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[PMID]:29410408
[Au] Autor:Kuncha SK; Mazeed M; Singh R; Kattula B; Routh SB; Sankaranarayanan R
[Ad] Endereço:CSIR-Centre for Cellular and Molecular Biology, Uppal Road, Hyderabad, 500007, India.
[Ti] Título:A chiral selectivity relaxed paralog of DTD for proofreading tRNA mischarging in Animalia.
[So] Source:Nat Commun;9(1):511, 2018 02 06.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:D-aminoacyl-tRNA deacylase (DTD), a bacterial/eukaryotic trans-editing factor, removes D-amino acids mischarged on tRNAs and achiral glycine mischarged on tRNA . An invariant cross-subunit Gly-cisPro motif forms the mechanistic basis of L-amino acid rejection from the catalytic site. Here, we present the identification of a DTD variant, named ATD (Animalia-specific tRNA deacylase), that harbors a Gly-transPro motif. The cis-to-trans switch causes a "gain of function" through L-chiral selectivity in ATD resulting in the clearing of L-alanine mischarged on tRNA (G4•U69) by eukaryotic AlaRS. The proofreading activity of ATD is conserved across diverse classes of phylum Chordata. Animalia genomes enriched in tRNA (G4•U69) genes are in strict association with the presence of ATD, underlining the mandatory requirement of a dedicated factor to proofread tRNA misaminoacylation. The study highlights the emergence of ATD during genome expansion as a key event associated with the evolution of Animalia.
[Mh] Termos MeSH primário: Alanina/química
Aminoaciltransferases/química
Aminoacil-RNA de Transferência/química
Treonina/química
Aminoacilação de RNA de Transferência/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Alanina/genética
Alanina/metabolismo
Sequência de Aminoácidos
Aminoaciltransferases/genética
Aminoaciltransferases/metabolismo
Animais
Apicomplexa/genética
Apicomplexa/metabolismo
Bactérias/genética
Bactérias/metabolismo
Sítios de Ligação
Evolução Biológica
Clonagem Molecular
Cristalografia por Raios X
Expressão Gênica
Seres Humanos
Modelos Moleculares
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Aminoacil-RNA de Transferência/genética
Aminoacil-RNA de Transferência/metabolismo
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Especificidade por Substrato
Treonina/genética
Treonina/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (RNA, Transfer, Amino Acyl); 0 (Recombinant Proteins); 2ZD004190S (Threonine); EC 2.3.2.- (Aminoacyltransferases); OF5P57N2ZX (Alanine)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180307
[Lr] Data última revisão:
180307
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180208
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02204-w


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[PMID]:28460437
[Au] Autor:Li C; Zeng M; Chi H; Shen J; Ng TB; Jin G; Lu D; Fan X; Xiong B; Xiao Z; Sha O
[Ad] Endereço:Department of Anatomy, Histology and Developmental Biology, School of Basic Medical Sciences, Shenzhen University Health Science Centre, Shenzhen, Guangdong, China.
[Ti] Título:Trichosanthin increases Granzyme B penetration into tumor cells by upregulation of CI-MPR on the cell surface.
[So] Source:Oncotarget;8(16):26460-26470, 2017 Apr 18.
[Is] ISSN:1949-2553
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Trichosanthin is a plant toxin belonging to the family of ribosome-inactivating proteins. It has various biological and pharmacological activities, including anti-tumor and immunoregulatory effects. In this study, we explored the potential medicinal applications of trichosanthin in cancer immunotherapy. We found that trichosanthin and cation-independent mannose-6-phosphate receptor competitively bind to the Golgi-localized, γ-ear containing and Arf-binding proteins. It in turn promotes the translocation of cation-independent mannose-6-phosphate receptor from the cytosol to the plasma membrane, which is a receptor of Granzyme B. The upregulation of this receptor on the tumor cell surface increased the cell permeability to Granzyme B, and the latter is one of the major factors of cytotoxic T lymphocyte-mediated tumor cell apoptosis. These results suggest a novel potential application of trichosanthin and shed light on its anti-tumor immunotherapy.
