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[PMID]:29330478
[Au] Autor:Williams JJL; Alotaiq N; Mullen W; Burchmore R; Liu L; Baillie GS; Schaper F; Pilch PF; Palmer TM
[Ad] Endereço:School of Pharmacy and Medical Sciences, University of Bradford, Bradford, BD7 1DP, UK. j.j.l.williams@bradford.ac.uk.
[Ti] Título:Interaction of suppressor of cytokine signalling 3 with cavin-1 links SOCS3 function and cavin-1 stability.
[So] Source:Nat Commun;9(1):168, 2018 01 12.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Effective suppression of JAK-STAT signalling by the inducible inhibitor "suppressor of cytokine signalling 3" (SOCS3) is essential for limiting signalling from cytokine receptors. Here we show that cavin-1, a component of caveolae, is a functionally significant SOCS3-interacting protein. Biochemical and confocal imaging demonstrate that SOCS3 localisation to the plasma membrane requires cavin-1. SOCS3 is also critical for cavin-1 stabilisation, such that deletion of SOCS3 reduces the expression of cavin-1 and caveolin-1 proteins, thereby reducing caveola abundance in endothelial cells. Moreover, the interaction of cavin-1 and SOCS3 is essential for SOCS3 function, as loss of cavin-1 enhances cytokine-stimulated STAT3 phosphorylation and abolishes SOCS3-dependent inhibition of IL-6 signalling by cyclic AMP. Together, these findings reveal a new functionally important mechanism linking SOCS3-mediated inhibition of cytokine signalling to localisation at the plasma membrane via interaction with and stabilisation of cavin-1.
[Mh] Termos MeSH primário: Proteínas de Membrana/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Proteína 3 Supressora da Sinalização de Citocinas/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Cavéolas/fisiologia
Deleção de Genes
Regulação da Expressão Gênica
Células HEK293
Seres Humanos
Janus Quinases/genética
Janus Quinases/metabolismo
Proteínas de Membrana/genética
Camundongos
Ligação Proteica
Proteínas de Ligação a RNA/genética
Fatores de Transcrição STAT/genética
Fatores de Transcrição STAT/metabolismo
Proteína 3 Supressora da Sinalização de Citocinas/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Membrane Proteins); 0 (PTRF protein, human); 0 (Ptrf protein, mouse); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (SOCS3 protein, human); 0 (STAT Transcription Factors); 0 (Socs3 protein, mouse); 0 (Suppressor of Cytokine Signaling 3 Protein); EC 2.7.10.2 (Janus Kinases)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180305
[Lr] Data última revisão:
180305
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180114
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02585-y


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[PMID]:28460469
[Au] Autor:Lam CS; Ng L; Chow AK; Wan TM; Yau S; Cheng NS; Wong SK; Man JH; Lo OS; Foo DC; Poon JT; Pang RW; Law WL
[Ad] Endereço:Division of Colorectal Surgery, Department of Surgery, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong.
[Ti] Título:Identification of microRNA 885-5p as a novel regulator of tumor metastasis by targeting CPEB2 in colorectal cancer.
[So] Source:Oncotarget;8(16):26858-26870, 2017 Apr 18.
[Is] ISSN:1949-2553
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Colorectal cancer is the third most common cancer in the world and liver is the most frequent site of distant metastasis with poor prognosis. The aim of this study is to investigate microRNAs leading to liver metastasis. We applied microarray analysis and quantitative PCR to identify and validate dysregulated miRNAs in liver metastases when compared to primary CRCs. Functional significance and the underlying molecular mechanism of selected miRNA was demonstrated by a series of in vitro and in vivo assays. Our microarray analysis and subsequent quantitative PCR validation revealed that miR-885-5p was strongly up-regulated in liver metastases and in CRC cell-lines derived from distant metastases. Overexpression of miR-885-5p significantly induced cell migration, cell invasion, formation of stress fibre in vitro and development of liver and lung metastases in vivo. MiR-885-5p induced metastatic potential of CRC by repressing cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 transcription through directly binding to two binding sites on its 3' untranslated region, and consequently led to up-regulation of TWIST1 and hence epithelial-mesenchymal transition. Our findings demonstrated the overexpression of miR-885-5p in liver metastasis and its roles in inducing CRC metastasis, potentiating development of miR-885-5p inhibitor to treat advanced CRC in the future.
