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[PMID]:29410408
[Au] Autor:Kuncha SK; Mazeed M; Singh R; Kattula B; Routh SB; Sankaranarayanan R
[Ad] Endereço:CSIR-Centre for Cellular and Molecular Biology, Uppal Road, Hyderabad, 500007, India.
[Ti] Título:A chiral selectivity relaxed paralog of DTD for proofreading tRNA mischarging in Animalia.
[So] Source:Nat Commun;9(1):511, 2018 02 06.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:D-aminoacyl-tRNA deacylase (DTD), a bacterial/eukaryotic trans-editing factor, removes D-amino acids mischarged on tRNAs and achiral glycine mischarged on tRNA . An invariant cross-subunit Gly-cisPro motif forms the mechanistic basis of L-amino acid rejection from the catalytic site. Here, we present the identification of a DTD variant, named ATD (Animalia-specific tRNA deacylase), that harbors a Gly-transPro motif. The cis-to-trans switch causes a "gain of function" through L-chiral selectivity in ATD resulting in the clearing of L-alanine mischarged on tRNA (G4•U69) by eukaryotic AlaRS. The proofreading activity of ATD is conserved across diverse classes of phylum Chordata. Animalia genomes enriched in tRNA (G4•U69) genes are in strict association with the presence of ATD, underlining the mandatory requirement of a dedicated factor to proofread tRNA misaminoacylation. The study highlights the emergence of ATD during genome expansion as a key event associated with the evolution of Animalia.
[Mh] Termos MeSH primário: Alanina/química
Aminoaciltransferases/química
Aminoacil-RNA de Transferência/química
Treonina/química
Aminoacilação de RNA de Transferência/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Alanina/genética
Alanina/metabolismo
Sequência de Aminoácidos
Aminoaciltransferases/genética
Aminoaciltransferases/metabolismo
Animais
Apicomplexa/genética
Apicomplexa/metabolismo
Bactérias/genética
Bactérias/metabolismo
Sítios de Ligação
Evolução Biológica
Clonagem Molecular
Cristalografia por Raios X
Expressão Gênica
Seres Humanos
Modelos Moleculares
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Aminoacil-RNA de Transferência/genética
Aminoacil-RNA de Transferência/metabolismo
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Especificidade por Substrato
Treonina/genética
Treonina/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (RNA, Transfer, Amino Acyl); 0 (Recombinant Proteins); 2ZD004190S (Threonine); EC 2.3.2.- (Aminoacyltransferases); OF5P57N2ZX (Alanine)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180307
[Lr] Data última revisão:
180307
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180208
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02204-w


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[PMID]:29374258
[Au] Autor:Hirata T; Mishra SK; Nakamura S; Saito K; Motooka D; Takada Y; Kanzawa N; Murakami Y; Maeda Y; Fujita M; Yamaguchi Y; Kinoshita T
[Ad] Endereço:Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University, Suita, Osaka, 565-0871, Japan.
[Ti] Título:Identification of a Golgi GPI-N-acetylgalactosamine transferase with tandem transmembrane regions in the catalytic domain.
[So] Source:Nat Commun;9(1):405, 2018 01 26.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Many eukaryotic proteins are anchored to the cell surface via the glycolipid glycosylphosphatidylinositol (GPI). Mammalian GPIs have a conserved core but exhibit diverse N-acetylgalactosamine (GalNAc) modifications, which are added via a yet unresolved process. Here we identify the Golgi-resident GPI-GalNAc transferase PGAP4 and show by mass spectrometry that PGAP4 knockout cells lose GPI-GalNAc structures. Furthermore, we demonstrate that PGAP4, in contrast to known Golgi glycosyltransferases, is not a single-pass membrane protein but contains three transmembrane domains, including a tandem transmembrane domain insertion into its glycosyltransferase-A fold as indicated by comparative modeling. Mutational analysis reveals a catalytic site, a DXD-like motif for UDP-GalNAc donor binding, and several residues potentially involved in acceptor binding. We suggest that a juxtamembrane region of PGAP4 accommodates various GPI-anchored proteins, presenting their acceptor residue toward the catalytic center. In summary, we present insights into the structure of PGAP4 and elucidate the initial step of GPI-GalNAc biosynthesis.