[Mh] Termos MeSH primário: Membrana Celular/metabolismo
Granzimas/metabolismo
Receptor IGF Tipo 2/metabolismo
Tricosantina/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Animais
Apoptose
Linhagem Celular Tumoral
Permeabilidade da Membrana Celular
Modelos Animais de Doenças
Seres Humanos
Masculino
Camundongos
Ligação Proteica
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Tricosantina/química
Ensaios Antitumorais Modelo de Xenoenxerto
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Receptor, IGF Type 2); 60318-52-7 (Trichosanthin); EC 3.4.21.- (GZMB protein, human); EC 3.4.21.- (Granzymes)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180305
[Lr] Data última revisão:
180305
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170503
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.18632/oncotarget.15518


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[PMID]:27775687
[Au] Autor:Iwata H; Kamaguchi M; Ujiie H; Nishimura M; Izumi K; Natsuga K; Shinkuma S; Nishie W; Shimizu H
[Ad] Endereço:Department of Dermatology, Hokkaido University Graduate School of Medicine, Sapporo, Japan.
[Ti] Título:Macropinocytosis of type XVII collagen induced by bullous pemphigoid IgG is regulated via protein kinase C.
[So] Source:Lab Invest;96(12):1301-1310, 2016 12.
[Is] ISSN:1530-0307
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Macropinocytosis is an endocytic pathway that is involved in the nonselective fluid uptake of extracellular fluid. Bullous pemphigoid (BP) is an autoimmune subepidermal blistering disease associated with autoantibodies to type XVII collagen (COL17), which is a component of hemidesmosome. When keratinocytes are treated with BP-IgG, COL17 internalizes into cells by way of the macropinocytosis. We investigated the mechanism of COL17 macropinocytosis using DJM-1 cells, a cutaneous squamous cell carcinoma cell line. First, non-hemidesmosomal COL17 was preferentially depleted by stimulation with the BP-IgG in the DJM-1 cells. To investigate the signaling involved in COL17-macropinocytosis, the inhibition of small GTPase family members Rac1 and Cdc42 was found to strongly repress COL17 internalization; in addition, the Rho inhibitor also partially blocked that internalization, suggesting these small GTPases are involved in signaling to mediate COL17-macropinocytosis. Western blotting using Phostag-SDS-PAGE demonstrated high levels of COL17 phosphorylation in DJM-1 cells under steady-state condition. Treatment with BP-IgG increased the intracellular calcium level within a minute, and induced the overabundant phosphorylation of COL17. The overabundant phosphorylation of COL17 was suppressed by a protein kinase C (PKC) inhibitor. In addition, PKC inhibitor repressed COL17 endocytosis using cell culture and organ culture systems. Finally, the depletion of COL17 was not observed in the HEK293 cells transfected COL17 without intracellular domain. These results suggest that COL17 internalization induced by BP-IgG may be mediated by a PKC pathway. In summary, BP-IgG initially binds to COL17 distributed on the plasma membrane, and COL17 may be internalized by means of a macropinocytic pathway related to the phosphorylation of the intracellular domain by PKC.
[Mh] Termos MeSH primário: Autoanticorpos/farmacologia
Autoantígenos/metabolismo
Imunoglobulina G/farmacologia
Queratinócitos/efeitos dos fármacos
Colágenos não Fibrilares/metabolismo
Penfigoide Bolhoso/imunologia
Pinocitose/efeitos dos fármacos
Proteína Quinase C/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Anticorpos Monoclonais/farmacologia
Autoantígenos/química
Autoantígenos/genética
Sinalização do Cálcio/efeitos dos fármacos
Linhagem Celular Tumoral
Células HEK293
Seres Humanos
Queratinócitos/imunologia
Queratinócitos/metabolismo
Queratinócitos/patologia
Camundongos
Colágenos não Fibrilares/química
Colágenos não Fibrilares/genética
Penfigoide Bolhoso/metabolismo
Penfigoide Bolhoso/patologia
Fragmentos de Peptídeos
Fosforilação/efeitos dos fármacos
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Proteína Quinase C/antagonistas & inibidores
Inibidores de Proteínas Quinases/farmacologia
Processamento de Proteína Pós-Traducional/efeitos dos fármacos
Proteínas Recombinantes
Técnicas de Cultura de Tecidos
Regulação para Cima/efeitos dos fármacos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Antibodies, Monoclonal); 0 (Autoantibodies); 0 (Autoantigens); 0 (Immunoglobulin G); 0 (Non-Fibrillar Collagens); 0 (Peptide Fragments); 0 (Protein Kinase Inhibitors); 0 (Recombinant Proteins); 0 (collagen type XVII); EC 2.7.11.13 (Protein Kinase C)
[Em] Mês de entrada:1706
[Cu] Atualização por classe:180306
[Lr] Data última revisão:
180306
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161025
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/labinvest.2016.108


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[PMID]:28743825
[Au] Autor:Navarro Negredo P; Edgar JR; Wrobel AG; Zaccai NR; Antrobus R; Owen DJ; Robinson MS
[Ad] Endereço:Cambridge Institute for Medical Research, University of Cambridge, Cambridge, England, UK.
