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Pesquisa : H01.158.580 [Categoria DeCS]
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[PMID]:27083091
[Au] Autor:Bechtel W
[Ad] Endereço:Department of Philosophy and Center for Circadian Biology, University of California, La Jolla, CA 92093-0119, United States. Electronic address: bechtel@ucsd.edu.
[Ti] Título:Using computational models to discover and understand mechanisms.
[So] Source:Stud Hist Philos Sci;56:113-21, 2016 Apr.
[Is] ISSN:0039-3681
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Areas of biology such as cell and molecular biology have been dominated by research directed at constructing mechanistic explanations that identify parts and operations that when organized appropriately are responsible for the various phenomena they investigate. Increasingly the mechanisms hypothesized involve non-sequential organization of non-linear operations and so exceed the ability of researchers to mentally rehearse their behavior. Accordingly, scientists rely on tools of computational modeling and dynamical systems theory in advancing dynamic mechanistic explanations. Using circadian rhythm research as an exemplar, this paper explores the variety of roles computational modeling is playing. They serve not just to determine whether the mechanism will produce the desired behavior, but in the discovery process of hypothesizing mechanisms and in understanding why proposed mechanisms behave as they do.
[Mh] Termos MeSH primário: Ritmo Circadiano
Cianobactérias/fisiologia
Invertebrados/fisiologia
Modelos Biológicos
Vertebrados/fisiologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Disciplina de Cronobiologia
Biologia Computacional
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1612
[Cu] Atualização por classe:161231
[Lr] Data última revisão:
161231
[Sb] Subgrupo de revista:QIS
[Da] Data de entrada para processamento:160417
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:26966017
[Au] Autor:Bechtel W
[Ad] Endereço:Department of Philosophy and Center for Circadian Biology, University of California, San Diego, La Jolla, CA, USA. bill@mechanism.ucsd.edu.
[Ti] Título:Mechanists Must be Holists Too! Perspectives from Circadian Biology.
[So] Source:J Hist Biol;49(4):705-731, 2016 12.
[Is] ISSN:1573-0387
[Cp] País de publicação:Germany
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The pursuit of mechanistic explanations in biology has produced a great deal of knowledge about the parts, operations, and organization of mechanisms taken to be responsible for biological phenomena. Holist critics have often raised important criticisms of proposed mechanistic explanations, but until recently holists have not had alternative research strategies through which to advance explanations. This paper argues both that the results of mechanistic strategies has forced mechanists to confront ways in which whole systems affect their components and that new representational and modeling strategies are providing tools for understanding these effects of whole systems upon components. Drawing from research on the mechanism responsible for circadian rhythms in mammals, I develop two examples in which mechanistic analysis is being integrated into a more holist perspective: research revealing intercellular integration of circadian mechanisms with those involved in cell metabolism and research revealing that stable␣rhythms are dependent on how individual cells in the suprachiasmatic nucleus synchronize with each other to generate regular rhythms. Tools such as network diagramming and computational modeling are providing means to integrate mechanistic models into accounts of whole systems.
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/história
Ritmo Circadiano/fisiologia
Mamíferos/fisiologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Simulação por Computador
História do Século XVIII
História do Século XIX
História do Século XX
História do Século XXI
Modelos Biológicos
Núcleo Supraquiasmático/fisiologia
Biologia de Sistemas/história
[Pt] Tipo de publicação:HISTORICAL ARTICLE; JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1706
[Cu] Atualização por classe:171020
[Lr] Data última revisão:
171020
[Sb] Subgrupo de revista:QIS
[Da] Data de entrada para processamento:160312
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:26888917
[Au] Autor:Dominoni DM; Borniger JC; Nelson RJ
[Ad] Endereço:Institute of Biodiversity, Animal Health and Comparative Medicine, University of Glasgow, Glasgow, G12 8QQ, UK davide.dominoni@glasgow.ac.uk.
[Ti] Título:Light at night, clocks and health: from humans to wild organisms.
[So] Source:Biol Lett;12(2):20160015, 2016 Feb.
[Is] ISSN:1744-957X
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The increasing use of electric lights has modified the natural light environment dramatically, posing novel challenges to both humans and wildlife. Indeed, several biomedical studies have linked artificial light at night to the disruption of circadian rhythms, with important consequences for human health, such as the increasing occurrence of metabolic syndromes, cancer and reduced immunity. In wild animals, light pollution is associated with changes in circadian behaviour, reproduction and predator-prey interactions, but we know little about the underlying physiological mechanisms and whether wild species suffer the same health problems as humans. In order to fill this gap, we advocate the need for integrating ecological studies in the field, with chronobiological approaches to identify and characterize pathways that may link temporal disruption caused by light at night and potential health and fitness consequences.
[Mh] Termos MeSH primário: Ritmo Circadiano/efeitos da radiação
Aptidão Genética/efeitos da radiação
Nível de Saúde
Luz/efeitos adversos
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Disciplina de Cronobiologia
Ecologia
Seres Humanos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T; RESEARCH SUPPORT, U.S. GOV'T, NON-P.H.S.; REVIEW
[Em] Mês de entrada:1610
[Cu] Atualização por classe:170410
[Lr] Data última revisão:
170410
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:160219
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:26871740
[Au] Autor:Burnston DC
[Ad] Endereço:Tulane University, Philosophy Department, 105 Newcomb Hall, New Orleans, LA 70118, USA. Electronic address: dburnsto@tulane.edu.
[Ti] Título:Data graphs and mechanistic explanation.
[So] Source:Stud Hist Philos Biol Biomed Sci;57:1-12, 2016 Jun.
[Is] ISSN:1879-2499
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:It is a widespread assumption in philosophy of science that representations of data are not explanatory-that they are mere stepping stones towards an explanation, such as a representation of a mechanism. I draw on instances of representational and explanatory practice from mammalian chronobiology to suggest that this assumption is unsustainable. In many instances, biologists employ representations of data in explanatory ways that are not reducible to constraints on or evidence for representations of mechanisms. Data graphs are used to represent relationships between quantities across conditions, and often these representations are necessary for explaining particular aspects of the phenomena under study. The benefit of the analysis is two-fold. First, it provides a more accurate account of explanatory practice in broadly mechanistic investigation in biology. Second, it suggests that there is not an explanatorily "fundamental" type of representation in biology. Rather, the practice of explanation consists in the construction of different types of representations and their employment for distinct explanatory purposes.
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/métodos
Relógios Circadianos
Apresentação de Dados
Mamíferos/fisiologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Filosofia
Ciência
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1704
[Cu] Atualização por classe:170411
[Lr] Data última revisão:
170411
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:160213
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:26759429
[Au] Autor:Albers HE; Bittman E; Demas GE; Goldman B; Zucker I
[Ti] Título:Timothy J. Bartness.
[So] Source:J Biol Rhythms;31(1):6-11, 2016 Feb.
[Is] ISSN:1552-4531
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/história
Neuroendocrinologia/história
[Mh] Termos MeSH secundário: História do Século XXI
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:BIOGRAPHY; HISTORICAL ARTICLE; JOURNAL ARTICLE; PORTRAITS
[Ps] Nome de pessoa como assunto:Bartness TJ
[Em] Mês de entrada:1610
[Cu] Atualização por classe:161230
[Lr] Data última revisão:
161230
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:160114
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1177/0748730415626807