[Mh] Termos MeSH primário: Acetilgalactosamina/química
Glicosilfosfatidilinositóis/química
Complexo de Golgi/metabolismo
N-Acetilgalactosaminiltransferases/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Acetilgalactosamina/biossíntese
Motivos de Aminoácidos
Animais
Células CHO
Domínio Catalítico
Cricetulus
Cristalografia por Raios X
Expressão Gênica
Vetores Genéticos/química
Vetores Genéticos/metabolismo
Glicosilfosfatidilinositóis/metabolismo
Complexo de Golgi/ultraestrutura
Seres Humanos
Camundongos
Camundongos Knockout
Modelos Moleculares
Mutação
N-Acetilgalactosaminiltransferases/genética
N-Acetilgalactosaminiltransferases/metabolismo
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Homologia Estrutural de Proteína
Especificidade por Substrato
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Glycosylphosphatidylinositols); EC 2.4.1.- (N-Acetylgalactosaminyltransferases); EC 2.4.1.41 (polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase); KM15WK8O5T (Acetylgalactosamine)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180227
[Lr] Data última revisão:
180227
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180128
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02799-0


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[PMID]:29374165
[Au] Autor:Evangelidis T; Nerli S; Novácek J; Brereton AE; Karplus PA; Dotas RR; Venditti V; Sgourakis NG; Tripsianes K
[Ad] Endereço:CEITEC-Central European Institute of Technology, Masaryk University, Kamenice 5, Brno, 62500, Czech Republic.
[Ti] Título:Automated NMR resonance assignments and structure determination using a minimal set of 4D spectra.
[So] Source:Nat Commun;9(1):384, 2018 01 26.
[Is] ISSN:2041-1723
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Automated methods for NMR structure determination of proteins are continuously becoming more robust. However, current methods addressing larger, more complex targets rely on analyzing 6-10 complementary spectra, suggesting the need for alternative approaches. Here, we describe 4D-CHAINS/autoNOE-Rosetta, a complete pipeline for NOE-driven structure determination of medium- to larger-sized proteins. The 4D-CHAINS algorithm analyzes two 4D spectra recorded using a single, fully protonated protein sample in an iterative ansatz where common NOEs between different spin systems supplement conventional through-bond connectivities to establish assignments of sidechain and backbone resonances at high levels of completeness and with a minimum error rate. The 4D-CHAINS assignments are then used to guide automated assignment of long-range NOEs and structure refinement in autoNOE-Rosetta. Our results on four targets ranging in size from 15.5 to 27.3 kDa illustrate that the structures of proteins can be determined accurately and in an unsupervised manner in a matter of days.
[Mh] Termos MeSH primário: Algoritmos
Proteínas de Bactérias/química
Ressonância Magnética Nuclear Biomolecular/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Modelos Moleculares
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Thermoanaerobacter/química
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Bacterial Proteins)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180227
[Lr] Data última revisão:
180227
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180128
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/s41467-017-02592-z


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[PMID]:27775349
[Au] Autor:Pulawski W; Jamroz M; Kolinski M; Kolinski A; Kmiecik S
[Ad] Endereço:Faculty of Chemistry, University of Warsaw , Pasteura 1, 02-093 Warsaw, Poland.
[Ti] Título:Coarse-Grained Simulations of Membrane Insertion and Folding of Small Helical Proteins Using the CABS Model.
[So] Source:J Chem Inf Model;56(11):2207-2215, 2016 11 28.
[Is] ISSN:1549-960X
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The CABS coarse-grained model is a well-established tool for modeling globular proteins (predicting their structure, dynamics, and interactions). Here we introduce an extension of the CABS representation and force field (CABS-membrane) to the modeling of the effect of the biological membrane environment on the structure of membrane proteins. We validate the CABS-membrane model in folding simulations of 10 short helical membrane proteins not using any knowledge about their structure. The simulations start from random protein conformations placed outside the membrane environment and allow for full flexibility of the modeled proteins during their spontaneous insertion into the membrane. In the resulting trajectories, we have found models close to the experimental membrane structures. We also attempted to select the correctly folded models using simple filtering followed by structural clustering combined with reconstruction to the all-atom representation and all-atom scoring. The CABS-membrane model is a promising approach for further development toward modeling of large protein-membrane systems.
