperidol, significantly inhibits glutoxim- and molixan-induced Ca -response in peritoneal macrophages. These results indicate possible involvement of sigma-1 receptors in the signal cascade induced by glutoxim or molixan and leading to intracellular Ca concentration increase in macrophages.
[Mh] Termos MeSH primário: Antipsicóticos/farmacologia
Sinalização do Cálcio
Haloperidol/farmacologia
Inosina/farmacologia
Macrófagos Peritoneais/metabolismo
Oligopeptídeos/farmacologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Combinação de Medicamentos
Macrófagos Peritoneais/efeitos dos fármacos
Ratos
Ratos Wistar
Receptores sigma/antagonistas & inibidores
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Antipsychotic Agents); 0 (Drug Combinations); 0 (Molixan); 0 (Oligopeptides); 0 (Receptors, sigma); 0 (glutoxim); 0 (sigma-1 receptor); 5A614L51CT (Inosine); J6292F8L3D (Haloperidol)
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:171019
[Lr] Data última revisão:
171019
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170420
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1134/S1607672917010227


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[PMID]:28282384
[Au] Autor:Duan Y; Dou S; Luo S; Zhang H; Lu J
[Ad] Endereço:State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research, Center for Bioinformatics, School of Life Sciences & Peking-Tsinghua Center for Life Sciences, Peking University, Beijing, China.
[Ti] Título:Adaptation of A-to-I RNA editing in Drosophila.
[So] Source:PLoS Genet;13(3):e1006648, 2017 Mar.
[Is] ISSN:1553-7404
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Adenosine-to-inosine (A-to-I) editing is hypothesized to facilitate adaptive evolution by expanding proteomic diversity through an epigenetic approach. However, it is challenging to provide evidences to support this hypothesis at the whole editome level. In this study, we systematically characterized 2,114 A-to-I RNA editing sites in female and male brains of D. melanogaster, and nearly half of these sites had events evolutionarily conserved across Drosophila species. We detected strong signatures of positive selection on the nonsynonymous editing sites in Drosophila brains, and the beneficial editing sites were significantly enriched in genes related to chemical and electrical neurotransmission. The signal of adaptation was even more pronounced for the editing sites located in X chromosome or for those commonly observed across Drosophila species. We identified a set of gene candidates (termed "PSEB" genes) that had nonsynonymous editing events favored by natural selection. We presented evidence that editing preferentially increased mutation sequence space of evolutionarily conserved genes, which supported the adaptive evolution hypothesis of editing. We found prevalent nonsynonymous editing sites that were favored by natural selection in female and male adults from five strains of D. melanogaster. We showed that temperature played a more important role than gender effect in shaping the editing levels, although the effect of temperature is relatively weaker compared to that of species effect. We also explored the relevant factors that shape the selective patterns of the global editomes. Altogether we demonstrated that abundant nonsynonymous editing sites in Drosophila brains were adaptive and maintained by natural selection during evolution. Our results shed new light on the evolutionary principles and functional consequences of RNA editing.
[Mh] Termos MeSH primário: Adenosina/química
Drosophila melanogaster/genética
Drosophila/genética
Inosina/química
Edição de RNA
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Sequência Conservada/genética
Epigênese Genética
Feminino
Perfilação da Expressão Gênica
Genoma de Inseto
Masculino
Mutação
Nucleotídeos/genética
Dobramento de Proteína
RNA/genética
Especificidade da Espécie
Transmissão Sináptica
Temperatura Ambiente
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Nucleotides); 5A614L51CT (Inosine); 63231-63-0 (RNA); K72T3FS567 (Adenosine)
[Em] Mês de entrada:1706
[Cu] Atualização por classe:170606
[Lr] Data última revisão:
170606
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170311
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1371/journal.pgen.1006648



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