[Ti] Título:Contribution of the clathrin adaptor AP-1 subunit µ1 to acidic cluster protein sorting.
[So] Source:J Cell Biol;216(9):2927-2943, 2017 Sep 04.
[Is] ISSN:1540-8140
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Acidic clusters act as sorting signals for packaging cargo into clathrin-coated vesicles (CCVs), and also facilitate down-regulation of MHC-I by HIV-1 Nef. To find acidic cluster sorting machinery, we performed a gene-trap screen and identified the medium subunit (µ1) of the clathrin adaptor AP-1 as a top hit. In µ1 knockout cells, intracellular CCVs still form, but acidic cluster proteins are depleted, although several other CCV components were either unaffected or increased, indicating that cells can compensate for long-term loss of AP-1. In vitro experiments showed that the basic patch on µ1 that interacts with the Nef acidic cluster also contributes to the binding of endogenous acidic cluster proteins. Surprisingly, µ1 mutant proteins lacking the basic patch and/or the tyrosine-based motif binding pocket could rescue the µ1 knockout phenotype completely. In contrast, these mutants failed to rescue Nef-induced down-regulation of MHC class I, suggesting a possible mechanism for attacking the virus while sparing the host cell.
[Mh] Termos MeSH primário: Complexo 1 de Proteínas Adaptadoras/metabolismo
Subunidades mu do Complexo de Proteínas Adaptadoras/metabolismo
Vesículas Revestidas por Clatrina/metabolismo
HIV-1/metabolismo
Produtos do Gene nef do Vírus da Imunodeficiência Humana/metabolismo
[Mh] Termos MeSH secundário: Complexo 1 de Proteínas Adaptadoras/química
Complexo 1 de Proteínas Adaptadoras/genética
Subunidades mu do Complexo de Proteínas Adaptadoras/química
Subunidades mu do Complexo de Proteínas Adaptadoras/genética
Sistemas CRISPR-Cas
Citometria de Fluxo
Técnicas de Silenciamento de Genes
Genótipo
Células HEK293
HIV-1/genética
Células HeLa
Antígenos de Histocompatibilidade Classe I/genética
Antígenos de Histocompatibilidade Classe I/metabolismo
Interações Hospedeiro-Patógeno
Seres Humanos
Modelos Moleculares
Mutação
Fenótipo
Ligação Proteica
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Transporte Proteico
Relação Estrutura-Atividade
Fatores de Tempo
Transfecção
Produtos do Gene nef do Vírus da Imunodeficiência Humana/química
Produtos do Gene nef do Vírus da Imunodeficiência Humana/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (AP1M1 protein, human); 0 (Adaptor Protein Complex 1); 0 (Adaptor Protein Complex mu Subunits); 0 (Histocompatibility Antigens Class I); 0 (nef Gene Products, Human Immunodeficiency Virus); 0 (nef protein, Human immunodeficiency virus 1)
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:180305
[Lr] Data última revisão:
180305
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170727
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1083/jcb.201602058


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[PMID]:29374258
[Au] Autor:Hirata T; Mishra SK; Nakamura S; Saito K; Motooka D; Takada Y; Kanzawa N; Murakami Y; Maeda Y; Fujita M; Yamaguchi Y; Kinoshita T
[Ad] Endereço:Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University, Suita, Osaka, 565-0871, Japan.
[Ti] Título:Identification of a Golgi GPI-N-acetylgalactosamine transferase with tandem transmembrane regions in the catalytic domain.