[Mh] Termos MeSH primário: Membrana Celular/metabolismo
Proteínas de Membrana/química
Proteínas de Membrana/metabolismo
Simulação de Dinâmica Molecular
Dobramento de Proteína
[Mh] Termos MeSH secundário: Conformação Proteica em alfa-Hélice
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Membrane Proteins)
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:180226
[Lr] Data última revisão:
180226
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161101
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:27773677
[Au] Autor:Jeronimo C; Langelier MF; Bataille AR; Pascal JM; Pugh BF; Robert F
[Ad] Endereço:Institut de recherches cliniques de Montréal, 110 Avenue des Pins Ouest, Montréal, QC H2W 1R7, Canada.
[Ti] Título:Tail and Kinase Modules Differently Regulate Core Mediator Recruitment and Function In Vivo.
[So] Source:Mol Cell;64(3):455-466, 2016 Nov 03.
[Is] ISSN:1097-4164
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Mediator is a highly conserved transcriptional coactivator organized into four modules, namely Tail, Middle, Head, and Kinase (CKM). Previous work suggests regulatory roles for Tail and CKM, but an integrated model for these activities is lacking. Here, we analyzed the genome-wide distribution of Mediator subunits in wild-type and mutant yeast cells in which RNA polymerase II promoter escape is blocked, allowing detection of transient Mediator forms. We found that although all modules are recruited to upstream activated regions (UAS), assembly of Mediator within the pre-initiation complex is accompanied by the release of CKM. Interestingly, our data show that CKM regulates Mediator-UAS interaction rather than Mediator-promoter association. In addition, although Tail is required for Mediator recruitment to UAS, Tailless Mediator nevertheless interacts with core promoters. Collectively, our data suggest that the essential function of Mediator is mediated by Head and Middle at core promoters, while Tail and CKM play regulatory roles.
[Mh] Termos MeSH primário: Regulação Fúngica da Expressão Gênica
Complexo Mediador/genética
RNA Polimerase II/genética
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/genética
Saccharomyces cerevisiae/genética
Fator de Transcrição TFIIB/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Sítios de Ligação
Complexo Mediador/metabolismo
Modelos Moleculares
Regiões Promotoras Genéticas
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Subunidades Proteicas/genética
Subunidades Proteicas/metabolismo
RNA Polimerase II/metabolismo
Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
Fator de Transcrição TFIIB/metabolismo
Iniciação da Transcrição Genética
Ativação Transcricional
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Mediator Complex); 0 (Protein Subunits); 0 (SUA7 protein, S cerevisiae); 0 (Saccharomyces cerevisiae Proteins); 0 (Transcription Factor TFIIB); EC 2.7.7.- (RNA Polymerase II)
[Em] Mês de entrada:1708
[Cu] Atualização por classe:180227
[Lr] Data última revisão:
180227
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161105
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:29199978
[Au] Autor:Thomas JMH; Simkovic F; Keegan R; Mayans O; Zhang C; Zhang Y; Rigden DJ
[Ad] Endereço:Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, Liverpool L69 7ZB, England.
[Ti] Título:Approaches to ab initio molecular replacement of α-helical transmembrane proteins.
[So] Source:Acta Crystallogr D Struct Biol;73(Pt 12):985-996, 2017 Dec 01.
[Is] ISSN:2059-7983
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:α-Helical transmembrane proteins are a ubiquitous and important class of proteins, but present difficulties for crystallographic structure solution. Here, the effectiveness of the AMPLE molecular replacement pipeline in solving α-helical transmembrane-protein structures is assessed using a small library of eight ideal helices, as well as search models derived from ab initio models generated both with and without evolutionary contact information. The ideal helices prove to be surprisingly effective at solving higher resolution structures, but ab initio-derived search models are able to solve structures that could not be solved with the ideal helices. The addition of evolutionary contact information results in a marked improvement in the modelling and makes additional solutions possible.