[Mh] Termos MeSH primário: Neoplasias Colorretais/genética
Neoplasias Colorretais/patologia
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica
MicroRNAs/genética
Interferência de RNA
Proteínas de Ligação a RNA/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Regiões 3' não Traduzidas
Animais
Linhagem Celular Tumoral
Movimento Celular/genética
Citoesqueleto/metabolismo
Modelos Animais de Doenças
Transição Epitelial-Mesenquimal/genética
Xenoenxertos
Seres Humanos
Neoplasias Hepáticas/secundário
Masculino
Camundongos
Metástase Neoplásica
Estadiamento de Neoplasias
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (3' Untranslated Regions); 0 (CPEB2 protein, human); 0 (MIRN885 microRNA, human); 0 (MicroRNAs); 0 (RNA-Binding Proteins)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180305
[Lr] Data última revisão:
180305
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170503
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.18632/oncotarget.15844


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[PMID]:29212662
[Au] Autor:Chatterjee K; Majumder S; Wan Y; Shah V; Wu J; Huang HY; Hopper AK
[Ad] Endereço:The Ohio State University Comprehensive Cancer Research Center, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA.
[Ti] Título:Sharing the load: Mex67-Mtr2 cofunctions with Los1 in primary tRNA nuclear export.
[So] Source:Genes Dev;31(21):2186-2198, 2017 11 01.
[Is] ISSN:1549-5477
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Eukaryotic transfer RNAs (tRNAs) are exported from the nucleus, their site of synthesis, to the cytoplasm, their site of function for protein synthesis. The evolutionarily conserved ß-importin family member Los1 (Exportin-t) has been the only exporter known to execute nuclear export of newly transcribed intron-containing pre-tRNAs. Interestingly, is unessential in all tested organisms. As tRNA nuclear export is essential, we previously interrogated the budding yeast proteome to identify candidates that function in tRNA nuclear export. Here, we provide molecular, genetic, cytological, and biochemical evidence that the Mex67-Mtr2 (TAP-p15) heterodimer, best characterized for its essential role in mRNA nuclear export, cofunctions with Los1 in tRNA nuclear export. Inactivation of Mex67 or Mtr2 leads to rapid accumulation of end-matured unspliced tRNAs in the nucleus. Remarkably, merely fivefold overexpression of Mex67-Mtr2 can substitute for Los1 in Δ cells. Moreover, in vivo coimmunoprecipitation assays with tagged Mex67 document that the Mex67 binds tRNAs. Our data also show that tRNA exporters surprisingly exhibit differential tRNA substrate preferences. The existence of multiple tRNA exporters, each with different tRNA preferences, may indicate that the proteome can be regulated by tRNA nuclear export. Thus, our data show that Mex67-Mtr2 functions in primary nuclear export for a subset of yeast tRNAs.
[Mh] Termos MeSH primário: Transporte Ativo do Núcleo Celular/genética
Proteoma/genética
RNA de Transferência/metabolismo
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/genética
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
Saccharomyces cerevisiae/genética
Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Inativação Gênica
Proteínas de Membrana Transportadoras/genética
Proteínas de Membrana Transportadoras/metabolismo
Complexo de Proteínas Formadoras de Poros Nucleares/genética
Complexo de Proteínas Formadoras de Poros Nucleares/metabolismo
Proteínas Nucleares/genética
Proteínas Nucleares/metabolismo
Proteínas de Transporte Nucleocitoplasmático/genética
Proteínas de Transporte Nucleocitoplasmático/metabolismo
Ligação Proteica
Proteínas de Ligação a RNA/genética
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL
[Nm] Nome de substância:
0 (Los1 protein, S cerevisiae); 0 (MEX67 protein, S cerevisiae); 0 (Membrane Transport Proteins); 0 (Mtr2 protein, S cerevisiae); 0 (Nuclear Pore Complex Proteins); 0 (Nuclear Proteins); 0 (Nucleocytoplasmic Transport Proteins); 0 (Proteome); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (Saccharomyces cerevisiae Proteins); 9014-25-9 (RNA, Transfer)
[Em] Mês de entrada:1712
[Cu] Atualização por classe:180305
[Lr] Data última revisão:
180305
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171208
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1101/gad.305904.117


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[PMID]:29412172
[Au] Autor:Hull JD; Lyon RA
[Ad] Endereço:Procter & Gamble, Greater London Innovation Centre, Egham, Surrey TW20 9NW, UK.