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[PMID]:26870864
[Au] Autor:Lee JY; Lee MS; Lee JS; Halberg FE; Halberg J; Schwartzkopff O; Cornélissen G
[Ti] Título:A Tribute to Franz Halberg, MD.
[So] Source:Hypertension;66(6):1090-2, 2015 Dec.
[Is] ISSN:1524-4563
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/história
Hipertensão/história
[Mh] Termos MeSH secundário: Disciplina de Cronobiologia/métodos
História do Século XX
História do Século XXI
Hipertensão/diagnóstico
Hipertensão/terapia
Romênia
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:ADDRESSES; BIOGRAPHY; HISTORICAL ARTICLE; JOURNAL ARTICLE
[Ps] Nome de pessoa como assunto:Halberg F
[Em] Mês de entrada:1604
[Cu] Atualização por classe:160726
[Lr] Data última revisão:
160726
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:160213
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:26359435
[Au] Autor:Lakin-Thomas P
[Ti] Título:Nicholas Mrosovsky.
[So] Source:J Biol Rhythms;30(5):359-63, 2015 Oct.
[Is] ISSN:1552-4531
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/história
Ritmo Circadiano/fisiologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Cricetinae/fisiologia
Hibernação/fisiologia
História do Século XX
História do Século XXI
Ontário
Sciuridae/fisiologia
Tartarugas/fisiologia
[Pt] Tipo de publicação:BIOGRAPHY; HISTORICAL ARTICLE; JOURNAL ARTICLE; PORTRAITS
[Ps] Nome de pessoa como assunto:Mrosovsky N
[Em] Mês de entrada:1606
[Cu] Atualização por classe:150911
[Lr] Data última revisão:
150911
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:150912
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1177/0748730415602167