[Mh] Termos MeSH primário: Membrana Celular/química
Proteínas de Membrana/química
Conformação Proteica em alfa-Hélice
[Mh] Termos MeSH secundário: Algoritmos
Simulação por Computador
Cristalografia por Raios X
Seres Humanos
Modelos Moleculares
Software
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Membrane Proteins)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180213
[Lr] Data última revisão:
180213
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171205
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1107/S2059798317016436


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[PMID]:28822812
[Au] Autor:Harris KL; Thomson RES; Strohmaier SJ; Gumulya Y; Gillam EMJ
[Ad] Endereço:School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, St. Lucia 4072, Australia.
[Ti] Título:Determinants of thermostability in the cytochrome P450 fold.
[So] Source:Biochim Biophys Acta;1866(1):97-115, 2018 01.
[Is] ISSN:0006-3002
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Cytochromes P450 are found throughout the biosphere in a wide range of environments, serving a multitude of physiological functions. The ubiquity of the P450 fold suggests that it has been co-opted by evolution many times, and likely presents a useful compromise between structural stability and conformational flexibility. The diversity of substrates metabolized and reactions catalyzed by P450s makes them attractive starting materials for use as biocatalysts of commercially useful reactions. However, process conditions impose different requirements on enzymes to those in which they have evolved naturally. Most natural environments are relatively mild, and therefore most P450s have not been selected in Nature for the ability to withstand temperatures above ~40°C, yet industrial processes frequently require extended incubations at much higher temperatures. Thus, there has been considerable interest and effort invested in finding or engineering thermostable P450 systems. Numerous P450s have now been identified in thermophilic organisms and analysis of their structures provides information as to mechanisms by which the P450 fold can be stabilized. In addition, protein engineering, particularly by directed or artificial evolution, has revealed mutations that serve to stabilize particular mesophilic enzymes of interest. Here we review the current understanding of thermostability as it applies to the P450 fold, gleaned from the analysis of P450s characterized from thermophilic organisms and the parallel engineering of mesophilic forms for greater thermostability. We then present a perspective on how this information might be used to design stable P450 enzymes for industrial application. This article is part of a Special Issue entitled: Cytochrome P450 biodiversity and biotechnology, edited by Erika Plettner, Gianfranco Gilardi, Luet Wong, Vlada Urlacher, Jared Goldstone.
[Mh] Termos MeSH primário: Archaea/enzimologia
Bactérias/enzimologia
Sistema Enzimático do Citocromo P-450/química
Engenharia de Proteínas/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Sequência de Aminoácidos
Animais
Archaea/genética
Bactérias/genética
Biocatálise
Estabilidade Enzimática
Expressão Gênica
Seres Humanos
Modelos Moleculares
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Dobramento de Proteína
Alinhamento de Sequência
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Especificidade por Substrato
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T; REVIEW
[Nm] Nome de substância:
9035-51-2 (Cytochrome P-450 Enzyme System)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180208
[Lr] Data última revisão:
180208
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170821
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28739446
[Au] Autor:Panneerselvam S; Shehzad A; Mueller-Dieckmann J; Wilmanns M; Bocola M; Davari MD; Schwaneberg U
[Ad] Endereço:HASYLAB, DESY, Notkestrasse 85, 22603 Hamburg, Germany.
[Ti] Título:Crystallographic insights into a cobalt (III) sepulchrate based alternative cofactor system of P450 BM3 monooxygenase.
[So] Source:Biochim Biophys Acta;1866(1):134-140, 2018 01.
[Is] ISSN:0006-3002
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:P450 BM3 is a multi-domain heme-containing soluble bacterial monooxygenase. P450 BM3 and variants are known to oxidize structurally diverse substrates. Crystal structures of individual domains of P450 BM3 are available. However, the spatial organization of the full-length protein is unknown. In this study, crystal structures of the P450 BM3 M7 heme domain variant with and without cobalt (III) sepulchrate are reported. Cobalt (III) sepulchrate acts as an electron shuttle in an alternative cofactor system employing zinc dust as the electron source. The crystal structure shows a binding site for the mediator cobalt (III) sepulchrate at the entrance of the substrate access channel. The mediator occupies an unusual position which is far from the active site and distinct from the binding of the natural redox partner (FAD/NADPH binding domain).
