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[PMID]:29408622
[Au] Autor:Zeng Y; Shen Z; Gu W; Wu M
[Ad] Endereço:Department of Medical Oncology, Jiangsu Cancer Hospital, Jiangsu Institute of Cancer Research, The Affiliated Cancer Hospital of Nanjing Medical University, Nanjing, Jiangsu 210009, China; The First Clinical Medical College, Nanjing University of Chinese Medicine, Nanjing, Jiangsu 210023, China. Ele
[Ti] Título:Inhibition of hepatocellular carcinoma tumorigenesis by curcumin may be associated with CDKN1A and CTGF.
[So] Source:Gene;651:183-193, 2018 Apr 20.
[Is] ISSN:1879-0038
[Cp] País de publicação:Netherlands
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:This study aimed to explore crucial genes, transcription factors (TFs), and microRNAs (miRNAs) associated with the effects of curcumin against hepatocellular carcinoma (HCC). We downloaded data (GSE59713) from Gene Expression Omnibus to analyze differentially expressed genes (DEGs) between curcumin-treated and untreated HCC cell lines. Then, we identified the disease ontology (DO) and functional enrichment analysis of these DEGs and analyzed their protein-protein interactions (PPIs). Additionally, we constructed TF-target gene and miRNA-target gene regulatory networks and explored the potential functions of these DEGs. Finally, we detected the expression of CDKN1A, CTGF, LEF1 TF and MIR-19A regulated by curcumin in PLC/PRF/5 cells using RT-PCR. In total, 345 upregulated and 212 downregulated genes were identified. The main enriched pathway of upregulated genes was the TNF signaling pathway. The downregulated genes were significantly enriched in TGF-beta signaling pathway. In addition, most DEGs were significantly enriched in DO terms such as liver cirrhosis, hepatitis, hepatitis C and cholestasis (eg., CTGF). In the constructed PPI network, CDKN1A and CTGF were the key proteins. Moreover, LEF1, CDKN1A, and miR-19A that regulated CTGF were highlighted in the regulatory networks. Furthermore, the expression of CDKN1A, CTGF, LEF1 TF and miR-19A regulated by curcumin in PLC/PRF/5 cells was consistent with the aforementioned bioinformatics analysis results. To conclude, curcumin might exert its protective effects against HCC tumorigenesis by downregulating LEF1 and downregulating CTGF regulated by MIR-19A and upregulating CDKN1A expression.
[Mh] Termos MeSH primário: Carcinogênese/efeitos dos fármacos
Carcinoma Hepatocelular/tratamento farmacológico
Fator de Crescimento do Tecido Conjuntivo/genética
Curcumina/uso terapêutico
Inibidor de Quinase Dependente de Ciclina p21/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Carcinoma Hepatocelular/genética
Linhagem Celular Tumoral
Bases de Dados Genéticas
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica/efeitos dos fármacos
Seres Humanos
Neoplasias Hepáticas/genética
Fator 1 de Ligação ao Facilitador Linfoide/genética
MicroRNAs/genética
Proteínas de Neoplasias/genética
Mapas de Interação de Proteínas
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (CDKN1A protein, human); 0 (CTGF protein, human); 0 (Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p21); 0 (LEF1 protein, human); 0 (Lymphoid Enhancer-Binding Factor 1); 0 (MIRN19 microRNA, human); 0 (MicroRNAs); 0 (Neoplasm Proteins); 139568-91-5 (Connective Tissue Growth Factor); IT942ZTH98 (Curcumin)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180309
[Lr] Data última revisão:
180309
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180207
[St] Status:MEDLINE


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[PMID]:29309429
[Au] Autor:Kortemeier E; Ramos PS; Hunt KJ; Kim HJ; Hardiman G; Chung D
[Ad] Endereço:Department of Public Health Sciences, Medical University of South Carolina, Charleston, SC 29425, United States of America.
[Ti] Título:ShinyGPA: An interactive visualization toolkit for investigating pleiotropic architecture using GWAS datasets.
[So] Source:PLoS One;13(1):e0190949, 2018.
[Is] ISSN:1932-6203
[Cp] País de publicação:United States
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:In spite of accumulating evidence suggesting that different complex traits share a common risk basis, namely pleiotropy, effective investigation of pleiotropic architecture still remains challenging. In order to address this challenge, we developed ShinyGPA, an interactive and dynamic visualization toolkit to investigate pleiotropic structure. ShinyGPA requires only the summary statistics from genome-wide association studies (GWAS), which reduces the burden on researchers using this tool. ShinyGPA allows users to effectively investigate genetic relationships among phenotypes using a flexible low-dimensional visualization and an intuitive user interface. In addition, ShinyGPA provides joint association mapping functionality that can facilitate biological understanding of the pleiotropic architecture. We analyzed GWAS summary statistics for 12 phenotypes using ShinyGPA and obtained visualization results and joint association mapping results that are well supported by the literature. The visualization produced by ShinyGPA can also be used as a hypothesis generating tool for relationships between phenotypes, which might also be used to improve the design of future genetic studies. ShinyGPA is currently available at https://dongjunchung.github.io/GPA/.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
Pleiotropia Genética
Estudo de Associação Genômica Ampla
[Mh] Termos MeSH secundário: Algoritmos
Seres Humanos
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Interface Usuário-Computador
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE; RESEARCH SUPPORT, N.I.H., EXTRAMURAL
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180309
[Lr] Data última revisão:
180309
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:180109
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1371/journal.pone.0190949