[So] Source:Nat Commun;9(1):405, 2018 01 26.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Many eukaryotic proteins are anchored to the cell surface via the glycolipid glycosylphosphatidylinositol (GPI). Mammalian GPIs have a conserved core but exhibit diverse N-acetylgalactosamine (GalNAc) modifications, which are added via a yet unresolved process. Here we identify the Golgi-resident GPI-GalNAc transferase PGAP4 and show by mass spectrometry that PGAP4 knockout cells lose GPI-GalNAc structures. Furthermore, we demonstrate that PGAP4, in contrast to known Golgi glycosyltransferases, is not a single-pass membrane protein but contains three transmembrane domains, including a tandem transmembrane domain insertion into its glycosyltransferase-A fold as indicated by comparative modeling. Mutational analysis reveals a catalytic site, a DXD-like motif for UDP-GalNAc donor binding, and several residues potentially involved in acceptor binding. We suggest that a juxtamembrane region of PGAP4 accommodates various GPI-anchored proteins, presenting their acceptor residue toward the catalytic center. In summary, we present insights into the structure of PGAP4 and elucidate the initial step of GPI-GalNAc biosynthesis.
[Mh] Termos MeSH primário: Acetilgalactosamina/química
Glicosilfosfatidilinositóis/química
Complexo de Golgi/metabolismo
N-Acetilgalactosaminiltransferases/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Acetilgalactosamina/biossíntese
Motivos de Aminoácidos
Animais
Células CHO
Domínio Catalítico
Cricetulus
Cristalografia por Raios X
Expressão Gênica
Vetores Genéticos/química
Vetores Genéticos/metabolismo
Glicosilfosfatidilinositóis/metabolismo
Complexo de Golgi/ultraestrutura
Seres Humanos
Camundongos
Camundongos Knockout
Modelos Moleculares
Mutação
N-Acetilgalactosaminiltransferases/genética
N-Acetilgalactosaminiltransferases/metabolismo
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Homologia Estrutural de Proteína
Especificidade por Substrato
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Glycosylphosphatidylinositols); EC 2.4.1.- (N-Acetylgalactosaminyltransferases); EC 2.4.1.41 (polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase); KM15WK8O5T (Acetylgalactosamine)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180227
[Lr] Data última revisão:
180227
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180128
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02799-0


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[PMID]:28461069
[Au] Autor:Shiryaev SA; Farhy C; Pinto A; Huang CT; Simonetti N; Elong Ngono A; Dewing A; Shresta S; Pinkerton AB; Cieplak P; Strongin AY; Terskikh AV
[Ad] Endereço:Sanford-Burnham-Prebys Medical Discovery Institute, Center for Neuroscience, Aging, and Stem Cell Research, La Jolla, CA 92037, United States.
[Ti] Título:Characterization of the Zika virus two-component NS2B-NS3 protease and structure-assisted identification of allosteric small-molecule antagonists.
[So] Source:Antiviral Res;143:218-229, 2017 07.
[Is] ISSN:1872-9096
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The recent re-emergence of Zika virus (ZIKV) , a member of the Flaviviridae family, has become a global emergency. Currently, there are no effective methods of preventing or treating ZIKV infection, which causes severe neuroimmunopathology and is particularly harmful to the developing fetuses of infected pregnant women. However, the pathology induced by ZIKV is unique among flaviviruses, and knowledge of the biology of other family members cannot easily be extrapolated to ZIKV. Thus, structure-function studies of ZIKV proteins are urgently needed to facilitate the development of effective preventative and therapeutic agents. Like other flaviviruses, ZIKV expresses an NS2B-NS3 protease, which consists of the NS2B cofactor and the NS3 protease domain and is essential for cleavage of the ZIKV polyprotein precursor and generation of fully functional viral proteins. Here, we report the enzymatic characterization of ZIKV protease, and we identify structural scaffolds for allosteric small-molecule inhibitors of this protease. Molecular modeling of the protease-inhibitor complexes suggests that these compounds bind to the druggable cavity in the NS2B-NS3 protease interface and affect productive interactions of the protease domain with its cofactor. The most potent compound demonstrated efficient inhibition of ZIKV propagation in vitro in human fetal neural progenitor cells and in vivo in SJL mice. The inhibitory scaffolds could be further developed into valuable research reagents and, ultimately, provide a roadmap for the selection of efficient inhibitors of ZIKV infection.