[Mh] Termos MeSH primário: Bacillus megaterium/química
Proteínas de Bactérias/química
Cobalto/química
Coenzimas/química
Sistema Enzimático do Citocromo P-450/química
Elétrons
Heme/química
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/química
NADP/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Bacillus megaterium/enzimologia
Proteínas de Bactérias/genética
Proteínas de Bactérias/metabolismo
Domínio Catalítico
Clonagem Molecular
Cobalto/metabolismo
Coenzimas/metabolismo
Cristalografia por Raios X
Sistema Enzimático do Citocromo P-450/genética
Sistema Enzimático do Citocromo P-450/metabolismo
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/metabolismo
Expressão Gênica
Heme/metabolismo
Modelos Moleculares
NADP/metabolismo
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/genética
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/metabolismo
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Especificidade por Substrato
Zinco/química
Zinco/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Nm] Nome de substância:
0 (Bacterial Proteins); 0 (Coenzymes); 0 (Recombinant Proteins); 3G0H8C9362 (Cobalt); 42VZT0U6YR (Heme); 53-59-8 (NADP); 9035-51-2 (Cytochrome P-450 Enzyme System); EC 1.6.2.4 (NADPH-Ferrihemoprotein Reductase); EC 1.6.2.4 (flavocytochrome P450 BM3 monoxygenases); J41CSQ7QDS (Zinc)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180208
[Lr] Data última revisão:
180208
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170726
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28734977
[Au] Autor:Castrignanò S; D'Avino S; Di Nardo G; Catucci G; Sadeghi SJ; Gilardi G
[Ad] Endereço:Department of Life Sciences and Systems Biology, University of Torino, Via Accademia Albertina 13, Torino, Italy.
[Ti] Título:Modulation of the interaction between human P450 3A4 and B. megaterium reductase via engineered loops.
[So] Source:Biochim Biophys Acta;1866(1):116-125, 2018 01.
[Is] ISSN:0006-3002
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Chimerogenesis involving cytochromes P450 is a successful approach to generate catalytically self-sufficient enzymes. However, the connection between the different functional modules should allow a certain degree of flexibility in order to obtain functional and catalytically efficient proteins. We previously applied the molecular Lego approach to develop a chimeric P450 3A4 enzyme linked to the reductase domain of P450 BM3 (BMR). Three constructs were designed with the connecting loop containing no glycine, 3 glycine or 5 glycine residues and showed a different catalytic activity and coupling efficiency. Here we investigate how the linker affects the ability of P450 3A4 to bind substrates and inhibitors. We measure the electron transfer rates and the catalytic properties of the enzyme also in the presence of ketoconazole as inhibitor. The data show that the construct 3A4-5GLY-BMR with the longest loop better retains the binding ability and cooperativity for testosterone, compared to P450 3A4. In both 3A4-3GLY-BMR and 3A4-5GLY-BMR, the substrate induces an increase in the first electron transfer rate and a shorter lag phase related to a domain rearrangements, when compared to the construct without Gly. These data are consistent with docking results and secondary structure predictions showing a propensity to form helical structures in the loop of the 3A4-BMR and 3A4-3GLY-BMR. All three chimeras retain the ability to bind the inhibitor ketoconazole and show an IC comparable with those reported for the wild type protein. This article is part of a Special Issue entitled: Cytochrome P450 biodiversity and biotechnology, edited by Erika Plettner, Gianfranco Gilardi, Luet Wong, Vlada Urlacher, Jared Goldstone.
[Mh] Termos MeSH primário: Bacillus megaterium/genética
Proteínas de Bactérias/química
Inibidores do Citocromo P-450 CYP3A/química
Citocromo P-450 CYP3A/química
Cetoconazol/química
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/química
Proteínas Recombinantes de Fusão/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Bacillus megaterium/enzimologia
Proteínas de Bactérias/antagonistas & inibidores
Proteínas de Bactérias/genética
Proteínas de Bactérias/metabolismo
Sítios de Ligação
Citocromo P-450 CYP3A/genética
Citocromo P-450 CYP3A/metabolismo
Inibidores do Citocromo P-450 CYP3A/metabolismo
Expressão Gênica
Seres Humanos
Cetoconazol/metabolismo
Cinética
Ligantes
Simulação de Acoplamento Molecular
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/antagonistas & inibidores
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/genética
NADPH-Ferri-Hemoproteína Redutase/metabolismo
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Engenharia de Proteínas
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Proteínas Recombinantes de Fusão/genética
Proteínas Recombinantes de Fusão/metabolismo
Relação Estrutura-Atividade
Especificidade por Substrato
Testosterona/química
Testosterona/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (Bacterial Proteins); 0 (Cytochrome P-450 CYP3A Inhibitors); 0 (Ligands); 0 (Recombinant Fusion Proteins); 3XMK78S47O (Testosterone); EC 1.14.13.67 (CYP3A4 protein, human); EC 1.14.14.1 (Cytochrome P-450 CYP3A); EC 1.6.2.4 (NADPH-Ferrihemoprotein Reductase); R9400W927I (Ketoconazole)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180208
[Lr] Data última revisão:
180208
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170724
[St] Status:MEDLINE


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Texto completo
[PMID]:28473297
[Au] Autor:Pochapsky TC; Wong N; Zhuang Y; Futcher J; Pandelia ME; Teitz DR; Colthart AM
[Ad] Endereço:Department of Chemistry, Brandeis University, 415 South St., Waltham, MA 02454-9110, USA. Electronic address: pochapsk@brandeis.edu.
