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[PMID]:28594819
[Au] Autor:Grechkin M; Poon H; Howe B
[Ad] Endereço:Paul G. Allen School of Computer Science & Engineering, University of Washington, Seattle, Washington, United States of America.
[Ti] Título:Wide-Open: Accelerating public data release by automating detection of overdue datasets.
[So] Source:PLoS Biol;15(6):e2002477, 2017 Jun.
[Is] ISSN:1545-7885
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Open data is a vital pillar of open science and a key enabler for reproducibility, data reuse, and novel discoveries. Enforcement of open-data policies, however, largely relies on manual efforts, which invariably lag behind the increasingly automated generation of biological data. To address this problem, we developed a general approach to automatically identify datasets overdue for public release by applying text mining to identify dataset references in published articles and parse query results from repositories to determine if the datasets remain private. We demonstrate the effectiveness of this approach on 2 popular National Center for Biotechnology Information (NCBI) repositories: Gene Expression Omnibus (GEO) and Sequence Read Archive (SRA). Our Wide-Open system identified a large number of overdue datasets, which spurred administrators to respond directly by releasing 400 datasets in one week.
[Mh] Termos MeSH primário: Acesso à Informação
Pesquisa Biomédica/métodos
Bases de Dados Genéticas
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Pesquisa Biomédica/tendências
Biotecnologia/tendências
Biologia Computacional/tendências
Mineração de Dados
Bases de Dados Bibliográficas
Bases de Dados Genéticas/normas
Bases de Dados Genéticas/tendências
Regulação da Expressão Gênica
Seres Humanos
Automação de Bibliotecas
Dados de Sequência Molecular
National Library of Medicine (U.S.)
Publicações Periódicas como Assunto
Reprodutibilidade dos Testes
Fatores de Tempo
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:LETTER
[Em] Mês de entrada:1709
[Cu] Atualização por classe:170926
[Lr] Data última revisão:
170926
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170609
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1371/journal.pbio.2002477


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[PMID]:28541320
[Au] Autor:Uetz P; Garg A
[Ad] Endereço:Virginia Commonwealth University, Richmond, USA.
[Ti] Título:Molecular taxonomy: Species disconnected from DNA sequences.
[So] Source:Nature;545(7655):412, 2017 05 24.
[Is] ISSN:1476-4687
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Classificação/métodos
Bases de Dados de Ácidos Nucleicos/normas
Répteis/classificação
Répteis/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Sequência de Bases
Código de Barras de DNA Taxonômico/normas
Código de Barras de DNA Taxonômico/tendências
Metagenômica/normas
Metagenômica/tendências
National Library of Medicine (U.S.)/normas
Publicações Periódicas como Assunto/normas
Projetos de Pesquisa
Pesquisadores/normas
Especificidade da Espécie
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:LETTER
[Em] Mês de entrada:1710
[Cu] Atualização por classe:171004
[Lr] Data última revisão:
171004
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170526
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1038/545412c


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[PMID]:28231809
[Au] Autor:Mork J; Aronson A; Demner-Fushman D
[Ad] Endereço:US National Library of Medicine, 8600 Rockville Pike, Bethesda, USA. jmork@mail.nlm.nih.gov.
[Ti] Título:12 years on - Is the NLM medical text indexer still useful and relevant?
[So] Source:J Biomed Semantics;8(1):8, 2017 Feb 23.
[Is] ISSN:2041-1480
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:BACKGROUND: Facing a growing workload and dwindling resources, the US National Library of Medicine (NLM) created the Indexing Initiative project in 1996. This cross-library team's mission is to explore indexing methodologies for ensuring quality and currency of NLM document collections. The NLM Medical Text Indexer (MTI) is the main product of this project and has been providing automated indexing recommendations since 2002. After all of this time, the questions arise whether MTI is still useful and relevant. METHODS: To answer the question about MTI usefulness, we track a wide variety of statistics related to how frequently MEDLINE indexers refer to MTI recommendations, how well MTI performs against human indexing, and how often MTI is used. To answer the question of MTI relevancy compared to other available tools, we have participated in the 2013 and 2014 BioASQ Challenges. The BioASQ Challenges have provided us with an unbiased comparison between the MTI system and other systems performing the same task. RESULTS: Indexers have continually increased their use of MTI recommendations over the years from 15.75% of the articles they index in 2002 to 62.44% in 2014 showing that the indexers find MTI to be increasingly useful. The MTI performance statistics show significant improvement in Precision (+0.2992) and F (+0.1997) with modest gains in Recall (+0.0454) over the years. MTI consistency is comparable to the available indexer consistency studies. MTI performed well in both of the BioASQ Challenges ranking within the top tier teams. CONCLUSIONS: Based on our findings, yes, MTI is still relevant and useful, and needs to be improved and expanded. The BioASQ Challenge results have shown that we need to incorporate more machine learning into MTI while still retaining the indexing rules that have earned MTI the indexers' trust over the years. We also need to expand MTI through the use of full text, when and where it is available, to provide coverage of indexing terms that are typically only found in the full text. The role of MTI at NLM is also expanding into new areas, further reinforcing the idea that MTI is increasingly useful and relevant.
[Mh] Termos MeSH primário: Resumos e Indexação como Assunto
National Library of Medicine (U.S.)
[Mh] Termos MeSH secundário: Seres Humanos
Aprendizado de Máquina
Medical Subject Headings
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1711
[Cu] Atualização por classe:171106
[Lr] Data última revisão:
171106
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170225
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1186/s13326-017-0113-5