[Mh] Termos MeSH primário: Sítio Alostérico
Inibidores de Proteases/química
Inibidores de Proteases/farmacologia
Proteínas não Estruturais Virais/química
Zika virus/enzimologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Animais
Antivirais/antagonistas & inibidores
Antivirais/química
Sequência de Bases
Ativação Enzimática
Feminino
Flavivirus/química
Expressão Gênica
Seres Humanos
Concentração Inibidora 50
Camundongos
Modelos Moleculares
Ligação Proteica
Conformação Proteica
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
RNA Helicases/química
RNA Helicases/efeitos dos fármacos
Fatores de Transcrição SOXB1/genética
Alinhamento de Sequência
Serina Endopeptidases/química
Serina Endopeptidases/efeitos dos fármacos
Células-Tronco
Proteínas não Estruturais Virais/efeitos dos fármacos
Proteínas Virais/química
Proteínas Virais/genética
Zika virus/química
Zika virus/genética
Zika virus/crescimento & desenvolvimento
Infecção pelo Zika virus/virologia
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL
[Nm] Nome de substância:
0 (Antiviral Agents); 0 (NS2B protein, flavivirus); 0 (NS3 protein, flavivirus); 0 (Protease Inhibitors); 0 (SOX2 protein, human); 0 (SOXB1 Transcription Factors); 0 (Viral Nonstructural Proteins); 0 (Viral Proteins); EC 3.4.21.- (Serine Endopeptidases); EC 3.6.4.13 (RNA Helicases)
[Em] Mês de entrada:1712
[Cu] Atualização por classe:180228
[Lr] Data última revisão:
180228
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170503
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:27773677
[Au] Autor:Jeronimo C; Langelier MF; Bataille AR; Pascal JM; Pugh BF; Robert F
[Ad] Endereço:Institut de recherches cliniques de Montréal, 110 Avenue des Pins Ouest, Montréal, QC H2W 1R7, Canada.
[Ti] Título:Tail and Kinase Modules Differently Regulate Core Mediator Recruitment and Function In Vivo.
[So] Source:Mol Cell;64(3):455-466, 2016 Nov 03.
[Is] ISSN:1097-4164
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Mediator is a highly conserved transcriptional coactivator organized into four modules, namely Tail, Middle, Head, and Kinase (CKM). Previous work suggests regulatory roles for Tail and CKM, but an integrated model for these activities is lacking. Here, we analyzed the genome-wide distribution of Mediator subunits in wild-type and mutant yeast cells in which RNA polymerase II promoter escape is blocked, allowing detection of transient Mediator forms. We found that although all modules are recruited to upstream activated regions (UAS), assembly of Mediator within the pre-initiation complex is accompanied by the release of CKM. Interestingly, our data show that CKM regulates Mediator-UAS interaction rather than Mediator-promoter association. In addition, although Tail is required for Mediator recruitment to UAS, Tailless Mediator nevertheless interacts with core promoters. Collectively, our data suggest that the essential function of Mediator is mediated by Head and Middle at core promoters, while Tail and CKM play regulatory roles.
[Mh] Termos MeSH primário: Regulação Fúngica da Expressão Gênica
Complexo Mediador/genética
RNA Polimerase II/genética
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/genética
Saccharomyces cerevisiae/genética
Fator de Transcrição TFIIB/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Sítios de Ligação
Complexo Mediador/metabolismo
Modelos Moleculares
Regiões Promotoras Genéticas
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Subunidades Proteicas/genética
Subunidades Proteicas/metabolismo
RNA Polimerase II/metabolismo
Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
Fator de Transcrição TFIIB/metabolismo
Iniciação da Transcrição Genética
Ativação Transcricional
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Mediator Complex); 0 (Protein Subunits); 0 (SUA7 protein, S cerevisiae); 0 (Saccharomyces cerevisiae Proteins); 0 (Transcription Factor TFIIB); EC 2.7.7.- (RNA Polymerase II)
[Em] Mês de entrada:1708
[Cu] Atualização por classe:180227
[Lr] Data última revisão:
180227
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161105
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:29374183
[Au] Autor:Joo S; Cho IJ; Seo H; Son HF; Sagong HY; Shin TJ; Choi SY; Lee SY; Kim KJ
[Ad] Endereço:School of Life Sciences (KNU Creative BioResearch Group), KNU Institute for Microorganisms, Kyungpook National University, Daehak-ro 80, Buk-gu, Daegu, 41566, Republic of Korea.