[Ti] Título:NADH reduction of nitroaromatics as a probe for residual ferric form high-spin in a cytochrome P450.
[So] Source:Biochim Biophys Acta;1866(1):126-133, 2018 01.
[Is] ISSN:0006-3002
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The existence of a substrate-sensitive equilibrium between high spin (S=5/2) and low spin (S=1/2) ferric iron is a well-established phenomenon in the cytochrome P450 (CYP) superfamily, although its origins are still a subject of discussion. A series of mutations that strongly perturb the spin state equilibrium in the camphor hydroxylase CYP101A1 were recently described (Colthart et al., Sci. Rep. 6, 22035 (2016)). Wild type CYP101A1 as well as some CYP101A1 mutants are herein shown to be capable of catalyzing the reduction of nitroacetophenones by NADH to the corresponding anilino compounds (nitroreductase or NRase activity). The distinguishing characteristic between those mutants that catalyze the reduction and those that cannot appears to be the extent to which residual high spin form exists in the absence of the native substrate d-camphor, with those showing the largest spin state shifts upon camphor binding also exhibiting NRase activity. Optical and EPR spectroscopy was used to further examine these phenomena. These results suggest that reduction of nitroaromatics may provide a useful probe of residual high spin states in the CYP superfamily. This article is part of a Special Issue entitled: Cytochrome P450 biodiversity and biotechnology, edited by Erika Plettner, Gianfranco Gilardi, Luet Wong, Vlada Urlacher, Jared Goldstone.
[Mh] Termos MeSH primário: Acetofenonas/química
Proteínas de Bactérias/química
Cânfora 5-Mono-Oxigenase/química
Cânfora/química
Compostos Férricos/química
Heme/química
NAD/química
[Mh] Termos MeSH secundário: Acetofenonas/metabolismo
Motivos de Aminoácidos
Proteínas de Bactérias/genética
Proteínas de Bactérias/metabolismo
Sítios de Ligação
Biocatálise
Cânfora/metabolismo
Cânfora 5-Mono-Oxigenase/genética
Cânfora 5-Mono-Oxigenase/metabolismo
Clonagem Molecular
Espectroscopia de Ressonância de Spin Eletrônica
Escherichia coli/genética
Escherichia coli/metabolismo
Expressão Gênica
Heme/metabolismo
Cinética
Modelos Moleculares
NAD/metabolismo
Oxirredução
Ligação Proteica
Conformação Proteica em alfa-Hélice
Conformação Proteica em Folha beta
Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas
Proteínas Recombinantes/química
Proteínas Recombinantes/genética
Proteínas Recombinantes/metabolismo
Especificidade por Substrato
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL
[Nm] Nome de substância:
0 (Acetophenones); 0 (Bacterial Proteins); 0 (Ferric Compounds); 0 (Recombinant Proteins); 0U46U6E8UK (NAD); 100-19-6 (4-nitroacetophenone); 42VZT0U6YR (Heme); 76-22-2 (Camphor); EC 1.14.15.1 (Camphor 5-Monooxygenase)
[Em] Mês de entrada:1802
[Cu] Atualização por classe:180208
[Lr] Data última revisão:
180208
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170506
[St] Status:MEDLINE



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