[Ti] Título:In vitro pharmacology of ambroxol: Potential serotonergic sites of action.
[So] Source:Life Sci;197:67-72, 2018 Mar 15.
[Is] ISSN:1879-0631
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:AIMS: Ambroxol is a muco-active agent with multiple, clinically relevant effects in the airway. Despite its widespread use and well documented clinical efficacy, there are few data on its mechanism of action and receptor pharmacology beyond sodium channel blockade and inhibition of guanylate cyclase. Accordingly, in vitro studies were conducted to determine its overall receptor pharmacology and possible sites of action. MATERIALS AND METHODS: In vitro radioligand binding/enzyme inhibition studies were conducted at 62 receptors, ion channels and enzymes using standard techniques. Additional in vitro studies were conducted to establish the potency of ambroxol at selected sites. KEY FINDINGS: These studies indicate that ambroxol has affinity for the 5-HT serotonin receptor, as well as affinity for the 5-HT serotonin transporter (SERT), with IC values of 17,600 nM and 19,500 nM respectively. In vitro functional studies in isolated guinea pig colon indicate that ambroxol is a 5-HT serotonin receptor antagonist with an IC value of 36,000 nM. SIGNIFICANCE: Together, these studies indicate that ambroxol may exert its beneficial properties via antagonism of the 5-HT serotonin receptor and/or inhibition of serotonin uptake (5-HT transport: SERT), in addition to its reported effects at the sodium channel and guanylate cyclase.
[Mh] Termos MeSH primário: Ambroxol
Receptores 5-HT3 de Serotonina/metabolismo
Antagonistas do Receptor 5-HT3 de Serotonina
[Mh] Termos MeSH secundário: Ambroxol/farmacocinética
Ambroxol/farmacologia
Animais
Linhagem Celular Tumoral
Cobaias
Seres Humanos
Camundongos
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Ratos
Antagonistas do Receptor 5-HT3 de Serotonina/farmacocinética
Antagonistas do Receptor 5-HT3 de Serotonina/farmacologia
Proteínas da Membrana Plasmática de Transporte de Serotonina/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (RNA-Binding Proteins); 0 (Receptors, Serotonin, 5-HT3); 0 (SERT protein, rat); 0 (SLC6A4 protein, human); 0 (Serotonin 5-HT3 Receptor Antagonists); 0 (Serotonin Plasma Membrane Transport Proteins); 0 (Slc6a4 protein, mouse); 200168S0CL (Ambroxol)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180301
[Lr] Data última revisão:
180301
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180208
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:29374155
[Au] Autor:Moon BS; Bai J; Cai M; Liu C; Shi J; Lu W
[Ad] Endereço:Department of Stem Cell Biology and Regenerative Medicine, Broad Center for Regenerative Medicine and Stem Cell Research, Keck School of Medicine, University of Southern California, Los Angeles, CA, 90033, USA.
[Ti] Título:Kruppel-like factor 4-dependent Staufen1-mediated mRNA decay regulates cortical neurogenesis.