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[PMID]:27899561
[Au] Autor:NCBI Resource Coordinators
[Ti] Título:Database Resources of the National Center for Biotechnology Information.
[So] Source:Nucleic Acids Res;45(D1):D12-D17, 2017 Jan 04.
[Is] ISSN:1362-4962
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:The National Center for Biotechnology Information (NCBI) provides a large suite of online resources for biological information and data, including the GenBank nucleic acid sequence database and the PubMed database of citations and abstracts for published life science journals. The Entrez system provides search and retrieval operations for most of these data from 37 distinct databases. The E-utilities serve as the programming interface for the Entrez system. Augmenting many of the Web applications are custom implementations of the BLAST program optimized to search specialized data sets. New resources released in the past year include iCn3D, MutaBind, and the Antimicrobial Resistance Gene Reference Database; and resources that were updated in the past year include My Bibliography, SciENcv, the Pathogen Detection Project, Assembly, Genome, the Genome Data Viewer, BLAST and PubChem. All of these resources can be accessed through the NCBI home page at www.ncbi.nlm.nih.gov.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
[Mh] Termos MeSH secundário: Bases de Dados de Compostos Químicos
Bases de Dados de Proteínas
Resistência Microbiana a Medicamentos/genética
Genoma Bacteriano
Genômica
National Library of Medicine (U.S.)
PubMed
Alinhamento de Sequência
Integração de Sistemas
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:170713
[Lr] Data última revisão:
170713
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161201
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/nar/gkw1071


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[PMID]:28269825
[Au] Autor:Abacha AB; Dina DF
[Ad] Endereço:U.S. National Library of Medicine, Bethesda, MD.
[Ti] Título:Recognizing Question Entailment for Medical Question Answering.
[So] Source:AMIA Annu Symp Proc;2016:310-318, 2016.
[Is] ISSN:1942-597X
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:With the increasing heterogeneity and specialization of medical texts, automated question answering is becoming more and more challenging. In this context, answering a given medical question by retrieving similar questions that are already answered by human experts seems to be a promising solution. In this paper, we propose a new approach for the detection of similar questions based on Recognizing Question Entailment (RQE). In particular, we consider Frequently Asked Question (FAQs) as a valuable and widespread source of information. Our final goal is to automatically provide an existing answer if FAQ similar to a consumer health question exists. We evaluate our approach using consumer health questions received by the National Library of Medicine and FAQs collected from NIH websites. Our first results are promising and suggest the feasibility of our approach as a valuable complement to classic question answering approaches.
[Mh] Termos MeSH primário: Informação de Saúde ao Consumidor
Sistemas Especialistas
Comportamento de Busca de Informação
Armazenamento e Recuperação da Informação/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Algoritmos
Bases de Dados como Assunto
Seres Humanos
Internet
Aprendizado de Máquina
National Library of Medicine (U.S.)
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:170717
[Lr] Data última revisão:
170717
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170309
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:28269021
[Au] Autor:Noetscher GM; Yanamadala J; Tankaria H; Louie S; Prokop A; Nazarian A; Makarov SN
[Ti] Título:Computational human model VHP-FEMALE derived from datasets of the national library of medicine.
[So] Source:Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc;2016:3350-3353, 2016 08.
[Is] ISSN:1557-170X
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Simulation of the electromagnetic response of the human body relies upon efficient computational models. The objective of this paper is to describe a new platform-independent and computationally-efficient full-body electromagnetic model, the Visible Human Project® (VHP)-Female v.3.0 and to outline its distinct features. We also report model performance results using two leading commercial electromagnetic antenna simulation packages: ANSYS HFSS and CST MICROWAVE STUDIO®.
[Mh] Termos MeSH primário: Fenômenos Eletromagnéticos
Modelos Biológicos
Projetos Ser Humano Visível
[Mh] Termos MeSH secundário: Simulação por Computador
Feminino
Corpo Humano
Seres Humanos
Micro-Ondas
Meia-Idade
Modelos Anatômicos
National Library of Medicine (U.S.)
Couro Cabeludo/fisiologia
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:171121
[Lr] Data última revisão:
171121
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170309
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1109/EMBC.2016.7591445