[Ti] Título:Structural insight into molecular mechanism of poly(ethylene terephthalate) degradation.
[So] Source:Nat Commun;9(1):382, 2018 01 26.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Plastics, including poly(ethylene terephthalate) (PET), possess many desirable characteristics and thus are widely used in daily life. However, non-biodegradability, once thought to be an advantage offered by plastics, is causing major environmental problem. Recently, a PET-degrading bacterium, Ideonella sakaiensis, was identified and suggested for possible use in degradation and/or recycling of PET. However, the molecular mechanism of PET degradation is not known. Here we report the crystal structure of I. sakaiensis PETase (IsPETase) at 1.5 Å resolution. IsPETase has a Ser-His-Asp catalytic triad at its active site and contains an optimal substrate binding site to accommodate four monohydroxyethyl terephthalate (MHET) moieties of PET. Based on structural and site-directed mutagenesis experiments, the detailed process of PET degradation into MHET, terephthalic acid, and ethylene glycol is suggested. Moreover, other PETase candidates potentially having high PET-degrading activities are suggested based on phylogenetic tree analysis of 69 PETase-like proteins.
[Mh] Termos MeSH primário: Proteínas de Bactérias/química
Burkholderiales/enzimologia
Poluentes Ambientais/química
Hidrolases/química
Polietilenotereftalatos/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Proteínas de Bactérias/genética
Proteínas de Bactérias/metabolismo
Biodegradação Ambiental
Burkholderiales/química
Domínio Catalítico
Clonagem Molecular
Cristalografia por Raios X
Poluentes Ambientais/metabolismo
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/metabolismo
Etilenoglicol/química
Etilenoglicol/metabolismo
Expressão Gênica
Hidrolases/genética
Hidrolases/metabolismo
Cinética
Simulação de Acoplamento Molecular
Ácidos Ftálicos/química
Ácidos Ftálicos/metabolismo
Polietilenotereftalatos/metabolismo
Ligação Proteica
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Estrutura Secundária de Proteína
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Especificidade por Substrato
Termodinâmica
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Bacterial Proteins); 0 (Environmental Pollutants); 0 (Phthalic Acids); 0 (Polyethylene Terephthalates); 0 (Recombinant Proteins); 6S7NKZ40BQ (terephthalic acid); EC 3.- (Hydrolases); FC72KVT52F (Ethylene Glycol)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180222
[Lr] Data última revisão:
180222
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180128
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-018-02881-1


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[PMID]:29348454
[Au] Autor:Krishnan N; Bonham CA; Rus IA; Shrestha OK; Gauss CM; Haque A; Tocilj A; Joshua-Tor L; Tonks NK
[Ad] Endereço:Cold Spring Harbor Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, NY, 11724, USA.
[Ti] Título:Harnessing insulin- and leptin-induced oxidation of PTP1B for therapeutic development.
[So] Source:Nat Commun;9(1):283, 2018 01 18.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The protein tyrosine phosphatase PTP1B is a major regulator of glucose homeostasis and energy metabolism, and a validated target for therapeutic intervention in diabetes and obesity. Nevertheless, it is a challenging target for inhibitor development. Previously, we generated a recombinant antibody (scFv45) that recognizes selectively the oxidized, inactive conformation of PTP1B. Here, we provide a molecular basis for its interaction with reversibly oxidized PTP1B. Furthermore, we have identified a small molecule inhibitor that mimics the effects of scFv45. Our data provide proof-of-concept that stabilization of PTP1B in an inactive, oxidized conformation by small molecules can promote insulin and leptin signaling. This work illustrates a novel paradigm for inhibiting the signaling function of PTP1B that may be exploited for therapeutic intervention in diabetes and obesity.