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PubMed Central Texto completo
Texto completo
[PMID]:26331760
[Au] Autor:Eckel-Mahan K; Sassone-Corsi P
[Ad] Endereço:University of California at Irvine, Department of Biological Chemistry, Center for Epigenetics and Metabolism, Irvine, California.
[Ti] Título:Phenotyping Circadian Rhythms in Mice.
[So] Source:Curr Protoc Mouse Biol;5(3):271-81, 2015 Sep 01.
[Is] ISSN:2161-2617
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Circadian rhythms take place with a periodicity of 24 hr, temporally following the rotation of the earth around its axis. Examples of circadian rhythms are the sleep/wake cycle, feeding, and hormone secretion. Light powerfully entrains the mammalian clock and assists in keeping animals synchronized to the 24-hour cycle of the earth by activating specific neurons in the "central pacemaker" of the brain, the suprachiasmatic nucleus. Absolute periodicity of an animal can deviate slightly from 24 hr as manifest when an animal is placed into constant dark or "free-running" conditions. Simple measurements of an organism's activity in free-running conditions reveal its intrinsic circadian period. Mice are a particularly useful model for studying circadian rhythmicity due to the ease of genetic manipulation, thus identifying molecular contributors to rhythmicity. Furthermore, their small size allows for monitoring locomotion or activity in their homecage environment with relative ease. Several tasks commonly used to analyze circadian periodicity and plasticity in mice are presented here including the process of entrainment, determination of tau (period length) in free-running conditions, determination of circadian periodicity in response to light disruption (e.g., jet lag studies), and evaluation of clock plasticity in non-24-hour conditions (T-cycles). Studying the properties of circadian periods such as their phase, amplitude, and length in response to photic perturbation, can be particularly useful in understanding how humans respond to jet lag, night shifts, rotating shifts, or other transient or chronic disruption of environmental surroundings.
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/métodos
Ritmo Circadiano/efeitos da radiação
Ciência dos Animais de Laboratório/métodos
Camundongos/fisiologia
Estimulação Luminosa/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Luz
Fotoperíodo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL; RESEARCH SUPPORT, NON-U.S. GOV'T
[Em] Mês de entrada:1602
[Cu] Atualização por classe:170220
[Lr] Data última revisão:
170220
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:150903
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1002/9780470942390.mo140229


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[PMID]:25838416
[Au] Autor:Hall JC
[Ti] Título:Ronald J. Konopka.
[So] Source:J Biol Rhythms;30(2):71-5, 2015 Apr.
[Is] ISSN:1552-4531
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia/história
Ritmo Circadiano
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Drosophila/genética
História do Século XX
[Pt] Tipo de publicação:BIOGRAPHY; HISTORICAL ARTICLE; JOURNAL ARTICLE; PORTRAITS
[Ps] Nome de pessoa como assunto:Konopka RJ
[Em] Mês de entrada:1601
[Cu] Atualização por classe:150403
[Lr] Data última revisão:
150403
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:150404
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1177/0748730415579136


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[PMID]:25341846
[Au] Autor:Miura N; Ohtani K
[Ad] Endereço:Division of Health Effects Research, National Institute of Occupational Safety and Health, Japan.
[Ti] Título:[Application of "chronotoxicology" to occupational health].
[So] Source:Sangyo Eiseigaku Zasshi;57(1):21-5, 2015.
[Is] ISSN:1349-533X
[Cp] País de publicação:Japan
[La] Idioma:jpn
[Mh] Termos MeSH primário: Disciplina de Cronobiologia
Medicina do Trabalho
Toxicologia
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Ritmo Circadiano
Esquema de Medicação
Seres Humanos
Camundongos
Periodicidade
Ratos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; REVIEW
[Em] Mês de entrada:1509
[Cu] Atualização por classe:150309
[Lr] Data última revisão:
150309
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:141025
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1539/sangyoeisei.wadai14002



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