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[PMID]:29202689
[Au] Autor:Jalili V; Matteucci M; Masseroli M; Ceri S
[Ad] Endereço:Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria, Politecnico di Milano, Milano, 20133, Italy. vahid.jalili@polimi.it.
[Ti] Título:Explorative visual analytics on interval-based genomic data and their metadata.
[So] Source:BMC Bioinformatics;18(1):536, 2017 Dec 04.
[Is] ISSN:1471-2105
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:BACKGROUND: With the wide-spreading of public repositories of NGS processed data, the availability of user-friendly and effective tools for data exploration, analysis and visualization is becoming very relevant. These tools enable interactive analytics, an exploratory approach for the seamless "sense-making" of data through on-the-fly integration of analysis and visualization phases, suggested not only for evaluating processing results, but also for designing and adapting NGS data analysis pipelines. RESULTS: This paper presents abstractions for supporting the early analysis of NGS processed data and their implementation in an associated tool, named GenoMetric Space Explorer (GeMSE). This tool serves the needs of the GenoMetric Query Language, an innovative cloud-based system for computing complex queries over heterogeneous processed data. It can also be used starting from any text files in standard BED, BroadPeak, NarrowPeak, GTF, or general tab-delimited format, containing numerical features of genomic regions; metadata can be provided as text files in tab-delimited attribute-value format. GeMSE allows interactive analytics, consisting of on-the-fly cycling among steps of data exploration, analysis and visualization that help biologists and bioinformaticians in making sense of heterogeneous genomic datasets. By means of an explorative interaction support, users can trace past activities and quickly recover their results, seamlessly going backward and forward in the analysis steps and comparative visualizations of heatmaps. CONCLUSIONS: GeMSE effective application and practical usefulness is demonstrated through significant use cases of biological interest. GeMSE is available at http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/GeMSE/ , and its source code is available at https://github.com/Genometric/GeMSE under GPLv3 open-source license.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
Genômica/métodos
Metadados
[Mh] Termos MeSH secundário: Células A549
Dexametasona/farmacologia
Etanol/farmacologia
Seres Humanos
Modelos Teóricos
Reconhecimento Automatizado de Padrão
Mapeamento de Interação de Proteínas
Software
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
3K9958V90M (Ethanol); 7S5I7G3JQL (Dexamethasone)
[Em] Mês de entrada:1803
[Cu] Atualização por classe:180309
[Lr] Data última revisão:
180309
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171206
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1186/s12859-017-1945-9


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[PMID]:29220441
[Au] Autor:Saha S; Hosmani PS; Villalobos-Ayala K; Miller S; Shippy T; Flores M; Rosendale A; Cordola C; Bell T; Mann H; DeAvila G; DeAvila D; Moore Z; Buller K; Ciolkevich K; Nandyal S; Mahoney R; Van Voorhis J; Dunlevy M; Farrow D; Hunter D; Morgan T; Shore K; Guzman V; Izsak A; Dixon DE; Cridge A; Cano L; Cao X; Jiang H; Leng N; Johnson S; Cantarel BL; Richards S; English A; Shatters RG; Childers C; Chen MJ; Hunter W; Cilia M; Mueller LA; Munoz-Torres M; Nelson D; Poelchau MF; Benoit JB; Wiersma-Koch H; D'Elia T; Brown SJ
[Ad] Endereço:Boyce Thompson Institute, Ithaca, NY 14853.
[Ti] Título:Improved annotation of the insect vector of citrus greening disease: biocuration by a diverse genomics community.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL: https://citrusgreening.org/.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
Genoma de Inseto/genética
Hemípteros
Insetos Vetores/genética
Controle de Pragas
Doenças das Plantas
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Citrus/microbiologia
Citrus/parasitologia
Hemípteros/genética
Hemípteros/microbiologia
Rhizobiaceae
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax032


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[PMID]:29220449
[Au] Autor:Choi JA; Wyrick JJ
[Ad] Endereço:School of Molecular Biosciences.
[Ti] Título:RegulatorDB: a resource for the analysis of yeast transcriptional regulation.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL: http://wyrickbioinfo2.smb.wsu.edu/RegulatorDB.
[Mh] Termos MeSH primário: DNA Fúngico
Proteínas de Ligação a DNA
Bases de Dados Genéticas
Proteínas Fúngicas
Regulação Fúngica da Expressão Gênica/genética
Saccharomyces cerevisiae
[Mh] Termos MeSH secundário: Sítios de Ligação
DNA Fúngico/genética
DNA Fúngico/metabolismo
Proteínas de Ligação a DNA/genética
Proteínas de Ligação a DNA/metabolismo
Proteínas Fúngicas/genética
Proteínas Fúngicas/metabolismo
Saccharomyces cerevisiae/genética
Saccharomyces cerevisiae/metabolismo
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (DNA, Fungal); 0 (DNA-Binding Proteins); 0 (Fungal Proteins)
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax058