[So] Source:Nat Commun;9(1):401, 2018 01 26.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Kruppel-like factor 4 (Klf4) is a zinc-finger-containing protein that plays a critical role in diverse cellular physiology. While most of these functions attribute to its role as a transcription factor, it is postulated that Klf4 may play a role other than transcriptional regulation. Here we demonstrate that Klf4 loss in neural progenitor cells (NPCs) leads to increased neurogenesis and reduced self-renewal in mice. In addition, Klf4 interacts with RNA-binding protein Staufen1 (Stau1) and RNA helicase Ddx5/17. They function together as a complex to maintain NPC self-renewal. We report that Klf4 promotes Stau1 recruitment to the 3'-untranslated region of neurogenesis-associated mRNAs, increasing Stau1-mediated mRNA decay (SMD) of these transcripts. Stau1 depletion abrogated SMD of target mRNAs and rescued neurogenesis defects in Klf4-overexpressing NPCs. Furthermore, Ddx5/17 knockdown significantly blocked Klf4-mediated mRNA degradation. Our results highlight a novel molecular mechanism underlying stability of neurogenesis-associated mRNAs controlled by the Klf4/Ddx5/17/Stau1 axis during mammalian corticogenesis.
[Mh] Termos MeSH primário: Córtex Cerebral/metabolismo
RNA Helicases DEAD-box/genética
Fatores de Transcrição Kruppel-Like/genética
Células-Tronco Neurais/metabolismo
Neurogênese/genética
RNA Mensageiro/genética
Proteínas de Ligação a RNA/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Proliferação Celular
Córtex Cerebral/citologia
Córtex Cerebral/crescimento & desenvolvimento
RNA Helicases DEAD-box/metabolismo
Embrião de Mamíferos
Feminino
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Células HEK293
Seres Humanos
Fatores de Transcrição Kruppel-Like/antagonistas & inibidores
Fatores de Transcrição Kruppel-Like/metabolismo
Masculino
Camundongos
Camundongos Endogâmicos C57BL
Camundongos Transgênicos
Células-Tronco Neurais/citologia
Gravidez
Estabilidade de RNA
RNA Mensageiro/metabolismo
RNA Interferente Pequeno/genética
RNA Interferente Pequeno/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/antagonistas & inibidores
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/toxicidade
Transdução de Sinais
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (GKLF protein); 0 (Kruppel-Like Transcription Factors); 0 (RNA, Messenger); 0 (RNA, Small Interfering); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (Stau1 protein, mouse); EC 3.6.1.- (Ddx17 protein, mouse); EC 3.6.1.- (Ddx5 protein, mouse); EC 3.6.4.13 (DEAD-box RNA Helicases)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180302
[Lr] Data última revisão:
180302
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180128
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02720-9


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[PMID]:27773522
[Au] Autor:Tamulaitis G; Venclovas C; Siksnys V
[Ad] Endereço:Institute of Biotechnology, Vilnius University, Sauletekio av. 7, Vilnius 10257, Lithuania.
[Ti] Título:Type III CRISPR-Cas Immunity: Major Differences Brushed Aside.
[So] Source:Trends Microbiol;25(1):49-61, 2017 Jan.
[Is] ISSN:1878-4380
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:For a long time the mechanism of immunity provided by the Type III CRISPR-Cas systems appeared to be inconsistent: the Type III-A Csm complex of Staphylococcus epidermidis was first reported to target DNA while Type III-B Cmr complexes were shown to target RNA. This long-standing conundrum has now been resolved by finding that the Type III CRISPR-Cas systems are both RNases and target RNA-activated DNA nucleases. The immunity is achieved by coupling binding and cleavage of RNA transcripts to the degradation of invading DNA. The base-pairing potential between the target RNA and the CRISPR RNA (crRNA) 5'-handle seems to play an important role in discriminating self and non-self nucleic acids; however, the detailed mechanism remains to be uncovered.