[Mh] Termos MeSH primário: Fármacos Antiobesidade/química
Inibidores Enzimáticos/química
Hipoglicemiantes/química
Proteína Tirosina Fosfatase não Receptora Tipo 1/antagonistas & inibidores
Anticorpos de Cadeia Única/química
Bibliotecas de Moléculas Pequenas/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Fármacos Antiobesidade/metabolismo
Benzofenantridinas/química
Benzofenantridinas/metabolismo
Sítios de Ligação
Clonagem Molecular
Cristalografia por Raios X
Inibidores Enzimáticos/metabolismo
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/metabolismo
Expressão Gênica
Seres Humanos
Hipoglicemiantes/metabolismo
Insulina/química
Insulina/metabolismo
Isoquinolinas/química
Isoquinolinas/metabolismo
Leptina/química
Leptina/metabolismo
Levamisol/química
Levamisol/metabolismo
Simulação de Acoplamento Molecular
Oxirredução
Ligação Proteica
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Estrutura Secundária de Proteína
Proteína Tirosina Fosfatase não Receptora Tipo 1/química
Proteína Tirosina Fosfatase não Receptora Tipo 1/genética
Proteína Tirosina Fosfatase não Receptora Tipo 1/metabolismo
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Anticorpos de Cadeia Única/genética
Anticorpos de Cadeia Única/metabolismo
Bibliotecas de Moléculas Pequenas/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Anti-Obesity Agents); 0 (Benzophenanthridines); 0 (Enzyme Inhibitors); 0 (Hypoglycemic Agents); 0 (Insulin); 0 (Isoquinolines); 0 (Leptin); 0 (Recombinant Proteins); 0 (Single-Chain Antibodies); 0 (Small Molecule Libraries); 2880D3468G (Levamisole); AV9VK043SS (sanguinarine); E3B045W6X0 (chelerythrine); EC 3.1.3.48 (PTPN1 protein, human); EC 3.1.3.48 (Protein Tyrosine Phosphatase, Non-Receptor Type 1)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180222
[Lr] Data última revisão:
180222
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180120
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02252-2


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[PMID]:29351320
[Au] Autor:Kumar P; van Son M; Zheng T; Valdink D; Raap J; Kros A; Huber M
[Ad] Endereço:Department of Physics, Huygens-Kamerlingh Onnes Laboratory, Leiden University, Leiden, The Netherlands.
[Ti] Título:Coiled-coil formation of the membrane-fusion K/E peptides viewed by electron paramagnetic resonance.
[So] Source:PLoS One;13(1):e0191197, 2018.
[Is] ISSN:1932-6203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The interaction of the complementary K (Ac-(KIAALKE)3-GW-NH2) and E (Ac-(EIAALEK)3-GY-NH2) peptides, components of the zipper of an artificial membrane fusion system (Robson Marsden H. et al. Angew Chemie Int Ed. 2009) is investigated by electron paramagnetic resonance (EPR). By frozen solution continuous-wave EPR and double electron-electron resonance (DEER), the distance between spin labels attached to the K- and to the E-peptide is measured. Three constructs of spin-labelled K- and E-peptides are used in five combinations for low temperature investigations. The K/E heterodimers are found to be parallel, in agreement with previous studies. Also, K homodimers in parallel orientation were observed, a finding that was not reported before. Comparison to room-temperature, solution EPR shows that the latter method is less specific to detect this peptide-peptide interaction. Combining frozen solution cw-EPR for short distances (1.8 nm to 2.0 nm) and DEER for longer distances thus proves versatile to detect the zipper interaction in membrane fusion. As the methodology can be applied to membrane samples, the approach presented suggests itself for in-situ studies of the complete membrane fusion process, opening up new avenues for the study of membrane fusion.
[Mh] Termos MeSH primário: Proteínas de Fusão de Membrana/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Simulação por Computador
Espectroscopia de Ressonância de Spin Eletrônica
Fusão de Membrana/fisiologia
Proteínas de Fusão de Membrana/fisiologia
Modelos Moleculares
Oligopeptídeos/química
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Estrutura Quaternária de Proteína
Estrutura Secundária de Proteína
Marcadores de Spin
Temperatura Ambiente
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Membrane Fusion Proteins); 0 (Oligopeptides); 0 (Spin Labels)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180221
[Lr] Data última revisão:
180221
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180120
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1371/journal.pone.0191197



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