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[PMID]:29220447
[Au] Autor:Hinske LC; Dos Santos FRC; Ohara DT; Ohno-Machado L; Kreth S; Galante PAF
[Ad] Endereço:Department of Anaesthesiology, University Hospital of the Ludwig-Maximilians-University Munich, Munich, Germany.
[Ti] Título:MiRIAD update: using alternative polyadenylation, protein interaction network analysis and additional species to enhance exploration of the role of intragenic miRNAs and their host genes.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL: http://www.miriad-database.org.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
Epigenômica
MicroRNAs/classificação
MicroRNAs/genética
Poliadenilação/genética
Mapeamento de Interação de Proteínas/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Seres Humanos
Interface Usuário-Computador
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
0 (MicroRNAs)
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax053


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[PMID]:29220446
[Au] Autor:Chen M; Henry N; Almsaeed A; Zhou X; Wegrzyn J; Ficklin S; Staton M
[Ad] Endereço:Department of Entomology and Plant Pathology, University of Tennessee, Knoxville, TN, USA.
[Ti] Título:New extension software modules to enhance searching and display of transcriptome data in Tripal databases.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL Tripal Elasticsearch module: https://github.com/tripal/tripal_elasticsearch. Tripal Analysis Expression module: https://github.com/tripal/tripal_analysis_expression.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
Perfilação da Expressão Gênica/métodos
Genômica/métodos
Software
Transcriptoma/genética
[Mh] Termos MeSH secundário: Análise de Sequência de RNA
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax052


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[PMID]:29220445
[Au] Autor:Chen Y; Shi M; Zhang W; Cheng Y; Wang Y; Xia XQ
[Ad] Endereço:Institute of Hydrobiology, The Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China.
[Ti] Título:The Grass Carp Genome Database (GCGD): an online platform for genome features and annotations.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL: http://bioinfo.ihb.ac.cn/gcgd.
[Mh] Termos MeSH primário: Carpas/genética
Bases de Dados Genéticas
Genoma/genética
Anotação de Sequência Molecular/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Repetições de Microssatélites/genética
Alinhamento de Sequência
Transcriptoma/genética
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax051


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[PMID]:29220443
[Au] Autor:Rosikiewicz W; Kabza M; Kosinski JG; Ciomborowska-Basheer J; Kubiak MR; Makalowska I
[Ad] Endereço:Department of Integrative Genomics, Institute of Anthropology, Faculty of Biology, Adam Mickiewicz University in Poznan, Umultowska 89, 61-614, Poznan, Poland.
[Ti] Título:RetrogeneDB-a database of plant and animal retrocopies.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL: http://yeti.amu.edu.pl/retrogenedb. Secondary database URL: http://rhesus.amu.edu.pl/retrogenedb.
[Mh] Termos MeSH primário: Bases de Dados Genéticas
Eucariotos/genética
Genoma/genética
Plantas/genética
RNA/genética
Análise de Sequência de RNA
[Mh] Termos MeSH secundário: Animais
Etiquetas de Sequências Expressas
Filogenia
Interface Usuário-Computador
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Nm] Nome de substância:
63231-63-0 (RNA)
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax038


  10 / 17252 MEDLINE  
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[PMID]:29220442
[Au] Autor:Wiewiórka MS; Wysakowicz DP; Okoniewski MJ; Gambin T
[Ad] Endereço:Institute of Computer Science, Warsaw University of Technology, Nowowiejska 15/19, Warsaw 00-665, Poland.
[Ti] Título:Benchmarking distributed data warehouse solutions for storing genomic variant information.
[So] Source:Database (Oxford);2017, 2017 Jan 01.
[Is] ISSN:1758-0463
[Cp] País de publicação:England
[La] Idioma:eng
[Ab] Resumo:Database URL: https://github.com/ZSI-Bio/variantsdwh.
[Mh] Termos MeSH primário: Armazenamento de Dados
Sistemas de Gerenciamento de Base de Dados
Bases de Dados Genéticas
Genômica/métodos
[Mh] Termos MeSH secundário: Benchmarking
Seres Humanos
Medicina de Precisão
[Pt] Tipo de publicação:JOURNAL ARTICLE
[Em] Mês de entrada:1801
[Cu] Atualização por classe:180308
[Lr] Data última revisão:
180308
[Sb] Subgrupo de revista:IM
[Da] Data de entrada para processamento:171209
[St] Status:MEDLINE
[do] DOI:10.1093/database/bax049



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