[Mh] Termos MeSH primário: Antibiose/genética
Sistemas CRISPR-Cas/genética
Proteínas de Ligação a DNA/genética
DNA/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/genética
RNA/metabolismo
Staphylococcus epidermidis/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Sistemas CRISPR-Cas/fisiologia
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; REVIEW
[Nm] Nome de substância:
0 (DNA-Binding Proteins); 0 (RNA-Binding Proteins); 63231-63-0 (RNA); 9007-49-2 (DNA)
[Em] Mês de entrada:1711
[Cu] Atualização por classe:180227
[Lr] Data última revisão:
180227
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161025
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28453628
[Au] Autor:Svetoni F; De Paola E; La Rosa P; Mercatelli N; Caporossi D; Sette C; Paronetto MP
[Ad] Endereço:Department of Movement, Human and Health Sciences, University of Rome "Foro Italico", 00135 Rome, Italy.
[Ti] Título:Post-transcriptional regulation of FUS and EWS protein expression by miR-141 during neural differentiation.
[So] Source:Hum Mol Genet;26(14):2732-2746, 2017 07 15.
[Is] ISSN:1460-2083
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Brain development involves proliferation, migration and specification of neural progenitor cells, culminating in neuronal circuit formation. Mounting evidence indicates that improper regulation of RNA binding proteins (RBPs), including members of the FET (FUS, EWS, TAF15) family, results in defective cortical development and/or neurodegenerative disorders. However, in spite of their physiological relevance, the precise pattern of FET protein expression in developing neurons is largely unknown. Herein, we found that FUS, EWS and TAF15 expression is differentially regulated during brain development, both in time and in space. In particular, our study identifies a fine-tuned regulation of FUS and EWS during neuronal differentiation, whereas TAF15 appears to be more constitutively expressed. Mechanistically FUS and EWS protein expression is regulated at the post-transcriptional level during neuron differentiation and brain development. Moreover, we identified miR-141 as a key regulator of these FET proteins that modulate their expression levels in differentiating neuronal cells. Thus, our studies uncover a novel link between post-transcriptional regulation of FET proteins expression and neurogenesis.
[Mh] Termos MeSH primário: MicroRNAs/metabolismo
Neurônios/fisiologia
Processamento Pós-Transcricional do RNA
Proteína EWS de Ligação a RNA/biossíntese
Proteína FUS de Ligação a RNA/biossíntese
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Encéfalo/citologia
Encéfalo/embriologia
Encéfalo/metabolismo
Diferenciação Celular/fisiologia
Seres Humanos
Camundongos
Camundongos Endogâmicos C57BL
MicroRNAs/genética
Neurogênese/fisiologia
Neurônios/citologia
Neurônios/metabolismo
Processamento de Proteína Pós-Traducional
Proteína EWS de Ligação a RNA/genética
Proteína EWS de Ligação a RNA/metabolismo
Proteína FUS de Ligação a RNA/genética
Proteína FUS de Ligação a RNA/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Fatores Associados à Proteína de Ligação a TATA/biossíntese
Fatores Associados à Proteína de Ligação a TATA/genética
Fatores Associados à Proteína de Ligação a TATA/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (EWSR1 protein, human); 0 (FUS protein, human); 0 (FUS protein, mouse); 0 (MIRN141 microRNA, human); 0 (MicroRNAs); 0 (Mirn141 microRNA, mouse); 0 (RNA-Binding Protein EWS); 0 (RNA-Binding Protein FUS); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (TAF15 protein, human); 0 (TAF15 protein, mouse); 0 (TATA-Binding Protein Associated Factors)
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180225
[Lr] Data última revisão:
180225
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170429
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/hmg/ddx160


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[PMID]:29358748
[Au] Autor:Kucherenko MM; Shcherbata HR
[Ad] Endereço:Max Planck Research Group of Gene Expression and Signaling, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Am Fassberg, 11, Goettingen, 37077, Germany.
[Ti] Título:Stress-dependent miR-980 regulation of Rbfox1/A2bp1 promotes ribonucleoprotein granule formation and cell survival.