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[PMID]:28269018
[Au] Autor:Ackerman MJ
[Ti] Título:The visible human project®: From body to bits.
[So] Source:Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc;2016:3338-3341, 2016 08.
[Is] ISSN:1557-170X
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:In the middle 1990's the U.S. National Library sponsored the acquisition and development of the Visible Human Project® data base. This image database contains anatomical cross-sectional images which allow the reconstruction of three dimensional male and female anatomy to an accuracy of less than 1.0 mm. The male anatomy is contained in a 15 gigabyte database, the female in a 39 gigabyte database. This talk will describe why and how this project was accomplished and demonstrate some of the products which the Visible Human dataset has made possible. I will conclude by describing how the Visible Human Project, completed over 20 years ago, has led the National Library of Medicine to a series of image research projects including an open source image processing toolkit which is included in several commercial products.
[Mh] Termos MeSH primário: Projetos Ser Humano Visível
[Mh] Termos MeSH secundário: Anatomia Transversal
Feminino
Seres Humanos
Processamento de Imagem Assistida por Computador
Masculino
National Library of Medicine (U.S.)
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:171121
[Lr] Data última revisão:
171121
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:170309
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1109/EMBC.2016.7591442


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[PMID]:27822161
[Au] Autor:Saric K
[Ti] Título:HINARI Access to Research in Health program networks to sustain and expand success.
[So] Source:J Med Libr Assoc;104(4):338-341, 2016 Oct.
[Is] ISSN:1558-9439
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Acesso à Informação
Países em Desenvolvimento
Editoração/organização & administração
[Mh] Termos MeSH secundário: Pesquisa Biomédica
Saúde Global
Seres Humanos
Associações de Bibliotecas/organização & administração
Biblioteconomia/educação
National Library of Medicine (U.S.)/organização & administração
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1707
[Cu] Atualização por classe:170713
[Lr] Data última revisão:
170713
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:161109
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:27388613
[Ti] Título:National Institutes of Health Appoints Patricia Flatley Brennan, RN, PhD, to Lead the National Library of Medicine.
[So] Source:Comput Inform Nurs;34(7):287, 2016 Jul.
[Is] ISSN:1538-9774
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Mh] Termos MeSH primário: Liderança
National Library of Medicine (U.S.)
Informática em Enfermagem
[Mh] Termos MeSH secundário: História do Século XXI
Seres Humanos
National Institutes of Health (U.S.)
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:BIOGRAPHY; HISTORICAL ARTICLE; JOURNAL ARTICLE
[Ps] Nome de pessoa como assunto:Brennan P
[Em] Mês de entrada:1703
[Cu] Atualização por classe:170330
[Lr] Data última revisão:
170330
[Sb] Subgrupo de revista:IM; N
[Da] Data de entrada para processamento:160709
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1097/CIN.0000000000000272


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PubMed Central Texto completo
Texto completo
[PMID]:27307646
[Au] Autor:Peng S; You R; Wang H; Zhai C; Mamitsuka H; Zhu S
[Ad] Endereço:School of Computer Science and Shanghai Key Lab of Intelligent Information Processing, Fudan University, Shanghai 200433, China.
[Ti] Título:DeepMeSH: deep semantic representation for improving large-scale MeSH indexing.
[So] Source:Bioinformatics;32(12):i70-i79, 2016 Jun 15.
[Is] ISSN:1367-4811
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:MOTIVATION: Medical Subject Headings (MeSH) indexing, which is to assign a set of MeSH main headings to citations, is crucial for many important tasks in biomedical text mining and information retrieval. Large-scale MeSH indexing has two challenging aspects: the citation side and MeSH side. For the citation side, all existing methods, including Medical Text Indexer (MTI) by National Library of Medicine and the state-of-the-art method, MeSHLabeler, deal with text by bag-of-words, which cannot capture semantic and context-dependent information well. METHODS: We propose DeepMeSH that incorporates deep semantic information for large-scale MeSH indexing. It addresses the two challenges in both citation and MeSH sides. The citation side challenge is solved by a new deep semantic representation, D2V-TFIDF, which concatenates both sparse and dense semantic representations. The MeSH side challenge is solved by using the 'learning to rank' framework of MeSHLabeler, which integrates various types of evidence generated from the new semantic representation. RESULTS: DeepMeSH achieved a Micro F-measure of 0.6323, 2% higher than 0.6218 of MeSHLabeler and 12% higher than 0.5637 of MTI, for BioASQ3 challenge data with 6000 citations. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The software is available upon request. CONTACT: zhusf@fudan.edu.cn SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
[Mh] Termos MeSH primário: Medical Subject Headings
Semântica
Software
[Mh] Termos MeSH secundário: Resumos e Indexação como Assunto
Mineração de Dados
MEDLINE
National Library of Medicine (U.S.)
Estados Unidos
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1708
[Cu] Atualização por classe:170823
[Lr] Data última revisão:
170823
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:160617
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/bioinformatics/btw294



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