[So] Source:Nat Commun;9(1):312, 2018 01 22.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Upon stress, profound post-transcriptional adjustments of gene expression occur in spatially restricted, subcellular, membraneless compartments, or ribonucleoprotein (RNP) granules, which are formed by liquid phase separation of RNA-binding proteins with low complexity sequence domains (LCDs). Here, we show that Rbfox1 is an LCD-containing protein that aggregates into liquid droplets and amyloid-like fibers and promiscuously joins different nuclear and cytoplasmic RNP granules. Using Drosophila oogenesis as an in vivo system for stress response, we demonstrate a mechanism by which Rbfox1 promotes cell survival. The stress-dependent miRNA miR-980 acts to buffer Rbfox1 levels, since it targets only those Rbfox1 transcripts that contain extended 3'UTRs. Reduced miR-980 expression during stress leads to increased Rbfox1 levels, widespread formation of various RNP granules, and increased cell viability. We show that human RBFOX proteins also contain multiple LCDs and form membraneless compartments, suggesting that the RNP granule-linked control of cellular adaptive responses may contribute to a wide range of RBFOX-associated pathologies in humans.
[Mh] Termos MeSH primário: Proteínas de Drosophila/genética
MicroRNAs/genética
Oócitos/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/genética
Ribonucleoproteínas/genética
Estresse Fisiológico/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Adaptação Fisiológica
Animais
Sobrevivência Celular
Reprogramação Celular
Proteínas de Drosophila/metabolismo
Drosophila melanogaster/genética
Drosophila melanogaster/crescimento & desenvolvimento
Drosophila melanogaster/metabolismo
Feminino
Fibroblastos/citologia
Fibroblastos/metabolismo
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Seres Humanos
MicroRNAs/metabolismo
Mutação
Neurônios/citologia
Neurônios/metabolismo
Oócitos/citologia
Oogênese/genética
Ovário/citologia
Ovário/metabolismo
Cultura Primária de Células
Domínios Proteicos
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Ribonucleoproteínas/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Drosophila Proteins); 0 (MicroRNAs); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (Rbfox1 protein, Drosophila); 0 (Ribonucleoproteins)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180222
[Lr] Data última revisão:
180222
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180124
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02757-w


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[PMID]:29352242
[Au] Autor:Cottrell KA; Chaudhari HG; Cohen BA; Djuranovic S
[Ad] Endereço:Department of Cell Biology and Physiology, School of Medicine, Washington University, St. Louis, MO, 63110, USA.
[Ti] Título:PTRE-seq reveals mechanism and interactions of RNA binding proteins and miRNAs.
[So] Source:Nat Commun;9(1):301, 2018 01 19.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:RNA binding proteins (RBP) and microRNAs (miRNAs) often bind sequences in 3' untranslated regions (UTRs) of mRNAs, and regulate stability and translation efficiency. With the identification of numerous RBPs and miRNAs, there is an urgent need for new technologies to dissect the function of the cis-acting elements of RBPs and miRNAs. We describe post-transcriptional regulatory element sequencing (PTRE-seq), a massively parallel method for assaying the target sequences of miRNAs and RBPs. We use PTRE-seq to dissect sequence preferences and interactions between miRNAs and RBPs. The binding sites for these effector molecules influenced different aspects of the RNA lifecycle: RNA stability, translation efficiency, and translation initiation. In some cases, post-transcriptional control is modular, with different factors acting independently of each other, while in other cases factors show specific epistatic interactions. The throughput, flexibility, and reproducibility of PTRE-seq make it a valuable tool to study post-transcriptional regulation by 3'UTR elements.
[Mh] Termos MeSH primário: MicroRNAs/genética
Biossíntese de Proteínas
Processamento Pós-Transcricional do RNA
Proteínas de Ligação a RNA/genética
Elementos Reguladores de Transcrição
Fatores de Transcrição/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Regiões 3' não Traduzidas
Sequência de Bases
Sítios de Ligação
Linhagem Celular
Biblioteca Gênica
Células HEK293
Células HeLa
Seres Humanos
MicroRNAs/metabolismo
Ligação Proteica
Estabilidade de RNA
Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo
Análise de Sequência de RNA
Termodinâmica
Fatores de Transcrição/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL
[Nm] Nome de substância:
0 (3' Untranslated Regions); 0 (MicroRNAs); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (Transcription Factors); 0 (mirnlet7 microRNA, human); 0 (pumilio protein, human)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180222
[Lr] Data última revisão:
180222
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180121
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02745-0


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[PMID]:29352114
[Au] Autor:Rehage N; Davydova E; Conrad C; Behrens G; Maiser A; Stehklein JE; Brenner S; Klein J; Jeridi A; Hoffmann A; Lee E; Dianzani U; Willemsen R; Feederle R; Reiche K; Hackermüller J; Leonhardt H; Sharma S; Niessing D; Heissmeyer V
[Ad] Endereço:Institute for Immunology at the Biomedical Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Grosshaderner Strasse 9, 82152, Planegg-Martinsried, Germany.
[Ti] Título:Binding of NUFIP2 to Roquin promotes recognition and regulation of ICOS mRNA.
[So] Source:Nat Commun;9(1):299, 2018 01 19.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The ubiquitously expressed RNA-binding proteins Roquin-1 and Roquin-2 are essential for appropriate immune cell function and postnatal survival of mice. Roquin proteins repress target mRNAs by recognizing secondary structures in their 3'-UTRs and by inducing mRNA decay. However, it is unknown if other cellular proteins contribute to target control. To identify cofactors of Roquin, we used RNA interference to screen ~1500 genes involved in RNA-binding or mRNA degradation, and identified NUFIP2 as a cofactor of Roquin-induced mRNA decay. NUFIP2 binds directly and with high affinity to Roquin, which stabilizes NUFIP2 in cells. Post-transcriptional repression of human ICOS by endogenous Roquin proteins requires two neighboring non-canonical stem-loops in the ICOS 3'-UTR. This unconventional cis-element as well as another tandem loop known to confer Roquin-mediated regulation of the Ox40 3'-UTR, are bound cooperatively by Roquin and NUFIP2. NUFIP2 therefore emerges as a cofactor that contributes to mRNA target recognition by Roquin.
[Mh] Termos MeSH primário: Linfócitos T CD4-Positivos/imunologia
Proteína Coestimuladora de Linfócitos T Induzíveis/genética
Proteínas Nucleares/genética
Proteínas de Ligação a RNA/genética
Receptores OX40/genética
Proteínas Repressoras/genética
Ubiquitina-Proteína Ligases/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Animais
Sítios de Ligação
Linfócitos T CD4-Positivos/citologia
Regulação da Expressão Gênica
Células HEK293
Células HeLa
Seres Humanos
Proteína Coestimuladora de Linfócitos T Induzíveis/antagonistas & inibidores
Proteína Coestimuladora de Linfócitos T Induzíveis/imunologia
Sequências Repetidas Invertidas
Camundongos
Camundongos Endogâmicos C57BL
Proteínas Nucleares/antagonistas & inibidores
Proteínas Nucleares/imunologia
Conformação de Ácido Nucleico
Cultura Primária de Células
Ligação Proteica
Estabilidade de RNA
RNA Interferente Pequeno/genética
RNA Interferente Pequeno/metabolismo
Proteínas de Ligação a RNA/antagonistas & inibidores
Proteínas de Ligação a RNA/imunologia
Receptores OX40/antagonistas & inibidores
Receptores OX40/imunologia
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/imunologia
Proteínas Repressoras/imunologia
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Ubiquitina-Proteína Ligases/imunologia
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (ICOS protein, human); 0 (Inducible T-Cell Co-Stimulator Protein); 0 (NUFIP2 protein, human); 0 (Nuclear Proteins); 0 (RC3H1 protein, human); 0 (RNA, Small Interfering); 0 (RNA-Binding Proteins); 0 (Receptors, OX40); 0 (Recombinant Proteins); 0 (Repressor Proteins); 0 (TNFRSF4 protein, human); 0 (roquin-2 protein, human); EC 2.3.2.27 (Ubiquitin-Protein Ligases)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180222
[Lr] Data última revisão:
180222
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180121
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02582-1



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